ID   HTH_NTRC; MATRIX.
AC   PS52089;
DT   10-JUN-2026 CREATED; 10-JUN-2026 DATA UPDATE; 10-JUN-2026 INFO UPDATE.
DE   NtrC-type HTH DNA-binding domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=50;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=45;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3164055; R2=0.0088995; TEXT='-LogE';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1145; N_SCORE=12.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=471; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-48; D=-100; I=-100; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
MA   /I: B1=0; BI=-255; BD=-255;
MA   /M: SY='D'; M=20,-14,25,17,-60,18,8,-19,-30,11,2,1,17,4,-19,-57,-20,5,-127,-112;
MA   /M: SY='N'; M=-26,-16,21,-17,-66,18,-47,-54,-64,-1,-108,43,34,-2,-14,14,39,-7,-129,-50;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-118,-17,0,-15,-52,-108,-92,-57,68,-89,1,-39,-42,-115,-26,-13,-17,-113,50;
MA   /M: SY='R'; M=-27,-124,34,16,-120,2,-36,-7,32,-34,-11,-17,14,-40,48,17,-42,-22,12,-113;
MA   /M: SY='E'; M=2,-10,24,59,-26,-71,-35,-73,-101,9,58,-57,-26,37,-16,-19,6,-18,-126,-110;
MA   /M: SY='A'; M=43,-119,-7,-32,-28,-71,-27,4,27,-34,-105,-57,27,3,4,21,-9,12,-123,-29;
MA   /M: SY='L'; M=-21,-117,-116,-16,-22,-122,-8,-15,-109,53,41,-31,-7,7,4,-32,47,-1,-122,-40;
MA   /M: SY='E'; M=0,-42,37,70,-124,-12,-11,-123,-24,-74,-32,-10,7,-26,23,16,-34,-57,35,-115;
MA   /M: SY='Q'; M=24,-122,11,55,-41,-50,-34,-69,-23,-2,8,-26,-46,60,28,-48,-36,-20,-125,-111;
MA   /M: SY='F'; M=-72,-119,-4,-44,72,-126,-115,32,-117,2,28,-116,-20,-46,-63,-22,5,41,-110,21;
MA   /M: SY='E'; M=-108,-129,-4,107,-131,-72,-100,-130,-89,-80,-117,-102,-106,56,-6,-58,-108,-124,-127,-118;
MA   /M: SY='R'; M=17,-36,-55,-98,-58,-65,-31,-49,64,-32,-48,-47,-118,19,80,-105,-109,-115,33,-3;
MA   /M: SY='Q'; M=0,-125,14,59,-124,-47,-14,-118,-36,-42,25,5,41,68,-17,2,-41,-79,-126,-52;
MA   /M: SY='L'; M=10,-2,-122,-60,-98,-124,29,30,-110,51,46,-117,-124,-54,28,-112,-18,11,-12,13;
MA   /M: SY='I'; M=-113,-121,-133,-128,-60,-135,-124,88,-125,62,0,-127,-44,-120,-126,-122,-108,-23,-120,-102;
MA   /M: SY='Q'; M=-52,-123,5,30,-113,-66,-37,44,-11,-9,14,-105,-116,50,34,1,10,4,-126,-109;
MA   /M: SY='Q'; M=21,-41,13,21,-122,-113,-21,-29,-1,-42,10,-15,-114,85,27,-5,-2,-88,17,-110;
MA   /M: SY='A'; M=76,6,-116,-65,-40,-108,-117,-15,-111,-29,-102,-109,-116,-7,-64,-17,40,31,-125,-38;
MA   /M: SY='M'; M=-43,-118,-130,-123,-88,-129,-109,-6,-121,79,86,-126,-127,-73,-119,-121,-110,-88,-112,47;
MA   /M: SY='E'; M=17,-123,-4,72,-125,-114,-103,-119,15,-45,-56,11,-111,51,29,-12,-22,-35,-127,-115;
MA   /M: SY='R'; M=17,-122,-40,21,-29,-114,31,-34,19,-54,-13,-29,-116,48,53,21,-26,-39,-24,13;
MA   /M: SY='C'; M=15,78,-107,-63,12,-66,69,-116,-108,-114,-109,33,-57,-5,-111,29,58,-80,-126,9;
MA   /M: SY='G'; M=-54,-33,26,6,-127,51,46,-129,4,-89,-116,48,0,22,41,-25,-107,-126,-129,-114;
MA   /I: I=-24; MD=-61;
MA   /M: SY='W'; M=-111,-134,-119,-123,-22,75,39,-134,-116,-129,-38,16,-125,-6,-12,-109,-122,-134,104,0; D=-24;
MA   /I: I=-24; MI=0; MD=-61; IM=0; DM=-61;
MA   /M: SY='N'; M=-106,-14,4,-105,-120,-42,4,-111,-99,-120,-112,107,-119,-101,2,17,11,22,-139,-115;
MA   /M: SY='W'; M=-110,-126,-117,-103,-49,-123,-112,37,18,-23,32,-111,-24,84,11,-108,-8,19,93,-101;
MA   /M: SY='A'; M=51,-115,7,-101,-121,-49,-110,-46,22,-89,-110,-51,-13,7,12,42,49,-31,-127,-115;
MA   /M: SY='K'; M=31,-124,-47,56,-126,-44,32,-125,61,-88,-112,-101,-112,22,47,-42,-106,-118,-124,-113;
MA   /M: SY='A'; M=88,19,-115,-110,-117,-103,-117,-104,-111,-30,1,-108,-115,-109,-115,-37,47,-4,-126,-116;
MA   /M: SY='A'; M=99,-36,-114,-108,-121,-98,-116,-66,-110,-54,-108,-108,-114,-106,-114,30,-97,-100,-124,-118;
MA   /M: SY='R'; M=-28,-125,-15,25,-123,-44,-102,-101,38,-34,-38,-8,-116,38,83,-12,-16,-64,-125,-112;
MA   /M: SY='M'; M=14,-120,-112,21,-16,-120,-41,1,-43,34,64,4,-120,10,38,-67,-35,-99,-115,36;
MA   /M: SY='L'; M=-57,-118,-133,-125,-92,-134,-118,-47,-126,92,13,-131,-132,-119,-124,-64,-111,-28,-121,-103;
MA   /M: SY='G'; M=-102,-126,-1,24,-132,94,-114,-138,-111,-134,-124,16,-116,-10,-64,-64,-114,-132,-126,-125;
MA   /M: SY='M'; M=-112,-122,-132,-125,-98,-133,-121,71,-53,38,82,-124,-125,-117,-27,-120,-9,15,10,-104;
MA   /M: SY='S'; M=-69,-120,43,-24,-126,-14,21,-124,-35,-126,-119,46,34,-103,-62,58,49,-119,-137,-117;
MA   /M: SY='R'; M=-24,-130,-114,-105,-71,-88,22,-35,-56,-81,-111,-109,53,-98,98,-25,-35,-16,-126,-42;
MA   /M: SY='R'; M=10,-121,-108,-106,-124,13,-30,-121,3,-122,-28,26,-49,-28,66,32,41,-44,-129,-116;
MA   /M: SY='T'; M=7,-115,-104,-45,-122,-45,-110,-61,-62,-116,-38,46,-113,54,-109,-32,93,-48,-134,-116;
MA   /M: SY='L'; M=-115,-119,-134,-127,20,-135,-120,28,-127,79,7,-130,-131,-122,-125,-124,-33,6,-119,-100;
MA   /M: SY='Y'; M=12,-127,-62,-110,-100,5,75,-118,-101,-34,-45,-108,-123,2,54,-63,-29,-73,56,79;
MA   /M: SY='R'; M=-33,-127,-20,-62,-105,-120,-5,-71,40,-62,-109,20,-122,-54,78,-36,-33,-52,-112,72;
MA   /M: SY='K'; M=0,-125,-112,-100,-118,-121,-109,-30,85,18,-105,-105,-119,-95,61,-63,-109,-112,-123,-112;
MA   /M: SY='L'; M=16,-38,-131,-123,-96,-128,-117,29,-122,74,68,-126,-128,-116,-37,-119,-110,-88,-122,-105;
MA   /M: SY='K'; M=-27,-127,-41,-34,-127,-78,-106,-29,87,-66,-112,-100,-116,53,48,-16,-69,-119,-124,-114;
MA   /M: SY='R'; M=-14,-128,-15,24,-126,-121,-106,-50,62,-45,-112,-103,-117,46,70,-53,-35,-72,-126,-115;
MA   /M: SY='Y'; M=-120,-128,-125,-123,19,-75,67,-25,-119,47,4,-121,-132,-114,-23,-121,-117,-105,46,90;
MA   /M: SY='G'; M=-46,-126,23,-9,-132,79,-45,-136,-69,-134,-124,48,-119,-23,-30,4,-62,-131,-131,-125;
MA   /M: SY='I'; M=-115,-45,-43,-17,-101,-96,-43,73,-67,46,49,-125,-2,-119,-125,-53,-111,-15,-126,-108;
MA   /M: SY='K'; M=-17,-127,31,18,-128,-14,23,-126,43,-18,-117,22,-32,5,-25,17,-17,-88,-135,-119;
MA   /I: E1=0; IE=-255; DE=-255;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=CJA_Sigrist;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=HTH NtrC-type;
CC   /VERSION=1;
PR   PRU01435;
DO   PDOC52089;
//