PROSITE entry PS50014
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | BROMODOMAIN_2 |
Accession [info] | PS50014 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-NOV-1995 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC00550 |
Associated ProRule [info] | PRU00035 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Bromodomain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=71; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=66; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5829999; R2=0.0138000; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3864.0354004; R2=5.5673757; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=502; H_SCORE=6659; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=357; H_SCORE=5852; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-70; E1=-70; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='K'; M= -7, 4,-27, 6, 6,-25,-11, -6,-25, 11,-24,-12, 2,-13, 8, 9, 0, -6,-20,-16,-12, 7; /M: SY='G'; M= -5, -2,-27, -2, -2,-23, 11, 4,-28, -1,-24,-13, 3,-16, 0, -2, 0,-10,-23,-21, -9, -2; /M: SY='H'; M= -6, -8,-22,-11, -8,-13,-19, 4, -7, -2, -4, 1, -5,-19, -4, 4, -7, -6, -4,-25, -5, -8; /M: SY='P'; M= -5, -4,-30, 1, 7,-25,-10, -9,-24, 0,-24,-16, -5, 20, 1, -7, -2, -7,-24,-26,-19, 3; /M: SY='L'; M=-12, -6,-25, -6, -6, 2,-24, -6, -3,-14, 6, -1, -9,-21,-11,-11,-13, -7, -6,-17, 5, -9; /M: SY='S'; M= 12, -3,-13, -7, -7,-14, -5,-15,-12,-12,-17,-13, 2,-13, -8,-14, 19, 13, -4,-30,-16, -8; /M: SY='W'; M=-11, -3,-30, 0, 0,-12,-17,-10,-20, -5,-16,-15, -7,-13, -5, -8, -9, -8,-20, 14, 2, -2; /M: SY='P'; M=-10,-20,-35,-16, -9,-20,-25,-22, 0,-16,-12, -7,-19, 47,-13,-22,-13,-10,-10,-28,-20,-15; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='L'; M=-12,-14,-25,-16, -4, -5,-25, 0, 3,-12, 11, 8,-11,-21, -4, -5,-15, -9, -4,-20, 2, -6; /M: SY='E'; M=-10, 2,-26, 2, 15,-22,-19, 1,-21, 12,-20, -9, 2,-12, 15, 9, -2, -6,-19,-24,-10, 15; /M: SY='P'; M=-10,-22,-31,-17, -7,-15,-24,-19, -6,-12, 0, -4,-22, 35,-12,-15,-18,-10,-14,-25,-17,-12; /M: SY='V'; M= -4,-26,-21,-22,-19,-11,-26,-26, 11,-16, -5, -1,-26, 15,-22,-20,-10, -4, 20,-30,-18,-22; /M: SY='D'; M= -6, 24,-21, 28, 7,-28, -5, -4,-27, -5,-30,-24, 20, -4, -1, -9, 16, 3,-22,-39,-21, 3; /I: I=-6; MI=0; IM=0; DM=-30; MD=-30; /M: SY='K'; M= -3, -7,-26, -8, 1,-22,-18,-11,-20, 25,-16, -6, -5,-11, 3, 22, -7, -7,-14,-21,-11, 1; /M: SY='R'; M=-10, -7,-26, -7, 1,-18,-20, -3,-16, 14, -7, -1, -6,-17, 3, 16,-11, -9,-12,-22, -7, 1; /M: SY='E'; M=-12, 3,-26, 5, 9,-12,-10, -5,-19, -1,-12,-11, 2,-16, -1, 0, -6, -9,-18,-23, -8, 4; /M: SY='L'; M= -7,-21,-20,-22,-20, 6,-28,-11, 15,-21, 16, 8,-21,-26,-19,-18,-17, -7, 14,-15, 10,-21; /M: SY='P'; M= -7,-17,-37, -9, 0,-29,-19,-13,-21, -6,-28,-18,-17, 72, -8,-16, -9,-10,-28,-29,-25, -8; /M: SY='D'; M=-16, 33,-27, 43, 15,-29,-10, -1,-30, -1,-24,-19, 16,-12, 2, -8, 0, -7,-25,-35,-17, 9; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='Y'; M=-19,-17,-28,-19,-16, 23,-27, 25, -8,-10, -2, 0,-13,-27,-10, -4,-18,-12,-12, 10, 50,-16; /M: SY='E'; M=-11, 8,-28, 11, 13,-24,-18, -3,-21, 11,-18, -9, 2,-12, 9, 8, -5, -7,-18,-25, -9, 10; /M: SY='I'; M= -9,-26,-24,-32,-25, 4,-33,-18, 30,-21, 16, 16,-21,-24,-18,-21,-18, -8, 23,-18, 5,-24; /M: SY='I'; M= -8,-30,-25,-38,-30, 0,-38,-30, 45,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 35,-22, -2,-30; /M: SY='K'; M= -7, -2,-26, -3, 8,-27,-19, 2,-23, 24,-23, -7, 0,-12, 14, 16, -4, -5,-17,-23, -8, 10; /M: SY='K'; M= -9, 5,-26, 2, 9,-25,-14, 3,-24, 18,-25,-11, 10,-13, 15, 18, 2, -4,-22,-25,-10, 11; /M: SY='P'; M= -6,-19,-37,-10, -1,-29,-18,-20,-19,-10,-29,-19,-18, 80,-10,-20, -7, -8,-27,-30,-29,-10; /M: SY='M'; M= -8,-23,-19,-31,-23, 1,-24, -9, 24,-15, 21, 45,-23,-23, -9,-14,-19, -8, 19,-22, -2,-16; /M: SY='D'; M= -9, 35,-20, 48, 12,-34, -9, -5,-34, -3,-27,-26, 14,-11, -2,-12, 6, -4,-23,-38,-20, 5; /M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-32,-23, 18,-31,-20, 21,-28, 36, 18,-27,-28,-22,-20,-26, -9, 13,-15, 6,-23; /M: SY='E'; M= -8, 9,-26, 12, 13,-27, -5, -4,-27, 5,-26,-17, 9, -6, 8, -1, 4, -5,-25,-29,-17, 10; /M: SY='T'; M= -4, -2,-18, -9, -8,-13,-14,-17, -7, -8, -9, -4, -1,-13, -8,-10, 7, 23, -3,-27,-11, -9; /M: SY='I'; M= -7,-29,-22,-35,-28, 1,-34,-25, 38,-25, 20, 22,-24,-24,-20,-24,-18, -7, 31,-23, -3,-27; /M: SY='K'; M= -9, -1,-27, -2, 10,-23,-16, -4,-23, 21,-17, -9, 1,-14, 8, 20, -8, -9,-19,-23,-11, 8; /M: SY='K'; M=-11, 1,-28, 2, 18,-28,-19, -4,-26, 26,-23,-11, 2,-10, 16, 23, -4, -7,-21,-24,-13, 16; /M: SY='R'; M=-14, 4,-28, 0, 3,-22,-17, 2,-27, 30,-25,-11, 11,-16, 7, 34, -7, -8,-22,-22, -7, 3; /I: MD=-15; /M: SY='L'; M= -7,-25,-15,-30,-23, 4,-28,-20, 23,-24, 25, 19,-22,-25,-18,-20,-20, -8, 17,-21, -3,-21; D=-2; /I: MD=-15; /M: SY='E'; M=-11, 10,-28, 13, 18,-24,-15, -3,-27, 12,-24,-17, 7, -7, 6, 7, -3, -8,-24,-17,-12, 11; D=-2; /I: I=-4; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; /M: SY='N'; M= -3, 10,-18, 6, 2,-22,-11, -6,-16, 0,-19,-12, 12,-13, 3, -4, 6, 4,-14,-30,-15, 2; D=-2; /I: DM=-15; /M: SY='G'; M=-10, -8,-24,-11,-13,-13, 17, 0,-27, -9,-19,-12, 0,-21,-10, -1, -6,-13,-22,-12, -6,-13; D=-2; /I: DM=-15; /M: SY='Q'; M= -8, -2,-27, -2, 8,-21,-19, 3,-21, 14,-18, -8, 0,-14, 15, 15, -4, -6,-20,-18, -2, 10; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='Q'; M= -7, -3,-25, -3, 5,-21,-18, -5,-18, 4,-16, -9, -2, -9, 8, 5, 0, 1,-16,-19,-10, 6; /M: SY='S'; M= 1, 8,-16, 9, 6,-22, -9, -9,-21, -3,-24,-18, 9,-10, 0, -7, 22, 15,-13,-36,-17, 3; /I: I=-6; MI=0; IM=0; DM=-30; MD=-30; /M: SY='M'; M= -3,-20,-24,-21,-13, -3,-21,-14, -1, -8, 1, 3,-17, -2,-11, -5,-13, -8, -2,-18, -4,-14; /M: SY='E'; M= -7, 1,-28, 4, 20,-24,-12, -4,-22, 4,-17,-12, -1, -9, 12, -1, -2, -9,-23,-19,-12, 16; /M: SY='E'; M=-11, 17,-28, 25, 34,-32,-14, 1,-28, 5,-23,-17, 8, -6, 19, -2, 3, -8,-28,-31,-18, 27; /M: SY='F'; M=-17,-28,-16,-36,-28, 60,-30,-18, 2,-27, 10, 1,-20,-29,-34,-19,-18, -7, 2, 3, 25,-28; /M: SY='L'; M= -4,-15,-18,-16, -4, -9,-22,-13, 1, -8, 5, 4,-14,-19, -5, -6, -8, -4, 1,-23, -7, -5; /M: SY='D'; M= -5, 13,-26, 16, 14,-27,-15, -3,-23, 8,-19,-14, 6,-11, 9, 1, -2, -8,-20,-27,-13, 11; /M: SY='D'; M=-17, 45,-29, 64, 19,-38,-10, 2,-38, 0,-29,-28, 18,-10, 0,-10, 0,-10,-29,-39,-19, 10; /M: SY='I'; M= -5,-28,-20,-34,-27, 16,-30,-25, 25,-25, 17, 12,-23,-25,-25,-23,-17, -7, 23,-16, 2,-26; /M: SY='R'; M=-11, 1,-25, -3, 5,-17,-17, 0,-13, 4,-13, -2, 5,-17, 6, 8, -6, -8,-14,-20,-10, 5; /M: SY='L'; M= -9,-21,-21,-22,-12, -1,-27,-15, 8,-17, 30, 13,-21,-24, -6,-11,-20, -5, 2,-21, -3, -9; /M: SY='I'; M= -9,-27,-23,-34,-25, 2,-31,-19, 34,-23, 24, 32,-22,-22,-14,-21,-21, -9, 22,-21, -1,-22; /M: SY='F'; M=-11,-27,-12,-32,-26, 28,-29,-21, 8,-25, 11, 3,-23,-25,-28,-20,-18, -7, 8, -4, 11,-25; /M: SY='Q'; M= -5, 4,-24, 2, 4,-23,-14, 2,-21, 6,-21,-11, 7,-13, 10, 4, 4, 1,-18,-22,-10, 6; /M: SY='N'; M= -6, 37,-20, 20, 0,-21, -1, 7,-20, -1,-28,-20, 52,-19, -1, -2, 9, -1,-28,-38,-20, 0; /M: SY='C'; M= 20,-12, 31,-21,-16,-15,-12,-22,-17,-17,-15,-14,-10,-20,-16,-21, 7, 2, -4,-31,-20,-16; /M: SY='Y'; M=-11,-13,-27,-16, -8, -8,-24, -3, -4, -2, -4, 0, -9,-21, 1, 4,-13,-10, -6, -6, 6, -5; /M: SY='T'; M= -5, -9,-21,-17,-12, -8,-24,-17, 5, -7, -2, 2, -4,-16, -7, -9, -2, 9, 3,-24, -6,-11; /M: SY='Y'; M=-16,-20,-25,-23,-20, 33,-27, 5, 0,-15, 0, -1,-16,-27,-16,-13,-13, -6, -6, 14, 52,-20; /M: SY='N'; M=-11, 33,-22, 19, -1,-20, 1, 12,-22, -2,-28,-19, 47,-20, -1, -2, 6, -3,-29,-35,-13, -1; /M: SY='G'; M= -4, -2,-27, 0, -1,-25, 9,-13,-25, -4,-20,-13, -2, -6, -6, -4, -1, -7,-20,-25,-20, -4; /M: SY='P'; M= -7, -2,-31, 4, 9,-27, -6,-10,-27, 2,-25,-18, -4, 18, -1, -2, -3, -9,-25,-26,-19, 1; /M: SY='D'; M= -8, 15,-27, 19, 9,-31, 6, -3,-31, -3,-26,-19, 10,-10, 4, -7, 3, -7,-26,-30,-19, 6; /M: SY='S'; M= 3, -2,-18, -2, 0,-21, -9, -3,-20, -7,-25,-16, 3, 2, -1, -6, 20, 12,-14,-34,-16, -2; /M: SY='E'; M= -7, -7,-25, -5, 5,-14,-16,-10,-10, -7, -5, -6, -9,-16, -3, -6, -7, -9, -8,-19,-10, 1; /M: SY='I'; M= -8,-27,-22,-32,-27, 7,-33,-22, 30,-23, 12, 11,-22,-25,-22,-22,-14, -5, 27,-16, 7,-27; /M: SY='Y'; M=-10,-13,-23,-16,-15, 4,-23, -3, -1, -4, -5, -2,-11,-23,-10, -6, -9, 0, -1, -4, 26,-15; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 227 in 170 different sequences |
Number of true positive hits | 227 in 170 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 8 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 96.60 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
Maximum number of repetitions [info] | 6 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | K_Hofmann |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | Bromodomain |
Version [info] | 5 |
Cross-references [info]