PROSITE entry PS50044
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | SIGMA54_3 |
| Accession [info] | PS50044 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-NOV-1997 CREATED;
07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00593 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Sigma-54 factors family profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=127; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=122; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.2102000; R2=0.0123554; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5750.9355469; R2=13.4510736; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=671; H_SCORE=14777; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=510; H_SCORE=12611; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='W'; M=-17,-33,-46,-34,-27, 4, -9,-27,-22,-19,-22,-20,-31,-28,-19,-19,-33,-27,-30,122, 21,-19; /M: SY='L'; M= -5,-28,-19,-31,-21, 20,-27,-20, 13,-28, 36, 13,-26,-28,-23,-20,-24, -9, 7,-14, 3,-21; /M: SY='I'; M= -4,-16,-21,-20,-13, -9,-17,-22, 11,-18, 2, 2,-12,-18,-14,-19, -3, 3, 11,-26,-10,-15; /M: SY='R'; M=-14, -3,-30, -2, 11,-26,-20, -5,-30, 37,-25,-11, 0,-13, 11, 43, -9,-10,-21,-21,-11, 9; /M: SY='S'; M= 23, -1,-11, -7, -4,-19, -1,-13,-16, -9,-21,-16, 5,-11, -4,-13, 26, 14, -7,-32,-19, -4; /M: SY='L'; M= -9,-30,-19,-31,-22, 8,-31,-22, 23,-29, 42, 19,-29,-29,-21,-21,-26, -9, 17,-21, -1,-22; /M: SY='E'; M=-15, 18,-30, 28, 31,-34,-17, 7,-31, 8,-23,-17, 7, -8, 20, 6, -1,-10,-29,-30,-15, 25; /M: SY='Q'; M= -4, -2,-24, -2, 12,-30,-14, 1,-22, 9,-21, -8, 1,-12, 30, 16, 7, -3,-22,-25,-13, 20; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='A'; M= 7, -1,-22, -7, -2,-19, -5, -2,-20, 3,-18, -9, 5,-15, 5, 3, 1, -7,-17,-22,-12, 1; /M: SY='D'; M= -8, 14,-27, 20, 17,-30,-15, -3,-29, 13,-23,-17, 5,-10, 10, 12, -1, -6,-23,-28,-15, 13; /M: SY='T'; M= -1, 0,-11, -9, -9,-11,-20,-19,-11, -6,-11,-10, 0,-10, -9, -8, 18, 46, -1,-29,-10, -9; /M: SY='I'; M=-10,-30,-25,-35,-25, 5,-35,-25, 36,-30, 34, 20,-25,-25,-20,-25,-25,-10, 21,-20, 0,-25; /M: SY='L'; M= -9,-25,-19,-28,-19, 6,-27,-17, 17,-25, 39, 24,-25,-26,-16,-17,-24, -4, 9,-21, -1,-17; /M: SY='R'; M=-15, -5,-30, -5, 5,-25,-20, -5,-30, 40,-25,-10, 0,-15, 10, 50,-10,-10,-20,-20,-10, 5; /M: SY='V'; M= -1,-24,-12,-27,-26, -2,-29,-28, 24,-19, 7, 7,-23,-25,-25,-19, -5, 9, 38,-29, -9,-26; /M: SY='A'; M= 35,-12,-12,-20,-12,-17, -6,-20, -3,-13, -9, -7, -9,-12,-11,-19, 10, 2, 5,-24,-17,-12; /M: SY='S'; M= 3, -2,-16, -7, -4,-18,-11, -9,-15, -1,-19,-11, 5,-15, 0, 6, 14, 10, -7,-30,-15, -3; /M: SY='C'; M= -2, -6, 18, -7, 12,-23,-22,-14,-21, -7,-16,-14,-10,-17, -2,-11, -3, -8,-12,-34,-21, 5; /M: SY='I'; M=-10,-30,-26,-36,-26, 4,-36,-26, 39,-30, 31, 20,-24,-24,-20,-26,-24,-10, 23,-20, 0,-26; /M: SY='V'; M= -2,-30,-14,-31,-29, 1,-31,-29, 32,-22, 14, 12,-29,-29,-28,-21,-13, -2, 44,-28, -8,-29; /M: SY='R'; M= -7, -2,-26, 0, 19,-23,-18, -4,-25, 14,-18,-13, -1,-11, 12, 26, -1, -3,-20,-24,-14, 13; /M: SY='H'; M=-16, -3,-30, -3, 8,-28,-20, 33,-26, 11,-20, -3, 3,-16, 29, 27, -6,-13,-27,-23, -1, 15; /M: SY='Q'; M=-10, 0,-30, 0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20, 0, 0,-10, 60, 10, 0,-10,-30,-20,-10, 40; /M: SY='D'; M= -2, 13,-24, 17, 8,-30,-11, -6,-28, 13,-25,-17, 6,-11, 6, 9, 3, -5,-19,-28,-16, 6; /M: SY='G'; M= 13, 9,-22, 10, -1,-28, 14,-12,-27, -8,-22,-19, 5,-13, -8,-15, 4, -8,-19,-27,-23, -4; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='F'; M=-14,-30,-20,-34,-24, 38,-30,-20, 12,-30, 34, 12,-26,-30,-28,-20,-26,-10, 6, -8, 12,-24; /M: SY='D'; M= -4, 6,-22, 11, 8,-20,-17,-11,-11, -8, -6, -9, -3,-13, -4,-13, -2, -3, -8,-30,-14, 2; /M: SY='H'; M=-14, -3,-28, -7, -1, -9,-21, 25,-17, 3,-14, -2, 4,-18, 8, 3, -9,-12,-19,-19, 7, 2; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='P'; M= -1,-14,-24,-10, 1,-19,-20,-17, -7, -5,-12, -9,-15, 11, -9, -7, -6, -6, -1,-28,-19, -6; /M: SY='E'; M= 2, 1,-24, 3, 17,-25,-10, -7,-21, 2,-18,-14, 0, -9, 8, 2, 5, -4,-17,-27,-17, 11; /M: SY='H'; M= 11, -6,-21,-11, -7,-15, -7, 32,-20,-11,-15, -6, -1,-16, -3,-11, 1, -9,-15,-22, 2, -7; /M: SY='L'; M=-10,-26,-20,-30,-20, 6,-26,-12, 20,-22, 38, 37,-26,-26,-12,-16,-26,-10, 10,-20, 0,-16; /M: SY='R'; M=-14, -9,-28, -9, 0,-21,-21, -7,-23, 31,-20, -8, -3,-18, 6, 47,-10, -9,-12,-21,-10, 0; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20, 9,-29,-17, 20,-27, 46, 25,-29,-29,-17,-19,-29,-10, 10,-20, 0,-19; /M: SY='T'; M= -2, 0,-14, -9,-14,-10,-17,-15, 2,-12, -9, -6, 6,-19,-13,-12, 8, 15, 9,-33,-13,-14; /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20, 9,-29,-18, 20,-28, 47, 24,-29,-29,-18,-19,-29,-10, 10,-20, 0,-19; /M: SY='R'; M=-12, -4,-29, -3, 13,-23,-19, 5,-29, 23,-21,-11, 0,-14, 11, 39, -6,-10,-21,-23,-11, 9; /M: SY='D'; M= -9, 19,-26, 27, 23,-28,-16, 1,-26, 0,-20,-18, 6, -8, 4, -6, 2, -2,-21,-32,-15, 13; /M: SY='V'; M= -4,-30,-18,-34,-30, 0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='D'; M=-11, 19,-27, 30, 21,-30, -9, -4,-28, -2,-19,-19, 6,-10, 6, -8, 1, -7,-24,-33,-18, 13; /M: SY='A'; M= 22, -4, -4, -7, 11,-23,-11,-14,-18, -5,-14,-14, -7,-10, -2,-14, 5, -1,-11,-27,-20, 4; /M: SY='I'; M= -7,-30,-21,-33,-26, 4,-33,-26, 32,-27, 30, 17,-27,-27,-23,-23,-22, -7, 27,-23, -3,-26; /M: SY='G'; M= -5, 2,-28, 6, 6,-31, 23,-10,-34, -2,-28,-19, 3,-13, 0, -7, 3,-12,-27,-26,-23, 3; /M: SY='M'; M=-10,-25,-20,-30,-20, 5,-25,-10, 20,-20, 34, 41,-25,-25,-10,-15,-25,-10, 10,-20, 0,-15; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='E'; M= -3, 5,-29, 13, 47,-29,-18, -4,-27, 6,-20,-19, -3, 8, 14, -4, 0, -9,-27,-29,-21, 30; /M: SY='S'; M= 10, 0,-10, 0, 0,-20, 0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10, 0,-10, 40, 20,-10,-40,-20, 0; /M: SY='T'; M= 0, 0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10, 0,-10,-10,-10, 20, 50, 0,-30,-10,-10; /M: SY='I'; M= -5,-30,-20,-35,-30, 0,-35,-30, 40,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 40,-25, -5,-30; /M: SY='S'; M= 10, 0,-10, 0, 0,-20, 0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10, 0,-10, 40, 20,-10,-40,-20, 0; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='V'; M= 19,-23,-10,-26,-23, -7,-19,-26, 15,-16, 3, 3,-23,-23,-23,-20, -3, 0, 31,-26,-14,-23; /M: SY='T'; M= -2, -8,-13,-17,-15, -7,-24,-23, 4,-14, -3, -3, -7,-14,-14,-14, 10, 35, 10,-28, -8,-15; /M: SY='S'; M= 13, 0,-13, -6, -4,-18, -8,-14,-16, -4,-19,-14, 4,-11, -4, -8, 20, 20, -7,-30,-16, -4; /M: SY='N'; M= -8, 14,-24, 5, -1,-25, 7, 0,-24, -1,-25,-14, 25,-17, 8, 2, 5, -2,-26,-29,-18, 3; /M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10, 0,-12, 10, 38,-10,-10,-20,-20,-10, 8; /M: SY='Y'; M=-16,-20,-25,-23,-20, 26,-28, 6, 3,-14, 7, 8,-19,-27,-13,-12,-17, -4, -4, 12, 50,-19; /M: SY='M'; M=-10,-26,-23,-33,-24, 1,-30,-16, 31,-20, 22, 34,-21,-22,-12,-18,-20, -9, 20,-21, -1,-20; /M: SY='Q'; M= 2, -9,-23,-10, 3,-19,-18, 7,-10, -6, -4, -1, -6,-15, 10, -3, -5, -8,-12,-23, -7, 5; /M: SY='T'; M= 1, 0,-10, -9, -9,-11,-19,-19,-11,-10,-11,-11, 1,-10, -9,-10, 21, 48, -1,-31,-11, -9; /M: SY='P'; M=-10,-14,-38, -7, 2,-30,-19,-15,-20, -7,-29,-18,-13, 72, -2,-15, -8, -9,-30,-30,-27, -4; /M: SY='R'; M=-17,-10,-27,-12, -4,-13,-21, 0,-22, 19,-15, -5, -3,-20, 5, 49, -8, -3,-15,-16, -1, -4; /M: SY='G'; M= -2,-10,-30,-10,-18,-29, 60,-18,-39,-15,-29,-19, 0,-20,-17,-10, -1,-19,-29,-20,-28,-18; /M: SY='L'; M= 0,-22,-17,-27,-20, 0,-26,-23, 17,-23, 22, 10,-21,-23,-18,-20,-12, 4, 15,-23, -5,-20; /M: SY='F'; M=-17,-29,-23,-36,-27, 49,-32,-16, 11,-27, 16, 6,-21,-28,-30,-20,-21,-10, 5, 3, 28,-27; /M: SY='E'; M= -6, 2,-31, 11, 43,-29,-19, -6,-27, 4,-21,-19, -5, 18, 12, -6, -1, -9,-28,-29,-22, 26; /M: SY='L'; M=-11,-29,-20,-31,-21, 13,-29,-17, 19,-27, 43, 24,-28,-29,-19,-19,-28,-10, 9,-18, 2,-19; /M: SY='K'; M=-13, -3,-30, -3, 7,-27,-20, -7,-30, 44,-27,-10, 0,-13, 10, 41,-10,-10,-20,-20,-10, 7; /M: SY='Y'; M= 0,-19,-23,-23,-18, 19,-22, 2, -1,-14, 3, -1,-18,-24,-14,-15,-13, -7, -4, 10, 40,-18; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='S'; M= 9, -1,-11, -5, -5,-18, -1,-14,-18,-11,-23,-17, 5,-11, -5,-11, 30, 24, -8,-35,-18, -5; /M: SY='S'; M= 10, -6,-14, -8, -4,-18, -7,-11,-16, -3,-21,-14, 1,-14, -2, 4, 20, 8, -5,-31,-17, -4; /M: SY='H'; M= 6, -3,-20, -5, -2,-22, -4, 22,-23, -5,-23,-11, 4,-14, 1, -6, 10, -2,-17,-29, -7, -2; /M: SY='V'; M= 1,-28,-18,-33,-28, -2,-31,-29, 34,-23, 12, 12,-24,-24,-24,-24,-12, -4, 38,-25, -7,-28; /M: SY='S'; M= 3, 4,-21, 5, 5,-26, 8, -8,-25, -7,-27,-18, 8, -9, 3, -9, 16, 1,-20,-32,-21, 4; /M: SY='T'; M= 10, -2,-11, -8, -7,-16, -7,-17,-15,-10,-17,-14, 2,-10, -7,-12, 24, 30, -5,-31,-16, -7; /M: SY='D'; M= 7, 9,-19, 12, 11,-27, -9, -8,-21, -3,-20,-16, 3,-10, 5, -9, 11, 2,-14,-31,-18, 8; /M: SY='G'; M= -3, 4,-25, 8, 7,-28, 22,-11,-32, -8,-26,-20, 4,-12, -4,-12, 8, -5,-25,-29,-24, 2; /M: SY='G'; M= -4, -2,-30, 0,-13,-30, 48,-16,-37,-16,-30,-21, 4, -8,-16,-18, 0,-17,-30,-24,-28,-15; /M: SY='G'; M= -1, -8,-30, -7,-10,-30, 57,-17,-38,-16,-29,-19, 0,-18,-12,-17, 0,-19,-30,-21,-28,-11; /M: SY='E'; M= 2, 12,-25, 19, 35,-29,-13, -5,-27, 3,-20,-20, 2, -4, 9, -6, 4, -6,-23,-30,-20, 22; /M: SY='A'; M= 37,-11, -4,-19, -9,-22, -5,-20,-13,-11,-13,-11,-11, -2, -9,-20, 6, -2, -5,-23,-21, -9; /I: I=-6; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15; /M: SY='S'; M= 10, -4,-10, -4, -4,-18, -3,-13,-14,-11,-25,-16, 5,-12, -4,-11, 33, 17, -3,-38,-19, -4; /M: SY='S'; M= 21, 0,-13, -5, -2,-22, -2,-10,-16, -7,-22,-14, 6,-11, 2,-11, 22, 8,-10,-31,-19, 0; /M: SY='T'; M= -6, 4,-21, 4, 11,-16,-19, -7,-19, 1,-15,-14, 0,-10, 1, 1, 5, 14,-14,-24, -5, 5; /M: SY='A'; M= 38, -2,-12, -8, -6,-22, -1,-17,-14, -9,-15,-13, -4,-10, -8,-18, 13, 1, -4,-25,-20, -7; /M: SY='V'; M= -4,-27,-19,-31,-26, -1,-31,-27, 31,-24, 13, 12,-22,-24,-22,-23,-10, -3, 32,-26, -6,-26; /M: SY='R'; M=-16,-12,-28,-12, -2,-17,-21, -2,-19, 20, -9, 1, -5,-19, 9, 44,-12,-10,-14,-20, -8, 1; /M: SY='A'; M= 19, -1,-18, -5, -5,-19, -9, 11,-17, -9,-14, -9, -2,-13, -4,-13, 4, -1,-10,-23, -5, -6; /M: SY='L'; M=-14,-17,-24,-20,-12, 2,-25, 1, -2, -6, 9, 8,-12,-23, -8, 5,-17, -9, -4,-18, 3,-11; /I: I=-6; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15; /M: SY='I'; M= -8,-30,-22,-36,-28, 5,-35,-28, 38,-27, 22, 16,-24,-25,-24,-25,-19, -7, 31,-22, -2,-28; /M: SY='R'; M=-13, -4,-30, -3, 11,-26,-21, -5,-24, 31,-22, -8, -1,-12, 15, 32, -9,-10,-19,-21,-10, 11; /M: SY='K'; M= -4, 2,-25, -1, 8,-26,-11, -5,-25, 18,-23,-12, 5,-12, 11, 18, 0, -3,-20,-24,-14, 9; /M: SY='L'; M= -9,-25,-20,-29,-20, 5,-28,-17, 20,-24, 35, 24,-24,-25,-15,-18,-22, -3, 11,-21, -1,-18; /M: SY='I'; M= -9,-29,-27,-36,-29, 0,-35,-29, 35,-26, 12, 12,-23,-22,-21,-26,-18, -7, 25, -4, 1,-28; /M: SY='A'; M= 13, 11,-20, 8, 3,-26, -1, -7,-20, -5,-19,-13, 8,-12, 0,-11, 6, -4,-16,-28,-19, 2; /M: SY='A'; M= 25, -4,-17, -9, -1,-25, -7,-10,-16, -1,-15,-10, -4,-11, 8, -4, 7, -2,-10,-22,-17, 3; /M: SY='E'; M=-10, 9,-30, 18, 55,-30,-20, -1,-30, 14,-21,-19, 0, -1, 19, 3, -1,-10,-29,-29,-19, 37; /M: SY='B'; M= -8, 23,-24, 23, 5,-25,-10, -4,-20, 0,-24,-18, 21,-13, -1, -6, 6, -2,-19,-35,-17, 2; /I: I=-6; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15; /M: SY='P'; M= 0,-12,-30, -9, 2,-26,-16,-13,-22, 6,-23,-14,-10, 31, -1, 5, -5, -8,-21,-25,-21, -2; /M: SY='Q'; M= -2, 7,-22, 7, 5,-26,-14, -6,-23, 7,-20,-13, 3,-12, 9, 9, 4, 4,-16,-27,-14, 6; /M: SY='K'; M= -1, 12,-25, 9, 6,-27,-12, 0,-26, 21,-26,-14, 12,-12, 3, 9, -2, -7,-20,-27,-13, 4; /M: SY='P'; M= -7,-23,-31,-17, -9,-21,-23,-23, -4,-13,-17,-10,-23, 53,-16,-20,-10, -7, -6,-30,-23,-16; /M: SY='L'; M=-11,-29,-20,-30,-20, 15,-30,-14, 16,-29, 43, 17,-27,-30,-21,-19,-28,-10, 7,-18, 4,-20; /M: SY='S'; M= 10, 0,-10, 0, 0,-20, 0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10, 0,-10, 40, 20,-10,-40,-20, 0; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='D'; M= -3, 27,-23, 35, 11,-32, -7, -3,-29, -2,-26,-22, 14,-11, 4, -9, 10, -2,-22,-35,-19, 8; /M: SY='K'; M= 3, 3,-23, 2, 6,-25,-14,-11,-24, 18,-21,-13, 0,-10, 2, 11, 0, 0,-15,-24,-14, 4; /M: SY='I'; M=-10,-30,-27,-37,-27, 3,-37,-27, 42,-30, 28, 20,-23,-23,-20,-27,-23,-10, 24,-20, 0,-27; /M: SY='V'; M= 16,-22,-10,-25,-22, -7,-20,-26, 15,-16, 2, 2,-22,-22,-22,-19, -2, 4, 31,-27,-13,-22; /M: SY='D'; M=-10, 17,-26, 22, 17,-29, -9, -5,-29, 6,-24,-19, 9,-10, 5, 2, 3, -1,-23,-31,-17, 11; /M: SY='L'; M=-10,-24,-23,-26,-16, -1,-29,-16, 16,-17, 26, 17,-22,-24, -8,-10,-21, -9, 9,-21, -3,-13; /M: SY='L'; M= 2,-26,-18,-28,-18, 4,-24,-20, 14,-26, 38, 14,-26,-26,-18,-20,-22, -8, 8,-20, -4,-18; /M: SY='K'; M= -6, -2,-27, -1, 11,-22,-13, -5,-26, 23,-23,-12, -2,-12, 6, 16, -4, -8,-20,-18, -6, 8; /M: SY='E'; M= -3, 2,-24, 6, 14,-23,-13, -8,-21, 4,-13,-12, -2,-12, 3, 3, -3, -5,-16,-26,-15, 8; /M: SY='Q'; M= 12, -1,-21, -2, 10,-29, -7, -5,-19, -1,-19,-10, -1, -9, 20, -5, 8, -3,-18,-24,-17, 15; /I: I=-6; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='I'; M= -3,-28,-23,-35,-27, 4,-33,-27, 34,-26, 18, 14,-22,-23,-22,-25,-16, -7, 27,-20, -2,-27; /M: SY='D'; M=-13, 9,-27, 17, 6,-28,-18, -4,-18, 1,-17, -7, 0, -8, 10, 1, -5, -8,-13,-29,-14, 7; /M: SY='I'; M= -7,-30,-22,-35,-29, 1,-35,-29, 39,-27, 21, 17,-25,-25,-23,-25,-18, -7, 34,-23, -3,-29; /M: SY='A'; M= 46, -9,-10,-18, -9,-20, 0,-19,-11,-10,-12,-11, -8,-10, -9,-19, 13, 2, -1,-22,-20, -9; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 31 in 31 different sequences |
| Number of true positive hits | 30 in 30 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 1 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 96.77 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | K_Hofmann |
| Version [info] | 7 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
30 sequences
RP54_ACIFI (P24695), RP54_ACIGI (P33983), RP54_AZOC5 (P33984), RP54_AZOVI (P08623), RP54_BACSU (P24219), RP54_BRADU (P30332), RP54_CAUVC (Q03408), RP54_CERSP (Q01194), RP54_CLOK5 (P38944), RP54_CUPNH (P28615), RP54_ECOLI (P24255), RP54_HELPJ (Q9ZLC8), RP54_HELPY (P56143), RP54_KLEOX (P06223), RP54_PSEAB (A0A0H2ZGR9), RP54_PSEAE (P49988), RP54_PSEPK (P0A171), RP54_PSEPU (P0A172), RP54_RHIET (P49989), RP54_RHIME (P17263), RP54_RHIML (P33985), RP54_RHOCA (P0CY59), RP54_RHOCB (D5ANH9), RP54_SALTY (P26979), RP54_SHEVD (Q9S0L2), RP54_SINFN (P22881), RP54_TREPA (O83149), RP54_VIBAN (O08429), RP54_XANEU (P77998), RP55_BRADU (P30333)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences |
1 sequence
PK23_MEIRD (M9XB82) |
| PDB [Detailed view] |
15 PDB
2MT3; 5NSR; 5NSS; 6GFW; 6GH5; 6GH6; 8F1I; 8F1J; 8F1K; 8RE4; 8REA; 8REB; 8REC; 8RED; 8REE » more |