We are deeply saddened by the passing of Amos Bairoch (1957–2025), the creator of PROSITE. We wish to dedicate our latest paper, published shortly before his death, to him. He will always be a source of inspiration to us.
Our deepest condolences go out to his family and friends, and to all those who had the privilege of working with him. Rest in peace, Amos. Your work will live on long after you are gone.

PROSITE entry PS50093

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50093

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	PKD
Accession [info]	PS50093
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50093
Associated ProRule [info]	PRU00151

Name and characterization of the entry

Description [info]

Polycystic kidney disease (PKD) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX'; LENGTH=85; TOPOLOGY=LINEAR;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=9; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4193000; R2=0.0192000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3174.5544434; R2=4.8423915; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=421; H_SCORE=5213; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=317; H_SCORE=4710; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; I=-20; D=-20;

...

                A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X
/I:         B1=0;
/M: SY='P';  M=  0, -7, -6, -4,-12, -3,  0, -3, -7, -5, -3, -5, -4, -8, 11, -3, -4,-10, -8, -7, -6, -2, -3;
/M: SY='P';  M= -3, -7, -5, -6,-12, -6, -5, -5, -8, -4, -7, -5, -5, -6, 10, -4, -4, -2, -6, -4, -7, -6, -4;
/M: SY='L';  M=  0, -3, -3, -6, -7, -4, -4, -7, -4,  0,  1, -3,  0, -1, -8, -2,  0, -7,  0,  0, -4, -4, -2;
/M: SY='A';  M=  5, -6, -3, -6, -8,  0, -3, -1, -5, -2, -4, -4,  0, -8,  0,  0, -2, -9, -6, -2, -5, -2, -2;
/M: SY='V';  M= -4, -4, -8, -9, -8, -8, -8,-11, -5,  2,  0, -4,  0,  6, -5, -5, -2, -3,  6,  4, -9, -8, -4;
/M: SY='I';  M=  0, -8, -6,-11, -9, -5, -8, -8, -8,  6,  0, -7,  2, -2, -7, -2, -1, -1, -1,  4, -8, -7, -3;
/M: SY='A';  M=  3, -3,  2, -2, -8, -2, -2,  3, -1, -9, -8, -1, -5, -9, -5,  2,  0,-10, -6, -6,  0, -2, -2;
/M: SY='S';  M=  2, -5,  3, -2, -6, -3, -3,  0, -5, -3, -7, -5, -4, -6, -6,  6,  1,-13, -7, -1,  0, -3, -2;
/M: SY='P';  M= -3, -5,  0,  0,-10, -4, -1, -6, -5, -6, -8, -4, -6, -4,  8,  0,  0,-11, -6, -5,  0, -3, -3;
/M: SY='N';  M= -2,  2,  5,  0, -7,  0, -1, -4, -1, -7, -8,  1, -5, -5, -6,  4,  4,-10, -1, -6,  2, -1, -2;
/M: SY='S';  M=  1,  0,  1,  0, -7,  0,  0, -2, -4, -9,-12,  1, -7, -9,  1,  9,  3,-13, -7, -6, -1,  0, -1;
/M: SY='G';  M=  1, -3, -2, -5, -9, -6, -6, 11, -7, -9, -7, -5, -5, -8, -7,  0, -2, -9, -8, -4, -4, -6, -3;
/M: SY='T';  M=  2, -4, -1, -3, -7, -3, -3, -7, -7, -1, -3, -2, -2, -6, -4,  1,  5,-10, -4,  0, -1, -3, -1;
/M: SY='V';  M=  3, -7, -6, -7,  0, -6, -4, -7, -8,  0,  0, -6, -1, -4, -8,  0,  0,-12, -6,  5, -6, -5, -3;
/M: SY='N';  M= -2, -2,  3,  0,-11, -1,  1,  1, -3,-10,-10,  0, -7,-10,  2,  0, -1,-11, -8,-10,  1,  0, -3;
/M: SY='E';  M= -4, -1, -4, -2,-10,  2,  5,-10, -3, -1,  2,  0,  0, -6, -5, -5, -4, -9, -3, -3, -3,  3, -4;
/M: SY='S';  M= -1,  0,  2,  1, -7,  1,  5, -5, -3, -8, -9,  3, -6, -8, -3,  5,  4,-12, -6, -6,  2,  3, -2;
/M: SY='V';  M=  0, -9, -9,-13, -1, -9,-11,-12,-11, 10,  3, -9,  3, -1,-10, -4, -1,-11, -3, 12,-10,-11, -4;
/M: SY='T';  M= -1,  0,  0, -3, -6, -2, -2, -7, -6, -3, -4,  0, -2, -5, -6,  2,  8,-11, -4,  0,  0, -2, -2;
/M: SY='F';  M= -8, -8, -9,-17, -8,-16,-12,-13, -8,  1,  6,-13,  1, 31,-13, -9, -4,  2, 11,  0,-13,-12, -4;
/M: SY='S';  M= -1, -2,  1,  1, -8, -1,  0, -5, -2, -7, -9,  0, -6, -5, -6,  6,  5,-10,  0, -5,  0, -1, -1;
/M: SY='D';  M=  2, -6,  0,  4,-10, -3, -1,  4, -5,-12,-11, -4, -9,-11, -6,  2, -2, -6, -7, -8,  2, -2, -3;
/M: SY='E';  M= -2,  0,  2,  1, -9,  3,  7, -7, -2, -7, -8,  1, -5,-10, -4,  3,  2,-13, -6, -6,  2,  5, -3;
/M: SY='S';  M=  0, -4,  1,  0,-13,  4,  4,  2, -4,-13,-11, -3, -7,-15, -7,  4, -2,-16,-11,-12,  0,  4, -4;
/M: SY='T';  M=  5, -4,  1, -5, -8, -3, -3, -7, -5,-10,-11, -5, -8,-10, -7, 13, 16,-20, -8, -3, -1, -3,  0;
/M: SY='G';  M= -3, -9,  0, -4,-18,-11,-10, 25,-10,-21,-16, -8,-11,-12,-12, -1, -8,-11,-10,-15, -4,-10, -6;
/M: SY='D';  M= -5, -4,  8, 14,-14, -2,  1, -1, -4,-18,-16, -3,-13,-13, -8,  7,  2,-22,-10,-12, 11,  0, -4;
/M: SY='P';  M= -5,-11,  0,  5,-25, -3,  4,-11, -9,-18,-23, -4,-16,-23, 36,  0, -4,-26,-20,-22,  0, -1, -7;
/I:         MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; I=-10;
/M: SY='V';  M=  2,-11,-14,-18,-14,-12,-13,-19,-14,  7,  0, -8,  3, -3,-17, -3,  3,-17,  0, 14,-14,-13, -6;
/M: SY='S';  M=  9, -9, -4,-11,-12, -7, -8, -7, -9, -7, -8,-10, -6,-12,-14, 10,  6,-26,-12,  0, -8, -8, -3;
/M: SY='Y';  M=-17,-10,-22,-27,-29,-18,-22,-25, -6, -5, -3,-14, -5, 28,-27,-20,-10, 45, 40, -9,-24,-20,-11;
/M: SY='T';  M= -8,  6,  0, -2,-13,  3,  2,-18, -8,-16, -9,  1, -7,-17,-14,  0,  4,-26,-11,-12, -1,  2, -7;
/M: SY='W';  M=-18,-19,-35,-37,-44,-20,-28,-20,-27,-14,-15,-20,-15, 13,-27,-35,-26,125, 26,-23,-36,-20,-17;
/M: SY='D';  M= -6, -9, 15, 27,-19, -3,  5, -8, -5,-23,-20, -5,-19,-24,-11,  9,  6,-34,-16,-17, 23,  1, -5;
/M: SY='F';  M=-14,-18,-21,-35,-19,-28,-25,-29,-19,  9, 15,-26,  8, 46,-27,-19, -8, -3, 16,  7,-28,-24,-10;
/M: SY='G';  M=  1,-17,  1, -7,-27,-15,-12, 44,-17,-31,-26,-15,-18,-27,-12,  2,-13,-23,-26,-23, -6,-14, -8;
/M: SY='D';  M=-13, -9, 14, 51,-28,  1, 17, -6, -2,-35,-27, -1,-25,-36,-10,  1, -7,-36,-19,-27, 37,  9, -9;
/I:         MD=-21;
/M: SY='g'; D=-4;  M=  0,-13,  2, -5,-27,-13,-11, 51,-15,-35,-28,-12,-18,-27,-17,  1,-15,-21,-26,-27, -5,-12, -9;
/I:         MD=-21;
/M: SY='s'; D=0;  M=  3, -8,  2, -2,-15,  1,  4, -7, -9,-14,-16, -6,-12,-18,-11, 16, 10,-30,-16, -9,  0,  3, -3;
/I:         MD=-21;
/M: SY='s'; D=0;  M=  5, -7, -2, -6,-17, -3, -5, -3,-11,-15,-17, -3,-11,-15,-12,  9,  4,-16, -8, -8, -4, -4, -4;
/I:         MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; I=-5;
/M: SY='s'; D=-4;  M=  4, -7, -2,-10,-14, -7, -7, -5,-13,-12,-10, -8, -9, -9,-14, 12,  8,-26,-11, -6, -8, -7, -3;
/I:         DM=-21;
/M: SY='T';  M= -3,  2,  7,  0,-21,  0,  0, -8, -8,-19,-21, -1,-14,-21, -3,  8,  6,-30,-17,-15,  2, -1, -6;
/M: SY='E';  M= -2, -5,  4,  5,-19, 10, 23,  0, -4,-27,-21,  0,-16,-28, -9,  1, -9,-27,-21,-26,  4, 16, -9;
/M: SY='P';  M= -2, -8,-11, -9,-28, -2,  0,-18, -6,-16,-19, -1,-10,-23, 28, -4, -3,-26,-16,-16,-11, -3, -7;
/M: SY='N';  M= -2, -1,  8, -4,-19, -4, -2,-14, -1,-13,-15,  0, -9,-10,-16,  2,  3,-24, -6, -9,  2, -3, -7;
/M: SY='V';  M=  5,-19,-20,-21,-19,-19,-15,-20,-23,  2, -7,-15, -4, -8, 11, -4, -1,-25,-15,  9,-21,-18, -7;
/M: SY='T';  M= -2, -5,  8,  0,-16, -1,  3,-14, -9,-13,-15, -2,-10,-16,-11, 13, 20,-31,-13, -8,  5,  0, -4;
/M: SY='H';  M=-17, -1,  4, -5,-27,  4, -3,-21, 76,-22,-15, -8,  3,-13,-20,-11,-17,-27, 16,-21, -4, -3,-10;
/M: SY='T';  M=  1, -7, -3,-13,-15, -7,-10,-18,-16, -1, -9, -7, -5,-12,-15,  9, 16,-28,-11,  4, -7, -9, -4;
/M: SY='Y';  M=-20,-11,-20,-23,-28,-14,-21,-30, 13,  0,  1,-13,  0, 37,-30,-20,-10, 26, 72, -8,-21,-21,-10;
/M: SY='L';  M=  1, -9, -4, -9,-19, -6, -7,-11,-13, -8, -6,-10, -5,-15, -6,  0,  1,-27,-14, -5, -6, -7, -6;
/M: SY='S';  M=  1,  6,  0,  0,-19,  0,  1,-13,-10,-19,-15,  4,-11,-19,-12,  6,  5,-27,-13,-11,  0,  0, -5;
/M: SY='P';  M=  9,-10, -8,-10,-23, -6, -2,-12,-16,-15,-19, -4,-13,-22, 23,  2,  0,-27,-21,-12, -9, -6, -5;
/M: SY='G';  M=  2,-18,  0, -9,-28,-14,-17, 60,-18,-37,-28,-17,-18,-30,-18,  0,-18,-20,-28,-28, -9,-15, -9;
/M: SY='T';  M= -4, -5,  2,  3,-18, -2,  6,-16,-10,-15,-14, -4,-13,-18, -6,  9, 14,-31,-15,-10,  4,  1, -5;
/M: SY='Y';  M=-18,-13,-18,-24,-17,-18,-22,-29,  9, -2,  0,-16,  0, 35,-30,-18,-10, 14, 54, -5,-21,-22,-10;
/M: SY='T';  M= -4, -3, -3, -8,-18, -4, -3,-18, -4,-12, -8, -6, -6,-13, -9,  6, 17,-28, -8, -8, -5, -4, -4;
/M: SY='V';  M=  0,-20,-26,-29,-13,-24,-25,-28,-26, 27, 17,-21, 11,  1,-26,-13, -3,-25, -7, 35,-27,-25, -9;
/M: SY='T';  M=  0,  4,  3, -5,-15,  3, -1,-14,-10,-16,-17,  2,-10,-17,-11, 13, 21,-27,-12, -9,  0,  0, -3;
/M: SY='L';  M= -4,-18,-27,-28,-16,-20,-21,-26,-20, 20, 33,-24, 17,  5,-27,-21, -6,-21, -3, 19,-27,-20, -9;
/M: SY='T';  M= -2, -5,  1, -7,-15, -8, -7,-12,-14, -8, -9, -6, -7,-12,-14,  7, 18,-28,-12, -1, -2, -8, -4;
/M: SY='A';  M= 19,-19,-20,-24,-11,-18,-18,-16,-23, 10,  6,-16,  2, -7,-20, -3, -1,-23,-12, 21,-20,-18, -5;
/M: SY='S';  M=  8, -9,  4, -5,-10, -4, -5, -2,-11,-13,-16, -8,-10,-14,-10, 20, 18,-28,-14, -6,  0, -5, -1;
/M: SY='N';  M= -8, -4, 33, 24,-18,  0,  3, -3,  2,-20,-22, -2,-17,-20,-14,  7,  0,-34,-16,-22, 29,  1, -7;
/M: SY='S';  M=  3, -6,  6, -1,-18, -4, -3, -4, -2,-16,-16, -6,-12,-17, -1,  6,  1,-26,-14,-14,  1, -4, -5;
/M: SY='V';  M=  8,-13,-10,-16,-13,-13,-11,-11,-17,  2, -2,-10, -1, -6,-17, -2, -2,-20,-10,  9,-12,-12, -6;
/M: SY='G';  M=  1,-12,  5, -3,-20, -9, -7, 35,-12,-28,-25,-12,-17,-23,-13, 10, -5,-24,-22,-21, -2, -8, -6;
/M: SY='S';  M=  0, -5,  3, -5,-18, -2, -3,  0, -2,-17,-16, -7,-11,-11,-14,  5, -2,-14, -9,-15, -2, -3, -6;
/I:         MI=-28; MD=-10; IM=-28; I=-8;
/M: SY='t'; D=15;  M=  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  2, -1,  0,  0,  0,  0,  0;
/I:         DM=-10;
/M: SY='a'; D=-5;  M= 10, -9, -2,-14,-13,-10,-11,-10,-12,  0, -2, -9, -1, -5,-15,  0, -1,-19, -9,  2, -7,-10, -4;
/I:         DM=-10;
/M: SY='T';  M=  4, -8,  6, -5,-11, -6, -6,-10, -6, -9,-11, -8, -8,-11,-12, 12, 17,-27,-10, -4,  1, -6, -2;
/M: SY='A';  M= 11, -7, -6,-10,-13, -5, -7,-11,-10, -4, -2, -7, -3,-10,-14,  0,  0,-17, -7,  0, -6, -7, -4;
/M: SY='T';  M= -2, -5,  3, -4,-14,  3,  0, -9, -8,-12,-13, -5, -8,-12,-10, 11, 14,-22, -9,-10,  0,  1, -3;
/M: SY='K';  M=  2, -4, -7,-11,-15, -6, -7,-15, -5, -6, -6,  0, -3, -7,-14,  0,  3,-14,  1,  0, -8, -7, -4;
/M: SY='T';  M= -5, -4,  9,  6,-16, -1,  2,-11, -1,-15,-14, -2,-11,-16, -5,  6, 10,-27,-10,-13,  8,  0, -4;
/M: SY='V';  M= -2,-11, -8,-15,-13,-16,-17,-16,-17, 11,  1,-11,  2, -5,-20, -5,  0,-24, -9, 19,-12,-17, -7;
/M: SY='T';  M= -3, -6, -6, -7,-10, -4, -5,-17, -7, -6, -6, -7, -5, -7,-14,  0,  5,-17,  0, -3, -6, -5, -5;
/M: SY='V';  M=  0,-14,-20,-21,-12,-18,-17,-23,-22, 19,  4,-12,  5, -3,-20, -7, -1,-23, -8, 29,-20,-18, -7;
/M: SY='E';  M= -6, -2, -5, -6,-18,  4,  6,-18, -8, -7, -7, -3, -4, -6,-11,  0,  1,-18, -5, -5, -6,  5, -6;
/M: SY='V';  M=  3, -6,-13,-12,-14, -9, -3,-17,-15,  1, -4, -4, -2,-11,-10, -3, -3,-22,-12, 11,-13, -6, -6;
/M: SY='L';  M= -2,-10, -7, -4,-19, -3,  3,-14,-10, -8, -4, -8, -4,-13,  4,  0,  2,-23,-12, -9, -5,  0, -5;
/M: SY='V';  M= -2,-13, -5, -8,-17,-11, -8, -7,-14, -2, -1,-12, -3,-10,-11, -4, -2,-22,-12,  0, -6,-10, -7;
/M: SY='G';  M=  0, -3, -6,-11,-11,-10,-10,  4,-14,-14,-13, -6, -8,-15,-11,  0, -4,-22,-15, -6,-10,-11, -6;
/M: SY='G';  M= -1, -6,  0, -6,-18, -6, -5,  1, -9,-11,-11, -7, -5,-14, -3,  1,  0,-22,-14,-10, -4, -6, -6;
/M: SY='L';  M= -5, -5, -6, -7,-15, -5, -5,-13,-11, -2,  2, -8,  0, -8,-16, -4,  1,-21, -8,  0, -7, -5, -6;
/I:         E1=0;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_04 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	70 in 40 different sequences
Number of true positive hits	70 in 40 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	4
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	94.59 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	12
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	PKD
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

40 sequences

API_ACHLY   (P15636), COLA_BACCR  (Q81BJ6), COLA_CLOPE  (P43153),

COLA_VIBAL  (P43154), COLG_HATHI  (Q9X721), COLH_HATHI  (Q46085), 
COLQ1_BACCQ (B9J3S4), GPNMB_HUMAN (Q14956), GPNMB_MOUSE (Q99P91), 
GPNMB_RAT   (Q6P7C7), K0319_HUMAN (Q5VV43), K0319_MOUSE (Q5SZV5), 
K319L_HUMAN (Q8IZA0), K319L_MOUSE (Q8K135), K319L_PONAB (Q5RFR6), 
LRP11_HUMAN (Q86VZ4), PK1L1_HUMAN (Q8TDX9), PK1L1_MOUSE (Q8R526), 
PK1L1_ORYLA (E7FKV8), PK1L_ACRMI  (B8UU59), PKD1_HUMAN  (P98161), 
PKD1_MOUSE  (O08852), PMEL_BOVIN  (Q06154), PMEL_CHICK  (Q98917), 
PMEL_HUMAN  (P40967), PMEL_MOUSE  (Q60696), PRTV_VIBCH  (Q9KMU6), 
PRTV_VIBCM  (C3LUP3), QNR71_COTJA (Q90372), SORC1_HUMAN (Q8WY21), 
SORC1_MOUSE (Q9JLC4), SORC2_HUMAN (Q96PQ0), SORC2_MOUSE (Q9EPR5), 
SORC3_HUMAN (Q9UPU3), SORC3_MOUSE (Q8VI51), TM130_HUMAN (Q8N3G9), 
TM130_MOUSE (Q6NXM3), TM130_PONAB (Q5R6F5), XANP_XANS2  (Q60106), 
Y1468_METJA (Q58863)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

4 sequences

HYBA2_BIFL2 (E8MGH9), K0319_RAT   (P0CI71), LRP11_MOUSE (Q8CB67),

PK1L2_MOUSE (Q7TN88)

» more

PDB
[Detailed view]

23 PDB

pdb_00001b4r; pdb_00001wgo; pdb_00002y3u; pdb_00002y50; pdb_00002y6i; pdb_00002y72; pdb_00002yrl; pdb_00004aqo; pdb_00004jgu; pdb_00004jrw; pdb_00004l9d; pdb_00004tn9; pdb_00004u6t; pdb_00004u7k; pdb_00006ffy; pdb_00006fg9; pdb_00006ihb; pdb_00006jcq; pdb_00006nz0; pdb_00007kpn; pdb_00007ti5; pdb_00007wjx; pdb_00007wqp
» more