PROSITE entry PS50093
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | PKD |
| Accession [info] | PS50093 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50093 |
| Associated ProRule [info] | PRU00151 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX'; LENGTH=85; TOPOLOGY=LINEAR; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=9; N2=80; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4193000; R2=0.0192000; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3174.5544434; R2=4.8423915; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=421; H_SCORE=5213; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=317; H_SCORE=4710; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; I=-20; D=-20; ... A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X /I: B1=0; /M: SY='P'; M= 0, -7, -6, -4,-12, -3, 0, -3, -7, -5, -3, -5, -4, -8, 11, -3, -4,-10, -8, -7, -6, -2, -3; /M: SY='P'; M= -3, -7, -5, -6,-12, -6, -5, -5, -8, -4, -7, -5, -5, -6, 10, -4, -4, -2, -6, -4, -7, -6, -4; /M: SY='L'; M= 0, -3, -3, -6, -7, -4, -4, -7, -4, 0, 1, -3, 0, -1, -8, -2, 0, -7, 0, 0, -4, -4, -2; /M: SY='A'; M= 5, -6, -3, -6, -8, 0, -3, -1, -5, -2, -4, -4, 0, -8, 0, 0, -2, -9, -6, -2, -5, -2, -2; /M: SY='V'; M= -4, -4, -8, -9, -8, -8, -8,-11, -5, 2, 0, -4, 0, 6, -5, -5, -2, -3, 6, 4, -9, -8, -4; /M: SY='I'; M= 0, -8, -6,-11, -9, -5, -8, -8, -8, 6, 0, -7, 2, -2, -7, -2, -1, -1, -1, 4, -8, -7, -3; /M: SY='A'; M= 3, -3, 2, -2, -8, -2, -2, 3, -1, -9, -8, -1, -5, -9, -5, 2, 0,-10, -6, -6, 0, -2, -2; /M: SY='S'; M= 2, -5, 3, -2, -6, -3, -3, 0, -5, -3, -7, -5, -4, -6, -6, 6, 1,-13, -7, -1, 0, -3, -2; /M: SY='P'; M= -3, -5, 0, 0,-10, -4, -1, -6, -5, -6, -8, -4, -6, -4, 8, 0, 0,-11, -6, -5, 0, -3, -3; /M: SY='N'; M= -2, 2, 5, 0, -7, 0, -1, -4, -1, -7, -8, 1, -5, -5, -6, 4, 4,-10, -1, -6, 2, -1, -2; /M: SY='S'; M= 1, 0, 1, 0, -7, 0, 0, -2, -4, -9,-12, 1, -7, -9, 1, 9, 3,-13, -7, -6, -1, 0, -1; /M: SY='G'; M= 1, -3, -2, -5, -9, -6, -6, 11, -7, -9, -7, -5, -5, -8, -7, 0, -2, -9, -8, -4, -4, -6, -3; /M: SY='T'; M= 2, -4, -1, -3, -7, -3, -3, -7, -7, -1, -3, -2, -2, -6, -4, 1, 5,-10, -4, 0, -1, -3, -1; /M: SY='V'; M= 3, -7, -6, -7, 0, -6, -4, -7, -8, 0, 0, -6, -1, -4, -8, 0, 0,-12, -6, 5, -6, -5, -3; /M: SY='N'; M= -2, -2, 3, 0,-11, -1, 1, 1, -3,-10,-10, 0, -7,-10, 2, 0, -1,-11, -8,-10, 1, 0, -3; /M: SY='E'; M= -4, -1, -4, -2,-10, 2, 5,-10, -3, -1, 2, 0, 0, -6, -5, -5, -4, -9, -3, -3, -3, 3, -4; /M: SY='S'; M= -1, 0, 2, 1, -7, 1, 5, -5, -3, -8, -9, 3, -6, -8, -3, 5, 4,-12, -6, -6, 2, 3, -2; /M: SY='V'; M= 0, -9, -9,-13, -1, -9,-11,-12,-11, 10, 3, -9, 3, -1,-10, -4, -1,-11, -3, 12,-10,-11, -4; /M: SY='T'; M= -1, 0, 0, -3, -6, -2, -2, -7, -6, -3, -4, 0, -2, -5, -6, 2, 8,-11, -4, 0, 0, -2, -2; /M: SY='F'; M= -8, -8, -9,-17, -8,-16,-12,-13, -8, 1, 6,-13, 1, 31,-13, -9, -4, 2, 11, 0,-13,-12, -4; /M: SY='S'; M= -1, -2, 1, 1, -8, -1, 0, -5, -2, -7, -9, 0, -6, -5, -6, 6, 5,-10, 0, -5, 0, -1, -1; /M: SY='D'; M= 2, -6, 0, 4,-10, -3, -1, 4, -5,-12,-11, -4, -9,-11, -6, 2, -2, -6, -7, -8, 2, -2, -3; /M: SY='E'; M= -2, 0, 2, 1, -9, 3, 7, -7, -2, -7, -8, 1, -5,-10, -4, 3, 2,-13, -6, -6, 2, 5, -3; /M: SY='S'; M= 0, -4, 1, 0,-13, 4, 4, 2, -4,-13,-11, -3, -7,-15, -7, 4, -2,-16,-11,-12, 0, 4, -4; /M: SY='T'; M= 5, -4, 1, -5, -8, -3, -3, -7, -5,-10,-11, -5, -8,-10, -7, 13, 16,-20, -8, -3, -1, -3, 0; /M: SY='G'; M= -3, -9, 0, -4,-18,-11,-10, 25,-10,-21,-16, -8,-11,-12,-12, -1, -8,-11,-10,-15, -4,-10, -6; /M: SY='D'; M= -5, -4, 8, 14,-14, -2, 1, -1, -4,-18,-16, -3,-13,-13, -8, 7, 2,-22,-10,-12, 11, 0, -4; /M: SY='P'; M= -5,-11, 0, 5,-25, -3, 4,-11, -9,-18,-23, -4,-16,-23, 36, 0, -4,-26,-20,-22, 0, -1, -7; /I: MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; I=-10; /M: SY='V'; M= 2,-11,-14,-18,-14,-12,-13,-19,-14, 7, 0, -8, 3, -3,-17, -3, 3,-17, 0, 14,-14,-13, -6; /M: SY='S'; M= 9, -9, -4,-11,-12, -7, -8, -7, -9, -7, -8,-10, -6,-12,-14, 10, 6,-26,-12, 0, -8, -8, -3; /M: SY='Y'; M=-17,-10,-22,-27,-29,-18,-22,-25, -6, -5, -3,-14, -5, 28,-27,-20,-10, 45, 40, -9,-24,-20,-11; /M: SY='T'; M= -8, 6, 0, -2,-13, 3, 2,-18, -8,-16, -9, 1, -7,-17,-14, 0, 4,-26,-11,-12, -1, 2, -7; /M: SY='W'; M=-18,-19,-35,-37,-44,-20,-28,-20,-27,-14,-15,-20,-15, 13,-27,-35,-26,125, 26,-23,-36,-20,-17; /M: SY='D'; M= -6, -9, 15, 27,-19, -3, 5, -8, -5,-23,-20, -5,-19,-24,-11, 9, 6,-34,-16,-17, 23, 1, -5; /M: SY='F'; M=-14,-18,-21,-35,-19,-28,-25,-29,-19, 9, 15,-26, 8, 46,-27,-19, -8, -3, 16, 7,-28,-24,-10; /M: SY='G'; M= 1,-17, 1, -7,-27,-15,-12, 44,-17,-31,-26,-15,-18,-27,-12, 2,-13,-23,-26,-23, -6,-14, -8; /M: SY='D'; M=-13, -9, 14, 51,-28, 1, 17, -6, -2,-35,-27, -1,-25,-36,-10, 1, -7,-36,-19,-27, 37, 9, -9; /I: MD=-21; /M: SY='g'; D=-4; M= 0,-13, 2, -5,-27,-13,-11, 51,-15,-35,-28,-12,-18,-27,-17, 1,-15,-21,-26,-27, -5,-12, -9; /I: MD=-21; /M: SY='s'; D=0; M= 3, -8, 2, -2,-15, 1, 4, -7, -9,-14,-16, -6,-12,-18,-11, 16, 10,-30,-16, -9, 0, 3, -3; /I: MD=-21; /M: SY='s'; D=0; M= 5, -7, -2, -6,-17, -3, -5, -3,-11,-15,-17, -3,-11,-15,-12, 9, 4,-16, -8, -8, -4, -4, -4; /I: MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; I=-5; /M: SY='s'; D=-4; M= 4, -7, -2,-10,-14, -7, -7, -5,-13,-12,-10, -8, -9, -9,-14, 12, 8,-26,-11, -6, -8, -7, -3; /I: DM=-21; /M: SY='T'; M= -3, 2, 7, 0,-21, 0, 0, -8, -8,-19,-21, -1,-14,-21, -3, 8, 6,-30,-17,-15, 2, -1, -6; /M: SY='E'; M= -2, -5, 4, 5,-19, 10, 23, 0, -4,-27,-21, 0,-16,-28, -9, 1, -9,-27,-21,-26, 4, 16, -9; /M: SY='P'; M= -2, -8,-11, -9,-28, -2, 0,-18, -6,-16,-19, -1,-10,-23, 28, -4, -3,-26,-16,-16,-11, -3, -7; /M: SY='N'; M= -2, -1, 8, -4,-19, -4, -2,-14, -1,-13,-15, 0, -9,-10,-16, 2, 3,-24, -6, -9, 2, -3, -7; /M: SY='V'; M= 5,-19,-20,-21,-19,-19,-15,-20,-23, 2, -7,-15, -4, -8, 11, -4, -1,-25,-15, 9,-21,-18, -7; /M: SY='T'; M= -2, -5, 8, 0,-16, -1, 3,-14, -9,-13,-15, -2,-10,-16,-11, 13, 20,-31,-13, -8, 5, 0, -4; /M: SY='H'; M=-17, -1, 4, -5,-27, 4, -3,-21, 76,-22,-15, -8, 3,-13,-20,-11,-17,-27, 16,-21, -4, -3,-10; /M: SY='T'; M= 1, -7, -3,-13,-15, -7,-10,-18,-16, -1, -9, -7, -5,-12,-15, 9, 16,-28,-11, 4, -7, -9, -4; /M: SY='Y'; M=-20,-11,-20,-23,-28,-14,-21,-30, 13, 0, 1,-13, 0, 37,-30,-20,-10, 26, 72, -8,-21,-21,-10; /M: SY='L'; M= 1, -9, -4, -9,-19, -6, -7,-11,-13, -8, -6,-10, -5,-15, -6, 0, 1,-27,-14, -5, -6, -7, -6; /M: SY='S'; M= 1, 6, 0, 0,-19, 0, 1,-13,-10,-19,-15, 4,-11,-19,-12, 6, 5,-27,-13,-11, 0, 0, -5; /M: SY='P'; M= 9,-10, -8,-10,-23, -6, -2,-12,-16,-15,-19, -4,-13,-22, 23, 2, 0,-27,-21,-12, -9, -6, -5; /M: SY='G'; M= 2,-18, 0, -9,-28,-14,-17, 60,-18,-37,-28,-17,-18,-30,-18, 0,-18,-20,-28,-28, -9,-15, -9; /M: SY='T'; M= -4, -5, 2, 3,-18, -2, 6,-16,-10,-15,-14, -4,-13,-18, -6, 9, 14,-31,-15,-10, 4, 1, -5; /M: SY='Y'; M=-18,-13,-18,-24,-17,-18,-22,-29, 9, -2, 0,-16, 0, 35,-30,-18,-10, 14, 54, -5,-21,-22,-10; /M: SY='T'; M= -4, -3, -3, -8,-18, -4, -3,-18, -4,-12, -8, -6, -6,-13, -9, 6, 17,-28, -8, -8, -5, -4, -4; /M: SY='V'; M= 0,-20,-26,-29,-13,-24,-25,-28,-26, 27, 17,-21, 11, 1,-26,-13, -3,-25, -7, 35,-27,-25, -9; /M: SY='T'; M= 0, 4, 3, -5,-15, 3, -1,-14,-10,-16,-17, 2,-10,-17,-11, 13, 21,-27,-12, -9, 0, 0, -3; /M: SY='L'; M= -4,-18,-27,-28,-16,-20,-21,-26,-20, 20, 33,-24, 17, 5,-27,-21, -6,-21, -3, 19,-27,-20, -9; /M: SY='T'; M= -2, -5, 1, -7,-15, -8, -7,-12,-14, -8, -9, -6, -7,-12,-14, 7, 18,-28,-12, -1, -2, -8, -4; /M: SY='A'; M= 19,-19,-20,-24,-11,-18,-18,-16,-23, 10, 6,-16, 2, -7,-20, -3, -1,-23,-12, 21,-20,-18, -5; /M: SY='S'; M= 8, -9, 4, -5,-10, -4, -5, -2,-11,-13,-16, -8,-10,-14,-10, 20, 18,-28,-14, -6, 0, -5, -1; /M: SY='N'; M= -8, -4, 33, 24,-18, 0, 3, -3, 2,-20,-22, -2,-17,-20,-14, 7, 0,-34,-16,-22, 29, 1, -7; /M: SY='S'; M= 3, -6, 6, -1,-18, -4, -3, -4, -2,-16,-16, -6,-12,-17, -1, 6, 1,-26,-14,-14, 1, -4, -5; /M: SY='V'; M= 8,-13,-10,-16,-13,-13,-11,-11,-17, 2, -2,-10, -1, -6,-17, -2, -2,-20,-10, 9,-12,-12, -6; /M: SY='G'; M= 1,-12, 5, -3,-20, -9, -7, 35,-12,-28,-25,-12,-17,-23,-13, 10, -5,-24,-22,-21, -2, -8, -6; /M: SY='S'; M= 0, -5, 3, -5,-18, -2, -3, 0, -2,-17,-16, -7,-11,-11,-14, 5, -2,-14, -9,-15, -2, -3, -6; /I: MI=-28; MD=-10; IM=-28; I=-8; /M: SY='t'; D=15; M= 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, -1, 0, 0, 0, 0, 0; /I: DM=-10; /M: SY='a'; D=-5; M= 10, -9, -2,-14,-13,-10,-11,-10,-12, 0, -2, -9, -1, -5,-15, 0, -1,-19, -9, 2, -7,-10, -4; /I: DM=-10; /M: SY='T'; M= 4, -8, 6, -5,-11, -6, -6,-10, -6, -9,-11, -8, -8,-11,-12, 12, 17,-27,-10, -4, 1, -6, -2; /M: SY='A'; M= 11, -7, -6,-10,-13, -5, -7,-11,-10, -4, -2, -7, -3,-10,-14, 0, 0,-17, -7, 0, -6, -7, -4; /M: SY='T'; M= -2, -5, 3, -4,-14, 3, 0, -9, -8,-12,-13, -5, -8,-12,-10, 11, 14,-22, -9,-10, 0, 1, -3; /M: SY='K'; M= 2, -4, -7,-11,-15, -6, -7,-15, -5, -6, -6, 0, -3, -7,-14, 0, 3,-14, 1, 0, -8, -7, -4; /M: SY='T'; M= -5, -4, 9, 6,-16, -1, 2,-11, -1,-15,-14, -2,-11,-16, -5, 6, 10,-27,-10,-13, 8, 0, -4; /M: SY='V'; M= -2,-11, -8,-15,-13,-16,-17,-16,-17, 11, 1,-11, 2, -5,-20, -5, 0,-24, -9, 19,-12,-17, -7; /M: SY='T'; M= -3, -6, -6, -7,-10, -4, -5,-17, -7, -6, -6, -7, -5, -7,-14, 0, 5,-17, 0, -3, -6, -5, -5; /M: SY='V'; M= 0,-14,-20,-21,-12,-18,-17,-23,-22, 19, 4,-12, 5, -3,-20, -7, -1,-23, -8, 29,-20,-18, -7; /M: SY='E'; M= -6, -2, -5, -6,-18, 4, 6,-18, -8, -7, -7, -3, -4, -6,-11, 0, 1,-18, -5, -5, -6, 5, -6; /M: SY='V'; M= 3, -6,-13,-12,-14, -9, -3,-17,-15, 1, -4, -4, -2,-11,-10, -3, -3,-22,-12, 11,-13, -6, -6; /M: SY='L'; M= -2,-10, -7, -4,-19, -3, 3,-14,-10, -8, -4, -8, -4,-13, 4, 0, 2,-23,-12, -9, -5, 0, -5; /M: SY='V'; M= -2,-13, -5, -8,-17,-11, -8, -7,-14, -2, -1,-12, -3,-10,-11, -4, -2,-22,-12, 0, -6,-10, -7; /M: SY='G'; M= 0, -3, -6,-11,-11,-10,-10, 4,-14,-14,-13, -6, -8,-15,-11, 0, -4,-22,-15, -6,-10,-11, -6; /M: SY='G'; M= -1, -6, 0, -6,-18, -6, -5, 1, -9,-11,-11, -7, -5,-14, -3, 1, 0,-22,-14,-10, -4, -6, -6; /M: SY='L'; M= -5, -5, -6, -7,-15, -5, -5,-13,-11, -2, 2, -8, 0, -8,-16, -4, 1,-21, -8, 0, -7, -5, -6; /I: E1=0;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 70 in 40 different sequences |
| Number of true positive hits | 70 in 40 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 4 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 94.59 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 12 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | K_Hofmann |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | PKD |
| Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
40 sequences
API_ACHLY (P15636), COLA_BACCR (Q81BJ6), COLA_CLOPE (P43153), COLA_VIBAL (P43154), COLG_HATHI (Q9X721), COLH_HATHI (Q46085), COLQ1_BACCQ (B9J3S4), GPNMB_HUMAN (Q14956), GPNMB_MOUSE (Q99P91), GPNMB_RAT (Q6P7C7), K0319_HUMAN (Q5VV43), K0319_MOUSE (Q5SZV5), K319L_HUMAN (Q8IZA0), K319L_MOUSE (Q8K135), K319L_PONAB (Q5RFR6), LRP11_HUMAN (Q86VZ4), PK1L1_HUMAN (Q8TDX9), PK1L1_MOUSE (Q8R526), PK1L1_ORYLA (E7FKV8), PK1L_ACRMI (B8UU59), PKD1_HUMAN (P98161), PKD1_MOUSE (O08852), PMEL_BOVIN (Q06154), PMEL_CHICK (Q98917), PMEL_HUMAN (P40967), PMEL_MOUSE (Q60696), PRTV_VIBCH (Q9KMU6), PRTV_VIBCM (C3LUP3), QNR71_COTJA (Q90372), SORC1_HUMAN (Q8WY21), SORC1_MOUSE (Q9JLC4), SORC2_HUMAN (Q96PQ0), SORC2_MOUSE (Q9EPR5), SORC3_HUMAN (Q9UPU3), SORC3_MOUSE (Q8VI51), TM130_HUMAN (Q8N3G9), TM130_MOUSE (Q6NXM3), TM130_PONAB (Q5R6F5), XANP_XANS2 (Q60106), Y1468_METJA (Q58863)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
4 sequences
HYBA2_BIFL2 (E8MGH9), K0319_RAT (P0CI71), LRP11_MOUSE (Q8CB67), PK1L2_MOUSE (Q7TN88)» more |
| PDB [Detailed view] |
23 PDB
1B4R; 1WGO; 2Y3U; 2Y50; 2Y6I; 2Y72; 2YRL; 4AQO; 4JGU; 4JRW; 4L9D; 4TN9; 4U6T; 4U7K; 6FFY; 6FG9; 6IHB; 6JCQ; 6NZ0; 7KPN; 7TI5; 7WJX; 7WQP » more |