PROSITE entry PS50159
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50159
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | RIBOSOMAL_S13_2 |
Accession [info] | PS50159 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-FEB-2003 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC00556 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Ribosomal protein S13 family profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=109; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=104; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.0392000; R2=0.0149363; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3613.8107910; R2=7.5202703; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=600; H_SCORE=8126; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=433; H_SCORE=6870; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-20; E1=-20; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='I'; M= -8,-30,-23,-36,-28, 8,-35,-27, 36,-28, 22, 16,-24,-25,-24,-25,-19, -8, 29,-20, 0,-28; /M: SY='L'; M= 5,-18,-13,-22,-15, -4,-12,-18, 1,-20, 9, 3,-15,-21,-13,-18, -6, -4, 1,-23, -9,-14; /M: SY='G'; M= -4, 7,-27, 1,-11,-27, 42, -8,-32,-12,-30,-19, 20,-20,-10,-12, 3,-13,-30,-27,-26,-11; /M: SY='T'; M= 4,-13,-15,-20,-16,-10,-23,-22, 8,-12, -2, 0,-12,-16,-12,-14, 3, 16, 14,-26,-10,-15; /M: SY='D'; M=-15, 30,-27, 32, 12,-29, -6, 7,-31, 4,-27,-21, 27,-15, 3, 5, 1, -8,-29,-35,-17, 6; /M: SY='I'; M= -7,-28,-21,-33,-25, 6,-32,-25, 30,-27, 24, 15,-23,-25,-22,-23,-18, -6, 24,-22, -2,-25; /M: SY='P'; M=-13, 10,-31, 20, 4,-29,-16,-11,-22, -4,-24,-19, 0, 25, -7,-13, -5, -8,-20,-34,-22, -3; /M: SY='G'; M= -2, 9,-25, 6, -6,-26, 21, -8,-30, -5,-27,-19, 15,-14, -7, -3, 3, -9,-25,-28,-23, -7; /M: SY='K'; M=-12, 16,-27, 16, 11,-28,-15, 4,-28, 17,-26,-15, 14,-12, 8, 12, -1, -4,-24,-29,-12, 9; /M: SY='K'; M=-11, 3,-29, 1, 12,-27,-19, -5,-24, 31,-24, -7, 5,-12, 13, 22, -7, -9,-20,-23,-11, 12; /M: SY='R'; M=-12, -4,-28, -4, 7,-27,-20, 0,-25, 29,-23, -7, 0,-14, 18, 32, -6, -9,-19,-22, -9, 11; /M: SY='I'; M= -2,-23,-20,-30,-25, -2,-29,-25, 31,-23, 13, 13,-18,-23,-20,-23,-13, -5, 28,-25, -6,-25; /M: SY='K'; M= -6,-12,-25,-12, 0,-15,-20,-11, -6, 4, -9, 1,-12, -8, -3, 3, -9, -8, -2,-22, -9, -3; /M: SY='I'; M=-14,-26,-28,-33,-25, 18,-34,-15, 25,-22, 11, 10,-19,-24,-17,-18,-19,-10, 13, -5, 20,-24; /M: SY='A'; M= 37, -7,-11,-14, -7,-20, 2,-17,-14,-10,-16,-13, -4,-10, -7,-17, 18, 5, -4,-26,-20, -7; /M: SY='L'; M= -4,-24,-13,-26,-18, 2,-24,-18, 12,-25, 31, 14,-23,-26,-16,-19,-17, -6, 7,-24, -5,-17; /M: SY='T'; M= 5, -3,-11,-12,-10,-11,-18,-19, -8,-11, -6, -8, -3,-11, -8,-11, 15, 37, 0,-28,-11, -9; /I: I=-6; MI=-10; MD=-15; IM=-10; DM=-15; /M: SY='Y'; M= -5, -6,-25, -6, -3, -6,-16, 1,-14, 3,-14, -6, -6,-17, 0, -1, -4, -5,-13, -7, 17, -4; /M: SY='I'; M=-10,-29,-27,-38,-29, 4,-37,-27, 43,-28, 20, 21,-21,-22,-20,-27,-20, -9, 28,-19, 1,-28; /M: SY='Y'; M=-17, -5,-27, -6, -7, 10,-23, 11,-17, 2,-13, -7, -3,-21, -8, 1,-13,-11,-16, -6, 21, -8; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='I'; M= -8,-30,-20,-37,-30, 0,-37,-30, 41,-28, 18, 16,-23,-24,-23,-27,-18, -8, 33,-23, -3,-30; /M: SY='G'; M= -1, -7,-29, -8,-19,-29, 65,-18,-39,-19,-30,-20, 4,-20,-19,-19, 1,-19,-30,-21,-29,-19; /M: SY='R'; M=-14,-16,-30,-14, -5,-14,-23, -2,-13, 3, -6, -4,-12, 3, -3, 14,-15,-11,-15,-21, -6, -7; /M: SY='R'; M= -8, -1,-23, -5, 1,-21,-18, -4,-22, 16,-20,-10, 3,-12, 7, 22, 2, 8,-15,-25,-10, 2; /M: SY='R'; M= -8,-10,-23,-13, -7, -7,-21, -5,-11, 6, -8, -4, -6,-17, -4, 8, -4, 3, -8,-17, 3, -7; /M: SY='A'; M= 32, -9, -6,-16, -9,-19, -4,-18,-10,-12,-14,-11, -5,-12, -9,-18, 16, 5, -1,-27,-19, -9; /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32; /M: SY='N'; M=-11, 2,-26, -4, -1,-17,-18, -1, -9, 8,-13, -3, 10,-17, 4, 8, -7, -8,-13,-24, -7, 0; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='Q'; M= -6, -9,-27,-11, 4,-22,-24, -9, -4, 5, -6, 1, -8,-14, 15, 0, -8, -7, -8,-21, -9, 8; /M: SY='I'; M= -6,-29,-20,-35,-29, 0,-34,-28, 38,-24, 16, 18,-25,-25,-23,-24,-16, -6, 37,-24, -4,-28; /M: SY='C'; M= -8,-23, 28,-28,-23, -8,-22,-23, -4,-24, 9, 0,-20,-30,-21,-18,-17,-10, 0,-31,-14,-23; /M: SY='K'; M= 2, -4,-22, -5, 0,-18,-15, -8,-17, 10,-15, -8, -5,-15, 1, 5, -2, -5,-11,-19, -4, 0; /M: SY='K'; M= -3, -3,-25, -3, 3,-24,-18,-10,-20, 21,-18, -8, -4,-14, 4, 19, -6, -8,-10,-23,-12, 2; /M: SY='A'; M= 22,-18,-15,-24,-15, -7,-13,-19, 4,-17, 14, 6,-18,-18,-13,-19, -6, -3, 5,-20,-11,-14; /M: SY='G'; M= -7, 10,-29, 13, 0,-32, 30, -9,-35, -7,-29,-20, 10,-15, -5,-11, 1,-14,-30,-27,-24, -2; /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; /M: SY='I'; M= -6,-29,-19,-33,-27, 5,-32,-26, 32,-25, 21, 16,-25,-26,-24,-22,-17, -6, 31,-22, -3,-27; D=-6; /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='D'; M= -6, 25,-20, 33, 8,-26, -6, -2,-27, -4,-26,-22, 16,-11, -1, -9, 12, 1,-20,-34,-14, 3; D=-6; /I: I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='P'; M=-10, -7,-30, -2, 6,-22, -9,-11,-18, 0,-13, -7, -9, 8, -2, -3, -9,-11,-18,-26,-17, 0; /M: SY='D'; M=-14, 22,-26, 23, 10,-18,-12, 1,-26, 0,-23,-19, 19,-15, -1, -1, 0, -4,-25,-24,-12, 5; /M: SY='K'; M= -4,-10,-24,-14, -3,-16,-24,-16, -2, 10, -8, 1, -8,-13, -3, 1, -7, -1, 0,-22, -8, -4; /M: SY='R'; M=-14, -9,-29,-10, 0,-21,-20, -6,-24, 30,-20, -8, -2,-17, 7, 49,-10, -9,-15,-20,-10, 0; /M: SY='V'; M= 9,-19,-15,-25,-19, -3,-21,-22, 12,-16, 6, 6,-17,-20,-17,-17, -4, 5, 17,-23, -8,-19; /M: SY='G'; M= -5, -2,-27, -2, -4,-27, 15, -5,-32, 9,-28,-15, 4,-16, -3, 8, 0,-11,-23,-24,-17, -4; /M: SY='E'; M=-11, 16,-28, 26, 34,-30,-16, -2,-28, 6,-20,-17, 4, -6, 12, -2, 0, -8,-25,-32,-17, 23; /M: SY='L'; M=-10,-28,-12,-30,-21, 6,-29,-18, 18,-27, 41, 23,-28,-29,-18,-20,-27,-10, 10,-22, -2,-20; /M: SY='T'; M= 3, 4,-12, -2, -5,-16,-11,-14,-15, -9,-19,-15, 7, -8, -6,-10, 24, 32, -7,-34,-15, -5; /M: SY='E'; M= -4, 6,-26, 10, 23,-21,-17, -7,-24, 8,-19,-16, -1, -4, 6, -1, -1, -4,-20,-25,-14, 15; /M: SY='E'; M= -5, 5,-28, 11, 24,-20,-11, -1,-24, 0,-18,-17, -2, -5, 5, -7, -2, -9,-23,-19, -5, 13; /M: SY='E'; M= -8, 3,-28, 8, 32,-30,-20, 0,-20, 5,-14, -9, -3, -8, 27, 0, -2, -9,-23,-26,-14, 30; /M: SY='I'; M=-10,-28,-24,-34,-26, 11,-34,-20, 29,-28, 23, 15,-21,-24,-22,-24,-20, -8, 20,-18, 3,-26; /M: SY='D'; M= -8, 12,-25, 17, 9,-25,-11, -9,-18, -3,-17,-12, 3,-11, -2,-10, 1, -2,-13,-31,-16, 3; /M: SY='R'; M= -7, -4,-25, -7, 1,-21,-18, -2,-16, 10,-12, -4, 1,-16, 12, 17, -4, -6,-15,-23,-10, 5; /M: SY='I'; M= -9,-29,-24,-35,-26, 3,-35,-25, 36,-28, 29, 21,-24,-24,-20,-25,-22, -9, 24,-21, -1,-26; /M: SY='R'; M= -6, -9,-24,-10, 3,-16,-20, -8,-10, 8, -8, 1, -7,-16, 1, 16, -8, -7, -5,-24,-11, 1; /M: SY='D'; M= -8, 16,-25, 18, 13,-30,-11, -3,-26, 5,-24,-15, 11,-10, 13, 0, 5, 1,-23,-30,-16, 13; /M: SY='I'; M= -9,-17,-27,-20, -5, -9,-28,-13, 15,-12, 8, 13,-14,-16, 0,-12,-14, -9, 5,-21, -4, -5; /M: SY='I'; M= 3,-25,-19,-31,-23, -2,-27,-24, 24,-21, 17, 14,-22,-23,-19,-20,-14, -6, 24,-23, -6,-23; /M: SY='S'; M= 6, -1,-21, -4, 3,-23, 0,-11,-17, -5,-19,-12, 2,-11, 2, -9, 9, 1,-14,-27,-18, 2; /M: SY='N'; M= -5, 9,-22, 1, 1,-18,-10, -2,-19, 5,-22,-11, 17,-15, 9, 3, 5, 2,-20,-26,-12, 6; /I: I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0; /M: SY='D'; M= -9, 14,-17, 16, 3,-11, -8, -1,-16, -3,-15,-12, 9,-10, 0, -5, 1, -2,-15,-14, -5, 2; D=-2; /I: DM=-15; /M: SY='Y'; M=-17,-18,-26,-20,-14, 18,-27, 21, -4,-15, 5, 6,-14,-26, -7,-10,-18,-12,-10, -1, 34,-12; /M: SY='T'; M= -8, -4,-21, -6, -3,-11,-21,-10, -5, 1, -6, -2, -5,-18, -5, -3, -5, 2, 0,-24, -4, -4; /M: SY='V'; M= -4,-16,-17,-22,-20, -5,-26,-22, 15,-15, 3, 4,-12,-22,-17,-12, -3, 8, 20,-28, -9,-20; /M: SY='E'; M= -7, 1,-27, 6, 22,-25, -5, 9,-26, -3,-17,-12, 0,-10, 9, -6, 0,-10,-24,-28,-13, 15; /M: SY='G'; M= -1, -6,-28, -7, -8,-21, 23,-15,-29, -9,-27,-19, 1,-17, -9,-11, 1,-11,-25, -1,-16, -8; /M: SY='D'; M=-15, 36,-29, 49, 28,-36,-12, 0,-35, 3,-27,-25, 16, -8, 7, -6, 1, -9,-29,-36,-20, 18; /M: SY='L'; M= -6,-20,-18,-24,-18, 3,-24,-17, 15,-23, 32, 15,-18,-27,-17,-17,-21, -7, 9,-23, -4,-18; /M: SY='R'; M=-15, 1,-30, 3, 8,-27,-19, 2,-30, 31,-25,-11, 2,-14, 12, 39, -8,-11,-22,-23,-10, 8; /I: MI=-14; /M: SY='R'; M=-11, -7,-19, -7, -3,-16,-17, -5,-20, 11,-11, -7, -3,-18, 2, 33, -6, -5,-13,-22,-10, -3; D=-3; /I: MD=-14; /M: M= -7,-10,-23,-10, 0, -5, -2,-14,-13, -6,-11, -8, -8,-15,-10, -7, -5, -7, -8,-18, -9, -5; D=-3; /I: I=-5; MI=0; IM=0; DM=-15; /M: SY='I'; M= -8,-15,-22,-18, -7, -6,-27,-17, 13,-15, 11, 7,-13,-20,-11,-12,-12, -5, 10,-25, -8,-10; /M: SY='R'; M= -7, -5,-24, -8, 1,-15,-13, -5,-23, 12,-19,-11, 1,-16, 6, 27, -1, -5,-17,-21,-10, 2; /M: SY='B'; M= -1, 1,-22, 1, 1,-17,-15, -7, -9, -8, 0, 0, -3,-16, 1, -8, -6, -6,-10,-26,-12, 1; /M: SY='D'; M=-12, 38,-25, 39, 8,-28, -7, 1,-26, -2,-27,-22, 33,-15, -1, -7, 4, -5,-25,-38,-19, 3; /M: SY='I'; M= -9,-30,-26,-37,-28, 2,-37,-28, 42,-29, 25, 19,-23,-23,-21,-27,-21, -9, 27,-21, -1,-28; /M: SY='E'; M= -8, 7,-28, 7, 24,-28,-16, -3,-27, 24,-24,-14, 7, -9, 14, 16, -3, -8,-24,-26,-15, 19; /M: SY='R'; M=-15,-10,-29,-10, -2,-20,-15, 2,-27, 22,-17, -8, -1,-19, 6, 50,-10,-11,-19,-21, -9, -2; /M: SY='L'; M=-11,-24,-22,-25,-15, 6,-27,-16, 8,-13, 30, 14,-23,-26,-14, -7,-25,-10, 3,-18, 0,-14; /M: SY='K'; M= -7,-12,-26,-17,-10,-15,-20,-16, 1, 7, -7, 5, -7,-16, -5, 2,-10, -7, 1,-22, -8, -9; /M: SY='E'; M= -7, 7,-25, 9, 18,-26,-15, -5,-26, 17,-24,-13, 5, -9, 8, 10, 4, -2,-20,-29,-15, 13; /M: SY='I'; M= -9,-28,-28,-37,-28, -1,-37,-27, 44,-28, 19, 19,-19,-20,-18,-28,-17, -8, 26,-21, -1,-27; /M: SY='R'; M= -8, -2,-27, -1, -3,-26, 9, 0,-31, 6,-26,-14, 5,-16, 1, 14, 2, -9,-23,-25,-16, -2; /M: SY='C'; M= 6, -5, 32,-12,-13,-20, -9,-17,-23,-15,-23,-18, 1,-22,-12,-15, 12, 3,-11,-39,-23,-13; /M: SY='Y'; M=-20,-18,-32,-18,-17, 17,-27, 33, -9,-11, -7, -2,-15,-28, -7, -9,-20,-14,-17, 29, 61,-16; /M: SY='R'; M=-16, -8,-27, -9, 0,-20,-19, -2,-28, 25,-20,-10, 1,-18, 9, 57, -5, -4,-18,-22,-11, 1; /M: SY='G'; M= 0,-11,-29,-11,-21,-28, 65,-21,-36,-20,-28,-18, -2,-21,-21,-20, -1,-19,-26,-21,-29,-21; /M: SY='I'; M=-10,-26,-23,-30,-22, 4,-31,-18, 24,-19, 22, 20,-22,-24,-15,-16,-20, -9, 17,-18, 2,-20; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='R'; M=-14,-12,-27,-16, -8, -5,-24, -5, -7, 4, -9, -3, -5,-19, 2, 17, -8, -5, -8,-14, 6, -6; /M: SY='W'; M=-13,-11,-30,-10, -7,-11,-20,-12,-14, 0, -4, -6,-12,-21, -1, 6,-18,-13,-16, 12, -1, -4; /M: SY='G'; M= -4, 1,-28, 0,-11,-28, 41, -8,-35,-10,-29,-19, 10,-18,-11,-11, 2,-14,-28,-25,-23,-11; /M: SY='L'; M= -8,-25,-19,-26,-16, 4,-27,-17, 14,-25, 38, 16,-24,-26,-14,-17,-21, -5, 6,-22, -2,-15; /M: SY='P'; M=-12,-16,-28,-10, -1,-27,-21,-15,-24, 3,-27,-17,-14, 51, -5, 3,-10,-10,-26,-28,-24, -7; /M: SY='V'; M= -2,-28, -7,-28,-27, -1,-29,-28, 23,-18, 12, 9,-28,-29,-27,-18,-13, -2, 38,-29, -9,-27; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='G'; M= 1, -9,-29, -9,-19,-29, 66,-19,-39,-19,-30,-20, 1,-19,-19,-19, 2,-18,-29,-21,-29,-19; /M: SY='Q'; M= -9, 0,-29, -1, 18,-38,-20, 8,-19, 9,-19, -1, 0,-10, 56, 9, 1, -7,-28,-21,-10, 37; /M: SY='R'; M=-19, -3,-29, -5, 1,-21,-18, 22,-29, 20,-21, -9, 7,-19, 9, 47, -8,-11,-23,-24, -4, 1; /M: SY='T'; M= 1, 0,-11, -8, -8,-12,-18,-18,-12, -7,-13,-11, 1,-10, -8, -8, 21, 44, -2,-31,-11, -8; /M: SY='R'; M=-15, 0,-29, -1, 5,-25,-19, 23,-29, 27,-25, -8, 6,-15, 9, 30, -9,-12,-23,-24, -3, 5; /M: SY='T'; M= 2, 4,-12, -6, -9,-13,-11,-15,-13, -9,-15,-12, 8,-12, -9,-10, 18, 35, -6,-31,-13, -9; /M: SY='N'; M= -7, 25,-17, 9, -3,-17, -7, 0,-17, -1,-23,-16, 39,-17, -3, 1, 12, 15,-20,-36,-16, -3; /M: SY='A'; M= 28,-10,-11,-16,-14,-23, 19,-20,-20,-14,-17,-14, -6,-14,-14,-20, 8, -3,-10,-22,-23,-14; /M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8, 2,-22,-20, -2,-30, 33,-22,-10, 0,-18, 10, 63,-10,-10,-20,-20,-10, 2; /M: SY='T'; M= 0, -2,-13,-10, -8,-12,-18,-17,-13, -4,-12,-10, 0,-11, -7, 1, 16, 38, -3,-29,-11, -8; /M: SY='R'; M= -4,-14,-14,-15,-11,-20, 0,-14,-22, -2,-17,-12, -8,-10, -8, 11, -5, -9,-14,-25,-19,-12; /M: SY='R'; M=-13, -5,-28, -5, 4,-24,-18, -5,-29, 34,-25,-11, 1,-15, 9, 46, -5, -7,-19,-22,-11, 4; /M: SY='G'; M= -5, -5,-30, -5, -5,-30, 24,-15,-35, 16,-30,-15, 0,-15, -5, 6, -5,-15,-25,-20,-20, -5; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 854 in 854 different sequences |
Number of true positive hits | 854 in 854 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | K_Hofmann |
Version [info] | 6 |
Cross-references [info]