PROSITE entry PS50192
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | T_SNARE |
| Accession [info] | PS50192 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-APR-2002 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50192 |
| Associated ProRule [info] | PRU00202 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | t-SNARE coiled-coil homology domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=63; TOPOLOGY=LINEAR; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=58; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8449000; R2=0.0289058; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1075.6915283; R2=0.6478149; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=231; H_SCORE=1225; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=162; H_SCORE=1181; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MM=5; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-5; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='D'; M=-12, -1,-25, 7,-11,-20,-18, -2,-19, -8,-12,-10, -5,-15, -5, -8, -8,-10,-17,-26, -9, -2; /M: SY='A'; M= 1,-10,-23,-12, -9,-20,-13,-10,-14, -9,-17,-11, -8,-10, -3,-14, 1, -5,-14,-25,-14, -6; /M: SY='M'; M=-15,-19,-21,-19,-18, -7,-26,-10, 1,-17, 1, 4,-20,-17,-12,-15,-12, -5, -4,-19, 2,-13; /M: SY='E'; M=-11,-10,-28, -9, 2,-16,-25,-12, -8,-10,-11, -8,-16,-15, -6,-13,-11, -8, -4,-26,-14, -3; /M: SY='Q'; M=-16, -4,-27, 2, 0,-27,-18, -2,-22, -3,-18,-12, -2,-13, 10, 2, -3, -8,-23,-28,-13, 8; /M: SY='E'; M= -8, 0,-27, 8, 20,-31,-15, -5,-28, 0,-24,-19, -5, -6, 6, -8, 1, -7,-26,-30,-18, 15; /M: SY='R'; M=-18, -7,-26, -9, -4,-21,-16, -6,-18, 4,-30,-10, 3,-17, 7, 21, 0, -6,-17,-29,-17, 0; /M: SY='D'; M=-12, 0,-25, 12,-11,-19,-19, 6,-19,-14,-11,-12, -7,-15,-11,-16, -9,-13,-15,-28, -7, -5; /M: SY='E'; M=-13, -1,-29, 5, 8,-29,-13, -5,-29, 4,-25,-16, -6,-11, 5, 3, -3,-10,-25,-27,-16, 7; /M: SY='E'; M= -8, 1,-22, 1, -2,-24, -9, -3,-22, -6,-23,-15, 3,-11, -1, -9, 5, -2,-23,-30,-16, 2; /M: SY='L'; M= -9,-23,-23,-27,-21, -1,-27,-22, 8,-27, 13, 7,-25,-22,-17,-23,-14, 1, 8,-23, -9,-20; /M: SY='E'; M=-14, -8,-26, -2, -1,-24,-13, -8,-20, -5,-16,-10, -8,-12, -4, -2, -6, -8,-18,-27,-15, 0; /M: SY='Q'; M= -7, -8,-26, -8, -6,-26,-12, -6,-21, -1,-18, -9, -5,-14, 3, 1, -3, -5,-20,-25,-14, -1; /M: SY='I'; M=-16,-28,-23,-32,-26, 0,-30,-25, 24,-26, 10, 15,-24,-24,-21,-21,-20, -7, 17,-26, -9,-24; /M: SY='E'; M= -5, -8,-23, -2, -8,-21,-10, -2,-21,-11,-15,-13, -5,-12, -7,-10, -1, -8,-18,-28,-15, -1; /M: SY='R'; M= -7, -7,-24, -8, -9,-24, -6, -8,-25, 0,-24,-13, -4,-13, -2, 2, 4, -1,-20,-27,-16, -5; /M: SY='S'; M= -7,-12,-21,-13,-22,-17,-10,-12,-10,-12,-14, -7, -8,-15,-13,-12, 2, 0, -8,-28,-12,-15; /M: SY='I'; M= -8,-27,-23,-32,-25, -3,-30,-26, 20,-30, 9, 8,-26,-22,-19,-28,-16, -7, 16,-23, -9,-25; /M: SY='Q'; M= -8,-17,-24,-15,-14,-21, -6,-12,-17, -9,-14, -9,-10,-15, -5, -4, -4, -6,-15,-24,-14, -7; /M: SY='E'; M=-10, 2,-26, 8, 10,-27,-17, -5,-25, -2,-21,-17, -1,-10, -2, -4, -2, -5,-22,-30,-17, 5; /M: SY='L'; M=-13,-27,-21,-28,-21, 2,-26,-22, 12,-25, 12, 8,-24,-25,-18,-18,-19, -9, 7,-25, -9,-19; /M: SY='K'; M=-12, -5,-27, -2,-14,-25,-12, 6,-28, 10,-26,-13, 1,-14, -3, 11, -6,-12,-22,-25,-11, -3; /M: SY='N'; M=-12, 1,-22, 2, -6,-26, -7, -4,-24, -8,-24,-16, 0,-14, -5,-10, 1, -6,-21,-31,-16, -5; /M: SY='M'; M= -9,-30,-22,-34,-35, -1,-26,-18, 22,-28, 19, 24,-28,-21,-21,-26,-19,-10, 12,-21, -3,-26; /M: SY='F'; M= 2,-15,-22,-21,-17, 11, 2,-19,-24,-23,-20,-19,-11,-19,-20,-21, 0, -6,-15,-13, -9,-17; /M: SY='M'; M=-12,-23,-23,-23,-22,-12,-21, -5, 0,-18, 4, 6,-15,-20, -6,-12,-13, -8, -5,-24, -5,-11; /M: SY='D'; M=-16, 10,-29, 20, 5,-31,-15, -3,-31, -1,-25,-19, 0,-11, 1, -2, -4, -8,-26,-30,-16, 4; /M: SY='M'; M=-17,-24,-22,-30,-24, 1,-27,-20, 16,-23, 6, 18,-21,-22,-17,-17,-17, -2, 10,-25, -8,-20; /M: SY='G'; M= 5,-14,-23,-11,-26,-23, 17,-11,-24,-21,-17,-13, -9,-16,-16,-21, -2,-13,-18,-23,-20,-15; /M: SY='B'; M=-11, -4,-25, -2, -8,-21,-13, 0,-18, -9,-17, -8, -6,-15, -7,-11, -2, -5,-14,-29,-12, -8; /M: SY='E'; M=-12,-13,-25, -9, 2,-16,-21, -3,-10,-10, -2, 4,-17,-12, -1,-10,-11,-13,-14,-25,-10, 4; /M: SY='L'; M= -9,-29,-21,-30,-25, 3,-30,-27, 14,-30, 16, 4,-31,-27,-24,-25,-19, -4, 19,-23, -9,-25; /M: SY='E'; M=-15, -2,-26, 7, 6,-26,-17, -6,-22, -4,-19,-16, -5,-11, -2, -6, -4, -8,-19,-30,-15, 5; /M: SY='E'; M= -8, -1,-20, 4, 4,-26,-13, -3,-25, -9,-21,-17, -3,-11, -4,-12, 2, -3,-21,-32,-16, 1; /M: SY='Q'; M=-19, 0,-31, 2, 16,-41,-19, 6,-25, 7,-37, -8, 0,-10, 53, 9, -1,-12,-33,-24,-17, 36; /M: SY='G'; M= -4, 3,-24, 5,-21,-27, 18, -7,-31,-14,-30,-21, 10,-15,-13,-14, 5,-10,-26,-30,-23,-10; /M: SY='E'; M=-12, -3,-28, 2, 16,-26,-20, -7,-24, 0,-21,-16, -8, -4, 3, -5, -1, -5,-22,-29,-17, 10; /M: SY='M'; M=-12,-20,-23,-23,-23,-12,-23, -8, 4,-13, 1, 14,-18,-19, -3,-10,-12, -8, -2,-21, -4,-10; /M: SY='L'; M=-13,-31,-26,-33,-26, 3,-33,-26, 21,-32, 22, 11,-31,-26,-22,-27,-24, -9, 17,-22, -7,-25; /M: SY='D'; M=-18, 23,-25, 32, -1,-28,-12, -3,-31, -9,-26,-25, 14,-12, -8,-13, 1, -3,-27,-35,-17, -1; /M: SY='R'; M=-14, -2,-27, 0, -8,-26,-11, -4,-27, 3,-23,-15, 2,-16, -3, 13, -4, -7,-22,-27,-15, -6; /M: SY='I'; M=-19,-30,-28,-37,-30, 3,-35,-27, 34,-28, 6, 18,-22,-22,-21,-25,-22,-11, 19,-22, -5,-27; /M: SY='E'; M= -9, 6,-25, 18, 5,-27,-12, -6,-28, -8,-21,-20, -3, -8, -5,-14, 0, -6,-22,-31,-19, 7; /M: SY='E'; M= -9, 0,-25, 2, -1,-20,-13, 0,-23, -6,-22,-16, -3,-13, -5,-10, 1, -4,-20,-25, -7, -3; /M: SY='N'; M=-11, 11,-22, 5,-11,-22, -2, 1,-23, -7,-26,-18, 20,-16, -9, -8, 4, -5,-26,-33,-17, -7; /M: SY='V'; M= -8,-26,-16,-29,-24, 3,-25,-24, 7,-26, 5, 4,-28,-26,-22,-23,-15, -4, 16,-22, -9,-23; /M: SY='D'; M=-17, 9,-28, 22, 10,-29,-13, -1,-28,-10,-21,-20, -1, -9, -3,-13, -3, -9,-26,-32,-15, 6; /M: SY='N'; M=-13, 5,-24, 5, -9,-24,-10, 6,-24, -8,-24,-14, 9,-15, -3, -7, 3, -2,-24,-31,-11, -5; /M: SY='T'; M= -2,-11,-18,-18,-17,-12,-15,-20, -1,-16,-17, -5, -5,-17,-15,-16, 1, 7, 1,-30,-17,-16; /M: SY='D'; M= -9, -3,-23, 3,-15,-19,-16, -2,-19,-10,-18,-12, -4,-14, -8,-11, -1, -4,-14,-29,-12, -4; /M: M=-10,-10,-24, -7,-15,-14,-15,-13,-10,-16, -8, -8,-13,-18,-17,-16, -7, -5, -6,-27,-12,-16; /M: SY='N'; M=-16, 1,-26, 1,-14,-16,-16, 2,-20, -3,-19,-13, 2,-17, -7, 2, -6, -9,-20,-22, -2, -8; /M: SY='I'; M=-10,-25,-22,-28,-24, -1,-28,-24, 14,-27, 11, 7,-26,-24,-20,-23,-15, -3, 16,-25,-10,-23; /M: SY='E'; M=-12, -2,-27, 3, 1,-29,-14, -3,-28, 6,-25,-16, -1,-10, 5, 4, -3, -7,-25,-27,-14, 6; /M: SY='Q'; M= -8,-11,-25,-11,-12,-23,-12, -9,-15, -5,-16, -6, -9,-16, -6, -5, -6, -6,-12,-26,-13, -8; /M: SY='A'; M= 13,-10,-17,-15,-12,-22, 2,-21,-17,-11,-30,-16, -7,-13,-11,-14, 7, 1, -7,-27,-24,-10; /M: SY='N'; M= -9, -2,-21, 0,-19,-16,-15, 0,-16,-10,-17, -9, 2,-16, -9, -7, 0, -5,-13,-30,-12, -7; /M: SY='R'; M=-12, -7,-29, -5, -6,-25, -7, -5,-29, 7,-26,-15, -7,-14, -3, 8, -4,-10,-23,-24,-12, -4; /M: SY='R'; M=-17, 0,-28, 2, 1,-27,-16, 3,-28, 11,-26,-15, 3,-13, 5, 16, -5,-11,-27,-27,-13, 5; /M: SY='L'; M= -8,-26,-22,-29,-22, 4,-26,-22, 9,-28, 15, 7,-28,-25,-20,-23,-18, -4, 11,-21, -8,-21; /M: SY='K'; M= -8,-12,-22,-11,-12,-18,-15, -9,-19, -1,-16,-10, -6,-14, -8, 2, -2, 1,-15,-25,-12, -7; /M: SY='K'; M=-12,-11,-29, -8, -2,-27,-18, -8,-26, 14,-23,-12,-11,-11, -1, 9, -8, -7,-20,-19,-11, 0; /M: SY='L'; M= 1,-22,-18,-26,-20, -3,-18,-19, 5,-20, -3, 4,-20,-21,-17,-18,-11, -7, 5,-21, -8,-18; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 226 in 201 different sequences |
| Number of true positive hits | 214 in 189 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 12 in 12 different sequences |
| Number of false negative sequences | 6 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 94.69 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 97.27 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20_shuffled |
| Author [info] | K_Hofmann |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | t-SNARE coiled-coil homology |
| Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
189 sequences
ABI1_HUMAN (Q8IZP0), ABI1_MOUSE (Q8CBW3), ABI1_RAT(Q9QZM5), ABI2_HUMAN (Q9NYB9), ABI2_MOUSE (P62484), AEX4_CAEEL (G5EEN8), BET11_ARATH (Q9M2J9), BET12_ARATH (Q94CG2), BET1L_BOVIN (Q3MHP8), BET1L_DANRE (Q68EL3), BET1L_HUMAN (Q9NYM9), BET1L_MOUSE (O35153), BET1L_PONAB (Q5RBX2), BET1L_RAT (O35152), BET1_HUMAN (O15155), BET1_MOUSE (O35623), BET1_RAT(Q62896), BET1_SCHPO (O13932), BET1_YEAST (P22804), BETL1_ARATH (Q8VXX9), BETL2_ARATH (Q8L9S0), FSV1_SCHPO (O14222), NPS11_ARATH (Q944A9), NPS12_ARATH (Q9LNH6), NPS13_ARATH (Q9LRP1), PEP12_SCHPO (O94651), PEP12_YEAST (P32854), PSY1_SCHPO (Q9USH7), SEC9_CANAL (Q59XP0), SEC9_CANGA (Q6FY22), SEC9_DEBHA (Q6BKU3), SEC9_EREGS (Q752V4), SEC9_KLULA (Q6CSD1), SEC9_SCHPO (O74786), SEC9_YARLI (Q6C5G0), SEC9_YEAST (P40357), SED5_SCHPO (O13644), SED5_YEAST (Q01590), SFT1_YEAST (P43682), SN25A_CARAU (P36977), SN25A_DANRE (Q5TZ66), SN25B_CARAU (P36978), SN25B_DANRE (Q6PC54), SNA29_CAEEL (P83351), SNP23_HUMAN (O00161), SNP23_MOUSE (O09044), SNP23_RAT (O70377), SNP25_BOVIN (Q17QQ3), SNP25_CHICK (P60878), SNP25_DROME (P36975), SNP25_HUMAN (P60880), SNP25_MACMU (P60877), SNP25_MOUSE (P60879), SNP25_PANTR (Q5R1X1), SNP25_PONAB (Q5NVG5), SNP25_RAT (P60881), SNP25_TORMA (P36976), SNP29_ARATH (Q9SD96), SNP29_BOVIN (Q0II86), SNP29_HUMAN (O95721), SNP29_MOUSE (Q9ERB0), SNP29_PONAB (Q5R5K4), SNP29_RAT (Q9Z2P6), SNP30_ARATH (Q9LMG8), SNP32_ORYSJ (Q0E1I7), SNP33_ARATH (Q9S7P9), SNP47_BOVIN (A6QP11), SNP47_DANRE (Q0P4A7), SNP47_HUMAN (Q5SQN1), SNP47_MOUSE (Q8R570), SNP47_RAT (Q6P6S0), SPO20_YEAST (Q04359), SSO1_YEAST (P32867), SSO2_CANAL (Q59YF0), SSO2_YEAST (P39926), STX10_HUMAN (O60499), STX11_HUMAN (O75558), STX11_MOUSE (Q9D3G5), STX12_HUMAN (Q86Y82), STX12_MOUSE (Q9ER00), STX12_PONAB (Q5RBW6), STX12_RAT (G3V7P1), STX16_HUMAN (O14662), STX16_MOUSE (Q8BVI5), STX17_BOVIN (Q5E9Y2), STX17_HUMAN (P56962), STX17_MOUSE (Q9D0I4), STX17_RAT (Q9Z158), STX19_BOVIN (Q0VCI2), STX19_HUMAN (Q8N4C7), STX19_MOUSE (Q8R1Q0), STX19_PONAB (Q5RAL4), STX1A_ANOGA (Q5TX47), STX1A_BOVIN (P32850), STX1A_CAEBR (A8WVD0), STX1A_CAEEL (O16000), STX1A_DROME (Q24547), STX1A_HUMAN (Q16623), STX1A_MOUSE (O35526), STX1A_PONAB (Q5R4L2), STX1A_RAT (P32851), STX1B_BOVIN (P61267), STX1B_HUMAN (P61266), STX1B_MOUSE (P61264), STX1B_RAT (P61265), STX1B_SHEEP (P61268), STX2_CAEEL (Q20574), STX2_HUMAN (P32856), STX2_MOUSE (Q00262), STX2_RAT(P50279), STX3_CAEEL (Q20024), STX3_HUMAN (Q13277), STX3_MOUSE (Q64704), STX3_RAT(Q08849), STX4_BOVIN (Q3SWZ3), STX4_CAEEL (P91409), STX4_DROME (Q7KVY7), STX4_HUMAN (Q12846), STX4_MOUSE (P70452), STX4_RAT(Q08850), STX5_BOVIN (Q08DB5), STX5_CAEEL (Q20797), STX5_DROME (Q24509), STX5_HUMAN (Q13190), STX5_MOUSE (Q8K1E0), STX5_RAT(Q08851), STX6_CAEEL (P83528), STX6_CHICK (Q5ZL19), STX6_HUMAN (O43752), STX6_MOUSE (Q9JKK1), STX6_PONAB (Q5R6Q2), STX6_RAT(Q63635), STX7A_DICDI (Q54JY7), STX7B_DICDI (Q54X86), STX7_BOVIN (Q3ZBT5), STX7_HUMAN (O15400), STX7_MOUSE (O70439), STX7_PONAB (Q5R602), STX7_RAT(O70257), STX8A_DICDI (Q553P5), STX8B_DICDI (Q54IX6), STX8_BOVIN (Q3T075), STX8_HUMAN (Q9UNK0), STX8_MOUSE (O88983), STX8_RAT(Q9Z2Q7), STX8_YEAST (P31377), STX_APLCA (Q16932), SY111_ARATH (Q42374), SY111_ORYSJ (Q84R43), SY112_ARATH (Q9ZPV9), SY121_ARATH (Q9ZSD4), SY121_ORYSJ (Q6F3B4), SY122_ARATH (Q9SVC2), SY123_ARATH (Q9ZQZ8), SY124_ARATH (O64791), SY125_ARATH (Q9SXB0), SY131_ARATH (Q9SRV7), SY132_ARATH (Q8VZU2), SY132_ORYSJ (Q7XIE2), SYP21_ARATH (Q39233), SYP22_ARATH (P93654), SYP23_ARATH (O04378), SYP24_ARATH (Q9C615), SYP31_ARATH (Q9FFK1), SYP32_ARATH (Q9LK09), SYP41_ARATH (O65359), SYP42_ARATH (Q9SWH4), SYP43_ARATH (Q9SUJ1), SYP51_ARATH (Q9SA23), SYP52_ARATH (Q94KK7), SYP61_ARATH (Q946Y7), SYP71_ARATH (Q9SF29), SYP72_ARATH (Q94KK6), SYP73_ARATH (Q94KK5), TLG1_SCHPO (Q9HGN3), TLG1_YEAST (Q03322), TLG2_SCHPO (Q9P6P1), TLG2_YEAST (Q08144), TSNA1_HUMAN (Q96NA8), UACA_HUMAN (Q9BZF9), UACA_MOUSE (Q8CGB3), UFE1_YEAST (P41834), VAM3_YEAST (Q12241), VAM7_SCHPO (O74509), VAM7_YEAST (P32912), VTI1A_DICDI (Q54CK6), VTI1_YEAST (Q04338), Y5975_DICDI (Q54MG4), YL657_MIMIV (Q5UR18)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
6 sequences
STX18_DANRE (Q4VBI7), STX18_HUMAN (Q9P2W9), STX18_MOUSE (Q8VDS8), STX18_PONAB (Q5REB4), STX18_RAT (Q68FW4), UFE1_SCHPO (O94531)» more |
| UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences |
12 sequences
AER_PSEAE (Q9I3F6), CSS1_YEAST (P40442), CTPM_PSEAE (Q9I0I6), HLYB_VIBCH (P15492), MCP25_PARM1 (Q2W4T8), MCP2_THEMA (Q9X0M7), MCPN_PSEAE (Q9I055), NAHY_PSEPU (Q9Z429), PCTA_PSEAE (G3XD24), PCTC_PSEAE (Q9HW93), PSCA_PSESM (Q882Z2), Y504_MYCPN (P75282)» more |
| PDB [Detailed view] |
60 PDB
1FIO; 1GL2; 1HVV; 1JTH; 1KIL; 1N7S; 1NHL; 1SFC; 1URQ; 1XTG; 2M8R; 2N1T; 2NPS; 3B5N; 3C98; 3HD7; 3IPD; 3J96; 3J97; 3J98; 3J99; 3P8C; 3RK2; 3RK3; 3RL0; 3ZUR; 3ZUS; 4JEH; 4JEU; 4N78; 4WY4; 5CCG; 5CCH; 5CCI; 5KJ7; 5KJ8; 5LG4; 5LOB; 5LOW; 5M4Y; 5W5C; 5W5D; 6IP1; 6JLH; 6MDM; 6MDN; 6MDO; 6MDP; 6MTI; 6WVW; 7BV6; 7Q83; 7UDB; 7UDC; 7USC; 7USD; 7USE; 7XSJ; 8BAN; 8BAV » more |