PROSITE entry PS50309

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	DC
Accession [info]	PS50309
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50309
Associated ProRule [info]	PRU00072

Name and characterization of the entry

Description [info]

Doublecortin domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=82;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=77;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.0054000; R2=0.0169209; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4888.0996094; R2=4.9243026; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=503; H_SCORE=7365; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=385; H_SCORE=6784; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-17, -8,  1,-23,-22,-10,-26, 31,-19, -8, -4,-17,  4, 32,-12,-10,-17,-22,-11,  1;
/M: SY='R';  M= -9, -9,-24,-11, -3,-17,-20,-11,-15, 15,-12, -6, -4,-16,  1, 22, -4, -1, -9,-24, -9, -3;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-22,-35,-28,  2,-35,-28, 38,-27, 23, 17,-25,-25,-23,-25,-19, -7, 32,-23, -3,-28;
/M: SY='R';  M= -9,-13,-21,-15,-10, -2,-21,-10, -9,  1, -7, -5, -8,-20, -7, 12, -3,  3, -2,-18,  2,-10;
/M: SY='V';  M= -8,-30,-17,-34,-29, 21,-32,-27, 25,-25, 15, 10,-26,-28,-30,-22,-16, -5, 30,-17,  3,-29;
/M: SY='Y';  M=-16,-23,-28,-28,-22, 27,-32, -6, 11,-14,  5,  5,-18,-25,-17,-14,-19,-10,  2,  7, 38,-22;
/M: SY='R';  M=-12, -8,-28, -8,  2,-22,-18, -4,-28, 32,-22,-10, -1,-17,  8, 53, -8, -9,-18,-20,-11,  2;
/M: SY='N';  M= -6, 32,-18, 16,  0,-20,  0,  6,-20, -2,-30,-20, 50,-18,  0, -2, 16,  4,-26,-40,-20,  0;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='D';  M=-15, 30,-26, 45, 14,-31,-15, -6,-25, -3,-21,-21,  8,-13, -4,-11, -2, -8,-14,-37,-18,  5;
/M: SY='P';  M=-13, -6,-31, -2,  2,-24,-20, -8,-19, 10,-17, -6, -8, 14,  4, 10,-11,-10,-20,-25,-15,  1;
/M: SY='Y';  M=-14,-19,-30,-21,-13,  8,-28, -8,  0, -8, -6, -2,-16,  0, -9,-11,-15,-10, -8, -4, 17,-13;
/M: SY='Y';  M=-17, -3,-25, -7,-10, 13,-21,  6,-15, -5,-10, -8,  2,-23,-10,  5, -9, -5,-15, -9, 16,-11;
/M: SY='K';  M= -8, -4,-29, -3,  7,-26,-12,  0,-28, 22,-24,-12, -1, -5,  6, 21, -7,-11,-22,-23,-12,  5;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='G';  M=  8, -9,-22,-12,-13,-22, 29,-17,-21, -9,-18,-11, -4,-14,-12,-13, -1,-12,-14,-17,-20,-13; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='V';  M= -7,-16,-22,-17,-12,-12,-23, -9,  2, -1, -7,  0, -9,-20, -7,  7, -4, -3,  8,-26, -8,-12;
/M: SY='R';  M= -9,-16,-24,-17, -8,-14,-23,-11, -6,  8, -4,  0,-10,-21,  0, 24,-11, -8,  0,-22, -9, -6;
/M: SY='F';  M=-11,-25,-20,-28,-24, 18,-29, -7, 15,-20, 14, 12,-22,-28,-21,-17,-18, -8, 16,-11, 16,-23;
/M: SY='V';  M=  5,-27,-14,-28,-23,  0,-25,-25, 20,-22, 22, 10,-27,-27,-23,-20,-14, -4, 27,-25, -8,-23;
/M: SY='I';  M= -8,-31,-23,-33,-26,  5,-32,-26, 27,-26, 25, 14,-28,-27,-23,-23,-23, -9, 22, -7,  0,-25;
/M: SY='N';  M= -7, 13,-21,  5,  1,-21, -8,  7,-21, -1,-26,-15, 25, -8,  4,  3, 12,  4,-22,-34,-15,  1;
/M: SY='R';  M=-10, -6,-28, -4,  7,-25,-18, -7,-24, 15,-24,-13, -2,  6,  9, 20,  0, -2,-21,-26,-15,  6;
/M: SY='R';  M=-16,  2,-32,  5,  5,-25,-18,  1,-31, 25,-26,-13,  0,-15,  6, 26,-11,-13,-23, -8, -6,  4;
/M: SY='R';  M= -7, -8,-21,-11, -4,-18,-21,-10,-10,  5,-13, -5, -4,-16,  6, 14,  2,  8, -4,-25,-10,  0;
/M: SY='F';  M=  4,-20,-14,-26,-20, 13,-21,-22,  7,-20,  4,  0,-16,-21,-22,-19, -3,  4, 13,-18, -2,-20;
/M: SY='K';  M=-11, -2,-30, -2,  5,-27,-17,  6,-26, 17,-26,-11,  3,  4, 11, 17, -4, -8,-24,-26,-12,  6;
/M: SY='S';  M=  1,  2,-16,  4,  3,-23, -6,  2,-23, -4,-28,-17,  9,-12,  6,  0, 26, 10,-15,-36,-15,  4;
/M: SY='F';  M=-16,-30,-24,-37,-28, 45,-27,-20,  4,-25, 11,  8,-25,-29,-29,-19,-23,-12,  2, 21, 20,-25;
/M: SY='E';  M=-13, 20,-30, 31, 36,-32,-18, -2,-26,  3,-20,-19,  5, -6, 13, -5, -2,-10,-25,-32,-18, 24;
/M: SY='A';  M=  9,-13,-21,-14, -4,-22,-17, -5, -6, -7,-11, -3,-12, -2,  6,-10, -2, -6, -3,-24,-13,  0;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-17,-33,-25, 27,-30,-23, 17,-27, 29, 12,-27,-30,-28,-20,-22, -7, 17,-14,  6,-25;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-19, 20,-29, 48, 23,-29,-29,-19,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='D';  M= -6, 14,-25, 17, 17,-30,-15, -2,-26,  7,-22,-15,  8,-10, 14,  4,  2, -2,-22,-29,-16, 15;
/M: SY='D';  M=-10, 20,-25, 26,  9,-25,-14,  5,-21, -3,-18,-12,  8,-14,  2, -8, -3, -8,-17,-29, -9,  5;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-19,-32,-25,  5,-32,-25, 29,-27, 32, 17,-28,-28,-23,-22,-22, -7, 26,-23, -3,-25;
/M: SY='T';  M= -1,  0,-13, -9,-10,-12, -9,-16,-12,-10,-12, -7,  3,-12, -9,-10, 16, 34, -5,-30,-12,-10;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-28; IM=0; DM=-28;
/M: SY='D';  M=-14, 16,-30, 26, 21,-26,-10, -4,-31,  1,-23,-20,  4, -1,  4, -3, -3,-11,-27,-29,-17, 12;
/M: SY='R';  M= -2,-10,-21,-13,-10,-11,-12,-10, -8,  1, -9, -5, -5,-20, -8,  4, -4, -5, -2,-21, -5,-10;
/M: SY='I';  M= -6,-27,-20,-32,-27,  0,-32,-25, 33,-23, 17, 19,-23,-24,-20,-22,-14, -2, 31,-24, -4,-25;
/M: SY='Q';  M= -4,  0,-27, -2,  5,-28, -1, -7,-25,  9,-24,-12,  4, -6, 10,  6,  0, -6,-23,-24,-17,  7;
/M: SY='L';  M= -5,-23,-11,-26,-18,  2,-25,-18,  9,-21, 30, 15,-23,-26,-15,-13,-20, -4,  5,-23, -5,-17;
/M: SY='P';  M= -7, -1,-31,  7,  4,-28,-17,-13,-19, -5,-23,-17, -6, 32, -5,-10, -3, -7,-21,-31,-22, -3;
/M: SY='S';  M= -7,  0,-19, -2, -5, -6,-16,  4,-13,-10,-15, -9,  4,-17, -4, -9,  6,  5, -8,-27, -4, -4;
/I:         I=-6; MD=-30;
/M: SY='G';  M=  4, -9,-25,-10,-17,-26, 57,-18,-33,-17,-25,-17, -1,-17,-17,-18,  1,-16,-25,-18,-26,-17; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-30;
/M: SY='V';  M= 20,-18,-10,-23,-18, -8,-15,-23, 12,-14,  1,  1,-18,-18,-18,-18, -1, -1, 23,-22,-12,-18; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-30;
/M: SY='R';  M=-10, -7,-26, -8,  0,-21,-18,  1,-25, 24,-21, -9, -1,-17,  6, 40, -5, -7,-15,-23, -9,  0;
/M: SY='K';  M= -8,  5,-25,  0,  1,-21,-14,  4,-24, 21,-24,-11, 12,-16,  4, 21, -3, -5,-20,-23, -7,  1;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-25,-35,-25,  5,-35,-25, 34,-30, 36, 20,-25,-25,-20,-25,-25,-10, 19,-20,  0,-25;
/M: SY='Y';  M=-15,-19,-25,-21,-19, 32,-25,  7, -3,-14, -3, -3,-15,-27,-15,-12,-10, -5, -8, 15, 54,-19;
/M: SY='T';  M=  5, -1,-10,-11,-10,-11,-18,-20,-10,-10,-10,-10, -1,-10,-10,-11, 19, 45,  0,-29,-11,-10;
/M: SY='L';  M= -7,-18,-23,-21,-14, -7,-26,-22,  6,-19,  9,  2,-17,  5,-15,-18, -8,  9,  1,-25,-10,-16;
/M: SY='D';  M=-14, 20,-27, 30, 19,-31,-13, -1,-32,  8,-26,-20, 10,-11, 10, 11,  3, -6,-25,-33,-17, 13;
/M: SY='G';  M=  0, -9,-29,-10,-19,-29, 64,-20,-38,-19,-29,-19,  0,-19,-19,-19,  1,-15,-28,-21,-29,-19;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
/M: SY='R';  M=-14, -4,-29, -4,  6,-23,-21, 17,-22, 16,-19, -6,  1,-14, 10, 21, -7, -8,-19,-24, -3,  6;
/M: SY='R';  M= -9,-10,-27, -8,  4,-20,-19, -9,-14,  5,-12, -7, -6, -1,  5,  9, -4, -5,-15,-25,-13,  3;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-19,-35,-30,  0,-35,-30, 39,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 41,-25, -5,-30;
/M: SY='T';  M= -7, -3,-21, -7, -2,-16,-15, -5,-15, -3,-13, -7,  0, -3, -3, -2,  3, 12,-12,-28,-11, -4;
/M: SY='S';  M= -5,  4, -6,  6,  1,-24,-10, -1,-27,  0,-27,-18,  6,-15,  0,  4, 14,  3,-17,-36,-16, -1;
/M: SY='L';  M= -9,-27,-23,-29,-21,  7,-24,-21, 16,-26, 27, 14,-25,-18,-20,-21,-23,-10,  9,-19, -3,-21;
/M: SY='D';  M=-10, 22,-28, 29, 21,-34,-14,  6,-29,  6,-24,-17, 12,-10, 17, -1,  0, -9,-27,-31,-15, 19;
/M: SY='E';  M= -6, 15,-28, 23, 32,-33,-15, -1,-28,  8,-22,-17,  4, -6, 18, -1,  0, -9,-26,-29,-18, 25;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-21,-35,-26, 23,-32,-23, 23,-29, 30, 14,-25,-28,-26,-22,-23, -9, 17,-14,  6,-26;
/M: SY='E';  M=-10, -7,-26, -5, 18, -6,-25,-10, -8, -2, -8, -7, -9,-12,  1, -6, -7, -9, -8,-21, -7, 10;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
/M: SY='D';  M=-12, 34,-24, 44, 16,-32, -9, -3,-32, -2,-28,-25, 18,-10,  1, -9,  9,  0,-24,-38,-19,  9;
/M: SY='G';  M= -4,  3,-26,  5,-10,-26, 36,-13,-31,-15,-23,-18,  6,-18,-13,-16,  3,-12,-24,-27,-24,-11;
/M: SY='G';  M= -8,  6,-30, 10,  8,-33, 17, -8,-34,  3,-27,-17,  3,-13,  5, -3, -2,-14,-28,-25,-21,  7;
/M: SY='S';  M=  3, -4,-17,-10, -8,-10, -8,-14, -6,-12,-13, -9,  3,-16,-10,-14,  9,  5, -2,-28,-13, -9;
/M: SY='Y';  M=-18,-23,-26,-24,-23, 35,-30,  8,  3,-14,  3,  1,-21,-30,-17,-13,-19, -9, -2, 20, 62,-23;
/M: SY='V';  M= -3,-29,-14,-30,-29,  3,-31,-25, 29,-21, 13, 11,-28,-29,-27,-20,-13, -2, 41,-23, -1,-29;
/M: SY='C';  M= 27,-15, 30,-24,-18,-18,-12,-24,-13,-17,-11,-11,-15,-21,-18,-23,  2, -3,  1,-30,-22,-18;
/M: SY='S';  M= 10,-10, -1,-13,-12,-15, -1,-15,-13,-14,-18,-13, -5,-18,-12,-16, 15,  5, -2,-29,-14,-12;
/M: SY='G';  M= -1, -4,-24, -3, -5,-26, 30,  3,-32,-13,-28,-17,  4,-16, -7,-13, 10, -8,-24,-28,-19, -7;
/M: SY='N';  M= -6,  4,-24,  4, -1,-23, -9, -8,-21,  0,-21,-14,  6, -3,  1,  4,  4,  2,-18,-29,-17, -2;
/M: SY='E';  M=-12, 12,-30, 18, 29,-30,-11,  6,-31, 10,-24,-17,  6, -8, 13,  5, -2,-11,-28,-29,-15, 20;
/I:         I=-6; MD=-33;
/M: SY='P';  M=  1, -8,-23, -7,  1,-18,-13,-13,-18, 11,-21,-11, -6, 14, -2,  1, -2, -5,-15,-20,-14, -2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-33; IM=-33; DM=-33;
/M: SY='F';  M=-16,-30,-18,-37,-29, 60,-30,-22,  7,-28, 14,  3,-23,-30,-37,-20,-19, -8,  9,  1, 21,-29;
/M: SY='K';  M= -9,-10,-25,-12, -3,-17,-23,-11, -8, 16, -8,  3, -9,-16,  3, 13,-11, -4, -5,-22, -7, -1;
/M: SY='P';  M=-11,-12,-33, -8, -2,-19,-20,-11,-17,  3,-20,-12,-10, 35, -5, -6,-11, -9,-22,-21,-10, -7;
/M: SY='V';  M=  3,-22,-19,-23,-18, -9,-12,-21,  7,-17,  6,  6,-21,-14,-16,-18,-10, -6, 13,-25,-13,-18;
/M: SY='D';  M=-10, 22,-29, 29, 14,-32,-12, -3,-29,  1,-26,-21, 12,  5,  4, -4,  0, -8,-27,-33,-20,  8;
/M: SY='Y';  M=-11,-13,-26,-12,-15, 14,-25,  7, -2,-13,  5, -1,-16,-26,-11,-13,-17, -9, -8,  8, 44,-16;
/M: SY='D';  M= -9, 17,-25, 21, -2,-24, 14, -9,-31,-10,-26,-22, 13,-15, -9,-13,  5, -4,-24,-30,-19, -5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	72 in 38 different sequences
Number of true positive hits	72 in 38 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Doublecortin
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

38 sequences

DCD2B_HUMAN (A2VCK2), DCD2C_HUMAN (A8MYV0), DCD2C_MOUSE (Q9D1B8),

DCDC1_HUMAN (M0R2J8), DCDC2_HUMAN (Q9UHG0), DCDC2_MOUSE (Q5DU00), 
DCDC2_RAT   (D3ZR10), DCLK1_HUMAN (O15075), DCLK1_MOUSE (Q9JLM8), 
DCLK2_AILME (D2I3C6), DCLK2_HUMAN (Q8N568), DCLK2_MOUSE (Q6PGN3), 
DCLK2_RAT   (Q5MPA9), DCLK3_MOUSE (Q8BWQ5), DCLK_CAEEL  (Q95QC4), 
DCLK_DROER  (B3NKK1), DCLK_DROME  (Q7PLI7), DCLK_DROPE  (B4GXC2), 
DCLK_DROPS  (B5DK35), DCLK_DROSE  (B4IMC3), DCLK_DROSI  (B4NSS9), 
DCLK_DROYA  (B4IT27), DCXH_PLAF7  (C0H4E4), DCXH_TOXGV  (B6KAS6), 
DCX_DICDI   (Q550F6), DCX_HUMAN   (O43602), DCX_MOUSE   (O88809), 
DCX_RAT (Q9ESI7), EMAL_DROME  (Q9VUI3), RP1L1_HUMAN (Q8IWN7), 
RP1L1_MOUSE (Q8CGM2), RP1_BOVIN   (Q8MJ05), RP1_CANLF   (Q8MJ04), 
RP1_HUMAN   (P56715), RP1_MOUSE   (P56716), RP1_PAPHA   (Q8MJ06), 
RP1_SAIBB   (Q8MJ03), RPI1_CAEEL  (Q69Z08)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

19 PDB

1MFW; 1MG4; 1MJD; 1UF0; 2BQQ; 2DNF; 2XRP; 4ATU; 5IKC; 5IN7; 5IO9; 5IOI; 5IP4; 6B4A; 6FNZ; 6REV; 6RF2; 6RF8; 6RFD
» more