PROSITE entry PS50811

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	WRKY
Accession [info]	PS50811
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAY-2002 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50811
Associated ProRule [info]	PRU00223

Name and characterization of the entry

Description [info]

WRKY domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=66;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=61;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.2606000; R2=0.0114774; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5967.6030273; R2=5.0532060; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=718; H_SCORE=9596; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=544; H_SCORE=8717; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M= 26, -4,-10, -8, -4,-20,  0,-14,-16,-10,-22,-16,  2,-10, -4,-14, 28, 12, -6,-32,-20, -4;
/M: SY='D';  M= 11, 14,-22, 20, 19,-29, -9, -8,-25, -1,-19,-19,  2, -7,  2,-11,  4, -6,-18,-29,-20, 11;
/M: SY='I';  M= -7,-14,-24,-13,  6,-12,-29,-18, 12,-11,  1,  1,-15,-15, -7,-15, -9, -7, 12,-27,-11, -2;
/M: SY='D';  M=  8, 26,-22, 34,  8,-32, -6, -8,-28, -4,-22,-22,  8,-10, -4,-14,  4, -6,-18,-32,-20,  2;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-23,-33,-23,  7,-33,-23, 29,-30, 41, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 16,-20,  0,-23;
/M: SY='L';  M=-10, -2,-20,-10,-12, -2,-18, -8,  4,-18, 18,  4,  6,-26,-12,-12,-14, -6, -6,-28, -8,-12;
/M: SY='D';  M= -8, 30,-22, 42, 12,-32, -6, -4,-32, -4,-30,-26, 16,-10,  0,-10, 16,  2,-22,-40,-20,  6;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='G';  M=  0,-18,-22,-18,-24,-18, 30,-24,-12,-20,-14, -8,-12,-24,-24,-20, -4,-12,  2,-24,-22,-24;
/M: SY='W';  M=-20,-28,-38,-28,-24, 22,-26,  0, -8,-14, -8, -8,-28,-30,-14,-14,-28,-18,-18, 78, 60,-20;
/M: SY='R';  M=  8,-10,-22,-14, -4,-20,-12, -8,-22, 14,-16,-10, -4,-16,  2, 34, -2, -6,-12,-20,-14, -4;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='P';  M= -4,-26,-22,-22,-18,-12,-26,-26, 10,-16, -6, -2,-26, 18,-22,-20,-10, -4, 18,-30,-18,-22;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-18,-34,-30,  0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='N';  M= -2, 24,-16, 12,  0,-20,  0,  2,-20, -4,-30,-20, 40,-16,  0, -4, 22,  8,-22,-40,-20,  0;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='N';  M=-14, 16,-24,  4, -8,  0,-12, 14,-12, -4,-18,-12, 28,-24, -4, -4, -2, -4,-22,-12, 20, -8;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='G';  M=  6, -4,-18, -4, -8,-24, 28,-14,-28,-14,-30,-20,  6,-14, -8,-14, 24,  4,-18,-32,-24, -8;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='R';  M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 42,-26,-10,  0,-14, 10, 46,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='K';  M=  7, -3,-24, -6,  7,-30,-14, -7,-21, 20,-21, -7, -3,-10, 20,  9, -1, -7,-17,-20,-13, 14;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M=-10, -7,-26, -9, -8,-11,-18,-11, -4,-15,  2, -4, -1, 10,-11,-14,-12, -7,-14,-29,-15,-11;
/M: SY='V';  M= 20,-22,-10,-26,-22, -8,-18,-26, 14,-16,  2,  2,-22,-22,-22,-20, -2,  0, 30,-26,-14,-22;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='H';  M=-16,  0,-30,  0,  8,-28,-20, 64,-26, -2,-20,  0,  6,-16, 30,  4, -6,-16,-30,-26,  8, 16;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='N';  M= 14, 13,-14,  2, -3,-20,  0, -5,-17, -6,-24,-17, 24,-14, -3, -9, 19,  6,-15,-34,-20, -3;
/M: SY='R';  M= -2, -4,-18, -4,  0,-20, -8, -6,-24,  6,-26,-16,  6,-14,  4, 22, 20,  8,-14,-32,-16,  0;
/M: SY='H';  M= -2,  0,-16, -3, -3,-17,-12, 21,-20,-10,-21,-11,  7,-13,  0, -7, 19, 16,-13,-34, -5, -3;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='P';  M= -4,-17,-28,-17, -9,-18,-21,-20,  2,-16,-14, -8,-11, 27,-10,-20,  1, -1, -6,-30,-18,-13;
/M: SY='K';  M=-13, -3,-30, -3,  7,-27,-20, -7,-30, 44,-27,-10,  0,-13, 10, 42,-10,-10,-20,-20,-10,  7;
/M: SY='M';  M= 13,-11,-14,-18,-11,-12, -8, -9, -1,-10, -4, 15, -8,-14, -3,-13,  7,  2,  1,-26,-12, -7;
/M: SY='F';  M= -8,-30,-14,-34,-30, 32,-30,-26, 18,-24, 10,  6,-26,-30,-34,-20,-14, -4, 30,-14,  6,-30;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-24,-37,-30,  0,-37,-30, 44,-27, 17, 17,-23,-23,-23,-27,-17, -7, 36,-23, -3,-30;
/M: SY='T';  M=  0,-12,-10,-18,-18, -6,-24,-24,  6,-14, -2, -2,-12,-18,-18,-14,  8, 30, 20,-30,-10,-18;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='E';  M= -6,  6,-22,  8, 32,-22,-20, -8,-22,  2,-16,-16,  0, -4,  8, -4,  8, 14,-18,-30,-16, 20;
/M: SY='G';  M= 20,-10,-22,-14,-16,-26, 42,-20,-28,-16,-22,-16, -4,-16,-16,-20,  4,-12,-18,-20,-26,-16;
/M: SY='K';  M=-10,  4,-30,  8, 30,-30,-20, -6,-30, 34,-26,-14,  0, -6, 14, 18, -6,-10,-24,-24,-14, 22;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='D';  M=-16, 22,-34, 38, 12,-36,-14, -8,-32, -4,-30,-26,  4, 30, -4,-14, -4,-10,-30,-36,-24,  2;
/M: SY='V';  M= 20,-22,-10,-26,-22, -8,-18,-26, 14,-16,  2,  2,-22,-22,-22,-20, -2,  0, 30,-26,-14,-22;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_04 which contains 571'864 sequence entries.

Total number of hits	116 in 99 different sequences
Number of true positive hits	114 in 97 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	2 in 2 different sequences
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	98.28 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DNA_BIND
Feature description [info]	WRKY
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

97 sequences

RRS1B_ARATH (Q9FL92), WK452_ORYSI (B8AWM1), WK72A_SOLLC (A0A3Q7GFB5),

WK72B_SOLLC (D8VNC6), WR451_ORYSJ (Q5W6D6), WR52N_ARATH (E1B328), 
WR52R_ARATH (C4B7M6), WR52W_ARATH (C4B7M5), WRK10_ARATH (Q9LG05), 
WRK11_ARATH (Q9SV15), WRK12_ARATH (Q93WY4), WRK13_ARATH (Q9SVB7), 
WRK14_ARATH (Q9SA80), WRK15_ARATH (O22176), WRK17_ARATH (Q9SJA8), 
WRK18_ARATH (Q9C5T4), WRK19_ARATH (Q9SZ67), WRK19_ORYSJ (Q0DFT7), 
WRK20_ARATH (Q93WV0), WRK21_ARATH (O04336), WRK22_ARATH (O04609), 
WRK23_ARATH (O22900), WRK24_ARATH (Q9FFS3), WRK24_ORYSI (Q6B6R4), 
WRK24_ORYSJ (Q6IEQ7), WRK25_ARATH (O22921), WRK26_ARATH (Q9C5T3), 
WRK27_ARATH (Q9FLX8), WRK28_ARATH (Q8VWJ2), WRK28_ORYSI (B8B0R8), 
WRK28_ORYSJ (Q0DAJ3), WRK29_ARATH (Q9SUS1), WRK30_ARATH (Q9FL62), 
WRK31_ARATH (Q93WT0), WRK32_ARATH (P59583), WRK33_ARATH (Q8S8P5), 
WRK34_ARATH (O65590), WRK35_ARATH (O64747), WRK36_ARATH (Q9CAR4), 
WRK38_ARATH (Q8GWF1), WRK39_ARATH (Q9SR07), WRK40_ARATH (Q9SAH7), 
WRK41_ARATH (Q8H0Y8), WRK42_ARATH (Q9XEC3), WRK43_ARATH (Q8GY11), 
WRK44_ARATH (Q9ZUU0), WRK45_ARATH (Q9S763), WRK46_ARATH (Q9SKD9), 
WRK46_HORVU (Q6VWJ6), WRK47_ARATH (Q9ZSI7), WRK48_ARATH (Q9FGZ4), 
WRK49_ARATH (Q9FHR7), WRK50_ARATH (Q8VWQ5), WRK51_ARATH (Q93WU9), 
WRK51_ORYSI (Q6IEN1), WRK51_ORYSJ (Q0JEE2), WRK52_ARATH (P0DKH5), 
WRK53_ARATH (Q9SUP6), WRK54_ARATH (Q93WU8), WRK55_ARATH (Q9SHB5), 
WRK56_ARATH (Q8VWQ4), WRK57_ARATH (Q9C983), WRK58_ARATH (Q93WU7), 
WRK59_ARATH (Q9SJ09), WRK60_ARATH (Q9SK33), WRK61_ARATH (Q8VWV6), 
WRK62_ARATH (Q9LZV6), WRK62_ORYSI (B8BF91), WRK62_ORYSJ (Q6EPZ0), 
WRK63_ARATH (Q9C6H5), WRK64_ARATH (Q9C557), WRK65_ARATH (Q9LP56), 
WRK66_ARATH (Q9M8M6), WRK67_ARATH (Q93WV7), WRK68_ARATH (Q93WV6), 
WRK69_ARATH (Q93WV5), WRK70_ARATH (Q9LY00), WRK70_SOLLC (K4BIZ9), 
WRK71_ARATH (Q93WV4), WRK71_ORYSI (Q6IEL0), WRK71_ORYSJ (Q6QHD1), 
WRK72_ARATH (Q9LXG8), WRK74_ARATH (Q93WU6), WRK75_ARATH (Q9FYA2), 
WRK76_ORYSI (Q6IEK5), WRK76_ORYSJ (Q6EPZ2), WRKY1_ARATH (Q9SI37), 
WRKY1_DICDI (Q554C5), WRKY1_MAIZE (Q32SG4), WRKY2_ARATH (Q9FG77), 
WRKY3_ARATH (Q9ZQ70), WRKY4_ARATH (Q9XI90), WRKY5_ORYSJ (Q75L34), 
WRKY6_ARATH (Q9C519), WRKY7_ARATH (Q9STX0), WRKY8_ARATH (Q9FL26), 
WRKY9_ARATH (Q9C9F0)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences

2 sequences

ATAT1_TRYCC (Q4CQJ5), ATAT2_TRYCC (Q4DTX9)

PDB
[Detailed view]

12 PDB

1WJ2; 2AYD; 2LEX; 5W3X; 6J4E; 6J4F; 6J4G; 7D11; 7P8K; 7Z0R; 7Z0U; 8IEX