PROSITE entry PS50812
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | PWWP |
| Accession [info] | PS50812 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50812 |
| Associated ProRule [info] | PRU00162 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | PWWP domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=62; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=57; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.9419000; R2=0.0123090; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3817.5488281; R2=4.8558640; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=615; H_SCORE=6804; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=452; H_SCORE=6012; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='F'; M=-10,-28,-25,-31,-23, 16,-30,-25, 15,-23, 3, 3,-22, 0,-26,-22,-15, -8, 13,-16, -1,-25; /M: SY='G'; M= -7, -5,-30, -5, -4,-31, 24, 16,-32, -9,-25,-10, 2,-17, 9, -7, -2,-17,-30,-22,-13, 2; /M: SY='D'; M=-15, 24,-32, 39, 25,-35,-15, -5,-33, 0,-28,-25, 6, 15, 3,-10, -2,-10,-30,-35,-22, 13; /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-33,-23, 7,-33,-23, 28,-30, 42, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 16,-20, 0,-23; /M: SY='V'; M= -3,-30,-16,-33,-30, 0,-33,-30, 36,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 44,-27, -7,-30; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='A'; M= 14,-13,-15,-16,-16,-17, 9,-20, -9,-15,-14, -9, -8,-18,-16,-18, 9, 0, 4,-28,-20,-16; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='L'; M= -8,-30,-18,-30,-22, 8,-30,-22, 22,-28, 40, 18,-30,-30,-22,-20,-25, -8, 20,-22, -2,-22; /M: SY='R'; M= -5, -5,-25, -5, -3,-25, 10,-10,-30, 11,-28,-15, 2,-15, -1, 16, 5, -6,-20,-25,-18, -3; /M: SY='G'; M= -3, 4,-27, -2,-14,-27, 50,-12,-34,-14,-30,-20, 17,-20,-14,-14, 3,-14,-30,-26,-27,-14; /M: SY='Y'; M=-20,-25,-25,-30,-25, 54,-30, 1, 0,-20, 5, 0,-20,-30,-24,-15,-20,-10, -5, 20, 56,-25; /M: SY='P'; M= -8,-12,-30, -8, 0,-25,-15,-12,-23, 1,-27,-17, -7, 34, -2, 8, 2, -3,-22,-30,-22, -5; /M: SY='W'; M=-20,-38,-43,-40,-30, 26,-22,-28,-15,-22,-13,-15,-35,-30,-25,-20,-35,-25,-23,118, 30,-22; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='A'; M= 23,-12, 17,-20,-17,-22, 10,-22,-22,-17,-17,-15,-10,-20,-17,-22, 3, -7,-10,-27,-25,-17; /M: SY='R'; M=-12, -4,-28, -4, 14,-20,-20, -2,-18, 19,-13, 4, -5,-12, 10, 22,-10,-10,-16,-23,-10, 11; /M: SY='V'; M= 9,-25,-15,-30,-25, -5,-26,-28, 26,-20, 8, 8,-23,-23,-23,-22, -8, -2, 34,-25,-10,-25; /M: SY='C'; M= -3,-20, 24,-23,-20, -8,-23,-23, -1,-23, 1, -3,-17,-28,-20,-20, -2, 0, 9,-36,-16,-20; /M: SY='H'; M= 4, -5,-20, -7, -2,-20,-10, 21,-23, -1,-20,-10, 3,-15, 3, 9, 7, -3,-16,-28, -6, -2; /M: SY='D'; M=-17, 8,-38, 20, 2,-25,-15,-13,-29, -8,-28,-25, -6, 13, -8,-15,-13,-15,-30, 9,-11, -3; /I: I=-4; MD=-18; /M: SY='W'; M=-10,-15,-30,-12, -5,-13,-15,-15,-18, 7,-21,-13,-15, 12, -5, -1,-15,-13,-20, 24, -3, -5; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18; /M: SY='M'; M= -5,-21,-13,-23,-18, 2,-21,-13, 18,-15, 20, 22,-21,-21,-13,-13,-15, -5, 19,-18, -3,-16; D=-4; /I: I=-4; DM=-18; /M: SY='P'; M= -5,-13,-19,-13, -7, -8,-18,-15, -3,-13, 1, -3,-13, 16,-10,-13, -5, 7, -6,-21,-11,-10; D=-4; /I: I=-4; DM=-18; /M: SY='P'; M= -8, -8,-26, -5, -5,-21, 7, 14,-23,-10,-21,-11, -3, 16, -5,-11, -5,-13,-23,-21,-11, -8; D=-4; /I: I=-4; DM=-18; /M: SY='N'; M= -5, 9,-15, 3, 0,-15, -5, 0,-18, 5,-21,-13, 19,-13, 2, 15, 10, 2,-16,-26,-13, 0; D=-4; /I: I=-4; DM=-18; /M: SY='Y'; M= -5,-13,-18,-16,-13, 2,-19, -6, 9,-13, -2, 1, -8,-15, -8,-13, -1, 0, 4, -8, 15,-13; D=-4; /I: I=-4; DM=-18; /M: SY='R'; M= -8, -2,-18, -5, 3,-19,-15, -2,-15, 8,-13, -5, 0,-10, 17, 18, 2, 7,-13,-18, -8, 9; D=-4; /I: I=-4; DM=-18; /M: SY='K'; M= 7, -2,-18, -5, 3,-21,-10,-10,-18, 24,-18, -8, -2, -8, 3, 11, -3, -5,-10,-15,-10, 3; D=-4; /I: I=-4; DM=-18; /M: SY='M'; M= 5,-15,-20,-21,-11, -9,-18,-12, 1, -1, 8, 17,-15,-18, -5, -6,-13, -8, 1,-20, -7, -8; /M: SY='K'; M=-12, 14,-30, 21, 25,-32,-18, -5,-32, 29,-28,-17, 5, -8, 10, 13, -5,-10,-25,-27,-15, 17; /M: SY='G'; M= -6, -7,-30, -7,-14,-27, 45, 14,-37,-17,-27,-14, 3,-20,-12,-14, -3,-20,-30,-23,-16,-14; /M: SY='Q'; M= -8, 3,-25, 3, 24,-30,-20, 0,-20, 5,-18, -8, 0, -7, 32, 2, 5, 5,-23,-25,-13, 28; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='I'; M= -5, -8,-16,-11, -6, -7,-16,-11, 7, 4, -2, 3, -6, -8, -3, -1, -8, -5, 4,-10, -2, -6; D=-4; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='G'; M= -2, -3,-16, -3, -3,-16, 15, -8,-19, 6,-16, -8, 0, -8, -3, 2, -2, -8,-13,-10,-11, -3; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='E'; M= -5, 3,-16, 6, 22,-18,-10, 2,-13, 5,-10, -6, 0, -2, 20, 2, 0, -5,-16,-13, -8, 21; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='F'; M=-15,-23,-23,-25,-20, 25,-28, -8, 0, -8, 0, 0,-17,-28,-18, 5,-15, -8, 4, -2, 23,-20; /M: SY='W'; M=-17, -4,-38, 3, -3,-20,-18, 11,-27,-10,-25,-17, -8, 11, -5,-13,-15,-17,-30, 12, -1, -5; /M: SY='V'; M= 11,-25,-10,-28,-25, -5,-23,-28, 21,-18, 5, 5,-25,-25,-25,-20, -5, 0, 39,-28,-12,-25; /M: SY='M'; M=-15,-16,-25,-21, -9, 8,-23, -3, -7, -2, -2, 12,-11,-20, 6, 10,-13,-10, -9,-12, 4, -1; /M: SY='F'; M=-20,-32,-27,-40,-30, 63,-28,-22, -5,-28, 3, -5,-25,-30,-35,-20,-25,-15, -7, 44, 30,-28; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='D'; M= -9, 24,-24, 34, 14,-34, -9, -1,-30, -1,-28,-20, 13,-10, 14, -5, 11, -2,-24,-35,-18, 14; /M: SY='H'; M= 5, -5,-25, -7, -5,-25, 7, 10,-28, 4,-23,-10, 0,-15, -2, -1, -3,-12,-20,-22,-10, -5; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='D'; M=-15, 28,-30, 41, 27,-35,-15, -2,-35, 15,-28,-23, 10, -8, 7, 2, -2,-10,-28,-33,-18, 17; /M: SY='R'; M=-20,-18,-28,-20,-13, 19,-25, 1,-14, 4, -7, -5,-11,-25, -8, 25,-15,-10,-12, 1, 25,-13; /M: SY='A'; M= 20,-10,-16,-15,-10, -6, -8, -6,-10,-10,-12,-10, -8,-16, -8,-15, 9, 2, -5,-11, 8,-10; /M: SY='W'; M=-15,-38,-40,-38,-30, 8,-22,-30, -8,-20,-13,-13,-38,-30,-22,-20,-33,-23,-10,106, 20,-22; /M: SY='V'; M= -2,-22,-15,-27,-24, -3,-30,-27, 24,-20, 7, 7,-19,-22,-22,-20, -4, 12, 31,-28, -8,-24; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='H'; M=-10,-10, 12,-10, -7,-17,-18, 16,-20,-12,-17,-10, -7, 5, -7,-12, -8,-10,-18,-28, -9,-10; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='I'; M=-10,-22,-23,-26,-16, 8,-29,-16, 13,-16, 4, 7,-17,-22, -5,-14,-12, -8, 11,-15, 2,-10; /M: SY='E'; M= 7, 11,-22, 9, 26,-25,-10, -3,-22, 2,-19,-17, 11, -7, 7, -6, 5, -5,-22,-29,-20, 17; /M: SY='R'; M=-13, 6,-28, 2, 5,-25,-15, -3,-28, 33,-27,-12, 14,-15, 8, 34, -5, -8,-22,-25,-12, 5; /M: SY='C'; M= -2,-20, 17,-23,-20, -7,-23,-23, 2,-22, 3, -2,-18,-27,-20,-20, -3, 0, 12,-35,-15,-20; /M: SY='F'; M=-15,-25,-22,-31,-23, 32,-28, -6, 10,-20, 20, 20,-22,-28,-18,-15,-22,-10, 3, 0, 27,-20; /M: SY='P'; M= -8,-25,-28,-19,-12,-14,-25,-22, 1,-17, -2, -4,-25, 33,-17,-20,-15, -8, -1,-28,-18,-17; /M: SY='Y'; M= 2,-20,-20,-25,-18, 6,-20, -4, 7,-15, 14, 16,-20,-23,-10,-15,-15, -8, 2, -6, 18,-15; /M: SY='F'; M= -3,-13,-15,-18,-13, 10,-13,-10, -4,-15, -6, 7, -6,-18,-10,-12, 9, 4, -2,-22, -2,-10; /M: SY='E'; M= -5, 5,-25, 10, 34,-28,-15, -5,-28, 14,-25,-18, 2, -5, 13, 4, 8, -3,-23,-30,-18, 23; /M: SY='G'; M= -7,-10,-28,-10, -4, -3, 25,-15,-28,-16,-18,-15, -5,-18,-16,-15, -5,-15,-23,-15,-13, -9; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 99 in 93 different sequences |
| Number of true positive hits | 99 in 93 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 8 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 92.52 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | PWWP |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
93 sequences
ATM_ARATH (Q9M3G7), ATX1_ARATH (Q9C5X4), ATX2_ARATH (P0CB22), ATX3_ARATH (Q9M364), ATX4_ARATH (Q9SUE7), ATX5_ARATH (Q8GZ42), BRD1_HUMAN (O95696), BRD1_MOUSE (G5E8P1), BRDH_DROME (Q7JVP4), BRPF1_HUMAN (P55201), BRPF1_MOUSE (B2RRD7), BRPF3_HUMAN (Q9ULD4), BRPF3_MOUSE (B2KF05), DNM3A_CHICK (Q4W5Z4), DNM3A_HUMAN (Q9Y6K1), DNM3A_MOUSE (O88508), DNM3A_RAT (Q1LZ53), DNM3B_HUMAN (Q9UBC3), DNM3B_MOUSE (O88509), GLYR1_AEDAE (Q175F8), GLYR1_ANOGA (Q7Q161), GLYR1_BOVIN (A4FUF0), GLYR1_CHICK (Q5ZLS7), GLYR1_DANRE (Q5RKN4), GLYR1_DROME (Q8T079), GLYR1_DROPS (Q29NG1), GLYR1_HUMAN (Q49A26), GLYR1_MOUSE (Q922P9), GLYR1_PONAB (Q5R7T2), GLYR1_RAT (Q5RKH0), GLYR1_XENTR (Q562D5), HDGF_BOVIN (Q9XSK7), HDGF_HUMAN (P51858), HDGF_MOUSE (P51859), HDGF_RAT(Q8VHK7), HDGL1_HUMAN (Q5TGJ6), HDGR2_DANRE (Q5XXA7), HDGR2_HUMAN (Q7Z4V5), HDGR2_MOUSE (Q3UMU9), HDGR2_RAT (Q925G1), HDGR2_XENLA (Q32N87), HDGR2_XENTR (Q6P4K1), HDGR3_HUMAN (Q9Y3E1), HDGR3_MOUSE (Q9JMG7), HDGR3_RAT (Q923W4), HUA2_ARATH (Q9XER9), HUAL1_ARATH (Q9LEY4), HUAL2_ARATH (F4IN78), HUAL3_ARATH (F4IZM8), MBD56_DROME (A8JR92), MBD5_HUMAN (Q9P267), MSH6_CHICK (E1BYJ2), MSH6_HUMAN (P52701), MSH6_MOUSE (P54276), NSD1_HUMAN (Q96L73), NSD1_MOUSE (O88491), NSD2_HUMAN (O96028), NSD2_MOUSE (Q8BVE8), NSD3_HUMAN (Q9BZ95), NSD3_MOUSE (Q6P2L6), NSD_DROME (Q8MT36), PDP1_ARATH (F4K4D6), PDP1_SCHPO (O59676), PDP2_ARATH (Q9SF36), PDP2_SCHPO (O94312), PDP3_ARATH (Q9FNE4), PDP3_SCHPO (Q09842), PDP4_ARATH (Q9MA56), PDP5_ARATH (Q9LYZ0), PDP6_ARATH (Q9LK91), PSIP1_BOVIN (Q8MJG1), PSIP1_CHICK (Q5XXA9), PSIP1_FELCA (Q66T72), PSIP1_HUMAN (O75475), PSIP1_MOUSE (Q99JF8), PSIP1_RAT (Q812D1), PWP2A_HUMAN (Q96N64), PWP2A_MOUSE (Q69Z61), PWP2A_XENLA (A0A1L8GR68), PWP2A_XENTR (F7AQ22), PWP2B_HUMAN (Q6NUJ5), PWP2B_MOUSE (E9Q9M8), TRX1_ORYSJ (Q6K431), Y1745_ARATH (P59278), YL455_YEAST (Q06188), ZCPW1_HUMAN (Q9H0M4), ZCPW1_MOUSE (Q6IR42), ZCPW2_HUMAN (Q504Y3), ZCPW2_MOUSE (Q08EN7), ZMY11_HUMAN (Q15326), ZMY11_MOUSE (Q8R5C8), ZMYD8_DROME (Q7KRS9), ZMYD8_HUMAN (Q9ULU4)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
8 sequences
MBD5_MOUSE (B1AYB6), PWP3A_BOVIN (Q08DK9), PWP3A_HUMAN (Q2TAK8), PWP3A_MOUSE (Q6DID5), PWP3A_RAT (B1H224), PWP3B_HUMAN (Q5H9M0), PWP3B_MOUSE (Q4VA55), PWWP4_HUMAN (A0A494C071)» more |
| PDB [Detailed view] |
98 PDB
1H3Z; 1KHC; 1N27; 1RI0; 2B8A; 2DAQ; 2GFU; 2L89; 2M16; 2NLU; 2X35; 2X4W; 2X4X; 2X4Y; 3EAE; 3FLG; 3L42; 3LLR; 3LYI; 3MO8; 3PFS; 3PMI; 3QBY; 3QJ6; 3QKJ; 3ZEH; 4COS; 4FU6; 4LD6; 4N4G; 4N4H; 4N4I; 4NS5; 4RXJ; 4Z02; 5B73; 5C6S; 5CIU; 5NR3; 5NRR; 5NRS; 5NRV; 5NV0; 5NV2; 5NV7; 5NVO; 5VC8; 5XSK; 5XSL; 5Y1Z; 6G24; 6G25; 6G27; 6G29; 6G2B; 6G2C; 6G2E; 6G2F; 6G2O; 6G3P; 6G3T; 6IIP; 6IIQ; 6IIR; 6IIS; 6IIT; 6OQM; 6PA7; 6R3E; 6S01; 6UE6; 6XCG; 7CRO; 7CRP; 7CRQ; 7CRR; 7LH9; 7LMT; 7MDN; 7OUF; 7OUG; 7OUH; 7PEL; 7VLN; 8AG6; 8CBN; 8CBQ; 8EIH; 8EII; 8EIJ; 8EIK; 8PC5; 8PC6; 8PEO; 8PEP; 9EXW; 9EXX; 9EXY » more |