PROSITE entry PS50819

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	INTEIN_ENDONUCLEASE
Accession [info]	PS50819
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAY-2002 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50819
Associated ProRule [info]	PRU00273

Name and characterization of the entry

Description [info]

Intein DOD-type homing endonuclease domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=129;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=124;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.6810000; R2=0.0213549; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5322.7143555; R2=7.1428571; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=367; H_SCORE=7944; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=273; H_SCORE=7273; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-32,-22, 13,-31,-22, 22,-29, 41, 18,-28,-29,-22,-21,-27, -9, 14,-19,  1,-22;
/M: SY='L';  M= -2,-27,-21,-31,-22,  3,-28,-22, 24,-26, 32, 18,-24,-24,-18,-22,-21, -8, 15,-20, -3,-21;
/M: SY='G';  M= -1,-11,-30,-12,-21,-28, 64,-21,-35,-21,-27,-18, -1,-20,-20,-21, -1,-19,-26,-20,-28,-21;
/M: SY='Y';  M= -8,-21,-23,-24,-20, 15,-26, -3,  7,-17,  4,  2,-18,-25,-15,-16,-13, -5,  3,  3, 29,-20;
/M: SY='F';  M=-12,-28,-26,-33,-24, 23,-30,-16, 14,-25, 20, 10,-24,-27,-21,-20,-24,-11,  5,  8, 20,-23;
/M: SY='I';  M= -2,-24,-21,-30,-21,  8,-27,-20, 19,-22, 16, 12,-20,-23,-16,-20,-15, -7, 14,-15,  2,-20;
/M: SY='G';  M= 12, -5,-21, -8,-13,-25, 38,-16,-29,-15,-26,-18,  3,-16,-13,-17, 10, -7,-20,-25,-25,-13;
/M: SY='D';  M=-15, 28,-30, 40, 25,-33, -9, -3,-32,  3,-25,-23, 12, -9,  4, -6, -1,-10,-27,-34,-19, 14;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='H';  M=-11,  1,-13, -5, -8, -9,-10, 21,-21,-10,-20,-11, 11,-21, -5, -5,  1, -4,-20,-19,  4, -8;
/I:         I=-1; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='L';  M= -7, -7,-15, -7,-10, -1,-13,-10,  7,-13,  8,  3, -9,-14,-10,-12,-10, -6,  4,-12,  0,-11; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='S';  M= -1, -5,-10, -6, -1,-12, -5, -9,-11, -2,-13, -9, -3,-11, -4, -6,  1, -3, -8,-11, -7, -3; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='I';  M= -6,-18,-18,-20,-16,  2,-12,-18,  8,-15,  6,  4,-15,-13,-16,-14,-12, -7,  7,-15, -4,-17; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='N';  M= -2,  1,-12, -3, -2,-15, -7, -5,-16, -2,-15,-11,  7,-14,  0,  1,  7,  4,-13,-25,-11, -2; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='F';  M=-11,-19,-21,-25,-21, 18,-15,-15,  6,-21,  9,  5,-13,-23,-21,-17,-14, -7,  2, -9,  8,-21; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='S';  M= -2, -4,-13, -8,-11,-14, -5, -4,-12,-10,-15, -9, -1,-14,-10,-12,  1,  0, -7,-25, -8,-12; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='N';  M= -4,  7,-20,  3, -2,-17, -9, -6,-12, -3,-16,-11, 11,-16, -3, -6,  4, -1,-10,-28,-11, -3; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='N';  M= -8,  2,-21,  1, -3,-13, -7, -7,-13, -3,-14,-10,  4,-16, -7, -4, -2, -2, -9,-25,-11, -6; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='D';  M= -9, 17,-24, 21, 16,-26,-13,  0,-25,  4,-19,-16, 10,-11,  6,  0,  1, -3,-21,-30,-14, 10; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='E';  M= -9, -2,-27,  1, 12,-20, -9, -9,-24,  9,-21,-14, -2, -3,  2,  7, -3, -7,-20,-23,-15,  6; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='E';  M= -6,  5,-24, 10, 30,-24,-19, -6,-19,  6,-14,-13, -3, -7, 10, -2, -1, -5,-16,-27,-15, 20; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='Y';  M=-11,-19,-23,-22,-15,  4,-27, -7,  6,-10,  7,  5,-16,-23, -9, -3,-15, -6,  5,-13,  9,-14; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='L';  M= -3,-17,-21,-20, -9,  2,-23,-12,  4,-12,  7,  2,-13,-19,-12,-10,-10, -7,  2,-18, -2,-11; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='E';  M=-10,  7,-24,  5,  9,-20,-17, -6,-14,  5,-17,-11,  8,-13,  3,  2, -2, -2,-14,-23,-12,  5; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='K';  M= -7,  2,-24,  3,  5,-16,-18,-10,-16,  9,-13, -9, -1,-14, -2,  5, -7, -8,-11,-23,-10,  1; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='I';  M= -8,-23,-20,-27,-20,  7,-24,-20, 18,-21, 13,  9,-20,-23,-20,-19,-14, -5, 17,-18,  0,-20; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='R';  M= -7,-12,-22,-15, -9, -8,-17,-13, -6,  3, -4,  0, -8,-19, -7,  8, -9, -5,  0,-20, -8, -9; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='E';  M= -5,  3,-21,  2, 10,-14,-15, -3,-17,  1,-16,-12,  4,-13,  5,  2,  3, -1,-15,-23, -8,  7; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='I';  M= -5,-18,-23,-20,-16, -1,-20,-15,  7,-12,  6,  3,-16,-17,-14,-14,-14, -8,  5,-14,  3,-16; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='F';  M=  1,-16, -4,-21,-17,  5,-19,-15,  0,-19,  3, -2,-11,-22,-16,-18, -4, -1,  0,-18,  2,-17; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='E';  M= -4,  6,-22,  6, 13,-22,-14, -6,-21, 12,-18,-13,  4,-10,  5,  7,  1, -2,-17,-26,-14,  9; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='K';  M= -2,  0,-22, -1,  9,-22,-15, -7,-19, 15,-17, -9,  2,-10,  9,  8,  1,  0,-15,-23,-12,  9; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='L';  M= -8,-24,-19,-27,-20,  7,-28,-21, 19,-19, 21, 11,-21,-23,-19,-14,-18, -5, 16,-18, -1,-20; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='F';  M=-10, -6,-23, -8, -8,  6,  1, -9,-14,-14, -8, -9, -2,-20,-15,-13, -8,-10,-13,-12,  0,-10; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='G';  M= -4,-10,-24,-11, -6,-13,  7,-12,-11,-12, -4, -3, -7,-18, -9,-13, -7,-11,-11,-19,-11, -8; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M:         M=-11, -5,-18, -7, -9, -5,-18,-15, -6, -5, -6, -5, -4,-15,-12, -8,-10, -6, -5,-22, -7,-11; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='E';  M=  0, -5,-12, -5,  1,-13,-10, -6,-10, -4,-10, -7, -6,-13,  0, -7, -2, -5, -7,-15, -3,  0; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='K';  M= -1, -6,-21, -8,  0,-17, -8,-13,-15,  3,-16,-10, -3,-11, -2,  1,  2,  2,-11,-14,-11, -1; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='Y';  M= -9,-10,-22,-11, -4, -2,-17, -5, -4, -6, -8, -4, -6,-13, -7, -4, -5, -6, -5,-16,  1, -6; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='E';  M= -8, -9,-23, -8,  1, -9,-18, -9, -5, -1, -6, -4, -8, -7, -4, -5, -8, -5, -6,-16, -1, -3; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='E';  M= -2,  0,-22, -2,  4,-16, -9, -4,-14,  0,-15,-10,  3,-13,  2,  1,  0, -5,-14,-19, -6,  2; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M:         M= -8, -5,-17, -8,  0,-12,-15,-11, -7, -5,-10, -6, -1,-15, -2, -5, -3, -4, -9,-18, -9, -2; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M:         M= -8,-10,-14,-12, -9,-13,-13,-13, -6, -3, -8, -2, -8,-16, -8, -1, -7, -7, -2,-23, -9,-10; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M:         M= -3, -5,-16, -7, -4, -7, -7,-10, -4, -5, -2, -2, -4,-11, -5, -7, -5, -4, -5,-14, -6, -5; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M:         M= -3, -4,-14, -5, -2,-10, -4, -7, -6, -3, -8, -5,  0, -3, -3, -3,  0, -3, -7,-15, -9, -4; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='N';  M= -2, -3,-22, -7, -5,-13,-13, -2, -3, -7, -9, -4,  2,-11, -5, -8, -5, -7, -6,-20, -5, -7; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='E';  M= -6,  0,-22,  2,  5,-19,-10, -3,-15,  2,-11, -7, -1,-12,  4,  3, -3, -7,-13,-22,-10,  4; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='I';  M= -6,-16,-20,-21,-17,  3,-23,-10, 12,-17,  8,  5, -9,-19,-13,-13,-10, -4,  7,-17,  2,-17; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='T';  M= -8, -5,-20, -5, -2, -8,-16, -6,-11, -1,-11, -7, -4,-11, -6, -2, -2,  3, -7,-20, -2, -5; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='I';  M= -6,-21,-22,-26,-23, -3,-24,-23, 23,-18,  5,  7,-15,-21,-18,-18,-13, -7, 21,-13, -4,-22; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='R';  M=-10, -4,-25, -5,  0,-15, -8, -1,-19,  7,-14, -8,  0,-12, -1,  9, -6, -7,-17,-18, -4, -2; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='S';  M= -2,  1,-19,  0,  2,-18, -9, -9,-15,  4,-15,-10,  5,-12, -1,  1,  6,  2,-12,-27,-13,  0; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='K';  M= -8,  5,-21, -1, -2,-15,-14, -5,-15, 11,-17, -9, 11,-12, -1,  7, -1,  1,-14,-23, -7, -2; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='A';  M=  2, -7,-21, -7,  1,-16,-11, -4,-14,  1,-12, -8, -4, -9, -1, -1,  1, -3,-11,-21, -8, -1; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='L';  M= -6,-17,-21,-20,-16,  2,-20,-16,  6,-16, 14,  7,-16,-22,-15,-11,-15, -6,  4,-17, -1,-16; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='I';  M=  1,-18,-22,-21,-13, -9,-17,-17,  6,-13, -1,  0,-15,-11,-10,-14, -8, -5,  5,-11, -5,-13; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='B';  M= -3,  8,-23,  7,  6,-20,-11,  0,-21,  5,-16,-12,  6,-13,  1,  2, -2, -5,-18,-25,-10,  2; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='W';  M= -5,-23,-24,-27,-22, 14,-13,-17, -1,-20,  2,  0,-19,-24,-20,-18,-15,-10, -2, 15, 11,-20; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='L';  M= -8,-25,-15,-31,-23, 14,-28,-20, 16,-25, 23, 16,-21,-24,-20,-20,-18, -4, 10,-17,  2,-21;
/M: SY='K';  M= -6, -4,-27, -4,  8,-20,-19, -5,-20, 13,-17, -9, -4, -7,  5, 13, -6, -8,-16,-23,-11,  5;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='E';  M=-12,  1,-25,  2,  7,-10,-19, -1,-16,  3,-13, -9,  2,-15,  2,  3, -4, -7,-15,-21, -3,  3; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L';  M= -6,-12,-19,-17,-14,  0,-18,-11,  5,-19, 12,  3, -7,-23,-15,-15,-10, -3,  2,-25, -6,-14;
/I:         I=-2; MD=-8;
/M: SY='V';  M= -6,-14,-20,-16,-18, -3, -1,-19, -4,-16, -4, -4,-11,-16,-19,-14, -7, -6,  2,-20,-10,-19; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-8;
/M:         M= -8, -9,-19,-10, -7, -1, -8, -8, -4, -9, -2,  0, -8, -6, -9,-10, -9, -8, -6,-12, -2, -9; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M: SY='C';  M= -3,-11,  1,-13, -9, -1, -7,-11, -7,-12, -1, -4, -9,-16,-11, -9, -6, -6, -5,-13, -4,-10; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='G';  M= -5, -7,-23, -8, -7,-15, 11,-13,-17, -4,-15, -9, -3, -4, -9, -7, -6,-11,-15,-17,-14, -8; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='I';  M= -7, -7,-23, -8, -4,-14,-21,-14,  1, -1, -5, -1, -6, -8, -4, -6, -7, -4, -1,-23, -9, -5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='K';  M= -8,  2,-23,  2,  3,-18,-10, -9,-16,  4,-12, -9,  3,-14, -1,  3, -3, -3,-13,-24,-12,  0; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='S';  M=  6,  1,-12, -1,  0,-21,  0,-12,-20, -3,-21,-15,  4,-12, -4, -8, 13,  4,-12,-29,-18, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M:         M= -6, -4,-25, -4,  0,-16, -9, -4,-14,  0,-17,-10, -1, -4, -1, -5, -3, -7,-15,-13, -5, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='N';  M= -8, 17,-20, 13,  8,-19,-11, -2,-16,  1,-18,-14, 20,-12,  0, -1,  4,  3,-16,-30,-15,  4; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='K';  M= -9, -4,-25, -5,  3,-18,-20, -9,-14, 25,-15, -5, -2,-13,  3, 15,-10, -8,-10,-18, -5,  2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='R';  M=-10, -4,-23, -6,  1,-11,-12, -7,-22, 17,-19,-10,  1,-14,  1, 24, -3, -4,-15,-18, -8,  0; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='I';  M= -8,-25,-21,-32,-24,  6,-31,-23, 31,-24, 19, 17,-19,-20,-19,-22,-16, -5, 22,-18,  0,-24; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='P';  M= -6,-12,-33, -4,  1,-27,-16,-16,-19, -8,-26,-18,-14, 66, -8,-17, -5, -7,-25,-27,-25, -7; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='E';  M= -6,  5,-25,  8, 24,-24,-13, -4,-23,  3,-21,-16,  2,  1, 10, -3,  1, -6,-23,-16,-14, 17; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='W';  M=-11,-22,-30,-25,-15,  7,-19,-13, -5,-14, -5, -4,-18,-20,-10,-13,-19,-15,-10, 34, 10,-11; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='I';  M= -7,-26,-18,-30,-24,  8,-29,-22, 28,-22, 19, 16,-22,-23,-21,-20,-17, -6, 26,-19, -1,-24; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='F';  M=-12,-20,-22,-24,-17, 25,-23, -9, -2,-10,  5,  5,-16,-22,-16, -5,-17, -9, -4,  6, 19,-15; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='R';  M= -8, -6,-21, -6,  3,-15,-14, -7,-13,  5, -9, -6, -2,-14,  3, 12, -2, -3,-10,-23,-11,  1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='A';  M=  2, -2,-17, -2, -1,-14,-11, -9,-12, -3, -9, -7, -3, -8,  0, -6,  2, -1, -9,-22,-11,  0; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='P';  M=-10,  6,-27, 11,  7,-25, -9, -7,-23,  1,-24,-17,  3, 25, -2, -5, -3, -8,-24,-26,-19,  0; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='E';  M= -4, -3,-22, -4,  8,-14,-17, -3,-13,  5,-14, -8, -3, -4,  2, -1, -3, -4,-12,-19, -6,  4; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='E';  M= -5,  6,-21,  8, 17,-19,-11, -6,-19,  0,-16,-14,  3, -8,  3, -3,  3,  1,-16,-20,-13, 10; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='F';  M= -1,-22,-20,-25,-18,  8,-21,-15,  7,-18,  4,  1,-19,-21,-18,-17,-13, -8,  8,  5,  5,-18; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='V';  M= -8,-18,-21,-20,-13, -7,-25,-17, 10, -3,  7,  7,-15,-19, -8, -2,-14, -7, 11,-20, -5,-12; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='R';  M=  0,-10,-22,-11, -1,-15,-12,-10,-15,  8, -8, -6, -8,-15, -1, 14, -8, -8,-10,-13,-10, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='A';  M= 12, -1,-17, -3,  7,-20, -2,-11,-15, -6,-17,-13,  2,-10, -2,-11, 10,  0,-10,-27,-18,  2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='F';  M=-15,-28,-19,-33,-24, 50,-28,-17,  7,-27, 23,  7,-22,-28,-30,-18,-22, -9,  3,  0, 20,-24; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='L';  M= -8,-27,-21,-29,-21,  3,-31,-21, 26,-25, 31, 17,-24,-24,-16,-20,-22, -8, 17,-20, -2,-20; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-8;
/M: SY='R';  M= -2, -2,-25, -1,  5,-21,-11, -8,-24, 10,-20,-13, -2, -7,  3, 15, -1, -5,-18,-23,-14,  3;
/M: SY='G';  M=  8, -8,-25, -9,-11,-27, 44,-14,-32,-15,-25,-17, -1,-16,-13,-17,  4,-13,-23,-22,-25,-13;
/M: SY='L';  M=-13,-27,-23,-28,-22, 17,-31,-10, 16,-24, 30, 13,-26,-29,-18,-18,-25, -9,  8, -5, 23,-22;
/M: SY='F';  M=-16,-29,-21,-36,-29, 53,-30,-18,  7,-25,  8,  2,-23,-30,-33,-19,-19, -9,  9,  9, 26,-29;
/M: SY='D';  M=-12, 21,-26, 27, 10,-26,-10, -4,-24, -1,-18,-17, 12,-14, -1, -5,  0, -6,-20,-34,-16,  4;
/M: SY='G';  M= 20,-11,-15,-16,-15,-22, 25,-21,-24,-15,-20,-15, -7,-16,-15,-20,  4, -7,-14,-12,-21,-15;
/M: SY='D';  M=-14, 34,-27, 48, 17,-29,-13, -4,-33,  0,-25,-25, 13,-10, -1, -9,  0, -6,-25,-34,-16,  8;
/M: SY='G';  M= -2,-10,-29, -9,-18,-26, 55,-19,-33,-20,-21,-16, -3,-21,-19,-20, -4,-18,-25,-21,-26,-19;
/M: SY='H';  M= -7, -2,-19, -5, -5,-11, -9,  4,-19, -8,-17,-12,  2,-19, -5, -8, -1, -5,-18, -8,  3, -6;
/M: SY='V';  M= -5,-21,-14,-24,-19, -8,-24,-24, 15,-13,  1,  4,-18,-23,-18,-13,-10, -4, 22,-27,-10,-20;
/I:         I=-3; MD=-13;
/M: SY='E';  M= -5,  1,-19,  0,  2,-10,-15, -4,-13, -3,-14,-10,  2, -8, -4, -4,  2,  1, -9,-23, -7, -2; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-13;
/M: SY='R';  M= -2, -6,-19, -8, -4,-15,-15,-10,-10,  4, -9, -5, -4,-11, -1, 10, -3, -2, -5,-21,-10, -4; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-13;
/M: SY='D';  M= -7,  5,-22,  6,  4,-16,-11, -2,-17,  2,-12,-10,  4,-13, -1,  3, -3, -7,-14,-23,-10,  1; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-13;
/M: SY='R';  M= -4, -1,-18, -2,  2,-16, -7,  2,-14,  6,-15, -5,  3, -6,  5,  7, -1, -5,-13,-18, -9,  3; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13;
/M: SY='I';  M= -3,-11,-14,-12, -6, -5,-15, -9,  4, -6,  4,  3,-10, -4, -4, -7, -8, -5,  1,-10, -2, -6; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-13;
/M: SY='R';  M= -5, -7,-21, -7,  1,-16,-11, -8,-14,  2,-13, -8, -4,-10,  2,  5, -1, -2,-11,-14,-10,  1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-13;
/M: SY='I';  M= -1,-22,-19,-28,-21, -3,-26,-22, 27,-17, 11, 13,-18,-18,-16,-19,-12, -6, 23,-19, -4,-21; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-13;
/M: SY='R';  M= -7, -3,-21, -1,  1,-14, -5, -4,-17,  2,-15,-11, -1,-15, -2,  9, -1, -5,-12,-18, -5, -2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-13;
/M: SY='Y';  M= -9,-22,-17,-23,-19, 15,-25,-10, 14,-18, 17,  8,-20,-23,-17,-14,-17, -6, 11, -5, 18,-19; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-13;
/M: SY='T';  M=  4, -6,-15,-10, -8,-10, -5, -4,-11, -6,-11, -7, -3,-12, -5, -5,  6,  7, -7,-15, -2, -8; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-13;
/M: SY='T';  M= -2, -2,-15, -7, -9, -3,-10,-13,-13,-12,-13, -8,  2,-14,-10,-12, 14, 20, -6,-27, -9, -9;
/M: SY='T';  M=  2,-10,-18,-15,-11,-12,-19,-18, -2, -7, -5, -4, -8,-10,-10, -8,  2, 11,  3,-27,-12,-11;
/M: SY='S';  M=  4,  5,-13,  2, -1,-16, -4, -9,-20, -6,-27,-18, 13,-12, -2, -7, 29, 15,-12,-36,-17, -1;
/M: SY='K';  M=-10, -1,-29,  1, 20,-25,-20, -5,-26, 26,-19,-11, -2,-11, 11, 26, -7,-10,-21,-23,-13, 14;
/M: SY='E';  M=-10,  5,-22,  7, 24,-26,-17,  0,-24,  9,-17,-12,  2,-10, 11,  2, -4, -8,-23,-28,-14, 18;
/M: SY='L';  M= -9,-27,-21,-30,-21, 16,-27,-16, 10,-22, 27, 13,-25,-28,-19,-13,-23,-10,  5, -6,  8,-19;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='L';  M= 11,-18,-19,-25,-17, -2,-19,-20, 10,-19, 12,  4,-13,-20,-15,-17, -9, -6,  7,-19, -7,-17;
/M: SY='K';  M=-14,  3,-29,  5, 13,-19,-20,  6,-23, 14,-19,-11,  4,-13,  9, 14, -7,-10,-21,-21, -4, 10;
/M: SY='D';  M= -5, 15,-27, 22, 19,-32, -4, -5,-30,  2,-24,-19,  5, -9,  9, -5,  3, -7,-25,-29,-19, 14;
/M: SY='I';  M= -6,-29,-19,-33,-25,  8,-31,-25, 28,-27, 27, 15,-26,-27,-24,-22,-20, -7, 25,-21, -2,-25;
/M: SY='Q';  M= -4,-11,-15,-13, -5,-18,-21, -7, -7, -1, -9, -2, -8,-18,  6,  1, -1,  0, -2,-26,-10,  0;
/M: SY='Y';  M=-11,-17,-27,-17,-10, -3,-24, -8, -3,-10, -3, -1,-14,-15, -3,-10,-12, -9, -7, -1,  5, -7;
/M: SY='L';  M= -3,-25,-21,-28,-20,  8,-26,-14, 15,-23, 30, 14,-24,-26,-16,-19,-22, -9,  7,-12, 10,-19;
/M: SY='L';  M= -4,-28,-19,-29,-20,  9,-27,-21, 17,-28, 41, 16,-28,-28,-20,-20,-25, -9, 11,-19, -1,-20;
/M: SY='L';  M= -1,-15,-14,-19,-12, -9,-15,-10, -2,-16,  9,  2,-12,-23, -7,-14,-13, -9, -6,-18, -7,-10;
/M: SY='R';  M=  0,-11,-22,-13, -2,-15,-13,-11,-10, -2, -5, -5, -7,-16, -1,  7, -2, -4, -8,-24,-12, -3;
/M: SY='F';  M=-13,-30,-14,-34,-26, 32,-31,-22, 14,-29, 27, 10,-25,-30,-28,-21,-23, -9, 10,-11,  9,-26;
/M: SY='G';  M= -3, -6,-31, -6,-14,-28, 53,-18,-38,-15,-29,-20,  1,-19,-16,-16, -2,-19,-30,-13,-25,-15;
/M: SY='I';  M= -9,-25,-27,-31,-23, -2,-30,-19, 32,-25, 13, 13,-18,-21,-18,-24,-17,-10, 21,-19,  1,-24;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	120 in 107 different sequences
Number of true positive hits	95 in 82 different sequences
Number of 'unknown' hits	25 in 25 different sequences
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Bacteriophages, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	3
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	DOD-type homing endonuclease
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

82 sequences

CLPP_CHLMO  (P42379), DMO1_DESMO  (P21505), DNAB_MYCBO  (P59966),

DNAB_MYCIT  (Q9F5P4), DNAB_MYCTO  (P9WMR2), DNAB_MYCTU  (P9WMR3), 
DNAB_NOSS1  (Q8YZA1), DNAB_RHOMR  (O30477), DNAB_SYNY3  (Q55418), 
DP2L_HALWD  (Q18ER3), DP2L_THEKO  (Q5JET0), DPOL_CEV01  (A7U6F1), 
DPOL_METJA  (Q58295), DPOL_MIMIV  (Q5UQR0), DPOL_PYRHO  (O59610), 
DPOL_PYRSD  (Q51334), DPOL_THEAG  (O33845), DPOL_THEFM  (P74918), 
DPOL_THEG8  (Q9HH84), DPOL_THEHY  (Q9HH05), DPOL_THEKO  (P77933), 
DPOL_THELI  (P30317), EF2_METKA   (Q8TXJ4), GLMS_METJA  (Q58815), 
GYRA_MYCFV  (Q49166), GYRA_MYCGO  (Q49467), GYRA_MYCKA  (Q49608), 
GYRA_MYCLE  (Q57532), GYRA_MYCMA  (O33149), HELS_METJA  (Q58524), 
HELS_THEKO  (Q5JGV6), HO_YEAST(P09932), IF2P_METJA  (Q57710), 
IF2P_PYRAB  (Q9UZK7), IF2P_PYRFU  (Q8U1R8), IF2P_PYRHO  (O58822), 
IF2P_THEKO  (Q5JGR9), LONB_PYRAB  (Q9UYC6), LONB_PYRHO  (O58221), 
NDRZ_PYRFU  (E7FHX6), NRDEB_BACSU (O31875), NRDEB_BPSPB (O64173), 
PPSA_METJA  (Q57962), RADA_THEKO  (Q5JET4), RECA_MYCBO  (P0A5U5), 
RECA_MYCLE  (P35901), RECA_MYCTO  (P9WHJ2), RECA_MYCTU  (P9WHJ3), 
RFCS_METJA  (Q58817), RFCS_PYRAB  (Q9V2G4), RFCS_PYRFU  (Q8U4J3), 
RFCS_PYRHO  (O57852), RFCS_THEKO  (Q5JHP2), RGYR_METJA  (Q58907), 
RGYR_PYRHO  (O58530), RGYR_THEKO  (Q6F598), RIR1_IIV6   (O55716), 
RIR2_AQUAE  (O67475), RPO1C_METJA (Q58446), RPO1N_METJA (Q58445), 
RTCB_METJA  (Q58095), RTCB_METKA  (Q8TUS2), RTCB_PYRAB  (Q9V168), 
RTCB_PYRFU  (Q8U0H4), RTCB_PYRHO  (O59245), TF2B_METJA  (Q58192), 
TOP1_PYRFU  (O73954), VATA_CANTR  (P38078), VATA_PYRAB  (Q9UXU7), 
VATA_PYRFU  (Q8U4A6), VATA_PYRHO  (O57728), VATA_YEAST  (P17255), 
VATB_METKA  (Q8TUT0), Y043_METJA  (Q60348), Y1054_METJA (Q58454), 
Y1461_MYCTO (P9WFP6), Y1461_MYCTU (P9WFP7), Y1496_MYCBO (P67126), 
Y314_METJA  (Q57762), Y398_METJA  (Q57841), Y593_MYCLE  (Q49689), 
Y832_METJA  (Q58242)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
'Unknown' sequences

25 sequences

WHIA_CLOAB  (Q97LP1), WHIA_CLOB1  (A7FYW9), WHIA_CLOB8  (A6M2Y1),

WHIA_CLOBA  (B2UZY1), WHIA_CLOBB  (B2TQR9), WHIA_CLOBH  (A5I7A0), 
WHIA_CLOBK  (B1IFW1), WHIA_CLOBL  (A7GIX1), WHIA_CLOBM  (B1L268), 
WHIA_CLOD6  (Q180P5), WHIA_CLONN  (A0PYB7), WHIA_CLOP1  (Q0TU86), 
WHIA_CLOPE  (Q8XNH7), WHIA_CLOPS  (Q0SW34), WHIA_CLOTE  (Q890Y9), 
WHIA_HALOH  (B8CYG6), WHIA_HELMI  (B0TGK8), WHIA_LACLA  (Q9CGX9), 
WHIA_LACLM  (A2RLG3), WHIA_LACLS  (Q02ZN6), WHIA_LATSS  (Q38Y99), 
WHIA_LEUCK  (B1MXG8), WHIA_LEUMM  (Q03Z55), WHIA_PELTS  (A5CYP3), 
WHIA_SYMTH  (Q67T19)

» more

PDB
[Detailed view]

31 PDB

1B24; 1DFA; 1DQ3; 1EF0; 1JVA; 1LWS; 1LWT; 1MOW; 1UM2; 1VDE; 2CW7; 2CW8; 2VS7; 2VS8; 4D6N; 4D6O; 4UN7; 4UN8; 4UN9; 4UNA; 4UNB; 4UNC; 4UT0; 5A0W; 5AK9; 5AKF; 5AKM; 5AKN; 5O6G; 5O6I; 7QST
» more