PROSITE entry PS50823
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50823
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | KH_TYPE_2 |
Accession [info] | PS50823 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
03-MAY-2023 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC50084 |
Associated ProRule [info] | PRU00118 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Type-2 KH domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=73; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=68; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.7877001; R2=0.0176456; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3049.8864746; R2=3.1439395; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=438; H_SCORE=4427; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=268; H_SCORE=3892; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='I'; M= -8,-29,-23,-35,-27, 2,-35,-27, 37,-28, 25, 17,-24,-24,-22,-25,-20, -7, 28,-22, -2,-27; /M: SY='R'; M=-15, -2,-30, 0, 3,-26,-11, 2,-29, 18,-23,-12, 3,-13, 12, 36, -5,-10,-24,-23,-13, 5; /M: SY='E'; M= -8, 15,-26, 17, 20,-29,-14, -1,-26, 10,-23,-16, 11, -9, 15, 4, 3, -3,-24,-30,-16, 17; /M: SY='Y'; M=-14, -9,-28, -9, 3, 9,-23, 5,-10, -8, -4, -7, -9,-20, -5, -9,-13,-10,-16, 5, 25, -2; /M: SY='L'; M= -8,-28,-22,-33,-24, 8,-32,-24, 28,-28, 31, 18,-24,-25,-21,-23,-22, -8, 18,-19, 0,-24; /M: SY='P'; M= -8, -5,-28, -5, 3,-16,-16,-10,-21, 7,-24,-14, 0, 14, -1, 2, -3, -6,-21,-24,-14, 0; /M: SY='K'; M=-10, -4,-25, -6, -2,-12,-21, -1,-16, 14,-17, -8, -3,-16, 2, 8, -4, 1,-12,-14, 9, -2; /M: SY='E'; M= -3, 2,-23, 0, 7,-20, -9, -8,-19, 5,-20,-13, 7,-13, 1, 4, 5, -1,-16,-25,-15, 4; /M: SY='L'; M= -5,-22,-19,-25,-19, 9,-24,-16, 11,-21, 15, 9,-19,-21,-17,-18,-11, -3, 8,-16, 5,-19; /M: SY='E'; M= -2, 2,-24, -1, 5,-20, -8, -2,-19, 4,-18,-11, 5,-14, 4, 1, 1, -4,-17,-23, -8, 3; /M: SY='N'; M= -5, -1,-16, -4, -6,-14,-18, -6, -6, -4,-12, -5, 1,-19, -5, -4, 0, -1, -1,-28, -8, -6; /M: SY='A'; M= 24, -4,-18, -8, 5,-24, -5,-12,-17, -1,-14,-10, -5,-10, 3, -7, 5, -4,-10,-23,-18, 3; /M: SY='G'; M= -1,-13,-24,-16,-17,-17, 20,-20,-12,-19,-14, -8, -6,-19,-14,-18, 1, -7, -9,-23,-18,-16; /M: SY='I'; M= -7,-11,-24,-13, -8, -4,-27,-16, 11,-15, 2, 3,-12,-18,-12,-17,-10, -6, 9,-21, -1,-12; /M: SY='S'; M= 11, -5,-17, -7, -5,-21, 0,-14,-17, -5,-22,-14, 0,-10, -4, -7, 16, 5, -9,-30,-19, -5; /I: I=-4; MD=-19; /M: SY='R'; M=-13, -4,-28, -7, -5, -9, -6, -3,-23, 2,-19,-12, 3,-19, -3, 10, -7,-11,-21, -6, -5, -5; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='V'; M= -7,-23,-17,-27,-20, -1,-30,-23, 22,-15, 8, 10,-20,-22,-18,-15,-13, -5, 24,-23, -5,-20; D=-4; /I: I=-4; DM=-19; /M: SY='E'; M=-10, 6,-27, 13, 30,-25,-18, -4,-21, 4,-14,-13, -1, -9, 11, -2, -3, -9,-19,-29,-16, 20; /M: SY='I'; M= -9,-21,-26,-27,-19, -4,-29,-22, 25,-17, 10, 11,-15,-20,-14,-17,-16, -9, 16,-22, -4,-19; /M: SY='E'; M=-10, 4,-27, 8, 27,-26,-19, -1,-24, 11,-19,-13, 1, -6, 14, 9, -1, -6,-22,-28,-15, 20; /M: SY='R'; M=-16, -1,-29, 0, 3,-24,-16, -4,-28, 27,-22,-11, 2,-17, 7, 42, -8,-10,-18,-23,-12, 2; /I: I=-5; MD=-27; /M: SY='T'; M= -3, -2,-22, -7, -7,-18, -2,-10,-17, -3,-16, -9, 3,-11, -4, -1, 3, 6,-13,-25,-14, -6; D=-5; /I: I=-5; MD=-27; /M: SY='S'; M= 3, -9,-20, -9, -2,-16, -8,-12,-12, -5,-13, -9, -6, 3, -2, -8, 4, -1,-10,-23,-15, -3; D=-5; /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27; /M: M= -6, 0,-21, -1, -1,-11,-13, -7, -7, -6, -2, -3, 0,-16, -2, -7, -7, -6, -9,-22, -8, -2; D=-5; /I: I=-5; DM=-27; /M: SY='R'; M= -9, -5,-26, -6, -4,-19,-10, -7,-17, 8,-17, -8, -1,-16, 1, 13, -4, -6,-13,-22, -9, -3; /M: SY='I'; M= -7,-13,-23,-15,-17, -9,-26,-22, 15,-17, 3, 3,-12,-17,-16,-17, -8, 0, 15,-26, -8,-18; /M: SY='E'; M=-10, 4,-25, 2, 9,-18,-18, 0,-16, 4,-11, -7, 6,-15, 7, 5, -5, -5,-18,-25, -8, 7; /M: SY='I'; M= -1,-23,-20,-27,-22, -6,-25,-24, 24,-21, 12, 10,-20,-22,-16,-21,-12, -6, 23,-23, -7,-20; /M: SY='T'; M= -7, -9,-22,-13, -6, -5,-21, -9, -4, -6, -6, -2, -6,-17, -2, -5, -3, 2, -3,-21, -3, -4; /M: SY='I'; M= -7,-29,-22,-34,-28, 3,-34,-27, 37,-26, 21, 17,-23,-25,-23,-25,-18, -7, 30,-22, -2,-28; /M: SY='Y'; M=-13,-17,-26,-19,-14, 1,-26, 10, 3,-12, 2, 5,-12,-23, -9,-10,-15,-11, -2, -8, 15,-13; /I: I=-3; MD=-15; /M: SY='V'; M= 8,-12,-12,-17,-14, -8,-18,-20, 6,-12, -2, -2,-10,-16,-14,-13, 4, 12, 14,-24,-11,-14; D=-3; /I: I=-3; MD=-15; /M: SY='A'; M= 12, -2,-17, -3, 8,-19, -9,-11,-14, -3,-14,-12, -4, 3, -2,-10, 6, 0, -9,-23,-17, 2; D=-3; /I: I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; /M: SY='R'; M=-13, -3,-22, -3, 7,-23,-18, 7,-22, 16,-18, -6, -1,-14, 19, 25, -6, -8,-20,-18, -4, 11; D=-3; /I: I=-3; DM=-15; /M: SY='P'; M= -5,-12,-29, -8, 0,-24,-17,-15,-17, 6,-23,-13,-11, 37, -4, -3, -6, -6,-17,-24,-19, -5; D=-3; /I: I=-3; DM=-15; /M: SY='G'; M= 6, -7,-24, -8,-10,-25, 33,-15,-28, -7,-24,-15, -1,-10,-10,-11, 1,-12,-21,-19,-22,-10; D=-3; /I: I=-3; DM=-15; /M: SY='I'; M= -8,-27,-23,-34,-25, 3,-32,-23, 32,-23, 19, 20,-22,-23,-17,-21,-18, -8, 23,-20, -1,-23; /M: SY='I'; M= -6,-28,-19,-31,-26, 4,-32,-22, 29,-24, 18, 13,-25,-27,-23,-22,-17, -6, 29,-20, 2,-26; /M: SY='I'; M= -9,-29,-25,-37,-28, 1,-36,-27, 42,-27, 21, 22,-22,-22,-20,-26,-19, -9, 30,-21, -1,-27; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='R'; M=-11, -5,-27, -7, 4,-15,-20, -5,-24, 24,-21, -9, -2,-12, 6, 25, -7, -8,-18,-19, -7, 4; /M: SY='K'; M= -8, 4,-28, 4, 5,-27, 2, -8,-29, 10,-27,-17, 9, -3, 0, 7, -1, -8,-25,-27,-19, 2; /M: SY='G'; M= 2, -7,-28, -8,-16,-29, 54,-18,-36,-13,-29,-18, 2,-18,-16,-15, 0,-17,-27,-21,-27,-16; /M: SY='A'; M= 5, -5,-19, -6, 3,-18,-14, -9,-14, 1,-10, -8, -4,-13, 1, -1, 4, 2, -9,-26,-13, 1; /M: SY='N'; M= -9, -1,-23, -4, 0,-15,-10, -9,-14, 0, -8, -5, 2,-17, -3, 1, -4, -3,-12,-26,-12, -2; /M: SY='I'; M= -8,-28,-26,-35,-26, 0,-36,-27, 38,-24, 20, 16,-21,-22,-19,-22,-19, -9, 26,-21, -2,-26; /M: SY='K'; M=-11, 5,-29, 8, 21,-28,-16, -4,-28, 24,-24,-14, 4,-10, 12, 19, -4, -9,-23,-25,-14, 16; /M: SY='K'; M= -2, 1,-23, 1, 8,-22,-16, -7,-18, 10,-17,-10, 1,-12, 7, 6, 0, -2,-14,-25,-12, 7; /M: SY='I'; M= -8,-27,-25,-32,-23, 0,-28,-23, 28,-24, 25, 16,-22,-24,-18,-20,-21,-10, 17,-20, -3,-23; /M: SY='R'; M= -5, -8,-24, -9, -6,-20, -1,-14,-21, 3,-18,-11, -4,-10, -4, 8, 1, 1,-13,-24,-16, -6; /M: SY='E'; M= -3, -6,-24, -7, 6,-20,-16,-10,-12, 4, -9, -4, -6,-13, 4, 4, -4, -4,-10,-24,-12, 4; /M: SY='E'; M= 0, 4,-24, 4, 9,-22, -8, -9,-20, 2,-17,-12, 2,-12, 1, -1, 0, -5,-15,-26,-16, 5; /M: SY='I'; M= 7,-22,-18,-27,-19, -2,-23,-22, 16,-21, 15, 7,-19,-21,-16,-20, -9, -3, 15,-22, -7,-18; /M: SY='R'; M= -9, 0,-28, 0, 11,-26, -7, -4,-26, 14,-21,-11, 4,-13, 12, 19, -4,-10,-23,-24,-15, 10; /M: SY='K'; M= -9, 3,-26, 2, 9,-22,-18, -4,-22, 20,-20,-10, 3,-13, 5, 13, -4, -6,-17,-24, -9, 6; /M: SY='L'; M=-10, -8,-25, -9, -4,-10,-23,-10, -2, -4, 4, 3, -8,-19, -3, -1,-12, -7, -5,-22, -5, -4; /M: SY='L'; M= -7,-21,-20,-26,-18, 5,-26,-18, 13,-18, 16, 11,-19,-23,-14,-15,-14, -1, 10,-19, 0,-16; /M: SY='E'; M= -6, -5,-27, -5, 2,-22, 2, -8,-21, -3,-17, -9, -2, -8, 1, -2, -2, -9,-19,-24,-16, 0; /I: I=-2; MD=-12; /M: SY='K'; M= -5, -1,-16, -2, 2,-13,-13, -6, -8, 6, -9, -5, 0, -9, 1, 4, -3, -3, -6,-18, -8, 1; D=-2; /I: I=-2; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='E'; M= -5, -1, -4, 0, 2,-11, -7, -6,-13, -3, -9, -8, -2, -8, -1, -3, -2, -5,-11,-16, -8, 0; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='V'; M= -3, -8, -3, -9, -5,-10,-12, -9, -4, -3, -6, -3, -7,-11, -5, -3, -3, -1, 1,-18, -8, -6; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='N'; M= -6, 3,-21, 3, 1,-18,-12, -6,-12, 3,-16, -9, 4, 3, -2, -2, -3, -4,-11,-23,-12, -2; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='R'; M= -8,-12,-21,-12, -3,-16,-20,-14, -7, 7,-11, -4,-10,-18, -4, 8, -6, -3, 1,-24, -9, -5; /M: SY='H'; M=-13, 3,-27, 2, 4,-15,-18, 13,-20, 4,-17, -9, 6,-13, 4, 6, -5, -7,-20,-24, -2, 3; /M: SY='L'; M= -7,-27,-23,-28,-20, -2,-28,-24, 20,-24, 21, 11,-25,-11,-20,-22,-19, -8, 15,-24, -7,-21; /M: SY='N'; M= -8, 5,-23, 2, 4,-18,-14, 0,-16, 2,-18, -9, 9,-15, 5, 2, 2, -1,-15,-27,-10, 4; /M: SY='I'; M= -9,-29,-22,-33,-23, 5,-33,-24, 31,-28, 31, 17,-26,-26,-21,-23,-23, -9, 21,-21, -1,-24; /M: SY='N'; M= -6, 10,-24, 5, 0,-11,-11, -4,-19, -4,-20,-14, 14,-17, -1, -6, 1, -3,-20,-13, -7, 0; /M: SY='V'; M= 2,-27,-16,-31,-26, -3,-30,-28, 30,-21, 10, 10,-25,-25,-24,-22,-11, -3, 38,-26, -8,-26; /M: SY='K'; M= -8, -5,-25, -7, 0,-19,-22,-10,-10, 12,-12, -4, -4,-15, 1, 10, -7, -3, -7,-24, -9, -1; /M: SY='E'; M= -7, -5,-19, -1, 12,-18,-23,-12, -9, 1, -8, -7,-10,-15, -2, -2, -6, -5, -1,-29,-14, 5; /M: SY='V'; M= -7,-20,-22,-21,-13, -9,-29,-18, 15, -7, 5, 7,-18,-21,-10, -9,-13, -7, 17,-24, -7,-13; /M: SY='K'; M= 4, 0,-22, -3, 4,-24,-11,-11,-21, 11,-21,-13, 1, -6, 2, 5, 3, 0,-14,-26,-16, 2; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Post-processing [info]
COMPETES_HIT_WITH | PS50084 |
Numerical results [info]
Total number of hits | 1'254 in 1'254 different sequences |
Number of true positive hits | 1'254 in 1'254 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 57 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 95.65 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | K_Hofmann, N_Hulo |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | KH type-2 |
Version [info] | 6 |
Cross-references [info]