PROSITE logo

PROSITE entry PS50831


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] SOHO
Accession [info] PS50831
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-SEP-2003 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50831
Associated ProRule [info] PRU00195

Name and characterization of the entry

Description [info] SoHo domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=62;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=57;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8877351; R2=0.0100598; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4033.5085449; R2=13.5415220; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=658; H_SCORE=12944; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=459; H_SCORE=10249; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V';  M= -7, -2,-17,  5,-12,-14,-23,-19,  5,-13, -4, -4,-12,-23,-19,-16, -6, -4, 22,-34,-14,-16;
/M: SY='V';  M= -7,-19,-23,-22,-16,-11,-30,-23, 15,  2, -1,  6,-16,-20,-13, -5,-13, -7, 19,-23, -7,-16;
/M: SY='R';  M=-17, -7,-30, -7,  3,-23,-20, -3,-30, 36,-23,-10,  0,-17, 10, 58,-10,-10,-20,-20,-10,  3;
/M: SY='W';  M= 12,-17,-24,-20,-14, -9, -7,-20,-17,-14,-20,-17,-14,-17,-10,-17,  2, -4,-14, 34, -2,-10;
/M: SY='A';  M= 14,-20,-19,-20,-14,-16,-17,-24,  1,-14, -9, -6,-20, 14,-17,-20, -3, -3,  8,-27,-20,-17;
/M: SY='H';  M=-13,  0,-30,  0, 10,-30,-20, 31,-27, 18,-24, -4,  3,-13, 27, 14, -7,-13,-26,-23, -1, 17;
/M: SY='Y';  M=-20,  3,-30, 10, -7,  7,-23, 13,-13, -7,-10,-10, -7,-23, -7,-10,-13,-10,-17,  7, 47,-10;
/M: SY='P';  M=-10,-13,-30, -6, 15,-17,-23,-13,-10,-10,  0, -7,-16, 18, -3,-13,-13,-10,-17,-27,-16,  4;
/M: SY='G';  M=  3, -7,-23, -7,-13,-27, 47,-17,-33,-17,-30,-20,  3,-17,-13,-17, 13, -7,-23,-27,-27,-13;
/M: SY='I';  M=-13, -3,-30, -3,-13,-13,-30,-20, 20,-20,  3,  3, -7,-17,-13,-23,-13,-10, 10,-27, -7,-17;
/M: SY='G';  M=  0,-17,-23,-17,-23,-20, 37,-23,-17,-20,-17,-10,-10,-23,-23,-20, -3,-13, -3,-23,-23,-23;
/M: SY='P';  M= -3,-13,-30, -7,  0,-27,-13,-17,-20,-10,-30,-20,-10, 57, -7,-17,  7,  0,-23,-33,-27, -7;
/M: SY='V';  M=  0,-20,-10,-23,-23, -3,-27,-27, 17,-17,  3,  3,-20,-23,-23,-17,  0, 17, 33,-30,-10,-23;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='S';  M=  7,-10,-10,-10,-10,-13,-10,-17, -3,-13,-17,-10, -3,-17,-10,-13, 23, 13, 10,-37,-17,-10;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I';  M=-10,-26,-26,-36,-26,  0,-33,-19, 39,-23, 20, 34,-20,-20,-13,-23,-20,-10, 23,-20,  0,-23;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='I';  M= -7,-21,-20,-27,-20,  0,-30,-24, 21,-24, 21, 11,-17,-20,-17,-20,-11,  9, 14,-23, -3,-20;
/M: SY='A';  M= 27,-10,-17,-17, -7,-20, -7,-13,-17,  3,-13,-10, -7,-13, -3, 10,  3, -3, -7,-20,-17, -7;
/M: SY='P';  M=-10, -3,-30, -9, -9,-17,-20,-13,  2,-13,-14, -8,  7, 19,-10,-16, -6, -7,-11,-30,-17,-13;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-20, -7,  0,-13,-13,  0,-20, 20,-13, -7,  0,-13,  7, 47, -7, -7,-13,-13, -7,  0; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='T';  M=  4,  0, -7, -3, -3,-10, -6,-10,-10, -7,-14,-10,  4, -7, -3, -7, 20, 23, -4,-24,-10, -3; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='T';  M=  4,  0, -7, -3, -3,-10, -6,-10,-10, -7,-14,-10,  4, -7, -3, -7, 20, 23, -4,-24,-10, -3; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='V';  M=  0,-20,-10,-23,-23, -3,-27,-27, 17,-17,  3,  3,-20,-23,-23,-17,  0, 17, 33,-30,-10,-23;
/M: SY='D';  M=-17, 37,-30, 53, 33,-37,-13,  0,-37,  3,-27,-27, 13, -7,  7, -7,  0,-10,-30,-37,-20, 20;
/M: SY='R';  M= -9, -6,-23, -6,  0,-20,-13, -4,-26, 16,-24,-14,  4,-16,  6, 42,  8,  1,-16,-27,-14,  0;
/M: SY='P';  M= -3,-13,-30, -7,  0,-27,-13,-17,-20,-10,-30,-20,-10, 57, -7,-17,  7,  0,-23,-33,-27, -7;
/M: SY='R';  M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 43,-26,-10,  0,-14, 10, 44,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='R';  M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 43,-26,-10,  0,-14, 10, 44,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='T';  M= -7, -4,-17,-10, -6,-14,-20,-13,-17,  4,-14,-10,  0,-14, -3, 18,  9, 29, -7,-26,-10, -6;
/M: SY='M';  M=-10,-20,-20,-30,-20,  0,-20,  0, 20,-10, 20, 60,-20,-20,  0,-10,-20,-10, 10,-20,  0,-10;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 14,-34,-20, -3,-26, 36,-26, -6,  0,-10, 28, 23, -6,-10,-24,-20,-10, 21;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='R';  M=-14,-10,-27,-13, -3,-17,-20, -3,-14, 24,-11, 12, -6,-17,  7, 32,-13,-10,-11,-20, -7,  0;
/M: SY='V';  M= -7,-19,-20,-19,-12, -7,-26,-20,  5,  1,  9,  6,-19,-23,-12, -2,-17, -7, 12,-23, -7,-12;
/M: SY='H';  M=-13,  6,-23, -4, -7,-13,-13, 34, -9, -7, -9, 15, 16,-20,  3, -4, -7,-10,-16,-30,  0, -4;
/M: SY='R';  M=-13,-10,-34, -7,  3,-27,-20,-10,-26, 22,-27,-14, -7, 22,  3, 26,-10,-10,-24,-24,-17,  0;
/I:         I=-9; MD=-19;
/M: SY='P';  M=-10, 11,-23, 22,  7,-24,-10, -6,-20, -3,-20,-17,  1, 24, -3,-10, -3, -7,-20,-24,-16,  0; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='D';  M=-16, 36,-30, 52, 34,-36,-14,  0,-36,  4,-26,-26, 13, -6,  7, -6,  0,-10,-30,-36,-20, 21;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='D';  M=-16, 25,-34, 42, 13,-36,-14, -7,-33, -4,-30,-26,  6, 25, -4,-14, -4,-10,-30,-36,-24,  3;
/M: SY='P';  M=  0, -7,-21, -7, -3,-20,-13,-17,-17,-10,-24,-17, -4, 25, -7,-14, 16, 19,-14,-33,-20, -7;
/M: SY='D';  M=-16, 32,-30, 45, 16,-36,-14, -4,-36, 18,-30,-23, 13,-10,  4,  4, -4,-10,-26,-33,-16, 10;
/M: SY='V';  M= -3,-27,-13,-30,-27,  0,-27,-21, 27,-17, 13, 26,-27,-27,-21,-17,-13, -3, 38,-27, -7,-24;
/M: SY='H';  M=-13,-17,-23,-17,-17,  3,-27, 29,  1,-14, -3,  4,-14,-27,-10,-10,-13,-10,  5,-11, 28,-17;
/M: SY='S';  M=  4, 12,-13,  6,  0,-20,  0, -4,-20, -7,-30,-20, 26,-13,  0, -7, 31, 14,-16,-40,-20,  0;
/M: SY='P';  M= 14,-10,-20,-14, -7,-20,-13,-20,-13,-10,-17,-13,-10, 23,-10,-17,  6, 12,-10,-26,-20,-10;
/M: SY='R';  M=-17,-13,-33,-10,  0,-23,-20, -6,-27, 18,-23,-13, -6, 14,  4, 42,-10,-10,-23,-23,-16, -3;
/M: SY='Y';  M=  5,-16,-23,-20,-16, 12,-19,  6, -4,-10, -4, -4,-16,-23,-10,-14, -9, -6, -6, 12, 45,-16;
/M: SY='S';  M=  7,  0,-10, -3, -3,-17, -6,-13,-17,-10,-24,-17,  7,-10, -3,-10, 34, 29, -7,-37,-17, -3;
/M: SY='F';  M= -9,-16,-20,-20,-16, 29,-19, -4, -7,-17, -7, -7, -9,-23,-16,-13,  1,  1, -7, -1, 28,-16;
/M: SY='S';  M= 18,  9,-13, -1, -4,-20,  0, -7,-16, -7,-23,-16, 18,-13, -4,-10, 20,  7,-13,-33,-20, -4;
/M: SY='E';  M=  5, 17,-24, 24, 25,-30,-10, -6,-27,  0,-20,-20,  4, -6,  4,-10,  3, -7,-21,-30,-20, 14;
/M: SY='P';  M=-10,  7,-34, 17,  0,-33, 11,-13,-33,-10,-30,-23,  0, 22,-10,-17, -4,-13,-30,-30,-27, -6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 8 in 8 different sequences
Number of true positive hits 8 in 8 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 1
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 88.89 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SoHo
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
8 sequences

SRBS1_HUMAN (Q9BX66), SRBS1_MOUSE (Q62417), SRBS2_HUMAN (O94875), 
SRBS2_MOUSE (Q3UTJ2), SRBS2_PIG   (P28220), SRBS2_RAT   (O35413), 
VINEX_HUMAN (O60504), VINEX_MOUSE (Q9R1Z8)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

SRBS1_CAEEL (G5EC32)

		
UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
1 sequence

SRBS1_RAT   (P84109)