PROSITE entry PS50831
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| PURL [info] | https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50831 |
| Entry name [info] | SOHO |
| Accession [info] | PS50831 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-SEP-2003 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50831 |
| Associated ProRule [info] | PRU00195 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | SoHo domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=62; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=57; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8877351; R2=0.0100598; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4033.5085449; R2=13.5415220; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=658; H_SCORE=12944; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=459; H_SCORE=10249; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='V'; M= -7, -2,-17, 5,-12,-14,-23,-19, 5,-13, -4, -4,-12,-23,-19,-16, -6, -4, 22,-34,-14,-16; /M: SY='V'; M= -7,-19,-23,-22,-16,-11,-30,-23, 15, 2, -1, 6,-16,-20,-13, -5,-13, -7, 19,-23, -7,-16; /M: SY='R'; M=-17, -7,-30, -7, 3,-23,-20, -3,-30, 36,-23,-10, 0,-17, 10, 58,-10,-10,-20,-20,-10, 3; /M: SY='W'; M= 12,-17,-24,-20,-14, -9, -7,-20,-17,-14,-20,-17,-14,-17,-10,-17, 2, -4,-14, 34, -2,-10; /M: SY='A'; M= 14,-20,-19,-20,-14,-16,-17,-24, 1,-14, -9, -6,-20, 14,-17,-20, -3, -3, 8,-27,-20,-17; /M: SY='H'; M=-13, 0,-30, 0, 10,-30,-20, 31,-27, 18,-24, -4, 3,-13, 27, 14, -7,-13,-26,-23, -1, 17; /M: SY='Y'; M=-20, 3,-30, 10, -7, 7,-23, 13,-13, -7,-10,-10, -7,-23, -7,-10,-13,-10,-17, 7, 47,-10; /M: SY='P'; M=-10,-13,-30, -6, 15,-17,-23,-13,-10,-10, 0, -7,-16, 18, -3,-13,-13,-10,-17,-27,-16, 4; /M: SY='G'; M= 3, -7,-23, -7,-13,-27, 47,-17,-33,-17,-30,-20, 3,-17,-13,-17, 13, -7,-23,-27,-27,-13; /M: SY='I'; M=-13, -3,-30, -3,-13,-13,-30,-20, 20,-20, 3, 3, -7,-17,-13,-23,-13,-10, 10,-27, -7,-17; /M: SY='G'; M= 0,-17,-23,-17,-23,-20, 37,-23,-17,-20,-17,-10,-10,-23,-23,-20, -3,-13, -3,-23,-23,-23; /M: SY='P'; M= -3,-13,-30, -7, 0,-27,-13,-17,-20,-10,-30,-20,-10, 57, -7,-17, 7, 0,-23,-33,-27, -7; /M: SY='V'; M= 0,-20,-10,-23,-23, -3,-27,-27, 17,-17, 3, 3,-20,-23,-23,-17, 0, 17, 33,-30,-10,-23; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20, 0,-30, 10,-20,-20, 0, 0, 20, 0, 0,-10,-30,-30,-20, 40; /M: SY='S'; M= 7,-10,-10,-10,-10,-13,-10,-17, -3,-13,-17,-10, -3,-17,-10,-13, 23, 13, 10,-37,-17,-10; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='I'; M=-10,-26,-26,-36,-26, 0,-33,-19, 39,-23, 20, 34,-20,-20,-13,-23,-20,-10, 23,-20, 0,-23; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='I'; M= -7,-21,-20,-27,-20, 0,-30,-24, 21,-24, 21, 11,-17,-20,-17,-20,-11, 9, 14,-23, -3,-20; /M: SY='A'; M= 27,-10,-17,-17, -7,-20, -7,-13,-17, 3,-13,-10, -7,-13, -3, 10, 3, -3, -7,-20,-17, -7; /M: SY='P'; M=-10, -3,-30, -9, -9,-17,-20,-13, 2,-13,-14, -8, 7, 19,-10,-16, -6, -7,-11,-30,-17,-13; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='R'; M=-13, -7,-20, -7, 0,-13,-13, 0,-20, 20,-13, -7, 0,-13, 7, 47, -7, -7,-13,-13, -7, 0; D=-13; /I: I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27; /M: SY='T'; M= 4, 0, -7, -3, -3,-10, -6,-10,-10, -7,-14,-10, 4, -7, -3, -7, 20, 23, -4,-24,-10, -3; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='T'; M= 4, 0, -7, -3, -3,-10, -6,-10,-10, -7,-14,-10, 4, -7, -3, -7, 20, 23, -4,-24,-10, -3; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='V'; M= 0,-20,-10,-23,-23, -3,-27,-27, 17,-17, 3, 3,-20,-23,-23,-17, 0, 17, 33,-30,-10,-23; /M: SY='D'; M=-17, 37,-30, 53, 33,-37,-13, 0,-37, 3,-27,-27, 13, -7, 7, -7, 0,-10,-30,-37,-20, 20; /M: SY='R'; M= -9, -6,-23, -6, 0,-20,-13, -4,-26, 16,-24,-14, 4,-16, 6, 42, 8, 1,-16,-27,-14, 0; /M: SY='P'; M= -3,-13,-30, -7, 0,-27,-13,-17,-20,-10,-30,-20,-10, 57, -7,-17, 7, 0,-23,-33,-27, -7; /M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4, 6,-26,-20, -6,-30, 43,-26,-10, 0,-14, 10, 44,-10,-10,-20,-20,-10, 6; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4, 6,-26,-20, -6,-30, 43,-26,-10, 0,-14, 10, 44,-10,-10,-20,-20,-10, 6; /M: SY='T'; M= -7, -4,-17,-10, -6,-14,-20,-13,-17, 4,-14,-10, 0,-14, -3, 18, 9, 29, -7,-26,-10, -6; /M: SY='M'; M=-10,-20,-20,-30,-20, 0,-20, 0, 20,-10, 20, 60,-20,-20, 0,-10,-20,-10, 10,-20, 0,-10; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 14,-34,-20, -3,-26, 36,-26, -6, 0,-10, 28, 23, -6,-10,-24,-20,-10, 21; /M: SY='Q'; M=-10, 0,-30, 0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20, 0, 0,-10, 60, 10, 0,-10,-30,-20,-10, 40; /M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30, 0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20, 0,-30; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='R'; M=-14,-10,-27,-13, -3,-17,-20, -3,-14, 24,-11, 12, -6,-17, 7, 32,-13,-10,-11,-20, -7, 0; /M: SY='V'; M= -7,-19,-20,-19,-12, -7,-26,-20, 5, 1, 9, 6,-19,-23,-12, -2,-17, -7, 12,-23, -7,-12; /M: SY='H'; M=-13, 6,-23, -4, -7,-13,-13, 34, -9, -7, -9, 15, 16,-20, 3, -4, -7,-10,-16,-30, 0, -4; /M: SY='R'; M=-13,-10,-34, -7, 3,-27,-20,-10,-26, 22,-27,-14, -7, 22, 3, 26,-10,-10,-24,-24,-17, 0; /I: I=-9; MD=-19; /M: SY='P'; M=-10, 11,-23, 22, 7,-24,-10, -6,-20, -3,-20,-17, 1, 24, -3,-10, -3, -7,-20,-24,-16, 0; D=-9; /I: I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='D'; M=-16, 36,-30, 52, 34,-36,-14, 0,-36, 4,-26,-26, 13, -6, 7, -6, 0,-10,-30,-36,-20, 21; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='D'; M=-16, 25,-34, 42, 13,-36,-14, -7,-33, -4,-30,-26, 6, 25, -4,-14, -4,-10,-30,-36,-24, 3; /M: SY='P'; M= 0, -7,-21, -7, -3,-20,-13,-17,-17,-10,-24,-17, -4, 25, -7,-14, 16, 19,-14,-33,-20, -7; /M: SY='D'; M=-16, 32,-30, 45, 16,-36,-14, -4,-36, 18,-30,-23, 13,-10, 4, 4, -4,-10,-26,-33,-16, 10; /M: SY='V'; M= -3,-27,-13,-30,-27, 0,-27,-21, 27,-17, 13, 26,-27,-27,-21,-17,-13, -3, 38,-27, -7,-24; /M: SY='H'; M=-13,-17,-23,-17,-17, 3,-27, 29, 1,-14, -3, 4,-14,-27,-10,-10,-13,-10, 5,-11, 28,-17; /M: SY='S'; M= 4, 12,-13, 6, 0,-20, 0, -4,-20, -7,-30,-20, 26,-13, 0, -7, 31, 14,-16,-40,-20, 0; /M: SY='P'; M= 14,-10,-20,-14, -7,-20,-13,-20,-13,-10,-17,-13,-10, 23,-10,-17, 6, 12,-10,-26,-20,-10; /M: SY='R'; M=-17,-13,-33,-10, 0,-23,-20, -6,-27, 18,-23,-13, -6, 14, 4, 42,-10,-10,-23,-23,-16, -3; /M: SY='Y'; M= 5,-16,-23,-20,-16, 12,-19, 6, -4,-10, -4, -4,-16,-23,-10,-14, -9, -6, -6, 12, 45,-16; /M: SY='S'; M= 7, 0,-10, -3, -3,-17, -6,-13,-17,-10,-24,-17, 7,-10, -3,-10, 34, 29, -7,-37,-17, -3; /M: SY='F'; M= -9,-16,-20,-20,-16, 29,-19, -4, -7,-17, -7, -7, -9,-23,-16,-13, 1, 1, -7, -1, 28,-16; /M: SY='S'; M= 18, 9,-13, -1, -4,-20, 0, -7,-16, -7,-23,-16, 18,-13, -4,-10, 20, 7,-13,-33,-20, -4; /M: SY='E'; M= 5, 17,-24, 24, 25,-30,-10, -6,-27, 0,-20,-20, 4, -6, 4,-10, 3, -7,-21,-30,-20, 14; /M: SY='P'; M=-10, 7,-34, 17, 0,-33, 11,-13,-33,-10,-30,-23, 0, 22,-10,-17, -4,-13,-30,-30,-27, -6; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 8 in 8 different sequences |
| Number of true positive hits | 8 in 8 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 1 |
| Number of 'partial' sequences | 1 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 88.89 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | SoHo |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
8 sequences
SRBS1_HUMAN (Q9BX66), SRBS1_MOUSE (Q62417), SRBS2_HUMAN (O94875), SRBS2_MOUSE (Q3UTJ2), SRBS2_PIG (P28220), SRBS2_RAT (O35413), VINEX_HUMAN (O60504), VINEX_MOUSE (Q9R1Z8)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
1 sequence
SRBS1_CAEEL (G5EC32) |
| UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences |
1 sequence
SRBS1_RAT (P84109) |