PROSITE entry PS50844
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | AFP_LIKE |
| Accession [info] | PS50844 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-APR-2002 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50844 |
| Associated ProRule [info] | PRU00021 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Antifreeze protein-like domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=60; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=55; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3552001; R2=0.0201396; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2922.5690918; R2=2.2025723; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=455; H_SCORE=3925; N_SCORE=10.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=256; H_SCORE=3486; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='S'; M= 8, -2, 0, -3, -4,-21, 2,-12,-22,-12,-29,-20, 7,-13, -4,-12, 33, 15,-11,-40,-21, -4; /M: SY='I'; M= -7,-30,-20,-33,-26, 4,-33,-26, 32,-27, 28, 17,-27,-27,-23,-23,-20, -7, 29,-23, -3,-26; /M: SY='V'; M= -7,-24,-16,-26,-24, 11,-28,-10, 14,-18, 4, 5,-21,-27,-23,-16,-10, 0, 25,-17, 9,-24; /M: SY='A'; M= 23,-15,-13,-22,-15, -3,-12,-17, -1,-14, -1, -4,-14,-17,-15,-18, 2, 2, 6,-17, -4,-15; /M: SY='K'; M= -4, -5,-22,-12, -8,-13,-20,-13, -4, 3, -5, -2, 0,-18, -6, 2, -6, 0, -3,-25,-10, -8; /M: SY='R'; M= -5, -6,-26, -7, 4,-26,-18, 4,-21, 18,-19, -5, -2,-14, 17, 23, -5, -9,-16,-21, -9, 9; /M: SY='D'; M= -8, 9,-26, 11, 1,-16,-15, -9,-18, -1,-13,-13, 5, -4, -6, -7, -6, -8,-18,-28,-13, -3; /M: SY='I'; M=-10,-29,-26,-34,-26, 6,-35,-23, 35,-28, 27, 18,-24,-25,-20,-24,-23, -9, 22,-16, 6,-26; /M: SY='P'; M= -9, -6,-31, -4, 5,-29,-19, -9,-19, 13,-25,-10, -4, 18, 10, 4, -6, -8,-20,-25,-17, 6; /M: SY='K'; M= -3, -8,-28, -9, 3,-23,-21,-14,-14, 20,-18, -7, -6, -3, 2, 11, -8, -9,-11,-22,-12, 0; /M: SY='G'; M= -2, -2,-28, -5,-17,-28, 59,-15,-37,-17,-30,-20, 10,-20,-17,-17, 2,-17,-30,-23,-28,-17; /M: SY='E'; M= -2, 7,-20, 9, 16,-19,-16, -7,-20, -2,-17,-16, 1, -8, 2, -8, 9, 12,-15,-27, -9, 8; /M: SY='A'; M= 7,-19,-21,-23,-14, -9,-21,-16, 7,-12, 2, 2,-16,-12, -8,-12, -8, -6, 7,-18, -5,-13; /M: SY='L'; M=-10,-29,-22,-32,-23, 13,-32,-20, 23,-28, 37, 17,-27,-28,-21,-21,-26, -9, 14,-16, 6,-23; /M: SY='T'; M= 3, 0,-13, -4, -1,-19,-12,-11,-16, -7,-20,-13, 4,-10, 6, -7, 25, 28, -9,-33,-14, 2; /M: SY='L'; M= -9,-17,-24,-18, -7, -8,-24,-14, 3, -4, 9, 9,-16,-13, -7, -3,-15, -7, 1,-23, -8, -8; /M: SY='D'; M= -5, 20,-25, 29, 17,-29,-15, -8,-21, -3,-18,-18, 4,-10, -1,-11, -1, -8,-15,-33,-18, 8; /M: SY='N'; M= -8, 25,-21, 14, -2,-19, -6, 4,-14, -3,-18, -3, 31,-18, -1, -5, 2, -4,-19,-34,-16, -1; /M: SY='I'; M= -8,-25,-21,-31,-24, 1,-30,-20, 28,-22, 23, 25,-22,-23,-16,-20,-18, -3, 21,-22, -2,-21; /M: SY='T'; M= 1,-10,-21,-14, -8,-15,-18,-17,-10, 5,-14, -7, -7,-15, -5, 5, 0, 6, -3,-15, -9, -8; /M: SY='V'; M= 7,-22,-16,-27,-21, 7,-21,-23, 12,-21, 5, 3,-17,-21,-21,-20, -4, -1, 16,-20, -5,-21; /M: SY='K'; M= -3,-12,-22,-11, 1,-14,-23,-16, -5, 7, -1, -1,-14,-17, -5, 0,-11, -7, 2,-24,-10, -2; /M: SY='R'; M=-15,-14,-25,-14, -4, -8,-23, -8,-15, 12,-11, -6, -8,-21, -2, 37,-10, -8, -4,-20, -7, -6; /M: SY='P'; M= -5,-18,-30,-12, -6,-24,-13,-20,-13,-12,-24,-15,-15, 48,-12,-18, -1, -4,-14,-31,-25,-12; /M: SY='G'; M= -3, -2,-13, -2, 1,-26, 24,-14,-32,-11,-25,-19, 3,-16, -8,-14, 5, -7,-24,-29,-25, -4; /I: I=-5; MD=-25; /M: SY='P'; M= 0, -9,-16, -6, -1,-13, -9, -8, -7, -5, -8, -6, -9, 24, -1, -8, -4, -4,-10,-13,-11, -3; D=-5; /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='K'; M= -3, -3,-22, -8, -4,-13,-10, -8,-16, 6,-14, -4, 3,-16, 0, 5, -1, -1,-13,-23,-10, -2; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='I'; M=-10,-26,-25,-29,-18, 3,-33,-21, 28,-24, 24, 14,-22,-23,-17,-22,-21, -9, 17,-19, 3,-20; /M: SY='P'; M= 6, -9,-25, -8, 1,-24,-13, -3,-19, -9,-22,-14, -7, 27, -4,-14, 4, -1,-18,-29,-18, -4; /M: SY='P'; M= 9,-14,-26,-13, -5,-24,-14,-20,-15,-10,-21,-15,-14, 45,-10,-18, 1, 3,-16,-27,-24,-10; /M: SY='E'; M= -4, 1,-25, 4, 25,-26,-16, -4,-24, 14,-21,-10, 0, -7, 15, 8, 3, -5,-20,-27,-15, 20; /M: SY='E'; M=-16, 7,-28, 11, 13, 0,-20, 9,-21, -5,-14,-13, 1,-15, -2, -7, -7,-10,-21,-15, 9, 5; /M: SY='F'; M= -9,-29,-27,-35,-26, 19,-29,-22, 16,-26, 15, 7,-24,-25,-22,-22,-22,-12, 6, 13, 13,-24; /M: SY='D'; M=-10, 7,-26, 12, 7,-16,-15, -6,-21, -4,-18,-16, 3, 2, -3, -8, 0, -4,-20,-27,-10, 1; /M: SY='N'; M=-12, 9,-25, 6, 1,-16,-17, -6,-11, 1, -6, -7, 11,-18, -3, 1, -8, -7,-14,-29,-12, -2; /M: SY='I'; M= -9,-30,-21,-34,-26, 10,-33,-26, 31,-28, 28, 16,-26,-27,-24,-23,-21, -8, 25,-20, 0,-26; /M: SY='V'; M= -5,-22,-15,-24,-22, 1,-27,-22, 19,-21, 21, 10,-20,-28,-22,-18,-14, -1, 25,-27, -7,-22; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='G'; M= 3, -6,-28, -8,-18,-28, 59,-18,-36,-18,-29,-19, 4,-19,-18,-18, 2,-17,-28,-22,-28,-18; /M: SY='K'; M= -3,-10,-26,-12, -3,-20,-11,-11,-18, 11,-18, -4, -7,-16, 5, 8, -5, -8,-13, -6, -9, 1; /M: SY='K'; M=-11, -4,-28, -3, 15,-24,-22, -8,-18, 21,-18, -7, -4,-12, 10, 18, -8, -9,-13,-23,-12, 11; /M: SY='L'; M= 11,-23,-16,-28,-19, -2,-21,-22, 14,-22, 22, 9,-23,-23,-18,-21,-13, -5, 14,-22, -8,-19; /M: SY='Q'; M= -1, -4,-20, -8, 0,-20,-16, -7,-11, 0,-10, -5, 0,-16, 10, 2, 3, 1,-10,-26,-12, 5; /M: SY='R'; M=-14, 7,-26, 5, 0,-21,-16, -2,-21, 16,-19, -7, 9,-18, 3, 27, -6, -8,-16,-27,-12, 0; /M: SY='D'; M= -7, 25,-23, 28, 6,-22, -9, -4,-26, 0,-24,-20, 18,-13, -3, -6, 5, 0,-21,-32,-15, 2; /M: SY='V'; M= -6,-28,-19,-30,-24, 5,-31,-25, 25,-19, 18, 12,-25,-26,-23,-18,-17, -6, 28,-22, -3,-24; /M: SY='E'; M= -2, -2,-26, 2, 16,-27, -7, 2,-25, 0,-24,-15, -1, 6, 8, -5, 5, -5,-23,-29,-17, 11; /M: SY='A'; M= 9, -6,-22, -9, 8,-17,-17,-12, -5, -6, -5, -6, -5,-12, -2, -8, -3, -6, -6,-24,-14, 2; /M: SY='D'; M=-10, 23,-29, 28, 0,-33, 26, -7,-37, -9,-30,-24, 17,-16, -9,-13, 1,-13,-30,-31,-24, -4; /M: SY='E'; M= -7, 12,-21, 14, 23,-23,-18, -9,-23, 0,-17,-17, 3, -6, 4, -6, 9, 17,-17,-32,-16, 13; /M: SY='P'; M= -6,-10,-29,-10, -8,-22, -6,-17,-13,-12,-20,-12, -6, 24, -8,-16, -2, -1,-16,-28,-21,-10; /M: SY='I'; M= -5,-28,-23,-35,-25, 8,-32,-25, 30,-27, 24, 15,-23,-24,-22,-25,-19, -8, 20,-18, 0,-25; /M: SY='M'; M= -8,-10,-20,-11, -9, -9,-20, -9, -4, -1, -4, 4, -9,-20, -6, 4, -5, 0, 1,-22, -2, -9; /M: SY='W'; M=-10,-17,-34,-16, -8, -1,-12,-15,-17,-12,-14, -9,-18,-12,-11,-15,-18,-16,-20, 35, 7, -8; /M: SY='D'; M= -7, 21,-25, 28, 12,-31, 7, -5,-32, -5,-29,-24, 15,-11, -1,-10, 10, -4,-25,-35,-22, 5; /M: SY='D'; M= -8, 17,-23, 23, 3,-23,-13, -6,-19, -4,-13, -8, 4,-14, -2, -6, 0, -1,-14,-32,-14, 0; /M: SY='I'; M=-10,-29,-24,-35,-28, 14,-35,-23, 32,-26, 17, 13,-23,-25,-24,-24,-19, -8, 25,-14, 9,-28; /M: M= -4, -7,-25, -8, 0,-16,-16,-16, -5, -3, -3, -3, -8,-15, -5, -8, -8, -6, -5,-24,-11, -4; /M: SY='N'; M= -9, 8,-23, 0, -2,-21, -5, 0,-15, -2,-16, -8, 18,-19, 9, 3, -1, -6,-18,-29,-15, 3; /M: SY='K'; M= -8, 4,-28, 6, 11,-23,-18, 8,-25, 17,-22,-10, 0,-12, 10, 8, -6,-10,-21,-19, 0, 10; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 30 in 29 different sequences |
| Number of true positive hits | 30 in 29 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 1 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 96.77 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | AFP-like |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
29 sequences
ANP11_ZOAAM (P19613), ANP12_ZOAAM (P19614), ANP1C_ZOAAM (P07457), ANP1_ANALU (P12416), ANP1_LYCDA (P35751), ANP1_LYCPO (P24028), ANP1_PACBR (P12100), ANP1_ZOAAM (P19608), ANP2_ANALU (P12417), ANP2_LYCDA (P12102), ANP2_PACBR (P12101), ANP3_LYCDA (P35753), ANP3_ZOAAM (P19606), ANP4_ZOAAM (P19609), ANP5_ZOAAM (P19607), ANP7_ZOAAM (P19611), ANP9_ZOAAM (P19612), ANPD_ZOAAM (P19604), ANPE_ZOAAM (P19605), NEUBH_CAMJE (Q0P8T1), NEUBH_LEGPH (Q5ZXH9), PSEI_CAMJE (Q0P8U0), PSEI_CAMJJ (Q939J8), PSEI_HELPY (O24980), SIAS_DROME (Q9VG74), SIAS_HUMAN (Q9NR45), SIAS_MOUSE (Q99J77), SPSE_BACSU (P39625), Y1065_METJA (Q58465)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
1 sequence
SUYA_CHRSD (Q1QWP1) |
| PDB [Detailed view] |
43 PDB
1AME; 1B7I; 1B7J; 1B7K; 1C89; 1C8A; 1EKL; 1GZI; 1HG7; 1JAB; 1KDE; 1KDF; 1MSI; 1MSJ; 1OPS; 1UCS; 1VLI; 1WVO; 2AME; 2JIA; 2MSI; 2MSJ; 2SPG; 3AME; 3MSI; 3NLA; 3QF6; 3RDN; 4AME; 4MSI; 4NY6; 5C7R; 5MSI; 6AME; 6MSI; 7AME; 7MSI; 7Q3V; 8AME; 8H2C; 8MSI; 9AME; 9MSI » more |