PROSITE entry PS50857

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	COX2_CUA
Accession [info]	PS50857
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JUN-2004 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00075

Name and characterization of the entry

Description [info]

Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=134;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=129;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1614640; R2=0.0130752; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1655.3198242; R2=14.3812418; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.1%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=485; H_SCORE=8630; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=332; H_SCORE=6430; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='B';  M= -5, 17,-23, 17, 10,-24,-12, -4,-21,  4,-22,-16, 14,-13,  1, -2,  4, -2,-17,-31,-15,  5;
/M: SY='P';  M= -7,  0,-32,  4,  6,-29,-15,-12,-22,  0,-27,-18, -2, 38, -2, -9, -3, -7,-26,-30,-23, -1;
/M: SY='P';  M=  2, -4,-22, -3,  0,-19,-14,-11,-16, -7,-17,-13, -6, 11, -4,-11,  3,  1,-14,-27,-15, -4;
/M: SY='L';  M= -8,-27,-21,-31,-23,  4,-30,-22, 24,-25, 26, 17,-24,-25,-19,-21,-19, -5, 19,-17, -2,-22;
/M: SY='T';  M= -3, -8,-15,-13, -9, -9,-22,-13, -1, -7, -5, -2, -8,-17, -9, -8,  4, 18,  7,-27, -7, -9;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-21,-35,-29,  4,-35,-27, 37,-26, 18, 15,-25,-25,-24,-24,-17, -6, 33,-21,  0,-29;
/M: SY='K';  M=-13, 10,-29, 13, 12,-25,-17, -3,-27, 26,-24,-12,  6,-12,  7, 14, -7, -9,-21,-23, -7,  9;
/M: SY='V';  M= 14,-19, -7,-24,-21, -9,-20,-25, 11,-17,  0,  0,-18,-20,-19,-20,  1,  5, 23,-27,-13,-21;
/M: SY='I';  M= -5,-20,-21,-27,-20, -5,-29,-23, 22,-16,  8, 11,-16,-19,-15,-15, -9,  3, 20,-24, -6,-19;
/M: SY='G';  M=  8, -8,-24, -9,-14,-27, 46,-18,-32,-14,-27,-18,  0,-17,-14,-17,  8,-10,-22,-23,-26,-14;
/M: SY='H';  M=-15, -9,-26,-12, -8, -4,-23, 34,-10, -9, -3,  5, -3,-22, -1, -3,-13,-13,-12,-21, 11, -7;
/M: SY='Q';  M=-12, 11,-29, 14, 18,-38,-17,  7,-23,  6,-20, -6,  5,-11, 43,  5,  0,-10,-29,-25,-12, 31;
/M: SY='W';  M=-20,-36,-45,-36,-27, 15,-22,-23,-17,-17,-16,-16,-35,-29,-19,-17,-35,-26,-26,122, 34,-20;
/M: SY='Y';  M=-12,-14,-30,-15,-12,  6,-20,  4,-11,  1, -9, -5,-12,-23, -4, -2,-15,-11,-15, 17, 36,-10;
/M: SY='W';  M=-20,-39,-49,-39,-29,  9,-20,-29,-20,-18,-20,-20,-39,-30,-19,-17,-39,-29,-30,144, 29,-19;
/M: SY='S';  M=  0, -7,-17, -8, -3,-13,-12,-11, -9, -8,-11, -8, -2,-15, -1, -9, 12,  8, -5,-30,-12, -2;
/M: SY='Y';  M=-20,-24,-25,-28,-22, 51,-30,  1, -1,-19,  4, -1,-19,-29,-23,-14,-19,-10, -6, 18, 53,-22;
/M: SY='E';  M= -9,  2,-28,  5, 27,-23,-18, -7,-15,  0,-14,-12,  0, -8,  8, -4, -1, -5,-17,-28,-16, 17;
/M: SY='Y';  M=-19,-22,-28,-23,-21, 34,-30, 14,  1,-13,  4,  1,-21,-30,-14,-12,-21,-10, -8, 25, 71,-21;
/M: SY='P';  M= -2, -9,-21, -6,  1,-25,-13,-15,-20, -9,-27,-18, -5, 34, -3,-14, 11,  6,-20,-34,-23, -4;
/I:         I=-2; MD=-3;
/M: SY='D';  M=-15, 33,-27, 45, 23,-33, -8,  0,-34,  2,-25,-24, 15, -9,  3, -4,  0, -9,-27,-33,-18, 13; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-3;
/M: SY='Y';  M=-10,-14,-16,-16,-14, 22,-17, -3,  0, -9,  1,  0,-11,-18,-13, -8, -9, -4, -1,  4, 24,-14; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-3; IM=0; DM=-3;
/M: SY='E';  M= -6,  1,-15,  3,  7,-12, -9, -2,-10,  3, -7, -5,  0, -5,  3,  2, -3, -4,-10,-14, -7,  5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='N';  M= -5,  9,-13,  6,  2,-10, -1, -1,-13, -1,-14,-10, 13, -6, -1, -2,  3,  0,-13,-17, -9,  0; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='I';  M= -4,-14,-12,-18,-13,  0,-18,-14, 17,-14, 13,  8,-12,-13,-11,-12, -9, -2, 12,-13, -2,-13; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='E';  M= -1,  3,-12,  5, 18,-14, -8, -3,-13,  1,-11,-10,  1, -3,  6, -3,  4, -1,-11,-17,-11, 12; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='F';  M=-10,-13,-13,-16,-13, 32,-15,-10, -2,-14,  2, -1, -9,-10,-18,-11,-10, -6, -2,  1, 12,-14; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='D';  M=-10, 20,-16, 28, 14,-20, -7,  1,-20,  2,-15,-14,  9, -5,  3, -1,  0, -5,-16,-20,-10,  8; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='S';  M=  5,  2, -6,  0, -1,-11, -1, -5,-10, -5,-15,-10,  7, -6, -1, -5, 19, 11, -6,-21,-11, -1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='Y';  M=-10,-12,-16,-12,-11, 15,-16,  7,  0, -7,  0,  0,-12,-11, -7, -7,-11, -5, -5, 11, 35,-11; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='M';  M= -5,-12,-11,-17,-12,  0,-13, -3, 13, -8, 12, 29,-12,-12, -2, -7,-11, -5,  7,-11,  0, -7; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='I';  M= -4,-11,-13,-15,-12, -2,-13,-13, 12,-12,  7,  5, -7,-12,-10,-11, -8, -3,  8,-13, -3,-12; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='P';  M= -5, -8,-18, -6, -1,-10, -9, -7, -9, -6,-11, -8, -7, 24, -4, -9, -3, -4,-13,-15,-11, -4; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='E';  M= -4,  5,-11,  5,  6,-10, -9, -3,-11, -1, -9, -8,  3, -5,  0, -3,  4,  5, -9,-16, -5,  3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='D';  M= -4,  6,-14,  7,  7,-15, -7, -2,-14,  5,-13, -9,  5, -3,  4,  3,  1, -3,-13,-16, -9,  5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='D';  M= -5, 12,-14, 16,  9,-14, -8, -2,-13, -1,-10,-10,  5, -7,  1, -5, -1, -4,-10,-18, -9,  5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='L';  M= -6,-10,-12, -9, -5,  0,-15, -9,  5,-12, 18,  7,-12,-14, -8, -9,-12, -4,  2,-13, -2, -7; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='E';  M= -2,  2,-15,  2,  8,-14, -7, -4,-11, -1,-11, -7,  2,  1,  2, -4,  1, -1,-11,-18,-11,  5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='E';  M= -6, -3,-16, -2,  3,-10,-10,  0, -6, -4, -3, -3, -3, -1,  1, -5, -5, -4, -9,-15, -6,  1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='G';  M= -1, -4,-16, -5,-10,-12, 24,-10,-16,-10,-12, -9,  1,-12,-11,-10, -1, -8,-12,-14,-14,-10; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='Q';  M= -4,  4,-16,  4,  5,-18,  0,  2,-15, -2,-14, -7,  5, -8,  9, -3,  4, -2,-15,-18, -9,  7; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='F';  M= -8,-11,-15,-12,-10, 14,-12, -8, -4,-10,  1, -2, -8,-11,-12, -6, -8, -5, -4, -6,  5,-11; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='R';  M=-12, -2,-23, -1,  7,-20,-15,  0,-21, 15,-16, -7,  1,-12, 15, 33, -3, -5,-17,-19, -9,  9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='L';  M= -7,-13,-21,-13,-10, -7, -8,-12, -2,-16, 13,  4,-13,-21,-11,-13,-14, -8, -3,-21, -8,-11; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-22,-31,-24,  5,-27,-23, 25,-28, 31, 16,-24,-26,-21,-22,-23, -9, 17,-19, -2,-24; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='E';  M=  1,  2,-24,  5, 15,-22,-17,-11,-13, -3,-13,-12, -3, -4,  1, -9, -1, -4,-12,-27,-16,  7; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='T';  M=  1,-13,-11,-18,-16, -6,-24,-23,  8,-14, -1, -1,-14,-18,-17,-14,  4, 22, 21,-29,-10,-17; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='D';  M=-10, 18,-22, 25,  2,-23,-12, -8,-15, -6,-16,-14,  6,-14, -6,-11,  0, -5, -9,-32,-15, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='N';  M= -8, 23,-21, 11, -1,-21,  3,  8,-21,  0,-25,-15, 37,-17,  3, -1,  6, -2,-26,-32,-16,  1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='R';  M=-13,  0,-27,  3, 10,-19,-18,  0,-24, 14,-18,-12,  0, -9,  7, 24, -5, -6,-20,-19, -5,  6; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='L';  M= -7,-26,-15,-29,-22,  3,-29,-21, 23,-24, 27, 18,-24,-25,-19,-20,-19, -4, 19,-23, -3,-21; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='V';  M= -3,-19,-17,-23,-21, -4,-25,-10, 17,-17,  4,  8,-16,-22,-17,-17, -9, -3, 22,-25, -3,-20; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='I';  M= -7,-28,-16,-32,-25, 10,-31,-24, 25,-26, 22, 13,-24,-26,-23,-22,-18, -6, 22,-20, -1,-25; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='P';  M=-10,-19,-39,-10,  0,-29,-19,-19,-19,-10,-29,-19,-19, 87,-10,-19,-10,-10,-29,-29,-29,-10; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-3;
/M: SY='V';  M=  0,-19,-14,-23,-17, -5,-23,-19, 15,-16,  3, 10,-16,-20,-14,-17, -4,  2, 18,-25, -7,-17;
/M: SY='N';  M=-11, 23,-26, 21,  5,-27,  5,  3,-27, -3,-25,-18, 25,-16,  1, -5,  2, -8,-27,-33,-18,  3;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='T';  M= -4, -3,-18, -7, -1,-16,-18,-12,-14,  6,-14, -8,  0,-13, -1,  7,  6, 15, -7,-26,-10, -2; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='P';  M=-10, -4,-29, -2,  2,-22,-17,  3,-20,  1,-21,-12, -1, 19,  2,  0, -4, -6,-23,-27,-13, -1; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='I';  M= -6,-29,-22,-35,-29,  0,-35,-28, 39,-25, 17, 17,-23,-23,-22,-25,-16, -5, 35,-24, -4,-28;
/M: SY='R';  M=-13, -8,-26, -8,  0,-14,-22, -5,-14,  9,-10, -5, -4,-18,  4, 23, -8, -5,-11,-19, -3, -1;
/M: SY='F';  M=-11,-28,-13,-34,-27, 33,-29,-21, 12,-25, 15, 11,-23,-28,-28,-20,-18, -8, 12,-10, 10,-26;
/M: SY='L';  M=-11,-10,-21,-15, -9, -7,-23, -8,  2, -8,  6,  4, -4,-22, -4, -2,-13, -8, -3,-24, -6, -8;
/M: SY='I';  M= -6,-27,-20,-32,-25,  1,-31,-25, 31,-24, 19, 17,-23,-24,-20,-22,-15, -3, 28,-24, -4,-25;
/M: SY='T';  M=  2,  1,-13, -6, -5,-15,-15,-12,-14, -6,-16,-12,  4,-11, -5, -5, 19, 30, -6,-31,-12, -5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='S';  M= 23, -4,-11, -7, -4,-20,  3,-14,-17,-10,-23,-16,  3,-10, -4,-14, 27, 11, -7,-32,-20, -4; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='A';  M= 10,  1,-19, -2, -2,-20, -1,-10,-18, -5,-17,-12,  2,-14, -2, -7,  7,  0,-11,-25,-15, -3;
/M: SY='D';  M=-13, 41,-27, 57, 16,-37, -8, -2,-36, -2,-29,-28, 18,-10,  0,-10,  6, -6,-26,-39,-20,  8;
/M: SY='V';  M=  0,-29,-10,-29,-29, -1,-29,-29, 28,-20,  8,  9,-28,-29,-29,-20, -8,  1, 47,-30,-10,-29;
/M: SY='I';  M=-10,-26,-24,-33,-23,  5,-31,-19, 28,-22, 27, 26,-22,-23,-15,-19,-23,-10, 16,-19,  1,-21;
/M: SY='H';  M=-15,  6,-27,  2,  0,-20,-16, 80,-27, -8,-21, -4, 17,-20,  7, -1, -6,-16,-29,-31, 12,  0;
/M: SY='S';  M= 15,  2,-12,  2,  0,-22, -1,-11,-20, -9,-27,-19,  7,-10, -2,-12, 32, 14,-10,-37,-20, -1;
/M: SY='W';  M=-20,-34,-33,-39,-29, 46,-26,-24, -8,-25, -1, -8,-29,-30,-30,-20,-29,-18,-12, 68, 29,-25;
/M: SY='W';  M=  5,-19,-23,-26,-19, 10,-13,-20,-11,-17, -9,-10,-17,-20,-18,-17, -7,  1, -8, 24,  7,-17;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-19,-35,-29,  0,-35,-29, 38,-26, 17, 16,-24,-25,-24,-25,-16, -6, 35,-24, -5,-29;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='S';  M=  9, -1,-17, -2,  8,-24, -5, -8,-21, -2,-23,-15,  3,-10,  7, -3, 20,  7,-14,-31,-18,  7;
/M: SY='L';  M=-11,-29,-19,-32,-23, 24,-29,-20, 16,-28, 36, 16,-27,-29,-24,-20,-25, -9, 10,-14,  6,-22;
/M: SY='G';  M= -2,-11,-28,-11,-16,-25, 45,-17,-33,-12,-22,-15, -2,-20,-15, -8, -2,-16,-24,-21,-24,-16;
/M: SY='V';  M= -1,-18,-20,-23,-21, -4,-10,-22, 10,-21,  2,  2,-12,-21,-19,-20, -4, -3, 11,-24, -9,-21;
/M: SY='K';  M=-10, -1,-30, -1, 11,-31,-20, -6,-27, 41,-27, -6, -1,-10, 18, 25, -9,-10,-21,-20,-10, 15;
/M: SY='I';  M= -6,-21,-16,-27,-18, -8,-29,-18, 18,-14,  8, 15,-17,-21, -8,-13,-13, -6, 14,-23, -6,-15;
/M: SY='D';  M=-20, 36,-30, 52, 12,-26,-14,  4,-32, -2,-24,-24, 12,-14, -2,-10, -4,-10,-26,-26,  1,  4;
/M: SY='A';  M= 34,-12, -4,-21,-13,-17, -6,-20, -6,-12, -8, -6,-12,-14,-12,-19,  7,  3,  4,-24,-18,-13;
/M: SY='I';  M= -6,-18,-17,-25,-22, -2,-26,-16, 22,-17,  9, 20,-15,-23,-15,-17,-10, -1, 21,-25, -4,-20;
/M: SY='P';  M= -1,-17,-34,-11, -2,-27,-17,-20,-18,-10,-26,-18,-17, 70,-10,-19, -5, -5,-24,-29,-27,-10;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-30, -5,-17,-30, 63,-18,-39,-18,-30,-20,  4,-20,-18,-19,  0,-19,-30,-22,-29,-18;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='R';  M=-15,-12,-27,-16, -8,-13,-20, -3, -9, 11, -7,  9, -5,-15,  3, 32,-12, -9, -9,-21, -8, -5; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L';  M= -6,-22,-20,-24,-15, -2,-25,-19, 13,-19, 23, 12,-21,-23,-12,-15,-17, -4, 10,-22, -5,-14;
/M: SY='N';  M= -1, 20,-17,  5, -4,-17, -6, -2,-15, -4,-21,-13, 31,-13, -4, -6, 12, 12,-17,-35,-17, -4;
/M: SY='Q';  M=-10,  4,-27,  2, 10,-28,-18, 10,-21,  8,-21, -6,  5,-13, 30,  9,  1, -3,-24,-23, -6, 20;
/M: SY='L';  M= -4,-16,-18,-21,-15,  3,-21,-12,  5,-18, 12,  8,-13,-22,-12,-14, -8,  3,  4,-22, -3,-14;
/M: SY='W';  M= -7, -8,-24,-12,-11, -6,-12, -3,-15,-11,-18,-12, -2,-15, -8, -9,  1,  0,-15,  5,  1, -9;
/M: SY='F';  M=-10,-28,-20,-33,-24, 27,-29,-20, 16,-27, 26, 13,-24,-27,-25,-20,-21, -7, 11,-11,  9,-23;
/M: SY='M';  M= -9,-11,-23,-17,-10, -2,-23,-10,  1, -5, -2,  3, -6,-19, -5, -3, -7, -2, -2,-18,  2, -9;
/M: SY='A';  M= 14,-17,-10,-24,-17, -6,-17,-22,  5,-17, -1, -1,-14,-13,-16,-20,  0,  1,  8,-23,-11,-17;
/M: SY='N';  M= -8, 16,-22, 13,  2,-19,-11, -4,-19, -2,-22,-15, 17, -8, -1, -6,  7,  2,-18,-32,-14,  0;
/M: SY='R';  M=-12,  0,-27,  2, 10,-25,-16, -2,-25, 17,-21,-11,  2,-14, 14, 28, -1, -5,-20,-25,-13, 10;
/M: SY='P';  M= -6,-12,-23, -9,  3,-20,-22,-17, -9, -6,-15,-11,-13, 23, -8,-13, -6, -3, -9,-30,-20, -5;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='G';  M= -1, -7,-29, -7,-17,-30, 61,-19,-39,-16,-30,-20,  1,-19,-17,-17,  1,-18,-29,-21,-29,-17;
/M: SY='V';  M= -3,-17,-18,-20,-15, -4,-26,-21, 12,-14,  6,  6,-16,-20,-13,-15, -7,  4, 16,-25, -7,-15;
/M: SY='F';  M=-19,-26,-25,-31,-25, 55,-30, -3,  2,-21,  7,  1,-20,-30,-26,-16,-20,-10, -3, 17, 50,-25;
/M: SY='Y';  M=-16,-10,-27,-10,-10, 17,-25,  0, -8, -7, -6, -6,-11,-18,-12, -8,-14, -9,-11,  1, 30,-12;
/M: SY='G';  M=  2,-12,-27,-12,-21,-27, 57,-21,-32,-20,-25,-17, -3,-21,-21,-20, -1,-17,-21,-21,-28,-21;
/M: SY='Q';  M=-11, -8,-29, -9,  6,-23,-24,  4, -8,  3,-10,  2, -6,-15, 29,  5, -7,-10,-15,-18, -3, 16;
/M: SY='C';  M= -7,-14, 93,-23,-24,-20,-24,-25,-28,-25,-22,-20,-12,-34,-24,-25, -1, -5,-11,-48,-28,-24;
/M: SY='S';  M= 24, -5,-11, -9, -5,-18, -1,-13,-15,-10,-21,-15,  1,-11, -4,-14, 26, 11, -6,-29,-16, -5;
/M: SY='E';  M= -9, 15,-28, 19, 48,-28,-16,  2,-28,  8,-22,-20, 11, -4, 16,  0,  3, -7,-29,-32,-20, 32;
/M: SY='I';  M=-12,-28,-26,-33,-25, 12,-34,-17, 28,-26, 26, 18,-23,-25,-18,-22,-23,-10, 15,-11, 14,-24;
/M: SY='C';  M= -6,-16, 93,-24,-24,-20,-25,-26,-27,-26,-21,-20,-14,-34,-24,-26, -1, -2,-10,-47,-27,-24;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='A';  M= 12,-14,-20,-18, -9,-16,-14,-16, -3, -8, -9, -4,-11, -4, -9,-10, -1, -2,  1,-24,-14,-11;
/M: SY='N';  M= -5,  9,-23,  1, -9,-14,  8,  4,-19, -9,-20,-13, 21,-20, -6, -8,  3, -5,-22,-24, -5, -8;
/M: SY='H';  M=-20, -6,-28, -8, -6,  1,-22, 75,-24,-14,-14,  0,  4,-22,  0, -4,-12,-18,-24,-22, 22, -6;
/M: SY='S';  M= 14, -4,-14, -6, -5,-19,  5, -8,-19,-11,-24,-16,  3,-12, -4,-13, 25, 10,-11,-30,-15, -5;
/M: SY='F';  M=-11,-11,-22,-16,-15, 21,-14, -7, -8,-18,  0, -2, -6,-23,-17,-14,-10, -8, -9,-11,  8,-15;
/M: SY='M';  M=-10,-19,-20,-29,-18, -2,-20,  0, 18, -9, 18, 57,-19,-20,  3, -9,-19,-10,  8,-20,  0, -8;
/M: SY='P';  M=-11, -5,-34,  0,  5,-28,-18,-13,-23,  6,-27,-17, -6, 40, -3, -1, -8, -9,-24,-29,-22, -2;
/M: SY='F';  M= -9,-27,-24,-36,-27, 23,-29,-25, 23,-27, 11,  8,-18,-23,-26,-25,-15, -7, 15,-11,  7,-27;
/M: SY='K';  M= -1, -7,-20, -7, -4,-18,-20,-13, -7,  6,-11, -4, -9,-16, -5, -2, -3, -1,  5,-27,-11, -5;
/M: SY='V';  M=  0,-27,-17,-31,-25,  1,-29,-26, 27,-23, 16, 13,-24,-24,-23,-22,-13, -3, 30,-24, -6,-25;
/M: SY='E';  M=-11, -4,-23, -4, 16,-17,-24, -9, -8,  0, -8, -6, -5,-12,  4, -2, -7, -8,-11,-24, -9,  8;
/M: SY='A';  M= 18,-15,-12,-19,-15, -9,-12,-21,  1,-15, -6, -5,-12,-15,-15,-18,  8,  5, 12,-26,-14,-15;
/M: SY='V';  M= -4,-21,-16,-24,-19, -3,-28,-18, 19,-18,  9,  8,-19,-23,-19,-17, -8,  5, 25,-27, -6,-20;
/M: SY='S';  M=  1, -4,-20, -3, -2,-19,-11,-13,-16,-10,-19,-15, -1, 11, -6,-13, 14, 11,-13,-33,-18, -5;
/M: SY='E';  M= -9, -9,-27, -8,  2,-10,-19,-12, -9, -5, -3, -4, -9, -3, -4, -6,-11, -8,-12,-22,-10, -2;
/M: SY='E';  M=-10, 12,-27, 15, 20,-27,-14,  0,-26, 12,-25,-16, 11, -7,  8,  4,  1, -6,-23,-31,-16, 13;
/M: SY='D';  M=-10, 15,-26, 20, 13,-23,-15,  7,-23,  2,-20,-15,  9,-13,  4, -4, -1, -7,-21,-28, -7,  7;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='F';  M=-20,-28,-22,-35,-28, 69,-30,-11,  0,-25,  8,  0,-20,-30,-33,-18,-20,-10, -2, 15, 41,-28;
/M: SY='E';  M=-11,  3,-25,  3,  5,-15,-20, -3, -7, -5, -4, -4,  1,-17, -1, -7, -9, -8,-10,-26, -7,  1;
/M: SY='A';  M=  9,  2,-19, -3, -1,-20, -7,-10,-13, -3,-15, -9,  5,-13, -2, -8,  6,  0,-10,-28,-16, -2;
/M: SY='W';  M=-20,-38,-47,-38,-29, 12,-20,-25,-18,-19,-18,-18,-37,-30,-19,-19,-37,-28,-28,135, 34,-20;
/M: SY='V';  M= -6,-25,-15,-28,-23,  0,-28,-24, 19,-22, 17,  9,-22,-25,-21,-18,-16, -4, 21,-20, -5,-23;
/M: SY='E';  M=  0,  1,-23,  0, 11,-24,-15, -7,-18, 10,-18,-11,  1,-11,  8,  4,  2, -4,-15,-26,-14,  9;
/M: SY='K';  M= -5,  2,-26,  1,  8,-24, -7, -2,-23, 10,-21,-10,  4,-13,  9,  3, -1, -8,-21,-24,-12,  8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	367 in 367 different sequences
Number of true positive hits	367 in 367 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	N_Hulo
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

367 sequences

AOX2_AERPE  (Q9YDX7), COX1_ACACA  (Q37370), COX1_DICCI  (Q2LCQ6),

COX1_DICDI  (O21042), COX2_ACHDO  (P29870), COX2_ACOIG  (Q38S50), 
COX2_ACOWI  (P50672), COX2_ADABI  (P29871), COX2_AEDAE  (P50692), 
COX2_AILFU  (Q3L6W7), COX2_AILME  (Q2Y0B9), COX2_ALBCA  (P48889), 
COX2_ALBTU  (Q09334), COX2_ALKPO  (Q04441), COX2_ALLMI  (O47870), 
COX2_ALOPA  (P98024), COX2_ANAPL  (P98019), COX2_ANIIM  (Q38S38), 
COX2_ANOGA  (P34840), COX2_ANOQU  (P33505), COX2_ANTAM  (Q37369), 
COX2_AOTNI  (Q7IC90), COX2_APIFL  (P50267), COX2_APIKO  (P50268), 
COX2_APILI  (P20375), COX2_APOMY  (Q38S35), COX2_APOSM  (Q38S29), 
COX2_APOSY  (P50673), COX2_APTAU  (O03889), COX2_ARATH  (P93285), 
COX2_ARTSF  (Q37706), COX2_ARVSO  (Q38S26), COX2_ASCSU  (P24882), 
COX2_ATEMI  (Q7J6G4), COX2_BACP3  (Q03438), COX2_BACSU  (P24011), 
COX2_BALBO  (Q599A0), COX2_BALMU  (P41294), COX2_BALPH  (P24986), 
COX2_BATGR  (Q38S23), COX2_BERBO  (Q38S20), COX2_BETVU  (P98012), 
COX2_BISBI  (Q37416), COX2_BISBO  (P68296), COX2_BOSGA  (P68295), 
COX2_BOSIN  (P68553), COX2_BOSJA  (P68294), COX2_BOSMU  (P68554), 
COX2_BOSTR  (Q37419), COX2_BOVIN  (P68530), COX2_BRAFL  (O47428), 
COX2_BRAHY  (Q9GCE7), COX2_BRALA  (O79417), COX2_BREAN  (P43369), 
COX2_BRECS  (P43370), COX2_BRENA  (P43372), COX2_BUBDE  (P50678), 
COX2_CAEBR  (Q8HEC3), COX2_CAEEL  (P24894), COX2_CAERE  (Q8SEM9), 
COX2_CAIMO  (P50666), COX2_CALGO  (P50661), COX2_CANAD  (O47667), 
COX2_CANAL  (Q9B8D8), COX2_CANAU  (O47669), COX2_CANGA  (P43373), 
COX2_CANLA  (P67781), COX2_CANLF  (P67780), COX2_CANLU  (P67782), 
COX2_CANME  (O47671), COX2_CANSI  (P98031), COX2_CAPHI  (Q37430), 
COX2_CARAU  (O78682), COX2_CARSF  (P98046), COX2_CASBE  (O03890), 
COX2_CAVAP  (P50683), COX2_CEPBA  (P98043), COX2_CERGA  (P98020), 
COX2_CERSI  (O03851), COX2_CERSP  (Q03736), COX2_CERTH  (O47672), 
COX2_CHEME  (P98027), COX2_CHICK  (P18944), COX2_CHLAE  (P26455), 
COX2_CHOBI  (P98025), COX2_CHOCR  (P48869), COX2_CHOFU  (P84288), 
COX2_CHOOC  (P84289), COX2_CHOPI  (P84290), COX2_CHORO  (P98030), 
COX2_CHRBR  (O47670), COX2_CONPN  (Q38S17), COX2_CORDI  (Q6NG98), 
COX2_COREF  (Q8FNQ7), COX2_CORGL  (Q8NNK2), COX2_COTJA  (P50684), 
COX2_CRABU  (P50685), COX2_CRACA  (P50662), COX2_CTEFE  (P29872), 
COX2_CULQU  (P50693), COX2_CUOAL  (O47668), COX2_CYACA  (P48870), 
COX2_CYBMR  (P47918), COX2_CYBSA  (P06029), COX2_CYPCA  (P24987), 
COX2_DACMI  (Q38S14), COX2_DAMPP  (P50679), COX2_DANRE  (Q9MIY7), 
COX2_DASNO  (P50687), COX2_DAUCA  (P27168), COX2_DAUMA  (P98032), 
COX2_DEBHA  (A9RAG1), COX2_DEKBR  (P43374), COX2_DESAU  (Q38S65), 
COX2_DIDVI  (P41311), COX2_DROAI  (Q85TA0), COX2_DROAL  (P84201), 
COX2_DROAM  (P29856), COX2_DROAT  (P84202), COX2_DROAZ  (P84287), 
COX2_DROBF  (P29859), COX2_DROLO  (P29860), COX2_DROME  (P00408), 
COX2_DROMI  (P67797), COX2_DRONO  (O03891), COX2_DRONR  (P67795), 
COX2_DROPE  (P67798), COX2_DROPS  (P67799), COX2_DROSI  (P50253), 
COX2_DROSU  (P29865), COX2_DROTO  (P67796), COX2_DROYA  (P00409), 
COX2_DUGDU  (Q8W9N3), COX2_EENNA  (P43375), COX2_ELEMA  (Q2I3H1), 
COX2_EMEND  (P13588), COX2_EQUAS  (P92478), COX2_EREGS  (Q7YFV7), 
COX2_EULMA  (P98033), COX2_EXERO  (P29873), COX2_FELCA  (P48890), 
COX2_FORLA  (P34189), COX2_GADMO  (Q37741), COX2_GALME  (P29874), 
COX2_GALSE  (P50688), COX2_GALVR  (P50686), COX2_GAZSP  (P50680), 
COX2_GEOCP  (P50689), COX2_GERGE  (Q38S62), COX2_GERRO  (Q38S56), 
COX2_GERVA  (Q37476), COX2_GORBE  (Q37472), COX2_GORGO  (P26456), 
COX2_HALGR  (P38596), COX2_HAPGR  (P98034), COX2_HIPAM  (Q9ZZY8), 
COX2_HORSE  (P48660), COX2_HUMAN  (P00403), COX2_HYBUN  (Q38S11), 
COX2_HYLLA  (Q96127), COX2_HYLPR  (Q38S08), COX2_KLULA  (P20387), 
COX2_LACK1  (Q9XLW8), COX2_LACTC  (P43376), COX2_LAGLA  (P98036), 
COX2_LASSP  (P29875), COX2_LATCH  (O03848), COX2_LEGFO  (Q38S05), 
COX2_LEITA  (P14545), COX2_LEMBA  (Q38S02), COX2_LEMCA  (P98035), 
COX2_LEOSA  (Q38S00), COX2_LOCMI  (P14573), COX2_LOPFL  (Q38S47), 
COX2_LOXAF  (Q9TA26), COX2_LUMTE  (Q37545), COX2_LYCCU  (O47676), 
COX2_LYCGR  (O48267), COX2_LYCGY  (O47677), COX2_LYCPI  (O47674), 
COX2_LYCSE  (O47678), COX2_LYCSM  (O79549), COX2_LYCVE  (Q7J6G2), 
COX2_MACCA  (Q37548), COX2_MACFA  (P11948), COX2_MACMU  (P98038), 
COX2_MAIZE  (P00412), COX2_MALLO  (Q38RZ7), COX2_MALTY  (Q37547), 
COX2_MAMPR  (Q38PR9), COX2_MANLE  (P98037), COX2_MARPO  (P26857), 
COX2_MAUEX  (P43377), COX2_MAXBA  (Q38RZ2), COX2_MAXSU  (Q38RY9), 
COX2_MERSH  (Q38S59), COX2_METSE  (O47496), COX2_MICNA  (Q38S41), 
COX2_MICPE  (P24988), COX2_MICTV  (Q7IKU8), COX2_MOUSE  (P00405), 
COX2_MYCBO  (P63855), COX2_MYCLE  (Q9CCF1), COX2_MYCPA  (Q73YL5), 
COX2_MYCTO  (P9WP68), COX2_MYCTU  (P9WP69), COX2_MYTED  (Q00227), 
COX2_MYXGL  (Q9G2X2), COX2_NEUCR  (P00411), COX2_NIVCU  (Q38RY6), 
COX2_NOCFA  (Q5YZ37), COX2_NOTPE  (O03892), COX2_NYCCO  (P98039), 
COX2_NYCPR  (O47675), COX2_OENBE  (P05490), COX2_OENHY  (Q38RY0), 
COX2_ONCFA  (P29876), COX2_ONCMY  (P48171), COX2_ORNAN  (Q37718), 
COX2_ORYSJ  (P04373), COX2_OSPRO  (P92662), COX2_PANPA  (P26457), 
COX2_PANTR  (P50690), COX2_PAPAN  (P68297), COX2_PAPHA  (P68298), 
COX2_PARDE  (P08306), COX2_PARLI  (P12701), COX2_PARPR  (P08748), 
COX2_PARTE  (P08749), COX2_PATPE  (Q37411), COX2_PEA(P08744), 
COX2_PELSU  (O79673), COX2_PERAM  (P29877), COX2_PERFA  (Q37595), 
COX2_PETMA  (Q37604), COX2_PHOVI  (Q00528), COX2_PHYHA  (Q37596), 
COX2_PHYME  (Q02212), COX2_PIG(P50667), COX2_PISOC  (P25002), 
COX2_PNECA  (P29163), COX2_PODAN  (P20682), COX2_POLOR  (Q96183), 
COX2_PONAB  (P92693), COX2_PONPY  (Q37605), COX2_PRAJA  (Q38RX1), 
COX2_PRATA  (Q38RW8), COX2_PRATU  (Q38RW5), COX2_PROTA  (P98042), 
COX2_RABIT  (P98049), COX2_RAT(P00406), COX2_RHAPU  (Q38RV6), 
COX2_RHEAM  (O03893), COX2_RHIDA  (Q37643), COX2_RHISA  (O99819), 
COX2_RHIUN  (Q96190), COX2_RHYIS  (Q38RV3), COX2_RICBR  (Q1RI44), 
COX2_RICCN  (Q92I65), COX2_RICFE  (Q4ULU3), COX2_RICPR  (Q9ZDC6), 
COX2_ROULE  (Q37649), COX2_RUSUN  (Q37440), COX2_SALSA  (Q37677), 
COX2_SCHGR  (P29878), COX2_SCHPO  (P21534), COX2_SCICA  (P50691), 
COX2_SCYCA  (O79404), COX2_SHEEP  (O78750), COX2_SIMVI  (P98021), 
COX2_SITGR  (P29879), COX2_SOYBN  (P05491), COX2_SPEVE  (O47679), 
COX2_SQUAC  (Q9ZZ51), COX2_STRAW  (Q82AL0), COX2_STRCA  (O21400), 
COX2_STRCO  (Q9X814), COX2_STRPU  (P15545), COX2_SUNME  (Q38RU7), 
COX2_SYMST  (P29880), COX2_SYMSY  (P25312), COX2_SYNCA  (P50675), 
COX2_SYNY3  (Q06474), COX2_TACSP  (Q37691), COX2_TAMAM  (Q7IZ21), 
COX2_TAMBU  (Q7IZ16), COX2_TAMCA  (Q7IZ15), COX2_TAMCI  (Q7IZ14), 
COX2_TAMDO  (Q7IZ11), COX2_TAMMR  (Q7IZ08), COX2_TAMPL  (Q7IZ01), 
COX2_TAMQA  (Q9G5S9), COX2_TAMRF  (Q9G1N5), COX2_TAMSO  (Q9G0U1), 
COX2_TAMTO  (Q9G185), COX2_TATEM  (Q38S53), COX2_TETNG  (Q4JQI4), 
COX2_THEGE  (P98044), COX2_THET8  (Q5SJ80), COX2_THETH  (P98052), 
COX2_THEVL  (P98054), COX2_TINMA  (O03895), COX2_TRAIM  (Q37685), 
COX2_TRIRU  (Q01556), COX2_TRYBB  (P04372), COX2_TRYCR  (P98023), 
COX2_TUPGL  (Q37684), COX2_UROCA  (Q38RU4), COX2_UROCI  (O48276), 
COX2_USTMA  (Q0H8Y7), COX2_VANPO  (A6H4Q5), COX2_VARVI  (P98047), 
COX2_VIGUN  (P32646), COX2_VULCO  (Q539C6), COX2_VULMA  (O47680), 
COX2_VULVU  (O47681), COX2_VULZE  (O47673), COX2_WHEAT  (P00413), 
COX2_WICCA  (P48871), COX2_XENLA  (P00407), COX2_YARLI  (Q9B6D5), 
COX2_YEAST  (P00410), COX2_YPOMA  (P98048), COX2_ZANCU  (Q3T4C0), 
COX2_ZELHI  (Q38RU1), COX2_ZOOAN  (P29881), COXM_BRADU  (P98053), 
COXT_SOYBN  (Q02226), CYOA_BUCAI  (P57544), CYOA_BUCAP  (Q8K993), 
CYOA_BUCBP  (Q89AA3), CYOA_ECOL6  (P0ABJ2), CYOA_ECOLI  (P0ABJ1), 
CYOA_PSEAE  (Q9I427), CYOA_PSEPU  (Q9WWR1), NOSZ_ACHCY  (P94127), 
NOSZ_BRADU  (Q89XJ6), NOSZ_BRUME  (Q8YBC6), NOSZ_BRUSU  (Q8FX16), 
NOSZ_CUPNH  (Q59105), NOSZ_PARDE  (Q51705), NOSZ_PSEAE  (Q9HYL2), 
NOSZ_PSEAI  (Q01710), NOSZ_PSEFL  (Q9F0W4), NOSZ_RALN1  (Q8XQB8), 
NOSZ_RHIME  (Q59746), NOSZ_STUST  (P19573), QOX2_ACEAC  (P50653), 
QOX2_BACAN  (Q81V01), QOX2_BACC1  (Q73DE0), QOX2_BACCR  (Q81HT3), 
QOX2_BACSH  (E0TW67), QOX2_BACSU  (P34957), QOX2_STAA3  (Q2FI17), 
QOX2_STAA8  (Q2FZJ9), QOX2_STAAB  (Q2YX14), QOX2_STAAC  (Q5HH23), 
QOX2_STAAM  (Q99V36), QOX2_STAAN  (Q7A698), QOX2_STAAR  (Q6GI23), 
QOX2_STAAS  (Q6GAF2), QOX2_STAAW  (Q7A181), QOX2_STAEQ  (Q5HQA9), 
QOX2_STAES  (Q8CPP6), QOX2_STAHJ  (Q4L565), QOX2_STAS1  (Q49WI4), 
QOX2_SULAC  (P39479)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

214 PDB

1AR1; 1CYW; 1CYX; 1EHK; 1FFT; 1FWX; 1M56; 1M57; 1OCC; 1OCO; 1OCR; 1OCZ; 1QLE; 1V54; 1V55; 1XME; 2CUA; 2DYR; 2DYS; 2EIJ; 2EIK; 2EIL; 2EIM; 2EIN; 2FWL; 2GSM; 2IWF; 2IWK; 2LLN; 2OCC; 2QPD; 2QPE; 2Y69; 2YBB; 2ZXW; 3ABK; 3ABL; 3ABM; 3AG1; 3AG2; 3AG3; 3AG4; 3ASN; 3ASO; 3BVD; 3DTU; 3EH3; 3EH4; 3EH5; 3EHB; 3FYE; 3FYI; 3HB3; 3QJQ; 3QJR; 3QJS; 3QJT; 3QJU; 3QJV; 3S33; 3S38; 3S39; 3S3A; 3S3B; 3S3C; 3S3D; 3S8F; 3S8G; 3SBP; 3SBQ; 3SBR; 3WG7; 3X2Q; 4FA7; 4FAA; 4G70; 4G71; 4G72; 4G7Q; 4G7R; 4G7S; 4GP4; 4GP5; 4GP8; 4N4Y; 5B1A; 5B1B; 5B3S; 5GPN; 5IY5; 5J4Z; 5J7Y; 5LUF; 5NDC; 5U7N; 5W97; 5WAU; 5WEH; 5X19; 5X1B; 5X1F; 5XDQ; 5XDX; 5XTH; 5XTI; 5Z62; 5Z84; 5Z85; 5Z86; 5ZCO; 5ZCP; 5ZCQ; 6CI0; 6GIQ; 6HU9; 6J8M; 6JUW; 6JY3; 6JY4; 6KOB; 6KOC; 6KOE; 6NKN; 6NMF; 6NMP; 6PTT; 6PTY; 6RKZ; 6RL0; 6T0B; 6T15; 6WTI; 6Y6Y; 6Y71; 6Y72; 6Y77; 6Y7D; 6Y7E; 6YMX; 6YMY; 7APY; 7AQ0; 7AQ2; 7AQ3; 7AQ4; 7AQ5; 7AQ6; 7AQ7; 7AQ8; 7AQ9; 7AQA; 7ATE; 7ATN; 7AU3; 7AU6; 7COH; 7CP5; 7CUB; 7CUQ; 7CUW; 7D5W; 7D5X; 7DGQ; 7DGR; 7DGS; 7DKF; 7EV7; 7N9Z; 7O37; 7O3C; 7O3E; 7Q21; 7QBA; 7QHM; 7QHO; 7THU; 7TIE; 7TIH; 7TII; 7VUW; 7VVR; 7W3E; 7XMA; 7XMB; 7XMC; 7XMD; 7Y44; 7YPY; 7Z10; 8AJZ; 8C8Q; 8D4T; 8DH6; 8E7S; 8EC0; 8F68; 8F6C; 8GBT; 8GCQ; 8GO3; 8GVM; 8H8R; 8H8S; 8HCR; 8HUA; 8IJN; 8K65; 8K6Y; 8PW5; 8PW6; 8PW7; 8Q1B; 8QQK; 8UGI
» more