PROSITE entry PS50867

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	PRE_SET
Accession [info]	PS50867
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-2002 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50280
Associated ProRule [info]	PRU00157

Name and characterization of the entry

Description [info]

Pre-SET domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=63;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=58;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1057999; R2=0.0059308; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4844.3583984; R2=3.3438256; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1079; H_SCORE=8452; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=741; H_SCORE=7322; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -8, -9,-12,-12, -6, -8,-21,-13, -8, -6,-10, -6, -6,-13, -4, -7, -2, -1, -5,-25, -9, -5;
/M: SY='G';  M= -1,-10,-16,-11,-15,-24, 33,-13,-28,-18,-25,-15, -2,-15,-14,-18,  5,-10,-21,-26,-22,-15;
/M: SY='C';  M= -8,-19, 98,-29,-28,-17,-28,-27,-24,-28,-14,-13,-19,-36,-27,-27,-10, -8, -7,-45,-26,-27;
/M: SY='N';  M= -8, 13,-17, 13,  5,-25, -6,  2,-24, -2,-24,-17, 14,-15,  1, -3,  7, -2,-20,-34,-16,  3;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         I=-2; MD=-9;
/M: SY='K';  M=  1, -6,-19, -8,  0,-17,-18,-13, -7,  2,-10, -5, -6,-13,  0, -2,  1,  2, -2,-24,-11, -1; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-9;
/M: SY='D';  M= -3, 14,-23, 16,  7,-26, 11, -7,-28, -4,-24,-19, 11,-11, -3, -9,  5, -5,-23,-28,-20,  2; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='D';  M= -3,  5,-21,  8,  5,-22,  3, -7,-21, -4,-18,-14,  3, -4, -1, -6,  3, -5,-17,-24,-17,  1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='C';  M= -9,-19,114,-28,-28,-19,-28,-28,-28,-28,-19,-19,-19,-38,-28,-28, -9, -9, -9,-47,-28,-28; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='T';  M= -3, -6,-17, -8, -5,-10, -9,-11, -9, -9, -6, -3, -2,-15, -4, -7,  6,  7, -7,-26,-11, -5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='D';  M= -5,  4,-20,  7,  2,-19,-13, -5,-20, -7,-20,-16,  1,  5, -5,-11,  3, -2,-18,-27,-13, -3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='S';  M=  7, -1,-17, -2, -2,-20,  5,-10,-18, -1,-19,-12,  2,-10, -1, -4,  9, -1,-12,-22,-15, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='B';  M= -2,  6,-13,  6,  5,-13, -7, -4,-11,  1,-12, -9,  6, -4,  0, -3,  4,  2,-10,-19,-10,  2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='N';  M= -6, 10,-22,  6,  0,-22, -4, -6,-22,  9,-25,-15, 16,-11, -1,  5,  5,  0,-18,-29,-16, -1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='C';  M=-10,-17,105,-26,-24,-19,-28,-27,-28,-26,-19,-19,-18,-36,-26,-26, -9, -9,-10,-46,-28,-25; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='A';  M=  9, -4,-13, -7,  1,-13, -9, -6, -8, -6, -6, -5, -3,-10,  0, -8,  5,  3, -5,-21,-10,  0; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='C';  M= -9,-19,114,-28,-28,-19,-28,-28,-28,-28,-19,-19,-19,-38,-28,-28, -9, -9, -9,-47,-28,-28; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='A';  M=  6,-14,-21,-18,-12,-13, -7,-14, -2,-15, -2, -2,-11,-11,-10,-17, -5, -6, -2,-18,-12,-12; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='Q';  M= -8, -3,-25, -3,  5,-24,-12,  3,-18,  7,-16, -6, -1,-13, 15, 13, -3, -9,-16,-21,-10,  8; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='K';  M= -5, -7,-23, -8,  0,-14, -8,-10,-13,  1, -3, -2, -6,-16, -1,  1, -8, -9,-12,-20,-10, -1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='N';  M=  0,  7,-16, -1, -5,-16, -5, -7,-12, -5,-17,-10, 15,-10, -4, -7, 10,  7,-11,-30,-16, -5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='G';  M=  0, -7,-21, -7, -8,-16,  5,-11,-10,-10,-11, -6, -4,-11, -9,-12, -2, -7, -8,-20,-12, -9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='G';  M= -6,  1,-24,  0, -1,-22,  7, -2,-20, -4,-18,-10,  4,-14, -1, -2, -2, -9,-17,-22,-14, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='N';  M= -6,  0,-18, -1, -1,-18, -5, -7,-20, -5,-14,-11,  2,-11, -4, -3, -5, -9,-18,-26,-15, -3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='F';  M=-14,-26,-24,-31,-23, 39,-27,-13,  3,-22, 10,  3,-22,-27,-24,-17,-20, -9, -1, 15, 27,-22;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='P';  M= 11, -6,-20, -8, -1,-21, -7,-14,-16, -3,-18,-13, -4, 15, -5, -9,  2, -1,-14,-23,-19, -5; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Y';  M=-18,-19,-23,-21,-18, 27,-29, 10, -3,-11, -1, -2,-18,-28,-13, -9,-17, -8, -8, 17, 59,-19;
/M: SY='D';  M= -9, 15,-17, 17,  1,-20,-12, -5,-20, -7,-16,-15,  8,-15, -6,-10,  5,  7,-14,-32,-12, -3;
/M: SY='G';  M= -1,  3,-26,  3, -1,-25,  6,-11,-25, -1,-23,-16,  4, -4, -6, -6,  0, -8,-20,-26,-19, -4;
/M: SY='B';  M= -6,  9,-25,  8,  5,-24, -8, -1,-22,  3,-18,-12,  9,-11,  4,  1,  0, -5,-20,-29,-15,  4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='G';  M= -2, -3,-21, -4, -8,-23, 26,-11,-24, -7,-22,-13,  4,-12, -4, -8,  4, -7,-19,-21,-19, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='R';  M= -7, -4,-14, -4,  2,-14,-13, -4,-14,  5, -8, -5, -3,-13,  6, 16, -3, -4,-11,-18, -8,  2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='I';  M= -5,-15,-19,-19,-14, -6,-18,-15, 11,-10,  6,  7,-11,-15, -9, -8,-11, -6,  8,-18, -6,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='R';  M=-12, -4,-23, -5,  0,-13,-19, -4, -8,  4, -5, -3, -1,-16,  0, 13, -9, -8, -8,-21, -8, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-21,-31,-23, 12,-30,-22, 20,-25, 28, 15,-25,-23,-22,-17,-22, -9, 15,-18,  1,-23;
/M: SY='N';  M= -6, -1,-17, -6, -4,-16,-14, -6, -8, -5,-11, -6,  6,-18, -2, -3, -1, -4, -7,-30,-13, -4;
/M: SY='E';  M= -4, -6,-20, -4,  8,-21,-12, -8,-21,  4,-21,-12, -4,  1,  2,  2,  2, -4,-18,-26,-13,  3;
/M: SY='G';  M=  0, -6,-26, -7, -2,-24, 11, -9,-23, -4,-21,-12, -2,-15, -1, -5,  1,-10,-19,-18,-16, -2;
/M: SY='K';  M= -8, -2,-21, -2,  1,-18,-16, -9,-17,  5,-18,-11, -2, -5, -2,  1, -2, -1,-14,-23, -7, -2;
/M: SY='P';  M= -7,-11,-32, -5,  0,-26,-17,-13,-17, -7,-21,-12,-13, 45, -5,-15, -7, -7,-21,-29,-22, -6;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='I';  M= -1,-11,-11,-13,-10, -1,-14,-10,  5,-11,  5,  1,-11, -7, -9,-10, -4,  2,  5,-12,  0,-10; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-23,-36,-29,  1,-36,-29, 41,-27, 20, 17,-24,-24,-23,-26,-18, -7, 34,-23, -3,-29;
/M: SY='Y';  M=-19,-20,-28,-23,-19, 29,-29,  9, -1,-10,  0,  0,-16,-27,-14, -7,-18,-10, -7, 14, 52,-19;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='N';  M= -7, 17,-24,  6, -7,-20, 15,  0,-25, -8,-29,-19, 32,-20, -6, -7,  6, -6,-28,-22,-18, -6;
/M: SY='D';  M= -8,  2,-27,  7,  7,-24,-12, -7,-24,  3,-23,-15,  0,  5,  2, -2,  2, -4,-20,-29,-16,  3;
/M: SY='R';  M= -3,-12,-22,-15, -8, -5,-16, -3,-12, -2, -6, -1, -8,-19, -2,  4, -5, -5, -8,-18, -2, -6;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K';  M= -1, -3,-22, -5, -2,-26,  3,-12,-26,  6,-27,-15,  2, -3, -1,  2,  5, -3,-20,-27,-19, -3;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S';  M= -4,  0,-20,  1, -5,-23,  0, -6,-24,-10,-25,-18,  2,  0, -7,-13,  5, -4,-20,-22,-17, -7;
/M: SY='R';  M= -9, -7,-28, -5,  0,-20,-18, -6,-19,  5,-17, -8, -6,  8,  1,  9, -4, -5,-17,-25,-12, -2;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='N';  M= -8, 12,-22, 10,  4,-21,-11,  4,-21,  1,-20,-14, 16,-15,  4,  0,  5,  0,-20,-26,-11,  4; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R';  M= -9, -9,-24, -9, -3,-20,-10, -8,-21,  6,-20,-11, -5, -2,  1, 10, -4, -6,-17,-21, -9, -3;
/M: SY='N';  M= -9, 33,-19, 15, -2,-18, -2,  7,-17, -2,-25,-16, 51,-20, -1, -2,  9,  2,-26,-38,-18, -1;
/M: SY='R';  M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 31,-21,-10,  0,-19, 10, 68,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='V';  M= -2,-29,-12,-30,-27,  1,-30,-27, 27,-21, 16, 12,-28,-29,-27,-20,-12,  0, 40,-28, -8,-27;
/M: SY='V';  M=  2,-23,-11,-25,-24, -3,-25,-26, 19,-18,  6,  5,-22,-25,-23,-18, -2,  7, 34,-30,-10,-24;
/M: SY='Q';  M=-10, -1,-30,  0, 19,-37,-20, 10,-19,  9,-19, -1, -1,-11, 56,  9, -1,-10,-29,-18, -6, 37;
/M: SY='R';  M=-10,  3,-19, -2, -1,-18,-13, 10,-23, 10,-22, -9, 10,-17,  2, 12,  0, -2,-19,-28, -7, -1;
/M: SY='G';  M= -1, -8,-29, -9,-18,-29, 62,-18,-38,-17,-30,-20,  3,-20,-17,-15,  1,-18,-29,-21,-29,-18;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_04 which contains 571'864 sequence entries.

Total number of hits	53 in 53 different sequences
Number of true positive hits	53 in 53 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	5
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	91.38 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20_shuffled
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Pre-SET
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

53 sequences

CLR4_CRYNH  (J9VWH9), CLR4_SCHPO  (O60016), DIM5_NEUCR  (Q8X225),

EHMT1_HUMAN (Q9H9B1), EHMT1_MOUSE (Q5DW34), EHMT2_HUMAN (Q96KQ7), 
EHMT2_MOUSE (Q9Z148), KMT1_FUSMA  (A0A1L7TZE5), MET2_CAEEL  (P34544), 
SET23_CAEBR (A8XI75), SET23_CAEEL (Q95Y12), SETB1_DROME (Q32KD2), 
SETB1_DROPS (Q28Z18), SETB1_HUMAN (Q15047), SETB1_MOUSE (O88974), 
SETB1_XENLA (Q6INA9), SETB2_DANRE (Q06ZW3), SETB2_HUMAN (Q96T68), 
SETB2_MOUSE (Q8C267), SETB2_XENLA (Q6YI93), SETB2_XENTR (A4IGY9), 
SETMR_BOVIN (Q0VD24), SETMR_HUMAN (Q53H47), SETMR_MOUSE (Q80UJ9), 
SETMR_RAT   (Q5I0M0), STB1A_DANRE (Q1L8U8), STB1B_DANRE (Q08BR4), 
SUV39_DROME (P45975), SUV39_DROPS (Q294B9), SUV91_BOVIN (Q2NL30), 
SUV91_HUMAN (O43463), SUV91_MOUSE (O54864), SUV91_PONAB (Q5RB81), 
SUV91_XENLA (Q6NRE8), SUV92_BOVIN (Q32PH7), SUV92_CHICK (Q5F3W5), 
SUV92_HUMAN (Q9H5I1), SUV92_MACFA (Q4R3E0), SUV92_MOUSE (Q9EQQ0), 
SUV92_XENTR (Q28CQ7), SUVH1_ARATH (Q9FF80), SUVH1_TOBAC (Q93YF5), 
SUVH2_ARATH (O22781), SUVH3_ARATH (Q9C5P4), SUVH4_ARATH (Q8GZB6), 
SUVH5_ARATH (O82175), SUVH6_ARATH (Q8VZ17), SUVH7_ARATH (Q9C5P1), 
SUVH9_ARATH (Q9T0G7), SUVR1_ARATH (Q946J2), SUVR4_ARATH (Q8W595), 
SUVR5_ARATH (O64827), SV91A_DANRE (Q6DGD3)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

5 sequences

SUVH3_CHLRE (Q5QD03), SUVH8_ARATH (Q9C5P0), SUVHA_ARATH (Q3EC60),

SUVR2_ARATH (Q9FNC7), SUVR3_ARATH (Q9SRV2)

» more

PDB
[Detailed view]

59 PDB

1ML9; 1MVH; 1MVX; 1PEG; 2IGQ; 2O8J; 2R3A; 2RFI; 3BO5; 3FPD; 3HNA; 3K5K; 3MO0; 3MO2; 3MO5; 3RJW; 3SW9; 3SWC; 4I51; 4NJ5; 4NVQ; 4QEN; 4QEO; 4QEP; 5JHN; 5JIN; 5JIY; 5JJ0; 5T0K; 5T0M; 5TTF; 5TTG; 5TUY; 5TUZ; 5V9I; 5V9J; 5VSC; 5VSD; 5VSE; 5VSF; 6A5K; 6A5M; 6A5N; 6BOX; 6BP4; 6MBO; 6MBP; 6P0R; 7BTV; 7BUC; 7DCF; 7T7L; 7T7M; 7X73; 7XUA; 7XUB; 7XUC; 7XUD; 8XPT
» more