PROSITE logo

PROSITE entry PS50913


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] GRIP
Accession [info] PS50913
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JUL-2003 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50913
Associated ProRule [info] PRU00250

Name and characterization of the entry

Description [info] GRIP domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=51;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=46;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9887543; R2=0.0172481; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=378; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=262; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M= -4, -6,-23, -8, -4,-18,-11, -7, -9, -2,-13, -4, -1,-15,  0, -1,  2, -2, -7,-27,-12, -4;
/M: SY='S';  M= -7, -2,-22, -1,  0,-15,-18, -7, -7, -8,-10, -7, -1,-12, -2,-10,  1, -1, -6,-29,-11, -2;
/M: SY='A';  M=  5,  1,-23,  2,  5,-25,  0,-10,-24,  0,-21,-13,  0, -8,  1, -2,  5, -3,-17,-27,-19,  2;
/M: SY='E';  M= -7, 13,-27, 16, 18,-27, -8,  3,-27,  2,-24,-17, 10, -3,  5, -3,  2, -7,-25,-32,-18, 11;
/M: SY='E';  M= -7, -2,-25, -3,  5,-18,-10, -4,-18,  2,-16, -9,  0, -6, -1, -3, -2, -3,-17,-23, -9,  1;
/M: SY='V';  M=  2,-15,-19,-19,-10,-11,-24,-14, 10,-13, -1,  2,-13,-17,-10,-15, -3,  1, 14,-26, -9,-12;
/M: SY='D';  M=-13, 27,-26, 29, 19,-28,-12,  8,-28,  3,-25,-20, 23,-11,  7, -2,  3, -3,-27,-35,-16, 13;
/M: SY='M';  M= -8,-18,-23,-21,-13,  4,-24,-16,  1, -1,  2,  5,-14,-20,-12, -2,-13, -7,  2,-17, -1,-12;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-25,  6, 27,-25,-19, -4,-17,  2,-13, -8, -3, -8, 17, -3,  1, -4,-17,-28,-15, 22;
/M: SY='Y';  M=-17,-23,-27,-24,-21, 28,-30,  6,  6,-17, 12,  5,-22,-30,-15,-14,-22,-10, -3, 16, 56,-21;
/M: SY='L';  M= -7,-25,-21,-28,-18,  0,-29,-18, 20,-23, 29, 17,-23,-25,-11,-18,-20, -7, 12,-21, -3,-15;
/M: SY='K';  M=-11, -3,-28, -3,  5,-25,-18, -7,-28, 37,-26,-11,  1,-13,  8, 37, -5, -5,-18,-22,-11,  5;
/M: SY='N';  M= -8, 31,-20, 15,  0,-20, -2, 13,-21,  0,-29,-18, 48,-18,  1,  0, 11,  1,-27,-38,-17,  0;
/M: SY='V';  M= -2,-27,-18,-31,-25,  0,-30,-22, 28,-24, 18, 13,-24,-25,-22,-22,-15, -6, 29,-24, -5,-25;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-22,-34,-25, 21,-32,-22, 24,-29, 31, 16,-25,-27,-24,-22,-24, -9, 16,-15,  5,-25;
/M: SY='F';  M=-10,-24,-21,-29,-22, 18,-29,-17, 16,-23, 16,  8,-20,-25,-19,-19,-15, -4, 11,-12, 11,-21;
/M: SY='Q';  M= -8,  1,-27, -1,  4,-25, -1, -1,-25,  8,-24,-11,  6,-15, 15,  7,  1, -7,-24,-21, -9,  9;
/M: SY='F';  M=-20,-26,-23,-33,-26, 60,-29, -4, -1,-24,  7,  1,-19,-29,-29,-16,-20,-11, -4, 12, 41,-26;
/M: SY='L';  M= -7,-28,-20,-32,-23,  9,-29,-20, 24,-26, 33, 21,-26,-26,-19,-20,-23, -8, 17,-20,  0,-22;
/M: SY='T';  M=  1, -4,-16, -7,  0,-13,-16, -4,-11, -7,-13, -7, -2,-13, -4, -9, 11, 15, -3,-30, -9, -3;
/M: SY='S';  M= -4, -3,-17, -5, -5,-18, -9, -7,-12,-12, -7, -6,  0,-15, -1,-11,  1,  1,-12,-29,-13, -4;
/M: SY='R';  M=-11, -6,-30, -6, -2,-22,-12, -6,-18,  6,-20, -8, -1,  5, -1,  9, -6, -9,-17,-26,-15, -4;
/M: SY='E';  M=-11,  7,-29, 11, 20,-27,-13,  0,-27,  6,-23,-17,  5,  2,  6,  4, -1, -7,-25,-30,-18, 11;
/M: SY='S';  M= 11, -1,-15, -7, -7,-18, -4, -8,-12, -8,-18,-11,  6,-15, -5, -9, 14,  6, -5,-31,-16, -7;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='D';  M= -7, 10,-17, 13,  1,-16, -1, -4,-16, -4,-13,-11,  7, -2, -3, -5,  0, -4,-14,-21,-12, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E';  M= -5,  6,-20,  9, 17,-22, -7, -2,-21, 10,-17,-11,  3, -6, 10,  5, -1, -7,-18,-19,-12, 13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='R';  M= -5, -6,-21, -8, -2,-18,-14, -8,-16, 14,-17, -8,  0,-14,  2, 25,  1, -3, -9,-22,-11, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='Q';  M=-13,  3,-26,  5,  8,-13,-19,  1,-21,  3,-18,-10,  1,-12,  9,  3, -3, -8,-19,-23, -6,  9;
/M: SY='Q';  M= -6,  4,-26,  6, 13,-28,-11,  6,-25,  3,-20,-11,  2,-11, 15,  4,  1, -3,-22,-26,-12, 13;
/M: SY='L';  M=-10,-25,-22,-28,-22,  5,-31, -9, 21,-23, 23, 17,-22,-26,-16,-19,-20, -8, 15,-17,  8,-21;
/M: SY='L';  M= -2,-28,-16,-30,-23,  4,-27,-23, 22,-24, 30, 16,-28,-28,-22,-20,-20, -6, 23,-23, -5,-22;
/M: SY='K';  M=-10, -2,-28, -3,  6,-26,-17, -7,-22, 14,-24,-12,  2,  6,  8, 14, -2, -3,-21,-26,-16,  5;
/M: SY='V';  M= 10,-24,-14,-28,-22, -3,-23,-24, 19,-20, 14, 10,-24,-24,-21,-20,-10, -3, 26,-24, -9,-22;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-25,-36,-27,  2,-35,-25, 39,-27, 25, 23,-23,-23,-19,-25,-21, -9, 26,-21, -1,-26;
/M: SY='S';  M=  3, -1,-18, -4, -2,-15,  6, -8,-20,-10,-21,-15,  6,-14, -4,-11, 15,  4,-15,-26,-12, -3;
/M: SY='S';  M=  4,  1,-14, -6, -8,-15, -7,-11,-11, -9,-16, -8,  8,-14, -6, -9, 17, 17, -6,-32,-15, -7;
/M: SY='V';  M= -3,-26,-17,-30,-24,  3,-29,-25, 24,-23, 17, 12,-23,-25,-22,-21,-12, -2, 26,-24, -5,-24;
/M: SY='L';  M= -8,-29,-20,-31,-21, 16,-29,-20, 17,-29, 43, 17,-28,-29,-22,-20,-27,-10,  9,-17,  2,-21;
/M: SY='N';  M=-11, 15,-27, 13,  8,-29, -6,  5,-28, 10,-26,-14, 17,-14, 11,  9,  0, -7,-26,-29,-14,  9;
/M: SY='F';  M=-15,-31,-23,-36,-27, 43,-28,-21,  6,-27, 17,  6,-26,-30,-30,-20,-24,-11,  4, 14, 17,-25;
/M: SY='S';  M= -2,  9,-18, 11,  4,-23, -8, -8,-23, -5,-26,-20, 11, -2, -1, -6, 20, 13,-16,-36,-19,  1;
/M: SY='E';  M= -7,  7,-28, 11, 12,-28,-15, -6,-23,  1,-22,-15,  2, 12,  5, -2,  0, -5,-23,-30,-19,  7;
/M: SY='E';  M= -2,  7,-23,  8, 20,-27,-15, -5,-20,  4,-19,-13,  3, -9, 13, -2,  4, -2,-17,-29,-16, 16;
/M: SY='E';  M=-11,  8,-30, 15, 44,-32,-20,  5,-28, 11,-21,-14,  1, -4, 28,  3, -1,-10,-30,-27,-16, 36;
/M: SY='M';  M= -5,-11,-18,-15, -3,-15,-22,-11, -3,  4, -5,  8, -9,-15,  1,  3, -8, -3, -3,-23, -9, -2;
/M: SY='Q';  M=-10,  8,-28, 11, 24,-32,-15,  4,-26, 12,-23,-12,  4, -8, 26,  6,  1, -7,-26,-26,-14, 25;
/M: SY='K';  M= -6, -7,-24,-11, -3,-16,-21, -8, -6,  8, -8,  3, -4,-17,  8,  5, -8, -8, -7,-21, -8,  2;
/M: SY='I';  M= -1,-26,-16,-32,-24,  0,-30,-25, 26,-25, 22, 13,-23,-24,-20,-24,-16, -5, 21,-23, -5,-24;
/M: SY='N';  M= -7, -1,-24, -4, -9,-14,  0, -6,-12,-10, -9, -5,  4,-20, -7,-10, -5, -9,-13,-25,-12, -8;
/M: SY='E';  M=  0, -6,-17, -7,  2,-16,-17, -6,-11, -3, -4, -3, -6,-16, -1, -5, -4, -5, -9,-26,-11,  0;
/M: SY='A';  M=  3, -2,-19, -6, -4,-19,-15, -9,-11,  3,-15, -8,  0,-15, -3, -1,  3,  1, -5,-27,-12, -4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 28 in 28 different sequences
Number of true positive hits 28 in 28 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 93.33 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] GRIP
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
28 sequences

ATG23_GIBZE (I1RGD4), GCC1_HUMAN  (Q96CN9), GCC1_MOUSE  (Q9D4H2), 
GCC2_CAEEL  (P34562), GCC2_HUMAN  (Q8IWJ2), GCC2_MOUSE  (Q8CHG3), 
GCC2_RAT(D3ZZL9), GOGA1_HUMAN (Q92805), GOGA1_MOUSE (Q9CW79), 
GOGA4_HUMAN (Q13439), GOGA4_MOUSE (Q91VW5), GOGA4_RAT   (Q5U4E6), 
GRIP_ARATH  (Q8S2T0), IMH1_EREGS  (Q75AF5), IMH1_YEAST  (Q06704), 
QTC_DROME   (Q9VMU5), RGPD1_HUMAN (P0DJD0), RGPD2_HUMAN (P0DJD1), 
RGPD3_HUMAN (A6NKT7), RGPD4_HUMAN (Q7Z3J3), RGPD5_HUMAN (Q99666), 
RGPD8_HUMAN (O14715), RUD3_YEAST  (Q12234), TRIPB_HUMAN (Q15643), 
YBAC_SCHPO  (O42903), YF82_SCHPO  (O42657), YGCC1_PLAF7 (O97237), 
YGRB_SCHPO  (Q9Y7X7)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

GOGC3_ARATH (Q84WU4), GOGC4_ARATH (Q8VYU6)

		
PDB
[Detailed view]
2 PDB

1R4A; 1UPT