PROSITE entry PS50913
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | GRIP |
| Accession [info] | PS50913 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JUL-2003 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 03-MAY-2023 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50913 |
| Associated ProRule [info] | PRU00250 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | GRIP domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=51; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=46; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9887543; R2=0.0172481; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=378; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=262; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='S'; M= -4, -6,-23, -8, -4,-18,-11, -7, -9, -2,-13, -4, -1,-15, 0, -1, 2, -2, -7,-27,-12, -4; /M: SY='S'; M= -7, -2,-22, -1, 0,-15,-18, -7, -7, -8,-10, -7, -1,-12, -2,-10, 1, -1, -6,-29,-11, -2; /M: SY='A'; M= 5, 1,-23, 2, 5,-25, 0,-10,-24, 0,-21,-13, 0, -8, 1, -2, 5, -3,-17,-27,-19, 2; /M: SY='E'; M= -7, 13,-27, 16, 18,-27, -8, 3,-27, 2,-24,-17, 10, -3, 5, -3, 2, -7,-25,-32,-18, 11; /M: SY='E'; M= -7, -2,-25, -3, 5,-18,-10, -4,-18, 2,-16, -9, 0, -6, -1, -3, -2, -3,-17,-23, -9, 1; /M: SY='V'; M= 2,-15,-19,-19,-10,-11,-24,-14, 10,-13, -1, 2,-13,-17,-10,-15, -3, 1, 14,-26, -9,-12; /M: SY='D'; M=-13, 27,-26, 29, 19,-28,-12, 8,-28, 3,-25,-20, 23,-11, 7, -2, 3, -3,-27,-35,-16, 13; /M: SY='M'; M= -8,-18,-23,-21,-13, 4,-24,-16, 1, -1, 2, 5,-14,-20,-12, -2,-13, -7, 2,-17, -1,-12; /M: SY='E'; M= -6, 2,-25, 6, 27,-25,-19, -4,-17, 2,-13, -8, -3, -8, 17, -3, 1, -4,-17,-28,-15, 22; /M: SY='Y'; M=-17,-23,-27,-24,-21, 28,-30, 6, 6,-17, 12, 5,-22,-30,-15,-14,-22,-10, -3, 16, 56,-21; /M: SY='L'; M= -7,-25,-21,-28,-18, 0,-29,-18, 20,-23, 29, 17,-23,-25,-11,-18,-20, -7, 12,-21, -3,-15; /M: SY='K'; M=-11, -3,-28, -3, 5,-25,-18, -7,-28, 37,-26,-11, 1,-13, 8, 37, -5, -5,-18,-22,-11, 5; /M: SY='N'; M= -8, 31,-20, 15, 0,-20, -2, 13,-21, 0,-29,-18, 48,-18, 1, 0, 11, 1,-27,-38,-17, 0; /M: SY='V'; M= -2,-27,-18,-31,-25, 0,-30,-22, 28,-24, 18, 13,-24,-25,-22,-22,-15, -6, 29,-24, -5,-25; /M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-34,-25, 21,-32,-22, 24,-29, 31, 16,-25,-27,-24,-22,-24, -9, 16,-15, 5,-25; /M: SY='F'; M=-10,-24,-21,-29,-22, 18,-29,-17, 16,-23, 16, 8,-20,-25,-19,-19,-15, -4, 11,-12, 11,-21; /M: SY='Q'; M= -8, 1,-27, -1, 4,-25, -1, -1,-25, 8,-24,-11, 6,-15, 15, 7, 1, -7,-24,-21, -9, 9; /M: SY='F'; M=-20,-26,-23,-33,-26, 60,-29, -4, -1,-24, 7, 1,-19,-29,-29,-16,-20,-11, -4, 12, 41,-26; /M: SY='L'; M= -7,-28,-20,-32,-23, 9,-29,-20, 24,-26, 33, 21,-26,-26,-19,-20,-23, -8, 17,-20, 0,-22; /M: SY='T'; M= 1, -4,-16, -7, 0,-13,-16, -4,-11, -7,-13, -7, -2,-13, -4, -9, 11, 15, -3,-30, -9, -3; /M: SY='S'; M= -4, -3,-17, -5, -5,-18, -9, -7,-12,-12, -7, -6, 0,-15, -1,-11, 1, 1,-12,-29,-13, -4; /M: SY='R'; M=-11, -6,-30, -6, -2,-22,-12, -6,-18, 6,-20, -8, -1, 5, -1, 9, -6, -9,-17,-26,-15, -4; /M: SY='E'; M=-11, 7,-29, 11, 20,-27,-13, 0,-27, 6,-23,-17, 5, 2, 6, 4, -1, -7,-25,-30,-18, 11; /M: SY='S'; M= 11, -1,-15, -7, -7,-18, -4, -8,-12, -8,-18,-11, 6,-15, -5, -9, 14, 6, -5,-31,-16, -7; /I: I=-4; MD=-23; /M: SY='D'; M= -7, 10,-17, 13, 1,-16, -1, -4,-16, -4,-13,-11, 7, -2, -3, -5, 0, -4,-14,-21,-12, -2; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='E'; M= -5, 6,-20, 9, 17,-22, -7, -2,-21, 10,-17,-11, 3, -6, 10, 5, -1, -7,-18,-19,-12, 13; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='R'; M= -5, -6,-21, -8, -2,-18,-14, -8,-16, 14,-17, -8, 0,-14, 2, 25, 1, -3, -9,-22,-11, -2; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='Q'; M=-13, 3,-26, 5, 8,-13,-19, 1,-21, 3,-18,-10, 1,-12, 9, 3, -3, -8,-19,-23, -6, 9; /M: SY='Q'; M= -6, 4,-26, 6, 13,-28,-11, 6,-25, 3,-20,-11, 2,-11, 15, 4, 1, -3,-22,-26,-12, 13; /M: SY='L'; M=-10,-25,-22,-28,-22, 5,-31, -9, 21,-23, 23, 17,-22,-26,-16,-19,-20, -8, 15,-17, 8,-21; /M: SY='L'; M= -2,-28,-16,-30,-23, 4,-27,-23, 22,-24, 30, 16,-28,-28,-22,-20,-20, -6, 23,-23, -5,-22; /M: SY='K'; M=-10, -2,-28, -3, 6,-26,-17, -7,-22, 14,-24,-12, 2, 6, 8, 14, -2, -3,-21,-26,-16, 5; /M: SY='V'; M= 10,-24,-14,-28,-22, -3,-23,-24, 19,-20, 14, 10,-24,-24,-21,-20,-10, -3, 26,-24, -9,-22; /M: SY='I'; M= -9,-29,-25,-36,-27, 2,-35,-25, 39,-27, 25, 23,-23,-23,-19,-25,-21, -9, 26,-21, -1,-26; /M: SY='S'; M= 3, -1,-18, -4, -2,-15, 6, -8,-20,-10,-21,-15, 6,-14, -4,-11, 15, 4,-15,-26,-12, -3; /M: SY='S'; M= 4, 1,-14, -6, -8,-15, -7,-11,-11, -9,-16, -8, 8,-14, -6, -9, 17, 17, -6,-32,-15, -7; /M: SY='V'; M= -3,-26,-17,-30,-24, 3,-29,-25, 24,-23, 17, 12,-23,-25,-22,-21,-12, -2, 26,-24, -5,-24; /M: SY='L'; M= -8,-29,-20,-31,-21, 16,-29,-20, 17,-29, 43, 17,-28,-29,-22,-20,-27,-10, 9,-17, 2,-21; /M: SY='N'; M=-11, 15,-27, 13, 8,-29, -6, 5,-28, 10,-26,-14, 17,-14, 11, 9, 0, -7,-26,-29,-14, 9; /M: SY='F'; M=-15,-31,-23,-36,-27, 43,-28,-21, 6,-27, 17, 6,-26,-30,-30,-20,-24,-11, 4, 14, 17,-25; /M: SY='S'; M= -2, 9,-18, 11, 4,-23, -8, -8,-23, -5,-26,-20, 11, -2, -1, -6, 20, 13,-16,-36,-19, 1; /M: SY='E'; M= -7, 7,-28, 11, 12,-28,-15, -6,-23, 1,-22,-15, 2, 12, 5, -2, 0, -5,-23,-30,-19, 7; /M: SY='E'; M= -2, 7,-23, 8, 20,-27,-15, -5,-20, 4,-19,-13, 3, -9, 13, -2, 4, -2,-17,-29,-16, 16; /M: SY='E'; M=-11, 8,-30, 15, 44,-32,-20, 5,-28, 11,-21,-14, 1, -4, 28, 3, -1,-10,-30,-27,-16, 36; /M: SY='M'; M= -5,-11,-18,-15, -3,-15,-22,-11, -3, 4, -5, 8, -9,-15, 1, 3, -8, -3, -3,-23, -9, -2; /M: SY='Q'; M=-10, 8,-28, 11, 24,-32,-15, 4,-26, 12,-23,-12, 4, -8, 26, 6, 1, -7,-26,-26,-14, 25; /M: SY='K'; M= -6, -7,-24,-11, -3,-16,-21, -8, -6, 8, -8, 3, -4,-17, 8, 5, -8, -8, -7,-21, -8, 2; /M: SY='I'; M= -1,-26,-16,-32,-24, 0,-30,-25, 26,-25, 22, 13,-23,-24,-20,-24,-16, -5, 21,-23, -5,-24; /M: SY='N'; M= -7, -1,-24, -4, -9,-14, 0, -6,-12,-10, -9, -5, 4,-20, -7,-10, -5, -9,-13,-25,-12, -8; /M: SY='E'; M= 0, -6,-17, -7, 2,-16,-17, -6,-11, -3, -4, -3, -6,-16, -1, -5, -4, -5, -9,-26,-11, 0; /M: SY='A'; M= 3, -2,-19, -6, -4,-19,-15, -9,-11, 3,-15, -8, 0,-15, -3, -1, 3, 1, -5,-27,-12, -4; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 28 in 28 different sequences |
| Number of true positive hits | 28 in 28 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 2 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 93.33 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | N_Hulo |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | GRIP |
| Version [info] | 3 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
28 sequences
ATG23_GIBZE (I1RGD4 ), GCC1_HUMAN (Q96CN9 ), GCC1_MOUSE (Q9D4H2 ), GCC2_CAEEL (P34562 ), GCC2_HUMAN (Q8IWJ2 ), GCC2_MOUSE (Q8CHG3 ), GCC2_RAT (D3ZZL9 ), GOGA1_HUMAN (Q92805 ), GOGA1_MOUSE (Q9CW79 ), GOGA4_HUMAN (Q13439 ), GOGA4_MOUSE (Q91VW5 ), GOGA4_RAT (Q5U4E6 ), GRIP_ARATH (Q8S2T0 ), IMH1_ASHGO (Q75AF5 ), IMH1_YEAST (Q06704 ), QTC_DROME (Q9VMU5 ), RGPD1_HUMAN (P0DJD0 ), RGPD2_HUMAN (P0DJD1 ), RGPD3_HUMAN (A6NKT7 ), RGPD4_HUMAN (Q7Z3J3 ), RGPD5_HUMAN (Q99666 ), RGPD8_HUMAN (O14715 ), RUD3_YEAST (Q12234 ), TRIPB_HUMAN (Q15643 ), YBAC_SCHPO (O42903 ), YF82_SCHPO (O42657 ), YGCC1_PLAF7 (O97237 ), YGRB_SCHPO (Q9Y7X7 )» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
2 sequences
GOGC3_ARATH (Q84WU4 ), GOGC4_ARATH (Q8VYU6 ) |
| PDB [Detailed view] |
2 PDB
1R4A; 1UPT |