Home  |  Contact
Entry: PS50916

General information about the entry

Entry name [info] RABBD
Accession [info] PS50916
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JUL-2003 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE;
10-APR-2019 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50916
Associated ProRule [info] PRU00234

Name and characterization of the entry

Description [info] Rab-binding domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=57;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=52;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5992838; R2=0.0116062; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3693.1933594; R2=6.2024169; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=595; H_SCORE=7384; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=423; H_SCORE=6317; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M';  M= -9,-11,-25,-12,  1,-12,-16, -7, -8,  1,  0,  7,-10,-16,  6, -1,-10, -9,-10,-21, -7,  4;
/M: SY='L';  M= -7,-22,-25,-22,-13, -4,-25,-18,  2,-10,  6,  2,-19, -3,-13, -4,-16, -8,  1,-21, -8,-15;
/M: SY='D';  M=-17, 34,-28, 46, 15,-35,-12,  0,-34,  6,-27,-23, 16,-12,  5,  3,  0, -6,-27,-35,-17,  9;
/M: SY='L';  M= -7,-21,-19,-23,-14,  5,-24,-17,  8,-21, 26,  9,-19,-24,-13,-14,-14, -2,  3,-22, -3,-13;
/M: SY='S';  M=  2,  1,-18,  3, 13,-24, -3, -7,-23, -4,-26,-17,  5, -9,  9, -6, 23,  9,-17,-34,-19, 11;
/M: SY='H';  M=-11,-11,-14,-13, -8,  4,-15, 12,-19,-12,-15, -9, -5,-14,-10,-10, -3, -8,-16,-19,  6,-10;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-21,-32,-22, 17,-31,-21, 20,-30, 44, 18,-28,-29,-22,-21,-28,-10, 10,-17,  3,-22;
/M: SY='T';  M= -1,  0,-14, -6, -5,-14,-15,-14,-15, -2,-15,-11,  4,-12, -4, -1, 16, 28, -7,-31,-12, -5;
/M: SY='E';  M= -4, 11,-29, 21, 32,-31,-15, -6,-28,  2,-23,-21,  0, 12,  7, -8,  0, -9,-26,-31,-22, 18;
/M: SY='E';  M= -2,  3,-25,  9, 29,-24,-11, -2,-23, -1,-13,-14, -2, -8,  7, -7,  0, -8,-21,-28,-17, 18;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='R';  M= -5, -8,-25,-10,  1,-22,-19, -6,-18, 15,-13, -5, -5,-16, 13, 25, -5, -5,-13,-21,-11,  6;
/M: SY='E';  M=-12, 16,-29, 24, 37,-31,-17,  0,-31, 14,-24,-19,  7, -6, 16,  6, -1, -9,-28,-30,-18, 26;
/M: SY='I';  M= -1,-19,-27,-25,-17, -8,-25,  1, 11,-16,  3,  8,-13,-19,-10,-17,-14,-11,  4,-11,  2,-16;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-27,-39,-30,  0,-39,-30, 47,-29, 19, 19,-21,-21,-21,-29,-19, -9, 33,-21, -1,-30;
/M: SY='L';  M= -9,-17,-23,-18, -6, -6,-25,-10,  7,-16, 21, 12,-15,-22,  1,-12,-16, -8, -2,-22, -5, -3;
/M: SY='Q';  M= -2,  3,-25,  3, 12,-28,-10, -3,-25, 10,-22,-12,  4,-11, 17, 11,  3, -6,-22,-25,-16, 14;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-21,-33,-24,  9,-31,-21, 27,-26, 32, 22,-26,-27,-20,-21,-23, -9, 19,-20,  0,-23;
/M: SY='Q';  M= -6,  6,-28,  9, 12,-27,-17,  1,-23, 11,-20,-10,  0,-12, 21,  7, -3, -9,-22,-19, -4, 15;
/M: SY='R';  M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 31,-21,-10,  0,-19, 10, 67,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='D';  M= -1, 26,-24, 31, 11,-33, -8, -2,-27, -1,-24,-19, 14,-11,  8, -8,  3, -7,-23,-32,-18, 10;
/M: SY='E';  M= -6,  0,-27,  3, 29,-16,-20, -5,-23, 10,-17,-13, -3, -8, 12,  2, -3, -9,-22,-21,-11, 21;
/M: SY='E';  M= -9,  9,-25, 11, 18,-22,-17,  1,-25,  9,-20,-15,  5,-10,  6,  7,  1,  1,-21,-26, -9, 11;
/M: SY='L';  M= -7,-20,-21,-20, -7, -3,-27,-17, 13,-19, 21, 10,-20,-21,-12,-16,-15, -6, 10,-25, -7,-10;
/M: SY='R';  M=-14,  6,-30, 11, 24,-30,-19,  0,-29, 21,-23,-13,  2,-10, 20, 25, -4,-10,-26,-25,-14, 21;
/M: SY='K';  M= -4, -6,-23, -5,  7,-21,-18,-10,-15, 11,-17, -9, -3,-13,  5, 11,  1, -3, -9,-26,-13,  5;
/M: SY='K';  M=  7,-10,-20,-14, -5,-16,-17,-16, -9,  9, -6, -1,-10,-15, -5,  0, -5, -1, -3,-22,-11, -5;
/M: SY='E';  M=-10, 12,-30, 22, 58,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  1,  0, 19,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 39;
/M: SY='E';  M=-11,  9,-29, 15, 33,-32,-19,  1,-27, 11,-21,-13,  2, -6, 27,  7,  0, -7,-27,-27,-15, 30;
/M: SY='E';  M= -2,  4,-26,  7, 25,-32,-12, -2,-25,  8,-21,-12,  1, -7, 23,  1,  3, -7,-24,-26,-17, 24;
/M: SY='R';  M=-18,-13,-28,-14, -5,-16,-22, -4,-19, 21,-13, -3, -4,-21,  5, 54,-11, -9,-11,-21, -9, -4;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-21,-33,-26,  1,-33,-26, 33,-26, 22, 15,-23,-24,-21,-24,-17, -6, 28,-24, -4,-26;
/M: SY='R';  M= -6, -4,-27, -3,  4,-27,  9, -8,-31,  8,-26,-15,  2,-14,  4, 13,  3, -8,-23,-25,-19,  3;
/M: SY='R';  M=-10, -5,-20, -5,  6,-25,-19, -4,-29, 30,-24,-11, -1,-15,  7, 33, -8,-10,-19,-23,-11,  4;
/M: SY='L';  M= -6,-28,-19,-29,-20,  7,-28,-19, 19,-27, 42, 21,-28,-28,-19,-19,-26, -9, 12,-21, -2,-19;
/M: SY='K';  M= -6,-12,-22,-11, -6,-18,-22, -9, -7, 13,-14, -3,-10,-14, -3,  7, -7, -5,  4,-26,-10, -5;
/M: SY='E';  M= -5, 11,-25, 13, 20,-29, -7, -2,-27,  5,-25,-17,  9,-10, 12,  2,  7, -4,-24,-30,-18, 16;
/M: SY='R';  M=-13,  2,-28,  4, 13,-26,-18,  7,-28, 20,-23,-12,  3,-12, 12, 26, -3, -6,-22,-25, -9, 11;
/I:         I=-2; MD=-10;
/M: SY='L';  M= -6,-26,-19,-29,-21, 10,-27,-19, 20,-25, 34, 18,-25,-25,-19,-19,-22, -8, 13,-18,  0,-20; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-10;
/M: SY='E';  M= -5,  2,-24,  6, 25,-23,-17, -4,-18,  6,-11, -7, -3, -8, 13, -1, -2, -7,-18,-25,-14, 19; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
/M: SY='E';  M= -7, 10,-26, 17, 21,-27,-16, -5,-25, 14,-18,-14,  2, -8,  9,  4, -4, -9,-21,-26,-14, 15; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='Q';  M= -3, -5, -5, -6,  0,-23,-19,-10,-14, -3,-14, -8, -5,-11,  7, -1, -3, -5,-12,-26,-14,  2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='R';  M=-13, -8,-30, -8,  6,-23,-20, -2,-23, 18,-18, -8, -3,-16, 18, 36, -8,-10,-20,-13, -9,  9;
/M: SY='E';  M= -9, -5,-26, -3, 15,-21,-22, -8,-12,  5,-12, -6, -7,-14, 11,  0, -7, -9,-10,-16,-11, 13;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-20,-33,-25,  9,-32,-23, 28,-27, 31, 19,-26,-27,-22,-22,-22, -8, 22,-20,  0,-24;
/M: SY='W';  M=-13,-18,-32,-18, -9,-11,-16,-15,-16,  6, -7, -5,-16,-21, -3,  7,-20,-15,-16, 17,  0, -5;
/M: SY='K';  M= -2,-10,-24,-17,-10,-15,-17,-16,  0,  3, -8,  2, -6,-15, -6, -1, -6, -2,  0,-22, -9,-10;
/M: SY='R';  M= -6, -8,-27,-10, -1,-22,-13, -9,-20, 21,-16, -4, -4,-15,  6, 25, -8,-10,-14,-20,-11,  1;
/M: SY='T';  M=  4, -3,-13, -7, -6,-14,-10,-16,-16,-11,-21,-16,  2,-11, -6,-11, 26, 29, -7,-22,-12, -6;
/M: SY='G';  M= -3,-14,-28,-14,-19,-21, 45,-19,-28,-19,-14,-11, -6,-22,-18,-15, -7,-17,-21,-20,-23,-19;
/M: SY='E';  M= 13,  4,-22,  5, 21,-28,-11, -8,-22,  3,-17,-14, -2, -7, 10, -6,  3, -6,-17,-25,-18, 15;
/M: SY='W';  M=-20,-37,-49,-37,-28,  8,-20,-21,-21,-19,-20,-19,-36,-29,-18,-19,-38,-29,-30,137, 29,-19;
/M: SY='F';  M=-19,-28,-21,-36,-27, 70,-29,-17, -2,-24,  7, -1,-19,-29,-35,-16,-19,-10, -2, 10, 31,-27;
/M: SY='Y';  M=-16,-20,-17,-23,-15, 27,-28, -1, -3,-16,  5,  0,-18,-27,-11,-12,-18,-10, -8,  5, 35,-14;
/M: SY='E';  M=-10, 12,-28, 16, 25,-29,-11, -5,-29, 12,-25,-18,  8, -2,  7,  3,  0, -6,-26,-29,-18, 16;
/M: SY='E';  M=  0, -3,-22, -3,  6,-20, -2, -4,-16, -8,-15,-10,  1,-14,  0,-10,  5, -4,-13,-29,-15,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2019_03 which contains 559'634 sequence entries.


Total number of hits 37 in 37 different sequences
Number of true positive hits 37 in 37 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] RabBD
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
37 sequences

EXPH5_HUMAN (Q8NEV8    ), EXPH5_MOUSE (Q0VAV2    ), MELPH_HUMAN (Q9BV36    ), 
MELPH_MOUSE (Q91V27    ), MYRIP_DANRE (A8T6P4    ), MYRIP_HUMAN (Q8NFW9    ), 
MYRIP_MOUSE (Q8K3I4    ), MYRIP_RAT   (Q7TNY7    ), RBF1_CAEEL  (P41885    ), 
RIMS1_HUMAN (Q86UR5    ), RIMS1_MOUSE (Q99NE5    ), RIMS1_RAT   (Q9JIR4    ), 
RIMS2_HUMAN (Q9UQ26    ), RIMS2_MOUSE (Q9EQZ7    ), RIMS2_RAT   (Q9JIS1    ), 
RIM_CAEEL   (Q22366    ), RP3A_BOVIN  (Q06846    ), RP3A_HUMAN  (Q9Y2J0    ), 
RP3A_MOUSE  (P47708    ), RP3A_RAT    (P47709    ), RPH3L_BOVIN (Q58D79    ), 
RPH3L_HUMAN (Q9UNE2    ), RPH3L_MOUSE (Q768S4    ), RPH3L_RAT   (O54880    ), 
SYTL1_HUMAN (Q8IYJ3    ), SYTL1_MOUSE (Q99N80    ), SYTL2_BOVIN (A6QP06    ), 
SYTL2_HUMAN (Q9HCH5    ), SYTL2_MOUSE (Q99N50    ), SYTL3_HUMAN (Q4VX76    ), 
SYTL3_MOUSE (Q99N48    ), SYTL4_HUMAN (Q96C24    ), SYTL4_MOUSE (Q9R0Q1    ), 
SYTL4_RAT   (Q8VHQ7    ), SYTL5_HUMAN (Q8TDW5    ), SYTL5_MOUSE (Q80T23    ), 
SYTL5_RAT   (Q812E4    )
» more

PDB
[Detailed view]
3 PDB

1ZBD; 2ZET; 3BC1

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission