PROSITE logo

PROSITE entry PS50916


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] RABBD
Accession [info] PS50916
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JUL-2003 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50916
Associated ProRule [info] PRU00234

Name and characterization of the entry

Description [info] Rab-binding domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=57;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=52;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5992838; R2=0.0116062; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3693.1933594; R2=6.2024169; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=595; H_SCORE=7384; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=423; H_SCORE=6317; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M';  M= -9,-11,-25,-12,  1,-12,-16, -7, -8,  1,  0,  7,-10,-16,  6, -1,-10, -9,-10,-21, -7,  4;
/M: SY='L';  M= -7,-22,-25,-22,-13, -4,-25,-18,  2,-10,  6,  2,-19, -3,-13, -4,-16, -8,  1,-21, -8,-15;
/M: SY='D';  M=-17, 34,-28, 46, 15,-35,-12,  0,-34,  6,-27,-23, 16,-12,  5,  3,  0, -6,-27,-35,-17,  9;
/M: SY='L';  M= -7,-21,-19,-23,-14,  5,-24,-17,  8,-21, 26,  9,-19,-24,-13,-14,-14, -2,  3,-22, -3,-13;
/M: SY='S';  M=  2,  1,-18,  3, 13,-24, -3, -7,-23, -4,-26,-17,  5, -9,  9, -6, 23,  9,-17,-34,-19, 11;
/M: SY='H';  M=-11,-11,-14,-13, -8,  4,-15, 12,-19,-12,-15, -9, -5,-14,-10,-10, -3, -8,-16,-19,  6,-10;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-21,-32,-22, 17,-31,-21, 20,-30, 44, 18,-28,-29,-22,-21,-28,-10, 10,-17,  3,-22;
/M: SY='T';  M= -1,  0,-14, -6, -5,-14,-15,-14,-15, -2,-15,-11,  4,-12, -4, -1, 16, 28, -7,-31,-12, -5;
/M: SY='E';  M= -4, 11,-29, 21, 32,-31,-15, -6,-28,  2,-23,-21,  0, 12,  7, -8,  0, -9,-26,-31,-22, 18;
/M: SY='E';  M= -2,  3,-25,  9, 29,-24,-11, -2,-23, -1,-13,-14, -2, -8,  7, -7,  0, -8,-21,-28,-17, 18;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='R';  M= -5, -8,-25,-10,  1,-22,-19, -6,-18, 15,-13, -5, -5,-16, 13, 25, -5, -5,-13,-21,-11,  6;
/M: SY='E';  M=-12, 16,-29, 24, 37,-31,-17,  0,-31, 14,-24,-19,  7, -6, 16,  6, -1, -9,-28,-30,-18, 26;
/M: SY='I';  M= -1,-19,-27,-25,-17, -8,-25,  1, 11,-16,  3,  8,-13,-19,-10,-17,-14,-11,  4,-11,  2,-16;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-27,-39,-30,  0,-39,-30, 47,-29, 19, 19,-21,-21,-21,-29,-19, -9, 33,-21, -1,-30;
/M: SY='L';  M= -9,-17,-23,-18, -6, -6,-25,-10,  7,-16, 21, 12,-15,-22,  1,-12,-16, -8, -2,-22, -5, -3;
/M: SY='Q';  M= -2,  3,-25,  3, 12,-28,-10, -3,-25, 10,-22,-12,  4,-11, 17, 11,  3, -6,-22,-25,-16, 14;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-21,-33,-24,  9,-31,-21, 27,-26, 32, 22,-26,-27,-20,-21,-23, -9, 19,-20,  0,-23;
/M: SY='Q';  M= -6,  6,-28,  9, 12,-27,-17,  1,-23, 11,-20,-10,  0,-12, 21,  7, -3, -9,-22,-19, -4, 15;
/M: SY='R';  M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 31,-21,-10,  0,-19, 10, 67,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='D';  M= -1, 26,-24, 31, 11,-33, -8, -2,-27, -1,-24,-19, 14,-11,  8, -8,  3, -7,-23,-32,-18, 10;
/M: SY='E';  M= -6,  0,-27,  3, 29,-16,-20, -5,-23, 10,-17,-13, -3, -8, 12,  2, -3, -9,-22,-21,-11, 21;
/M: SY='E';  M= -9,  9,-25, 11, 18,-22,-17,  1,-25,  9,-20,-15,  5,-10,  6,  7,  1,  1,-21,-26, -9, 11;
/M: SY='L';  M= -7,-20,-21,-20, -7, -3,-27,-17, 13,-19, 21, 10,-20,-21,-12,-16,-15, -6, 10,-25, -7,-10;
/M: SY='R';  M=-14,  6,-30, 11, 24,-30,-19,  0,-29, 21,-23,-13,  2,-10, 20, 25, -4,-10,-26,-25,-14, 21;
/M: SY='K';  M= -4, -6,-23, -5,  7,-21,-18,-10,-15, 11,-17, -9, -3,-13,  5, 11,  1, -3, -9,-26,-13,  5;
/M: SY='K';  M=  7,-10,-20,-14, -5,-16,-17,-16, -9,  9, -6, -1,-10,-15, -5,  0, -5, -1, -3,-22,-11, -5;
/M: SY='E';  M=-10, 12,-30, 22, 58,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  1,  0, 19,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 39;
/M: SY='E';  M=-11,  9,-29, 15, 33,-32,-19,  1,-27, 11,-21,-13,  2, -6, 27,  7,  0, -7,-27,-27,-15, 30;
/M: SY='E';  M= -2,  4,-26,  7, 25,-32,-12, -2,-25,  8,-21,-12,  1, -7, 23,  1,  3, -7,-24,-26,-17, 24;
/M: SY='R';  M=-18,-13,-28,-14, -5,-16,-22, -4,-19, 21,-13, -3, -4,-21,  5, 54,-11, -9,-11,-21, -9, -4;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-21,-33,-26,  1,-33,-26, 33,-26, 22, 15,-23,-24,-21,-24,-17, -6, 28,-24, -4,-26;
/M: SY='R';  M= -6, -4,-27, -3,  4,-27,  9, -8,-31,  8,-26,-15,  2,-14,  4, 13,  3, -8,-23,-25,-19,  3;
/M: SY='R';  M=-10, -5,-20, -5,  6,-25,-19, -4,-29, 30,-24,-11, -1,-15,  7, 33, -8,-10,-19,-23,-11,  4;
/M: SY='L';  M= -6,-28,-19,-29,-20,  7,-28,-19, 19,-27, 42, 21,-28,-28,-19,-19,-26, -9, 12,-21, -2,-19;
/M: SY='K';  M= -6,-12,-22,-11, -6,-18,-22, -9, -7, 13,-14, -3,-10,-14, -3,  7, -7, -5,  4,-26,-10, -5;
/M: SY='E';  M= -5, 11,-25, 13, 20,-29, -7, -2,-27,  5,-25,-17,  9,-10, 12,  2,  7, -4,-24,-30,-18, 16;
/M: SY='R';  M=-13,  2,-28,  4, 13,-26,-18,  7,-28, 20,-23,-12,  3,-12, 12, 26, -3, -6,-22,-25, -9, 11;
/I:         I=-2; MD=-10;
/M: SY='L';  M= -6,-26,-19,-29,-21, 10,-27,-19, 20,-25, 34, 18,-25,-25,-19,-19,-22, -8, 13,-18,  0,-20; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-10;
/M: SY='E';  M= -5,  2,-24,  6, 25,-23,-17, -4,-18,  6,-11, -7, -3, -8, 13, -1, -2, -7,-18,-25,-14, 19; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
/M: SY='E';  M= -7, 10,-26, 17, 21,-27,-16, -5,-25, 14,-18,-14,  2, -8,  9,  4, -4, -9,-21,-26,-14, 15; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='Q';  M= -3, -5, -5, -6,  0,-23,-19,-10,-14, -3,-14, -8, -5,-11,  7, -1, -3, -5,-12,-26,-14,  2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-10;
/M: SY='R';  M=-13, -8,-30, -8,  6,-23,-20, -2,-23, 18,-18, -8, -3,-16, 18, 36, -8,-10,-20,-13, -9,  9;
/M: SY='E';  M= -9, -5,-26, -3, 15,-21,-22, -8,-12,  5,-12, -6, -7,-14, 11,  0, -7, -9,-10,-16,-11, 13;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-20,-33,-25,  9,-32,-23, 28,-27, 31, 19,-26,-27,-22,-22,-22, -8, 22,-20,  0,-24;
/M: SY='W';  M=-13,-18,-32,-18, -9,-11,-16,-15,-16,  6, -7, -5,-16,-21, -3,  7,-20,-15,-16, 17,  0, -5;
/M: SY='K';  M= -2,-10,-24,-17,-10,-15,-17,-16,  0,  3, -8,  2, -6,-15, -6, -1, -6, -2,  0,-22, -9,-10;
/M: SY='R';  M= -6, -8,-27,-10, -1,-22,-13, -9,-20, 21,-16, -4, -4,-15,  6, 25, -8,-10,-14,-20,-11,  1;
/M: SY='T';  M=  4, -3,-13, -7, -6,-14,-10,-16,-16,-11,-21,-16,  2,-11, -6,-11, 26, 29, -7,-22,-12, -6;
/M: SY='G';  M= -3,-14,-28,-14,-19,-21, 45,-19,-28,-19,-14,-11, -6,-22,-18,-15, -7,-17,-21,-20,-23,-19;
/M: SY='E';  M= 13,  4,-22,  5, 21,-28,-11, -8,-22,  3,-17,-14, -2, -7, 10, -6,  3, -6,-17,-25,-18, 15;
/M: SY='W';  M=-20,-37,-49,-37,-28,  8,-20,-21,-21,-19,-20,-19,-36,-29,-18,-19,-38,-29,-30,137, 29,-19;
/M: SY='F';  M=-19,-28,-21,-36,-27, 70,-29,-17, -2,-24,  7, -1,-19,-29,-35,-16,-19,-10, -2, 10, 31,-27;
/M: SY='Y';  M=-16,-20,-17,-23,-15, 27,-28, -1, -3,-16,  5,  0,-18,-27,-11,-12,-18,-10, -8,  5, 35,-14;
/M: SY='E';  M=-10, 12,-28, 16, 25,-29,-11, -5,-29, 12,-25,-18,  8, -2,  7,  3,  0, -6,-26,-29,-18, 16;
/M: SY='E';  M=  0, -3,-22, -3,  6,-20, -2, -4,-16, -8,-15,-10,  1,-14,  0,-10,  5, -4,-13,-29,-15,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 38 in 38 different sequences
Number of true positive hits 38 in 38 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] RabBD
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
38 sequences

EXPH5_HUMAN (Q8NEV8), EXPH5_MOUSE (Q0VAV2), MELPH_FELCA (M3WHG5), 
MELPH_HUMAN (Q9BV36), MELPH_MOUSE (Q91V27), MYRIP_DANRE (A8T6P4), 
MYRIP_HUMAN (Q8NFW9), MYRIP_MOUSE (Q8K3I4), MYRIP_RAT   (Q7TNY7), 
RBF1_CAEEL  (P41885), RIMS1_HUMAN (Q86UR5), RIMS1_MOUSE (Q99NE5), 
RIMS1_RAT   (Q9JIR4), RIMS2_HUMAN (Q9UQ26), RIMS2_MOUSE (Q9EQZ7), 
RIMS2_RAT   (Q9JIS1), RIM_CAEEL   (Q22366), RP3A_BOVIN  (Q06846), 
RP3A_HUMAN  (Q9Y2J0), RP3A_MOUSE  (P47708), RP3A_RAT(P47709), 
RPH3L_BOVIN (Q58D79), RPH3L_HUMAN (Q9UNE2), RPH3L_MOUSE (Q768S4), 
RPH3L_RAT   (O54880), SYTL1_HUMAN (Q8IYJ3), SYTL1_MOUSE (Q99N80), 
SYTL2_BOVIN (A6QP06), SYTL2_HUMAN (Q9HCH5), SYTL2_MOUSE (Q99N50), 
SYTL3_HUMAN (Q4VX76), SYTL3_MOUSE (Q99N48), SYTL4_HUMAN (Q96C24), 
SYTL4_MOUSE (Q9R0Q1), SYTL4_RAT   (Q8VHQ7), SYTL5_HUMAN (Q8TDW5), 
SYTL5_MOUSE (Q80T23), SYTL5_RAT   (Q812E4)
» more

PDB
[Detailed view]
6 PDB

1ZBD; 2ZET; 3BC1; 7OPP; 7OPQ; 7OPR