PROSITE logo

PROSITE entry PS50954


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] LEM
Accession [info] PS50954
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JAN-2004 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50954
Associated ProRule [info] PRU00313

Name and characterization of the entry

Description [info] LEM domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=41;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8992707; R2=0.0160747; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2242.4704590; R2=2.1274660; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=411; H_SCORE=3117; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=287; H_SCORE=2853; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M';  M= -9,-13,-22,-17,-16,  0,-23,  5,  7,-12,  4, 19,-13,-21, -7,-12,-12, -5,  4,-14, 14,-13;
/M: SY='D';  M= -5,  9,-22, 14,  7,-24,-14, -7,-20, -2,-16,-13,  2,-13,  4, -2,  5,  1,-14,-31,-15,  5;
/M: SY='D';  M= -9, 21,-24, 27,  7,-27,-11, -5,-26,  2,-21,-18, 12,-13, -1, -1,  3, -4,-20,-34,-16,  3;
/M: SY='I';  M=-10,-27,-24,-29,-22,  8,-31,-20, 18,-23, 14,  8,-25,-10,-22,-21,-19, -8, 14,-16,  4,-24;
/M: SY='Q';  M= -6,  6,-26,  7,  7,-26,-16, -6,-20,  4,-16,-11,  2, -4,  8,  2, -2, -4,-19,-27,-15,  7;
/M: SY='R';  M= -9, -4,-25,  0,  5,-22,-18, -7,-17,  4,-15, -9, -4, -6,  7,  9,  0, -4,-13,-28,-14,  4;
/M: SY='L';  M=-11,-28,-21,-29,-20, 10,-29,-13, 18,-25, 41, 24,-28,-29,-16,-18,-28,-10,  8,-15,  7,-19;
/M: SY='S';  M=  5,  2,-15, -1,  3,-19, -7, -9,-19, -4,-23,-16,  9,-11,  0, -2, 23, 17,-12,-34,-17,  1;
/M: SY='D';  M=-15, 34,-27, 43, 16,-32,-11, -2,-31, -1,-27,-25, 20, -3,  0, -8,  3, -3,-27,-37,-20,  8;
/M: SY='D';  M=  5,  8,-22, 11,  6,-24, -5,-12,-22, -3,-14,-15,  0,-11, -4,-10,  1, -2,-15,-27,-17,  1;
/M: SY='E';  M= -6, 12,-28, 20, 39,-33,-17,  0,-28,  7,-21,-17,  2, -4, 22, -1,  1, -9,-27,-29,-18, 31;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R';  M= -7,-12,-24,-13, -5,-10,-18, -1,-17,  7, -8, -5, -5,-19, -1, 24, -6, -6,-12,-21, -6, -5;
/M: SY='A';  M=  7, -3,-19, -5, -1,-20,-12,-10,-17,  2,-14,-10, -2,-13,  2,  5,  6,  4,-10,-26,-14,  0;
/M: SY='E';  M= -4, -4,-25, -3, 17,-23,-19, -5,-15, 11,-13, -2, -6,-11, 13,  7, -5, -8,-12,-24,-13, 15;
/M: SY='L';  M= -9,-28, -4,-30,-22,  5,-29,-20, 15,-27, 36, 19,-28,-30,-20,-20,-25, -9, 11,-24, -4,-21;
/M: SY='R';  M=-10,-11,-23,-15, -9,-12,-23,-12, -4,  8, -4,  3, -7,-19, -4, 15, -9, -2,  1,-24, -8, -8;
/M: SY='Q';  M=  3, -4,-23, -6,  6,-28,-15, -5,-18, 13,-20, -6, -2,-12, 20,  9,  3, -4,-15,-23,-13, 13;
/M: SY='Y';  M=-10,-16,-24,-18,-12,  9,-23, 10, -5,-11,  2,  1,-13,-23, -4, -6,-12, -8, -9, -4, 26,-10;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-29, -7,-18,-29, 63,-17,-38,-18,-30,-20,  6,-20,-18,-18,  1,-18,-30,-22,-29,-18;
/M: SY='L';  M= -3,-26,-21,-31,-23, 15,-27,-19, 17,-25, 22, 10,-23,-25,-21,-21,-18, -8, 12,-12,  8,-23;
/M: SY='P';  M= -5, -7,-28, -6, -3,-23,-15,-14,-13, -6,-24,-15, -1, 32, -6,-12,  3, -2,-18,-32,-21, -7;
/M: SY='P';  M= -8, -9,-14,-10, -9,-17,-18, -4,-10,-14,-13, -9, -3, 11,-11,-15, -5, -6,-11,-33,-16,-12;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G';  M= -2,-13,-28,-14,-20,-22, 45,-21,-25,-21,-17,-12, -4,-20,-19,-20, -3,-13,-19,-21,-23,-20;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-20,-35,-29,  1,-35,-29, 38,-26, 18, 16,-25,-25,-24,-25,-16, -6, 37,-24, -4,-29;
/M: SY='T';  M= -2, -1,-12, -6,-11,-11,-21,-20, -6,-11, -8, -8, -3,-13,-13,-12, 13, 36,  6,-31,-11,-12;
/M: SY='G';  M= -2, -2,-25, -1,  1,-15,  4,-14,-25, -5,-21,-16, -2, -4, -8,-10,  2, -4,-19,-23,-16, -4;
/M: SY='T';  M= -2, -4,-15, -9, -5, -9,-16,-12,-15, -6,-15,-11,  1,-13, -1, -1, 17, 25, -8,-27, -9, -3;
/M: SY='T';  M=  0,  4,-11, -6, -8,-12,-16,-16,-12, -9,-14,-12,  8,-11, -8, -9, 21, 42, -4,-32,-12, -8;
/M: SY='R';  M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 32,-21,-10,  0,-19, 10, 66,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='R';  M= -7, -8,-27, -9, -1,-17,-10,-10,-26, 20,-22,-11, -3,-10,  0, 25, -6, -8,-18,-19,-11, -2;
/M: SY='L';  M= -9,-26,-20,-29,-22,  2,-30,-11, 23,-24, 27, 20,-24,-26,-17,-19,-21, -9, 19,-23,  0,-21;
/M: SY='Y';  M=-10,-22,-25,-24,-20, 24,-27,  3,  4,-17, 12,  4,-21,-28,-15,-14,-19, -9, -3, 11, 45,-20;
/M: SY='E';  M= -9, -9,-27, -7, 18,-14,-27,-13,  3, -8,  3, -2,-12,-12,  0,-12,-10, -9, -2,-26,-11,  7;
/M: SY='K';  M=-12, -1,-30, -1, 12,-28,-20, -7,-30, 43,-27,-11,  0,-11, 11, 36, -9,-10,-21,-21,-11, 10;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  9,-29,-20, -6,-29, 43,-27, -9,  0,-12, 15, 35, -9,-10,-21,-20,-10, 11;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 23,-30, 47, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20,  0,-21;
/M: SY='R';  M=-10,-14,-26,-17, -7, -6,-23,  1, -9,  1, -2,  1, -9,-20,  0, 12,-13,-10, -9,-18, -1, -5;
/M: SY='K';  M= -5, -5,-28, -6, 10,-23,-22, -2,-11, 12,-14, -4, -4,-11,  8,  3, -7,-10,-11,-23, -8,  7;
/M: SY='H';  M=  5,-11,-21,-13, -5, -6,-16,  9, -8,-12, -1, -3,-10,-18, -5,-12, -5, -6, -8,-15,  9, -7;
/M: SY='R';  M=-11,-13,-26,-15, -2,-13,-25, -9, -1,  2,  1,  7,-10,-17,  4,  9,-12, -6, -4,-22, -7, -1;
/M: SY='R';  M= -5, -5,-24, -5,  1,-18,-11,-11,-15, -1,-10, -9, -3,-15, -2,  7, -2, -2,-11,-25,-14, -3;
/M: SY='S';  M=  0,  3,-22,  1,  8,-26,  0, -7,-23,  1,-23,-14,  7,-11,  9, -3, 10,  2,-20,-28,-18,  9;
/M: SY='E';  M=-10,  0,-28,  2, 14,-26,-10, -6,-21,  4,-17,-11,  0,-12, 12,  8, -2, -6,-20,-25,-15, 11;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 25 in 25 different sequences
Number of true positive hits 25 in 25 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 92.59 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] LEM
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
25 sequences

ANKL1_CAEEL (G5EGA3), ANKL1_HUMAN (Q8NAG6), ANKL1_MOUSE (A8VU90), 
ANKL2_HUMAN (Q86XL3), ANKL2_MOUSE (Q6P1H6), ANKL2_RAT   (Q7TP65), 
BOCKS_DROME (Q709R6), EMD_HUMAN   (P50402), EMD_MOUSE   (O08579), 
EMD_RAT (Q63190), EMR1_CAEEL  (O01971), LAP2A_HUMAN (P42166), 
LAP2A_MOUSE (Q61033), LAP2B_HUMAN (P42167), LAP2B_MOUSE (Q61029), 
LAP2_RAT(Q62733), LEM2_CAEEL  (Q9XTB5), LEMD1_HUMAN (Q68G75), 
LEMD1_MOUSE (Q14C37), LEMD2_HUMAN (Q8NC56), LEMD2_MOUSE (Q6DVA0), 
MAN1_DROME  (Q7JRE4), MAN1_HUMAN  (Q9Y2U8), MAN1_MOUSE  (Q9WU40), 
OTE_DROME   (P20240)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

VCR_ARATH   (Q9LTT9), VCS_ARATH   (Q9LTT8)

		
PDB
[Detailed view]
8 PDB

1GJJ; 1H9F; 1JEI; 2ODC; 2ODG; 6GHD; 6RPR; 7NDY