PROSITE entry PS50954
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | LEM |
| Accession [info] | PS50954 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JAN-2004 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50954 |
| Associated ProRule [info] | PRU00313 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | LEM domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=41; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8992707; R2=0.0160747; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2242.4704590; R2=2.1274660; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=411; H_SCORE=3117; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=287; H_SCORE=2853; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='M'; M= -9,-13,-22,-17,-16, 0,-23, 5, 7,-12, 4, 19,-13,-21, -7,-12,-12, -5, 4,-14, 14,-13; /M: SY='D'; M= -5, 9,-22, 14, 7,-24,-14, -7,-20, -2,-16,-13, 2,-13, 4, -2, 5, 1,-14,-31,-15, 5; /M: SY='D'; M= -9, 21,-24, 27, 7,-27,-11, -5,-26, 2,-21,-18, 12,-13, -1, -1, 3, -4,-20,-34,-16, 3; /M: SY='I'; M=-10,-27,-24,-29,-22, 8,-31,-20, 18,-23, 14, 8,-25,-10,-22,-21,-19, -8, 14,-16, 4,-24; /M: SY='Q'; M= -6, 6,-26, 7, 7,-26,-16, -6,-20, 4,-16,-11, 2, -4, 8, 2, -2, -4,-19,-27,-15, 7; /M: SY='R'; M= -9, -4,-25, 0, 5,-22,-18, -7,-17, 4,-15, -9, -4, -6, 7, 9, 0, -4,-13,-28,-14, 4; /M: SY='L'; M=-11,-28,-21,-29,-20, 10,-29,-13, 18,-25, 41, 24,-28,-29,-16,-18,-28,-10, 8,-15, 7,-19; /M: SY='S'; M= 5, 2,-15, -1, 3,-19, -7, -9,-19, -4,-23,-16, 9,-11, 0, -2, 23, 17,-12,-34,-17, 1; /M: SY='D'; M=-15, 34,-27, 43, 16,-32,-11, -2,-31, -1,-27,-25, 20, -3, 0, -8, 3, -3,-27,-37,-20, 8; /M: SY='D'; M= 5, 8,-22, 11, 6,-24, -5,-12,-22, -3,-14,-15, 0,-11, -4,-10, 1, -2,-15,-27,-17, 1; /M: SY='E'; M= -6, 12,-28, 20, 39,-33,-17, 0,-28, 7,-21,-17, 2, -4, 22, -1, 1, -9,-27,-29,-18, 31; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='R'; M= -7,-12,-24,-13, -5,-10,-18, -1,-17, 7, -8, -5, -5,-19, -1, 24, -6, -6,-12,-21, -6, -5; /M: SY='A'; M= 7, -3,-19, -5, -1,-20,-12,-10,-17, 2,-14,-10, -2,-13, 2, 5, 6, 4,-10,-26,-14, 0; /M: SY='E'; M= -4, -4,-25, -3, 17,-23,-19, -5,-15, 11,-13, -2, -6,-11, 13, 7, -5, -8,-12,-24,-13, 15; /M: SY='L'; M= -9,-28, -4,-30,-22, 5,-29,-20, 15,-27, 36, 19,-28,-30,-20,-20,-25, -9, 11,-24, -4,-21; /M: SY='R'; M=-10,-11,-23,-15, -9,-12,-23,-12, -4, 8, -4, 3, -7,-19, -4, 15, -9, -2, 1,-24, -8, -8; /M: SY='Q'; M= 3, -4,-23, -6, 6,-28,-15, -5,-18, 13,-20, -6, -2,-12, 20, 9, 3, -4,-15,-23,-13, 13; /M: SY='Y'; M=-10,-16,-24,-18,-12, 9,-23, 10, -5,-11, 2, 1,-13,-23, -4, -6,-12, -8, -9, -4, 26,-10; /M: SY='G'; M= -1, -5,-29, -7,-18,-29, 63,-17,-38,-18,-30,-20, 6,-20,-18,-18, 1,-18,-30,-22,-29,-18; /M: SY='L'; M= -3,-26,-21,-31,-23, 15,-27,-19, 17,-25, 22, 10,-23,-25,-21,-21,-18, -8, 12,-12, 8,-23; /M: SY='P'; M= -5, -7,-28, -6, -3,-23,-15,-14,-13, -6,-24,-15, -1, 32, -6,-12, 3, -2,-18,-32,-21, -7; /M: SY='P'; M= -8, -9,-14,-10, -9,-17,-18, -4,-10,-14,-13, -9, -3, 11,-11,-15, -5, -6,-11,-33,-16,-12; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='G'; M= -2,-13,-28,-14,-20,-22, 45,-21,-25,-21,-17,-12, -4,-20,-19,-20, -3,-13,-19,-21,-23,-20; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='I'; M= -6,-30,-20,-35,-29, 1,-35,-29, 38,-26, 18, 16,-25,-25,-24,-25,-16, -6, 37,-24, -4,-29; /M: SY='T'; M= -2, -1,-12, -6,-11,-11,-21,-20, -6,-11, -8, -8, -3,-13,-13,-12, 13, 36, 6,-31,-11,-12; /M: SY='G'; M= -2, -2,-25, -1, 1,-15, 4,-14,-25, -5,-21,-16, -2, -4, -8,-10, 2, -4,-19,-23,-16, -4; /M: SY='T'; M= -2, -4,-15, -9, -5, -9,-16,-12,-15, -6,-15,-11, 1,-13, -1, -1, 17, 25, -8,-27, -9, -3; /M: SY='T'; M= 0, 4,-11, -6, -8,-12,-16,-16,-12, -9,-14,-12, 8,-11, -8, -9, 21, 42, -4,-32,-12, -8; /M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9, 1,-21,-20, -1,-30, 32,-21,-10, 0,-19, 10, 66,-10,-10,-20,-20,-10, 1; /M: SY='R'; M= -7, -8,-27, -9, -1,-17,-10,-10,-26, 20,-22,-11, -3,-10, 0, 25, -6, -8,-18,-19,-11, -2; /M: SY='L'; M= -9,-26,-20,-29,-22, 2,-30,-11, 23,-24, 27, 20,-24,-26,-17,-19,-21, -9, 19,-23, 0,-21; /M: SY='Y'; M=-10,-22,-25,-24,-20, 24,-27, 3, 4,-17, 12, 4,-21,-28,-15,-14,-19, -9, -3, 11, 45,-20; /M: SY='E'; M= -9, -9,-27, -7, 18,-14,-27,-13, 3, -8, 3, -2,-12,-12, 0,-12,-10, -9, -2,-26,-11, 7; /M: SY='K'; M=-12, -1,-30, -1, 12,-28,-20, -7,-30, 43,-27,-11, 0,-11, 11, 36, -9,-10,-21,-21,-11, 10; /M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 9,-29,-20, -6,-29, 43,-27, -9, 0,-12, 15, 35, -9,-10,-21,-20,-10, 11; /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21, 9,-31,-21, 23,-30, 47, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20, 0,-21; /M: SY='R'; M=-10,-14,-26,-17, -7, -6,-23, 1, -9, 1, -2, 1, -9,-20, 0, 12,-13,-10, -9,-18, -1, -5; /M: SY='K'; M= -5, -5,-28, -6, 10,-23,-22, -2,-11, 12,-14, -4, -4,-11, 8, 3, -7,-10,-11,-23, -8, 7; /M: SY='H'; M= 5,-11,-21,-13, -5, -6,-16, 9, -8,-12, -1, -3,-10,-18, -5,-12, -5, -6, -8,-15, 9, -7; /M: SY='R'; M=-11,-13,-26,-15, -2,-13,-25, -9, -1, 2, 1, 7,-10,-17, 4, 9,-12, -6, -4,-22, -7, -1; /M: SY='R'; M= -5, -5,-24, -5, 1,-18,-11,-11,-15, -1,-10, -9, -3,-15, -2, 7, -2, -2,-11,-25,-14, -3; /M: SY='S'; M= 0, 3,-22, 1, 8,-26, 0, -7,-23, 1,-23,-14, 7,-11, 9, -3, 10, 2,-20,-28,-18, 9; /M: SY='E'; M=-10, 0,-28, 2, 14,-26,-10, -6,-21, 4,-17,-11, 0,-12, 12, 8, -2, -6,-20,-25,-15, 11; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 25 in 25 different sequences |
| Number of true positive hits | 25 in 25 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 2 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 92.59 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | LEM |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
25 sequences
ANKL1_CAEEL (G5EGA3), ANKL1_HUMAN (Q8NAG6), ANKL1_MOUSE (A8VU90), ANKL2_HUMAN (Q86XL3), ANKL2_MOUSE (Q6P1H6), ANKL2_RAT (Q7TP65), BOCKS_DROME (Q709R6), EMD_HUMAN (P50402), EMD_MOUSE (O08579), EMD_RAT (Q63190), EMR1_CAEEL (O01971), LAP2A_HUMAN (P42166), LAP2A_MOUSE (Q61033), LAP2B_HUMAN (P42167), LAP2B_MOUSE (Q61029), LAP2_RAT(Q62733), LEM2_CAEEL (Q9XTB5), LEMD1_HUMAN (Q68G75), LEMD1_MOUSE (Q14C37), LEMD2_HUMAN (Q8NC56), LEMD2_MOUSE (Q6DVA0), MAN1_DROME (Q7JRE4), MAN1_HUMAN (Q9Y2U8), MAN1_MOUSE (Q9WU40), OTE_DROME (P20240)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
2 sequences
VCR_ARATH (Q9LTT9), VCS_ARATH (Q9LTT8) |
| PDB [Detailed view] |
8 PDB
1GJJ; 1H9F; 1JEI; 2ODC; 2ODG; 6GHD; 6RPR; 7NDY |