PROSITE entry PS50954
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | LEM |
| Accession [info] | PS50954 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JAN-2004 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50954 |
| Associated ProRule [info] | PRU00313 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | LEM domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=41; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8992707; R2=0.0160747; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2242.4704590; R2=2.1274660; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=411; H_SCORE=3117; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=287; H_SCORE=2853; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='M'; M= -9,-13,-22,-17,-16, 0,-23, 5, 7,-12, 4, 19,-13,-21, -7,-12,-12, -5, 4,-14, 14,-13; /M: SY='D'; M= -5, 9,-22, 14, 7,-24,-14, -7,-20, -2,-16,-13, 2,-13, 4, -2, 5, 1,-14,-31,-15, 5; /M: SY='D'; M= -9, 21,-24, 27, 7,-27,-11, -5,-26, 2,-21,-18, 12,-13, -1, -1, 3, -4,-20,-34,-16, 3; /M: SY='I'; M=-10,-27,-24,-29,-22, 8,-31,-20, 18,-23, 14, 8,-25,-10,-22,-21,-19, -8, 14,-16, 4,-24; /M: SY='Q'; M= -6, 6,-26, 7, 7,-26,-16, -6,-20, 4,-16,-11, 2, -4, 8, 2, -2, -4,-19,-27,-15, 7; /M: SY='R'; M= -9, -4,-25, 0, 5,-22,-18, -7,-17, 4,-15, -9, -4, -6, 7, 9, 0, -4,-13,-28,-14, 4; /M: SY='L'; M=-11,-28,-21,-29,-20, 10,-29,-13, 18,-25, 41, 24,-28,-29,-16,-18,-28,-10, 8,-15, 7,-19; /M: SY='S'; M= 5, 2,-15, -1, 3,-19, -7, -9,-19, -4,-23,-16, 9,-11, 0, -2, 23, 17,-12,-34,-17, 1; /M: SY='D'; M=-15, 34,-27, 43, 16,-32,-11, -2,-31, -1,-27,-25, 20, -3, 0, -8, 3, -3,-27,-37,-20, 8; /M: SY='D'; M= 5, 8,-22, 11, 6,-24, -5,-12,-22, -3,-14,-15, 0,-11, -4,-10, 1, -2,-15,-27,-17, 1; /M: SY='E'; M= -6, 12,-28, 20, 39,-33,-17, 0,-28, 7,-21,-17, 2, -4, 22, -1, 1, -9,-27,-29,-18, 31; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='R'; M= -7,-12,-24,-13, -5,-10,-18, -1,-17, 7, -8, -5, -5,-19, -1, 24, -6, -6,-12,-21, -6, -5; /M: SY='A'; M= 7, -3,-19, -5, -1,-20,-12,-10,-17, 2,-14,-10, -2,-13, 2, 5, 6, 4,-10,-26,-14, 0; /M: SY='E'; M= -4, -4,-25, -3, 17,-23,-19, -5,-15, 11,-13, -2, -6,-11, 13, 7, -5, -8,-12,-24,-13, 15; /M: SY='L'; M= -9,-28, -4,-30,-22, 5,-29,-20, 15,-27, 36, 19,-28,-30,-20,-20,-25, -9, 11,-24, -4,-21; /M: SY='R'; M=-10,-11,-23,-15, -9,-12,-23,-12, -4, 8, -4, 3, -7,-19, -4, 15, -9, -2, 1,-24, -8, -8; /M: SY='Q'; M= 3, -4,-23, -6, 6,-28,-15, -5,-18, 13,-20, -6, -2,-12, 20, 9, 3, -4,-15,-23,-13, 13; /M: SY='Y'; M=-10,-16,-24,-18,-12, 9,-23, 10, -5,-11, 2, 1,-13,-23, -4, -6,-12, -8, -9, -4, 26,-10; /M: SY='G'; M= -1, -5,-29, -7,-18,-29, 63,-17,-38,-18,-30,-20, 6,-20,-18,-18, 1,-18,-30,-22,-29,-18; /M: SY='L'; M= -3,-26,-21,-31,-23, 15,-27,-19, 17,-25, 22, 10,-23,-25,-21,-21,-18, -8, 12,-12, 8,-23; /M: SY='P'; M= -5, -7,-28, -6, -3,-23,-15,-14,-13, -6,-24,-15, -1, 32, -6,-12, 3, -2,-18,-32,-21, -7; /M: SY='P'; M= -8, -9,-14,-10, -9,-17,-18, -4,-10,-14,-13, -9, -3, 11,-11,-15, -5, -6,-11,-33,-16,-12; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='G'; M= -2,-13,-28,-14,-20,-22, 45,-21,-25,-21,-17,-12, -4,-20,-19,-20, -3,-13,-19,-21,-23,-20; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='I'; M= -6,-30,-20,-35,-29, 1,-35,-29, 38,-26, 18, 16,-25,-25,-24,-25,-16, -6, 37,-24, -4,-29; /M: SY='T'; M= -2, -1,-12, -6,-11,-11,-21,-20, -6,-11, -8, -8, -3,-13,-13,-12, 13, 36, 6,-31,-11,-12; /M: SY='G'; M= -2, -2,-25, -1, 1,-15, 4,-14,-25, -5,-21,-16, -2, -4, -8,-10, 2, -4,-19,-23,-16, -4; /M: SY='T'; M= -2, -4,-15, -9, -5, -9,-16,-12,-15, -6,-15,-11, 1,-13, -1, -1, 17, 25, -8,-27, -9, -3; /M: SY='T'; M= 0, 4,-11, -6, -8,-12,-16,-16,-12, -9,-14,-12, 8,-11, -8, -9, 21, 42, -4,-32,-12, -8; /M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9, 1,-21,-20, -1,-30, 32,-21,-10, 0,-19, 10, 66,-10,-10,-20,-20,-10, 1; /M: SY='R'; M= -7, -8,-27, -9, -1,-17,-10,-10,-26, 20,-22,-11, -3,-10, 0, 25, -6, -8,-18,-19,-11, -2; /M: SY='L'; M= -9,-26,-20,-29,-22, 2,-30,-11, 23,-24, 27, 20,-24,-26,-17,-19,-21, -9, 19,-23, 0,-21; /M: SY='Y'; M=-10,-22,-25,-24,-20, 24,-27, 3, 4,-17, 12, 4,-21,-28,-15,-14,-19, -9, -3, 11, 45,-20; /M: SY='E'; M= -9, -9,-27, -7, 18,-14,-27,-13, 3, -8, 3, -2,-12,-12, 0,-12,-10, -9, -2,-26,-11, 7; /M: SY='K'; M=-12, -1,-30, -1, 12,-28,-20, -7,-30, 43,-27,-11, 0,-11, 11, 36, -9,-10,-21,-21,-11, 10; /M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 9,-29,-20, -6,-29, 43,-27, -9, 0,-12, 15, 35, -9,-10,-21,-20,-10, 11; /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21, 9,-31,-21, 23,-30, 47, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20, 0,-21; /M: SY='R'; M=-10,-14,-26,-17, -7, -6,-23, 1, -9, 1, -2, 1, -9,-20, 0, 12,-13,-10, -9,-18, -1, -5; /M: SY='K'; M= -5, -5,-28, -6, 10,-23,-22, -2,-11, 12,-14, -4, -4,-11, 8, 3, -7,-10,-11,-23, -8, 7; /M: SY='H'; M= 5,-11,-21,-13, -5, -6,-16, 9, -8,-12, -1, -3,-10,-18, -5,-12, -5, -6, -8,-15, 9, -7; /M: SY='R'; M=-11,-13,-26,-15, -2,-13,-25, -9, -1, 2, 1, 7,-10,-17, 4, 9,-12, -6, -4,-22, -7, -1; /M: SY='R'; M= -5, -5,-24, -5, 1,-18,-11,-11,-15, -1,-10, -9, -3,-15, -2, 7, -2, -2,-11,-25,-14, -3; /M: SY='S'; M= 0, 3,-22, 1, 8,-26, 0, -7,-23, 1,-23,-14, 7,-11, 9, -3, 10, 2,-20,-28,-18, 9; /M: SY='E'; M=-10, 0,-28, 2, 14,-26,-10, -6,-21, 4,-17,-11, 0,-12, 12, 8, -2, -6,-20,-25,-15, 11; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 25 in 25 different sequences |
| Number of true positive hits | 25 in 25 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 2 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 92.59 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | LEM |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
25 sequences
ANKL1_CAEEL (G5EGA3), ANKL1_HUMAN (Q8NAG6), ANKL1_MOUSE (A8VU90), ANKL2_HUMAN (Q86XL3), ANKL2_MOUSE (Q6P1H6), ANKL2_RAT (Q7TP65), BOCKS_DROME (Q709R6), EMD_HUMAN (P50402), EMD_MOUSE (O08579), EMD_RAT (Q63190), EMR1_CAEEL (O01971), LAP2A_HUMAN (P42166), LAP2A_MOUSE (Q61033), LAP2B_HUMAN (P42167), LAP2B_MOUSE (Q61029), LAP2_RAT(Q62733), LEM2_CAEEL (Q9XTB5), LEMD1_HUMAN (Q68G75), LEMD1_MOUSE (Q14C37), LEMD2_HUMAN (Q8NC56), LEMD2_MOUSE (Q6DVA0), MAN1_DROME (Q7JRE4), MAN1_HUMAN (Q9Y2U8), MAN1_MOUSE (Q9WU40), OTE_DROME (P20240)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
2 sequences
VCR_ARATH (Q9LTT9), VCS_ARATH (Q9LTT8) |
| PDB [Detailed view] |
8 PDB
1GJJ; 1H9F; 1JEI; 2ODC; 2ODG; 6GHD; 6RPR; 7NDY |