PROSITE entry PS50961

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HTH_LA
Accession [info]	PS50961
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAR-2004 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50961
Associated ProRule [info]	PRU00332

Name and characterization of the entry

Description [info]

La-type HTH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=91;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=86;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8120127; R2=0.0159223; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5747.9912109; R2=6.5552325; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=389; H_SCORE=8298; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=232; H_SCORE=7269; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M= -4, -1,-22, -2, -2,-17,-12, -5,-13, -4,-16, -8,  2, -8, -3, -4,  4,  2,-10,-28,-11, -4;
/M: SY='P';  M= -7,-10,-28, -8,  0,-16,-16,-13,-11, -4,-13, -8, -8,  9, -2, -9, -6, -8,-14,-24,-14, -2;
/M: SY='P';  M= -6, -6,-24, -4,  0,-11,-16,-12,-15, -8,-12,-11, -7,  2, -6, -8,  0, -1,-13,-25,-11, -4;
/M:         M= -8, -8,-23, -7, -4,-12,-20, -9, -6, -7, -9, -4, -7, -6, -3, -8, -3, -3, -5,-25, -8, -5;
/M: SY='D';  M= -6,  8,-19, 13,  9,-22,-12, -9,-23, -4,-17,-16,  2,-10,  0, -7,  5,  1,-17,-31,-16,  4;
/M: SY='E';  M=-10,  8,-27, 13, 17,-23,-18, -3,-20,  2,-15,-12,  1, -6,  3, -3, -5, -9,-18,-28,-14,  9;
/M: SY='L';  M=  0,-11,-18,-12, -8, -9,-19,-14,  1,-14,  8,  2,-11,-19, -7,-13, -4,  0,  1,-26,-10, -7;
/M: SY='E';  M= -8, -9,-29, -9,  2,-15,-22,-11,-10,  2,-10, -6, -9, -7,  1,  2,-10,-10,-11,-13, -7,  0;
/M: SY='Q';  M= -3,  4,-25,  2,  5,-23,-15,  1,-15, -1,-14, -8,  5, -7,  7, -4, -2, -6,-16,-28,-13,  5;
/M: SY='K';  M= -9,  0,-26, -1,  3,-18,-19, -9,-16, 12,-17, -8,  1,-10,  0,  8, -5, -5,-13,-24, -9,  1;
/M: SY='I';  M= -9,-27,-22,-34,-25, -1,-35,-26, 35,-27, 21, 16,-21,-23,-17,-25,-18, -8, 23,-22, -3,-24;
/M: SY='V';  M= -4,-14,-15,-18,-12, -9,-19,-15, -2, -5,  0,  0,-10,-22, -8, -1,-10, -6,  1,-23, -9,-11;
/M: SY='K';  M= -6,  6,-23,  1,  4,-22,-11, -3,-22, 13,-23,-11, 12,-13,  3, 12,  4,  2,-18,-28,-14,  3;
/M: SY='Q';  M= -8,  4,-28,  2, 16,-37,-17,  8,-21,  9,-21, -3,  4,-11, 48, 10,  1, -9,-28,-22,-11, 32;
/M: SY='V';  M= -3,-27,-18,-30,-26,  2,-30,-23, 28,-22, 16, 13,-24,-26,-22,-21,-14, -4, 29,-21,  0,-25;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-29, 18, 52,-30,-20, -1,-29, 11,-20,-19,  1, -2, 20,  1,  0, -8,-28,-29,-19, 36;
/M: SY='Y';  M=-19,-20,-26,-25,-21, 42,-28,  2, -1,-17,  2, -1,-15,-24,-21,-14,-18, -9, -8, 14, 47,-22;
/M: SY='Y';  M=-18,-16,-30,-16,-13, 21,-28, 12, -2,-10, -2, -2,-17,-26, -7,-10,-18,-11,-11, 21, 59,-13;
/M: SY='F';  M=-17,-28,-21,-36,-27, 66,-29,-17, -1,-27,  8, -1,-20,-24,-35,-19,-19,-10, -2,  8, 28,-27;
/M: SY='S';  M=  6, -5,-15, -6, -6,-19,  5,-14,-15,-14,-24,-15,  5,-13, -5,-14, 27, 12, -8,-35,-19, -6;
/M: SY='D';  M=-15, 30,-27, 42, 15,-31,-14,  1,-29, -1,-22,-21, 12,-12,  0, -5, -1, -7,-22,-35,-16,  7;
/M: SY='E';  M=  0,  0,-21, -1,  9,-15,-15, -6,-10, -6, -9, -4, -2,-12, -1,-10,  2, -3, -9,-27,-12,  4;
/M: SY='N';  M=-10, 29,-21, 13, -2,-15, -4,  6,-20,  0,-27,-18, 47,-16, -2,  3,  7, -1,-27,-36,-17, -2;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-32,-22, 13,-31,-21, 22,-30, 43, 18,-28,-29,-22,-21,-28,-10, 12,-18,  2,-22;
/M: SY='P';  M= -3, -7, -6, -7, -2,-20,-17,-11,-19, -9,-20,-15, -7, 12, -6,-13,  2,  2,-16,-30,-16, -6;
/M: SY='R';  M= -7, -1,-21, -6, -4,-16,-18,  1,-17,  8,-17, -8,  4,-16, -1, 14,  2,  8,-10,-26, -6, -4;
/M: SY='D';  M=-18, 47,-28, 62, 17,-37, -9,  0,-37,  0,-29,-28, 24,-11,  0, -9,  2, -7,-29,-40,-20,  8;
/M: SY='K';  M= -8,  1,-25, -2,  3,-18,-16, -1,-17, 10,-18, -7,  4,-14,  1,  7, -2, -2,-14,-25, -9,  1;
/M: SY='F';  M=-18,-25,-23,-31,-24, 57,-28, -6, -4,-24,  3, -2,-17,-22,-29,-17,-17, -9, -5,  7, 32,-24;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-20,-29,-20,  8,-29,-20, 19,-28, 44, 20,-27,-28,-19,-19,-26, -6, 10,-21, -1,-19;
/M: SY='R';  M=-15,-11,-29,-12, -4,-17,-15, -6,-21, 17,-15, -6, -4,-19,  4, 36,-11,-10,-17,-11, -8, -3;
/M: SY='R';  M= -8,  2,-21,  2,  7,-25, -5, -6,-28, 11,-25,-16,  7,-14,  4, 15,  4, -3,-21,-28,-17,  4;
/M: SY='H';  M=-11, -5,-26, -6,  5,-14,-22, 15,-17,  1,-10, -3, -3,-15, 12,  1, -6, -5,-18,-20,  2,  8;
/M: SY='M';  M= -7,-24,-19,-31,-23,  8,-26,-15, 21,-19, 17, 29,-21,-23,-15,-17,-16, -5, 18,-20,  0,-19;
/M: SY='D';  M=-11, 16,-22, 20, 14,-27,-10, -4,-28,  4,-21,-17,  9,-13,  3,  1, -1, -7,-23,-31,-17,  8;
/M: SY='K';  M= -5,  6,-26,  8, 12,-28, -9, -7,-27, 17,-23,-14,  3,-11,  6,  9, -2, -8,-21,-26,-15,  9;
/I:         I=-9; MD=-19;
/M: SY='B';  M=  0, 11,-12, 11,  5,-15, -4, -3,-13, -2,-14,-11, 10, -7, -1, -5,  7,  0,-10,-21,-12,  2; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='D';  M=-12, 22,-20, 32, 26,-32,-14,  2,-32,  2,-25,-22, 10, -9,  9, -5,  3, -7,-27,-35,-18, 18;
/M: SY='G';  M= -2, -9,-29, -9,-15,-28, 48,-17,-32,-14,-27,-16, -1,-16,-13,-15, -1,-17,-24,-22,-26,-14;
/M: SY='W';  M=-17,-27,-34,-28,-21, 20,-24,-12,-10,-16, -8, -9,-25,-16,-18,-13,-22,-15,-16, 51, 30,-19;
/M: SY='V';  M= -1,-29,-13,-31,-29,  0,-30,-29, 30,-22, 14, 11,-28,-28,-28,-21,-12, -2, 43,-28, -8,-29;
/M: SY='P';  M= -8,-13,-34, -6,  2,-25,-17,-12,-21,-10,-28,-19,-12, 61, -7,-17, -2, -6,-26,-31,-24, -6;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-23,-33,-25,  4,-33,-24, 32,-28, 32, 20,-25,-25,-20,-23,-23, -8, 21,-21, -1,-24;
/M: SY='S';  M= -1,  3,-21,  5, 10,-23,-11, -3,-23,  3,-24,-16,  5, -6,  4,  1, 13,  4,-18,-30,-14,  6;
/M: SY='V';  M= -5,-20, -7,-25,-21,  1,-28,-22, 11,-19, 11,  4,-19,-24,-20,-17, -8,  8, 17,-25, -4,-21;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-23,-35,-27,  5,-34,-25, 36,-27, 25, 21,-24,-24,-21,-24,-21, -8, 26,-21, -1,-26;
/M: SY='A';  M= 23,-14, -1,-20,-14,-14, -8,-21, -6,-16, -4, -6,-12,-17,-14,-20,  5,  1,  2,-26,-17,-14;
/M: SY='S';  M=  1,  1,-18, -2, -3,-21,  0,-11,-21,  0,-24,-13,  6,-12, -3, -3, 17, 11,-13,-31,-17, -3;
/M: SY='F';  M=-19,-29,-20,-39,-29, 77,-30,-20,  0,-29,  9,  0,-19,-29,-39,-20,-18, -8,  0,  8, 28,-29;
/M: SY='N';  M=-11, 16,-25,  9,  3,-22,-11,  5,-24, 16,-27,-15, 23,-13,  3, 11,  0, -5,-24,-28, -9,  2;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-29, -8,  3,-23,-19, -5,-27, 32,-21, -9, -1,-16,  9, 48, -9, -9,-18,-20,-10,  3;
/M: SY='M';  M= -8,-24,-21,-28,-19, -1,-28,-17, 24,-15, 18, 27,-22,-22,-13,-15,-18, -8, 20,-23, -4,-17;
/M: SY='K';  M= -2, -7,-24,-11, -3,-15,-18,-10,-14, 15,-15, -5, -3,-15,  2, 14, -6, -7, -9,-20, -9, -1;
/M: SY='K';  M=  0,  0,-22, -5,  2,-20,-14, -6,-13,  7,-17, -7,  6,-13,  1,  3,  3, -2,-11,-27,-13,  1;
/M: SY='L';  M=-10,-26,-20,-29,-21, 12,-27,-13, 17,-24, 30, 21,-23,-26,-17,-18,-21, -8, 10,-18,  4,-19;
/M: SY='T';  M= -1, -6,-14,-11, -8,-12,-17,-15, -8, -9, -9, -7, -2,-14, -4, -5, 14, 25, -2,-30,-11, -6;
/M: SY='T';  M= -7,  0,-15, -4, -4,-17,-13,-12,-17,  1,-16,-10,  2, -7, -5, -2,  1,  6,-14,-28,-14, -5;
/I:         I=-6; MD=-13;
/M: SY='D';  M=-13, 27,-25, 35,  9,-27, -6,  1,-26, -1,-21,-19, 15,-13, -2, -7, -2, -8,-21,-32,-15,  4; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13;
/M: SY='I';  M= -8,-21,-12,-26,-22,  0,-26,-15, 12,-21,  7,  7,-17,-21,-19,-19,-13, -4, 12,-19, -1,-22;
/M: SY='Q';  M= -7, 10,-24,  9, 14,-27,-13,  3,-21,  5,-22,-12, 12,-12, 15,  2,  6, -3,-22,-30,-14, 14;
/M: SY='L';  M= -6,-13,-22,-16, -6, -1,-22, -6, -2,-10,  7,  2,-10,-21, -4, -7,-12, -7, -5,-18,  0, -5;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-23,-33,-26,  0,-33,-27, 33,-25, 13, 12,-21,-18,-21,-25,-13, -5, 28,-23, -4,-26;
/M: SY='V';  M=  9,-22, -9,-27,-21, -3,-22,-20, 13,-19,  9,  7,-20,-23,-19,-20, -8, -2, 20,-24, -9,-21;
/M: SY='E';  M=  3,  1,-19,  2, 22,-22,-15, -6,-20,  3,-13,-13, -1,-10,  6, -3, -1, -7,-18,-26,-15, 14;
/M: SY='A';  M= 31, -9, -6,-18,-12,-16, -6,-18, -6,-12, -8, -6, -7,-15,-11,-18,  7,  1,  2,-25,-18,-12;
/M: SY='L';  M= -6,-28,-15,-31,-22,  8,-29,-21, 20,-27, 36, 17,-27,-28,-21,-21,-24, -9, 14,-20, -2,-22;
/M: SY='R';  M= -6, -4,-27, -4,  7,-25,-14, -6,-25, 21,-22,-11,  0, -9,  9, 25, -3, -7,-19,-23,-14,  6;
/M: SY='N';  M= -6, 12,-23,  9, 12,-23, -7, -3,-25,  7,-25,-17, 16, -9,  4,  3,  7, -1,-22,-31,-17,  8;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='S';  M=  7, -2,-16, -3,  0,-22,  0,-11,-21, -8,-27,-18,  5, -3,  0,-10, 27, 13,-13,-35,-20,  0;
/M: SY='E';  M= -1,  6,-23,  6,  7,-23, -9, -8,-18, -3,-21,-15,  7, -4,  0, -6,  7,  1,-17,-31,-18,  3;
/M: SY='Y';  M= -7,-13,-21,-16,-12,  1,-23, -5,  1, -9,  1,  1, -9,-21,-11, -9, -8, -4,  2,-19,  4,-12;
/M: SY='L';  M= -7,-25,-19,-28,-23,  6,-29,-22, 24,-25, 27, 15,-22,-28,-22,-20,-20, -7, 21,-23, -3,-23;
/M: SY='E';  M=-10,  2,-26,  7, 24,-21,-20, -6,-19,  8,-16,-12, -2,-11,  6,  6, -3, -7,-13,-27,-14, 15;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-18,-33,-28,  2,-33,-28, 34,-25, 21, 15,-27,-27,-25,-23,-17, -5, 37,-25, -5,-28;
/M: SY='S';  M=  2,  9,-19,  8,  3,-25, -5, -6,-20, -5,-24,-16, 11, -8,  6, -8, 16,  6,-16,-33,-18,  4;
/M: SY='E';  M= -7,  4,-28,  9, 23,-26, -5, -7,-23, -1,-16,-13, -1, -4,  4, -7, -4,-11,-22,-27,-19, 13;
/M: SY='D';  M=-13, 24,-28, 32, 15,-30, -5,  2,-32,  2,-24,-21, 14,-12,  1, -3, -1, -8,-26,-33,-17,  8;
/M: SY='G';  M= -7, -4,-25, -7, -4,-15,  6,-11,-20, -1,-17, -7,  1,-17, -6, -2, -3, -7,-16,-22,-14, -5;
/M: SY='L';  M= -8,-10,-20,-11, -4,-10,-20,-13, -3, -7,  1,  1,-10,-18, -2, -8, -8, -3, -5,-24, -8, -3;
/M: SY='R';  M= -6,  0,-25, -2,  6,-23,-15, -5,-24, 22,-23,-10,  5,-13,  8, 25,  0, -3,-18,-25,-13,  6;
/M: SY='V';  M= -7,-18,-22,-21,-14, -9,-23,-18,  9, -7,  3,  7,-14,-19,-12, -4,-12, -7, 12,-24, -9,-15;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-27, -9, -2,-19,-14, -5,-23, 20,-16, -7,  1,-19,  4, 40, -8, -7,-17,-22,-11, -2;
/M: SY='R';  M=-12, -1,-27,  2,  5,-23,-15, -5,-25, 13,-20,-13,  0,-13,  5, 31, -3, -7,-16,-26,-14,  2;
/M: SY='K';  M=-10,  3,-27,  2,  2,-23,-13, -6,-18, 13,-20, -9,  6,-14,  1, 10, -3, -7,-15,-27,-12,  0;
/M: SY='K';  M=-11, -3,-30, -2, -3,-18,-19,-14,-17,  2,-19,-13, -5, -6, -5, -1, -7, -3,-15, -1, -7, -4;
/M: SY='P';  M= -7, -1,-29,  1, 12,-28,-17, -8,-21,  8,-24,-12, -2, 17,  8, -1, -1, -6,-22,-28,-19,  9;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='R';  M=-12, -9,-25,-11, -5, -2,-22, -8, -8,  0, -5, -4, -5,-20, -6,  4,-10, -7, -8,-13,  2, -7;
/M: SY='P';  M= -8,-13,-27,-11, -7,-17,-18,-17,-18, -7,-22,-16,-13, 18, -9,-10, -6, -4,-19,  0,-10, -9;
/M: SY='L';  M= -7,-10,-23, -9, -3,-10,-21,-14,  0, -9,  4, -1,-12,-14, -9,-12,-11, -7,  0,-24, -8, -7;
/M: SY='P';  M= -7, -5,-26, -3,  1,-18,-19,-12,-10, -6,-10, -7, -7,  3, -3, -6, -3, -3,-11,-26,-12, -3;
/M: SY='T';  M=  0, -1,-22, -3,  4,-16,-16,-12,-13, -5,-11,-11, -2, -4, -4, -5,  2,  5,-11,-27,-14, -1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	43 in 43 different sequences
Number of true positive hits	43 in 43 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HTH La-type RNA-binding
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

43 sequences

HEN1_ARATH  (Q9C5Q8), LA1_ARATH   (Q93ZV7), LA2_ARATH   (Q0V7U7),

LAA_XENLA   (P28048), LAB_XENLA   (P28049), LAH1_SCHPO  (P87058), 
LAR1B_HUMAN (Q659C4), LAR4B_HUMAN (Q92615), LAR4B_MOUSE (Q6A0A2), 
LAR4_DROME  (Q9I7T7), LARP1_CAEEL (D5MCN2), LARP1_CRYNH (J9VT60), 
LARP1_HUMAN (Q6PKG0), LARP1_MOUSE (Q6ZQ58), LARP4_HUMAN (Q71RC2), 
LARP4_MOUSE (Q8BWW4), LARP6_HUMAN (Q9BRS8), LARP6_MOUSE (Q8BN59), 
LARP7_DANRE (Q7ZWE3), LARP7_EUPAE (Q9GSF8), LARP7_HUMAN (Q4G0J3), 
LARP7_MACFA (Q4R627), LARP7_MOUSE (Q05CL8), LARP7_RAT   (Q5XI01), 
LARP7_TETTS (W7X6T2), LARP7_XENTR (Q28G87), LARP_DROME  (Q9VAW5), 
LA_AEDAL(Q26457), LA_BOVIN(P10881), LA_DROME(P40796), 
LA_HUMAN(P05455), LA_MOUSE(P32067), LA_RAT  (P38656), 
LHP1_YEAST  (P33399), LRP1A_ARATH (Q940X9), LRP1B_ARATH (Q8RWR2), 
LRP1C_ARATH (Q94K80), LRP6A_ARATH (Q94A38), LRP6B_ARATH (O80567), 
LRP6C_ARATH (Q9LHL3), SLF1_YEAST  (Q12034), SRO9_YEAST  (P25567), 
YLA3_SCHPO  (Q9P6K0)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

34 PDB

1S7A; 1YTY; 1ZH5; 2CQK; 2MTF; 2VOD; 2VON; 2VOO; 2VOP; 3HTX; 4WKR; 6D6V; 6I9B; 7LMA; 7LMB; 7SLP; 7SLQ; 7SOO; 7SOP; 7SOQ; 7SOR; 7SOS; 7SOT; 7SOU; 7SOV; 7SOW; 7UY5; 7UY6; 8EY6; 8EY7; 8EY8; 8G90; 8G91; 8GAP
» more