PROSITE entry PS50963
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | LINK_2 |
Accession [info] | PS50963 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-MAR-2004 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC00955 |
Associated ProRule [info] | PRU00323 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Link domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=94; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=94; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2035897; R2=0.0126611; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=7040.6733398; R2=7.4948978; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=498; H_SCORE=10773; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=340; H_SCORE=9589; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='G'; M= -3,-12,-27,-12,-12,-22, 32,-20,-19,-17,-17,-11, -6,-19,-16,-19, -4,-15,-12,-23,-22,-14; /M: SY='V'; M= -4,-27,-16,-29,-26, -3,-30,-26, 26,-15, 8, 9,-24,-27,-23,-10,-12, -3, 38,-27, -8,-26; /M: SY='F'; M=-17,-23,-20,-32,-25, 57,-28,-14, -2,-23, 5, -2,-17,-27,-30,-17,-13, 0, -2, 6, 31,-25; /M: SY='H'; M=-17,-13,-30,-12, -9, -3,-24, 43,-12,-13, -4, 1, -9,-10, -3, -9,-16,-14,-18,-13, 26,-10; /M: SY='Y'; M= -4,-21,-21,-22,-19, 6,-24, -5, 4, -7, -1, 1,-19,-26,-14, -3,-11, -5, 10, -4, 23,-19; /M: SY='E'; M= -8, -6,-21, -5, 11, -5,-19,-10,-15, -4, -8,-10, -5,-13, -1, 0, 2, 3,-12,-24, -9, 5; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='A'; M= 11, -9,-12,-12, -7, -9, -8,-12, 1, -8, -4, -3, -8, 6, -7,-12, -1, -3, 0,-12, -9, -8; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='R'; M=-11, -6,-27, -8, 0,-21,-20, 4,-19, 19,-20, -6, 0,-15, 5, 24, -5, -7,-14,-24, -6, 0; /M: SY='P'; M= -5, -3,-24, -3, -1,-21,-13,-11,-17, 0,-20,-13, 3, 12, -3, -5, 4, 0,-18,-31,-18, -3; /M: SY='G'; M= 7, -5,-21, -8, -5,-23, 23,-17,-26,-12,-20,-16, -2,-13,-10,-15, 7, 2,-17,-24,-22, -8; /M: SY='R'; M=-14, 3,-28, -1, 4,-24,-17, -2,-28, 33,-26,-12, 10,-16, 8, 41, -7, -8,-22,-23,-12, 4; /M: SY='Y'; M=-17,-19,-27,-20,-14, 22,-28, 8, -1,-12, 4, 3,-18,-27, -3, -9,-18,-10,-10, 12, 47,-11; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='Q'; M= -3, 5,-15, 1, 4,-19, -9, -3,-15, 6,-18, -9, 9, -9, 11, 3, 9, 6,-14,-22,-10, 7; D=-14; /I: I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='L'; M= -7,-22,-16,-24,-16, 6,-24,-16, 20,-22, 32, 15,-21,-21,-15,-16,-21, -7, 11,-15, 0,-16; D=-14; /I: I=-14; DM=-29; /M: SY='T'; M= -4, 18,-15, 11, -2,-18, -9, -7,-18, -6,-22,-17, 22,-13, -4, -7, 18, 23,-14,-36,-16, -3; /M: SY='F'; M=-20,-24,-24,-30,-22, 50,-28, -6, -5,-15, 2, -2,-17,-28,-23, -3,-18,-10, -6, 11, 37,-22; /M: SY='B'; M= -1, 11,-20, 11, 3,-24,-14, 4,-21, -5,-18,-12, 5,-11, 4, -8, 7, 10,-15,-30,-10, 3; /M: SY='E'; M=-11, 8,-30, 16, 53,-29,-20, 0,-30, 12,-20,-19, 0, -2, 19, 9, -1,-10,-29,-29,-19, 35; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='K'; M= 9, -7,-22,-10, 1,-26,-15,-11,-14, 13,-16, -5, -7,-13, 11, 4, -2, -6, -8,-21,-13, 6; /M: SY='Q'; M= -4, 12,-26, 13, 17,-30,-13, 1,-25, 6,-21,-14, 10,-11, 19, 7, 2, -7,-24,-28,-16, 17; /M: SY='A'; M= 25,-14,-14,-18, -5,-13,-12,-19, -2,-12, 1, -3,-15,-15,-11,-17, -1, -3, 5,-23,-15, -8; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='R'; M=-13,-13,-26,-11, 3,-12,-24, -9,-11, 8, 5, 0,-11,-19, 0, 19,-16,-10,-10,-22, -8, 0; /M: M= -4, -1,-22, -4, -5, -5,-16, -7,-12, -6, -4, -6, 0,-19, -2, 0, -7, -7,-12,-21, -6, -3; /M: SY='L'; M=-13, -1,-24, -1, 3, -1,-21, -7, -9,-11, 4, -3, -2,-19, -2, -9,-11, -9,-13,-22, -4, 1; /M: SY='G'; M= -3, 7,-26, 6, -9,-28, 40,-11,-34,-13,-30,-21, 14,-17,-12,-14, 7,-11,-28,-28,-26,-10; /M: SY='A'; M= 26,-12,-15,-17,-12,-16, 5,-18,-11,-15, -6, -8, -9,-15,-12,-18, 6, -2, -4,-23,-18,-12; /M: SY='T'; M= -6, -9,-21,-12, -7,-16,-20, 4, -6, -6,-11, -3, -3,-17, 3, 1, 4, 5, -3,-28, -6, -4; /M: SY='L'; M=-10,-30,-24,-34,-24, 6,-34,-24, 31,-30, 39, 20,-26,-26,-20,-24,-26,-10, 18,-20, 0,-24; /M: SY='A'; M= 40,-12,-15,-18, -8,-22, -3,-20,-12,-10,-13,-12,-12, 6,-10,-20, 7, -2, -5,-22,-22,-10; /M: SY='T'; M= 0, -2,-16, -7, -8,-17, -2,-17,-19, -4,-19,-13, 1,-12, -8, -7, 15, 26, -9,-28,-15, -8; /M: SY='Y'; M=-10,-16,-23,-19,-14, 4,-24,-10, -2, -3, -4, 5,-15, -7,-11, -7,-10, -1, -1,-13, 8,-13; /M: SY='D'; M= -1, 12,-27, 18, 8,-31, 10,-10,-32, 2,-26,-20, 4,-11, -3, -7, 0,-11,-24,-27,-21, 3; /M: SY='Q'; M=-11, 0,-30, 0, 17,-37,-20, 22,-21, 7,-20, 0, 1,-11, 53, 9, -1,-11,-30,-21, -6, 35; /M: SY='L'; M= -7,-28,-18,-31,-24, 4,-30,-21, 27,-24, 29, 23,-27,-27,-20,-20,-21, -7, 25,-23, -3,-23; /M: SY='E'; M=-16, 3,-29, 8, 16, -3,-22, 4,-19, -2,-13,-11, -4,-15, 6, -6, -8,-10,-21,-10, 14, 10; /M: SY='A'; M= 15, -2,-17, -5, -4,-18,-12,-16,-13, -2, -8, -9, -6,-13, -7, -9, 2, 4, -6,-24,-14, -6; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='W'; M=-17,-30,-34,-30,-21, 8,-25,-16, -6,-15, 6, -3,-28,-28,-14, -5,-30,-18,-13, 52, 20,-17; /M: SY='K'; M= -8, 0,-27, 1, 15,-28,-17, -5,-27, 27,-26,-12, 2,-10, 16, 22, 1, -5,-21,-24,-13, 15; /M: SY='A'; M= 9,-11,-24,-16,-16,-15,-10,-22, 9,-19, -2, 0, -9,-16,-14,-23, -6, -8, 6,-22,-12,-18; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='G'; M= 2, -8,-27, -8,-17,-28, 58,-18,-37,-18,-30,-20, 2,-18,-17,-18, 7,-13,-27,-23,-28,-17; /M: SY='F'; M=-17,-27,-21,-35,-26, 54,-29,-12, 5,-25, 15, 11,-21,-29,-28,-17,-21,-10, 1, 5, 29,-25; /M: SY='D'; M=-17, 23,-30, 34, 28,-31,-16, 27,-34, 1,-24,-18, 11, -9, 9, -4, -3,-13,-30,-34, -9, 17; /M: SY='T'; M= -8,-14,-21,-18,-12,-10,-22,-14, -5, -5, -7, 2,-12,-18, -2, 0, -4, 9, -1, -3, -4, -7; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='D'; M= 1, 15,-20, 16, 4,-25, -6, -5,-25, 0,-25,-19, 14,-13, 0, 3, 13, 2,-18,-34,-18, 1; /M: SY='A'; M= 26,-13,-17,-20,-13, -3,-10, -7, -7,-10, -7, -7,-13,-17,-10,-17, 0, -3, -3, -3, 14,-13; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='W'; M=-20,-38,-45,-40,-30, 21,-22,-28,-17,-22,-15,-17,-37,-30,-23,-20,-37,-27,-25,127, 30,-22; /M: SY='L'; M= -8,-28,-20,-32,-23, 5,-30,-20, 27,-25, 34, 24,-27,-27,-19,-20,-23, -8, 20,-22, -2,-22; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='A'; M= 28, -7,-12,-12, -9,-18, 12,-15,-15,-10,-14,-11, -4,-10, -9,-15, 10, -1, -6,-19,-18, -9; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='D'; M=-17, 36,-30, 51, 25,-37,-13, -2,-37, 9,-28,-25, 14, -8, 5, -2, -2,-10,-28,-35,-18, 15; /M: SY='G'; M= -4, -9,-30, -9,-12,-30, 47,-14,-36,-10,-27,-16, 0,-19, -6, -4, -1,-17,-29,-20,-25,-10; /M: SY='S'; M= -6, -7,-18,-10, -6, -1,-14, 6,-18, -7,-17,-11, 2,-17, -5, 2, 11, 7,-12,-25, -2, -6; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='R'; M= -9,-15,-23,-15,-11,-17,-10,-12,-10, 3,-11, -4,-10,-22, -2, 19, -7, -8, 1,-23,-13, -8; /M: SY='Y'; M=-17,-23,-30,-27,-23, 20,-33, 3, 17,-17, 7, 7,-20,-27,-13,-17,-20,-10, 3, 13, 53,-23; /M: SY='P'; M= -7,-17,-35, -8, 0,-28,-17,-18,-20,-10,-30,-20,-15, 73, -8,-18, -1, -5,-27,-32,-28, -8; /M: SY='I'; M=-13,-23,-30,-30,-20, -7,-33,-20, 23,-10, 7, 10,-13,-20,-10, 4,-17,-10, 13,-20, -3,-20; /M: SY='I'; M= -3,-15,-19,-19,-16, -9,-23, -7, 11,-18, -3, 2, -7,-18,-11,-17, 4, 6, 11,-29, -6,-16; /M: SY='K'; M= -8, -1,-24, -3, 3,-23,-17, 8,-26, 20,-25,-10, 3,-13, 6, 18, 2, 1,-17,-26, -7, 3; /M: SY='P'; M= -2,-19,-36,-11, -1,-29,-17,-20,-19,-10,-27,-19,-19, 77,-10,-20, -7, -9,-26,-29,-29,-10; /M: SY='R'; M=-14, 7,-27, 0, -3,-22, 0, 0,-28, 12,-25,-15, 20,-20, 2, 33, -2, -8,-25,-27,-16, -3; /M: SY='P'; M= -8, -8,-31, -1, 15,-27,-17,-11,-24, 0,-26,-19, -8, 37, 2, -2, 1, -5,-25,-30,-23, 5; /M: SY='N'; M=-10, 1,-28, -5, -6,-21, -6, -9,-14, 4,-21,-10, 11, -4, -4, 4, -5, -8,-17,-27,-16, -7; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='G'; M= 7,-10,-24,-12,-16,-20, 37,-14,-28,-16,-23,-16, -3,-18,-15,-17, 4,-10,-20,-16,-13,-16; /M: SY='G'; M= 2,-13,-27,-14,-12,-12, 16,-18,-25, -6,-21,-14, -7, -4,-15,-11, -4,-12,-19,-17,-16,-13; /M: SY='N'; M= -8, 23,-23, 15, 1,-25, 4, 0,-24, -3,-26,-17, 31,-16, 3, -4, 7, 1,-26,-33,-19, 2; /M: SY='N'; M= -8, 7,-26, 3, 4,-22, 0, -6,-22, 8,-18,-12, 13,-16, -1, 2, -4, -9,-22,-27,-16, 2; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='T'; M= 3,-16,-19,-17,-12,-12,-21,-22, -2,-14, -4, -5,-16, 9,-15,-17, -1, 12, 3,-27,-15,-15; /M: SY='G'; M= 6,-10,-27,-11,-19,-29, 61,-20,-36,-19,-27,-19, -1,-19,-19,-20, 1,-17,-26,-20,-29,-19; /M: SY='V'; M= -2,-30,-13,-32,-30, 0,-32,-30, 33,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 47,-28, -8,-30; /M: SY='R'; M=-17,-18,-28,-20,-11, -4,-26, -5, -4, 4, 1, 1,-11,-23, -3, 26,-17,-10, -6,-12, 8,-11; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='T'; M= -9, 4,-17, -2, -9, -1,-17,-12, -2,-12, -6, -6, 5,-14,-11,-12, 0, 8, -3,-21, -4,-10; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='Y'; M=-12,-23,-23,-23,-21, 14,-23, -5, 4,-13, -1, -1,-23,-25,-15,-13,-18, -9, 4, 30, 35,-19; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='G'; M= 0, -7,-20, -7,-13,-20, 46,-13,-27,-13,-20,-13, 0,-13,-13,-13, 0,-13,-20,-13,-20,-13; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='F'; M=-12,-23,-22,-30,-23, 24,-29,-16, 22,-22, 11, 9,-17,-20,-20,-20,-17, -8, 12, -2, 18,-23; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='R'; M=-12,-23,-30,-21,-12,-10,-23,-18, -8, -5, -6, -6,-20, 4,-11, 5,-17,-11, -7, -3, -9,-14; /M: SY='D'; M=-13, 18,-27, 28, 6,-26,-16,-10,-23, -8,-15,-17, 2, 4, -6,-13, -3, 0,-19,-34,-17, -1; /M: SY='T'; M= -4, -2,-21, -5, -4,-19,-15,-13,-13, 5,-21,-11, 3, -2, -5, -1, 5, 6, -7,-31,-16, -5; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='R'; M= -8, 11,-15, 11, 4,-15, -7, 0,-17, 11,-16,-10, 12, -9, 3, 13, -1, -4,-14,-17, -9, 3; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='S'; M= 0, 5,-16, 1, 0,-20, -8, 5,-21, -1,-25,-15, 13,-13, 1, -2, 20, 13,-15,-35,-12, 0; /M: SY='E'; M= -3, 1,-22, 4, 18,-24,-12, -6,-26, 10,-26,-17, 4, -9, 9, 12, 14, 3,-19,-31,-17, 12; /M: SY='R'; M=-13, -8,-26, -9, 3,-22,-21, -2,-18, 11,-10, -3, -4,-17, 21, 28, -5, -3,-17,-21, -9, 10; /M: SY='Y'; M=-20,-25,-31,-27,-23, 36,-28, 5, -3,-15, -1, -3,-23,-30,-17,-13,-23,-13,-11, 45, 64,-22; /M: SY='D'; M=-14, 32,-30, 46, 8,-37, 14, -6,-40, -6,-30,-27, 14,-13, -6,-13, 0,-13,-30,-34,-23, 1; /M: SY='A'; M= 23,-16,-10,-22,-18,-11,-15,-24, 5,-14, -2, -2,-16,-18,-18,-18, 4, 8, 19,-25,-15,-18; /M: SY='Y'; M=-19,-23,-29,-25,-23, 32,-31, 8, 7,-15, 4, 3,-20,-29,-15,-14,-20,-10, -3, 21, 63,-23; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='F'; M=-20,-25,-25,-31,-25, 57,-30, -2, 0,-21, 5, 0,-20,-30,-26,-15,-20,-10, -5, 19, 53,-25; /M: SY='N'; M= -1, 17,-17, 3, -4,-17, -8, -3,-17, 0,-21,-15, 28,-16, -3, 4, 10, 12,-17,-32,-16, -4; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 107 in 58 different sequences |
Number of true positive hits | 107 in 58 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
Maximum number of repetitions [info] | 4 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | CJA_Sigrist |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | Link |
Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
58 sequences
CD44_BOVIN (Q29423), CD44_CANLF (Q28284), CD44_CRIGR (P20944), CD44_HORSE (Q05078), CD44_HUMAN (P16070), CD44_MESAU (Q60522), CD44_MOUSE (P15379), CD44_PAPHA (P14745), CD44_RAT(P26051), CSPG2_BOVIN (P81282), CSPG2_CHICK (Q90953), CSPG2_HUMAN (P13611), CSPG2_MACNE (Q28858), CSPG2_MOUSE (Q62059), CSPG2_RAT (Q9ERB4), HPLN1_BOVIN (P55252), HPLN1_CHICK (P07354), HPLN1_HORSE (Q28381), HPLN1_HUMAN (P10915), HPLN1_MOUSE (Q9QUP5), HPLN1_PIG (P10859), HPLN1_RAT (P03994), HPLN2_HUMAN (Q9GZV7), HPLN2_MOUSE (Q9ESM3), HPLN2_RAT (Q9ESM2), HPLN3_HUMAN (Q96S86), HPLN3_MOUSE (Q80WM5), HPLN4_HUMAN (Q86UW8), HPLN4_MOUSE (Q80WM4), LYVE1_BOVIN (Q6UC88), LYVE1_HUMAN (Q9Y5Y7), LYVE1_MOUSE (Q8BHC0), NCAN_HUMAN (O14594), NCAN_MOUSE (P55066), NCAN_PANTR (Q5IS41), NCAN_RAT(P55067), PGCA_BOVIN (P13608), PGCA_CANLF (Q28343), PGCA_CHICK (P07898), PGCA_HUMAN (P16112), PGCA_MOUSE (Q61282), PGCA_PIG(Q29011), PGCA_RABIT (Q28670), PGCA_RAT(P07897), PGCB_BOVIN (Q28062), PGCB_FELCA (P41725), PGCB_HUMAN (Q96GW7), PGCB_MOUSE (Q61361), PGCB_RAT(P55068), STAB1_HUMAN (Q9NY15), STAB1_MOUSE (Q8R4Y4), STAB2_HUMAN (Q8WWQ8), STAB2_MOUSE (Q8R4U0), STAB2_RAT (Q8CFM6), SUSD5_HUMAN (O60279), TSG6_HUMAN (P98066), TSG6_MOUSE (O08859), TSG6_RABIT (P98065)» more
|
PDB [Detailed view] |
61 PDB
1O7B; 1O7C; 1POZ; 1UUH; 2I83; 2JCP; 2JCQ; 2JCR; 2N40; 2PF5; 4MRD; 4MRE; 4MRF; 4MRG; 4MRH; 4NP2; 4NP3; 4PZ3; 4PZ4; 5BZC; 5BZE; 5BZF; 5BZG; 5BZH; 5BZI; 5BZJ; 5BZK; 5BZL; 5BZM; 5BZN; 5BZO; 5BZP; 5BZQ; 5BZR; 5BZS; 5BZT; 5SBK; 5SBL; 5SBM; 5SBN; 5SBO; 5SBP; 5SBQ; 5SBR; 5SBS; 5SBT; 5SBU; 5SBV; 5SBW; 5SBX; 5SBY; 5SBZ; 5SC0; 5SC1; 5SC2; 5SC3; 5SC4; 5SC5; 5SC6; 5SC7; 8OS2 » more |