PROSITE entry PS50967

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HRDC
Accession [info]	PS50967
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAR-2004 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50967
Associated ProRule [info]	PRU00328

Name and characterization of the entry

Description [info]

HRDC domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=81;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=76;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.9155555; R2=0.0241654; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=252; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=149; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='B';  M= -7,  3,-22,  3,  1,-20,-12, -5,-17, -2,-16,-11,  3,-11, -1, -1,  2, -1,-13,-29,-13, -1;
/M: SY='P';  M= -7,  1,-26,  5,  9,-25,-14, -4,-21, -2,-22,-15,  1, 10,  2, -5,  1, -5,-21,-31,-18,  4;
/M: SY='Q';  M= -5, -6,-23, -7,  1,-15,-19, -3,-10, -2, -7, -2, -5,-13,  2,  1, -4, -3, -9,-24, -8,  0;
/M: SY='Q';  M= -7,  5,-22,  5,  8,-22,-15,  5,-18, -2,-15, -8,  3,-14, 11, -2, -2, -8,-19,-26, -9,  9;
/M: SY='Q';  M= -9, -8,-24, -8,  1,-14,-19, -8, -8, -5,  0,  0, -8,-12,  3, -1, -9, -6,-10,-24,-10,  1;
/M: SY='A';  M=  4,  0,-22, -1,  4,-22, -9, -9,-17,  0,-15, -9, -1,-10,  1, -2,  0, -4,-12,-25,-15,  2;
/M: SY='L';  M= -2,-25, -4,-28,-22,  0,-27,-22, 12,-22, 19,  8,-23,-27,-20,-17,-15, -5, 15,-24, -6,-22;
/M: SY='F';  M= -7,-24,-22,-28,-20, 21,-26,-13,  6,-20, 15,  5,-21,-26,-20,-14,-18, -8,  4, -2, 16,-20;
/M: SY='E';  M= -9, -1,-27,  1, 14,-24,-15, -4,-24, 14,-19,-11, -1,-12, 11, 14, -3, -7,-20,-21,-11, 11;
/M: SY='E';  M= -1, -2,-23, -2,  5,-18,-15, -2,-16,  3,-13, -8, -1,-13,  2,  4, -3, -7,-13,-25,-11,  2;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-31,-21, 22,-28, 42, 19,-28,-28,-20,-20,-27, -9, 13,-20,  0,-20;
/M: SY='R';  M= -9,-14,-20,-15, -8, -6,-21, -8,-13,  0, -7, -5,-12,-21, -5,  9,-12, -8,-10, -4,  1, -8;
/M: SY='E';  M=  0,  1,-21,  1,  8,-22,-16, -5,-18,  5,-15,-10, -1,-13,  5,  3, -1, -5,-14,-25,-12,  6;
/M: SY='W';  M=-10,-29,-32,-30,-21,  6,-23,-23, -3,-19,  5, -4,-29,-26,-17,-18,-26,-15, -9, 53, 12,-17;
/M: SY='R';  M=-17,-11,-23,-12, -2,-18,-20, -3,-28, 24,-19,-10, -2,-20,  6, 58, -9, -9,-18,-21,-10, -2;
/M: SY='D';  M=-10,  8,-26, 13, 13,-23,-18, -5,-22,  9,-16,-12,  0,-13,  4,  7, -4, -6,-17,-26,-11,  8;
/M: SY='E';  M= -6,  1,-23,  0, 11,-20,-14, -5,-19,  6,-16,-10,  3,-13,  5,  6,  2, -1,-15,-27,-13,  8;
/M: SY='I';  M= -7,-18,-24,-20,-10, -5,-28,-15, 13,-15, 13,  9,-16,-20, -6,-13,-15, -7,  6,-21, -3,-10;
/M: SY='A';  M= 37,-10, -9,-18, -9,-17,  0,-18,-11,-11,-11, -8, -8,-12,-10,-18, 10,  1, -2,-22,-18, -9;
/M: SY='R';  M= -7, -1,-25, -1,  6,-23,-16, -4,-23, 14,-18,-10,  2,-14, 11, 26, -2, -4,-18,-24,-13,  6;
/M: SY='E';  M= -3,  1,-25,  1, 15,-24,-14, -6,-19,  9,-17,-10,  1,-10,  9,  7,  0, -5,-17,-26,-15, 11;
/M: SY='R';  M=-10, -4,-22, -4,  6,-14,-20,  0,-16,  3,-10, -6, -3,-17,  5, 11, -7, -8,-14,-22, -5,  3;
/M: SY='D';  M=-11, 27,-26, 32,  7,-30,  5, -4,-31, -4,-28,-23, 19,-13, -4, -9,  3, -8,-25,-35,-21,  1;
/M: SY='V';  M= -8,-15,-18,-15, -3,-11,-26,-13,  6,-10,  4,  4,-15,-17, -7,-10,-10, -6,  8,-27,-10, -6;
/M: SY='P';  M=  7,-10,-22, -9, -4,-20,-11,-14,-15,-10,-19,-12, -7, 21, -7,-14,  8,  3,-13,-30,-20, -7;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='P';  M= -5,-17,-28,-14, -7,-17,-20,-14,-10, -7,-13, -8,-15, 27, -9, -6, -8, -4,-12,-25,-15,-11;
/M: SY='Y';  M=-10, -6,-25, -8, -9,  0, -8,  7,-18, -5,-16, -9,  1,-20, -6,  0, -3, -6,-17,-10, 13, -9;
/M: SY='Y';  M= -8,-15,-21,-19,-13,  1,-22, -8, -2, -7, -6,  0,-11,-17, -8, -4, -7, -4, -1,-11,  5,-12;
/M: SY='I';  M= -7,-29,-22,-35,-28,  5,-34,-27, 35,-25, 16, 15,-24,-22,-24,-24,-17, -6, 32,-21, -2,-28;
/M: SY='F';  M=-10,-27,-18,-33,-24, 30,-28,-18, 12,-25, 23, 15,-23,-25,-24,-19,-21, -9,  9,-11,  8,-23;
/M: SY='S';  M= -1, -3,-22, -4, -1,-23, -6, -5,-22, -3,-25,-15,  3,  6, -1, -4, 11,  6,-18,-31,-17, -2;
/M: SY='D';  M=-14, 32,-27, 36, 16,-30,-12,  0,-26,  1,-24,-21, 22,-12,  3, -5,  2, -5,-25,-36,-18,  9;
/M: SY='E';  M=  0,  2,-22,  1,  9,-24,-13,  2,-21,  4,-20,-11,  2,-10,  9,  0,  6,  1,-16,-28,-12,  8;
/M: SY='T';  M=  4, -7,-14,-14,-11,-13,-13,-13, -3,-11, -5,  0, -5,-16, -7,-12,  4, 11,  1,-27,-12, -9;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-22,-32,-23,  8,-32,-21, 27,-28, 36, 21,-26,-26,-19,-22,-25, -9, 16,-19,  2,-22;
/M: SY='R';  M= -7,-12,-25,-14, -8,-11,-21,-12, -5,  1, -3,  0,-11,-19, -6,  4,-12, -9, -3,-16, -6, -8;
/M: SY='E';  M=  0,  7,-21, 11, 22,-27,-12, -6,-24,  3,-21,-17,  2, -7,  8, -3,  6, -2,-20,-30,-18, 15;
/M: SY='M';  M= -7,-26,-22,-33,-24,  4,-28,-17, 28,-22, 25, 30,-23,-23,-15,-20,-20, -9, 18,-20, -1,-20;
/M: SY='A';  M= 31,-13, -8,-20,-13,-15, -8,-20, -3,-14, -5, -6,-12,-15,-13,-19,  7,  1,  6,-25,-17,-13;
/M: SY='E';  M= -3, -1,-24, -2, 10,-21,-18, -8,-15,  7,-13, -8, -1,-12,  6,  7, -2, -2,-13,-25,-13,  7;
/M: SY='R';  M= -4, -7,-22,-10, -4,-12,-19, -7, -8,  2, -8, -3, -3,-17,  0,  3, -4, -3, -7,-21, -4, -3;
/M: SY='M';  M=-11,-15,-23,-18,-11, -5,-20,-10, -2, -7,  6,  8,-13,-20, -3, -2,-15, -8, -5,-11, -2, -7;
/M: SY='P';  M= -9,-19,-37,-10, -1,-28,-19,-19,-19,-10,-28,-19,-18, 80,-10,-19, -7, -7,-28,-30,-29,-10;
/M: SY='R';  M= -4, -3,-22, -5, -1,-19,-16, -9,-14,  5,-13, -6, -3,-12,  2,  7,  0,  4, -9,-26,-11, -1;
/M: SY='B';  M= -4, 16,-18, 14,  3,-22, -7, -6,-22, -4,-23,-18, 16,-12, -3, -6, 16, 14,-16,-35,-17,  0;
/M: SY='L';  M= -2,-13,-21,-14, -7, -8,-21,-15, -1, -8,  4,  2,-14,-11,-10, -9,-10, -4,  0,-23, -9, -9;
/M: SY='E';  M=  1,  7,-22,  8, 13,-26, -9, -6,-22,  2,-21,-15,  5,-10,  6, -4,  7, -1,-18,-29,-17,  9;
/M: SY='E';  M=  0, 10,-25, 13, 17,-29, -7, -6,-25,  4,-21,-16,  4, -9,  6, -3,  3, -6,-20,-28,-18, 12;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-17,-31,-23, 14,-27,-19, 18,-26, 33, 20,-26,-28,-21,-19,-24, -9, 12,-18,  1,-21;
/M:         M= -3,-10,-18,-12, -2,-12,-18,-11, -9, -1, -2, -3, -9,-18, -5, -1, -9, -7, -8,-20, -8, -4;
/M: SY='S';  M=  7,  2,-19, -2,  2,-22, -7, -8,-19,  4,-19,-11,  5,-12,  2,  2,  8,  3,-14,-27,-16,  2;
/M: SY='I';  M= -8,-25,-14,-31,-24, -1,-30,-23, 26,-25, 20, 15,-21,-25,-18,-23,-19, -9, 19,-24, -5,-23;
/M:         M= -9, -4,-15, -4, -5,-17,-14,-10,-16, -5,-15,-11, -2, -4, -5, -4, -3, -4,-15,-28,-13, -6;
/M: SY='G';  M= -5, -4,-27, -4,-11,-23, 25,-13,-24,-12,-19,-13,  1,-17,-12,-13, -1,-10,-19,-24,-19,-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='V';  M= -6,-20,-22,-21,-16, -2,-23,-20,  9,-15,  2,  5,-18, -8,-16,-16,-10, -5, 11,-20, -7,-17; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='G';  M= -3, -3,-21, -6, -9,-17, 14,-11,-18,-10,-15,-10,  3,-14,-10,-11,  2, -3,-14,-24,-17,-10; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E';  M= -2, -2,-25,  0, 10,-24, -9, -5,-21,  0,-20,-13, -1,  2,  3, -3,  3, -3,-18,-28,-17,  5;
/M: SY='R';  M= -9, -2,-28,  0,  2,-21,-13, -2,-21,  4,-20,-12, -1, -5,  3,  7, -4, -8,-19,-19, -9,  1;
/M: SY='K';  M= -8, -5,-26, -8,  1,-13,-15, -8,-19, 16,-17, -7, -2,-15,  1, 11, -8, -8,-14,-18, -6,  0;
/M: SY='V';  M= -1,-23,-20,-26,-19, -1,-23,-20, 13,-17, 12,  6,-20,-22,-16,-13,-13, -5, 14,-19, -3,-19;
/M: SY='E';  M= -6,  4,-25,  4, 14,-24,-16, -3,-22, 10,-19,-13,  5,-12,  8, 11,  1, -4,-18,-28,-14, 10;
/M: SY='R';  M= -7, -4,-24, -5,  5,-24,-17,  2,-21, 15,-19, -6, -1,-14, 13, 19, -4, -7,-16,-24,-10,  7;
/M: SY='Y';  M=-16,-10,-26,-13,-12, 15,-24, 19, -8,-10, -5, -3, -6,-25, -6, -6,-12, -8,-14,  3, 40,-11;
/M: SY='G';  M=  1,-13,-25,-15,-19,-17, 35,-20,-22,-19,-16,-12, -5,-19,-19,-19, -2,-11,-15,-20,-19,-19;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='E';  M= -5,  5,-25,  7, 11,-24,-13, -2,-21,  3,-18,-12,  2, -4,  3,  0,  0, -4,-18,-28,-15,  6; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='E';  M= -9,  2,-25,  4,  7,-16,-15, -5,-19,  5,-13, -9, -2,-12,  1,  4, -5, -5,-16,-22, -7,  3; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='F';  M=-13,-30,-24,-36,-27, 25,-32,-24, 21,-27, 17, 10,-23,-24,-25,-22,-21,-10, 14, -3,  9,-26;
/M: SY='L';  M= -7,-23,-21,-26,-18,  3,-26,-15, 15,-23, 25, 13,-21,-25,-16,-19,-20, -9,  8,-18, -1,-18;
/M: SY='E';  M=  3,  2,-23,  2, 10,-25,-11, -6,-21,  4,-19,-13,  0, -5,  7, -1,  3, -3,-18,-26,-15,  8;
/M: SY='V';  M=  1,-18,-14,-22,-13, -7,-24,-18, 11,-16,  9,  6,-16,-20,-13,-17, -8,  0, 12,-25, -9,-14;
/M: SY='I';  M= -8,-29,-17,-35,-28,  5,-34,-27, 33,-27, 19, 16,-23,-25,-23,-25,-18, -6, 28,-22, -2,-28;
/M: SY='R';  M= -3, -3,-22, -4,  4,-22,-15, -8,-18,  9,-16, -8, -2,-14,  6, 13, -1, -4,-13,-25,-14,  4;
/M: SY='D';  M= -6, 10,-23, 12,  8,-27,-13,  0,-26,  9,-23,-15,  7,-11,  8,  9,  2, -3,-21,-29,-14,  7;
/M: SY='Y';  M=  5,-15,-20,-19,-12,  6,-16, -4, -6,-13, -4, -5,-12,-18,-11,-14, -4, -3, -5, -8, 10,-12;
/M:         M= -3,-12,-15,-14, -7,-14,-15,-14,-10, -4, -7, -5, -9,-16, -6, -1, -6, -6, -7,-18,-10, -8;
/M: SY='E';  M= -3,  1,-25,  1,  6,-23,-10, -7,-20,  6,-19,-11,  0, -9,  4,  1, -1, -6,-16,-24,-13,  4;
/M: SY='E';  M= -5, -2,-24, -2,  8,-16,-12, -8,-15, -3,-12, -9, -2,-14,  1, -5, -1, -4,-13,-22,-10,  4;
/M:         M= -7, -6,-22, -7, -4,-14,-15, -8,-12, -5,-12, -8, -4, -2, -5, -8, -5, -4,-13,-23, -7, -6;
/M: SY='D';  M= -3,  4,-25,  6,  6,-24, -9, -8,-22,  1,-19,-15,  4, -1,  0, -1,  1, -4,-19,-29,-18,  2;
/M: SY='E';  M= -2, -4,-24, -5,  5,-16,-16, -9, -8, -8, -7, -7, -2, -7, -2,-10, -3, -4,-10,-27,-13,  0;
/M: SY='E';  M= -3, -1,-23, -2,  6,-17,-15, -6,-14,  0,-11, -5, -2, -9,  3, -4, -2, -2,-13,-24,-10,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	53 in 53 different sequences
Number of true positive hits	53 in 53 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	1
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	98.15 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HRDC
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

53 sequences

BLM_CAEEL   (O18017), BLM_CHICK   (Q9I920), BLM_DROME   (Q9VGI8),

BLM_HUMAN   (P54132), BLM_MOUSE   (O88700), BLM_XENLA   (Q9DEY9), 
EXOSX_CAEEL (G5EBX6), EXOSX_DROME (Q9VFF3), EXOSX_HUMAN (Q01780), 
EXOSX_MOUSE (P56960), EXOSX_RAT   (D4A1X2), HUS2_SCHPO  (Q09811), 
RECQ2_ARATH (Q9FT73), RECQ_BACSU  (O34748), RECQ_ECOLI  (P15043), 
RECQ_HAEIN  (P71359), RECQ_PASMU  (Q9CL21), RECQ_SALTY  (P40724), 
RND_ACICJ   (A5G127), RND_BARHE   (Q6G329), RND_CROTZ   (C9XUE4), 
RND_DESPS   (Q6AJF4), RND_ECOLI   (P09155), RND_GLUDA   (A9H9B7), 
RND_GRABC   (Q0BVP4), RND_HAEIN   (P44442), RND_JANSC   (Q28RA7), 
RND_METSB   (B8EN54), RND_MUSP7   (C6C608), RND_NITHX   (Q1QLI8), 
RND_PARL1   (A7HYE5), RND_PSEA7   (A6V8R6), RND_PSYIN   (A1SVE6), 
RND_SERP5   (A8GFH0), RND_SHESA   (A0KXU5), RND_SPHIU   (D4Z694), 
RND_XANOR   (Q5GZ75), RND_ZYMMO   (Q5NPM2), RP6L1_ARATH (Q0WVE8), 
RP6L2_ARATH (A9LLI7), RQL4A_ARATH (Q8L840), RQL4B_ARATH (Q9FT70), 
RRP6_SCHPO  (Q10146), RRP6_YEAST  (Q12149), SGS1_YEAST  (P35187), 
UVRD2_MYCBO (P64321), UVRD2_MYCLE (P53528), UVRD2_MYCTO (P9WMP8), 
UVRD2_MYCTU (P9WMP9), WRN_CAEEL   (Q19546), WRN_HUMAN   (Q14191), 
WRN_MOUSE   (O09053), WRN_XENLA   (O93530)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

1 sequence

RP6L3_ARATH (A9LLI8)

PDB
[Detailed view]

34 PDB

1D8B; 1WUD; 1YT3; 2CPR; 2DGZ; 2E1E; 2E1F; 2HBJ; 2HBK; 2HBL; 2HBM; 2KV2; 2RRD; 3SAF; 3SAG; 3SAH; 4CDG; 4CGZ; 4O3M; 4OO1; 5C0W; 5C0X; 5C0Y; 5K36; 5VZJ; 6D6Q; 6D6R; 6FSZ; 6FT6; 6LQS; 7AUC; 7AUD; 7D4I; 7MQA
» more