PROSITE logo

PROSITE entry PS50982


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] MBD
Accession [info] PS50982
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-APR-2004 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50982
Associated ProRule [info] PRU00338

Name and characterization of the entry

Description [info] Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=72;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0709381; R2=0.0165134; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=360; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=148; N_SCORE=5.5; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -9,-11,-26,-11,-12, -7,-18,-14, -3,-10, -2,  0,-12,-21,-11,-10,-13, -9, -2, -4, -2,-12;
/M: SY='A';  M=  2, -3,-18, -5,  1,-19,-15, -7,-14, -1,-13, -9, -3,-13, -3, -1,  0, -2, -8,-26,-12, -2;
/M: SY='N';  M= -7,  2,-24,  0,  2,-16,-13, -8,-12, -3,-12, -9,  5,-15, -3, -1, -1, -2,-11,-27,-12, -1;
/M:         M= -4, -5,-24, -3, -4,-16,-12,-13, -9, -5, -7, -6, -8,-11, -9, -9, -7, -6, -5,-24,-10, -7;
/M: SY='K';  M= -5, -3,-22, -4,  3,-20,-13, -7,-19,  4,-18,-10, -2,-12,  1,  3, -1, -3,-15,-17,-11,  1;
/M: SY='P';  M= -8, -8,-26, -4,  7,-14,-17,-10,-16, -5,-15,-10, -9,  9, -3, -6, -2, -3,-15,-23,-13,  1;
/M: SY='N';  M= -8,  2,-21,  0, -5,-13,-13, -8,-11, -7, -7, -7,  3,-16, -7, -6, -5, -4,-11,-25, -9, -6;
/M:         M= -7, -7,-11, -6, -4,-21,-15, -2,-18, -9,-15,-11, -6, -3, -7, -7, -8,-11,-16,-26,-14, -8;
/M:         M= -5, -9,-25, -9, -5,-15, -8,-13,-13, -9,-11, -7, -8, -2, -8,-10, -5, -5,-11,-20,-14, -7;
/M: SY='P';  M= -5,-16,-29,-15, -8,-18, -8,-16,-20, -5,-21,-14,-13,  9, -6, -4, -8,-10,-20,  1,-11, -9;
/M: SY='L';  M= -5,-27,-20,-28,-19,  4,-27,-21, 15,-26, 34, 14,-26,-19,-19,-20,-23, -7,  9,-21, -4,-19;
/M: SY='P';  M= -8,-16,-36, -9,  2,-26,-16,-17,-17,-10,-21,-14,-17, 59, -7,-17, -9,-10,-25,-28,-25, -6;
/M: SY='E';  M= -8, -1,-21,  3,  4,-23,-16, -4,-21,  2,-19,-13, -4,  0,  1, -2, -4, -7,-18,-25,-10,  1;
/M: SY='G';  M= -1, -7,-29, -5,-15,-30, 58,-18,-39,-16,-30,-20,  1,-17,-17,-17,  1,-18,-29,-22,-28,-16;
/M: SY='W';  M=-19,-38,-44,-39,-29, 12,-21,-29,-19,-20,-18,-19,-38,-28,-21,-20,-37,-27,-27,133, 27,-20;
/M: SY='R';  M= -9, -9,-26,-11,  2,-19,-23, -8, -8,  7,-10, -3, -6,-14,  7, 11, -6, -4, -7,-23, -9,  2;
/M: SY='R';  M=-14,-12,-26,-13, -4,-15,-22, -8,-15, 21,-13, -1, -6,-19,  2, 37,-11, -8, -7,-21, -8, -4;
/M: SY='E';  M=-10, -2,-25,  2, 23,-20,-21, -1,-16,  4, -8, -5, -6,-11,  9,  1, -6, -9,-15,-27,-12, 16;
/M: SY='V';  M= -8,-15,-20,-17, -8,  0,-26,-16,  8,-14,  7,  4,-15,-20,-13,-13, -9,  0, 10,-22, -3,-11;
/M: SY='R';  M=-10,-14,-21,-15,-10, -6,-23, -7, -5,  4, -8, -2,-11,-22, -7, 13, -9, -5,  2,-16,  4,-11;
/M: SY='I';  M= -7,-18,-24,-22,-12, -5,-24,-14,  5,-13, -1,  2,-13, -5, -6,-11,-10, -7,  0,-20, -6,-11;
/M: SY='R';  M=-12, -7,-25, -9, -3,-22, -7, -5,-28, 17,-21,-10,  1,-17,  4, 37, -6, -8,-20,-22,-14, -3;
/I:         I=-4; MD=-9;
/M: SY='K';  M= -7, -1,-21, -3,  0,-19, -4, -7,-21, 16,-19, -9,  3, -9,  1, 16, -2, -5,-15,-18,-11,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='G';  M= -2, -5,-15, -7, -6,-14, 12,-10,-17, -6,-16,-10,  1,-14, -8, -7,  1, -7,-12,-19,-14, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G';  M=  0,  0,-17, -3, -5,-16,  6, -9,-17, -4,-13,-10,  5,-13, -5, -4,  4,  1,-13,-22,-14, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='N';  M= -5,  7,-20,  5, -4,-19,  7, -2,-23, -6,-22,-14, 11,-15, -4, -4,  8,  0,-18,-28,-15, -4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='A';  M=  2, -5,-15, -9, -6,-15, -6, -8,-15, -3,-13, -7, -2,-14, -4, -3,  0, -1,-10,-21, -9, -6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G';  M= -6,-10,-25,-12,-14,-15,  9,-13,-13, -9,-12, -5, -5,-19,-11, -8, -5, -8,-10,-15,-11,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='R';  M=-10, -6,-26, -8,  0,-15,-17, -4,-21, 20,-18, -6, -3,-13,  6, 21, -7, -6,-15,-18, -5,  2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='M';  M= -1,-15,-20,-18,-14, -5, -8,-15, -4, -9, -6,  1,-10,-16,-11, -8, -4, -4, -1,-17, -6,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='D';  M=-15, 27,-23, 38, 19,-28,-14,  4,-32, -1,-24,-22, 10,-12,  2, -8, -2,-10,-26,-31,-10,  9;
/M: SY='V';  M= -3,-20,-18,-22,-18, -7,-26,-22, 10, -8, -1,  3,-18,-15,-16, -6, -7,  2, 20,-26,-10,-18;
/M: SY='Y';  M=-11,-21,-25,-23,-18, 19,-27,  0,  3,-15,  3,  1,-18,-26,-15,-13,-14, -7, -1,  8, 36,-18;
/M: SY='Y';  M=-19,-22,-27,-24,-21, 33,-30,  9,  2,-13,  4,  1,-20,-30,-15,-11,-20,-10, -5, 20, 62,-21;
/M: SY='Y';  M=-10,-20,-20,-25,-20,  8,-30,-12, 12,-13,  3,  4,-16,-23,-16,-13,-12, -2, 12,-11, 15,-20;
/M: SY='S';  M=  5,  2,-14,  2,  1,-19, -5,-10,-19, -8,-19,-15,  3,-10, -3,-10, 14,  6,-13,-31,-15, -2;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-39,-11, -1,-27,-20,-19,-20, -9,-29,-19,-19, 83,-10,-17,-10,-10,-29,-29,-28,-10;
/M: SY='T';  M= -2, -5,  5, -9,-10,-19,-13,-17,-14,-11,-17,-12, -2,-14, -9,-12,  7,  8, -6,-34,-18,-10;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='G';  M= -2, -8,-29, -9,-16,-27, 54,-16,-35,-16,-27,-16,  1,-19,-16,-14,  0,-16,-26,-21,-26,-16;
/M: SY='K';  M=-10, -4,-26, -4,  4,-17,-20, -4,-18, 19,-15, -6, -2,-15,  4, 17, -8, -6,-14,-19, -2,  3;
/M: SY='K';  M= -6, -5,-21, -6,  4,-22,-19,-10,-20, 17,-19, -9, -2,-12,  4, 17, -2, -2,-12,-25,-13,  3;
/M: SY='F';  M=-12,-27,-21,-33,-24, 36,-29,-20, 13,-28, 24, 11,-22,-27,-27,-21,-22,-10,  7, -8, 12,-24;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-26, -7,  2,-17,-18, -1,-25, 18,-19,-10,  0,-16,  7, 38, -2, -2,-17,-23, -8,  2;
/M: SY='S';  M=  3,  1,-10, -3, -2,-20, -5, -9,-18, -8,-24,-14,  8,-12,  2, -7, 25, 17,-12,-35,-17,  0;
/M: SY='K';  M=-10,-11,-20,-14, -5,-10,-23,-10,-11, 12, -7,  1, -8,-18, -1, 12,-12, -7, -8,-19, -4, -4;
/M: SY='P';  M= -5, -5,-26, -4,  3,-21,-14, -9,-16,  2,-19,-10, -3,  4,  0, -1, -1, -5,-13,-27,-16,  0;
/M: SY='E';  M= -7, 11,-27, 18, 33,-32,-15,  1,-27,  5,-23,-16,  4, -4, 23, -1,  5, -6,-27,-30,-18, 28;
/M: SY='V';  M= -2,-26,-17,-28,-24,  0,-28,-25, 22,-22, 18, 11,-26,-24,-23,-20,-15, -4, 27,-21, -6,-24;
/M: SY='A';  M=  3,-11,-20,-13, -4,-11,-19,-10, -2, -9,  0,  0,-10,-16, -5,-11, -4, -3, -1,-24, -8, -5;
/M: SY='R';  M= -7, -7,-23, -8, -1,-18,-18, -2,-18,  9,-12, -7, -3,-15,  5, 20, -6, -6,-15,-22, -8,  0;
/M: SY='Y';  M=-18,-20,-29,-21,-19, 27,-27, 14, -1,-11, -1,  0,-18,-28,-11,-11,-18,-11, -9, 20, 62,-19;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-20,-29,-21,  7,-28,-21, 20,-28, 37, 16,-27,-26,-20,-20,-24, -8, 13,-21, -2,-21;
/M: SY='E';  M= -6, -1,-26, -1,  7,-17, -4, -5,-22,  0,-15,-11,  0,-14,  2, -1, -3, -9,-19,-23,-12,  4;
/M: SY='S';  M=  0,  0,-21, -2,  6,-19,-10, -6,-19,  0,-19,-13,  2,-10,  1, -3,  7,  3,-14,-24,-13,  3;
/M: SY='N';  M= -2,  1,-17, -4, -4,-19, -1, -2,-17,-10,-17, -9,  7,-16, -3,-10,  5,  1,-14,-29,-14, -4;
/M:         M= -8,-10,-23,-11, -6,-16, -6,-14,-13, -5,-12, -4, -8, -1, -7, -7, -7, -8,-11,-25,-15, -8;
/M: SY='D';  M= -9,  6,-18,  9,  2,-21,-12,-12,-13, -9,-14,-12,  2,-12, -7,-13, -1, -5,-10,-32,-17, -3;
/M:         M= -8, -5,-16, -7, -5,-12,-13, -5,-12, -8, -8, -6, -3,-16, -5, -8, -2,  0,-11,-25, -6, -6;
/M:         M= -8, -9,-23,-10, -5,-11,-15, -9,-13, -2,-13, -8, -4, -6, -6,  0, -2, -2,-11,-23, -7, -7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M:         M= -6,-10, -7,-13,-10, -2,-18,-10, -7,-11, -3, -5, -8,-19,-12, -8, -6, -3, -4,-21, -3,-12; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M:         M=  0, -3,-18, -3, -3,-12,-10,-11,-10, -4, -9, -7, -4,-10, -5, -5,  0, -1, -6,-21,-10, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M:         M= -6, -5,-16, -5, -2,-11,-12, -9, -9, -5, -7, -6, -4, -8, -5, -3, -2, -1, -6,-21, -9, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='E';  M= -6, -1,-13,  0,  2,-13,-14, -8, -6, -1, -7, -4, -2, -9, -2, -3, -3, -4, -4,-21, -9,  0; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='N';  M= -4,  9,-19,  8,  6,-19,-10,  6,-15, -4,-14, -8, 10,-12,  4, -5,  3, -4,-14,-28,-11,  5; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='F';  M=-15,-24, -7,-31,-24, 46,-24,-16, -6,-24,  2, -2,-17,-26,-30,-18,-15, -9, -4, -2, 18,-24;
/M: SY='D';  M= -8, 25,-19, 33,  9,-28,-10, -4,-27, -4,-24,-22, 14,-13, -1,-10,  7, -3,-20,-35,-16,  4;
/M: SY='F';  M=-13,-22,-22,-30,-23, 39,-22,-17, -2,-23,  4, -2,-14,-26,-26,-16,-14, -7, -3,  5, 14,-22;
/M: SY='R';  M= -6,  3,-19,  1,  2,-22, -8, -4,-25,  4,-22,-14,  6,-13,  3, 10,  5,  2,-19,-28,-14,  1;
/M: SY='T';  M=  0, -7,-18,-10, -7,-16,-18,-16, -7, -8,-12, -8, -5,  0, -6, -9,  6, 12, -4,-29,-15, -8;
/M: SY='D';  M= -7,  2,-28,  5,  1,-25,  4, -4,-27, -4,-22,-15,  1, -4, -2, -5, -1, -9,-23,-25,-14, -2;
/M: SY='K';  M= -5, -4,-23, -5, -3,-18,-15, -7,-12,  4,-10, -4, -4,-16, -3,  3, -6, -6, -6,-26,-11, -4;
/M: SY='P';  M= -6, -9,-24,-12, -8,-14,-19,-10, -6, -4,-10, -1, -5,  1, -5, -4, -3,  0, -6,-26,-11, -8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 49 in 47 different sequences
Number of true positive hits 49 in 47 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 4
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 92.45 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] MBD
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
47 sequences

BAZ2A_HUMAN (Q9UIF9), BAZ2A_MOUSE (Q91YE5), BAZ2A_XENLA (B7ZS37), 
BAZ2B_CHICK (Q9DE13), BAZ2B_HUMAN (Q9UIF8), BAZ2B_MOUSE (A2AUY4), 
BAZ2_CAEEL  (Q23590), MBD10_ARATH (Q9XI36), MBD11_ARATH (Q9LW00), 
MBD12_ARATH (Q9FZP6), MBD13_ARATH (Q9LTJ8), MBD1_ARATH  (Q5XEN5), 
MBD1_HUMAN  (Q9UIS9), MBD1_MOUSE  (Q9Z2E2), MBD2_ARATH  (Q8LA53), 
MBD2_HUMAN  (Q9UBB5), MBD2_MOUSE  (Q9Z2E1), MBD3_ARATH  (Q4PSK1), 
MBD3_HUMAN  (O95983), MBD3_MOUSE  (Q9Z2D8), MBD4_ARATH  (Q9LYB9), 
MBD4_HUMAN  (O95243), MBD4_MOUSE  (Q9Z2D7), MBD56_DROME (A8JR92), 
MBD5_ARATH  (Q9SNC0), MBD5_HUMAN  (Q9P267), MBD5_MOUSE  (B1AYB6), 
MBD6_ARATH  (Q9LTJ1), MBD6_HUMAN  (Q96DN6), MBD6_MOUSE  (Q3TY92), 
MBD7_ARATH  (Q9FJF4), MBD8_ARATH  (Q9LME6), MBD9_ARATH  (Q9SGH2), 
MBDR2_DROME (Q9VGA4), MECP2_HUMAN (P51608), MECP2_MACFA (Q95LG8), 
MECP2_MOUSE (Q9Z2D6), MECP2_RAT   (Q00566), MET2_CAEEL  (P34544), 
SETB1_DROME (Q32KD2), SETB1_DROPS (Q28Z18), SETB1_HUMAN (Q15047), 
SETB1_MOUSE (O88974), SETB1_XENLA (Q6INA9), SETB2_HUMAN (Q96T68), 
SETB2_MOUSE (Q8C267), SETB2_XENTR (A4IGY9)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
4 sequences

SETB2_DANRE (Q06ZW3), SETB2_XENLA (Q6YI93), STB1A_DANRE (Q1L8U8), 
STB1B_DANRE (Q08BR4)
» more

PDB
[Detailed view]
47 PDB

1D9N; 1IG4; 1QK9; 2MB7; 2MOE; 3C2I; 3VXV; 3VXX; 3VYB; 3VYQ; 4LG7; 5AGQ; 5BT2; 6ACV; 6C1A; 6C1T; 6C1U; 6C1V; 6C1Y; 6C2F; 6CC8; 6CCG; 6CEU; 6CEV; 6CNP; 6CNQ; 6D1T; 6OGJ; 6OGK; 6YWW; 7AO8; 7AO9; 7AOA; 7D8K; 7FEF; 7FEO; 7FHJ; 7MWH; 7MWI; 7MWK; 7MWL; 7MWM; 7RAY; 7WIN; 8AJR; 8ALQ; 8HFP
» more