PROSITE logo

PROSITE entry PS51000


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] HTH_DEOR_2
Accession [info] PS51000
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JUN-2004 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00696
Associated ProRule [info] PRU00349

Name and characterization of the entry

Description [info] DeoR-type HTH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=56;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=51;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0322731; R2=0.0153820; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2978.6115723; R2=2.5653896; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=557; H_SCORE=4408; N_SCORE=10.6; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=291; H_SCORE=3725; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M= -7, -9,-24,-11, -2,-17,-17,-11,-15,  8,-11, -1, -7, -3, -1, 10, -5,  1,-11,-24,-12, -3;
/M: SY='P';  M=  1, -1,-24, -3,  4,-19,-13, -9,-16, -1,-18,-13,  3,  5, -1, -5,  1, -4,-17,-28,-17,  0;
/M: SY='E';  M= -5,  4,-26,  9, 19,-25,-17, -5,-20,  3,-18,-11, -2, -2, 10, -2,  0, -5,-18,-27,-14, 14;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='Q';  M=-12,-13,-27,-15, -6,-14,-26, -3,  2, -6,  4,  5, -9,-19,  7,  2,-12, -8, -5,-22, -4, -2;
/M: SY='Q';  M= -5,  0,-25,  0, 11,-22,-14,  0,-18,  3,-16, -7,  1,-13, 17,  0, -1, -7,-18,-24,-11, 14;
/M: SY='Q';  M=  1,-10,-22,-13,  0,-17,-20,-12, -4, -4, -2,  0, -9,-14,  7, -6, -3,  0, -6,-23,-10,  3;
/M: SY='I';  M=-10,-29,-26,-36,-26,  3,-35,-24, 38,-28, 29, 24,-23,-23,-18,-25,-23,-10, 22,-20,  0,-25;
/M: SY='L';  M= -8,-23,-21,-25,-16,  1,-28,-19, 16,-20, 26, 14,-21,-24,-14,-14,-18, -6, 11,-23, -4,-16;
/M: SY='E';  M= -8,  9,-27, 13, 25,-31,-15,  7,-25,  7,-22,-11,  5, -8, 22,  2,  3, -7,-25,-29,-14, 23;
/M: SY='M';  M=-10,-18,-25,-19, -8, -2,-23, -5,  0, -6, 11, 13,-17,-22, -2,  0,-18,-10, -5, -8,  8, -6;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-19,-31,-24,  6,-31,-24, 27,-27, 35, 17,-29,-29,-23,-21,-23, -7, 23,-23, -3,-24;
/M: SY='A';  M=  5, -5,-21, -9, -5,-17,-12,-11,-12, -1,-12, -8, -2,-16,  0,  0,  0, -4, -9,-15,-11, -3;
/M: SY='Q';  M= -4,  6,-25,  6, 17,-29,-16, -2,-21,  8,-20,-10,  5,-10, 21,  4,  2, -4,-21,-26,-14, 19;
/M: SY='Q';  M=-12, -1,-28,  2,  9,-25,-14, 13,-24,  4,-19, -9,  1, -9, 17, 10, -3, -9,-24,-24, -6, 11;
/M: SY='G';  M= -6, -3,-28, -3, -6,-27, 28,-11,-34, -2,-26,-17,  4,-17, -5,  5,  0,-11,-26,-23,-22, -7;
/M: SY='T';  M= -8, -9,-21,-12, -4, -2,-23, -5, -8, -3, -8, -4, -7,-17, -4, -5, -2,  4, -5,-18,  2, -4;
/M: SY='V';  M= -1,-28,-12,-31,-26,  1,-28,-26, 21,-23, 18, 11,-27,-27,-23,-21,-16, -6, 26,-17, -6,-25;
/M: SY='S';  M=  4, -2,-15, -5, -3,-18,-10, -3,-17, -8,-19,-13,  4, -7, -1, -7, 20, 17,-10,-33,-13, -3;
/M: SY='V';  M= -4,-26,-18,-29,-25,  0,-26,-26, 25,-23, 17, 11,-23,-25,-23,-21,-13,  0, 28,-25, -7,-25;
/M: SY='E';  M= -7,  8,-26, 10, 17,-28, -9, -5,-25,  9,-22,-15,  6,-10,  9,  4,  1, -5,-22,-28,-17, 13;
/M: SY='E';  M= -8, 13,-27, 18, 28,-26,-16, -1,-27,  9,-21,-17,  6, -8, 13,  2, -1, -9,-25,-28,-15, 21;
/M: SY='L';  M= -1,-27,-18,-29,-20,  4,-26,-20, 17,-25, 36, 17,-26,-26,-18,-20,-22, -8, 12,-21, -4,-19;
/M: SY='A';  M= 24,-13, -5,-19,-14,-14,-10,-20, -2,-13, -8, -4,-11,-15,-12,-18,  9,  6,  7,-27,-16,-13;
/M: SY='E';  M=  1,  7,-25,  7, 13,-28, -5, -6,-22,  2,-20,-14,  4,-10,  9, -5,  2, -6,-20,-26,-18, 11;
/M: SY='L';  M=-10,-17,-24,-18, -6, -5,-25, -3,  0, -6,  5,  5,-14,-21, -2,  4,-14, -9, -1,-20, -1, -6;
/M: SY='F';  M=-14,-28,-16,-33,-24, 39,-29,-18,  8,-28, 26, 10,-24,-29,-27,-19,-23, -8,  4, -7, 15,-24;
/M: SY='G';  M= -3,  8,-27,  9, -2,-31, 21, -9,-32, -2,-27,-18,  8,-15, -1, -7,  2,-11,-26,-26,-22, -1;
/M: SY='V';  M= -1,-24,-14,-27,-25, -1,-29,-25, 23,-19,  7,  7,-22,-25,-23,-19, -6,  6, 33,-25, -3,-25;
/M: SY='S';  M= 11, -1,-10, -3, -2,-18, -3,-12,-18,-10,-26,-18,  7,-10, -2,-11, 35, 24, -8,-37,-18, -2;
/M: SY='E';  M= -9,  0,-27,  5, 16,-24,-17, -3,-21,  3,-18,-13, -4,  2,  2, -2, -2, -3,-16,-29,-15,  8;
/M: SY='M';  M=  1, -8,-20,-12,  0,-16,-16, -7, -6,  0, -6,  6, -6,-15,  3,  2, -2, -3, -4,-25,-12,  1;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='I';  M=  1,-28,-19,-33,-27, -2,-31,-28, 34,-24, 14, 13,-23,-23,-23,-24,-13, -5, 33,-24, -6,-27;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R';  M=-15, -6,-29, -7,  2,-22,-19, -2,-29, 30,-22,-10,  2,-18, 11, 56, -8, -9,-20,-21,-11,  3;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-22,-34,-25, 14,-33,-23, 27,-30, 35, 17,-26,-27,-23,-23,-25,-10, 17,-17,  3,-25;
/M: SY='B';  M= -4, 17,-23, 14,  8,-26,-10, -1,-22,  3,-22,-15, 17,-14,  8,  4,  4, -3,-20,-31,-17,  8;
/M: SY='K';  M= -7, -1,-26, -2,  9,-14,-19, -6,-17, 11,-15, -7, -2,-12,  4,  5, -5, -4,-15,-19, -4,  6;
/M: SY='L';  M=-11,-24,-22,-27,-18,  5,-28,-14, 17,-24, 36, 17,-21,-27,-16,-15,-25,-10,  7,-21, -1,-18;
/M: SY='E';  M= -2,  2,-24,  5, 21,-23,-16, -3,-19,  0,-15,-13, -1, -5,  6, -3,  2, -3,-17,-29,-16, 13;
/M: SY='E';  M= -4, 10,-24, 10, 17,-26, -6,  1,-24,  3,-21,-13,  9,-10,  8, -3,  4, -5,-23,-30,-16, 12;
/M: SY='Q';  M= -7, -2,-19,  0,  6,-22,-19, -2,-16,  0, -9, -6, -5,-12, 11, -3, -6, -8,-17,-24, -8,  8;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='G';  M= -2,-10,-27, -9,-14,-25, 44,-17,-31,-12,-23,-15, -2,-11,-14,-14, -2,-15,-24,-20,-24,-14; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='L';  M= -1,-13,-20,-14,-11, -4,-15,-13, -2, -7,  4,  0,-13,-19,-11, -9,-11, -5,  0,-15,  0,-12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='L';  M= -6,-22,-19,-23,-18,  0,-26,-19, 18,-22, 23, 14,-22,-18,-17,-19,-18, -7, 14,-21, -5,-18; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='V';  M= -9,-14,-21,-17, -9, -5,-26,-10,  2, -9,  2,  1,-11,-19,-10, -4, -7,  3,  5,-24, -4,-11;
/M: SY='R';  M=-15,-11,-28,-12, -3,-17,-17, -4,-20, 18,-15, -7, -4,-20,  6, 41, -9, -9,-14,-19, -6, -2;
/M: SY='T';  M=  0,-13,-18,-18,-15, -3,-16,-10, -1,-12, -4, -2,-10,-20,-11,-11, -2,  6,  4,-17,  3,-14;
/M: SY='H';  M=-14, -8,-25, -9, -8, -2,-21, 45,-16,-11,-10, -2, -2,-22, -1, -3, -6, -8,-17,-16, 23, -8;
/M: SY='G';  M= -1, -7,-30, -8,-18,-30, 63,-18,-39,-16,-30,-20,  3,-20,-18,-17,  0,-19,-30,-21,-29,-18;
/M: SY='G';  M= -4, -9,-20,-11,-19,-22, 49,-16,-35,-18,-26,-18,  0,-22,-19,-16, -2,-17,-26,-19,-21,-19;
/M: SY='A';  M= 25,-13, -7,-19,-11,-14,-11,-13, -5,-13, -5, -6,-13,-17,-12,-18,  2, -2,  4,-23,-12,-12;
/M:         M= -4, -7,-23, -6, -4,-18,-15, -9, -4, -8, -7, -3, -8,-17, -3, -9, -5, -6,  0,-26,-11, -4;
/M: SY='Y';  M= -4,-14,-21,-14, -8, -4,-15,-10, -6, -9, -5, -4,-10,-15, -7, -8, -2, -3, -4,-18,  1, -8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 86 in 86 different sequences
Number of true positive hits 86 in 86 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.73 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Archaea, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HTH deoR-type
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
86 sequences

ACCR_AGRFC  (P32104), AGAR_ECO57  (P0ACK4), AGAR_ECOL6  (P0ACK3), 
AGAR_ECOLI  (P0ACK2), CSQR_ECOLI  (P32144), DEOR_ECO57  (P0ACK7), 
DEOR_ECOL6  (P0ACK6), DEOR_ECOLI  (P0ACK5), FRUR_BACSU  (O31713), 
FUCR_ECOLI  (P0ACK8), FUCR_HAEIN  (P44780), FUCR_SHIFL  (P0ACK9), 
GATR_ECOLI  (P36930), GLCR_BACSU  (P94591), GLPR_ECOLI  (P0ACL0), 
GLPR_HAEIN  (P44784), GLPR_HALVD  (D4GYE7), GLPR_PSEAE  (Q51391), 
GLPR_SHIFL  (P0ACL1), GOLR_LISIN  (Q92ET8), IOLR_BACSU  (P46337), 
LACR_LACLL  (P18816), LACR_STAA8  (P0A0Q0), LACR_STAAC  (Q5HE08), 
LACR_STAAM  (P67743), LACR_STAAN  (P67744), LACR_STAAR  (Q6GEN3), 
LACR_STAAS  (Q6G7B8), LACR_STAAW  (P0A0P9), LACR_STAEQ  (Q5HM34), 
LACR_STAES  (Q8CRJ1), LACR_STRMU  (P26422), SGCR_ECOLI  (P39361), 
SIWR_MYCS2  (A0QS56), SRLR_ECOLI  (P15082), ULAR_ECO24  (A7ZV62), 
ULAR_ECO27  (B7UQK0), ULAR_ECO45  (B7MLJ6), ULAR_ECO55  (B7LC45), 
ULAR_ECO57  (P0A9W2), ULAR_ECO5E  (B5Z2J7), ULAR_ECO7I  (B7NTP7), 
ULAR_ECO81  (B7MSL0), ULAR_ECO8A  (B7M8V1), ULAR_ECOBW  (C4ZR68), 
ULAR_ECODH  (B1XDU2), ULAR_ECOHS  (A8A7T7), ULAR_ECOK1  (A1AJ96), 
ULAR_ECOL5  (Q0T9K2), ULAR_ECOL6  (P0A9W1), ULAR_ECOLC  (B1IT15), 
ULAR_ECOLI  (P0A9W0), ULAR_ECOLU  (B7NGC5), ULAR_ECOSE  (B6I296), 
ULAR_ECOSM  (B1LQL1), ULAR_ECOUT  (Q1R369), ULAR_SALA4  (B5F3A7), 
ULAR_SALAR  (A9MFM3), ULAR_SALCH  (Q57GK1), ULAR_SALDC  (B5FS93), 
ULAR_SALEP  (B5R0Q8), ULAR_SALHS  (B4TFC5), ULAR_SALNS  (B4T3E2), 
ULAR_SALPA  (Q5PJ50), ULAR_SALPB  (A9N507), ULAR_SALPC  (C0Q6E8), 
ULAR_SALPK  (B5BKJ9), ULAR_SALSV  (B4TSH1), ULAR_SALTI  (Q8XG96), 
ULAR_SALTY  (Q7CP93), ULAR_SHIB3  (B2TY64), ULAR_SHIBS  (Q31TC2), 
ULAR_SHIDS  (Q328K6), ULAR_SHIF8  (Q0SX94), ULAR_SHIFL  (Q83P30), 
ULAR_SHISS  (Q3YUF6), Y1009_HAEIN (P44978), Y1102_STAES (Q8CSL5), 
YCIT_ECOLI  (P76034), YCNK_BACSU  (P94433), YDJF_ECOLI  (P77721), 
YFJR_ECOLI  (P52133), YGBI_ECOLI  (P52598), YOBV_BACSU  (O34920), 
YTZE_BACSU  (O32067), YULB_BACSU  (O05261)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

CCPN_BACSU  (O34994), SP3D_BACSU  (P15281)