 |
|
| Entry: PS51000 |
General information about the entry
| Entry name [info] | HTH_DEOR_2 |
| Accession [info] | PS51000 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JUN-2004 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 12-AUG-2020 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00696 |
| Associated ProRule [info] | PRU00349 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | DeoR-type HTH domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=56; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=51; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0322731; R2=0.0153820; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2978.6115723; R2=2.5653896; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=557; H_SCORE=4408; N_SCORE=10.6; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=291; H_SCORE=3725; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='R'; M= -7, -9,-24,-11, -2,-17,-17,-11,-15, 8,-11, -1, -7, -3, -1, 10, -5, 1,-11,-24,-12, -3; /M: SY='P'; M= 1, -1,-24, -3, 4,-19,-13, -9,-16, -1,-18,-13, 3, 5, -1, -5, 1, -4,-17,-28,-17, 0; /M: SY='E'; M= -5, 4,-26, 9, 19,-25,-17, -5,-20, 3,-18,-11, -2, -2, 10, -2, 0, -5,-18,-27,-14, 14; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='Q'; M=-12,-13,-27,-15, -6,-14,-26, -3, 2, -6, 4, 5, -9,-19, 7, 2,-12, -8, -5,-22, -4, -2; /M: SY='Q'; M= -5, 0,-25, 0, 11,-22,-14, 0,-18, 3,-16, -7, 1,-13, 17, 0, -1, -7,-18,-24,-11, 14; /M: SY='Q'; M= 1,-10,-22,-13, 0,-17,-20,-12, -4, -4, -2, 0, -9,-14, 7, -6, -3, 0, -6,-23,-10, 3; /M: SY='I'; M=-10,-29,-26,-36,-26, 3,-35,-24, 38,-28, 29, 24,-23,-23,-18,-25,-23,-10, 22,-20, 0,-25; /M: SY='L'; M= -8,-23,-21,-25,-16, 1,-28,-19, 16,-20, 26, 14,-21,-24,-14,-14,-18, -6, 11,-23, -4,-16; /M: SY='E'; M= -8, 9,-27, 13, 25,-31,-15, 7,-25, 7,-22,-11, 5, -8, 22, 2, 3, -7,-25,-29,-14, 23; /M: SY='M'; M=-10,-18,-25,-19, -8, -2,-23, -5, 0, -6, 11, 13,-17,-22, -2, 0,-18,-10, -5, -8, 8, -6; /M: SY='L'; M= -7,-30,-19,-31,-24, 6,-31,-24, 27,-27, 35, 17,-29,-29,-23,-21,-23, -7, 23,-23, -3,-24; /M: SY='A'; M= 5, -5,-21, -9, -5,-17,-12,-11,-12, -1,-12, -8, -2,-16, 0, 0, 0, -4, -9,-15,-11, -3; /M: SY='Q'; M= -4, 6,-25, 6, 17,-29,-16, -2,-21, 8,-20,-10, 5,-10, 21, 4, 2, -4,-21,-26,-14, 19; /M: SY='Q'; M=-12, -1,-28, 2, 9,-25,-14, 13,-24, 4,-19, -9, 1, -9, 17, 10, -3, -9,-24,-24, -6, 11; /M: SY='G'; M= -6, -3,-28, -3, -6,-27, 28,-11,-34, -2,-26,-17, 4,-17, -5, 5, 0,-11,-26,-23,-22, -7; /M: SY='T'; M= -8, -9,-21,-12, -4, -2,-23, -5, -8, -3, -8, -4, -7,-17, -4, -5, -2, 4, -5,-18, 2, -4; /M: SY='V'; M= -1,-28,-12,-31,-26, 1,-28,-26, 21,-23, 18, 11,-27,-27,-23,-21,-16, -6, 26,-17, -6,-25; /M: SY='S'; M= 4, -2,-15, -5, -3,-18,-10, -3,-17, -8,-19,-13, 4, -7, -1, -7, 20, 17,-10,-33,-13, -3; /M: SY='V'; M= -4,-26,-18,-29,-25, 0,-26,-26, 25,-23, 17, 11,-23,-25,-23,-21,-13, 0, 28,-25, -7,-25; /M: SY='E'; M= -7, 8,-26, 10, 17,-28, -9, -5,-25, 9,-22,-15, 6,-10, 9, 4, 1, -5,-22,-28,-17, 13; /M: SY='E'; M= -8, 13,-27, 18, 28,-26,-16, -1,-27, 9,-21,-17, 6, -8, 13, 2, -1, -9,-25,-28,-15, 21; /M: SY='L'; M= -1,-27,-18,-29,-20, 4,-26,-20, 17,-25, 36, 17,-26,-26,-18,-20,-22, -8, 12,-21, -4,-19; /M: SY='A'; M= 24,-13, -5,-19,-14,-14,-10,-20, -2,-13, -8, -4,-11,-15,-12,-18, 9, 6, 7,-27,-16,-13; /M: SY='E'; M= 1, 7,-25, 7, 13,-28, -5, -6,-22, 2,-20,-14, 4,-10, 9, -5, 2, -6,-20,-26,-18, 11; /M: SY='L'; M=-10,-17,-24,-18, -6, -5,-25, -3, 0, -6, 5, 5,-14,-21, -2, 4,-14, -9, -1,-20, -1, -6; /M: SY='F'; M=-14,-28,-16,-33,-24, 39,-29,-18, 8,-28, 26, 10,-24,-29,-27,-19,-23, -8, 4, -7, 15,-24; /M: SY='G'; M= -3, 8,-27, 9, -2,-31, 21, -9,-32, -2,-27,-18, 8,-15, -1, -7, 2,-11,-26,-26,-22, -1; /M: SY='V'; M= -1,-24,-14,-27,-25, -1,-29,-25, 23,-19, 7, 7,-22,-25,-23,-19, -6, 6, 33,-25, -3,-25; /M: SY='S'; M= 11, -1,-10, -3, -2,-18, -3,-12,-18,-10,-26,-18, 7,-10, -2,-11, 35, 24, -8,-37,-18, -2; /M: SY='E'; M= -9, 0,-27, 5, 16,-24,-17, -3,-21, 3,-18,-13, -4, 2, 2, -2, -2, -3,-16,-29,-15, 8; /M: SY='M'; M= 1, -8,-20,-12, 0,-16,-16, -7, -6, 0, -6, 6, -6,-15, 3, 2, -2, -3, -4,-25,-12, 1; /M: SY='T'; M= 0, 0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10, 0,-10,-10,-10, 20, 50, 0,-30,-10,-10; /M: SY='I'; M= 1,-28,-19,-33,-27, -2,-31,-28, 34,-24, 14, 13,-23,-23,-23,-24,-13, -5, 33,-24, -6,-27; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='R'; M=-15, -6,-29, -7, 2,-22,-19, -2,-29, 30,-22,-10, 2,-18, 11, 56, -8, -9,-20,-21,-11, 3; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-34,-25, 14,-33,-23, 27,-30, 35, 17,-26,-27,-23,-23,-25,-10, 17,-17, 3,-25; /M: SY='B'; M= -4, 17,-23, 14, 8,-26,-10, -1,-22, 3,-22,-15, 17,-14, 8, 4, 4, -3,-20,-31,-17, 8; /M: SY='K'; M= -7, -1,-26, -2, 9,-14,-19, -6,-17, 11,-15, -7, -2,-12, 4, 5, -5, -4,-15,-19, -4, 6; /M: SY='L'; M=-11,-24,-22,-27,-18, 5,-28,-14, 17,-24, 36, 17,-21,-27,-16,-15,-25,-10, 7,-21, -1,-18; /M: SY='E'; M= -2, 2,-24, 5, 21,-23,-16, -3,-19, 0,-15,-13, -1, -5, 6, -3, 2, -3,-17,-29,-16, 13; /M: SY='E'; M= -4, 10,-24, 10, 17,-26, -6, 1,-24, 3,-21,-13, 9,-10, 8, -3, 4, -5,-23,-30,-16, 12; /M: SY='Q'; M= -7, -2,-19, 0, 6,-22,-19, -2,-16, 0, -9, -6, -5,-12, 11, -3, -6, -8,-17,-24, -8, 8; /I: I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='G'; M= -2,-10,-27, -9,-14,-25, 44,-17,-31,-12,-23,-15, -2,-11,-14,-14, -2,-15,-24,-20,-24,-14; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='L'; M= -1,-13,-20,-14,-11, -4,-15,-13, -2, -7, 4, 0,-13,-19,-11, -9,-11, -5, 0,-15, 0,-12; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='L'; M= -6,-22,-19,-23,-18, 0,-26,-19, 18,-22, 23, 14,-22,-18,-17,-19,-18, -7, 14,-21, -5,-18; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='V'; M= -9,-14,-21,-17, -9, -5,-26,-10, 2, -9, 2, 1,-11,-19,-10, -4, -7, 3, 5,-24, -4,-11; /M: SY='R'; M=-15,-11,-28,-12, -3,-17,-17, -4,-20, 18,-15, -7, -4,-20, 6, 41, -9, -9,-14,-19, -6, -2; /M: SY='T'; M= 0,-13,-18,-18,-15, -3,-16,-10, -1,-12, -4, -2,-10,-20,-11,-11, -2, 6, 4,-17, 3,-14; /M: SY='H'; M=-14, -8,-25, -9, -8, -2,-21, 45,-16,-11,-10, -2, -2,-22, -1, -3, -6, -8,-17,-16, 23, -8; /M: SY='G'; M= -1, -7,-30, -8,-18,-30, 63,-18,-39,-16,-30,-20, 3,-20,-18,-17, 0,-19,-30,-21,-29,-18; /M: SY='G'; M= -4, -9,-20,-11,-19,-22, 49,-16,-35,-18,-26,-18, 0,-22,-19,-16, -2,-17,-26,-19,-21,-19; /M: SY='A'; M= 25,-13, -7,-19,-11,-14,-11,-13, -5,-13, -5, -6,-13,-17,-12,-18, 2, -2, 4,-23,-12,-12; /M: M= -4, -7,-23, -6, -4,-18,-15, -9, -4, -8, -7, -3, -8,-17, -3, -9, -5, -6, 0,-26,-11, -4; /M: SY='Y'; M= -4,-14,-21,-14, -8, -4,-15,-10, -6, -9, -5, -4,-10,-15, -7, -8, -2, -3, -4,-18, 1, -8; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 85 in 85 different sequences |
| Number of true positive hits | 85 in 85 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 2 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 97.70 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | PS_Langendijk_Genevaux |
| Taxonomic range [info] | Archaea, Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | HTH deoR-type |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
85 sequences
ACCR_AGRFC (P32104 ), AGAR_ECO57 (P0ACK4 ), AGAR_ECOL6 (P0ACK3 ), AGAR_ECOLI (P0ACK2 ), CSQR_ECOLI (P32144 ), DEOR_ECO57 (P0ACK7 ), DEOR_ECOL6 (P0ACK6 ), DEOR_ECOLI (P0ACK5 ), FRUR_BACSU (O31713 ), FUCR_ECOLI (P0ACK8 ), FUCR_HAEIN (P44780 ), FUCR_SHIFL (P0ACK9 ), GATR_ECOLI (P36930 ), GLCR_BACSU (P94591 ), GLPR_ECOLI (P0ACL0 ), GLPR_HAEIN (P44784 ), GLPR_HALVD (D4GYE7 ), GLPR_PSEAE (Q51391 ), GLPR_SHIFL (P0ACL1 ), GOLR_LISIN (Q92ET8 ), IOLR_BACSU (P46337 ), LACR_LACLL (P18816 ), LACR_STAA8 (P0A0Q0 ), LACR_STAAC (Q5HE08 ), LACR_STAAM (P67743 ), LACR_STAAN (P67744 ), LACR_STAAR (Q6GEN3 ), LACR_STAAS (Q6G7B8 ), LACR_STAAW (P0A0P9 ), LACR_STAEQ (Q5HM34 ), LACR_STAES (Q8CRJ1 ), LACR_STRMU (P26422 ), SGCR_ECOLI (P39361 ), SRLR_ECOLI (P15082 ), ULAR_ECO24 (A7ZV62 ), ULAR_ECO27 (B7UQK0 ), ULAR_ECO45 (B7MLJ6 ), ULAR_ECO55 (B7LC45 ), ULAR_ECO57 (P0A9W2 ), ULAR_ECO5E (B5Z2J7 ), ULAR_ECO7I (B7NTP7 ), ULAR_ECO81 (B7MSL0 ), ULAR_ECO8A (B7M8V1 ), ULAR_ECOBW (C4ZR68 ), ULAR_ECODH (B1XDU2 ), ULAR_ECOHS (A8A7T7 ), ULAR_ECOK1 (A1AJ96 ), ULAR_ECOL5 (Q0T9K2 ), ULAR_ECOL6 (P0A9W1 ), ULAR_ECOLC (B1IT15 ), ULAR_ECOLI (P0A9W0 ), ULAR_ECOLU (B7NGC5 ), ULAR_ECOSE (B6I296 ), ULAR_ECOSM (B1LQL1 ), ULAR_ECOUT (Q1R369 ), ULAR_SALA4 (B5F3A7 ), ULAR_SALAR (A9MFM3 ), ULAR_SALCH (Q57GK1 ), ULAR_SALDC (B5FS93 ), ULAR_SALEP (B5R0Q8 ), ULAR_SALHS (B4TFC5 ), ULAR_SALNS (B4T3E2 ), ULAR_SALPA (Q5PJ50 ), ULAR_SALPB (A9N507 ), ULAR_SALPC (C0Q6E8 ), ULAR_SALPK (B5BKJ9 ), ULAR_SALSV (B4TSH1 ), ULAR_SALTI (Q8XG96 ), ULAR_SALTY (Q7CP93 ), ULAR_SHIB3 (B2TY64 ), ULAR_SHIBS (Q31TC2 ), ULAR_SHIDS (Q328K6 ), ULAR_SHIF8 (Q0SX94 ), ULAR_SHIFL (Q83P30 ), ULAR_SHISS (Q3YUF6 ), Y1009_HAEIN (P44978 ), Y1102_STAES (Q8CSL5 ), YCIT_ECOLI (P76034 ), YCNK_BACSU (P94433 ), YDJF_ECOLI (P77721 ), YFJR_ECOLI (P52133 ), YGBI_ECOLI (P52598 ), YOBV_BACSU (O34920 ), YTZE_BACSU (O32067 ), YULB_BACSU (O05261 )» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
2 sequences
CCPN_BACSU (O34994 ), SP3D_BACSU (P15281 ) |
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission