Due to maintenance work, this service will be unavailable from
Mon Nov 11 17:30 until
Tue Nov 12 09:00
CET.
Apologies for the inconvenience.
PROSITE entry PS51042
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | CUT |
| Accession [info] | PS51042 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-NOV-2004 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51042 |
| Associated ProRule [info] | PRU00374 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | CUT domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=88; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=83; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.9848237; R2=0.0174026; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5883.5385742; R2=6.7435899; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=346; H_SCORE=8217; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=202; H_SCORE=7246; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-100; I=-100; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='N'; M= -6, 15,-25, 9, 4,-24, -6, -2,-14, -4,-19,-12, 20,-15, 6, -7, 2, -6,-19,-30,-17, 4; /M: M= -5, -3,-25, -3, -3,-13, -1,-10,-17, -8,-14, -6, -3,-16, -3, -6, -2, -9,-14,-22,-11, -4; /M: SY='Q'; M= -2, 10,-24, 10, 9,-30,-13, -2,-21, 5,-19,-10, 6,-12, 18, 0, 2, -6,-21,-27,-14, 14; /M: SY='V'; M= -3,-17,-20,-17,-13, -7,-22,-17, 4,-11, -4, -2,-14, -8,-13,-13, -1, 3, 7,-24, -5,-14; /M: SY='S'; M= -1, -1,-22, 0, 1,-18, -1,-10,-21, -3,-16,-13, -1,-14, -4, -8, 5, 2,-15,-23, -9, -2; /M: SY='B'; M= -5, 15,-24, 13, 5,-26, 0, -4,-24, 1,-22,-13, 13,-13, 3, -5, 2, -4,-21,-29,-18, 4; /M: SY='N'; M= -9, 9,-24, 6, 2,-15, -1, -1,-17, -7,-13, -8, 13,-18, -3, -8, -1, -7,-19,-26, -9, -1; /M: SY='E'; M= -6, 0, -8, 2, 20,-25,-19, -9,-24, 1,-20,-16, -3, -3, 7, -4, 5, 4,-19,-32,-18, 13; /I: I=-30; MD=-32; /M: SY='E'; M= 1, 1,-22, 2, 13,-19,-15, -8, -8, -5, -9, -3, -4, -9, 2,-10, 0, -5, -8,-25,-13, 7; D=-30; /I: I=-30; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='L'; M=-10,-15,-23,-18, -8, -3,-25,-13, 8,-13, 22, 12,-12,-23,-10,-11,-19, -9, 0,-23, -5, -9; /M: SY='D'; M=-15, 25,-26, 30, 3,-25,-15, -4,-14, -6,-15, -9, 13,-15, -5,-12, -4, -8,-12,-35,-15, -2; /M: SY='T'; M= -1, 1,-12, -8, -9, -3,-14,-14,-12,-11,-14,-12, 7,-13,-10,-10, 19, 31, -6,-29, -9, -9; /M: SY='Q'; M= 4, -8,-20,-10, 2,-17,-17, -8, -9, -2, -9, -4, -8,-14, 8, -5, 1, 0, -6,-21, -7, 4; /M: SY='E'; M= -9, -4,-26, -2, 15,-13,-14, 1,-21, 2,-14, -9, -3,-12, 6, -1, -3, -8,-19,-23, -8, 11; /M: SY='I'; M=-10,-30,-26,-38,-29, 10,-37,-28, 40,-29, 21, 17,-22,-23,-23,-27,-20, -9, 27,-17, 3,-29; /M: SY='A'; M= 14,-14,-14,-18,-15, -5,-14,-12, -1,-12, -7, -5,-12,-18,-13,-15, 6, 5, 7,-17, 3,-15; /M: SY='R'; M=-10, 4,-26, 8, 13,-27,-15, 8,-27, 10,-24,-13, 5,-12, 16, 17, 5, -5,-23,-29,-12, 13; /M: SY='R'; M=-15, -2,-29, -4, 5,-19,-18, 5,-26, 12,-20,-12, 4,-17, 9, 30, -6, -6,-23,-11, -7, 5; /M: SY='V'; M= -6,-26,-10,-30,-26, -5,-33,-28, 26,-17, 7, 9,-22,-25,-22,-19,-14, -6, 30,-27, -8,-26; /M: SY='R'; M=-12, -6,-27, -6, 4,-23,-21, -7,-23, 28,-17, -6, -3,-15, 11, 31, -8, -5,-17,-21, -9, 6; /M: SY='E'; M=-13, 12,-28, 20, 32,-29,-18, 11,-29, 6,-21,-16, 5, -7, 17, 4, 0, -6,-27,-30,-13, 23; /M: SY='E'; M= -9,-13,-23,-11, 8, -6,-27,-14, 2,-10, 4, 0,-15,-16, -3,-12,-11, -8, 2,-23, -8, 2; /M: SY='L'; M=-10,-24,-21,-24,-11, 4,-27,-14, 14,-22, 37, 23,-25,-25,-12,-16,-25,-10, 6,-21, -2,-11; /M: SY='K'; M= -7, -6,-25, -9, 3,-18,-23,-15, -6, 10,-13, -5, -4,-11, 0, 1, -2, 2, -5,-25,-10, 0; /M: SY='R'; M= -5, -3,-23, 0, 10,-21,-17, -8,-18, 9,-17,-11, -3,-14, 2, 15, 0, -4, -9,-28,-15, 5; /M: SY='H'; M= -3, 1,-25, -4, -2,-15,-15, 30,-19, 0,-18, -6, 7,-18, 6, -1, -4, -9,-20,-18, 9, 0; /M: SY='N'; M= -4, 6,-11, 0, -6,-24, 8, -9,-27, -4,-29,-19, 15, -7, -7, -8, 6, -4,-24,-33,-23, -7; /M: SY='I'; M= -9,-29,-26,-37,-28, 1,-36,-26, 42,-27, 21, 23,-22,-22,-19,-26,-20, -9, 29,-21, -1,-27; /M: SY='G'; M= 1, -2,-22, -2, -6,-25, 17,-12,-26,-12,-30,-20, 8, 3, -8,-14, 16, 1,-22,-32,-25, -8; /M: SY='Q'; M=-10, -3,-31, -1, 17,-39,-20, 6,-20, 7,-21, -3, -3, 4, 50, 6, -1,-10,-30,-21,-13, 33; /M: SY='R'; M= 8, -9,-20,-14, -5,-19,-13,-10,-20, 11,-15,-10, -4,-15, 0, 28, 1, 0,-10,-21,-14, -5; /M: SY='I'; M= -6,-17,-19,-21,-16, -4,-25,-17, 15,-19, 14, 8,-12,-24,-11,-16,-11, -4, 12,-26, -7,-15; /M: SY='F'; M=-19,-30,-20,-39,-29, 74,-30,-20, 2,-30, 14, 2,-21,-30,-38,-20,-21,-10, 1, 7, 27,-29; /M: SY='A'; M= 32,-10,-17,-16,-14,-24, 25,-20,-21,-14,-17,-14, -6,-14,-14,-20, 6, -7,-11,-20,-24,-14; /M: SY='E'; M=-12, 6,-28, 11, 20,-28,-20, 3,-25, 17,-21,-12, 1,-11, 12, 12, -5,-10,-19,-27,-12, 15; /M: SY='H'; M=-11,-11,-23,-10, -3, -8,-24, 12, -8, -1, -9, -2, -9,-20, -4, 1, -8, -5, -2,-19, 8, -5; /M: SY='V'; M= 4,-25,-18,-29,-25, 0,-27,-21, 23,-19, 7, 7,-22,-23,-21,-21,-10, -4, 27,-17, 3,-25; /M: SY='L'; M= -4,-27,-19,-30,-20, 12,-26,-19, 15,-26, 38, 18,-26,-27,-19,-19,-24, -9, 8,-17, 0,-19; /M: SY='G'; M= -5, 11,-12, 1,-12,-23, 23, -9,-28,-12,-27,-19, 23,-20,-12,-12, 6, -3,-25,-32,-24,-12; /I: I=-26; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='R'; M=-14,-16, -6,-17, -8,-13,-24,-12,-15, 7, 0, -2,-12,-24, -5, 21,-16,-10, -9,-24,-10, -8; /M: SY='S'; M= 7, 0,-10, -3, -3,-17, -5,-13,-17,-10,-25,-17, 7,-10, -3,-10, 35, 28, -7,-37,-17, -3; /M: SY='Q'; M=-10, -3,-31, -1, 17,-39,-20, 6,-20, 7,-21, -3, -3, 4, 50, 6, -1,-10,-30,-21,-13, 33; /M: SY='G'; M= 0, -9,-27,-10,-19,-27, 57,-20,-36,-19,-27,-19, 0,-19,-19,-19, 3,-10,-26,-21,-27,-19; /M: SY='T'; M= 0,-10,-17,-14,-10, -9,-13,-14, -9,-13,-10, -3, -6,-15, -6,-12, 12, 15, -5,-12, -7, -8; /M: SY='L'; M= -7,-29, 3,-30,-24, 3,-30,-24, 16,-27, 28, 11,-29,-31,-24,-21,-21, -7, 20,-27, -7,-24; /M: SY='S'; M= 13, -4, 5, -6, -5,-20, -3,-14,-20,-12,-26,-19, 4,-13, -5,-14, 30, 14, -9,-38,-21, -5; /M: SY='D'; M=-15, 28,-30, 43, 42,-35,-15, 0,-35, 5,-25,-25, 9, -5, 11, -5, 0,-10,-30,-35,-20, 26; /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22, 8,-32,-22, 25,-30, 45, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 13,-20, 0,-22; /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20, 9,-29,-17, 20,-27, 46, 26,-29,-29,-17,-19,-29,-10, 10,-20, 0,-19; /M: SY='R'; M= 3, -6,-21,-12, -6,-17,-13, -9,-12, 3,-15, -9, 3,-16, -1, 16, 3, -2, -8,-25,-14, -6; /M: SY='R'; M=-16, -5,-31, -7, 0,-20,-18, 5,-28, 24,-24,-11, 1,-18, 6, 33,-12,-13,-23, -4, -3, 1; /M: SY='P'; M= -9,-12,-34, -6, 5,-27,-20,-17,-21, -2,-26,-17,-13, 57, -5,-11, -5, -2,-25,-29,-24, -4; /M: SY='K'; M=-11, 1,-30, 3, 19,-29,-20, -7,-30, 41,-27,-12, 0, -9, 12, 27, -8,-10,-22,-22,-12, 15; /M: SY='P'; M=-12, -3,-35, 7, 3,-30,-18, -7,-24, -8,-28,-20, -8, 54, -7,-16, -5, -6,-27,-32,-23, -5; /M: SY='W'; M=-18,-35,-44,-34,-24, 12,-21,-27,-17,-19,-18,-17,-33, -6,-21,-20,-31,-23,-26, 95, 18,-19; /M: SY='D'; M= -6, 12,-22, 13, 5,-28, -3, 2,-26, 0,-26,-16, 12,-12, 7, -3, 12, 2,-21,-32,-15, 6; /M: SY='K'; M= -2,-10,-26,-12, -2,-20,-21,-15,-10, 10,-10, -3, -9, -2, 1, 1, -8, -4, -9,-22,-11, -1; /M: SY='L'; M= -1,-19,-18,-19, -8, -3,-21,-16, 7,-18, 19, 10,-18,-21,-11,-15,-10, -4, 6,-25, -8,-10; /M: SY='T'; M= -3, 3,-17, -2, -1,-19,-12, -9,-20, 7,-22,-14, 9,-13, 0, 9, 15, 18,-12,-31,-14, -1; /I: I=-30; MD=-32; /M: SY='Q'; M= -8, -4,-21, 0, 6,-18,-15, -5,-12, 1,-10, -6, -5, 4, 8, 3, -5, -6,-12,-19,-11, 6; D=-30; /I: I=-30; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='K'; M= -5, 1,-20, -5, -2,-18,-15, -9,-17, 12,-19, -5, 5,-13, 1, 9, 7, 11,-11,-28,-11, -1; /M: SY='G'; M= -3,-11,-28,-10, -9,-22, 38,-17,-27,-18,-13,-12, -6,-19,-14,-17, -6,-17,-22,-21,-23,-12; /M: SY='R'; M=-17,-13,-31,-13, -3,-16,-21, -7,-25, 24,-16, -9, -7,-20, 4, 44,-15,-12,-19, -1, -5, -2; /M: SY='E'; M= -7, 1,-23, 7, 21,-22,-13,-11,-16, -2,-14,-13, -5,-10, 0, -8, 0, -2, -9,-30,-18, 11; /M: SY='P'; M= -1, -3,-20, -9, -9,-16,-14,-12, -6, -9,-14, -3, 1, 7, -8,-12, 3, 7, -6,-31,-17, -9; /M: SY='F'; M=-18,-27,-23,-31,-25, 49,-30, -7, 4,-23, 15, 4,-22,-30,-26,-17,-22,-10, -1, 11, 41,-25; /M: SY='R'; M=-12,-12,-25,-14, -5, -7,-22, 1,-12, 2,-12, -3, -5,-19, 7, 17, -5, -7,-10,-19, -3, -1; /M: SY='R'; M=-11,-10,-27,-12, -2,-19,-18, -3,-23, 25,-16, -2, -3,-18, 7, 47, -9, -9,-15,-20,-10, 0; /M: SY='M'; M=-10,-22,-22,-32,-22, 0,-24, -6, 26,-14, 20, 53,-20,-20, -4,-14,-20,-10, 14,-20, 0,-14; /M: SY='R'; M=-11,-11,-29,-14, -3, -8,-20, 5,-19, 6,-15, -6, -7,-19, 11, 16,-10,-12,-19, 0, 6, 3; /M: SY='N'; M= -5, 10,-23, 0, -3,-18, -5, -2,-16, 1,-14,-10, 20,-19, 1, 5, -1, -6,-19,-29,-15, -2; /M: SY='W'; M=-20,-35,-35,-40,-30, 45,-25,-25,-10,-25, -5,-10,-30,-30,-30,-20,-30,-20,-15, 81, 30,-25; /M: SY='L'; M= -5,-27,-20,-30,-20, 6,-27,-19, 20,-27, 40, 21,-27,-27,-17,-20,-25, -9, 11,-20, -2,-19; /M: SY='N'; M= -7, 16,-10, 16, 11,-28,-10, -1,-25, -2,-26,-18, 17,-13, 10, -5, 12, 0,-23,-36,-19, 10; /M: SY='D'; M=-15, 16,-26, 26, 7,-20,-18, -6,-15, -9, -1, -5, 0,-16, -4,-12,-11,-10,-14,-31,-12, 2; /M: SY='P'; M= -9, 1,-31, 11, 7,-29,-16,-13,-21, -7,-26,-20, -6, 37, -6,-15, -1, -6,-21,-34,-24, -2; /M: SY='E'; M= -7, 9,-27, 11, 30,-29,-14, 0,-24, 4,-24,-16, 9, 2, 19, -1, 6, -4,-27,-31,-19, 24; /M: SY='A'; M= 6, 2,-20, 0, 0,-14,-10,-11,-15, -8,-17,-14, 3, -3, -8,-13, 6, -1,-10,-28,-16, -4; /M: SY='I'; M= -4, -9,-23, -9, -1,-15,-25,-17, 9,-11, -2, 0,-12,-16, -5,-15, -7, -7, 9,-27,-11, -4; /M: SY='R'; M=-10, -8,-28, -6, 1,-20,-18, -6,-20, 10,-13, -6, -6, -2, 2, 26, -9, -9,-16,-24,-13, -1; /M: SY='B'; M= -2, 7,-23, 7, 3,-19,-13, -6,-15, 0, -8, -6, 4,-15, -2, -1, -5, -7,-13,-28,-14, 0; /M: SY='L'; M= 2,-10,-20,-10, -2,-10,-18,-14, -4,-12, 11, -1,-13,-18, -8, -9, -9, -6, -4,-24,-10, -5; /M: SY='I'; M= -7,-16,-16,-21,-17,-10,-28,-20, 14,-14, 6, 8,-14,-20,-12,-13,-14, -9, 9,-24, -7,-17; /M: SY='Y'; M=-10, -5,-13, -3, -7, -9,-18, -7,-18, -5,-16,-13, -7,-21, -7, -8, -4, -5,-15, -1, 7, -8; /M: SY='K'; M=-13, -6,-27, -6, 3,-11,-23, -9,-10, 7, -4, 0, -8,-16, 2, 5,-13,-10,-11,-20, -5, 3; /M: SY='Q'; M= -9, -4,-26, -3, 7,-19,-21, -7, -7, 1, -3, 3, -7,-14, 10, -2, -8, -8,-11,-25, -9, 8; /M: SY='E'; M= -6, 4,-30, 10, 23,-31,-11, -6,-28, 7,-23,-17, -2, 8, 10, 1, -2,-10,-26,-27,-20, 15; /M: SY='R'; M= -5, -8,-25, -7, 6,-19,-17, -8,-17, 10,-12, -5, -6, -5, 3, 14, -4, -6,-14,-25,-13, 3; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 43 in 23 different sequences |
| Number of true positive hits | 43 in 23 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 3 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | V_Lesaux |
| Feature key [info] | DNA_BIND |
| Feature description [info] | CUT |
| Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
23 sequences
CUT_CAEEL (Q9BL02), CUT_DROME (P10180), CUX1_CANLF (P39881), CUX1_HUMAN (P39880), CUX1_MOUSE (P53564), CUX1_RAT(P53565), CUX2_HUMAN (O14529), CUX2_MOUSE (P70298), HM21_CAEEL (Q22811), HM38_CAEEL (Q19720), HM39_CAEEL (Q22812), HNF6_HUMAN (Q9UBC0), HNF6_MOUSE (O08755), HNF6_RAT(P70512), ONEC2_HUMAN (O95948), ONEC2_MOUSE (Q6XBJ3), ONEC3_HUMAN (O60422), ONEC3_MOUSE (Q8K557), ONEC_DROME (Q9NJB5), SATB1_HUMAN (Q01826), SATB1_MOUSE (Q60611), SATB2_HUMAN (Q9UPW6), SATB2_MOUSE (Q8VI24)» more
|
| PDB [Detailed view] |
11 PDB
1S7E; 1WH6; 1WH8; 1WIZ; 1X2L; 1YSE; 2CSF; 2D5V; 2O49; 2O4A; 6LFF |