We are deeply saddened by the passing of Amos Bairoch (1957–2025), the creator of PROSITE. We wish to dedicate our latest paper, published shortly before his death, to him. He will always be a source of inspiration to us.
Our deepest condolences go out to his family and friends, and to all those who had the privilege of working with him. Rest in peace, Amos. Your work will live on long after you are gone.

PROSITE entry PS51042

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51042

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	CUT
Accession [info]	PS51042
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-2004 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51042
Associated ProRule [info]	PRU00374

Name and characterization of the entry

Description [info]

CUT domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=88;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=83;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.9848237; R2=0.0174026; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5883.5385742; R2=6.7435899; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=346; H_SCORE=8217; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=202; H_SCORE=7246; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-100; I=-100; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N';  M= -6, 15,-25,  9,  4,-24, -6, -2,-14, -4,-19,-12, 20,-15,  6, -7,  2, -6,-19,-30,-17,  4;
/M:         M= -5, -3,-25, -3, -3,-13, -1,-10,-17, -8,-14, -6, -3,-16, -3, -6, -2, -9,-14,-22,-11, -4;
/M: SY='Q';  M= -2, 10,-24, 10,  9,-30,-13, -2,-21,  5,-19,-10,  6,-12, 18,  0,  2, -6,-21,-27,-14, 14;
/M: SY='V';  M= -3,-17,-20,-17,-13, -7,-22,-17,  4,-11, -4, -2,-14, -8,-13,-13, -1,  3,  7,-24, -5,-14;
/M: SY='S';  M= -1, -1,-22,  0,  1,-18, -1,-10,-21, -3,-16,-13, -1,-14, -4, -8,  5,  2,-15,-23, -9, -2;
/M: SY='B';  M= -5, 15,-24, 13,  5,-26,  0, -4,-24,  1,-22,-13, 13,-13,  3, -5,  2, -4,-21,-29,-18,  4;
/M: SY='N';  M= -9,  9,-24,  6,  2,-15, -1, -1,-17, -7,-13, -8, 13,-18, -3, -8, -1, -7,-19,-26, -9, -1;
/M: SY='E';  M= -6,  0, -8,  2, 20,-25,-19, -9,-24,  1,-20,-16, -3, -3,  7, -4,  5,  4,-19,-32,-18, 13;
/I:         I=-30; MD=-32;
/M: SY='E';  M=  1,  1,-22,  2, 13,-19,-15, -8, -8, -5, -9, -3, -4, -9,  2,-10,  0, -5, -8,-25,-13,  7; D=-30;
/I:         I=-30; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L';  M=-10,-15,-23,-18, -8, -3,-25,-13,  8,-13, 22, 12,-12,-23,-10,-11,-19, -9,  0,-23, -5, -9;
/M: SY='D';  M=-15, 25,-26, 30,  3,-25,-15, -4,-14, -6,-15, -9, 13,-15, -5,-12, -4, -8,-12,-35,-15, -2;
/M: SY='T';  M= -1,  1,-12, -8, -9, -3,-14,-14,-12,-11,-14,-12,  7,-13,-10,-10, 19, 31, -6,-29, -9, -9;
/M: SY='Q';  M=  4, -8,-20,-10,  2,-17,-17, -8, -9, -2, -9, -4, -8,-14,  8, -5,  1,  0, -6,-21, -7,  4;
/M: SY='E';  M= -9, -4,-26, -2, 15,-13,-14,  1,-21,  2,-14, -9, -3,-12,  6, -1, -3, -8,-19,-23, -8, 11;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-26,-38,-29, 10,-37,-28, 40,-29, 21, 17,-22,-23,-23,-27,-20, -9, 27,-17,  3,-29;
/M: SY='A';  M= 14,-14,-14,-18,-15, -5,-14,-12, -1,-12, -7, -5,-12,-18,-13,-15,  6,  5,  7,-17,  3,-15;
/M: SY='R';  M=-10,  4,-26,  8, 13,-27,-15,  8,-27, 10,-24,-13,  5,-12, 16, 17,  5, -5,-23,-29,-12, 13;
/M: SY='R';  M=-15, -2,-29, -4,  5,-19,-18,  5,-26, 12,-20,-12,  4,-17,  9, 30, -6, -6,-23,-11, -7,  5;
/M: SY='V';  M= -6,-26,-10,-30,-26, -5,-33,-28, 26,-17,  7,  9,-22,-25,-22,-19,-14, -6, 30,-27, -8,-26;
/M: SY='R';  M=-12, -6,-27, -6,  4,-23,-21, -7,-23, 28,-17, -6, -3,-15, 11, 31, -8, -5,-17,-21, -9,  6;
/M: SY='E';  M=-13, 12,-28, 20, 32,-29,-18, 11,-29,  6,-21,-16,  5, -7, 17,  4,  0, -6,-27,-30,-13, 23;
/M: SY='E';  M= -9,-13,-23,-11,  8, -6,-27,-14,  2,-10,  4,  0,-15,-16, -3,-12,-11, -8,  2,-23, -8,  2;
/M: SY='L';  M=-10,-24,-21,-24,-11,  4,-27,-14, 14,-22, 37, 23,-25,-25,-12,-16,-25,-10,  6,-21, -2,-11;
/M: SY='K';  M= -7, -6,-25, -9,  3,-18,-23,-15, -6, 10,-13, -5, -4,-11,  0,  1, -2,  2, -5,-25,-10,  0;
/M: SY='R';  M= -5, -3,-23,  0, 10,-21,-17, -8,-18,  9,-17,-11, -3,-14,  2, 15,  0, -4, -9,-28,-15,  5;
/M: SY='H';  M= -3,  1,-25, -4, -2,-15,-15, 30,-19,  0,-18, -6,  7,-18,  6, -1, -4, -9,-20,-18,  9,  0;
/M: SY='N';  M= -4,  6,-11,  0, -6,-24,  8, -9,-27, -4,-29,-19, 15, -7, -7, -8,  6, -4,-24,-33,-23, -7;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-26,-37,-28,  1,-36,-26, 42,-27, 21, 23,-22,-22,-19,-26,-20, -9, 29,-21, -1,-27;
/M: SY='G';  M=  1, -2,-22, -2, -6,-25, 17,-12,-26,-12,-30,-20,  8,  3, -8,-14, 16,  1,-22,-32,-25, -8;
/M: SY='Q';  M=-10, -3,-31, -1, 17,-39,-20,  6,-20,  7,-21, -3, -3,  4, 50,  6, -1,-10,-30,-21,-13, 33;
/M: SY='R';  M=  8, -9,-20,-14, -5,-19,-13,-10,-20, 11,-15,-10, -4,-15,  0, 28,  1,  0,-10,-21,-14, -5;
/M: SY='I';  M= -6,-17,-19,-21,-16, -4,-25,-17, 15,-19, 14,  8,-12,-24,-11,-16,-11, -4, 12,-26, -7,-15;
/M: SY='F';  M=-19,-30,-20,-39,-29, 74,-30,-20,  2,-30, 14,  2,-21,-30,-38,-20,-21,-10,  1,  7, 27,-29;
/M: SY='A';  M= 32,-10,-17,-16,-14,-24, 25,-20,-21,-14,-17,-14, -6,-14,-14,-20,  6, -7,-11,-20,-24,-14;
/M: SY='E';  M=-12,  6,-28, 11, 20,-28,-20,  3,-25, 17,-21,-12,  1,-11, 12, 12, -5,-10,-19,-27,-12, 15;
/M: SY='H';  M=-11,-11,-23,-10, -3, -8,-24, 12, -8, -1, -9, -2, -9,-20, -4,  1, -8, -5, -2,-19,  8, -5;
/M: SY='V';  M=  4,-25,-18,-29,-25,  0,-27,-21, 23,-19,  7,  7,-22,-23,-21,-21,-10, -4, 27,-17,  3,-25;
/M: SY='L';  M= -4,-27,-19,-30,-20, 12,-26,-19, 15,-26, 38, 18,-26,-27,-19,-19,-24, -9,  8,-17,  0,-19;
/M: SY='G';  M= -5, 11,-12,  1,-12,-23, 23, -9,-28,-12,-27,-19, 23,-20,-12,-12,  6, -3,-25,-32,-24,-12;
/I:         I=-26; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R';  M=-14,-16, -6,-17, -8,-13,-24,-12,-15,  7,  0, -2,-12,-24, -5, 21,-16,-10, -9,-24,-10, -8;
/M: SY='S';  M=  7,  0,-10, -3, -3,-17, -5,-13,-17,-10,-25,-17,  7,-10, -3,-10, 35, 28, -7,-37,-17, -3;
/M: SY='Q';  M=-10, -3,-31, -1, 17,-39,-20,  6,-20,  7,-21, -3, -3,  4, 50,  6, -1,-10,-30,-21,-13, 33;
/M: SY='G';  M=  0, -9,-27,-10,-19,-27, 57,-20,-36,-19,-27,-19,  0,-19,-19,-19,  3,-10,-26,-21,-27,-19;
/M: SY='T';  M=  0,-10,-17,-14,-10, -9,-13,-14, -9,-13,-10, -3, -6,-15, -6,-12, 12, 15, -5,-12, -7, -8;
/M: SY='L';  M= -7,-29,  3,-30,-24,  3,-30,-24, 16,-27, 28, 11,-29,-31,-24,-21,-21, -7, 20,-27, -7,-24;
/M: SY='S';  M= 13, -4,  5, -6, -5,-20, -3,-14,-20,-12,-26,-19,  4,-13, -5,-14, 30, 14, -9,-38,-21, -5;
/M: SY='D';  M=-15, 28,-30, 43, 42,-35,-15,  0,-35,  5,-25,-25,  9, -5, 11, -5,  0,-10,-30,-35,-20, 26;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 25,-30, 45, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 13,-20,  0,-22;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-17, 20,-27, 46, 26,-29,-29,-17,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='R';  M=  3, -6,-21,-12, -6,-17,-13, -9,-12,  3,-15, -9,  3,-16, -1, 16,  3, -2, -8,-25,-14, -6;
/M: SY='R';  M=-16, -5,-31, -7,  0,-20,-18,  5,-28, 24,-24,-11,  1,-18,  6, 33,-12,-13,-23, -4, -3,  1;
/M: SY='P';  M= -9,-12,-34, -6,  5,-27,-20,-17,-21, -2,-26,-17,-13, 57, -5,-11, -5, -2,-25,-29,-24, -4;
/M: SY='K';  M=-11,  1,-30,  3, 19,-29,-20, -7,-30, 41,-27,-12,  0, -9, 12, 27, -8,-10,-22,-22,-12, 15;
/M: SY='P';  M=-12, -3,-35,  7,  3,-30,-18, -7,-24, -8,-28,-20, -8, 54, -7,-16, -5, -6,-27,-32,-23, -5;
/M: SY='W';  M=-18,-35,-44,-34,-24, 12,-21,-27,-17,-19,-18,-17,-33, -6,-21,-20,-31,-23,-26, 95, 18,-19;
/M: SY='D';  M= -6, 12,-22, 13,  5,-28, -3,  2,-26,  0,-26,-16, 12,-12,  7, -3, 12,  2,-21,-32,-15,  6;
/M: SY='K';  M= -2,-10,-26,-12, -2,-20,-21,-15,-10, 10,-10, -3, -9, -2,  1,  1, -8, -4, -9,-22,-11, -1;
/M: SY='L';  M= -1,-19,-18,-19, -8, -3,-21,-16,  7,-18, 19, 10,-18,-21,-11,-15,-10, -4,  6,-25, -8,-10;
/M: SY='T';  M= -3,  3,-17, -2, -1,-19,-12, -9,-20,  7,-22,-14,  9,-13,  0,  9, 15, 18,-12,-31,-14, -1;
/I:         I=-30; MD=-32;
/M: SY='Q';  M= -8, -4,-21,  0,  6,-18,-15, -5,-12,  1,-10, -6, -5,  4,  8,  3, -5, -6,-12,-19,-11,  6; D=-30;
/I:         I=-30; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='K';  M= -5,  1,-20, -5, -2,-18,-15, -9,-17, 12,-19, -5,  5,-13,  1,  9,  7, 11,-11,-28,-11, -1;
/M: SY='G';  M= -3,-11,-28,-10, -9,-22, 38,-17,-27,-18,-13,-12, -6,-19,-14,-17, -6,-17,-22,-21,-23,-12;
/M: SY='R';  M=-17,-13,-31,-13, -3,-16,-21, -7,-25, 24,-16, -9, -7,-20,  4, 44,-15,-12,-19, -1, -5, -2;
/M: SY='E';  M= -7,  1,-23,  7, 21,-22,-13,-11,-16, -2,-14,-13, -5,-10,  0, -8,  0, -2, -9,-30,-18, 11;
/M: SY='P';  M= -1, -3,-20, -9, -9,-16,-14,-12, -6, -9,-14, -3,  1,  7, -8,-12,  3,  7, -6,-31,-17, -9;
/M: SY='F';  M=-18,-27,-23,-31,-25, 49,-30, -7,  4,-23, 15,  4,-22,-30,-26,-17,-22,-10, -1, 11, 41,-25;
/M: SY='R';  M=-12,-12,-25,-14, -5, -7,-22,  1,-12,  2,-12, -3, -5,-19,  7, 17, -5, -7,-10,-19, -3, -1;
/M: SY='R';  M=-11,-10,-27,-12, -2,-19,-18, -3,-23, 25,-16, -2, -3,-18,  7, 47, -9, -9,-15,-20,-10,  0;
/M: SY='M';  M=-10,-22,-22,-32,-22,  0,-24, -6, 26,-14, 20, 53,-20,-20, -4,-14,-20,-10, 14,-20,  0,-14;
/M: SY='R';  M=-11,-11,-29,-14, -3, -8,-20,  5,-19,  6,-15, -6, -7,-19, 11, 16,-10,-12,-19,  0,  6,  3;
/M: SY='N';  M= -5, 10,-23,  0, -3,-18, -5, -2,-16,  1,-14,-10, 20,-19,  1,  5, -1, -6,-19,-29,-15, -2;
/M: SY='W';  M=-20,-35,-35,-40,-30, 45,-25,-25,-10,-25, -5,-10,-30,-30,-30,-20,-30,-20,-15, 81, 30,-25;
/M: SY='L';  M= -5,-27,-20,-30,-20,  6,-27,-19, 20,-27, 40, 21,-27,-27,-17,-20,-25, -9, 11,-20, -2,-19;
/M: SY='N';  M= -7, 16,-10, 16, 11,-28,-10, -1,-25, -2,-26,-18, 17,-13, 10, -5, 12,  0,-23,-36,-19, 10;
/M: SY='D';  M=-15, 16,-26, 26,  7,-20,-18, -6,-15, -9, -1, -5,  0,-16, -4,-12,-11,-10,-14,-31,-12,  2;
/M: SY='P';  M= -9,  1,-31, 11,  7,-29,-16,-13,-21, -7,-26,-20, -6, 37, -6,-15, -1, -6,-21,-34,-24, -2;
/M: SY='E';  M= -7,  9,-27, 11, 30,-29,-14,  0,-24,  4,-24,-16,  9,  2, 19, -1,  6, -4,-27,-31,-19, 24;
/M: SY='A';  M=  6,  2,-20,  0,  0,-14,-10,-11,-15, -8,-17,-14,  3, -3, -8,-13,  6, -1,-10,-28,-16, -4;
/M: SY='I';  M= -4, -9,-23, -9, -1,-15,-25,-17,  9,-11, -2,  0,-12,-16, -5,-15, -7, -7,  9,-27,-11, -4;
/M: SY='R';  M=-10, -8,-28, -6,  1,-20,-18, -6,-20, 10,-13, -6, -6, -2,  2, 26, -9, -9,-16,-24,-13, -1;
/M: SY='B';  M= -2,  7,-23,  7,  3,-19,-13, -6,-15,  0, -8, -6,  4,-15, -2, -1, -5, -7,-13,-28,-14,  0;
/M: SY='L';  M=  2,-10,-20,-10, -2,-10,-18,-14, -4,-12, 11, -1,-13,-18, -8, -9, -9, -6, -4,-24,-10, -5;
/M: SY='I';  M= -7,-16,-16,-21,-17,-10,-28,-20, 14,-14,  6,  8,-14,-20,-12,-13,-14, -9,  9,-24, -7,-17;
/M: SY='Y';  M=-10, -5,-13, -3, -7, -9,-18, -7,-18, -5,-16,-13, -7,-21, -7, -8, -4, -5,-15, -1,  7, -8;
/M: SY='K';  M=-13, -6,-27, -6,  3,-11,-23, -9,-10,  7, -4,  0, -8,-16,  2,  5,-13,-10,-11,-20, -5,  3;
/M: SY='Q';  M= -9, -4,-26, -3,  7,-19,-21, -7, -7,  1, -3,  3, -7,-14, 10, -2, -8, -8,-11,-25, -9,  8;
/M: SY='E';  M= -6,  4,-30, 10, 23,-31,-11, -6,-28,  7,-23,-17, -2,  8, 10,  1, -2,-10,-26,-27,-20, 15;
/M: SY='R';  M= -5, -8,-25, -7,  6,-19,-17, -8,-17, 10,-12, -5, -6, -5,  3, 14, -4, -6,-14,-25,-13,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_04 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	43 in 23 different sequences
Number of true positive hits	43 in 23 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	3
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	V_Lesaux
Feature key [info]	DNA_BIND
Feature description [info]	CUT
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

23 sequences

CUT_CAEEL   (Q9BL02), CUT_DROME   (P10180), CUX1_CANLF  (P39881),

CUX1_HUMAN  (P39880), CUX1_MOUSE  (P53564), CUX1_RAT(P53565), 
CUX2_HUMAN  (O14529), CUX2_MOUSE  (P70298), HM21_CAEEL  (Q22811), 
HM38_CAEEL  (Q19720), HM39_CAEEL  (Q22812), HNF6_HUMAN  (Q9UBC0), 
HNF6_MOUSE  (O08755), HNF6_RAT(P70512), ONEC2_HUMAN (O95948), 
ONEC2_MOUSE (Q6XBJ3), ONEC3_HUMAN (O60422), ONEC3_MOUSE (Q8K557), 
ONEC_DROME  (Q9NJB5), SATB1_HUMAN (Q01826), SATB1_MOUSE (Q60611), 
SATB2_HUMAN (Q9UPW6), SATB2_MOUSE (Q8VI24)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

13 PDB

pdb_00001s7e; pdb_00001wh6; pdb_00001wh8; pdb_00001wiz; pdb_00001x2l; pdb_00001yse; pdb_00002csf; pdb_00002d5v; pdb_00002o49; pdb_00002o4a; pdb_00006lff; pdb_00008t0f; pdb_00008t11
» more