PROSITE entry PS51061

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	R3H
Accession [info]	PS51061
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JAN-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51061
Associated ProRule [info]	PRU00382

Name and characterization of the entry

Description [info]

R3H domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=65;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=60;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0811083; R2=0.0214359; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2745.0908203; R2=3.1363637; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=277; H_SCORE=3614; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=160; H_SCORE=3247; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B0=-250; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M= -9,  1,-26,  2,  9,-22,-16, -6,-19, 10,-16,-10,  1,-12,  5, 13, -3, -6,-15,-26,-14,  6;
/M: SY='R';  M=-10, -1,-27,  0,  3,-20,-16, -5,-17,  9,-13, -5, -1,-13,  2, 11, -8, -9,-14,-24,-11,  1;
/M: SY='R';  M=-11,-12,-24,-15, -7,  4,-21,-11,-13, -1, -8, -5, -7,-19, -6, 11, -7, -2,-10,-10, -1, -7;
/M: SY='L';  M= -7,-14,-18,-17, -8,-10,-24,-14,  1, -6,  3,  2,-12,-20, -6, -2,-11, -5,  1,-23, -7, -8;
/M: SY='E';  M= -5, -1,-24,  1, 10,-18,-19, -7,-11, -2, -5, -6, -4,-14,  1, -4, -5, -6,-11,-26,-11,  4;
/M: SY='E';  M= -7,  4,-25,  6, 12,-23,-15, -2,-23,  8,-19,-12,  2,-11,  9,  6,  1, -1,-19,-23,-10,  9;
/M: SY='L';  M= -9,-25,-21,-28,-21,  8,-29,-19, 19,-22, 24, 16,-23,-25,-18,-18,-20, -8, 14,-16,  2,-20;
/M: SY='E';  M= -7, -3,-25,  0, 21,-20,-22, -7,-14,  5,-13,-10, -5,-10,  7,  3, -3, -6,-13,-25,-11, 13;
/M: SY='E';  M= -5,  3,-25,  3, 14,-25,-16, -4,-20, 11,-18,-10,  3,-11, 13,  8,  1, -3,-18,-26,-14, 13;
/M: SY='L';  M= -8, -9,-21, -8,  0,-11,-23,-10, -3, -6,  3,  2,-11,-18, -3, -4,-11, -8, -4,-24, -7, -2;
/M: SY='I';  M=  6,-22,-19,-27,-20, -3,-20,-21, 14,-19, 13,  9,-18,-21,-16,-18,-11, -5, 13,-21, -7,-19;
/M: SY='E';  M= -8, -6,-25, -6,  5,-15,-21, -7, -6, -3, -3, -3, -6,-16,  2, -3, -8, -7, -6,-24, -8,  2;
/M: SY='D';  M= -5, 10,-25, 12, 11,-26,-13, -4,-25, 12,-21,-14,  6,-12,  5, 10,  0, -5,-19,-28,-15,  8;
/M: SY='F';  M= -7,-26,-19,-33,-24, 34,-26,-20,  9,-25, 16,  6,-21,-26,-27,-20,-17, -7,  7, -5, 12,-24;
/M: SY='V';  M=  9,-20,-19,-25,-15, -4,-21,-19, 10,-14,  7,  5,-17,-19,-14,-14, -8, -5, 11,-19, -6,-16;
/M: SY='Q';  M= -4,  4,-25,  4,  9,-24,-14, -1,-19,  6,-17,-10,  3,-13, 10,  3, -1, -7,-17,-24,-11,  8;
/M: SY='D';  M= -5,  7,-23,  8,  5,-25,-10, -6,-22,  5,-22,-14,  7,-13,  5,  5,  7,  0,-16,-30,-16,  4;
/M: SY='S';  M=  0, -5,-18, -5, -4,-15,-16,-15, -6, -6,-13, -9, -5, -9, -9,-11,  2,  0,  2,-30,-15, -7;
/M: SY='E';  M= -5,  0,-23, -1,  4,-19,-16, -8,-13,  2,-10, -6,  1,-13,  2,  1, -2, -3,-12,-27,-13,  2;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-26,  2, 12,-25,-14, -2,-21,  9,-20,-10,  4, -6, 12,  8,  1, -5,-20,-26,-14, 11;
/M: SY='S';  M= -2, -2,-18, -4,  1,-21,-10, -8,-18, -2,-18,-11,  0,-11,  5, -2, 10,  9,-13,-28,-13,  2;
/M:         M= -6, -8,-21, -9, -8,-13,  0,-10,-15, -6,-13, -8, -4,-19, -7, -6, -3, -8,-11,-21, -8, -8;
/M: SY='E';  M=-10, -5,-24, -5,  7,-14,-21, -7,-15,  7, -9, -5, -6,-14,  5,  7, -8, -7,-13,-20, -7,  5;
/M: SY='E';  M= -8, -9,-24, -8,  1, -8,-20, -8,-13, -4,-10, -8, -8, -2, -4, -4, -4, -3,-12,-22, -7, -3;
/M: SY='F';  M=-10,-19,-23,-21,-12, 12,-26,-11,  1,-13,  2,  0,-16,-13,-15,-11,-13, -8,  1,-14,  4,-13;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='E';  M= -7, -3,-20, -2,  5,-11,-16, -1,-13,  0,-11, -7, -3, -4,  2, -3, -2, -3,-11,-19, -6,  3; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='L';  M= -4,-10,-11,-11, -8,  1,-13, -6,  4,-11, 10,  6, -9,-10, -7, -8, -8, -1,  1,-12, -1, -8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='P';  M= -6,-14,-33, -7,  2,-26,-16,-16,-20, -9,-27,-18,-13, 60, -7,-17, -2, -5,-25,-30,-26, -6;
/M: SY='M';  M= -8,-19,-11,-25,-17, -3,-21, -8,  7,-14, 14, 27,-17,-21, -7, -9,-16, -7,  3,-23, -4,-12;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='N';  M= -3,  9,-16,  3, -2,-19, -8, -7,-19, -5,-24,-17, 16, -4, -3, -5, 16, 14,-16,-35,-18, -4;
/M: SY='S';  M=  3, -4,-22, -4, -1,-23, -5,-12,-20, -1,-25,-16,  2,  7, -2, -4, 11,  3,-16,-31,-20, -3;
/M: SY='Y';  M=-11,-10,-25,-12, -7, 11,-21,  3,-10, -9, -8, -6, -7,-18, -8, -7, -8, -7,-11, -6, 20, -8;
/M: SY='E';  M=-11,  3,-28,  8, 24,-23,-20,  7,-20,  3,-14, -9, -2,-11, 16, -2, -5,-10,-21,-22, -7, 19;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R';  M= -9,-10,-25,-12, -3,-16,-18, -7,-15, 16, -9,  1, -7,-17,  3, 21,-10, -7,-11,-20, -7, -1;
/M: SY='I';  M= -6,-25,-21,-30,-21,  5,-29,-19, 21,-22, 21, 15,-22,-24,-16,-18,-17, -6, 16,-20, -1,-20;
/M: SY='I';  M= -2,-25,-20,-30,-23, -3,-30,-24, 27,-22, 14, 12,-21,-23,-16,-21,-12, -4, 25,-24, -6,-21;
/M: SY='H';  M=-18, -2,-29, -2, -1,-17,-20, 89,-28, -9,-19, -1,  7,-20,  8,  0,-10,-19,-28,-26, 21, -1;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-24,  2, 10,-22,-17, -5,-19,  4,-14, -8,  0,-12, 10,  8,  1,  2,-16,-26,-12,  9;
/M: SY='L';  M= -6,-27,-16,-31,-24,  6,-30,-23, 23,-25, 27, 15,-26,-27,-21,-21,-19, -5, 20,-21, -1,-23;
/M: SY='A';  M= 24,-13, -4,-20,-14,-14,-11,-19, -3,-14, -5, -5,-11,-17,-12,-19,  4,  0,  5,-25,-16,-13;
/M: SY='E';  M= -3,  4,-26,  4, 16,-25,-11, -1,-24,  5,-21,-14,  5,-11, 12,  3,  1, -7,-23,-19,-14, 14;
/M: SY='H';  M=-10, -1,-25, -2, -2,-10,-20,  4,-12,  2,-12, -6,  0,-18, -2,  1, -8, -7,-11,-17,  4, -4;
/M: SY='Y';  M=-11,-13,-25,-15, -9, 13,-22,  8, -7,-11, -2,  1,-11,-18, -9, -9,-12, -9,-10, -5, 23,-10;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G';  M= -5,  2,-28,  2, -7,-29, 35, -8,-35, -8,-28,-18,  8,-17, -8, -7,  1,-14,-28,-25,-23, -8;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='L';  M= -8,-26,-18,-28,-22,  5,-29,-16, 21,-25, 29, 17,-25,-27,-19,-20,-21, -8, 17,-22, -1,-21;
/M: SY='E';  M= -8,  1,-23,  2,  7,-19,-18, -6,-15,  5,-16,-10,  1,-14,  3,  5,  0,  0,-11,-26,-10,  4;
/M: SY='S';  M=  0,  0,-16, -1,  0,-19, -8, 11,-21, -9,-22,-13,  7,-12,  1, -7, 20, 14,-14,-34, -9, -1;
/M: SY='E';  M= -9, -2,-22, -3,  3, -9,-18, -2,-15,  1,-14, -9, -1,-16, -2,  1, -3, -3,-11,-21, -2,  0;
/M: SY='S';  M=  7, -7,-12, -8, -7,-14, -3,-14,-11,-13,-19,-13,  1,-15, -7,-13, 25, 13, -1,-35,-16, -7;
/M: SY='E';  M= -7, -3,-23, -3,  8, -9,-18, -3,-14, -4,-11, -8, -4,-15,  1, -6, -2, -3,-11,-21, -3,  4;
/M: SY='G';  M= -3,  1,-28,  3, -9,-30, 40,-14,-36,-11,-28,-20,  4,-16,-10,-12,  1,-13,-27,-24,-25,-10;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-25, 12, 18,-25,-15, -5,-22,  4,-20,-14,  3, -5,  6,  1,  1, -3,-18,-30,-16, 12;
/M: SY='G';  M= -6,  5,-29, 10, 15,-30, 16, -7,-33, -3,-25,-19,  3, -9,  1, -8,  1,-12,-28,-27,-22,  8;
/M: SY='P';  M= -8, -5,-31,  0,  6,-26,-13,-11,-22, -1,-23,-16, -6, 27, -3, -7, -5, -7,-23,-26,-19,  0;
/M: SY='N';  M= -7,  9,-24,  8,  7,-19,-13,  5,-20,  3,-19,-12, 10,-15,  4,  0,  1, -5,-19,-25, -6,  5;
/M: SY='R';  M=-16,-10,-16,-11, -4,-20,-21, -6,-25, 21,-19,-10, -2,-21,  4, 47, -8, -8,-14,-24,-12, -4;
/M: SY='R';  M=-14,-10,-25,-12, -7, -7,-22, 11,-13,  3,-12, -4, -3,-21,  1, 16, -8, -8,-10,-16,  9, -6;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-20,-31,-26,  3,-32,-24, 29,-24, 21, 15,-25,-24,-22,-22,-17, -4, 27,-22, -2,-25;
/M: SY='V';  M= -5,-19,-16,-22,-20, -2,-25,-17, 12,-12,  3,  5,-16,-25,-17, -7, -8, -1, 21,-25, -5,-19;
/M: SY='V';  M= -5,-26,-20,-31,-25,  1,-31,-25, 27,-18, 14, 13,-23,-24,-21,-18,-15, -5, 28,-22, -3,-24;
/M: SY='T';  M= -4, -8,-17,-11, -6, -5,-18, -9,-11, -4,-11, -8, -5,-15, -6, -4,  4,  8, -7,-19,  2, -7;
/M: SY='K';  M= -6, -8,-27, -8,  0,-19,-17, -7,-19, 11,-18, -9, -5,  4,  0,  7, -6, -7,-17,-22,-10, -1;
/M: SY='K';  M= -5, -2,-23, -3,  2,-20,-17, -9,-17,  9,-19,-10, -1, -7,  0,  7, -1, -2,-11,-27,-14,  0;
/M: SY='R';  M= -8,  2,-21,  2,  2,-22,-12, -5,-21,  6,-20,-12,  3,-10,  1,  7, -1, -3,-16,-28,-14,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	52 in 52 different sequences
Number of true positive hits	52 in 52 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	11
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	82.54 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	V_Lesaux
Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	R3H
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

52 sequences

ARP21_HUMAN (Q9UBL0), ARP21_MOUSE (Q9DCB4), CIP2_SCHPO  (Q09868),

ENC_DROME   (Q8MSX1), FAP1H_SCHPO (O74853), FAP1_YEAST  (P53971), 
HVT1_ARATH  (F4INY4), KHPB_BACSU  (Q01620), KHPB_CLOSY  (D0VX24), 
KHPB_HALH5  (Q9RCA6), KHPB_LACPL  (F9ULM5), KHPB_STRP2  (A0A0H2ZPS7), 
KHPB_STRR6  (Q8CY87), NFX1_BOVIN  (A6QLA0), NFX1_CAEEL  (Q18034), 
NFX1_HUMAN  (Q12986), NFX1_MOUSE  (B1AY10), NIH_ARATH   (F4IDQ6), 
NKRF_HUMAN  (O15226), NKRF_MOUSE  (Q8BY02), PARN_BOVIN  (P69341), 
PARN_DANRE  (Q7ZU92), PARN_HUMAN  (O95453), PARN_MOUSE  (Q8VDG3), 
PARN_PONAB  (Q5RC51), PARN_XENLA  (Q90ZA1), R3HC1_HUMAN (Q9Y3T6), 
R3HC1_MOUSE (Q8BSI6), R3HD1_HUMAN (Q15032), R3HD2_BOVIN (A0JNC2), 
R3HD2_HUMAN (Q9Y2K5), R3HD2_MOUSE (Q80TM6), R3HD4_BOVIN (Q2KIL7), 
R3HD4_HUMAN (Q96D70), R3HD4_MOUSE (Q4VBF2), RBS1_YEAST  (Q05672), 
SMBP2_HUMAN (P38935), SMBP2_MESAU (Q60560), SMBP2_MOUSE (P40694), 
SMBP2_RAT   (Q9EQN5), SPAG7_DANRE (Q7SYJ9), SPAG7_HUMAN (O75391), 
SPAG7_MOUSE (Q7TNE3), SQS1_PICGU  (A5DEF8), SQS1_PODAS  (Q875B6), 
STC_DROME   (P40798), YCF45_PORPU (P51281), YND2_SCHPO  (O74363), 
YR431_MIMIV (Q5UQM4), YTDC2_HUMAN (Q9H6S0), YTDC2_MOUSE (B2RR83), 
YTDC2_PONAB (Q5R746)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

11 sequences

NFXL1_ARATH (Q9SY59), SQS1_CANAL  (Q59UG4), SQS1_CANGA  (Q6FP19),

SQS1_DEBHA  (Q6BYP9), SQS1_EREGS  (Q75E62), SQS1_KLULA  (Q6CQ59), 
SQS1_LODEL  (A5DSB5), SQS1_VANPO  (A7TQN2), SQS1_YARLI  (Q6C233), 
SQS1_YEAS7  (A6ZRL6), SQS1_YEAST  (P53866)

» more

PDB
[Detailed view]

9 PDB

1MSZ; 1UG8; 1WHR; 2A1R; 2A1S; 2CPM; 2LRR; 3D45; 3GKU