PROSITE logo

PROSITE entry PS51061


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] R3H
Accession [info] PS51061
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JAN-2005 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51061
Associated ProRule [info] PRU00382

Name and characterization of the entry

Description [info] R3H domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=65;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=60;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0811083; R2=0.0214359; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2745.0908203; R2=3.1363637; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=277; H_SCORE=3614; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=160; H_SCORE=3247; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B0=-250; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M= -9,  1,-26,  2,  9,-22,-16, -6,-19, 10,-16,-10,  1,-12,  5, 13, -3, -6,-15,-26,-14,  6;
/M: SY='R';  M=-10, -1,-27,  0,  3,-20,-16, -5,-17,  9,-13, -5, -1,-13,  2, 11, -8, -9,-14,-24,-11,  1;
/M: SY='R';  M=-11,-12,-24,-15, -7,  4,-21,-11,-13, -1, -8, -5, -7,-19, -6, 11, -7, -2,-10,-10, -1, -7;
/M: SY='L';  M= -7,-14,-18,-17, -8,-10,-24,-14,  1, -6,  3,  2,-12,-20, -6, -2,-11, -5,  1,-23, -7, -8;
/M: SY='E';  M= -5, -1,-24,  1, 10,-18,-19, -7,-11, -2, -5, -6, -4,-14,  1, -4, -5, -6,-11,-26,-11,  4;
/M: SY='E';  M= -7,  4,-25,  6, 12,-23,-15, -2,-23,  8,-19,-12,  2,-11,  9,  6,  1, -1,-19,-23,-10,  9;
/M: SY='L';  M= -9,-25,-21,-28,-21,  8,-29,-19, 19,-22, 24, 16,-23,-25,-18,-18,-20, -8, 14,-16,  2,-20;
/M: SY='E';  M= -7, -3,-25,  0, 21,-20,-22, -7,-14,  5,-13,-10, -5,-10,  7,  3, -3, -6,-13,-25,-11, 13;
/M: SY='E';  M= -5,  3,-25,  3, 14,-25,-16, -4,-20, 11,-18,-10,  3,-11, 13,  8,  1, -3,-18,-26,-14, 13;
/M: SY='L';  M= -8, -9,-21, -8,  0,-11,-23,-10, -3, -6,  3,  2,-11,-18, -3, -4,-11, -8, -4,-24, -7, -2;
/M: SY='I';  M=  6,-22,-19,-27,-20, -3,-20,-21, 14,-19, 13,  9,-18,-21,-16,-18,-11, -5, 13,-21, -7,-19;
/M: SY='E';  M= -8, -6,-25, -6,  5,-15,-21, -7, -6, -3, -3, -3, -6,-16,  2, -3, -8, -7, -6,-24, -8,  2;
/M: SY='D';  M= -5, 10,-25, 12, 11,-26,-13, -4,-25, 12,-21,-14,  6,-12,  5, 10,  0, -5,-19,-28,-15,  8;
/M: SY='F';  M= -7,-26,-19,-33,-24, 34,-26,-20,  9,-25, 16,  6,-21,-26,-27,-20,-17, -7,  7, -5, 12,-24;
/M: SY='V';  M=  9,-20,-19,-25,-15, -4,-21,-19, 10,-14,  7,  5,-17,-19,-14,-14, -8, -5, 11,-19, -6,-16;
/M: SY='Q';  M= -4,  4,-25,  4,  9,-24,-14, -1,-19,  6,-17,-10,  3,-13, 10,  3, -1, -7,-17,-24,-11,  8;
/M: SY='D';  M= -5,  7,-23,  8,  5,-25,-10, -6,-22,  5,-22,-14,  7,-13,  5,  5,  7,  0,-16,-30,-16,  4;
/M: SY='S';  M=  0, -5,-18, -5, -4,-15,-16,-15, -6, -6,-13, -9, -5, -9, -9,-11,  2,  0,  2,-30,-15, -7;
/M: SY='E';  M= -5,  0,-23, -1,  4,-19,-16, -8,-13,  2,-10, -6,  1,-13,  2,  1, -2, -3,-12,-27,-13,  2;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-26,  2, 12,-25,-14, -2,-21,  9,-20,-10,  4, -6, 12,  8,  1, -5,-20,-26,-14, 11;
/M: SY='S';  M= -2, -2,-18, -4,  1,-21,-10, -8,-18, -2,-18,-11,  0,-11,  5, -2, 10,  9,-13,-28,-13,  2;
/M:         M= -6, -8,-21, -9, -8,-13,  0,-10,-15, -6,-13, -8, -4,-19, -7, -6, -3, -8,-11,-21, -8, -8;
/M: SY='E';  M=-10, -5,-24, -5,  7,-14,-21, -7,-15,  7, -9, -5, -6,-14,  5,  7, -8, -7,-13,-20, -7,  5;
/M: SY='E';  M= -8, -9,-24, -8,  1, -8,-20, -8,-13, -4,-10, -8, -8, -2, -4, -4, -4, -3,-12,-22, -7, -3;
/M: SY='F';  M=-10,-19,-23,-21,-12, 12,-26,-11,  1,-13,  2,  0,-16,-13,-15,-11,-13, -8,  1,-14,  4,-13;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='E';  M= -7, -3,-20, -2,  5,-11,-16, -1,-13,  0,-11, -7, -3, -4,  2, -3, -2, -3,-11,-19, -6,  3; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='L';  M= -4,-10,-11,-11, -8,  1,-13, -6,  4,-11, 10,  6, -9,-10, -7, -8, -8, -1,  1,-12, -1, -8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='P';  M= -6,-14,-33, -7,  2,-26,-16,-16,-20, -9,-27,-18,-13, 60, -7,-17, -2, -5,-25,-30,-26, -6;
/M: SY='M';  M= -8,-19,-11,-25,-17, -3,-21, -8,  7,-14, 14, 27,-17,-21, -7, -9,-16, -7,  3,-23, -4,-12;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='N';  M= -3,  9,-16,  3, -2,-19, -8, -7,-19, -5,-24,-17, 16, -4, -3, -5, 16, 14,-16,-35,-18, -4;
/M: SY='S';  M=  3, -4,-22, -4, -1,-23, -5,-12,-20, -1,-25,-16,  2,  7, -2, -4, 11,  3,-16,-31,-20, -3;
/M: SY='Y';  M=-11,-10,-25,-12, -7, 11,-21,  3,-10, -9, -8, -6, -7,-18, -8, -7, -8, -7,-11, -6, 20, -8;
/M: SY='E';  M=-11,  3,-28,  8, 24,-23,-20,  7,-20,  3,-14, -9, -2,-11, 16, -2, -5,-10,-21,-22, -7, 19;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R';  M= -9,-10,-25,-12, -3,-16,-18, -7,-15, 16, -9,  1, -7,-17,  3, 21,-10, -7,-11,-20, -7, -1;
/M: SY='I';  M= -6,-25,-21,-30,-21,  5,-29,-19, 21,-22, 21, 15,-22,-24,-16,-18,-17, -6, 16,-20, -1,-20;
/M: SY='I';  M= -2,-25,-20,-30,-23, -3,-30,-24, 27,-22, 14, 12,-21,-23,-16,-21,-12, -4, 25,-24, -6,-21;
/M: SY='H';  M=-18, -2,-29, -2, -1,-17,-20, 89,-28, -9,-19, -1,  7,-20,  8,  0,-10,-19,-28,-26, 21, -1;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-24,  2, 10,-22,-17, -5,-19,  4,-14, -8,  0,-12, 10,  8,  1,  2,-16,-26,-12,  9;
/M: SY='L';  M= -6,-27,-16,-31,-24,  6,-30,-23, 23,-25, 27, 15,-26,-27,-21,-21,-19, -5, 20,-21, -1,-23;
/M: SY='A';  M= 24,-13, -4,-20,-14,-14,-11,-19, -3,-14, -5, -5,-11,-17,-12,-19,  4,  0,  5,-25,-16,-13;
/M: SY='E';  M= -3,  4,-26,  4, 16,-25,-11, -1,-24,  5,-21,-14,  5,-11, 12,  3,  1, -7,-23,-19,-14, 14;
/M: SY='H';  M=-10, -1,-25, -2, -2,-10,-20,  4,-12,  2,-12, -6,  0,-18, -2,  1, -8, -7,-11,-17,  4, -4;
/M: SY='Y';  M=-11,-13,-25,-15, -9, 13,-22,  8, -7,-11, -2,  1,-11,-18, -9, -9,-12, -9,-10, -5, 23,-10;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G';  M= -5,  2,-28,  2, -7,-29, 35, -8,-35, -8,-28,-18,  8,-17, -8, -7,  1,-14,-28,-25,-23, -8;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='L';  M= -8,-26,-18,-28,-22,  5,-29,-16, 21,-25, 29, 17,-25,-27,-19,-20,-21, -8, 17,-22, -1,-21;
/M: SY='E';  M= -8,  1,-23,  2,  7,-19,-18, -6,-15,  5,-16,-10,  1,-14,  3,  5,  0,  0,-11,-26,-10,  4;
/M: SY='S';  M=  0,  0,-16, -1,  0,-19, -8, 11,-21, -9,-22,-13,  7,-12,  1, -7, 20, 14,-14,-34, -9, -1;
/M: SY='E';  M= -9, -2,-22, -3,  3, -9,-18, -2,-15,  1,-14, -9, -1,-16, -2,  1, -3, -3,-11,-21, -2,  0;
/M: SY='S';  M=  7, -7,-12, -8, -7,-14, -3,-14,-11,-13,-19,-13,  1,-15, -7,-13, 25, 13, -1,-35,-16, -7;
/M: SY='E';  M= -7, -3,-23, -3,  8, -9,-18, -3,-14, -4,-11, -8, -4,-15,  1, -6, -2, -3,-11,-21, -3,  4;
/M: SY='G';  M= -3,  1,-28,  3, -9,-30, 40,-14,-36,-11,-28,-20,  4,-16,-10,-12,  1,-13,-27,-24,-25,-10;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-25, 12, 18,-25,-15, -5,-22,  4,-20,-14,  3, -5,  6,  1,  1, -3,-18,-30,-16, 12;
/M: SY='G';  M= -6,  5,-29, 10, 15,-30, 16, -7,-33, -3,-25,-19,  3, -9,  1, -8,  1,-12,-28,-27,-22,  8;
/M: SY='P';  M= -8, -5,-31,  0,  6,-26,-13,-11,-22, -1,-23,-16, -6, 27, -3, -7, -5, -7,-23,-26,-19,  0;
/M: SY='N';  M= -7,  9,-24,  8,  7,-19,-13,  5,-20,  3,-19,-12, 10,-15,  4,  0,  1, -5,-19,-25, -6,  5;
/M: SY='R';  M=-16,-10,-16,-11, -4,-20,-21, -6,-25, 21,-19,-10, -2,-21,  4, 47, -8, -8,-14,-24,-12, -4;
/M: SY='R';  M=-14,-10,-25,-12, -7, -7,-22, 11,-13,  3,-12, -4, -3,-21,  1, 16, -8, -8,-10,-16,  9, -6;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-20,-31,-26,  3,-32,-24, 29,-24, 21, 15,-25,-24,-22,-22,-17, -4, 27,-22, -2,-25;
/M: SY='V';  M= -5,-19,-16,-22,-20, -2,-25,-17, 12,-12,  3,  5,-16,-25,-17, -7, -8, -1, 21,-25, -5,-19;
/M: SY='V';  M= -5,-26,-20,-31,-25,  1,-31,-25, 27,-18, 14, 13,-23,-24,-21,-18,-15, -5, 28,-22, -3,-24;
/M: SY='T';  M= -4, -8,-17,-11, -6, -5,-18, -9,-11, -4,-11, -8, -5,-15, -6, -4,  4,  8, -7,-19,  2, -7;
/M: SY='K';  M= -6, -8,-27, -8,  0,-19,-17, -7,-19, 11,-18, -9, -5,  4,  0,  7, -6, -7,-17,-22,-10, -1;
/M: SY='K';  M= -5, -2,-23, -3,  2,-20,-17, -9,-17,  9,-19,-10, -1, -7,  0,  7, -1, -2,-11,-27,-14,  0;
/M: SY='R';  M= -8,  2,-21,  2,  2,-22,-12, -5,-21,  6,-20,-12,  3,-10,  1,  7, -1, -3,-16,-28,-14,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 52 in 52 different sequences
Number of true positive hits 52 in 52 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 11
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 82.54 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] V_Lesaux
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] R3H
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
52 sequences

ARP21_HUMAN (Q9UBL0), ARP21_MOUSE (Q9DCB4), CIP2_SCHPO  (Q09868), 
ENC_DROME   (Q8MSX1), FAP1H_SCHPO (O74853), FAP1_YEAST  (P53971), 
HVT1_ARATH  (F4INY4), KHPB_BACSU  (Q01620), KHPB_CLOSY  (D0VX24), 
KHPB_HALH5  (Q9RCA6), KHPB_LACPL  (F9ULM5), KHPB_STRP2  (A0A0H2ZPS7), 
KHPB_STRR6  (Q8CY87), NFX1_BOVIN  (A6QLA0), NFX1_CAEEL  (Q18034), 
NFX1_HUMAN  (Q12986), NFX1_MOUSE  (B1AY10), NIH_ARATH   (F4IDQ6), 
NKRF_HUMAN  (O15226), NKRF_MOUSE  (Q8BY02), PARN_BOVIN  (P69341), 
PARN_DANRE  (Q7ZU92), PARN_HUMAN  (O95453), PARN_MOUSE  (Q8VDG3), 
PARN_PONAB  (Q5RC51), PARN_XENLA  (Q90ZA1), R3HC1_HUMAN (Q9Y3T6), 
R3HC1_MOUSE (Q8BSI6), R3HD1_HUMAN (Q15032), R3HD2_BOVIN (A0JNC2), 
R3HD2_HUMAN (Q9Y2K5), R3HD2_MOUSE (Q80TM6), R3HD4_BOVIN (Q2KIL7), 
R3HD4_HUMAN (Q96D70), R3HD4_MOUSE (Q4VBF2), RBS1_YEAST  (Q05672), 
SMBP2_HUMAN (P38935), SMBP2_MESAU (Q60560), SMBP2_MOUSE (P40694), 
SMBP2_RAT   (Q9EQN5), SPAG7_DANRE (Q7SYJ9), SPAG7_HUMAN (O75391), 
SPAG7_MOUSE (Q7TNE3), SQS1_PICGU  (A5DEF8), SQS1_PODAS  (Q875B6), 
STC_DROME   (P40798), YCF45_PORPU (P51281), YND2_SCHPO  (O74363), 
YR431_MIMIV (Q5UQM4), YTDC2_HUMAN (Q9H6S0), YTDC2_MOUSE (B2RR83), 
YTDC2_PONAB (Q5R746)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
11 sequences

NFXL1_ARATH (Q9SY59), SQS1_CANAL  (Q59UG4), SQS1_CANGA  (Q6FP19), 
SQS1_DEBHA  (Q6BYP9), SQS1_EREGS  (Q75E62), SQS1_KLULA  (Q6CQ59), 
SQS1_LODEL  (A5DSB5), SQS1_VANPO  (A7TQN2), SQS1_YARLI  (Q6C233), 
SQS1_YEAS7  (A6ZRL6), SQS1_YEAST  (P53866)
» more

PDB
[Detailed view]
9 PDB

1MSZ; 1UG8; 1WHR; 2A1R; 2A1S; 2CPM; 2LRR; 3D45; 3GKU