PROSITE entry PS51091

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	FN1_2
Accession [info]	PS51091
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAR-2005 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00965
Associated ProRule [info]	PRU00478

Name and characterization of the entry

Description [info]

Fibronectin type-I domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=41;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3517132; R2=0.0095476; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=749; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=540; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D';  M= -6, 14,-25, 21, 21,-28,-12, -6,-24,  3,-22,-18,  6, -8,  3, -4,  2, -6,-18,-32,-19, 12;
/M: SY='K';  M= -5, -7,-23, -9, -3,-20,-13, -9,-18,  8,-17, -8, -4,-15,  4,  7, -1,  4,-12,-17, -9,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F';  M=-15,-16,-24,-22,-17, 21,-26, -1, -1,-12, -2,  0, -9,-25,-14, -6,-13, -7, -2, -5, 21,-16;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D';  M=-17, 40,-29, 55, 28,-36,-12,  1,-36,  2,-28,-27, 18, -8,  5, -7,  1, -9,-30,-38,-20, 16;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-28, 10, 12,-28, -5, -1,-26, -1,-26,-17,  7,  6,  4, -7,  3, -6,-26,-31,-19,  7;
/M: SY='Q';  M= -5, -5,-25, -6, -1,-19, -1, -9,-16, -5,-16, -8, -3,-15,  5, -7,  1, -4,-14,-21,-10,  1;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='T';  M= -3, -7,-14,-12, -9, -4,-17,-12, -5, -6, -1, -3, -5,-15, -9, -3,  1, 13,  0,-22, -6, -9; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='Q';  M= -5, -8,-18, -9, -5, -8, -1, -2,-11, -4, -6, -3, -5,-14,  1,  1, -5, -7,-10, -9, -1, -3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='R';  M= -4, -3,-14, -5,  1,-11,-10, -5, -9,  3, -7, -1, -2,-10,  1,  6,  1,  3, -5,-17, -8,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='F';  M= -8,-12,-18,-19,-15, 15,-21, -6, -2,-16, -4, -1, -6,-20,-15,-13,  0,  6, -1,-16,  7,-15; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-28,-24,-22, 38,-30, 12,  0,-14,  3,  2,-20,-30,-15,-12,-20,-10, -8, 23, 66,-21;
/M: SY='Q';  M=-12,  1,-27,  3,  9,-26,-16, 13,-24, 10,-20, -8,  2,-14, 17, 16, -3, -9,-21,-25, -7, 11;
/M: SY='V';  M= -4,-20,-20,-22,-12, -9,-28,-20, 17,-12,  5,  7,-19,-21,-10,-12,-10, -5, 20,-25, -9,-12;
/M: SY='G';  M= -6,  8,-27,  2,-10,-27, 36,  0,-33,-11,-29,-18, 19,-19, -9, -9,  2,-13,-30,-27,-22,-10;
/M: SY='E';  M=-13, 18,-29, 27, 34,-32,-17,  4,-28,  5,-21,-14,  6, -7, 19, -2, -1, -9,-27,-31,-16, 26;
/M: SY='T';  M= -4, -4,-20, -7,  4,-18,-19, -8,-11, -3,-12, -7, -1,-11,  7, -2,  8, 13, -9,-28,-11,  4;
/M: SY='W';  M=-20,-38,-47,-39,-30, 17,-21,-27,-17,-20,-17,-17,-37,-30,-21,-20,-37,-27,-27,133, 32,-21;
/M: SY='E';  M= -8,  0,-24,  3, 13,-12,-19,  0,-15, -7, -6, -8, -3,-14,  4, -8, -3, -5,-16,-24, -6,  8;
/M: SY='R';  M=-16, -6,-30, -6,  5,-24,-20, -3,-30, 36,-23,-10,  0,-16, 10, 55,-10,-10,-20,-20,-10,  4;
/M: SY='P';  M= -9,-15,-26,-14, -5,-13,-22,-15, -8, -5,-10, -5,-13, 15, -7, -3, -6,  0, -8,-25,-14, -8;
/M: SY='H';  M= -7, -6,-25, -5, -2,-12, -8, 10,-15, -6,-13, -7, -4,-18, -2, -7, -3, -8,-14,-17,  6, -4;
/M: SY='E';  M=-11,  1,-28,  6, 10,-23,-14, -5,-16, -6, -8, -7, -4, -3,  7, -8, -7,-10,-19,-28,-14,  8;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='R';  M= -4,  0,-13,  0,  2,-13, -4, -4,-14,  4,-12, -8,  3, -8,  2,  9,  3,  1,-10,-16, -9,  1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G';  M=  1, -3,-26, -6,-14,-23, 41,-14,-30,-13,-25,-17,  5,-18,-14,-14,  0,-14,-25,-12,-21,-14; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='H';  M= -6, -7,-24,-12, -8, -9, -7,  8,-15, -4,-13, -1, -1,-19,  0,  2, -4, -7,-14,-19, -1, -6;
/M: SY='V';  M= -5,-20,-18,-24,-19, -6,-26,-17, 16,-12,  7, 15,-18,-19,-13,-11,-10,  1, 20,-25, -6,-17;
/M: SY='L';  M= -4,-15,-15,-16, -1, -6,-22,-11, -1,-12,  8,  8,-18,-19, -6,-13,-13, -9, -2,-14, -4, -4;
/M: SY='R';  M=-13,  0,-27,  0,  1,-15,-18,  3,-20,  4,-17, -9,  2,-17,  7,  9, -5, -6,-18,-12, -1,  3;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T';  M= -7, -7,-21,-11, -3,-14,-21,-10,-11, -3,-12, -7, -5,-14,  3,  0,  4, 15, -9,-14, -4, -1;
/M: SY='C';  M=-10,-20,115,-29,-29,-20,-30,-29,-30,-28,-20,-20,-19,-39,-29,-27,-10,-10,-10,-49,-29,-29;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='Y';  M=-10,-15,-19,-17,-11,  6,-23, -7,  3, -7,  8,  4,-14,-19, -9, -7,-14, -5,  1, -8, 11,-11; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='G';  M=  0, -8,-23, -8,-15,-23, 53,-15,-30,-15,-23,-15,  0,-15,-15,-15,  0,-15,-23,-15,-23,-15; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='N';  M= -4,  3,-16,  0,  2,-11, -7, -2,-11, -2,-12, -7,  7,  1,  3, -3,  1, -3,-14,-17, -9,  2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='G';  M=  2, -1,-20, -2, -8,-21, 34,-12,-26,-11,-21,-15,  3,-13,-10,-13,  2,-10,-20,-16,-20, -9; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='R';  M= -7,  0,-21, -1,  0,-19, -7, -5,-18,  6,-19,-11,  6,-13,  4, 15,  4, -2,-14,-24,-13,  1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='G';  M= -1, -8,-25, -8,-15,-26, 53,-15,-33,-14,-25,-16,  0,-17,-13,-13,  1,-16,-25,-18,-24,-14; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='E';  M=-12, -2,-28,  1, 13,-23,-14,  3,-23,  7,-16, -9, -2,-14, 11, 11, -6,-11,-20,-21,-10, 11;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='W';  M=  2,-23,-26,-29,-20,  7,-18,-22,  0,-18, -3, -3,-20,-17,-17,-19,-14,-10, -4, 29,  5,-18; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='R';  M= -9, -1,-25, -2,  6,-24,-16,  6,-24, 16,-22,-10,  5,-14, 12, 22,  1, -2,-19,-26, -9,  7;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D';  M=-12, 11,-27, 16, 16,-27,-19,  9,-24,  6,-19,-12,  4,-11,  9,  1, -2, -5,-21,-29, -9, 12;
/M: SY='S';  M=  1, -5,-22, -4,  0,-22, -9,-11,-17, -5,-22,-15,  0,  9, -2, -5, 11,  3,-15,-31,-20, -3;
/M: SY='V';  M= -4,-16,-12,-19,-15,-10,-21, -6,  1,-10, -2,  2,-13,-22,-11, -8, -6, -2,  8,-27, -6,-14;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_04 which contains 571'864 sequence entries.

Total number of hits	131 in 28 different sequences
Number of true positive hits	131 in 28 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	12
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Fibronectin type-I
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

28 sequences

FA12_BOVIN  (P98140), FA12_CAVPO  (Q04962), FA12_HUMAN  (P00748),

FA12_MOUSE  (Q80YC5), FA12_PIG(O97507), FA12_RAT(D3ZTE0), 
FINC_BOVIN  (P07589), FINC_CANLF  (Q28275), FINC_CHICK  (P11722), 
FINC_HORSE  (Q28377), FINC_HUMAN  (P02751), FINC_MOUSE  (P11276), 
FINC_NOTVI  (Q91400), FINC_PLEWA  (Q91289), FINC_RABIT  (Q28749), 
FINC_RAT(P04937), FINC_XENLA  (Q91740), HGFA_CANLF  (Q6QNF4), 
HGFA_HUMAN  (Q04756), HGFA_MOUSE  (Q9R098), TPA_BOVIN   (Q28198), 
TPA_HUMAN   (P00750), TPA_MOUSE   (P11214), TPA_PIG (Q8SQ23), 
TPA_PONAB   (Q5R8J0), TPA_RAT (P19637), URT1_DESRO  (P98119), 
URT2_DESRO  (P15638)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

25 PDB

1E88; 1E8B; 1FBR; 1O9A; 1QGB; 1QO6; 1TPG; 1TPM; 1TPN; 2CG6; 2CG7; 2CKU; 2EC3; 2RKY; 2RKZ; 2RL0; 3CAL; 3EJH; 3GXE; 3M7P; 3MQL; 3ZRZ; 4BDW; 4BDX; 4PZ5
» more