PROSITE entry PS51091
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | FN1_2 |
| Accession [info] | PS51091 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-MAR-2005 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00965 |
| Associated ProRule [info] | PRU00478 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Fibronectin type-I domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=41; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3517132; R2=0.0095476; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=749; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=540; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='D'; M= -6, 14,-25, 21, 21,-28,-12, -6,-24, 3,-22,-18, 6, -8, 3, -4, 2, -6,-18,-32,-19, 12; /M: SY='K'; M= -5, -7,-23, -9, -3,-20,-13, -9,-18, 8,-17, -8, -4,-15, 4, 7, -1, 4,-12,-17, -9, 0; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='F'; M=-15,-16,-24,-22,-17, 21,-26, -1, -1,-12, -2, 0, -9,-25,-14, -6,-13, -7, -2, -5, 21,-16; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='D'; M=-17, 40,-29, 55, 28,-36,-12, 1,-36, 2,-28,-27, 18, -8, 5, -7, 1, -9,-30,-38,-20, 16; /M: SY='E'; M= -8, 7,-28, 10, 12,-28, -5, -1,-26, -1,-26,-17, 7, 6, 4, -7, 3, -6,-26,-31,-19, 7; /M: SY='Q'; M= -5, -5,-25, -6, -1,-19, -1, -9,-16, -5,-16, -8, -3,-15, 5, -7, 1, -4,-14,-21,-10, 1; /I: I=-4; MD=-23; /M: SY='T'; M= -3, -7,-14,-12, -9, -4,-17,-12, -5, -6, -1, -3, -5,-15, -9, -3, 1, 13, 0,-22, -6, -9; D=-4; /I: I=-4; MD=-23; /M: SY='Q'; M= -5, -8,-18, -9, -5, -8, -1, -2,-11, -4, -6, -3, -5,-14, 1, 1, -5, -7,-10, -9, -1, -3; D=-4; /I: I=-4; MD=-23; /M: SY='R'; M= -4, -3,-14, -5, 1,-11,-10, -5, -9, 3, -7, -1, -2,-10, 1, 6, 1, 3, -5,-17, -8, 0; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='F'; M= -8,-12,-18,-19,-15, 15,-21, -6, -2,-16, -4, -1, -6,-20,-15,-13, 0, 6, -1,-16, 7,-15; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-24,-22, 38,-30, 12, 0,-14, 3, 2,-20,-30,-15,-12,-20,-10, -8, 23, 66,-21; /M: SY='Q'; M=-12, 1,-27, 3, 9,-26,-16, 13,-24, 10,-20, -8, 2,-14, 17, 16, -3, -9,-21,-25, -7, 11; /M: SY='V'; M= -4,-20,-20,-22,-12, -9,-28,-20, 17,-12, 5, 7,-19,-21,-10,-12,-10, -5, 20,-25, -9,-12; /M: SY='G'; M= -6, 8,-27, 2,-10,-27, 36, 0,-33,-11,-29,-18, 19,-19, -9, -9, 2,-13,-30,-27,-22,-10; /M: SY='E'; M=-13, 18,-29, 27, 34,-32,-17, 4,-28, 5,-21,-14, 6, -7, 19, -2, -1, -9,-27,-31,-16, 26; /M: SY='T'; M= -4, -4,-20, -7, 4,-18,-19, -8,-11, -3,-12, -7, -1,-11, 7, -2, 8, 13, -9,-28,-11, 4; /M: SY='W'; M=-20,-38,-47,-39,-30, 17,-21,-27,-17,-20,-17,-17,-37,-30,-21,-20,-37,-27,-27,133, 32,-21; /M: SY='E'; M= -8, 0,-24, 3, 13,-12,-19, 0,-15, -7, -6, -8, -3,-14, 4, -8, -3, -5,-16,-24, -6, 8; /M: SY='R'; M=-16, -6,-30, -6, 5,-24,-20, -3,-30, 36,-23,-10, 0,-16, 10, 55,-10,-10,-20,-20,-10, 4; /M: SY='P'; M= -9,-15,-26,-14, -5,-13,-22,-15, -8, -5,-10, -5,-13, 15, -7, -3, -6, 0, -8,-25,-14, -8; /M: SY='H'; M= -7, -6,-25, -5, -2,-12, -8, 10,-15, -6,-13, -7, -4,-18, -2, -7, -3, -8,-14,-17, 6, -4; /M: SY='E'; M=-11, 1,-28, 6, 10,-23,-14, -5,-16, -6, -8, -7, -4, -3, 7, -8, -7,-10,-19,-28,-14, 8; /I: I=-5; MD=-27; /M: SY='R'; M= -4, 0,-13, 0, 2,-13, -4, -4,-14, 4,-12, -8, 3, -8, 2, 9, 3, 1,-10,-16, -9, 1; D=-5; /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='G'; M= 1, -3,-26, -6,-14,-23, 41,-14,-30,-13,-25,-17, 5,-18,-14,-14, 0,-14,-25,-12,-21,-14; D=-5; /I: I=-5; DM=-27; /M: SY='H'; M= -6, -7,-24,-12, -8, -9, -7, 8,-15, -4,-13, -1, -1,-19, 0, 2, -4, -7,-14,-19, -1, -6; /M: SY='V'; M= -5,-20,-18,-24,-19, -6,-26,-17, 16,-12, 7, 15,-18,-19,-13,-11,-10, 1, 20,-25, -6,-17; /M: SY='L'; M= -4,-15,-15,-16, -1, -6,-22,-11, -1,-12, 8, 8,-18,-19, -6,-13,-13, -9, -2,-14, -4, -4; /M: SY='R'; M=-13, 0,-27, 0, 1,-15,-18, 3,-20, 4,-17, -9, 2,-17, 7, 9, -5, -6,-18,-12, -1, 3; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='T'; M= -7, -7,-21,-11, -3,-14,-21,-10,-11, -3,-12, -7, -5,-14, 3, 0, 4, 15, -9,-14, -4, -1; /M: SY='C'; M=-10,-20,115,-29,-29,-20,-30,-29,-30,-28,-20,-20,-19,-39,-29,-27,-10,-10,-10,-49,-29,-29; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='Y'; M=-10,-15,-19,-17,-11, 6,-23, -7, 3, -7, 8, 4,-14,-19, -9, -7,-14, -5, 1, -8, 11,-11; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='G'; M= 0, -8,-23, -8,-15,-23, 53,-15,-30,-15,-23,-15, 0,-15,-15,-15, 0,-15,-23,-15,-23,-15; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='N'; M= -4, 3,-16, 0, 2,-11, -7, -2,-11, -2,-12, -7, 7, 1, 3, -3, 1, -3,-14,-17, -9, 2; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='G'; M= 2, -1,-20, -2, -8,-21, 34,-12,-26,-11,-21,-15, 3,-13,-10,-13, 2,-10,-20,-16,-20, -9; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='R'; M= -7, 0,-21, -1, 0,-19, -7, -5,-18, 6,-19,-11, 6,-13, 4, 15, 4, -2,-14,-24,-13, 1; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='G'; M= -1, -8,-25, -8,-15,-26, 53,-15,-33,-14,-25,-16, 0,-17,-13,-13, 1,-16,-25,-18,-24,-14; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='E'; M=-12, -2,-28, 1, 13,-23,-14, 3,-23, 7,-16, -9, -2,-14, 11, 11, -6,-11,-20,-21,-10, 11; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='W'; M= 2,-23,-26,-29,-20, 7,-18,-22, 0,-18, -3, -3,-20,-17,-17,-19,-14,-10, -4, 29, 5,-18; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='R'; M= -9, -1,-25, -2, 6,-24,-16, 6,-24, 16,-22,-10, 5,-14, 12, 22, 1, -2,-19,-26, -9, 7; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='D'; M=-12, 11,-27, 16, 16,-27,-19, 9,-24, 6,-19,-12, 4,-11, 9, 1, -2, -5,-21,-29, -9, 12; /M: SY='S'; M= 1, -5,-22, -4, 0,-22, -9,-11,-17, -5,-22,-15, 0, 9, -2, -5, 11, 3,-15,-31,-20, -3; /M: SY='V'; M= -4,-16,-12,-19,-15,-10,-21, -6, 1,-10, -2, 2,-13,-22,-11, -8, -6, -2, 8,-27, -6,-14; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 131 in 28 different sequences |
| Number of true positive hits | 131 in 28 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | N_Hulo |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 12 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Fibronectin type-I |
| Version [info] | 3 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
28 sequences
FA12_BOVIN (P98140), FA12_CAVPO (Q04962), FA12_HUMAN (P00748), FA12_MOUSE (Q80YC5), FA12_PIG(O97507), FA12_RAT(D3ZTE0), FINC_BOVIN (P07589), FINC_CANLF (Q28275), FINC_CHICK (P11722), FINC_HORSE (Q28377), FINC_HUMAN (P02751), FINC_MOUSE (P11276), FINC_NOTVI (Q91400), FINC_PLEWA (Q91289), FINC_RABIT (Q28749), FINC_RAT(P04937), FINC_XENLA (Q91740), HGFA_CANLF (Q6QNF4), HGFA_HUMAN (Q04756), HGFA_MOUSE (Q9R098), TPA_BOVIN (Q28198), TPA_HUMAN (P00750), TPA_MOUSE (P11214), TPA_PIG (Q8SQ23), TPA_PONAB (Q5R8J0), TPA_RAT (P19637), URT1_DESRO (P98119), URT2_DESRO (P15638)» more
|
| PDB [Detailed view] |
25 PDB
1E88; 1E8B; 1FBR; 1O9A; 1QGB; 1QO6; 1TPG; 1TPM; 1TPN; 2CG6; 2CG7; 2CKU; 2EC3; 2RKY; 2RKZ; 2RL0; 3CAL; 3EJH; 3GXE; 3M7P; 3MQL; 3ZRZ; 4BDW; 4BDX; 4PZ5 » more |