PROSITE logo

PROSITE entry PS51092


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] FN2_2
Accession [info] PS51092
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-MAR-2005 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00022
Associated ProRule [info] PRU00479

Name and characterization of the entry

Description [info] Fibronectin type-II collagen-binding domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=49;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2742712; R2=0.0110785; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=788; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=562; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M=  8, -2,-17, -2,  3,-19, -7,-13,-15, -7,-18,-14, -1, -9, -3,-12, 14,  6, -8,-30,-17,  0;
/M: SY='D';  M= -8, 12,-25, 15, 10,-20,-11,  1,-23, -3,-19,-14,  8, -9,  2, -7,  1, -4,-21,-28,-11,  5;
/M: SY='G';  M= -5, -3,-29, -1,-11,-26, 42,-10,-35,-12,-27,-18,  1,-18,-13,-13, -1,-16,-27,-19,-17,-13;
/M: SY='E';  M= -1,  6,-27,  9, 18,-28,-11, -6,-25,  9,-22,-15,  2,  0,  7,  2, -1, -8,-22,-27,-18, 12;
/M: SY='P';  M= -6,-14,-31,-10,  0,-22,-15,-15,-18, -1,-19,-12,-13, 35, -6, -6, -7, -7,-21,-25,-19, -6;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='V';  M= -3,-17,-20,-18,-12,-10,-25, -4,  6, -6, -3,  3,-14,-21,-11, -8, -9, -6, 14,-26, -5,-13;
/M: SY='F';  M=-19,-30,-20,-39,-29, 74,-30,-20,  3,-30, 12,  2,-21,-30,-38,-20,-21,-10,  1,  8, 28,-29;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='F';  M=-18,-28,-20,-37,-28, 73,-28,-19, -1,-29,  7, -1,-18,-29,-37,-19,-16, -8, -1,  7, 28,-28;
/M: SY='I';  M= -4,-14,-21,-19,-12,-10,-25,-18,  8, -7,  2,  4,-10,-18, -7, -8, -7,  3,  8,-24, -7,-11;
/M: SY='Y';  M=-19,-25,-26,-29,-25, 47,-31,  1,  4,-20,  5,  2,-20,-29,-23,-15,-20,-10, -2, 17, 52,-25;
/M: SY='R';  M=-12,  3,-27,  2,  5,-23, -9,  2,-23, 10,-17, -8,  6,-16, 10, 14, -5,-10,-22,-24,-10,  6;
/M: SY='G';  M= -2,  0,-28, -3,-12,-28, 46,-13,-34,-12,-28,-19, 10,-19,-12,-10,  2,-15,-28,-24,-26,-12;
/M: SY='R';  M=-11,  1,-26, -1,  6,-21,-19,  2,-22, 17,-21, -9,  4,-14,  9, 19, -3, -4,-18,-24, -7,  6;
/M: SY='T';  M= -4, -6,-22, -9, -2,-14,-16,-13,-12, -4,-13, -9, -3,-15, -2, -5,  3,  4,-10,-10, -8, -1;
/M: SY='Y';  M=-19,-18,-29,-19,-18, 24,-29, 25, -2,-13, -1,  1,-16,-28,-10,-10,-18,-11, -9, 16, 62,-18;
/M: SY='H';  M=-12,  2,-24,  2, -2, -1,-17, 15,-18, -8,-15,-10,  3,-18, -3, -6,  0, -3,-17,-17, 11, -3;
/M: SY='D';  M= -3, 13,-21, 18, 10,-27, -3, -7,-26, -1,-25,-19,  9,-10,  1, -6, 14,  4,-19,-34,-19,  5;
/M: SY='C';  M=-10,-20,118,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-29,-20,-20,-20,-40,-30,-29,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T';  M= -3,-11,-16,-20,-17, -6,-26,-22,  9,-16,  1,  1, -8,-14,-13,-16,  6, 29, 10,-27, -7,-16;
/M: SY='T';  M= -4, -5,-19, -6,  0,-14,-18, -4,-14, -2,-12, -8, -2,-14, -1,  2,  7, 11, -7,-28, -9, -1;
/M: SY='E';  M= -9, 11,-26, 17, 25,-28,-13,  1,-27,  4,-21,-17,  4, -8,  9, -2,  3, -3,-23,-30,-15, 16;
/M: SY='G';  M= -5,  0,-29,  1, -6,-29, 44,-11,-37,-12,-28,-20,  6,-17,-11,-11,  0,-16,-30,-24,-25, -9;
/M: SY='R';  M= -8,  0,-23,  1,  3,-23,-12, -3,-27, 12,-25,-15,  5,-15,  8, 29,  9,  1,-18,-29,-14,  4;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='E';  M= -5,  2,-15,  2,  4, -9, -8,  0,-15, -2,-13, -9,  3, -6,  1, -1,  3,  0,-12,-17, -7,  2; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='D';  M= -9, 18,-17, 26,  6,-16, -3, -3,-19, -4,-13,-14,  7, -8, -3, -7,  0, -5,-15,-20,-10,  2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='G';  M= -3, -8,-25,-11,-15,-14, 23,-13,-21,-15,-15,-12,  1,-17,-16,-14, -3,-11,-17,-21,-17,-16;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='Y';  M=-13,-13,-26,-15, -8,  0,-21,  1,-11,  3, -7, -1,-10,-20, -2,  6,-12, -9,-12, -1, 13, -6; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L';  M=-11,-22,-28,-19,-10, -8,-25,-13, -3,-10, 10,  3,-20,  5,-10, -3,-19,-10, -8,-22, -8,-12;
/M: SY='W';  M=-19,-36,-48,-35,-23,  7,-20,-28,-21,-18,-20,-20,-37,-28,-17,-18,-37,-28,-30,136, 26,-15;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='A';  M= 27, -7,-13,-11, -6,-21,  3,-16,-16,-11,-20,-15, -2, -5, -7,-16, 20,  6, -8,-28,-21, -7;
/M: SY='T';  M= -2, -8,-12,-16,-14, -6,-23,-21,  0,-14,  1, -3, -8,-15,-14,-13,  9, 34,  8,-28, -8,-14;
/M: SY='T';  M= -3,  1,-13, -6, -8,-12,-20,-18,-11, -8,-11,-10,  1,-11, -8, -6, 16, 40, -2,-30,-10, -9;
/M: SY='A';  M=  7, -4,-20, -4,  4,-18,-10, -8,-16, -7,-15,-12, -5, -3, -1,-11,  7,  2,-13,-24,-10,  0;
/M: SY='N';  M=-10, 28,-22, 25,  4,-23, -8,  1,-22, -1,-25,-19, 29,-16, -2, -3,  7, -1,-20,-36,-16,  1;
/M: SY='Y';  M=-19,-23,-28,-26,-23, 40,-29,  7,  1,-15,  3,  3,-21,-29,-17,-13,-21,-11, -7, 26, 61,-22;
/M: SY='D';  M=-14, 32,-27, 44, 19,-33, -9, -1,-32,  0,-26,-22, 15,-10,  4, -7,  3, -7,-25,-36,-19, 12;
/M: SY='R';  M= -8, -2,-27, -2,  6,-23, -1, -6,-25,  9,-21,-11,  1,-14,  5, 10, -2, -7,-21,-22,-12,  4;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='D';  M=-15, 37,-23, 49, 15,-30, -8,  0,-30,  2,-24,-22, 17, -8,  1, -6,  0, -7,-23,-31,-15,  8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='Q';  M= -7, -2,-24, -2,  6,-24,  1, -1,-23, 10,-19, -8,  0,-11, 14,  9, -3,-10,-20,-16,-10,  9; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='K';  M= -9, -2,-27, -2,  8,-27,-17, -6,-25, 28,-22, -8,  0,-13, 15, 24, -5, -7,-20,-22,-11, 11;
/M: SY='W';  M=-20,-34,-42,-34,-27, 21,-24,-15,-13,-18,-12,-13,-33,-30,-19,-17,-33,-23,-22,106, 44,-21;
/M: SY='G';  M=  0, -6,-26, -6, -8,-28, 31,-15,-33,  1,-29,-17,  1,-16, -8, -2,  4,-10,-23,-23,-22, -8;
/M: SY='F';  M=-19,-25,-24,-31,-23, 53,-30, -7,  2,-22,  7,  1,-19,-28,-26,-16,-19,-10, -3, 12, 41,-23;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -2,-14,-27,-12, -1,-19,-19,-16,-12, -7,-11, -8,-14, 26, -6, -9, -6, -1,-13,-26,-18, -6;
/M: SY='D';  M= -5,  7,-21,  9,  9,-20,-15, -1,-17, -5,-15,-11,  3,-11,  3, -8,  3, -1,-15,-28,-10,  5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 112 in 62 different sequences
Number of true positive hits 112 in 62 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 1
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 4
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Fibronectin type-II
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
62 sequences

BSPH1_HUMAN (Q075Z2), BSPH1_MOUSE (Q3UW26), BSPH2_MOUSE (Q0Q236), 
ESPB1_CANLF (Q9GL25), ESPB1_HUMAN (Q96BH3), ESPB1_PIG   (Q7YR83), 
FA12_BOVIN  (P98140), FA12_CAVPO  (Q04962), FA12_HUMAN  (P00748), 
FA12_MOUSE  (Q80YC5), FA12_PIG(O97507), FA12_RAT(D3ZTE0), 
FINC_BOVIN  (P07589), FINC_CANLF  (Q28275), FINC_CHICK  (P11722), 
FINC_HORSE  (Q28377), FINC_HUMAN  (P02751), FINC_MOUSE  (P11276), 
FINC_NOTVI  (Q91400), FINC_RABIT  (Q28749), FINC_RAT(P04937), 
FINC_XENLA  (Q91740), HGFA_CANLF  (Q6QNF4), HGFA_HUMAN  (Q04756), 
HGFA_MOUSE  (Q9R098), LY75_HUMAN  (O60449), LY75_MESAU  (Q920P9), 
LY75_MOUSE  (Q60767), MMP2_BOVIN  (Q9GLE5), MMP2_CHICK  (Q90611), 
MMP2_HUMAN  (P08253), MMP2_MOUSE  (P33434), MMP2_RABIT  (P50757), 
MMP2_RAT(P33436), MMP9_BOVIN  (P52176), MMP9_CANLF  (O18733), 
MMP9_HUMAN  (P14780), MMP9_MOUSE  (P41245), MMP9_RABIT  (P41246), 
MMP9_RAT(P50282), MPRI_BOVIN  (P08169), MPRI_HUMAN  (P11717), 
MPRI_MOUSE  (Q07113), MRC1_HUMAN  (P22897), MRC1_MOUSE  (Q61830), 
MRC2_HUMAN  (Q9UBG0), MRC2_MOUSE  (Q64449), MRC2_RAT(Q4TU93), 
PB1_PIG (P80964), PLA2R_BOVIN (P49259), PLA2R_HUMAN (Q13018), 
PLA2R_MOUSE (Q62028), PLA2R_PONAB (Q5R880), PLA2R_RABIT (P49260), 
SE1L1_HUMAN (Q9UBV2), SE1L1_MESAU (Q9ESM7), SE1L1_MOUSE (Q9Z2G6), 
SE1L1_RAT   (Q80Z70), SFP1_BOVIN  (P02784), SFP3_BOVIN  (P04557), 
SFP4_BOVIN  (P81019), SP1_HORSE   (P81121)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
1 sequence

SFP1_BOSIN  (B3EWK6)

		
PDB
[Detailed view]
38 PDB

1CK7; 1CXW; 1E88; 1E8B; 1EAK; 1GXD; 1H8P; 1J7M; 1KS0; 1L6J; 1PDC; 1QO6; 2FN2; 2V5O; 2V5P; 3M7P; 3MQL; 5AO5; 5AO6; 5E4K; 5E4L; 5EW6; 5XTS; 5XTW; 6INN; 6INO; 6INU; 6INV; 6IOE; 6SZW; 6UM1; 6UM2; 7JPT; 7JPU; 7PRJ; 7PRK; 7QSR; 8HBC
» more