PROSITE entry PS51092
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | FN2_2 |
| Accession [info] | PS51092 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-MAR-2005 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00022 |
| Associated ProRule [info] | PRU00479 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=49; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=45; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2742712; R2=0.0110785; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=788; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=562; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='S'; M= 8, -2,-17, -2, 3,-19, -7,-13,-15, -7,-18,-14, -1, -9, -3,-12, 14, 6, -8,-30,-17, 0; /M: SY='D'; M= -8, 12,-25, 15, 10,-20,-11, 1,-23, -3,-19,-14, 8, -9, 2, -7, 1, -4,-21,-28,-11, 5; /M: SY='G'; M= -5, -3,-29, -1,-11,-26, 42,-10,-35,-12,-27,-18, 1,-18,-13,-13, -1,-16,-27,-19,-17,-13; /M: SY='E'; M= -1, 6,-27, 9, 18,-28,-11, -6,-25, 9,-22,-15, 2, 0, 7, 2, -1, -8,-22,-27,-18, 12; /M: SY='P'; M= -6,-14,-31,-10, 0,-22,-15,-15,-18, -1,-19,-12,-13, 35, -6, -6, -7, -7,-21,-25,-19, -6; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='V'; M= -3,-17,-20,-18,-12,-10,-25, -4, 6, -6, -3, 3,-14,-21,-11, -8, -9, -6, 14,-26, -5,-13; /M: SY='F'; M=-19,-30,-20,-39,-29, 74,-30,-20, 3,-30, 12, 2,-21,-30,-38,-20,-21,-10, 1, 8, 28,-29; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='F'; M=-18,-28,-20,-37,-28, 73,-28,-19, -1,-29, 7, -1,-18,-29,-37,-19,-16, -8, -1, 7, 28,-28; /M: SY='I'; M= -4,-14,-21,-19,-12,-10,-25,-18, 8, -7, 2, 4,-10,-18, -7, -8, -7, 3, 8,-24, -7,-11; /M: SY='Y'; M=-19,-25,-26,-29,-25, 47,-31, 1, 4,-20, 5, 2,-20,-29,-23,-15,-20,-10, -2, 17, 52,-25; /M: SY='R'; M=-12, 3,-27, 2, 5,-23, -9, 2,-23, 10,-17, -8, 6,-16, 10, 14, -5,-10,-22,-24,-10, 6; /M: SY='G'; M= -2, 0,-28, -3,-12,-28, 46,-13,-34,-12,-28,-19, 10,-19,-12,-10, 2,-15,-28,-24,-26,-12; /M: SY='R'; M=-11, 1,-26, -1, 6,-21,-19, 2,-22, 17,-21, -9, 4,-14, 9, 19, -3, -4,-18,-24, -7, 6; /M: SY='T'; M= -4, -6,-22, -9, -2,-14,-16,-13,-12, -4,-13, -9, -3,-15, -2, -5, 3, 4,-10,-10, -8, -1; /M: SY='Y'; M=-19,-18,-29,-19,-18, 24,-29, 25, -2,-13, -1, 1,-16,-28,-10,-10,-18,-11, -9, 16, 62,-18; /M: SY='H'; M=-12, 2,-24, 2, -2, -1,-17, 15,-18, -8,-15,-10, 3,-18, -3, -6, 0, -3,-17,-17, 11, -3; /M: SY='D'; M= -3, 13,-21, 18, 10,-27, -3, -7,-26, -1,-25,-19, 9,-10, 1, -6, 14, 4,-19,-34,-19, 5; /M: SY='C'; M=-10,-20,118,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-29,-20,-20,-20,-40,-30,-29,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='T'; M= -3,-11,-16,-20,-17, -6,-26,-22, 9,-16, 1, 1, -8,-14,-13,-16, 6, 29, 10,-27, -7,-16; /M: SY='T'; M= -4, -5,-19, -6, 0,-14,-18, -4,-14, -2,-12, -8, -2,-14, -1, 2, 7, 11, -7,-28, -9, -1; /M: SY='E'; M= -9, 11,-26, 17, 25,-28,-13, 1,-27, 4,-21,-17, 4, -8, 9, -2, 3, -3,-23,-30,-15, 16; /M: SY='G'; M= -5, 0,-29, 1, -6,-29, 44,-11,-37,-12,-28,-20, 6,-17,-11,-11, 0,-16,-30,-24,-25, -9; /M: SY='R'; M= -8, 0,-23, 1, 3,-23,-12, -3,-27, 12,-25,-15, 5,-15, 8, 29, 9, 1,-18,-29,-14, 4; /I: I=-6; MD=-29; /M: SY='E'; M= -5, 2,-15, 2, 4, -9, -8, 0,-15, -2,-13, -9, 3, -6, 1, -1, 3, 0,-12,-17, -7, 2; D=-6; /I: I=-6; MD=-29; /M: SY='D'; M= -9, 18,-17, 26, 6,-16, -3, -3,-19, -4,-13,-14, 7, -8, -3, -7, 0, -5,-15,-20,-10, 2; D=-6; /I: I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='G'; M= -3, -8,-25,-11,-15,-14, 23,-13,-21,-15,-15,-12, 1,-17,-16,-14, -3,-11,-17,-21,-17,-16; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='Y'; M=-13,-13,-26,-15, -8, 0,-21, 1,-11, 3, -7, -1,-10,-20, -2, 6,-12, -9,-12, -1, 13, -6; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='L'; M=-11,-22,-28,-19,-10, -8,-25,-13, -3,-10, 10, 3,-20, 5,-10, -3,-19,-10, -8,-22, -8,-12; /M: SY='W'; M=-19,-36,-48,-35,-23, 7,-20,-28,-21,-18,-20,-20,-37,-28,-17,-18,-37,-28,-30,136, 26,-15; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='A'; M= 27, -7,-13,-11, -6,-21, 3,-16,-16,-11,-20,-15, -2, -5, -7,-16, 20, 6, -8,-28,-21, -7; /M: SY='T'; M= -2, -8,-12,-16,-14, -6,-23,-21, 0,-14, 1, -3, -8,-15,-14,-13, 9, 34, 8,-28, -8,-14; /M: SY='T'; M= -3, 1,-13, -6, -8,-12,-20,-18,-11, -8,-11,-10, 1,-11, -8, -6, 16, 40, -2,-30,-10, -9; /M: SY='A'; M= 7, -4,-20, -4, 4,-18,-10, -8,-16, -7,-15,-12, -5, -3, -1,-11, 7, 2,-13,-24,-10, 0; /M: SY='N'; M=-10, 28,-22, 25, 4,-23, -8, 1,-22, -1,-25,-19, 29,-16, -2, -3, 7, -1,-20,-36,-16, 1; /M: SY='Y'; M=-19,-23,-28,-26,-23, 40,-29, 7, 1,-15, 3, 3,-21,-29,-17,-13,-21,-11, -7, 26, 61,-22; /M: SY='D'; M=-14, 32,-27, 44, 19,-33, -9, -1,-32, 0,-26,-22, 15,-10, 4, -7, 3, -7,-25,-36,-19, 12; /M: SY='R'; M= -8, -2,-27, -2, 6,-23, -1, -6,-25, 9,-21,-11, 1,-14, 5, 10, -2, -7,-21,-22,-12, 4; /I: I=-6; MD=-29; /M: SY='D'; M=-15, 37,-23, 49, 15,-30, -8, 0,-30, 2,-24,-22, 17, -8, 1, -6, 0, -7,-23,-31,-15, 8; D=-6; /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='Q'; M= -7, -2,-24, -2, 6,-24, 1, -1,-23, 10,-19, -8, 0,-11, 14, 9, -3,-10,-20,-16,-10, 9; D=-6; /I: I=-6; DM=-29; /M: SY='K'; M= -9, -2,-27, -2, 8,-27,-17, -6,-25, 28,-22, -8, 0,-13, 15, 24, -5, -7,-20,-22,-11, 11; /M: SY='W'; M=-20,-34,-42,-34,-27, 21,-24,-15,-13,-18,-12,-13,-33,-30,-19,-17,-33,-23,-22,106, 44,-21; /M: SY='G'; M= 0, -6,-26, -6, -8,-28, 31,-15,-33, 1,-29,-17, 1,-16, -8, -2, 4,-10,-23,-23,-22, -8; /M: SY='F'; M=-19,-25,-24,-31,-23, 53,-30, -7, 2,-22, 7, 1,-19,-28,-26,-16,-19,-10, -3, 12, 41,-23; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='P'; M= -2,-14,-27,-12, -1,-19,-19,-16,-12, -7,-11, -8,-14, 26, -6, -9, -6, -1,-13,-26,-18, -6; /M: SY='D'; M= -5, 7,-21, 9, 9,-20,-15, -1,-17, -5,-15,-11, 3,-11, 3, -8, 3, -1,-15,-28,-10, 5; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 112 in 62 different sequences |
| Number of true positive hits | 112 in 62 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 1 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | N_Hulo |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 4 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Fibronectin type-II |
| Version [info] | 4 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
62 sequences
BSPH1_HUMAN (Q075Z2), BSPH1_MOUSE (Q3UW26), BSPH2_MOUSE (Q0Q236), ESPB1_CANLF (Q9GL25), ESPB1_HUMAN (Q96BH3), ESPB1_PIG (Q7YR83), FA12_BOVIN (P98140), FA12_CAVPO (Q04962), FA12_HUMAN (P00748), FA12_MOUSE (Q80YC5), FA12_PIG(O97507), FA12_RAT(D3ZTE0), FINC_BOVIN (P07589), FINC_CANLF (Q28275), FINC_CHICK (P11722), FINC_HORSE (Q28377), FINC_HUMAN (P02751), FINC_MOUSE (P11276), FINC_NOTVI (Q91400), FINC_RABIT (Q28749), FINC_RAT(P04937), FINC_XENLA (Q91740), HGFA_CANLF (Q6QNF4), HGFA_HUMAN (Q04756), HGFA_MOUSE (Q9R098), LY75_HUMAN (O60449), LY75_MESAU (Q920P9), LY75_MOUSE (Q60767), MMP2_BOVIN (Q9GLE5), MMP2_CHICK (Q90611), MMP2_HUMAN (P08253), MMP2_MOUSE (P33434), MMP2_RABIT (P50757), MMP2_RAT(P33436), MMP9_BOVIN (P52176), MMP9_CANLF (O18733), MMP9_HUMAN (P14780), MMP9_MOUSE (P41245), MMP9_RABIT (P41246), MMP9_RAT(P50282), MPRI_BOVIN (P08169), MPRI_HUMAN (P11717), MPRI_MOUSE (Q07113), MRC1_HUMAN (P22897), MRC1_MOUSE (Q61830), MRC2_HUMAN (Q9UBG0), MRC2_MOUSE (Q64449), MRC2_RAT(Q4TU93), PB1_PIG (P80964), PLA2R_BOVIN (P49259), PLA2R_HUMAN (Q13018), PLA2R_MOUSE (Q62028), PLA2R_PONAB (Q5R880), PLA2R_RABIT (P49260), SE1L1_HUMAN (Q9UBV2), SE1L1_MESAU (Q9ESM7), SE1L1_MOUSE (Q9Z2G6), SE1L1_RAT (Q80Z70), SFP1_BOVIN (P02784), SFP3_BOVIN (P04557), SFP4_BOVIN (P81019), SP1_HORSE (P81121)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences |
1 sequence
SFP1_BOSIN (B3EWK6) |
| PDB [Detailed view] |
38 PDB
1CK7; 1CXW; 1E88; 1E8B; 1EAK; 1GXD; 1H8P; 1J7M; 1KS0; 1L6J; 1PDC; 1QO6; 2FN2; 2V5O; 2V5P; 3M7P; 3MQL; 5AO5; 5AO6; 5E4K; 5E4L; 5EW6; 5XTS; 5XTW; 6INN; 6INO; 6INU; 6INV; 6IOE; 6SZW; 6UM1; 6UM2; 7JPT; 7JPU; 7PRJ; 7PRK; 7QSR; 8HBC » more |