PROSITE entry PS51095
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | PTS_EIIA_TYPE_3 |
| Accession [info] | PS51095 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-APR-2005 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00528 |
| Associated ProRule [info] | PRU00418 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | PTS_EIIA type-3 domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=99; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=94; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1385057; R2=0.0151223; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1182; N_SCORE=20.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=289; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-7; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='E'; M=-10, 2,-25, 4, 16,-18,-20, -7, -9, -5, -5, -1, -3, -8, 3, -9, -5, -4,-12,-28,-13, 9; /M: SY='D'; M= -9, 10,-25, 15, 15,-24,-12, -1,-21, -4,-16,-14, 4,-11, 3, -8, 2, -1,-18,-31,-14, 9; /M: SY='I'; M= -5,-18,-19,-25,-19, -2,-23,-19, 15,-20, 15, 14,-15,-21,-15,-18,-10, 5, 11,-24, -5,-18; /M: SY='E'; M=-10, 11,-27, 16, 38,-26,-18, -1,-24, 4,-16,-14, 4, -6, 15, -2, 0, -7,-25,-30,-17, 27; /M: SY='E'; M= -9, -1,-23, -1, 6,-16,-21, -6,-10, 0, -4, -2, -4,-15, 6, -3, -6, -1,-11,-24, -7, 6; /M: SY='V'; M= -1,-18,-21,-22,-17, -4,-27,-22, 16,-16, 5, 5,-16,-20,-15,-16, -9, -3, 17,-23, -6,-17; /M: SY='V'; M= 5,-15, -5,-20,-16,-11,-15,-20, 4,-18, -4, -1, -9,-18,-13,-19, 6, 5, 7,-30,-13,-16; /M: SY='F'; M=-14,-25,-20,-34,-25, 32,-25,-10, 13,-19, 15, 31,-20,-25,-18,-15,-20,-10, 8, -7, 14,-20; /M: SY='E'; M= -2, 3,-23, -1, 7,-24, -3, -5,-23, 0,-21,-13, 6, -7, 6, -1, 5, 2,-20,-27,-17, 6; /M: SY='I'; M=-10,-29,-24,-34,-24, 4,-33,-22, 32,-27, 32, 25,-25,-25,-18,-23,-24,-10, 20,-20, 0,-23; /M: SY='I'; M= -9,-30,-26,-37,-29, 1,-37,-29, 43,-29, 22, 19,-23,-23,-21,-27,-20, -9, 30,-21, -1,-29; /M: SY='L'; M= 7,-19, -9,-23,-17, -5,-19,-20, 8,-20, 11, 4,-16,-21,-15,-19, -4, 0, 9,-26,-10,-16; /M: SY='H'; M=-13, 3,-26, 1, -1,-12,-17, 27,-19, 2,-18, -7, 8,-19, 6, 1, -4, -8,-21,-18, 14, 0; /M: SY='A'; M= 30,-11,-12,-17,-11,-18, -1,-19, -7,-13,-12, -9, -7,-13,-10,-18, 13, 3, 2,-26,-18,-11; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='D'; M= -5, 24,-23, 25, 18,-28, -8, 0,-26, 0,-26,-20, 22,-11, 7, -5, 9, -2,-25,-35,-19, 12; /M: SY='A'; M= 42, -9,-11,-18,-10,-20, 4,-19,-13,-11,-13,-11, -8,-11,-10,-19, 12, 2, -3,-22,-20,-10; /M: SY='R'; M=-17, -8,-29, -8, 2,-19,-20, -4,-29, 32,-22,-10, 0,-17, 8, 54, -9, -9,-19,-20, -9, 2; /M: SY='S'; M= 10, 2,-12, 1, -1,-21, -1,-10,-20, -9,-26,-18, 9,-11, 0,-10, 31, 17,-11,-36,-19, -1; /M: SY='C'; M= -2,-11, 2,-14, -8, -6,-20, -9,-12,-12, -4, -6,-10,-21,-11,-12, -5, -5, -7,-26, -7,-10; /M: SY='A'; M= 11,-21,-13,-27,-20, 1,-20,-19, 10,-19, 8, 4,-19,-21,-18,-21, -8, -5, 11,-17, -2,-20; /M: SY='M'; M= -9,-23,-22,-28,-21, 14,-27, -8, 13,-17, 13, 15,-19,-24,-15,-13,-17, -7, 8, -9, 15,-20; /M: SY='E'; M= -5, 5,-27, 8, 34,-29,-17, 3,-24, 11,-19,-11, 1, -6, 21, 3, -1, -9,-25,-26,-15, 27; /M: SY='A'; M= 44,-10,-12,-18,-10,-21, 6,-20,-13,-11,-13,-11, -8,-11,-10,-20, 10, -1, -3,-21,-21,-10; /M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-32,-23, 12,-31,-20, 24,-28, 39, 22,-27,-28,-20,-21,-26,-10, 14,-18, 2,-22; /M: SY='Q'; M= -6, 9,-26, 11, 13,-30,-14, 1,-26, 14,-24,-13, 7,-11, 16, 12, 1, -7,-23,-27,-14, 14; /M: SY='A'; M= 11, -7,-18, -9, 6,-17,-15, 0,-14, -4, -6, -6, -8,-13, 0, -9, -3, -7,-11,-21, -8, 2; /M: SY='A'; M= 30,-15,-14,-23,-15,-13, -6,-17, -1,-13, -2, 2,-14,-15,-11,-19, 1, -3, 5,-19,-12,-14; /M: SY='R'; M=-10, -2,-29, -2, 10,-25,-15, 0,-29, 26,-23,-11, 2,-13, 10, 33, -6,-10,-22,-22,-12, 8; /M: SY='E'; M= 3, 5,-24, 1, 13,-27,-10, -3,-22, 10,-21,-12, 7,-11, 13, 7, 2, -6,-21,-25,-16, 13; /M: SY='G'; M= -5, -6,-28, -5,-11,-24, 34,-12,-31, -9,-24,-15, 1,-19, -8, -7, -1,-14,-25,-20,-17,-10; /M: SY='D'; M= -9, 26,-25, 30, 19,-29,-10, 0,-29, 6,-26,-22, 19,-11, 5, 1, 5, -5,-26,-35,-19, 12; /M: SY='F'; M=-17,-28,-23,-34,-27, 51,-29,-14, 5,-25, 9, 3,-21,-28,-29,-19,-19, -9, 2, 11, 30,-26; /M: SY='E'; M= -4, 14,-25, 19, 29,-29,-14, 0,-27, 4,-21,-18, 6, -7, 12, -3, 4, -4,-23,-30,-17, 20; /M: SY='E'; M= -1, 2,-25, 4, 24,-25,-17, -3,-23, 10,-16,-12, -2, -8, 9, 4, -1, -6,-19,-26,-14, 16; /M: SY='A'; M= 35,-12,-11,-19,-12,-12, -5,-19, -7,-12,-10, -9, -9,-13,-12,-19, 11, 2, 3,-22,-16,-12; /M: SY='E'; M=-12, 14,-28, 19, 26,-27,-17, -1,-28, 13,-23,-17, 8, -9, 12, 7, -1, -6,-25,-27,-12, 18; /M: SY='E'; M= 1, -2,-24, -3, 17,-23,-15, -7,-14, 1,-11, -6, -3,-10, 11, -3, -1, -5,-15,-25,-15, 14; /M: SY='L'; M=-10,-15,-16,-16, -7, -8,-24, -7, -6, 1, 6, 6,-13,-21, -6, -1,-16, -9, -6,-23, -4, -6; /M: SY='L'; M= -9,-29,-22,-33,-24, 5,-32,-22, 31,-27, 33, 23,-26,-26,-19,-22,-24, -9, 21,-21, -1,-23; /M: SY='E'; M= -4, 2,-25, 3, 14,-26,-17, -6,-19, 10,-18,-10, 0,-11, 13, 5, 0, -3,-16,-26,-14, 13; /M: SY='E'; M= -4, 1,-26, 4, 28,-28,-18, -2,-22, 10,-17, -9, -2, -7, 22, 4, 0, -6,-22,-25,-15, 25; /M: SY='A'; M= 39, -8,-11,-16, -9,-21, 5,-18,-14,-11,-15,-13, -6,-11, -9,-18, 15, 2, -4,-24,-21, -9; /M: SY='N'; M= -8, 14,-25, 14, 14,-23,-10, -2,-25, 6,-23,-16, 15,-12, 7, 4, 3, -5,-23,-30,-16, 10; /M: SY='E'; M=-10, 14,-26, 20, 24,-28,-14, -3,-25, 6,-21,-15, 6, -9, 11, 0, 1, -3,-22,-30,-17, 17; /M: SY='E'; M= 7, -1,-20, -1, 9,-16,-11,-11,-16, -5,-12,-12, -4,-11, -1,-10, 5, 0,-12,-24,-12, 4; /M: SY='L'; M= -9,-29,-23,-33,-23, 8,-32,-22, 27,-29, 37, 20,-26,-26,-20,-23,-25,-10, 15,-19, 0,-23; /M: SY='A'; M= 1, -7,-20,-12, -8,-15,-11,-13, -8, 0, -8, -5, -3,-18, -5, -1, -2, -1, -4,-23,-10, -7; /M: SY='E'; M= -9, 4,-27, 6, 26,-24,-19, -5,-21, 13,-17,-12, 3, -8, 11, 7, -2, -5,-20,-27,-14, 18; /M: SY='A'; M= 40,-11,-12,-19,-12,-20, 7,-20,-12,-12,-12,-11, -9,-12,-12,-20, 9, -2, -1,-21,-21,-12; /M: SY='H'; M=-19, 0,-30, 0, 2,-22,-20, 91,-29, -8,-20, 0, 9,-19, 15, 1, -9,-19,-30,-29, 17, 4; /M: SY='R'; M=-13, 10,-26, 10, 7,-23,-15, 10,-25, 12,-20,-12, 12,-15, 5, 15, -3, -6,-22,-29, -9, 4; /M: SY='I'; M= 0,-17,-19,-22,-15, -4,-24,-17, 13,-16, 8, 8,-15,-20,-11,-16, -9, -1, 13,-22, -5,-14; /M: SY='Q'; M=-13, 0,-30, 0, 15,-35,-20, 34,-23, 5,-20, 0, 3,-13, 46, 7, -3,-13,-30,-23, -2, 29; /M: SY='T'; M= 0, -3,-13,-12,-11, -8,-18,-11, -9, -9, -9, -5, -1,-13, -9, -7, 12, 31, -1,-27, -8,-10; /M: SY='E'; M= -9, 6,-27, 8, 18,-30, -9, -2,-26, 11,-23,-12, 5,-10, 18, 7, 1, -6,-25,-26,-16, 17; /M: SY='L'; M=-10,-26,-20,-29,-20, 10,-28,-17, 16,-22, 33, 22,-24,-27,-16,-13,-23, -7, 10,-19, 1,-18; /M: SY='I'; M=-10,-29,-26,-35,-26, 3,-36,-26, 37,-29, 30, 19,-23,-23,-20,-26,-23, -8, 22,-20, 0,-26; /M: SY='Q'; M= -6, -6,-27, -7, 6,-29,-10, -4,-14, 0,-16, -4, -3,-13, 25, 1, 0, -6,-17,-22,-13, 15; /M: SY='Q'; M= -7, -5,-27, -6, 8,-19,-15, -1,-19, 11,-14, -4, -5,-14, 14, 7, -7,-10,-18,-18, -5, 11; /M: SY='E'; M=-11, 15,-28, 23, 39,-27,-17, 0,-27, 4,-18,-18, 5, -6, 13, -3, 0, -8,-26,-30,-16, 26; /M: SY='A'; M= 33, -9,-13,-15, -4,-19, -6,-17, -9, -9,-10, -9, -8,-11, -6,-16, 9, 2, -1,-23,-18, -5; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='N'; M= -1, 7,-22, 3, -2,-25, 13, -7,-27, -1,-27,-17, 14,-15, -1, -3, 10, -2,-22,-29,-20, -1; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='G'; M= 2, -7,-22, -6, -3,-28, 35,-15,-32,-12,-25,-18, -3,-10, -9,-15, 0,-15,-25,-22,-26, -7; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='E'; M= -1, 3,-24, 2, 9,-26, 9, -7,-25, -3,-23,-16, 7,-12, 4, -7, 7, -4,-22,-28,-20, 7; /M: SY='R'; M= -9, -1,-27, 0, 9,-27,-17, 1,-26, 21,-23,-10, 1,-10, 13, 22, -2, -7,-21,-25,-11, 10; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='V'; M= -4,-19,-17,-24,-19, 1,-25,-18, 16,-15, 9, 12,-16,-21,-15,-15, -9, 1, 18,-22, -4,-18; D=-12; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='E'; M= -8, 4,-27, 7, 17,-26,-13, -7,-23, 8,-22,-15, 2, 3, 6, 2, 0, -5,-20,-28,-18, 10; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='I'; M= -9,-24,-22,-27,-21, 6,-28,-12, 17,-20, 10, 13,-21,-15,-17,-18,-16, -8, 15,-18, 2,-20; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='S'; M= -1, 10,-18, 10, 6,-24, -5, -7,-23, -6,-26,-19, 12, -6, 2, -8, 21, 12,-17,-36,-19, 3; /M: SY='L'; M= -8,-26,-19,-30,-22, 15,-29,-22, 18,-27, 30, 13,-24,-26,-22,-20,-20, -3, 12,-17, 2,-22; /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-32,-23, 8,-33,-22, 27,-29, 39, 19,-27,-27,-20,-22,-27,-10, 16,-19, 2,-23; /M: SY='L'; M=-11,-27,-19,-32,-23, 26,-28,-17, 14,-25, 28, 19,-25,-28,-23,-18,-22, -7, 11,-13, 7,-22; /M: SY='V'; M= -5,-24,-12,-30,-26, -2,-29,-23, 27,-21, 12, 17,-21,-25,-21,-20,-12, -2, 30,-27, -7,-25; /M: SY='H'; M=-19, 2,-29, 1, 0,-20,-19, 95,-29, -9,-21, -1, 13,-20, 9, 0, -9,-19,-30,-31, 18, 0; /M: SY='A'; M= 43,-10,-12,-20,-11,-19, 0,-20, -9,-11,-10, -9, -9,-11,-10,-20, 10, 0, 0,-21,-19,-11; /M: SY='Q'; M=-10, 3,-30, 5, 31,-37,-20, 7,-23, 10,-20, -5, 0, -7, 49, 7, 0,-10,-30,-23,-13, 40; /M: SY='D'; M=-17, 44,-29, 61, 17,-38, -5, -2,-39, -2,-30,-29, 18,-11, -1,-11, 2, -9,-29,-39,-21, 8; /M: SY='H'; M=-11, -2,-25, -4, 0,-20,-19, 55,-22, -8,-15, -1, 4,-17, 13, -2, -4, -7,-22,-27, 8, 3; /M: SY='L'; M=-11,-30,-20,-31,-21, 15,-30,-20, 20,-29, 44, 20,-28,-29,-21,-20,-28,-10, 10,-17, 3,-21; /M: SY='M'; M= -6,-19,-19,-28,-19, -2,-20, -5, 18,-12, 15, 48,-18,-20, -3,-12,-15, -7, 12,-22, -3,-12; /M: SY='T'; M= 1, 7,-12, -3, -7,-14,-12,-12,-13, -8,-17,-13, 13,-13, -7, -8, 20, 30, -6,-34,-14, -7; /M: SY='T'; M= 19, -7,-10,-14,-11,-14,-11,-20, -7,-11,-11, -9, -6,-12,-11,-15, 16, 22, 5,-28,-15,-11; /M: SY='M'; M=-11,-16,-25,-20,-12, -2,-22,-10, 13,-13, 13, 24,-16,-19, -7,-14,-17,-10, 5,-19, 0,-11; /M: SY='T'; M= 0,-14,-16,-18,-15, -6,-15,-20, 3,-19, 6, 0,-11,-19,-14,-16, 2, 12, 5,-27,-10,-15; /M: SY='E'; M= 1,-12,-10,-13, 5,-10,-21,-14, -5,-12, 2, -2,-14,-16, -6,-15, -8, -8, -4,-24,-10, -1; /M: SY='R'; M=-11,-13,-25,-15, -7,-14,-23, -9, -4, 4, -2, 2, -7,-19, 2, 15,-10, -7, -4,-23, -8, -4; /M: SY='D'; M=-10, 19,-25, 26, 25,-27,-14, -2,-25, 0,-19,-18, 11,-10, 8, -5, 3, -4,-24,-34,-17, 16; /M: SY='L'; M= -9,-27,-20,-29,-19, 5,-29,-18, 22,-24, 35, 24,-26,-26,-16,-18,-24, -9, 15,-21, -2,-18; /M: SY='V'; M= 12,-18,-17,-26,-19, -6,-17,-24, 12,-19, 1, 1,-14,-17,-17,-21, -1, 2, 14,-22,-10,-19; /M: SY='E'; M= -6, 1,-25, 1, 15,-21,-17, -5,-22, 15,-20,-13, 2,-10, 7, 14, 2, 0,-18,-25,-11, 10; /M: SY='E'; M=-10, 11,-28, 16, 40,-26,-17, 8,-27, 6,-21,-17, 7, -6, 15, 1, 2, -8,-28,-29,-13, 27; /M: SY='M'; M=-10,-26,-21,-33,-23, 12,-28,-15, 24,-22, 27, 32,-24,-25,-16,-18,-22, -9, 15,-17, 3,-20; /M: SY='I'; M= -8,-29,-26,-35,-27, 0,-31,-27, 36,-28, 23, 17,-22,-23,-21,-26,-20,-10, 24,-21, -3,-27; /M: SY='E'; M= 1, 7,-25, 8, 18,-26, -5, 2,-26, 3,-21,-16, 6,-10, 5, 0, 1, -8,-22,-28,-17, 10; /M: SY='L'; M= -5,-27,-21,-32,-23, 3,-29,-21, 27,-25, 30, 22,-25,-25,-18,-21,-21, -8, 19,-21, -2,-22; /M: SY='Y'; M=-18,-19,-27,-22,-18, 26,-27, 12, -5,-13, -2, -1,-15,-27,-13, -7,-16, -9,-10, 13, 44,-18; /M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 13,-29,-21, -3,-25, 30,-23, -7, -1,-11, 21, 28, -7,-10,-21,-21,-10, 16; /M: SY='R'; M=-14, 3,-30, 4, 11,-24,-18, -5,-25, 20,-22,-13, 3,-13, 9, 22, -7, -9,-21,-15,-10, 8; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 21 in 21 different sequences |
| Number of true positive hits | 21 in 21 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | V_Lesaux |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | PTS EIIA type-3 |
| Version [info] | 3 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
21 sequences
PTCA_LACLA (Q9CIE9), PTCA_LACLM (A2RIE7), PTEA_BACSU (O05506), PTEA_GEOSE (Q45402), PTJA_BACSU (P46319), PTLA_LACCA (P11502), PTLA_LACLL (P23532), PTLA_STAAC (Q5HE14), PTLA_STAAM (P0A0D3), PTLA_STAAN (P0A0D4), PTLA_STAAR (Q6GEN8), PTLA_STAAS (Q6G7C3), PTLA_STAAU (P0A0D6), PTLA_STAAW (P0A0D5), PTLA_STAEQ (Q5HM39), PTLA_STAES (Q8CNF6), PTLA_STRMU (P26426), PTQA_ECO57 (P69793), PTQA_ECOL6 (P69792), PTQA_ECOLI (P69791), PTQA_SHIFL (P69794)» more
|
| PDB [Detailed view] |
7 PDB
1E2A; 1WCR; 2E2A; 2LRK; 2LRL; 2WWV; 2WY2 |