We are deeply saddened by the passing of Amos Bairoch (1957–2025), the creator of PROSITE. We wish to dedicate our latest paper, published shortly before his death, to him. He will always be a source of inspiration to us.
Our deepest condolences go out to his family and friends, and to all those who had the privilege of working with him. Rest in peace, Amos. Your work will live on long after you are gone.
Our deepest condolences go out to his family and friends, and to all those who had the privilege of working with him. Rest in peace, Amos. Your work will live on long after you are gone.
PROSITE entry PS51118
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51118
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | HTH_HXLR |
| Accession [info] | PS51118 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-APR-2005 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51118 |
| Associated ProRule [info] | PRU00435 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | HxlR-type HTH domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=99; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=94; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1077032; R2=0.0123771; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9160.4521484; R2=3.5806754; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=638; H_SCORE=11445; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=355; H_SCORE=10432; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='C'; M= -4,-16, 77,-23,-17,-20,-26,-25,-22,-23,-16,-16,-16,-30,-21,-25, -7, -9, -9,-42,-26,-19; /M: SY='P'; M= -4,-11,-30, -5, 3,-27, -8,-16,-22, -9,-29,-20, -9, 47, -6,-16, 5, -2,-24,-32,-26, -4; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='V'; M= -5,-23,-17,-27,-22, 9,-25,-21, 15,-15, 4, 10,-19,-24,-20,-15, -8, -2, 21,-21, -2,-21; /M: SY='E'; M=-10, 4,-30, 10, 38,-30, -9, -1,-30, 9,-21,-16, 0, -6, 18, 8, -1,-11,-29,-26,-19, 27; /M: SY='H'; M= -5,-11,-21,-12, -3, -4,-20, 2, -8, -7, -6, -4, -9,-19, -6, -1, -3, -2, -3,-20, 2, -6; /M: SY='T'; M= 16,-10,-10,-18,-15,-11,-16,-22, 0,-12, -5, -5,-10,-15,-15,-16, 10, 22, 12,-27,-13,-15; /M: SY='L'; M= -9,-28,-19,-29,-21, 13,-29,-21, 16,-22, 32, 14,-27,-29,-22,-16,-23, -8, 14,-18, 1,-21; /M: SY='D'; M= -3, 16,-23, 21, 21,-28,-10, -4,-28, 6,-26,-20, 11, -8, 6, -2, 9, -2,-22,-33,-19, 14; /M: SY='L'; M= -9,-23,-20,-22,-14, -1,-28, -6, 14,-21, 22, 11,-22,-26,-16,-16,-19, -9, 14,-25, -2,-16; /M: SY='I'; M= -7,-30,-23,-35,-28, 2,-35,-28, 38,-27, 24, 17,-25,-25,-23,-25,-20, -7, 31,-23, -3,-28; /M: SY='G'; M= -2, -2,-27, -1,-14,-29, 49,-18,-36,-16,-27,-20, 2,-18,-16,-18, 3,-10,-26,-24,-26,-15; /M: SY='G'; M= -2, 1,-26, 0, -2,-28, 31,-12,-33, -4,-29,-19, 8,-15, -7, -8, 5,-10,-26,-26,-24, -4; /M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4, 6,-26,-20, -6,-30, 43,-26,-10, 0,-14, 10, 45,-10,-10,-20,-20,-10, 6; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='K'; M= -5, 3,-24, 0, 1,-25, -4,-10,-26, 21,-27,-14, 8,-12, 1, 11, 3, 1,-19,-26,-15, 1; /M: SY='M'; M= -4,-19,-12,-23,-21,-11, 3,-19, 0,-20, 0, 8,-14,-23,-17,-19, -8, -9, 2,-25,-14,-20; /M: SY='L'; M=-10,-28,-21,-29,-20, 5,-30,-20, 19,-23, 37, 16,-26,-28,-18,-12,-25, -9, 12,-21, -2,-20; /M: SY='I'; M= -7,-30,-24,-36,-29, 1,-36,-29, 41,-27, 21, 17,-24,-24,-23,-26,-18, -7, 33,-23, -3,-29; /M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-32,-22, 13,-31,-21, 22,-30, 44, 19,-28,-29,-21,-21,-28,-10, 12,-18, 2,-22; /M: SY='Y'; M=-16,-18, -6,-20,-16, -1,-26, 7,-13, -6,-10, -6,-15,-28, -9, 5,-15,-11, -8, 0, 19,-16; /M: SY='H'; M= -3, -4,-23, -3, 13,-13,-19, 16,-16, -6,-12, -8, -4,-13, 1, -7, -2, -5,-12,-26, -4, 6; /M: SY='L'; M= -2,-27,-19,-29,-19, 6,-26,-19, 16,-26, 41, 19,-27,-27,-18,-19,-24, -9, 9,-20, -3,-18; /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='F'; M=-11,-16, -4,-22,-15, 12,-21,-12, -1, -7, 0, 5,-11,-19,-13, -1,-12, -8, -1,-11, 2,-14; D=-6; /I: I=-6; DM=-29; /M: SY='D'; M=-16, 20,-28, 28, 19,-18,-16, 4,-29, 3,-22,-19, 10,-12, 2, -3, -4,-10,-25,-28,-10, 11; /M: SY='G'; M= -1, -9,-30, -9,-17,-30, 61,-19,-39,-13,-30,-19, 0,-19,-17,-15, -1,-19,-29,-20,-28,-17; /M: SY='T'; M= -6, -8,-23, -9, -2,-21,-21,-15,-13, 7,-18, -8, -8, 7, 1, 0, 0, 10, -8,-26,-14, -2; /M: SY='R'; M=-14, -7,-28, -8, 1,-20,-21, 7,-21, 25,-15, 1, -3,-16, 6, 27,-13,-11,-16,-21, -4, 2; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='F'; M=-15,-21,-18,-30,-24, 52,-27,-16, -3,-23, 4, -3,-15,-25,-29,-16,-10, 5, -1, 2, 25,-24; /M: SY='G'; M= 1, 4,-21, 0, -6,-25, 21,-10,-28, -4,-30,-19, 15,-15, -6, -7, 15, -1,-22,-31,-22, -6; /M: SY='E'; M=-11, 13,-30, 22, 45,-34,-19, 2,-29, 9,-21,-17, 3, -4, 27, 1, 0,-10,-30,-29,-18, 36; /M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-33,-23, 16,-32,-22, 24,-30, 39, 18,-27,-28,-22,-22,-27,-10, 13,-17, 3,-23; /M: SY='R'; M= -4, -4,-23, -8, -1,-19,-17, -9,-19, 18,-14, -8, 0,-15, 1, 21, -4, -1,-13,-23,-11, -1; /M: SY='R'; M=-17, 0,-29, 3, 9,-23,-19, -2,-30, 22,-21,-13, 2,-15, 9, 45, -6, -6,-21,-24,-12, 6; /M: SY='A'; M= 3, -8,-20,-15,-10,-12,-18,-15, -2, -4, 0, -1, -3,-17, -8, -4, -5, 0, -2,-24,-10,-10; /M: SY='I'; M=-11,-27,-16,-34,-25, 3,-32,-18, 28,-24, 24, 26,-22,-24,-15,-22,-22,-10, 16,-19, 2,-22; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='P'; M= -7,-16,-34, -9, -3,-26, -6,-17,-20,-10,-26,-17,-15, 64,-10,-17, -7,-10,-26,-25,-26,-10; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='G'; M= -7, 0,-25, -3,-10,-14, 17,-10,-23, -5,-20, -8, 6,-18,-10, -8, -2,-10,-20,-22,-15, -9; /M: SY='I'; M= -9,-29,-11,-38,-30, -2,-38,-30, 39,-29, 14, 14,-21,-24,-22,-29,-18, -9, 28,-25, -5,-30; /M: SY='T'; M= 2, -3,-14, -6, -5,-16,-13,-16,-15,-10,-20,-15, 1, 3, -6,-11, 23, 32, -7,-34,-16, -6; /M: SY='Q'; M=-11, 0,-28, 0, 17,-31,-20, 13,-22, 8,-19, -5, 1,-11, 36, 13, 0, -4,-25,-23, -8, 25; /M: SY='K'; M=-12, -4,-31, -3, 7,-28,-20, -9,-29, 39,-28,-11, -3, 1, 7, 31,-10,-10,-21,-21,-13, 6; /M: SY='M'; M= -8,-16,-18,-26,-18, -2,-21, -7, 15,-11, 13, 40,-15,-18, -4,-11,-11, 4, 9,-22, -2,-11; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='T'; M= 14, -7,-11,-14,-11,-13,-13,-19, -5,-12,-11, -9, -4,-12,-10,-15, 17, 23, 4,-29,-14,-11; /M: SY='Q'; M= -2, -4,-22, -6, 7,-20,-16, -4,-12, -3, -5, -4, -2,-15, 14, 1, -1, -4,-15,-25,-12, 10; /M: SY='R'; M= -9, -4,-24, -5, 6,-26,-17, -1,-22, 11,-20, -8, 1,-14, 24, 26, 5, 3,-19,-24,-11, 13; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='R'; M=-16, -6,-30, -6, 5,-25,-20, -1,-29, 32,-22, -9, 0,-16, 17, 53, -9,-10,-21,-20,-10, 7; /M: SY='E'; M= -2, 3,-26, 6, 36,-26,-17, -1,-20, 5,-14, -6, -4, -5, 18, -3, -1, -9,-21,-26,-16, 27; /M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-29,-19, 8,-29,-19, 16,-26, 45, 18,-28,-29,-18,-13,-29,-10, 8,-20, -1,-19; /M: SY='E'; M= -9, 4,-27, 12, 45,-27,-21, -3,-21, 6,-16,-14, -4, -5, 18, -1, -1, -9,-20,-29,-18, 31; /M: SY='Q'; M= 5, -1,-20, -4, 10,-26,-14, -6,-18, 1,-17, -9, -1, -9, 18, 0, 9, 7,-15,-25,-14, 14; /M: SY='D'; M=-12, 25,-23, 33, 6,-27,-11, 7,-25, -5,-24,-19, 16,-15, -3, -9, 5, -4,-17,-38,-14, 1; /M: SY='G'; M= -2, -8,-29, -8,-11,-28, 53,-16,-34,-16,-25,-14, -1,-18,-14,-17, -1,-18,-27,-21,-27,-12; /M: SY='I'; M=-10,-30,-22,-35,-26, 14,-34,-25, 29,-29, 29, 16,-25,-26,-24,-24,-23, -9, 21,-17, 3,-26; /M: SY='I'; M= -8,-30,-21,-35,-29, 11,-34,-27, 33,-27, 19, 14,-25,-26,-26,-24,-18, -7, 30,-19, 1,-29; /M: SY='H'; M=-13, 23,-25, 19, 10,-24, -9, 32,-27, -2,-26,-15, 30,-16, 5, -2, 4, -7,-29,-36, -8, 6; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='E'; M= -7, -2,-24, 2, 12,-21,-21,-10, -7, -1,-12, -7, -5,-12, 5, -7, -1, -5, -4,-29,-13, 8; /M: SY='V'; M= 1,-21,-17,-20,-13, -9,-23,-22, 11,-14, -1, 4,-21, -8,-17,-17, -5, -2, 22,-29,-14,-16; /M: SY='Y'; M=-17,-22,-27,-22,-21, 25,-30, 10, 5,-13, 7, 3,-22,-30,-13,-12,-20, -9, -1, 18, 61,-21; /M: SY='P'; M= -6, -5,-29, -2, 1,-26,-13, -6,-21, -5,-29,-18, 1, 39, -4,-11, 4, -2,-25,-33,-22, -5; /M: SY='E'; M= -6, -3,-23, 0, 18,-24,-20, 5,-14, -1,-15, -7, -4,-12, 16, -3, 2, -5,-11,-29,-11, 17; /M: SY='V'; M= -4,-13,-15,-14,-19, -7,-26,-24, 15,-16, 2, 2,-16,-22,-21,-18, -3, 9, 27,-30,-10,-21; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='P'; M= -9,-18,-33,-11, 2,-22,-22,-19,-11,-11,-16,-12,-20, 52,-10,-17,-11, -9,-16,-29,-23, -7; /M: SY='R'; M=-15, -3,-30, -3, 5,-25,-20, 8,-30, 36,-25, -9, 1,-15, 10, 39,-10,-11,-21,-21, -6, 5; /M: SY='V'; M= -3,-26,-13,-26,-26, -3,-29,-14, 22,-19, 6, 9,-25,-29,-25,-17,-10, -3, 40,-30, -6,-26; /M: SY='E'; M=-10, 5,-30, 13, 49,-26,-22, -4,-21, 5,-15,-15, -2, -2, 15, -4, -2,-10,-23,-29,-18, 32; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='S'; M= 2, -2, -3, -4, 1,-20, -9,-11,-22, -5,-25,-18, 4,-13, -1, -1, 24, 15,-11,-36,-18, -1; /M: SY='L'; M= -9,-28,-19,-28,-19, 8,-28,-19, 17,-29, 44, 17,-27,-29,-19,-19,-25, -8, 9,-21, -1,-19; /M: SY='T'; M= 2, 0,-10, -8, -8,-12,-17,-18,-12,-10,-13,-12, 2,-10, -8,-10, 23, 45, -2,-32,-12, -8; /M: SY='E'; M= -4, 6,-30, 15, 36,-30,-17, -6,-27, 3,-22,-20, -3, 16, 9, -7, -1, -9,-27,-30,-22, 21; /M: SY='R'; M= -7,-14,-24,-17, -8, -1,-21, -2,-12, 4, -2, -1,-10,-21, -6, 11,-13, -9, -9,-14, 4, -8; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='R'; M=-14, -2,-28, -1, 16,-22,-20, -3,-28, 21,-20,-13, 0,-12, 10, 38, -4, -3,-20,-24,-13, 11; /M: SY='S'; M= 5, 6,-17, 8, 9,-25, -8, -7,-21, -4,-23,-16, 5, -9, 8, -7, 20, 10,-15,-33,-18, 9; /M: SY='L'; M= -8,-30,-19,-31,-23, 7,-31,-23, 25,-28, 38, 18,-29,-29,-22,-21,-25, -8, 21,-22, -2,-23; /M: SY='Q'; M=-10, -8,-25, -9, 6, -6,-21, -3, -9, -2,-10, -1, -6,-14, 10, -4, -3, -6,-13,-15, 3, 8; /M: SY='P'; M= 5,-10,-31, -5, 1,-28, -8,-17,-21, -9,-24,-18,-12, 46, -8,-18, -3, -8,-23,-27,-26, -6; /M: SY='I'; M= 0,-24,-21,-28,-21, -5,-29,-25, 23,-14, 10, 9,-20,-21,-18,-17,-13, -6, 23,-23, -7,-21; /M: SY='L'; M= -9,-30,-21,-34,-26, 14,-33,-25, 28,-28, 29, 16,-26,-27,-24,-23,-22, -8, 22,-18, 2,-26; /M: SY='D'; M= -4, 2,-24, 5, 3,-22,-19,-10, -6, -8, -5, -5, -6,-15, 3,-11, -6, -7, -5,-27,-12, 3; /M: SY='A'; M= 15, -6,-19, -8, 10,-20,-13, -6,-10, -4, -9, -4, -9,-11, 2,-11, 1, -5, -5,-25,-15, 6; /M: SY='M'; M=-10,-25,-20,-30,-20, 5,-25,-10, 20,-20, 34, 41,-25,-25,-10,-15,-25,-10, 10,-20, 0,-15; /M: SY='C'; M= -4,-12, 23,-18,-12,-17,-21, 0,-18, -8,-13, -1,-11,-24, -3,-10, -8,-10,-12,-27, -7, -8; /M: SY='E'; M= -1, 9,-26, 13, 21,-32,-14, -4,-26, 13,-22,-14, 2, -8, 17, 3, 0, -8,-22,-26,-16, 19; /M: SY='W'; M=-19,-39,-47,-39,-29, 10,-21,-29,-16,-21,-12,-16,-39,-30,-20,-20,-39,-28,-26,131, 27,-20; /M: SY='G'; M= 5,-13,-28,-15,-20,-25, 47,-21,-25,-20,-21,-14, -4,-19,-19,-21, -1,-16,-19,-20,-25,-20; /M: SY='D'; M= -5, 11,-25, 17, 17,-28, -7, -6,-26, 6,-21,-12, 3, -9, 4, -3, 1, -7,-20,-30,-17, 10; /M: SY='E'; M= -4, 1,-24, 1, 4,-18,-10, -4,-14, -3, -9, -4, -1,-15, 4, -7, -3, -7,-15,-22, -7, 4; /M: SY='Y'; M=-17, -9,-29,-14,-13, 14,-21, 13,-10,-10,-10, -6, -3,-25, -4, -8,-14,-11,-18, 18, 36,-10; /M: SY='L'; M= -4,-20, -7,-23,-18, -9, -8,-19, -3,-17, 10, 5,-17,-25,-16,-13,-15,-11, -2,-24,-12,-18; /M: SY='E'; M= -8, 6,-30, 13, 23,-30, -7, -7,-28, -2,-26,-21, 2, 18, 3, -9, 1, -8,-28,-32,-24, 11; /M: SY='Q'; M=-13,-10,-30, -7, 6,-24,-21, 3,-18, 4,-15, -6, -8, 7, 14, 13, -8,-10,-20,-24,-12, 7; /M: M= -8,-13,-27,-12, -1,-18,-15, -5, -4,-12, -7, -3,-12, -4, -4,-13, -9,-10, -4,-26,-12, -4; /M: SY='D'; M=-12, 6,-25, 13, 13,-14,-18, -1,-15, -5, -7, -6, -3,-14, 1, -9, -4, -7,-16,-23, -1, 7; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 18 in 18 different sequences |
| Number of true positive hits | 18 in 18 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Archaea, Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | PS_Langendijk_Genevaux |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | HTH hxlR-type |
| Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
18 sequences
HXLR_BACSU (P42406), MALR_FUSMR (Q93K57), Y1285_METTH (O27346), Y1512_SYNY3 (P72979), Y3095_MYCTO (P9WMG2), Y3095_MYCTU (P9WMG3), Y3122_MYCBO (P0A649), Y655_HALH5 (Q9Z9W1), Y925_METJA (Q58335), YDEP_BACSU (P96673), YDZF_BACSU (O31494), YKVN_BACSU (O31679), YODB_BACSU (O34844), YTCD_BACSU (O34533), YTFH_ECOLI (P0ACN2), YTFH_SHIFL (P0ACN3), YVAP_BACSU (O32238), YYBR_BACSU (P37486)» more
|
| PDB [Detailed view] |
9 PDB
pdb_00002hzt; pdb_00004a5m; pdb_00004a5n; pdb_00005hs7; pdb_00005hs8; pdb_00005hs9; pdb_00007bzd; pdb_00007bze; pdb_00007bzg |