PROSITE entry PS51120

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51120
Entry name [info]	LDLRB
Accession [info]	PS51120
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAY-2005 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51120
Associated ProRule [info]	PRU00461

Name and characterization of the entry

Description [info]

LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=43;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=43;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.7791114; R2=0.0232049; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=381; N_SCORE=10.6; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=109; N_SCORE=4.3; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-100; I=-100; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D';  M= -9,  7,-28,  9,  3,-29,  8, -5,-31,  5,-27,-17,  9,-13,  4,  6,  0,-10,-26,-26,-18,  3;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-24,-10, -3, -9,-21, -2,-13,  8, -9, -3, -2,-19,  1, 16, -8, -5,-12,-16,  2, -3;
/M: SY='I';  M= -8,-29,-22,-33,-25,  5,-32,-24, 31,-27, 29, 20,-25,-24,-20,-23,-22, -8, 22,-21, -2,-24;
/M: SY='Y';  M=-19,-23,-21,-26,-23, 38,-30,  5, -1,-17,  2, -1,-21,-30,-19,-14,-20,-11, -7, 23, 58,-23;
/M: SY='W';  M=-19,-36,-42,-38,-28, 21,-23,-24,-13,-20,-12,-13,-34,-30,-21,-18,-34,-24,-22,110, 32,-21;
/M: SY='T';  M=  8,-11,-10,-17,-14,-11,-16,-21,  1,-15, -5, -4, -8,-16,-13,-16,  9, 17,  8,-29,-13,-14;
/M: SY='D';  M=-17, 38,-27, 52, 17,-34,-11,  1,-34, -1,-27,-25, 17,-11,  1, -9,  1, -7,-26,-38,-18,  9;
/M: SY='A';  M=  1,-12,-24,-16,-11,-10,-12,-13, -9,-10,-11, -7, -9,-16, -6,-10, -3, -4, -8,  1, -3, -9;
/M: SY='N';  M= -5, -3,-24, -4, -4,-17, -1, -7,-19, -1,-17,-10,  1,-16, -4, -1,  0, -4,-15,-22,-11, -5;
/I:         I=-17; MD=-17;
/M: SY='T';  M= -6, -4,-21, -6, -1,-11,-17, -7,-11, -3, -5, -4, -3,-17,  0,  0, -2,  2,-10,-23, -7, -1; D=-17;
/I:         I=-17; MD=-17;
/M: SY='D';  M= -9,  8,-26, 10,  7,-25, -7,  2,-25,  4,-20,-12,  7,-10,  5,  4,  0, -8,-22,-28,-13,  5; D=-17;
/I:         I=-17; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='R';  M= -5, -8,-18,-11, -7,-14,-14,-10,-12,  3,-11, -4, -5,-18, -4,  7, -2,  0, -6,-22, -8, -7;
/M: SY='I';  M= -8,-28,-27,-36,-27,  1,-34,-26, 39,-28, 20, 18,-21,-22,-20,-27,-19, -9, 25,-19,  0,-27;
/M: SY='E';  M= -8, -1,-23,  1, 13,-14,-14, -3,-20, -1,-15,-12, -1,-13,  3, -1,  0, -5,-18,-20, -7,  7;
/M: SY='R';  M= -6,-12,-14,-14, -9,-12,-19, -9,-10,  2,-12, -5, -7,-20, -5, 14, -2, -2, -2,-24, -8, -9;
/M: SY='A';  M= 13,-11, -4,-18,-14,-13,-13,-17, -2,-14, -7, -3, -8,-17,-12,-17,  3,  1,  4,-28,-15,-13;
/M: SY='N';  M= -9,  9,-23,  8,  2,-18,-11,  0,-23,  4,-20,-13, 10,-16,  0,  4,  0, -4,-20,-24, -9,  0;
/M: SY='L';  M=-10,-21,-24,-23,-15,  3,-26,-12,  8,-12, 13, 12,-19,-18,-11,-11,-18, -8,  2,-11,  6,-14;
/M: SY='D';  M=-13, 30,-26, 36, 10,-28, -8,  2,-30, -1,-25,-21, 19,-12,  0, -6,  2, -5,-25,-33,-16,  5;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-27, -5,-13,-28, 49,-17,-35,-15,-28,-19,  2,-17,-15,-16,  3,-13,-26,-23,-27,-14;
/I:         I=-18; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='S';  M= -1, -1,-17, -3,  0,-16, -9, -6,-14, -4,-13, -9,  1,-12,  0, -3,  8,  8, -9,-26,-12,  0; D=-18;
/I:         I=-18; DM=-18;
/M: SY='N';  M= -8,  8,-24,  7,  3,-20, -4,  5,-23, -2,-21,-14, 11,-13,  1, -2,  3, -3,-21,-27,-11,  1;
/M: SY='R';  M=-11, -6,-20, -8, -2,-16,-18, -3,-19,  6,-15, -9,  0,-15,  1, 22, -5, -6,-14,-22, -9, -3;
/M: SY='R';  M= -7, -6,-24, -6,  4,-19,-19, -7,-14,  7,-13, -6, -4,-12,  4, 10, -3, -2, -9,-25,-11,  2;
/M: SY='V';  M= -4,-13,-18,-17,-13, -9,-24,-18,  7,-11, -2,  2,-12,-16,-11,-11, -2,  9, 12,-26, -8,-13;
/M: SY='L';  M= -7,-25,-20,-28,-22,  2,-29,-21, 23,-22, 24, 14,-22,-26,-19,-18,-18, -7, 20,-23, -4,-22;
/M: SY='I';  M= -4,-25,-19,-29,-23,  4,-28,-21, 20,-22, 16, 10,-22,-24,-20,-19,-15, -6, 19,-18, -1,-23;
/M: SY='N';  M= -3,  3,-20,  0,  1,-18,-12, -4,-17,  0,-17,-10,  5,-15,  3,  0,  5,  1,-14,-26,-10,  2;
/M: SY='N';  M= -5,  4,-22,  3,  3,-21, -6, -3,-20, -2,-20,-13,  8,-12,  2, -3,  7,  1,-16,-29,-14,  2;
/I:         I=-21; MD=-22;
/M: SY='N';  M= -6,  4,-21,  4, -1,-20,  1, -2,-21, -3,-18,-11,  6,-11, -1, -4,  3, -3,-18,-24,-12, -2; D=-21;
/I:         I=-21; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='L';  M= -7,-17,-21,-19,-14, -2,-23,-16, 10,-18, 14,  7,-14,-20,-14,-15,-13, -5,  8,-24, -6,-15;
/M:         M= -5, -3,-24, -2, -1,-18, -7, -4,-16, -5,-14, -8, -2,-11, -2, -5, -2, -5,-13,-24,-10, -3;
/M: SY='H';  M= -9, -8,-25,-11, -6,-11,-15,  3,-12, -6,-10, -4, -3,-17,  0, -2, -6, -5,-13,-11, -1, -4;
/M: SY='P';  M= -5,-18,-30,-13, -6,-21,-20,-20, -8,-12,-17,-11,-17, 47,-12,-18, -7, -5,-12,-29,-22,-12;
/M: SY='H';  M=-10, -1,-23, -3,  1, -6,-17,  6,-16, -3,-13, -7,  2,-17, -2,  2, -4, -6,-14,-21,  0, -2;
/M: SY='G';  M=  7, -3,-21, -4, -9,-25, 21,-14,-25,-13,-22,-16,  0, -9,-10,-16,  5, -7,-18,-26,-23,-10;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-23,-33,-24,  9,-32,-22, 28,-26, 29, 20,-24,-25,-19,-21,-23, -9, 18,-18,  2,-23;
/M: SY='A';  M= 21, -9,-12,-15,-11,-16, -8,-19, -7,-10,-10, -8, -9,-14,-11,-15,  7,  6,  3,-24,-16,-11;
/M: SY='V';  M= -6,-27,-18,-30,-25,  7,-30,-23, 24,-23, 17, 12,-24,-27,-23,-21,-16, -4, 26,-20,  1,-25;
/M: SY='D';  M=-16, 21,-25, 30,  4,-16,-16,  5,-25, -6,-19,-17,  7,-16, -6,-10, -4, -8,-19,-26, -3, -1;
/M: SY='W';  M=-11,-16,-34,-14, -6,-10,-17, -1,-14,-12,-14,-10,-14, -1, -7,-13,-15,-14,-19, 14,  4, -8;
/M:         M= -7,-10,-22,-11, -8, -7,-20,-11, -3,-10, -3, -2, -9,-14, -9,-11, -8, -5, -3,-20, -3, -9;
/M: SY='S';  M= -3, -1,-22, -3,  0,-16, -5, -2,-19, -3,-17,-11,  2,-15, -1, -3,  4, -1,-16,-21, -8, -1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	765 in 67 different sequences
Number of true positive hits	765 in 67 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	5
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	99.35 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	37
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	REPEAT
Feature description [info]	LDL-receptor class B
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

67 sequences

CUE_DROAN   (B3M8G0), CUE_DROER   (B3NBB6), CUE_DROGR   (B4IXJ2),

CUE_DROME   (Q95RU0), CUE_DROMO   (B4L8V5), CUE_DROPE   (B4H1F5), 
CUE_DROPS   (Q29FE9), CUE_DROSE   (B4HVU2), CUE_DROSI   (B4QMF4), 
CUE_DROVI   (B4LCX4), CUE_DROWI   (B4MLE8), CUE_DROYA   (B4PD96), 
EGF_CANLF   (Q9BEA0), EGF_FELCA   (Q95ND4), EGF_HUMAN   (P01133), 
EGF_MOUSE   (P01132), EGF_PIG (Q00968), EGF_RAT (P07522), 
LDLR1_XENLA (Q99087), LDLR2_XENLA (Q99088), LDLR_BOVIN  (P01131), 
LDLR_CRIGR  (P35950), LDLR_HUMAN  (P01130), LDLR_MOUSE  (P35951), 
LDLR_PIG(Q28832), LDLR_RABIT  (P20063), LDLR_RAT(P35952), 
LRP1B_HUMAN (Q9NZR2), LRP1B_MOUSE (Q9JI18), LRP1_CHICK  (P98157), 
LRP1_HUMAN  (Q07954), LRP1_MOUSE  (Q91ZX7), LRP1_RAT(G3V928), 
LRP2_HUMAN  (P98164), LRP2_MOUSE  (A2ARV4), LRP2_PIG(C0HL13), 
LRP2_RAT(P98158), LRP4_HUMAN  (O75096), LRP4_MOUSE  (Q8VI56), 
LRP4_RAT(Q9QYP1), LRP5L_HUMAN (A4QPB2), LRP5_HUMAN  (O75197), 
LRP5_MOUSE  (Q91VN0), LRP6_HUMAN  (O75581), LRP6_MOUSE  (O88572), 
LRP8_CHICK  (Q98931), LRP8_HUMAN  (Q14114), LRP8_MOUSE  (Q924X6), 
LRP_CAEEL   (Q04833), NDG_DROME   (A1Z877), NID1_HUMAN  (P14543), 
NID1_MOUSE  (P10493), NID2_HUMAN  (Q14112), NID2_MOUSE  (O88322), 
NID2_RAT(B5DFC9), SORL_CHICK  (Q98930), SORL_HUMAN  (Q92673), 
SORL_MOUSE  (O88307), SORL_RABIT  (Q95209), SORL_RAT(P0DSP1), 
VGR_SOLIN   (Q6X0I2), VLDLR_CHICK (P98165), VLDLR_HUMAN (P98155), 
VLDLR_MOUSE (P98156), VLDLR_RABIT (P35953), VLDLR_RAT   (P98166), 
YL_DROME(P98163)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

5 sequences

7LESS_DROME (P13368), 7LESS_DROVI (P20806), CUE_AEDAE   (Q16YE7),

CUE_ANOGA   (Q7QIQ6), CUE_CULQU   (B0WH58)

» more

PDB
[Detailed view]

52 PDB

1IJQ; 1N7D; 1NPE; 3M0C; 3P5B; 3P5C; 3S2K; 3S8V; 3S8Z; 3S94; 3SOB; 3SOQ;
» more