PROSITE entry PS51149
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | GLY_RADICAL_2 |
| Accession [info] | PS51149 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-OCT-2005 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00665 |
| Associated ProRule [info] | PRU00493 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Glycine radical domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=122; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=117; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3397627; R2=0.0166475; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=371; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=250; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='D'; M=-11, 3,-30, 8, 7,-26,-12,-10,-18, 6,-18, -6, -3, 1, 0, -4, -8,-11,-17,-27,-16, 2; /M: SY='G'; M= -5, -5,-28, -5, -5,-29, 23, 0,-33, 1,-28,-13, 2,-16, 0, -2, 0,-13,-26,-23,-17, -3; /M: SY='V'; M= 10,-21,-18,-25,-19,-10,-21,-25, 14,-18, -1, 1,-18, -7,-18,-21, -3, -2, 19,-26,-14,-20; /M: SY='S'; M= 1, 6,-15, -2, -6,-15, -9,-10,-10,-10,-20,-13, 17,-14, -5,-10, 21, 18, -8,-35,-15, -6; /M: SY='P'; M= 0,-14,-33,-10, 2,-29,-17,-15,-19, -2,-25,-15,-14, 51, 0,-12, -5, -8,-24,-26,-24, -2; /M: SY='Y'; M= -4,-17,-21,-20,-13, 8,-23, -9, 3,-12, -1, 1,-14,-20,-12,-10, -6, -2, 4,-11, 12,-14; /M: SY='Q'; M= -3, 10,-24, 11, 5,-27,-12, 13,-19, -2,-16, -3, 6,-13, 14, -5, -1, -9,-20,-28,-10, 9; /M: SY='G'; M= -2, -2,-27, -4, -9,-28, 34,-14,-33, -1,-30,-18, 7,-16, -9, -5, 3,-11,-25,-24,-23, -9; /M: SY='M'; M= 3, -9,-22,-12,-11,-14, -8,-15, -4, -9, -1, 4, -9,-17, -9,-10, -6, -4, -3,-23,-12,-11; /M: SY='D'; M=-11, 33,-26, 45, 12,-33,-11, 6,-33, -3,-25,-23, 14,-11, -1,-10, 2, -4,-24,-36,-15, 5; /M: SY='L'; M=-10,-15,-21,-18,-12, 5,-23,-15, -3, -4, 6, 1,-11,-22,-12, 1,-11, -3, -1,-19, -2,-12; /M: SY='E'; M= -8, 3,-25, 2, 10,-21, -7, 0,-21, 5,-15,-11, 7,-14, 2, 1, -2, -7,-20,-28,-13, 6; /M: SY='G'; M= 3, -3,-27, -5, -9,-28, 47,-15,-34,-14,-27,-19, 4,-17,-13,-16, 2,-15,-27,-23,-27,-11; /M: SY='P'; M= 0,-19,-28,-18,-10,-16,-17,-18, -9, -9,-15, -7,-17, 18,-10,-10, -7, -7,-10, -8,-14,-12; /M: SY='F'; M= -8,-20,-20,-26,-20, 20,-27,-14, 7,-20, 12, 4,-17,-23,-19,-17,-11, 5, 4, -7, 17,-20; /M: SY='A'; M= 15,-15,-25,-18, -7,-20,-11,-16,-12, -9,-14, -5,-15, 15, -3,-16, -4, -8,-13, -8,-15, -6; /M: SY='I'; M= -3,-14,-22,-17,-11,-10,-21,-15, 6,-16, 5, 2, -9,-10, -7,-15, -7, -4, 2,-27,-11,-10; /M: SY='L'; M=-10,-26,-23,-30,-22, 20,-29,-11, 14,-23, 25, 14,-24,-27,-19,-18,-22, -9, 6, -5, 20,-21; /M: SY='R'; M= 0, 4,-22, 0, 4,-17,-13, -7,-21, 6,-18,-12, 5,-13, 3, 8, 1, 0,-16,-24,-12, 3; /M: SY='S'; M= 6, 2,-14, 1, 0,-21, -2, -9,-20, -9,-30,-20, 12, 0, -1,-10, 32, 15,-14,-39,-21, -1; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='V'; M= -1,-16,-16,-16,-12, -3, -1,-17, -1,-15, 0, -1,-14,-19,-17,-15, -7, -7, 7,-18,-10,-14; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='G'; M= 12, -3,-17, -7, -8,-20, 21,-13,-21, -5,-19,-13, 2,-12, -8,-10, 5, -6,-14,-19,-19, -8; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='K'; M= -4, -8,-22,-11, -4, -2, -9,-13,-19, 13,-17, -8, -4,-14, -6, 5, -5, -7,-12,-13, -4, -4; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='I'; M= -9,-16,-17,-20, -5, -8,-29,-17, 11,-13, 9, 9,-15,-17, -8,-14,-13, -5, 5,-25, -7, -8; /M: SY='D'; M= -2, 7,-11, 9, 3,-25,-15, 0,-20, -8,-19,-15, 3, -4, -5,-14, -2, -8,-17,-32,-16, -2; /M: SY='Y'; M=-18,-21,-31,-23,-19, 17,-27, 8, -4,-12, -4, -2,-17,-26,-12, -6,-19,-11,-10, 25, 40,-18; /M: SY='C'; M=-12, 1, 8, 0, -9,-20, -5,-14,-27, -6,-22,-17, 1,-22,-12, -5, -6,-11,-18,-31,-18,-11; /M: SY='E'; M=-11, 2,-28, 4, 12,-22,-22, -8, -6, -1,-10, -3, -3,-11, 6, -5, -5, -8,-10,-27,-12, 7; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='A'; M= 13, -7, -3,-10,-10,-10, -9,-13, -1, -9, -3, -1, -9,-13,-10,-13, 0, -2, 7,-19,-11,-10; D=-14; /I: I=-14; DM=-29; /M: SY='Y'; M= -3, -4,-21, -8, -6, -6,-17, -4, -9, -1,-10, -7, 0,-19, -5, -1, -1, 2, -8,-16, 6, -7; /M: SY='P'; M= -1, 3,-29, 7, 1,-29, -5,-12,-21, -8,-23,-17, -1, 19, -3,-15, -2, -9,-22,-29,-22, -3; /M: SY='G'; M= 1, 4,-26, -2,-13,-26, 45,-11,-32,-13,-28,-19, 17,-19,-13,-14, 4,-13,-28,-26,-26,-13; /M: SY='I'; M= -6,-20,-22,-26,-19, 6,-26,-16, 13,-17, 8, 7,-15,-21,-15,-12, -9, 0, 9,-15, 6,-19; /M: SY='Q'; M= 1, -9,-18,-12, -3,-17,-16, -8, -6, -8, -4, 2, -7,-15, 10, -7, 5, 4, -6,-26,-11, 4; /M: SY='H'; M=-12, -9,-25, -9, 4, -9,-23, 12, -5,-11, 9, 7, -9,-19, 4, -7,-14,-11,-11,-22, 2, 3; /M: SY='N'; M=-10, 33,-20, 23, 2,-22, -6, 1,-22, -2,-26,-20, 39,-16, -2, -4, 10, 9,-23,-38,-18, 0; /M: SY='E'; M=-10, -9,-25,-11, 3, -6,-23,-10, -4,-10, 0, 0, -8, -5, 0,-10, -8, -3,-10,-22, -7, 1; /M: SY='K'; M= -7, -6,-26, -8, 1,-23,-22,-12,-13, 24,-19, -5, -4,-13, 7, 13, -6, -4, -8,-23, -9, 3; /M: SY='L'; M= 3,-26,-17,-31,-23, 13,-25,-23, 15,-24, 19, 8,-23,-25,-23,-21,-15, -6, 16,-16, -1,-23; /M: SY='T'; M= 2,-12,-17,-16,-10, -9,-18, -8, -3,-10, 4, 3,-10,-18, -8,-10, -2, 6, 0,-25, -7,-10; /M: SY='P'; M= -8,-11,-33, -4, 12,-28,-20,-13,-18, -5,-23,-15,-13, 45, 2,-12, -4, -7,-22,-29,-23, 5; /M: SY='D'; M= -2, 16,-21, 17, 3,-26, -4, -6,-27, 2,-25,-19, 13,-13, -1, 1, 10, 2,-19,-32,-18, 1; /M: SY='V'; M= 6,-15, -5,-19,-15,-12,-13,-21, -2,-12, -5, -4,-12,-20,-15,-15, 2, 3, 7,-28,-14,-15; /M: SY='L'; M=-10,-32,-25,-33,-26, 11,-29,-25, 15,-26, 21, 8,-31,-29,-23,-21,-26,-12, 12, 15, 6,-24; /I: I=-9; MD=-19; /M: SY='D'; M= -6, 14,-26, 21, 8,-29, 14, -8,-32, -2,-24,-20, 6,-11, -3, -8, 0,-11,-24,-26,-20, 2; D=-9; /I: I=-9; MD=-19; /M: SY='G'; M= -8, -5,-27, -4, -8,-15, 7,-10,-24, 0,-21,-14, -4,-16, -7, -1, -5, -9,-20, 2, -2, -8; D=-9; /I: I=-9; MD=-19; /M: SY='E'; M= 0, 1,-21, 3, 16,-21,-15, -8,-14, -3,-15,-11, -2, -1, 6, -8, 5, 1,-13,-26,-15, 10; D=-9; /I: I=-9; MD=-19; /M: SY='E'; M=-12, 1,-26, 4, 22,-14,-19, 6,-19, 6,-14,-10, -1,-11, 14, 6, -5, -8,-22,-13, 5, 17; D=-9; /I: I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='G'; M= -6, -5,-28, -5, -5,-27, 21,-10,-29, 0,-25,-14, 1, -5, -1, 2, -3,-13,-25,-20,-20, -4; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='Y'; M=-11,-19,-24,-22,-17, 9,-29, -5, 12,-16, 4, 3,-17,-23,-12,-16,-11, -2, 6, -4, 28,-18; /M: SY='R'; M=-12, 2,-27, 4, 3,-20,-12, -1,-21, 7,-15, -9, 2,-17, 9, 10, -6, -9,-20,-20, -4, 5; /M: SY='N'; M= -1, 8,-24, 2, 1,-25, 11, -8,-27, 5,-26,-16, 16,-15, -3, -1, 3, -6,-23,-27,-20, -1; /M: SY='L'; M= -8,-23,-19,-28,-21, 7,-29,-22, 18,-24, 25, 14,-21,-24,-19,-19,-15, 3, 14,-21, -1,-21; /M: SY='V'; M= 1, -7,-19,-12,-12,-13,-17,-16, 2, -7, -7, -4, -2,-11,-12,-10, -3, -2, 6,-29,-14,-13; /M: SY='T'; M= 0, 0,-17, -3, -5,-21, -5,-13,-16, -8,-16,-11, 0,-13, 0, -9, 12, 16, -8,-29,-15, -2; /M: SY='L'; M= -9,-19,-25,-20, -7, -3,-26,-16, 8,-18, 10, 4,-16, -9, -6,-16,-12, -7, 0,-22, -6, -8; /M: SY='I'; M= -8,-27,-23,-34,-26, 1,-34,-26, 36,-26, 21, 18,-21,-22,-20,-24,-17, -4, 26,-22, -2,-26; /M: SY='D'; M=-18, 19,-30, 28, 16,-31,-16, -1,-34, 17,-25,-20, 9,-13, 7, 25, -5,-10,-25,-30,-15, 9; /M: SY='E'; M= -1, -2,-23, -1, 9,-25, -2, -4,-23, -5,-21,-14, -1, -1, 5, -8, 8, 4,-20,-28,-17, 6; /M: SY='Y'; M=-11,-15, 4,-18,-12, 7,-20, -4,-14,-14, -9, -8,-14,-26, -9,-14,-11,-10,-13, -6, 19,-11; /M: SY='F'; M=-13,-18,-10,-23,-15, 31,-25,-13, -4,-20, 2, -4,-12,-26,-22,-16,-12, -7, -2, -9, 13,-17; /M: SY='R'; M=-11, 3,-25, 4, 6,-23,-13, -7,-25, 13,-19,-11, 2,-13, 3, 19, -1, 2,-17,-26,-13, 3; /M: SY='C'; M=-11,-16, 4,-18,-11,-16,-24, -8,-11, -4, -6, 1,-14,-13, -7, -2,-13,-10, -7,-29,-12,-10; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='G'; M= -5, 4,-24, 8, 1,-25, 23,-10,-29, -1,-23,-16, 3,-11, -5, -6, -1,-12,-22,-20,-19, -2; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='G'; M= 0,-10,-27,-12,-18,-23, 48,-18,-29,-20,-18,-14, -1,-21,-18,-19, -3,-16,-23,-21,-25,-18; /M: SY='Y'; M=-15,-15,-28,-18, -9, 9,-19, 11,-13,-11, -8, 1,-10,-21, 5, -7,-13,-14,-18, 3, 15, -1; /M: SY='H'; M=-16, 1,-28, 0, 3,-21,-20, 70,-28, -3,-20, -3, 7,-17, 8, 2, -6,-11,-26,-29, 12, 2; /M: SY='V'; M= 0,-24,-19,-26,-24, -5, -7,-23, 11,-22, 11, 8,-21,-25,-22,-20,-13, -8, 16,-23,-11,-23; /M: SY='Q'; M=-10, 19,-26, 12, 20,-30,-12, 8,-22, 6,-24,-12, 25,-12, 27, 4, 4, -6,-30,-30,-16, 23; /M: SY='F'; M=-13,-29,-19,-35,-28, 44,-31,-20, 13,-26, 14, 6,-23,-29,-32,-20,-19, -8, 14, -3, 19,-28; /M: SY='N'; M=-10, 33,-22, 18, 7,-22, -4, 7,-22, 6,-29,-19, 47,-17, 3, 3, 7, -2,-29,-37,-19, 5; /M: SY='V'; M= 3,-26, 2,-28,-27, -3,-27,-26, 18,-19, 4, 4,-26,-29,-27,-20, -8, -2, 35,-28, -8,-27; /M: SY='L'; M= -7,-23,-17,-28,-22, 5,-28,-21, 19,-22, 21, 15,-21,-23,-19,-18,-13, 4, 18,-22, -2,-21; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='N'; M= -1, 12,-18, 12, 3,-22, -6, -4,-23, 2,-23,-17, 13,-12, 1, 8, 11, 1,-16,-30,-16, 1; D=-12; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='R'; M= -5, -3,-23, -5, 1,-20,-13, -5,-23, 23,-21,-10, 3,-14, 5, 33, -2, -5,-16,-21,-11, 1; D=-12; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='E'; M= -8, 11,-26, 17, 29,-27, 3, -4,-29, 1,-22,-19, 6, -6, 6, -5, 1,-10,-27,-26,-20, 18; D=-12; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='T'; M= -5, 0,-15, -4, -9,-12,-21, -6, -9,-11, -7, -7, -2,-14,-10,-11, 9, 28, 0,-30, -7,-10; /M: SY='L'; M=-10,-27, 9,-30,-22, 3,-29,-21, 10,-29, 33, 14,-27,-31,-21,-21,-25,-10, 6,-26, -6,-21; /M: SY='P'; M=-11,-13,-29,-11, 4,-17,-22,-10, -9, 5, -6, 3,-12, 7, 0, 3,-13,-10,-12,-24,-12, 0; /M: SY='D'; M= -7, 20,-26, 30, 20,-29,-14, -6,-27, 3,-17,-18, 4,-10, 2, -6, -3, -9,-21,-31,-17, 11; /M: SY='A'; M= 32,-14, 17,-23,-16,-18, -9,-23,-10,-15,-10,-10,-14,-18,-16,-22, 4, -2, 3,-27,-21,-16; /M: SY='Q'; M= -7,-13,-26,-15, -8,-18, -6, -6, -5, -8, -9, 2,-10,-19, 11, -8, -7,-11, -7,-16, -3, 0; /M: SY='E'; M= -9, 12,-26, 12, 16,-25,-14, -2,-25, 15,-21,-15, 12,-12, 6, 13, -3, -7,-23,-28,-15, 11; /M: SY='H'; M=-17, 17,-29, 19, 6,-26,-15, 47,-31, 3,-25,-11, 18,-16, 6, 3, -5,-13,-28,-32, 0, 4; /M: SY='P'; M=-12, -6,-37, 4, 1,-29,-20,-17,-17,-10,-25,-18,-12, 58, -9,-19, -9,-10,-24,-31,-25, -8; /M: SY='E'; M= -5, 9,-27, 13, 24,-27,-15, -3,-21, 1,-18,-11, 4, 2, 9, -6, -1, -8,-23,-30,-18, 16; /M: SY='K'; M= -8, 4,-26, 3, 6,-27,-15, -5,-27, 27,-26,-12, 6,-13, 10, 26, -1, -6,-20,-25,-13, 7; /M: SY='Y'; M=-18,-16,-29,-17,-16, 16,-18, 20,-10, -8, -7, -3,-13,-27, -9, -2,-16,-12,-15, 12, 50,-16; /M: SY='P'; M=-12,-13,-15,-10, 2,-24,-22,-11,-20, 2,-20,-12,-11, 14, 2, 8, -8, -9,-17,-28,-19, 0; /M: SY='D'; M=-12, 29,-25, 33, 11,-31,-10, 8,-29, -1,-27,-19, 21,-12, 10, -4, 6, -3,-26,-35,-15, 11; /M: SY='L'; M= -7,-30,-17,-30,-23, 7,-30,-23, 23,-27, 38, 17,-30,-30,-23,-20,-24, -7, 22,-23, -3,-23; /M: SY='V'; M= -4,-19,-16,-26,-22, -3,-28,-23, 21,-18, 7, 13,-17,-20,-17,-18, -4, 12, 25,-26, -6,-21; /M: SY='V'; M= -4,-25,-17,-26,-23, -5,-29,-25, 20, -9, 4, 7,-22,-25,-20, -7,-11, -3, 33,-27, -9,-23; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='V'; M= -3,-27,-16,-31,-28, -1,-32,-29, 31,-22, 11, 11,-24,-25,-25,-22,-10, 2, 39,-27, -7,-28; /M: SY='A'; M= 21, -8, 17,-14,-10,-20, -6,-18,-18,-14,-20,-16, -4,-16,-10,-18, 18, 6, -6,-35,-22,-10; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='Y'; M=-20,-21,-29,-22,-21, 34,-30, 17, 0,-12, 1, 0,-20,-30,-12,-11,-20,-10, -9, 28, 76,-21; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='S'; M= 17, -1, 2, -8, -7,-19, -5,-14,-17,-11,-21,-16, 5,-14, -7,-14, 21, 11, -8,-34,-20, -7; /M: SY='V'; M= 4,-13,-20,-11,-11,-18,-19,-20, 0,-11, -9, -5,-16, 3,-12,-17, -4, -4, 9,-28,-17,-12; /M: SY='Y'; M=-16, 5,-27, 2, -2, -7,-18, 8,-18, 3,-16, -9, 9,-20, 7, 10, -6, -8,-21,-12, 13, 1; /M: SY='F'; M=-10,-23,-23,-31,-21, 38,-23,-18, -7,-20, -1, -5,-18,-24,-20,-16,-13, -6, -7, 19, 16,-17; /M: SY='R'; M= -9, -4, -2,-11,-12,-15,-20,-12, -9, 1,-14, -7, 3,-25,-10, 8, -5, -4, 1,-32,-15,-12; /M: SY='P'; M= -4, 0,-26, 4, 6,-20,-15, -7,-19, 0,-21,-15, -2, 8, -2, -5, -1, -5,-17,-24,-10, 0; /M: SY='L'; M=-11,-29,-20,-31,-21, 16,-29,-18, 18,-28, 43, 22,-28,-29,-20,-19,-28,-10, 9,-17, 3,-20; /M: SY='T'; M= 2, -3, -7, -9,-11,-15, -9,-17,-12,-12,-16,-12, 1,-10,-12,-13, 13, 20, -4,-32,-17,-12; /M: SY='P'; M= -6, -9,-32, -6, 5,-27,-18, -2,-24, 11,-25,-13, -7, 26, 1, 5, -7,-10,-23,-25,-16, 0; /M: SY='E'; M= -9, 9,-30, 16, 26,-31, 6, -6,-33, -1,-25,-21, 4, -1, 3, -8, 0,-12,-30,-29,-23, 14; /M: SY='Q'; M=-10,-12,-26,-13, 0,-20,-25, -6, -3, 2, -2, 4,-11,-18, 18, 6,-10, -9, -7,-21, -7, 8; /M: SY='Q'; M=-11, 0,-30, 0, 17,-37,-20, 17,-22, 12,-21, -1, 1,-11, 50, 11, -2,-11,-29,-21, -7, 33; /M: SY='D'; M=-13, 8,-26, 13, 11,-23,-18, -4,-18, 3,-12,-11, 3,-16, 6, 8, -6, -8,-15,-29,-14, 8; /M: SY='E'; M=-14, 26,-30, 40, 44,-34,-16, 0,-34, 6,-24,-24, 8, -4, 12, -4, 0,-10,-30,-34,-20, 28; /M: SY='I'; M= -6,-30,-20,-34,-28, 2,-34,-28, 37,-26, 22, 16,-26,-26,-24,-24,-18, -6, 34,-24, -4,-28; /M: SY='I'; M= -1,-22,-23,-29,-22, -6,-30,-26, 26,-16, 7, 9,-16,-19,-16,-19,-10, -1, 22,-23, -6,-22; /M: SY='S'; M= 12, -2,-15, -5, 3,-21, -8,-11,-18, -3,-19,-14, 1,-10, 3, -2, 18, 12,-10,-29,-17, 3; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='T'; M= 5, -7,-10,-15,-14, -9,-20,-22, -2,-12, -6, -6, -7,-14,-14,-13, 13, 34, 10,-29,-11,-14; /M: SY='F'; M=-13,-12,-25,-14, 2, 17,-17,-12,-16, -2, -8, -5, -9,-17,-11, -4,-11,-11,-13,-10, 3, -3; /M: SY='H'; M=-13, 1,-25, -3, -2,-15,-19, 44,-19, -8,-14, -3, 8,-18, 8, -3, -3, -2,-20,-25, 10, 0; /M: SY='E'; M=-11, 7,-27, 12, 22,-25,-19, -3,-19, 5,-11, -5, -2,-10, 13, -1, -5, -7,-19,-27,-13, 17; /M: SY='G'; M= -1,-11,-19,-10, -9,-16, 5, -5,-13,-16,-12, -8, -5,-19,-11,-14, 5, -3, -5,-29,-14,-11; /M: SY='L'; M= -4,-17,-21,-21,-15, -4,-21,-14, 10,-18, 14, 14,-14,-11,-12,-16,-13, -6, 4,-25, -9,-15; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 132 in 132 different sequences |
| Number of true positive hits | 132 in 132 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Bacteriophages, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Glycine radical |
| Version [info] | 3 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
132 sequences
BSSA_THAAR (O87943), CUTC_OLEA2 (Q30W70), GRCA_ACTP2 (A3MZ79), GRCA_ACTP7 (B3H0M3), GRCA_ACTPJ (B0BTB3), GRCA_ACTSZ (A6VLV5), GRCA_ALIF1 (Q5E2Y6), GRCA_ALIFM (B5FAJ9), GRCA_ALISL (B6EKY5), GRCA_BPT4 (P13316), GRCA_CITK8 (A8AD08), GRCA_CROS8 (A7MH19), GRCA_ECO24 (A7ZQ24), GRCA_ECO27 (B7UH18), GRCA_ECO45 (B7MIR4), GRCA_ECO55 (B7LDH2), GRCA_ECO57 (P68067), GRCA_ECO5E (B5Z153), GRCA_ECO7I (B7NRN5), GRCA_ECO81 (B7MYL2), GRCA_ECO8A (B7M8J4), GRCA_ECOBW (C4ZYK2), GRCA_ECODH (B1XBQ6), GRCA_ECOHS (A8A391), GRCA_ECOK1 (A1AEA9), GRCA_ECOL5 (Q0TEQ9), GRCA_ECOL6 (Q8FF10), GRCA_ECOLC (B1IVP8), GRCA_ECOLI (P68066), GRCA_ECOLU (B7N6H0), GRCA_ECOSE (B6I5F4), GRCA_ECOSM (B1LP92), GRCA_EDWI9 (C5BAK4), GRCA_ENT38 (A4WDE8), GRCA_ERWT9 (B2VED1), GRCA_ESCF3 (B7LUY6), GRCA_GLAP5 (B8F6C4), GRCA_HAEDU (Q7VMC2), GRCA_HAEI8 (Q4QPM7), GRCA_HAEIE (A5UBC1), GRCA_HAEIG (A5UFJ0), GRCA_HAEIN (P44455), GRCA_HISS1 (Q0I272), GRCA_HISS2 (B0UWA8), GRCA_KLEP3 (B5XNF9), GRCA_KLEP7 (A6TCJ1), GRCA_MANSM (Q65VN1), GRCA_PASMU (Q9CPH6), GRCA_PECAS (Q6D209), GRCA_PECCP (C6DC10), GRCA_PHOPR (Q6LUP6), GRCA_PROMH (B4F057), GRCA_PSYIN (A1SUE3), GRCA_SALA4 (B5F227), GRCA_SALAR (A9MGW0), GRCA_SALCH (Q57L55), GRCA_SALDC (B5FRD8), GRCA_SALEP (B5QTW0), GRCA_SALG2 (B5RD61), GRCA_SALHS (B4TE27), GRCA_SALNS (B4T289), GRCA_SALPA (Q5PLH7), GRCA_SALPB (A9N0W4), GRCA_SALPC (C0PVZ1), GRCA_SALPK (B5BAR8), GRCA_SALSV (B4TS28), GRCA_SALTI (Q8XFE0), GRCA_SALTY (Q7CQ05), GRCA_SERLI (P18953), GRCA_SERP5 (A8GI38), GRCA_SHIB3 (B2TYK2), GRCA_SHIBS (Q31XQ5), GRCA_SHIDS (Q32CU0), GRCA_SHIF8 (Q0T1S7), GRCA_SHIFL (Q83K21), GRCA_SHISS (Q3YYT6), GRCA_VIBA3 (B7VJ50), GRCA_VIBC1 (A7MS83), GRCA_VIBC3 (A5F5R7), GRCA_VIBCH (Q9KPK6), GRCA_VIBCM (C3LQD3), GRCA_VIBPA (Q87SC7), GRCA_VIBVU (Q8DEP5), GRCA_VIBVY (Q7MNR2), GRCA_YERE8 (A1JKI9), GRCA_YERP3 (A7FFS5), GRCA_YERPA (Q1C569), GRCA_YERPB (B2KA62), GRCA_YERPE (Q8ZD84), GRCA_YERPG (A9R3Y7), GRCA_YERPN (Q1CKF7), GRCA_YERPP (A4TKZ1), GRCA_YERPS (Q667T8), GRCA_YERPY (B1JRB2), GRE1_ECOLI (P32674), GRE2_ECOLI (P75793), HPDL_CLOD6 (Q18CP5), HPDL_CLODC (C9XIS5), HPDL_CLODI (Q84F16), HPDL_CLODR (C9YHW1), HPDL_CLOSL (Q38HX4), HPFG_KLEOX (A0A318FL05), HPSG_BILW3 (E5Y7I4), HYPD_CLODI (A0A031WDE4), IAD_TRASO (A0A100YXA1), ISLA_BILW3 (E5Y378), ISLA_DESDA (B8J0R1), ISLA_NITV2 (Q727N1), ISLA_OLEA2 (Q312S2), NRDD_BPT4 (P07071), NRDD_ECOLI (P28903), NRDD_HAEIN (P43752), NRDD_SALTY (Q9L646), PFLB_ECOLI (P09373), PFLB_HAEIN (P43753), PFLB_STAA3 (Q2FK44), PFLB_STAA8 (Q2G1D8), PFLB_STAAB (Q2YV53), PFLB_STAAC (Q5HJF4), PFLB_STAAM (Q99WZ7), PFLB_STAAN (Q7A7X6), PFLB_STAAR (Q6GK90), PFLB_STAAS (Q6GCQ0), PFLB_STAAW (Q7A1W9), PFLB_STAEQ (Q5HKH9), PFLB_STAES (Q8CTX6), PFL_CHLRE (P37836), PFL_CLOPA (Q46266), PFL_LACLA (O32797), PFL_LACLM (O32799), PFL_STRMU (Q59934), TDCE_ECOLI (P42632)» more
|
| PDB [Detailed view] |
28 PDB
1CM5; 1H16; 1H17; 1H18; 1H78; 1H79; 1H7A; 1H7B; 1HK8; 1MZO; 2PFL; 2Y8N; 2YAJ; 3PFL; 5FAU; 5FAV; 5FAW; 5FAY; 5KDP; 5YMR; 6LON; 6ND3; 6OWR; 6VUE; 6VXC; 6VXE; 7KQ3; 7KQ4 » more |