PROSITE entry PS51445
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | PBS_LINKER |
| Accession [info] | PS51445 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-APR-2009 CREATED;
07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51445 |
| Associated ProRule [info] | PRU00775 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Phycobilisome (PBS) linker domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=180; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=180; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.6998365; R2=0.0115708; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9326.0000000; R2=12.9320087; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=545; H_SCORE=16374; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=243; H_SCORE=12468; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='S'; M= -1, -2,-22, -3, -1,-18, -9,-11,-15, -5,-13, -9, 0, -6, -3, -7, 3, 0,-13,-27,-15, -2; /M: SY='A'; M= 7,-12,-20,-16, -9,-16, -7,-14, -6, -8, -9, -1, -7, -9, -4, -8, 4, -1, -5,-25,-14, -8; /M: M= -3,-10,-25,-10, -4,-17,-11,-11,-10, -5, -9, -4, -9, -4, -1, -7, -5, -7,-11,-22,-11, -3; /M: SY='N'; M= -8, -5,-26, -9, -5,-16, -7,-10,-12, -3,-13, -6, 1,-11, -1, -4, -3, -5,-13,-24,-12, -4; /M: SY='Q'; M= -4, -2,-23, -5, -4,-15,-13, -5,-13, -3,-13, -6, 0,-11, 1, -2, 0, 0,-12,-22, -6, -3; /M: SY='R'; M= -9, -8,-25, -9, -8,-11,-14,-10,-10, 0, -9, -4, -5,-15, -5, 2, -9, -8, -7,-21, -6, -8; /M: M= -2,-10,-24,-11, -7,-15,-12,-14, -6, -7, -9, -5, -9,-10, -5, -8, -5, -6, -3,-23,-11, -7; /M: SY='P'; M= -2, -6,-24, -7, -4,-20, -9,-13,-15, -2,-15,-10, -3, 1, -5, -3, 0, -2,-13,-27,-17, -6; /M: SY='Q'; M= -1, -3,-26, -3, -2,-26, -1,-10,-20, 2,-21,-12, 1, -7, 3, 3, 1, -7,-17,-25,-18, -1; /M: M= -7,-13,-23,-15,-10, -5, -7, -8, -8,-11, -2, -2, -9,-21, -7, -7, -7, -7, -8,-17, -1, -9; /M: M= -8,-10,-24,-11, -8, -8, -1, -4,-19, -7,-15, -9, -5,-14,-10, -3, -2, -4,-13,-20, -6, -9; /M: M= -4,-10,-20,-13,-10, -7,-14,-10, -5,-11, -7, -5, -6,-12,-10,-10, -1, -1, -2,-25, -9,-11; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='S'; M= -1, -3,-22, -6, -2,-20, -1, -6,-19, -3,-17,-10, 2,-10, 0, 1, 4, 1,-15,-25,-14, -2; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='R'; M= -2, -9,-12,-11, -6,-16, -9,-13,-17, -3,-12,-10, -5,-14, -7, 3, -2, -3,-10,-27,-15, -8; /M: M= -4, -7,-18, -8, -3,-15,-12,-10,-13, -4,-13, -8, -6,-15, 0, -2, -3, -6,-11,-22, -8, -2; /M: SY='E'; M= -6, -2,-26, -2, 3,-20, -3, -9,-21, -2,-18,-13, 0, -5, -4, -3, -1, -4,-17,-27,-16, -2; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='E'; M= -9, -4,-27, -1, 7,-19,-16, -6,-14, -2,-13, -7, -6, 0, 5, -5, -6, -7,-16,-23,-10, 5; D=-10; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='P'; M= -3, -8,-23, -8, -6,-17, -8,-13,-12, -8,-13, -9, -6, 2, -5, -7, 0, -2,-11,-25,-14, -7; D=-10; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='R'; M= -4, -6,-23, -7, -1,-11,-15,-11,-14, 0,-15,-10, -4, -2, -3, 1, -2, -4,-11,-23,-11, -2; D=-10; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='S'; M= 1,-11,-20,-13, -9,-13,-13,-15, -5, -8,-10, -6, -7, -4, -8,-10, 4, 4, -3,-25,-12, -9; D=-10; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='F'; M= -8,-16,-22,-20,-18, 9,-18,-14, 2,-13, 0, -1,-11,-18,-17, -9,-11, -6, 2,-13, 4,-18; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: SY='Q'; M= -7, -1,-25, -1, 11,-21,-14, -4,-18, 3,-16, -9, 1,-11, 14, 4, 1, -4,-18,-25,-12, 12; /M: SY='L'; M= -6,-16,-21,-18,-11, -2,-23,-12, 2,-14, 9, 4,-15,-14,-10,-13,-14, -7, -3,-14, 1,-11; /M: SY='R'; M= -5, -5,-19, -4, 1,-17,-14, -8,-17, 2,-17,-11, -4,-12, -1, 4, 2, -1,-10,-24, -8, -2; /M: M= -4, -5,-24, -5, -2,-19,-17, -8,-11, -3,-12, -8, -4, 0, -3, -3, -3, -4, -9,-28,-14, -4; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='D'; M= -1, 0,-24, 1, 1,-22, -6,-11,-18, -5,-18,-14, 0, 1, -3, -9, 1, -3,-16,-24,-17, -2; D=-12; /I: I=-12; MD=-25; /M: M= 0, -7,-16,-10, -8, -8,-15,-14, -7,-11, -7, -6, -5, -8,-10,-13, -1, 0, -6,-24, -9,-10; D=-12; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='S'; M= -2, 9,-19, 11, 3,-21, -7, -8,-22, -5,-21,-17, 6,-12, -1, -7, 14, 10,-15,-31,-13, 0; /M: SY='E'; M= -6, 8,-26, 12, 24,-27,-15, -3,-25, 6,-20,-16, 5, -4, 11, 5, 2, -6,-23,-29,-18, 17; /M: SY='E'; M= 3, 5,-20, 6, 12,-23,-12, -6,-18, -3,-20,-15, 4, -7, 3, -8, 11, 5,-13,-32,-17, 7; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='E'; M= -2, 11,-23, 16, 19,-26, -8, -4,-23, -1,-21,-17, 5, -8, 7, -7, 6, -3,-20,-28,-15, 13; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='L'; M= -7,-21,-16,-22,-14, 1,-26,-18, 8,-15, 17, 8,-19,-24,-13,-11,-13, -3, 8,-23, -5,-14; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='E'; M=-11, 8,-27, 10, 20,-27,-18, 0,-21, 7,-16,-11, 6,-11, 18, 8, -3, -8,-23,-27,-14, 18; /M: SY='E'; M= 1, -6,-21, -8, 4,-14,-14,-12,-10, -2,-10, -5, -5,-14, -1, -5, -1, -3, -6,-24,-12, 1; /M: SY='V'; M= 6,-25,-16,-29,-24, -3,-26,-26, 23,-22, 14, 9,-23,-23,-22,-22,-11, -2, 27,-24, -8,-24; /M: SY='I'; M= -7,-27,-26,-35,-25, 1,-35,-27, 38,-26, 16, 15,-20,-21,-19,-25,-17, -8, 26,-21, -2,-25; /M: SY='E'; M= -5, 6,-24, 5, 10,-22,-13, -4,-21, 7,-19,-13, 8,-13, 6, 8, 3, -3,-19,-25,-14, 7; /M: SY='A'; M= 35, -6,-13,-13, -4,-21, -4,-17,-12, -7,-13,-11, -6,-10, -5,-16, 11, 2, -4,-23,-19, -5; /M: SY='A'; M= 17, -9, -1,-18,-14,-13,-14,-21, -4,-14, -7, -7, -7,-16,-13,-18, 8, 13, 4,-28,-15,-14; /M: SY='Y'; M=-17,-20,-29,-21,-20, 26,-29, 16, 2,-11, 1, 1,-20,-29,-11,-11,-19, -9, -6, 25, 71,-20; /M: SY='R'; M=-12,-12,-26,-12, -3,-17,-20, -6,-20, 19,-11, -6, -5,-20, 5, 44,-10, -8,-12,-21,-10, -2; /M: SY='Q'; M=-12, -2,-29, -2, 14,-34,-21, 16,-20, 9,-19, -1, -1,-13, 47, 13, -3,-11,-27,-19, -5, 30; /M: SY='V'; M= -5,-29,-18,-33,-28, 3,-33,-28, 32,-25, 19, 14,-26,-26,-25,-23,-16, -3, 34,-24, -4,-28; /M: SY='F'; M=-15,-28,-21,-34,-25, 44,-27,-18, 8,-27, 20, 9,-22,-28,-27,-19,-22,-10, 3, -3, 17,-23; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='G'; M= -3, -2,-20, 0, -2,-17, 21, -8,-22, -8,-17,-12, 0,-11, -7, -8, 0,-10,-17,-16,-15, -4; D=-12; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='N'; M=-11, 19,-21, 11, 4,-16, -8, 6,-21, 6,-22,-15, 29,-16, 2, 12, 2, -4,-23,-28,-13, 2; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='R'; M= -9, -4,-21, -4, -7, -4,-14, -5,-18, -6,-11,-10, -3,-14, -9, 2, -6, -8,-13,-21, -5, -8; /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='Y'; M=-10,-15,-23,-17,-14, -3,-21, 12, 4,-14, 0, 5,-11,-22, -7,-12,-11, -9, 2,-15, 13,-13; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='P'; M= -3,-19,-19,-19,-11, -8,-21,-17, -2,-14, -4, -2,-18, 9,-12,-17,-10, -5, -3,-14, -8,-13; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='L'; M= -6,-20,-21,-23,-12, 10,-23,-11, 5,-16, 14, 13,-18,-19,-12,-12,-15, -7, 1,-14, 4,-12; /M: SY='E'; M= -2, 12,-26, 16, 21,-28,-12, -3,-24, 5,-20,-16, 5, -9, 9, -2, 0, -8,-22,-27,-15, 15; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='S'; M= 0, -1,-16, -3, -3,-13, -3, -9,-18, -5,-21,-14, 5,-15, -4, -8, 12, 2,-12,-27,-11, -4; /M: SY='E'; M=-13, 11,-29, 18, 29,-25,-19, 0,-23, 4,-16,-14, 3, -9, 14, 0, -4,-10,-24,-26,-11, 21; /M: SY='R'; M=-16,-10,-28,-11, 0,-18,-20, -4,-22, 19,-16, -8, -3,-18, 7, 46, -8, -7,-16,-18, -9, 0; /M: SY='L'; M= -9,-10,-18, -8, 1, -9,-23, -9, -6,-12, 6, 0,-13,-14, -2,-11,-11, -8, -8,-25, -8, -1; /M: SY='T'; M= -6, -9,-21,-11, -9,-12,-20,-15, -1, -7, -6, -1, -7,-12, -6, -9, -1, 2, 1,-26,-10, -8; /M: SY='E'; M= -5, 2,-21, 2, 4,-12,-13, -9,-16, -6,-14,-13, 2, -8, -5, -8, 4, 3,-13,-27,-11, -1; /M: SY='L'; M= 7,-19,-20,-22,-13, -5,-19,-18, 5,-19, 14, 4,-18,-15,-11,-18,-11, -6, 1,-17, -7,-13; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='E'; M=-10, 9,-29, 19, 56,-29,-20, -1,-28, 9,-19,-19, -1, -1, 18, -1, 0,-10,-27,-30,-20, 37; /M: SY='S'; M= 8, 3,-14, 0, -1,-21, -4, -9,-19, -3,-26,-17, 10,-12, 0, -4, 26, 12,-11,-35,-18, -1; /M: SY='Q'; M=-11, -5,-28, -5, 11,-25,-20, 1,-19, 15,-15, -2, -3,-13, 30, 19, -6,-10,-21,-19, -8, 20; /M: SY='L'; M=-11,-30,-20,-31,-22, 21,-30,-19, 17,-29, 40, 16,-28,-30,-23,-20,-27, -9, 10,-15, 6,-22; /M: SY='R'; M=-14, -9,-26, -9, 2,-21,-18, -4,-25, 23,-17, -8, -3,-18, 9, 45, -9,-10,-17,-21,-11, 3; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='N'; M=-10, 33,-21, 23, 2,-22, -2, 5,-23, 0,-26,-19, 42,-17, 0, 0, 7, -2,-26,-37,-18, 1; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='G'; M= -3, -6,-27, -7,-11,-26, 38,-13,-32, -7,-25,-14, 3,-18,-10, -5, 1,-12,-24,-23,-23,-11; /M: SY='E'; M= -8, 13,-21, 17, 19,-28,-14, -1,-25, 2,-21,-16, 7,-11, 14, 0, 4, -4,-23,-30,-15, 16; /M: SY='I'; M= -9,-27,-26,-35,-26, 2,-36,-26, 37,-27, 21, 18,-20,-21,-19,-26,-18, -4, 23,-20, 0,-26; /M: SY='T'; M= 1, 6,-12, 4, -1,-20, -8,-13,-20, -9,-22,-17, 5, -9, -5,-11, 22, 23,-10,-35,-17, -3; /M: SY='V'; M= -2,-28,-15,-30,-26, 1,-30,-27, 28,-22, 18, 13,-26,-27,-25,-21,-13, -1, 35,-26, -7,-26; /M: SY='R'; M=-13, -6,-28, -7, 3,-22,-16, -4,-26, 25,-21,-10, 2,-17, 9, 45, -6, -8,-19,-22,-12, 2; /M: SY='E'; M=-13, 23,-30, 34, 35,-34, -8, -1,-34, 4,-25,-22, 8, -6, 11, -5, 0,-11,-30,-32,-20, 23; /M: SY='F'; M=-19,-30,-20,-39,-29, 75,-30,-20, 1,-30, 13, 1,-21,-30,-39,-20,-21,-10, 1, 8, 28,-29; /M: SY='V'; M= -4,-29,-18,-33,-29, 0,-33,-30, 36,-23, 13, 13,-25,-26,-26,-23,-13, -2, 41,-26, -6,-29; /M: SY='R'; M= -9, -6,-27, -6, 4,-22,-13, -4,-28, 22,-22,-12, 1,-16, 7, 41, -4, -8,-19,-22,-13, 3; /M: SY='G'; M= 7, -6,-23, -7, -1,-27, 13,-10,-24, -4,-21,-12, -2,-13, 6, -6, 5, -7,-19,-23,-20, 2; /M: SY='L'; M= -9,-30,-21,-32,-24, 6,-32,-24, 29,-29, 37, 19,-28,-28,-21,-22,-25, -9, 20,-21, -1,-24; /M: SY='A'; M= 29,-12, -6,-20,-14,-15, 3,-20,-12,-14, -8, -8,-10,-15,-13,-20, 4, -2, -4,-22,-18,-13; /M: SY='K'; M= -6,-10,-23,-12, -4,-11,-21,-12,-10, 12, -5, 2, -8,-16, -2, 6, -8, -2, -7,-20, -5, -4; /M: SY='S'; M= 9, -1,-12, -1, -2,-20, 5,-11,-21,-11,-29,-20, 9,-11, -2,-11, 36, 18,-11,-38,-20, -2; /M: SY='D'; M= -9, 24,-26, 32, 21,-31,-12, -4,-30, 5,-25,-22, 11, -6, 4, -3, 4, -3,-24,-34,-19, 12; /M: SY='L'; M= 2,-19,-18,-23,-14, 4,-22,-19, 5,-17, 13, 4,-17,-21,-16,-12,-10, -1, 6,-19, -4,-15; /M: SY='F'; M=-20,-26,-24,-32,-26, 60,-30, -4, 0,-22, 6, 0,-20,-30,-28,-16,-20,-10, -4, 18, 50,-26; /M: SY='R'; M=-14, -8,-28, -9, 1,-21,-18, -1,-18, 16,-14, -3, -3,-18, 16, 31, -9,-10,-16,-20, -7, 6; /M: SY='R'; M= -8, 8,-24, 5, 6,-25,-13, -3,-26, 18,-25,-14, 12,-13, 9, 21, 3, -1,-21,-28,-14, 7; /M: SY='R'; M=-11, -4,-25, -6, 1,-14,-13, -5,-18, 4, -8, -7, 2,-19, 2, 18, -6, -7,-16,-24,-11, 0; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='F'; M=-17,-24,-23,-28,-23, 41,-29, -4, 4,-21, 12, 4,-20,-29,-23,-15,-20, -9, -1, 10, 40,-23; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='Y'; M=-17,-24,-29,-28,-23, 29,-26, -2, -3,-18, -2, -2,-20,-28,-19,-15,-20,-13, -8, 34, 38,-21; /M: SY='B'; M= -3, 10,-21, 10, 10,-24,-12, 1,-22, 1,-21,-14, 10,-11, 7, -2, 8, 3,-18,-30,-13, 8; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='P'; M= -7, -8,-15,-10, -7,-19, -8,-11,-17, -2,-16, -7, -3, 3, -6, 0, -4, -6,-16,-27,-17, -8; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='F'; M= -5, -8,-13,-16,-16, 3,-19, -8, 0,-15, 1, 0, -2,-21,-14,-14, -8, -5, -3,-19, 3,-15; /M: SY='P'; M= -3, -8,-25, -7, -6,-11,-12, -7,-14,-10,-21,-14, -3, 13, -7,-13, 5, 1,-16,-20, -1, -9; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='N'; M= -7, 5,-23, -3, -5,-17,-13, -5, -5, -6,-14, -7, 14, 1, -2, -7, -2, -4,-12,-28,-15, -5; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='Y'; M=-10,-15, -4,-19,-14, 0,-26, -7, -3,-14, 1, 0,-14,-23, -8,-13, -8, 4, -3,-13, 14,-13; /M: SY='R'; M=-14, -6,-29, -6, 4,-25,-19, -4,-29, 36,-24,-10, 0,-15, 11, 49, -9,-10,-20,-20,-10, 5; /M: SY='A'; M= 14,-17,-12,-23,-18, -1, -7,-20, -2,-17, -1, -3,-14,-20,-18,-19, -1, -2, 5,-19, -9,-17; /M: SY='I'; M= 8,-24,-20,-32,-24, -5,-27,-27, 29,-22, 9, 9,-19,-19,-19,-25, -9, -4, 26,-23, -8,-24; /M: SY='E'; M= -3, 7,-26, 13, 41,-28,-16, -3,-27, 8,-20,-18, 0, -4, 15, 0, 4, -5,-24,-29,-19, 28; /M: SY='L'; M= -1,-20,-21,-22,-14, 2,-23, -6, 5,-17, 13, 7,-18,-23, -7,-14,-14, -8, 2,-14, 7,-11; /M: SY='A'; M= 8, -8, -9,-17,-15,-13,-12,-14, 1,-16, -4, -1, -3,-19,-13,-18, -2, -4, 2,-27,-13,-15; /M: SY='F'; M=-11,-18,-22,-22,-19, 17,-21, 6, -2,-19, 1, 1,-12,-24,-18,-15,-11, -4, -1,-11, 16,-19; /M: SY='K'; M= -8, -8,-27,-11, -1,-18,-17, -9,-14, 14,-10, -2, -5,-16, 5, 14,-10,-10,-12,-20, -9, 1; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='H'; M= -7, -6,-26, -7, -1,-20,-16, 34,-26, 8,-18, -6, 2,-17, 6, 25, -6,-12,-20,-23, 0, -1; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='L'; M= -6,-28,-19,-32,-22, 16,-29,-22, 18,-28, 33, 14,-26,-27,-23,-21,-23, -8, 13,-16, 2,-22; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-31,-21, 11,-30,-21, 21,-30, 47, 19,-29,-30,-21,-20,-29,-10, 12,-19, 1,-21; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='P'; M= 18,-10,-24,-10, -3,-25, -8,-18,-16, -8,-20,-15,-11, 27, -9,-17, 1, -5,-14,-26,-23, -8; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='P'; M= -1,-16,-22,-15,-10,-16,-18,-21, -3,-13,-12, -8,-14, 22,-14,-17, -1, 6, -2,-27,-17,-14; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='Y'; M=-12,-12,-22,-15,-12, 12,-21, 8, -2, -8, 0, 0, -9,-21, -7, -7,-12, -8, -7, 1, 29,-11; D=-11; /I: I=-11; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='N'; M= -1, 11,-20, 6, -4,-23, 14, -7,-24, -8,-26,-18, 18,-11, -5, -9, 12, 2,-21,-31,-21, -5; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='Q'; M=-11, -4,-29, -1, 13,-27,-16, -1,-22, 12,-20, -9, -3, 0, 20, 16, -4, -9,-23,-21,-12, 14; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='A'; M= 9, -3,-21, -4, -1,-23, -1, -8,-22, -1,-20,-13, -1,-13, 2, 0, 6, -3,-15,-17,-15, 0; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='E'; M= -9, 9,-29, 18, 56,-29,-20, -1,-29, 9,-19,-19, 0, -1, 18, -1, 1, -7,-28,-30,-19, 37; /M: SY='I'; M= -8,-20,-24,-24,-16, -8,-27,-22, 17,-13, 4, 7,-15,-14,-14,-12,-12, -5, 15,-24, -8,-17; /M: SY='S'; M= -3, -3,-21, -7, -5,-15,-16,-11, -5, -6,-10, -6, 2,-16, -2, -1, 5, 2, -5,-29,-12, -5; /M: SY='K'; M= 5, -3,-22, -6, 3,-19, -9, -6,-20, 8,-19,-12, 0,-13, 3, 6, 3, -3,-15,-20, -8, 2; /M: SY='Y'; M=-17,-22,-25,-24,-20, 21,-26, 4, -5,-16, -2, -3,-19,-28,-16,-13,-20,-13,-10, 28, 38,-19; /M: SY='F'; M= -6,-10,-18,-16,-13, 8,-17,-10, -1,-18, -1, -3, -1,-20,-14,-14, 3, 2, -3,-22, -1,-13; /M: SY='B'; M= -4, 6,-24, 5, 2,-22,-15,-10, -9, -5,-14, -9, 4,-13, 1,-10, 1, -2,-10,-28,-14, 0; /M: SY='I'; M= -8,-24,-23,-30,-24, 3,-32,-24, 28,-22, 17, 12,-18,-23,-20,-21,-16, -4, 21,-21, -2,-24; /M: SY='L'; M= -5,-23,-19,-26,-17, -4,-27,-18, 14,-16, 15, 9,-18,-23,-11, -8,-15, -7, 9,-21, -4,-16; /M: SY='A'; M= 25, -8,-14,-15,-11,-18, 3,-13,-12,-12,-12, -8, -6,-14, -9,-18, 5, -4, -6,-20,-13,-11; /M: SY='E'; M= -7, 7,-23, 7, 14,-24,-16, -5,-24, 11,-21,-14, 6,-10, 8, 11, 5, 6,-19,-28,-14, 10; /M: SY='Q'; M= -6, 0,-26, -1, 9,-26, -9, -2,-23, 12,-20,-10, 4,-13, 14, 12, 0, -7,-21,-25,-14, 11; /M: SY='G'; M= 3,-10,-29,-11,-19,-29, 66,-20,-38,-19,-29,-19, -1,-19,-19,-20, 1,-19,-28,-20,-29,-19; /M: SY='F'; M=-15,-22,-24,-26,-17, 22,-28, -6, 2,-17, 9, 5,-18,-26,-11, -9,-18,-10, -2, -2, 18,-13; /M: SY='D'; M=-12, 5,-23, 9, 9,-15,-17, -2,-22, 2,-19,-14, 0, -9, 1, -2, -4, -7,-20,-20, -1, 4; /M: SY='A'; M= 22,-10,-18,-14, -9,-19, 9,-16,-17, -8,-14,-11, -7,-14, -8,-14, 4, -5, -9,-19,-15, -9; /M: SY='F'; M= -2,-18,-19,-23,-14, 16,-22,-10, 1,-18, 8, 7,-16,-22,-15,-15,-12, -8, 3,-14, 3,-13; /M: SY='I'; M= -5,-28,-21,-33,-27, -2,-34,-28, 37,-23, 13, 14,-23,-24,-20,-23,-14, -5, 36,-25, -5,-26; /M: SY='D'; M=-12, 32,-27, 43, 16,-35, -8, -1,-33, 1,-27,-23, 15,-10, 7, -6, 4, -6,-27,-35,-19, 12; /M: SY='A'; M= 16, -2,-18, -3, 3,-19, -9,-11,-17, -3,-16,-13, -3,-11, -1, -7, 8, 0,-10,-24,-14, 1; /M: SY='L'; M=-10,-26,-21,-30,-22, 7,-30,-16, 23,-24, 31, 22,-24,-26,-16,-19,-22, -6, 13,-17, 5,-20; /M: SY='I'; M= -6,-29,-19,-31,-25, 3,-32,-26, 29,-26, 26, 15,-26,-27,-23,-22,-18, -4, 28,-24, -4,-25; /M: SY='D'; M=-15, 38,-26, 47, 15,-30, -9, 2,-32, -1,-28,-25, 23,-12, 1, -8, 4, -6,-27,-36,-15, 7; /M: SY='S'; M= 7, -3,-12, -4, -3,-14, -2,-11,-18,-10,-25,-17, 6,-12, -3,-10, 31, 16,-10,-35,-16, -3; /M: SY='E'; M= -4, 6,-25, 9, 11,-23,-11, -8,-21, -1,-15,-14, 2, -9, 1, -2, -3, -7,-18,-24,-16, 5; /M: SY='E'; M=-10, 13,-29, 21, 48,-29,-18, -1,-29, 7,-22,-20, 4, 1, 15, -2, 2, -7,-28,-32,-20, 31; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='Y'; M=-18,-18,-29,-18,-17, 24,-28, 17, -3, -4, -3, -1,-18,-27, -8, -6,-18,-10,-11, 25, 70,-17; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='M'; M= -7, -5,-22,-10, -4,-14,-14, -6, -6, -2, -5, 4, 1,-17, 4, 2, -3, -3, -9,-25,-10, -1; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='E'; M= -6, 10,-24, 8, 18,-25,-10, -2,-24, 10,-23,-15, 12,-10, 11, 7, 5, -2,-23,-28,-16, 14; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='T'; M= -2, -3,-13,-10, -9, -7,-16,-11, -3, -9, -6, -5, 2,-19,-10, -7, 0, 5, 0,-25, -8,-10; D=-11; /I: I=-11; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='F'; M=-19,-27,-20,-35,-24, 70,-28,-17, -2,-26, 8, -1,-18,-27,-34,-18,-18,-10, -2, 8, 28,-25; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='G'; M= -2, -4,-30, -2,-14,-31, 60,-18,-40,-17,-30,-21, 2,-18,-17,-18, 0,-19,-30,-22,-29,-15; /M: SY='E'; M= -7, 5,-26, 8, 15,-17,-12, 0,-21, 1,-18,-14, 1,-13, 4, -2, -1, -6,-19,-19, -1, 8; /M: SY='D'; M=-15, 41,-26, 47, 14,-33, -8, 5,-32, 1,-29,-24, 29,-13, 3, -5, 4, -6,-29,-38,-18, 8; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='T'; M= -5,-10,-18,-15, -7,-10,-25,-19, 6,-12, -2, -1, -8,-13, -7,-12, 2, 17, 7,-26, -8, -8; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='V'; M= -1,-30,-11,-31,-30, 0,-31,-30, 31,-21, 11, 11,-29,-29,-29,-21,-11, -1, 49,-29, -9,-30; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='Y'; M=-16,-16,-28,-16,-13, 16,-22, 11, -7, -7, -7, -4,-14,-22, -5, -5,-12, -8,-13, 13, 50,-13; /M: SY='Q'; M=-10, -7,-28, -6, 5,-17,-21, -2, -8, -3, -7, 0, -8, -9, 8, -2, -8,-10,-13,-17, -4, 5; /M: SY='R'; M=-17, -6,-29, -6, 1,-21,-20, -1,-23, 21,-18, -9, 2,-19, 10, 50, -8, -9,-17,-22,-11, 1; /I: I=-9; MD=-18; /M: SY='F'; M= -6,-12,-22,-16,-16, 7, 6, -9,-14,-14,-11, -8, -4,-21,-16,-10, -4, -7,-11, -8, 5,-16; D=-9; /I: I=-9; MD=-18; /M: SY='M'; M=-12,-22,-27,-22,-14, -2,-23,-12, -3, -8, 1, 3,-18,-11,-10, 1,-17,-10, -6, 1, 0,-13; D=-9; /I: I=-9; MD=-18; /M: SY='T'; M= -2, 1,-18, -3, -4,-17,-13,-11,-12, 0,-16,-10, 5,-14, -3, 1, 8, 11, -7,-28,-13, -4; D=-9; /I: I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18; /M: SY='T'; M= 0,-12,-16,-14, -9, -8,-16,-14, -4,-14, 0, -4,-10, -7, -9,-13, 4, 10, -2,-25, -7,-10; D=-9; /I: I=-9; DM=-18; /M: SY='P'; M= -6,-10,-26, -7, 5,-17,-15, -9,-15, -4,-13, -9, -9, 12, 2, -5, -3, -5,-17,-21,-11, 2; D=-9; /I: I=-9; DM=-18; /M: SY='A'; M= 13, -4,-20, -6, -6,-21, 4,-16,-16,-11,-17,-13, -3, 1,-10,-16, 4, -2,-12,-25,-20, -9; D=-9; /I: I=-9; DM=-18; /M: SY='G'; M= 1, -8,-24, -8,-10,-22, 21,-15,-23, -8,-17,-12, -3,-17, -9, -5, -1, -9,-16,-22,-19,-10; D=-9; /I: I=-9; DM=-18; /M: M= 0, -5,-20, -7, 0,-13,-15, -9, -8, -5,-10, -6, -2,-11, 0, -4, 0, -3, -6,-25,-12, 0; D=-9; /I: I=-9; DM=-18; /M: SY='T'; M= -3,-10,-20,-11, -6, -9,-19,-13, -8, -9,-10, -8, -9, -1, -7,-10, -1, 1, -9,-21, -5, -8; /M: SY='Q'; M= -1, -7,-19,-10, -5,-21, -3,-10,-17, -5,-13, -7, -3,-11, 4, -2, 1, 0,-15,-25,-15, -1; /M: SY='A'; M= 4, -6,-20, -8, -1,-18, -9,-13,-12, -4,-11, -9, -3,-12, -4, -4, 3, 0, -7,-27,-16, -3; /M: SY='T'; M= -2, -6,-17,-11, -9,-11, -9,-14,-11, -9,-12, -8, -1,-14, -8, -6, 9, 13, -5,-25,-12, -9; /M: SY='F'; M= -9,-23,-22,-25,-18, 14,-24,-20, 1,-16, 3, 0,-19, -8,-20,-11,-13, -4, 3,-16, -1,-19; /M: SY='P'; M= -8, -9,-25,-13, -8, -9,-19,-15, -2,-12, -9, -6, -3, 4, -9,-14, -3, -1, -6,-26,-12,-10; /M: SY='R'; M=-11, -1,-25, -5, -2,-12,-13, 0,-18, 2,-12, -9, 6,-17, 1, 16, -5, -7,-17,-22, -7, -2; /M: SY='T'; M= -6, -8,-19,-15,-11, -4,-21, -7, -3, -9, -6, 0, -5,-17, -4, -7, 2, 14, -3,-15, 4, -9; /M: SY='A'; M= 6, -5,-17,-10, -5,-15,-10,-12,-11, -6,-12, -8, -2,-13, -3, -6, 2, -2, -8,-24,-13, -5; /M: SY='R'; M= 0, -5,-21, -7, 1,-16,-14, -6,-14, 3,-12, -5, -1,-15, 4, 6, 2, -2,-12,-24, -9, 2; /M: SY='L'; M= -9,-20,-23,-20, -9, 2,-24,-13, 3,-16, 16, 7,-20,-11,-12,-12,-16, -7, -2,-18, 0,-11; /M: SY='Y'; M= -8,-10,-25,-11, -9, -3,-19, -3,-11, -3,-11, -8,-10,-15, -6, -1, -7, -3,-10, -2, 16, -9; /M: SY='R'; M=-10, -4,-25, -6, -3,-11,-15, -3,-19, 9,-15, -9, 1,-18, 1, 18, -4, -4,-15,-17, 0, -3; /M: SY='G'; M= -4, -2,-26, -1, -7,-23, 18, -9,-28, -5,-22,-14, 1,-17, -4, -4, 1, -7,-21,-20,-13, -7; /M: SY='N'; M= -5, 8,-22, 4, 1, -8,-14, -5,-16, 0,-14,-12, 10,-17, -6, -4, -3, -5,-15,-23, -6, -2; /M: SY='A'; M= 16, -9,-17,-14,-11, -9,-12,-15, -5,-13, -6, -7, -8,-14,-11,-17, 3, 1, -2,-16, -6,-12; /M: SY='S'; M= -1, -6,-25, -6, -4,-15, 1, -9,-21, -5,-19,-13, -3,-11, -4, -7, 2, -5,-18,-12, -5, -5; /M: M= -4,-13,-21,-13, -7,-10,-17, -9, -8, -7, -5, -4, -8,-16, -3, -1, 0, -2, -5,-20, -7, -6; /M: SY='D'; M= -7, 13,-24, 14, 4,-25, -8, -6,-20, -1,-21,-15, 12, -9, 1, -5, 3, -1,-18,-32,-17, 2; /M: M= -8,-14,-25,-14, -8,-11,-22,-16, -4, -4, -9, -5,-10, 0, -8, -1, -6, -4, -3,-25,-11, -9; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 71 in 46 different sequences |
| Number of true positive hits | 71 in 46 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 4 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | PBS-linker |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
46 sequences
APCE_AGLNE (P28561), APCE_CYACA (Q9TLS6), APCE_CYAPA (P48088), APCE_GALSU (P35911), APCE_MICDP (P16566), APCE_NEOYE (Q1XDM4), APCE_NOSS1 (P80559), APCE_PICP2 (O68973), APCE_PORPU (P51263), APCE_SYNP6 (P28035), APCE_SYNY3 (Q55544), APCE_SYNY4 (Q02907), CPCL_NOSS1 (P29988), CPCL_SYNY3 (P74625), PHEG_SYNPY (Q02181), PYG1_MASLA (P29731), PYG1_NOSS1 (P29986), PYG1_PICP2 (Q05238), PYG1_THEVB (P50039), PYG2_MASLA (P29732), PYG2_NOSS1 (P29987), PYG2_THEVB (P50040), PYG3_MASLA (P29733), PYG4_NOSS1 (P29989), PYG4_THEVB (P50041), PYG_AGLNE (P34814), PYG_CYACA (O19899), PYG_GALSU (Q02074), PYG_NEOYE (Q1XDC2), PYG_PORPU (P51365), PYG_SYNY3 (P73093), PYR1_MASLA (P11398), PYR1_MICDP (P18542), PYR1_NOSS1 (P07123), PYR1_PICP2 (Q05237), PYR1_SYNY3 (P73203), PYR1_THEVB (P50034), PYR2_MASLA (P11399), PYR2_MICDP (P18543), PYR2_NOSS1 (P31329), PYR2_SYNY3 (P73204), PYR3_MICDP (P11400), PYR4_MICDP (P14879), PYR5_MICDP (P11401), PYR5_PSETP (Q52453), PYR6_MICDP (P14880)» more
|
| PDB [Detailed view] |
22 PDB
2KY4; 2L06; 2L8V; 3NPH; 3OHW; 3OSJ; 3PRU; 7EXT; 7EYD; 7SC7; 7SC8; 7SC9; 7SCA; 7SCB; 7SCC; 7TZ8; 7VEB; 8HFQ; 8TO2; 8TO5; 8TPJ; 8TRO » more |