PROSITE entry PS51472
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | RRM_NUP35 |
| Accession [info] | PS51472 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2009 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51472 |
| Associated ProRule [info] | PRU00804 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=82; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=77; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.3942175; R2=0.0232446; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3743.6032715; R2=6.3167982; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=392; H_SCORE=6220; N_SCORE=12.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=134; H_SCORE=4590; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-11; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='Q'; M= -4, -8,-21,-10, -3,-22,-18, -8,-13, -3,-15, -8, -5,-10, 6, -3, 1, -1,-10,-29,-17, -1; /M: M=-11, 0,-27, 0, 0,-21,-13, -4,-19, -8,-20,-15, -2,-17, -3, -8, -5,-10,-18,-29,-15, -2; /M: SY='S'; M= -3, 6,-24, 6, 4,-26, -4, -4,-25, -3,-30,-19, 9,-13, 3, -6, 10, -1,-22,-32,-19, 3; /M: SY='E'; M= -9, 9,-31, 15, 16,-29,-10, -8,-26, -2,-29,-21, 3, -8, 4, -9, 4, -4,-24,-35,-22, 11; /M: SY='T'; M= -6,-12,-12,-14, -8, -6,-16, -8,-13,-13,-14,-11, -8,-20,-10,-15, 0, 3,-13,-21, -7, -9; /M: SY='W'; M=-14,-33,-14,-40,-24, 2,-23,-18,-18,-24,-20,-18,-31,-32,-17,-25,-17,-19,-23, 61, 10,-24; /M: SY='V'; M= -4,-30,-10,-30,-30, -6,-34,-30, 33,-24, 15, 10,-30,-24,-24,-30,-20, -4, 35,-26,-10,-24; /M: SY='T'; M= 0,-18,-10,-18,-17,-13,-24,-22, 4,-15, -1, -3,-13,-16,-15,-16, 0, 23, 9,-26,-14,-15; /M: SY='V'; M= -1,-30,-10,-30,-29, -8,-31,-30, 31,-22, 12, 10,-30,-22,-22,-29,-19, -2, 36,-28,-10,-22; /M: SY='F'; M=-16,-26,-19,-33,-24, 43,-26, -4, -5,-24, -6, -5,-23,-34,-24,-25,-12,-16,-11, 6, 31,-24; /M: SY='G'; M= -1, -7,-30, -6,-17,-30, 55,-19,-39,-19,-40,-30, -9,-20,-19,-20, 1,-19,-30,-31,-30,-18; /M: SY='Y'; M=-19,-27,-20,-33,-24, 39,-29, 1, -6,-24, -6, -5,-23,-31,-24,-24,-18,-18,-11, 9, 40,-24; /M: SY='P'; M= -3,-12,-25,-12, -4,-31,-12,-14,-25, -5,-27,-22, -9, 30, -1,-10, 2, -5,-18,-34,-25, -4; /M: SY='P'; M= -9,-14,-25,-13, -2,-23,-22,-15,-17, -8,-16,-13,-14, 17, -3,-13, -8, -7,-13,-30,-19, -3; /M: SY='S'; M= 3, 3,-22, 6, 4,-25, 0, -9,-23, -6,-29,-20, 1,-15, -2,-11, 10, -3,-19,-32,-21, 1; /M: M= -1, -8,-13, -8, -6,-20,-17,-13, -9, -7,-13, -9, -8,-19, -5, -8, 0, -5, -8,-30,-18, -7; /M: SY='A'; M= 9,-13,-11,-14, -8,-17,-13,-14,-11, -5,-15,-10, -9,-13, -6, -9, 7, 8, -5,-27,-15, -7; /I: I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; /M: SY='N'; M= -6, 2,-20, -2, -3,-18,-12, -3,-20, -3,-26,-17, 13,-14, -4, -7, 11, 1,-19,-27, -9, -4; /M: SY='M'; M= -9,-18,-19,-17, -7, -8,-25,-10, -4,-13, -2, 3,-15,-19, -2,-14, -9, -6, -4,-18, -4, -7; /M: SY='V'; M= -6,-31,-10,-31,-29, -5,-34,-28, 29,-24, 16, 10,-30,-25,-23,-28,-20, -4, 30,-24, -8,-24; /M: SY='L'; M=-15,-34,-12,-34,-27, 2,-37,-21, 20,-26, 23, 13,-32,-29,-19,-22,-24,-11, 14,-15, 1,-26; /M: SY='R'; M= -8, -9,-24,-14, -1,-21,-20, 0,-20, 2,-15,-12, -4,-15, 7, 12, -4, -6,-18,-26,-13, 0; /M: SY='H'; M=-15,-10,-28,-12, 4, -1,-24, 17,-19, -6,-17,-11, -8,-21, 6, -5,-10,-15,-19,-13, 10, 4; /M: SY='F'; M=-20,-31,-19,-40,-30, 56,-31,-11, 1,-30, 2, 1,-31,-39,-29,-29,-21,-19, -9, 8, 28,-30; /M: SY='S'; M= 1, -5,-20, -5, 6,-21,-13, -4,-19, 1,-21,-13, -2,-13, 5, -4, 7, -1,-15,-27,-15, 5; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='Q'; M=-10, 3,-30, 2, 9,-27,-17, 2,-25, 12,-24,-14, 3,-15, 17, 10, 0, -8,-21,-29,-18, 10; D=-14; /I: I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='F'; M=-13,-25, 10,-30,-27, 14,-30,-12, 0,-26, -2, -5,-25,-31,-24,-28,-16,-14, -4, -7, 10,-27; D=-14; /I: I=-14; DM=-29; /M: SY='G'; M= 1,-11,-29,-11,-20,-29, 57,-20,-38,-20,-38,-29,-11,-20,-20,-20, 0,-19,-28,-30,-29,-20; /M: SY='N'; M= -8, 1,-25, 0, 0,-24,-12, -6,-19, -5,-24,-16, 5,-10, -3, -8, 1, 2,-15,-32,-17, -1; /M: SY='I'; M= -8,-30, -8,-30,-29, -2,-37,-29, 34,-28, 16, 9,-30,-29,-27,-29,-19, -9, 28,-18,-10,-28; /M: SY='V'; M= -7,-30, -9,-30,-24, -7,-31,-25, 17,-22, 16, 11,-29,-23,-17,-22,-19, -2, 18,-25,-11,-21; /M: SY='E'; M= -6, 6,-29, 7, 16,-27,-14, -5,-26, 9,-28,-19, 2,-14, 7, 2, 5, -6,-23,-32,-20, 12; /M: SY='H'; M=-14, -2,-27, -5, -1,-15,-21, 18,-18, -1,-22,-15, -1,-19, 2, -2, -7,-11,-16,-24, -2, -1; /M: M= -8,-14,-22,-17,-10, -7,-19,-10, -6, -9,-11, -7,-12,-21, -7, -8, -7, -6, -4,-22, -6, -8; /I: I=-3; MD=-6; /M: M= -7,-12,-21,-13, -5, -9,-16, -4,-12,-11,-13, -7,-10,-12, -4,-12, -3, -6,-12,-22, -7, -6; D=-3; /I: I=-3; MD=-6; /M: SY='G'; M= 1,-10,-13,-11,-11,-12, 2,-14, -9, -9,-13, -8, -8,-12,-10,-12, 0, -4, -5,-20,-13,-11; D=-3; /I: I=-3; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6; /M: SY='P'; M= -8,-11,-18,-12, -7, -5,-13, -9,-12, -9,-13,-12,-11, 11, -9,-13, -5, -7,-11,-16, -6, -8; D=-3; /I: I=-3; DM=-6; /M: SY='S'; M= -1, -4,-20, -5, -1,-24, -8,-10,-19, -4,-21,-14, 0,-13, 1, -4, 7, 7,-15,-30,-20, -1; /M: SY='G'; M= -2, 0,-26, -2, -3,-28, 13,-11,-29, -5,-32,-21, 4,-16, -5, -8, 4, -8,-23,-32,-24, -4; /M: SY='S'; M= 3, -8,-15, -9, -9,-25, 3,-16,-21, -7,-25,-17, -5,-11, -9,-10, 5, 0,-15,-31,-23, -9; /M: SY='N'; M=-16, 19,-27, 5, -3,-27, -7, 5,-25, -4,-34,-17, 42,-20, -2, -4, 8, -1,-24,-37,-19, -3; /M: SY='W'; M=-25,-37,-17,-45,-28, 8,-30,-20,-14,-27,-12,-13,-36,-37,-19,-24,-27,-24,-22, 68, 13,-28; /M: SY='M'; M= -7,-29,-15,-29,-23, -2,-31,-23, 18,-21, 14, 25,-25,-26,-14,-23,-18, -6, 18,-21, -7,-21; /M: SY='H'; M=-12, -7,-26,-14, -2,-10,-17, 29,-25, 3,-25,-16, -1,-18, 4, 1, -6,-13,-21,-17, 10, -1; /M: SY='I'; M=-12,-34,-10,-34,-30, -1,-37,-29, 29,-27, 25, 14,-34,-28,-23,-26,-24, -8, 24,-22, -9,-27; /M: SY='R'; M= -7, -8,-24,-12, 1,-25,-19, -8,-21, 10,-17,-13, -4,-12, 7, 13, -2, 4,-16,-28,-19, 2; /M: SY='Y'; M=-20,-30,-20,-33,-23, 34,-30, 8, -7,-23, -6, -7,-24,-29,-22,-23,-20,-19,-10, 13, 52,-23; /M: SY='Q'; M= -3, -1,-19, 0, 3,-19,-14, -4,-20, -4,-22,-13, -4,-16, 8, -7, 3, -5,-17,-27,-15, 3; /M: SY='S'; M= -4, 5,-12, 1, -3,-23,-11, -6,-20, -3,-27,-18, 16,-16, -4, -9, 17, 5,-19,-32,-19, -4; /M: SY='P'; M= -8,-11,-28,-14, -3,-29,-20,-11,-22, 6,-21,-16, -8, 11, 0, 7, -5, -5,-17,-33,-21, -3; /M: M= -6,-16,-17,-17, -8,-12,-21,-13, -5,-11, -4, -2,-12,-19, -7,-11, -4, -3, -5,-23, -9, -9; /M: SY='D'; M= -5, 12,-28, 20, 14,-29, -5, -5,-27, -3,-32,-21, 5,-14, 7,-10, 11, -5,-25,-35,-23, 10; /M: SY='A'; M= 27,-20, 4,-21,-14,-15, -7,-19, -8,-11,-17,-10,-19,-14,-12,-14, 7, -2, -1,-26,-14,-13; /M: SY='Q'; M= -7, -8,-26, -8, 3,-22,-19, -5,-16, 1,-13, -5, -8,-18, 11, 4, -6, -9,-13,-27,-17, 3; /M: SY='R'; M=-11, -6,-29,-12, 2,-24,-22, -7,-21, 19,-19,-12, -4,-17, 7, 20, -6,-10,-17,-27,-16, 2; /M: SY='A'; M= 39,-19, 0,-19,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-20,-10,-19,-10,-10,-10, 11, 0, -1,-30,-20,-10; /M: SY='L'; M=-18,-39,-10,-39,-30, -1,-39,-30, 22,-29, 37, 19,-39,-29,-20,-21,-29, -9, 13,-21,-10,-29; /M: SY='Q'; M= -4, -2,-17, -6, -1,-23,-14, -6,-20, 1,-20,-11, 4,-16, 9, 1, 8, -3,-18,-28,-19, 1; /M: SY='K'; M=-11, -7,-30, -9, 10,-14,-22, 2,-24, 16,-23,-17, -5,-17, 6, 9, -5,-12,-21,-18, 1, 8; /M: SY='N'; M=-17, 25,-31, 18, 4,-30, -8, 10,-30, -4,-38,-22, 36,-19, 2, -6, 6, -5,-29,-39,-19, 2; /M: SY='G'; M= -1, -8,-29, -8,-15,-28, 46,-15,-37,-16,-37,-27, -7,-19,-14,-17, 2,-17,-28,-30,-27,-15; /M: SY='Q'; M= -7, -9,-21,-11, 1,-21,-22,-10,-14, 5,-12, -1, -5,-15, 11, -1, -1, 3, -8,-26,-18, 3; /M: SY='V'; M= -8,-19,-19,-22,-14,-13,-28,-18, 6, -7, -1, 1,-17,-16, -5,-11,-12, -7, 8,-25,-13,-10; /M: SY='I'; M=-13,-32,-13,-34,-28, 13,-35,-23, 21,-28, 17, 10,-31,-31,-25,-26,-21,-11, 14,-13, 2,-28; /M: SY='G'; M= 0, 0,-21, -4, -9,-26, 17,-11,-28,-10,-32,-22, 7,-17,-10,-12, 8, -6,-23,-33,-24,-10; /M: SY='G'; M= -5, -6,-26, -4,-10,-20, 17,-10,-26,-14,-29,-21, -6,-19,-11,-17, -1,-13,-21,-25,-12,-11; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='G'; M= -2, -2,-18, -5, -7,-18, 10, -7,-19, -7,-23,-15, 3,-14, -4, -8, 5, -6,-15,-23,-15, -6; D=-10; /I: I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='I'; M= -6,-26,-10,-28,-23, -5,-28,-21, 12,-21, 6, 3,-23,-24,-18,-22,-13, -3, 11,-15, -6,-21; /M: SY='M'; M=-11,-29,-18,-30,-21, -3,-31,-21, 11,-18, 16, 26,-23,-28,-10,-12,-19, -8, 8,-21,-10,-21; /M: SY='V'; M= -5,-31, -8,-31,-30, -6,-34,-30, 31,-24, 15, 12,-30,-25,-23,-29,-20, -5, 33,-25,-10,-24; /M: SY='G'; M= -1,-10,-29,-10,-17,-28, 47,-16,-36,-15,-36,-27, -9,-19,-17,-16, 0,-18,-27,-29,-27,-17; /M: SY='V'; M= 0,-29, 6,-31,-30,-10,-29,-28, 19,-20, 5, 3,-29,-22,-21,-28,-17, -3, 27,-27,-11,-23; /M: SY='K'; M= -7,-11,-23,-17, -5,-20,-23,-12, -9, 15,-13, -7, -9,-16, 0, 4, -5, -4, -3,-28,-16, -3; /M: SY='P'; M= -6,-18,-25,-19, -8,-28,-20,-14,-22, -6,-22,-20,-15, 32, -4,-10, -8, -9,-15,-28,-18, -7; /M: SY='C'; M= -7,-24, 8,-25,-17, -6,-25,-15, -4,-20, -3, -7,-24,-25,-16,-22,-13,-11, -5,-15, 0,-18; /M: SY='D'; M=-12, 11,-25, 12, 0,-26,-15, -7,-17, -8,-25,-17, 12,-15, -5,-12, 5, 4,-17,-36,-20, -3; /M: SY='P'; M= -8, 2,-30, 5, 4,-33,-11,-11,-28, 2,-31,-24, -4, 12, -2, -9, -2, -9,-22,-38,-24, 1; /M: SY='K'; M= -3, -7,-22, -8, -1,-20,-15,-11,-14, 2,-18, -8, -5,-15, 0, -5, 0, -5,-10,-27,-17, -1; /M: SY='Q'; M= 5, -8,-16, -9, -1,-20,-14, -7,-14, -5,-17, -8, -6,-14, 6, -6, 5, 1, -9,-27,-17, 0; /M: SY='I'; M= -6,-19,-22,-20, -8,-15,-26,-16, 1, -6, -2, -1,-18,-17, -5, -3,-12, -8, 1,-26,-15, -8; /M: SY='E'; M= -7, -7,-25, -7, 7,-20,-21, -9,-12, 0,-12, -3, -6,-16, 7, -5, -4, -6,-10,-27,-17, 6; /M: SY='Q'; M= -4, -3,-23, -3, 1,-24,-13, -7,-18, -1,-20,-12, -3,-17, 6, -1, -2, -7,-14,-29,-18, 2; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 11 in 11 different sequences |
| Number of true positive hits | 11 in 11 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | RRM Nup35-type |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
11 sequences
NUP35_ARATH (O04326), NUP35_CAEEL (Q09601), NUP35_DANRE (Q6P6X9), NUP35_DROME (Q9VWS2), NUP35_HUMAN (Q8NFH5), NUP35_MOUSE (Q8R4R6), NUP35_RAT (Q68FY1), NUP35_XENTR (Q66IJ0), NUP40_SCHPO (O13838), NUP53_YEAST (Q03790), NUP59_YEAST (Q05166)» more
|
| PDB [Detailed view] |
9 PDB
1WWH; 4LIR; 5UAZ; 7N85; 7N9F; 7R5J; 7R5K; 8OZB; 8TJ5 |