 |
|
| Entry: PS51500 |
General information about the entry
| Entry name [info] | SIN |
| Accession [info] | PS51500 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JUL-2010 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 12-AUG-2020 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51500 |
| Associated ProRule [info] | PRU00833 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Sin domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=39; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=36; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5733585; R2=0.0192588; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1617.7957764; R2=1.7957747; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=412; H_SCORE=2358; N_SCORE=10.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=204; H_SCORE=1984; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: M=-12,-14,-22,-17, -6,-11,-26, -5, -4, -1, -2, -2, -8,-21, -6, -8,-10,-10, -3,-23, -4, -7; /M: SY='R'; M=-10, -9,-24,-12, 2,-18,-22, -3,-14, 3, -7, 2, -1,-18, 3, 4, -3, -8,-13,-25,-14, 2; /M: SY='N'; M= -9, 7,-24, 4, 4,-18,-12, -1,-23, 3,-22,-14, 12,-16, 1, -5, 3, -6,-20,-26, -8, 2; /M: SY='K'; M= -9, 1,-23, -3, 2,-24,-17, -9,-20, 9,-17, -7, 8,-13, 4, 3, 3, 9,-14,-27,-19, 3; /M: SY='N'; M=-12, 0,-24, -4, 2,-20,-19, -2,-16, 2,-13, -2, 6,-17, 4, -1, -1, -8,-14,-28,-14, 3; /M: SY='E'; M= -7, -7,-23, -3, 5,-14,-18,-11,-12, -2,-13, -7, -7,-16, -1,-11, -1, -4, -8,-23,-11, 3; /M: SY='T'; M= -9, -4,-23, -1, 1,-16,-20,-11,-19, 1,-18,-10, -5, -4, -2, -8, 0, 3,-14,-23,-13, 0; /M: SY='E'; M= -5, 4,-27, 2, 10,-26, -6, -2,-28, 9,-25,-16, 6,-13, 5, -1, 5, -5,-20,-29,-18, 8; /M: SY='E'; M= -8, 5,-27, 8, 16,-25,-18, -7,-19, 3,-20,-11, 0,-13, 13, -4, 1, -7,-14,-30,-18, 15; /M: SY='L'; M=-10,-29,-12,-29,-24, -5,-35,-26, 18,-19, 25, 12,-22,-27,-19,-21,-17, -8, 11,-25,-12,-25; /M: SY='D'; M=-18, 27,-29, 44, 18,-26,-15,-11,-23, -9,-30,-23, 4,-12, -1,-18, -2,-10,-23,-37,-26, 9; /M: SY='E'; M= -9, -5,-29, -3, 13,-25,-20, -7,-25, 10,-20,-11, -6, 1, 11, -1, 0, -9,-18,-26,-14, 12; /M: SY='E'; M=-11, 14,-39, 25, 46,-30,-19, -1,-30, 7,-31,-21, 1,-10, 17, -3, 0,-10,-21,-31,-21, 36; /M: SY='W'; M=-30,-40,-20,-40,-30, 10,-20,-20,-30,-30,-20,-10,-40,-40,-20,-30,-30,-20,-30,110, 20,-30; /M: SY='V'; M= -7,-23,-15,-23,-13,-10,-30,-21, 13,-11, 6, 7,-20,-21,-10,-15,-13, -4, 15,-25, -9,-12; /M: SY='Q'; M= -5, -7,-15, -4, 0,-21,-17,-15,-12, -6,-11, -7,-10,-17, 1,-10, -4, -6, -8,-26,-18, 0; /M: SY='L'; M=-10,-39,-10,-39,-30, 0,-40,-30, 22,-21, 38, 19,-30,-30,-21,-21,-20,-10, 12,-21,-10,-30; /M: SY='I'; M= -8,-32,-10,-32,-26, -2,-36,-28, 28,-22, 22, 20,-28,-26,-20,-24,-18, -8, 24,-24,-10,-24; /M: SY='K'; M= -4,-15,-20,-18, -2,-20,-23,-14,-12, 9, -1, 2,-12,-16, 9, 3, -6, -8, -8,-25,-14, 0; /M: SY='E'; M=-11, 8,-37, 16, 39,-27,-20, 3,-28, 9,-27,-16, 0,-11, 16, -1, -1,-11,-19,-29,-18, 32; /M: SY='A'; M= 40,-20, 0,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-20,-10,-10,-10, 10, 0, 0,-30,-20,-10; /M: SY='R'; M=-10,-17,-21,-22, -8,-17,-27,-13, -7, 9, 0, 8,-11,-20, 2, 11,-10,-10, -7,-24,-15, -5; /M: SY='K'; M=-10, 5,-28, 4, 11,-26,-13, -5,-24, 13,-23,-15, 4,-13, 3, 1, 1, -6,-19,-30,-19, 8; /M: SY='M'; M= 2,-19,-14,-18, -7,-14,-21,-18, -1, -8, 3, 6,-15,-17, 1,-11, -2, -5, 1,-24,-14, -5; /M: SY='G'; M= -1, -7,-30, -9,-19,-30, 56,-18,-39,-19,-39,-29, 4,-20,-19,-19, 1,-19,-30,-21,-29,-19; /M: SY='I'; M= -8,-34,-10,-34,-27, -2,-37,-29, 27,-22, 26, 17,-29,-27,-21,-24,-19, -8, 23,-24,-10,-26; /M: SY='S'; M= 5, -5,-12, -6, -3,-20,-10, -8,-17, -4,-16,-10, 4,-11, -1, -8, 21, 21,-12,-25,-17, -2; /M: SY='K'; M= -6,-19,-18,-23,-12,-16,-28,-21, 2, 5, 3, 1,-18,-14,-10, -8,-10, -8, 4,-29,-16,-12; /M: SY='E'; M=-12, 14,-35, 21, 32,-30,-13, -3,-31, 6,-31,-20, 5,-11, 16, -3, 1,-10,-23,-31,-21, 26; /M: SY='E'; M=-13, 16,-36, 28, 38,-30,-17, -3,-30, 5,-31,-20, 3,-10, 19, -4, 0,-10,-23,-31,-21, 31; /M: SY='I'; M= -8,-30,-13,-30,-25, 11,-32,-25, 25,-25, 10, 7,-30,-28,-25,-30,-20, -8, 25,-20, 0,-25; /M: SY='R'; M= -9, -9,-27,-14, 4,-26,-21, -6,-22, 16,-15, -8, -3,-18, 6, 27, -5, -9,-21,-29,-19, 2; /M: SY='E'; M= -9, -2,-28, -3, 14,-20,-19, 7,-23, 6,-21,-13, 0,-15, 8, 6, 0, -9,-19,-25, -8, 12; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-30,-27, 52,-30, -2, -3,-27, -3, -3,-27,-37,-25,-27,-20,-20,-10, 13, 41,-27; /M: SY='L'; M=-11,-36,-12,-36,-29, 9,-37,-26, 16,-22, 29, 14,-28,-31,-22,-22,-18, -8, 7,-15, -4,-29; /M: SY='E'; M=-10, 3,-26, 0, 7,-24,-17, -2,-22, 7,-18, -9, 5,-15, 6, 5, -2, -7,-19,-29,-17, 6; /M: SY='S'; M= -4,-16,-18,-18,-13, -6,-11,-12,-13, -9, -9, -6, -8,-21,-10, -6, 2, 0,-13,-18, -7,-13; /M: SY='N'; M= -6, 0,-23, -1, 4,-21,-11, -2,-19, -1,-18, -6, 5,-15, 5, -5, 4, -7,-15,-27,-15, 5; /M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -9, 8,-30,-19, -2,-30, 32,-22,-12, 2, -7, 9, 19, -3,-10,-23,-30,-18, 8; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 6 in 6 different sequences |
| Number of true positive hits | 6 in 6 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Sin |
| Version [info] | 4 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
6 sequences
SINI_BACLI (P22755 ), SINI_BACSU (P23308 ), SINR_BACLI (P22753 ), SINR_BACSU (P06533 ), SLRA_BACSU (P0C8M5 ), SLRR_BACSU (P71049 )» more
|
| PDB [Detailed view] |
5 PDB
1B0N; 2YAL; 3ZKC; 5TMX; 5TN2 |
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission