PROSITE entry PS51500

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51500
Entry name [info]	SIN
Accession [info]	PS51500
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JUL-2010 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51500
Associated ProRule [info]	PRU00833

Name and characterization of the entry

Description [info]

Sin domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=39;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=36;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5733585; R2=0.0192588; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1617.7957764; R2=1.7957747; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=412; H_SCORE=2358; N_SCORE=10.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=204; H_SCORE=1984; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M=-12,-14,-22,-17, -6,-11,-26, -5, -4, -1, -2, -2, -8,-21, -6, -8,-10,-10, -3,-23, -4, -7;
/M: SY='R';  M=-10, -9,-24,-12,  2,-18,-22, -3,-14,  3, -7,  2, -1,-18,  3,  4, -3, -8,-13,-25,-14,  2;
/M: SY='N';  M= -9,  7,-24,  4,  4,-18,-12, -1,-23,  3,-22,-14, 12,-16,  1, -5,  3, -6,-20,-26, -8,  2;
/M: SY='K';  M= -9,  1,-23, -3,  2,-24,-17, -9,-20,  9,-17, -7,  8,-13,  4,  3,  3,  9,-14,-27,-19,  3;
/M: SY='N';  M=-12,  0,-24, -4,  2,-20,-19, -2,-16,  2,-13, -2,  6,-17,  4, -1, -1, -8,-14,-28,-14,  3;
/M: SY='E';  M= -7, -7,-23, -3,  5,-14,-18,-11,-12, -2,-13, -7, -7,-16, -1,-11, -1, -4, -8,-23,-11,  3;
/M: SY='T';  M= -9, -4,-23, -1,  1,-16,-20,-11,-19,  1,-18,-10, -5, -4, -2, -8,  0,  3,-14,-23,-13,  0;
/M: SY='E';  M= -5,  4,-27,  2, 10,-26, -6, -2,-28,  9,-25,-16,  6,-13,  5, -1,  5, -5,-20,-29,-18,  8;
/M: SY='E';  M= -8,  5,-27,  8, 16,-25,-18, -7,-19,  3,-20,-11,  0,-13, 13, -4,  1, -7,-14,-30,-18, 15;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-12,-29,-24, -5,-35,-26, 18,-19, 25, 12,-22,-27,-19,-21,-17, -8, 11,-25,-12,-25;
/M: SY='D';  M=-18, 27,-29, 44, 18,-26,-15,-11,-23, -9,-30,-23,  4,-12, -1,-18, -2,-10,-23,-37,-26,  9;
/M: SY='E';  M= -9, -5,-29, -3, 13,-25,-20, -7,-25, 10,-20,-11, -6,  1, 11, -1,  0, -9,-18,-26,-14, 12;
/M: SY='E';  M=-11, 14,-39, 25, 46,-30,-19, -1,-30,  7,-31,-21,  1,-10, 17, -3,  0,-10,-21,-31,-21, 36;
/M: SY='W';  M=-30,-40,-20,-40,-30, 10,-20,-20,-30,-30,-20,-10,-40,-40,-20,-30,-30,-20,-30,110, 20,-30;
/M: SY='V';  M= -7,-23,-15,-23,-13,-10,-30,-21, 13,-11,  6,  7,-20,-21,-10,-15,-13, -4, 15,-25, -9,-12;
/M: SY='Q';  M= -5, -7,-15, -4,  0,-21,-17,-15,-12, -6,-11, -7,-10,-17,  1,-10, -4, -6, -8,-26,-18,  0;
/M: SY='L';  M=-10,-39,-10,-39,-30,  0,-40,-30, 22,-21, 38, 19,-30,-30,-21,-21,-20,-10, 12,-21,-10,-30;
/M: SY='I';  M= -8,-32,-10,-32,-26, -2,-36,-28, 28,-22, 22, 20,-28,-26,-20,-24,-18, -8, 24,-24,-10,-24;
/M: SY='K';  M= -4,-15,-20,-18, -2,-20,-23,-14,-12,  9, -1,  2,-12,-16,  9,  3, -6, -8, -8,-25,-14,  0;
/M: SY='E';  M=-11,  8,-37, 16, 39,-27,-20,  3,-28,  9,-27,-16,  0,-11, 16, -1, -1,-11,-19,-29,-18, 32;
/M: SY='A';  M= 40,-20,  0,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-20,-10,-10,-10, 10,  0,  0,-30,-20,-10;
/M: SY='R';  M=-10,-17,-21,-22, -8,-17,-27,-13, -7,  9,  0,  8,-11,-20,  2, 11,-10,-10, -7,-24,-15, -5;
/M: SY='K';  M=-10,  5,-28,  4, 11,-26,-13, -5,-24, 13,-23,-15,  4,-13,  3,  1,  1, -6,-19,-30,-19,  8;
/M: SY='M';  M=  2,-19,-14,-18, -7,-14,-21,-18, -1, -8,  3,  6,-15,-17,  1,-11, -2, -5,  1,-24,-14, -5;
/M: SY='G';  M= -1, -7,-30, -9,-19,-30, 56,-18,-39,-19,-39,-29,  4,-20,-19,-19,  1,-19,-30,-21,-29,-19;
/M: SY='I';  M= -8,-34,-10,-34,-27, -2,-37,-29, 27,-22, 26, 17,-29,-27,-21,-24,-19, -8, 23,-24,-10,-26;
/M: SY='S';  M=  5, -5,-12, -6, -3,-20,-10, -8,-17, -4,-16,-10,  4,-11, -1, -8, 21, 21,-12,-25,-17, -2;
/M: SY='K';  M= -6,-19,-18,-23,-12,-16,-28,-21,  2,  5,  3,  1,-18,-14,-10, -8,-10, -8,  4,-29,-16,-12;
/M: SY='E';  M=-12, 14,-35, 21, 32,-30,-13, -3,-31,  6,-31,-20,  5,-11, 16, -3,  1,-10,-23,-31,-21, 26;
/M: SY='E';  M=-13, 16,-36, 28, 38,-30,-17, -3,-30,  5,-31,-20,  3,-10, 19, -4,  0,-10,-23,-31,-21, 31;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-13,-30,-25, 11,-32,-25, 25,-25, 10,  7,-30,-28,-25,-30,-20, -8, 25,-20,  0,-25;
/M: SY='R';  M= -9, -9,-27,-14,  4,-26,-21, -6,-22, 16,-15, -8, -3,-18,  6, 27, -5, -9,-21,-29,-19,  2;
/M: SY='E';  M= -9, -2,-28, -3, 14,-20,-19,  7,-23,  6,-21,-13,  0,-15,  8,  6,  0, -9,-19,-25, -8, 12;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-30,-27, 52,-30, -2, -3,-27, -3, -3,-27,-37,-25,-27,-20,-20,-10, 13, 41,-27;
/M: SY='L';  M=-11,-36,-12,-36,-29,  9,-37,-26, 16,-22, 29, 14,-28,-31,-22,-22,-18, -8,  7,-15, -4,-29;
/M: SY='E';  M=-10,  3,-26,  0,  7,-24,-17, -2,-22,  7,-18, -9,  5,-15,  6,  5, -2, -7,-19,-29,-17,  6;
/M: SY='S';  M= -4,-16,-18,-18,-13, -6,-11,-12,-13, -9, -9, -6, -8,-21,-10, -6,  2,  0,-13,-18, -7,-13;
/M: SY='N';  M= -6,  0,-23, -1,  4,-21,-11, -2,-19, -1,-18, -6,  5,-15,  5, -5,  4, -7,-15,-27,-15,  5;
/M: SY='K';  M=-11, -1,-30, -9,  8,-30,-19, -2,-30, 32,-22,-12,  2, -7,  9, 19, -3,-10,-23,-30,-18,  8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	6 in 6 different sequences
Number of true positive hits	6 in 6 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Sin
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

6 sequences

SINI_BACLI  (P22755), SINI_BACSU  (P23308), SINR_BACLI  (P22753),

SINR_BACSU  (P06533), SLRA_BACSU  (P0C8M5), SLRR_BACSU  (P71049)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

5 PDB

1B0N; 2YAL; 3ZKC; 5TMX; 5TN2