PROSITE entry PS51725
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | ABM |
Accession [info] | PS51725 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-JUL-2014 CREATED;
01-JUL-2014 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC51725 |
Associated ProRule [info] | PRU01062 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | ABM domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=89; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=84; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1464617; R2=0.0073789; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1133; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=726; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='RR'; /DEFAULT: M0=-11; D=-100; I=-100; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255; ... A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y /I: B1=0; BI=-255; BD=-255; /M: SY='F'; M=-32,-43,-45,-42, 49,-21, 42, 35,-40, 1, 13,-36,-46,-11,-40, 0,-29, 24,-31, 32; /M: SY='V'; M= -6,-40,-43,-40,-22, 0,-36, 15,-31, -1, 23,-35,-43,-34, 16,-28, 25, 43,-40, 33; /M: SY='V'; M= 12, 15,-43,-12,-26,-45,-40, 17,-16, 8, 30,-40,-44, -7,-10,-31, -9, 51,-47, 0; /M: SY='I'; M= 14,-41,-35, -1,-32,-17,-37, 34,-28, 9,-19, -3,-40, 24, 4,-24, 27, 13,-48,-33; /M: SY='N'; M= 30,-39,-28,-32,-37, 1,-28, 14,-25,-19, 30, 58,-42, -5, 16,-22,-24, 1,-51,-35; /M: SY='Q'; M=-18, 14,-29, 11, 23,-41, 18,-33, 22,-31, 23, 7,-40, 30, 30,-26, 13,-15,-38, 18; /M: SY='I'; M=-32,-42,-50,-47, 17,-52,-38, 51,-43, 27, 49,-43,-46,-39,-44,-17, 1, 22,-36, 24; /M: SY='K'; M= -8,-44, 4, 17,-42,-14, 14,-17, 27,-12, 2, -3, -1, 16, 23, 15, 12,-34,-49,-34; /M: SY='V'; M=-10,-38,-46,-43,-27, -3,-49, 33,-41, 0,-16,-39, -9,-41,-45,-10, 19, 61,-52,-33; /M: SY='K'; M= -3, 4, -4, -6,-43,-39,-32, -1, 54,-38,-32,-22, -6, 1, 26, -5, 36,-30,-48,-36; /M: SY='P'; M=-17,-50, 11, 38,-52,-37,-29,-48, 39,-49,-40, 1, 67, -1, 0, 4,-26,-45,-49,-42; /M: SY='G'; M=-24,-48, 46, 44,-53, 61,-31,-57,-27,-52,-46,-17,-34,-22,-35, 7,-30,-50,-51,-44; /I: I=-28; MD=-71; /M: SY='K'; M= 10,-45, -4, 5, 0,-21, 32,-42, 35,-22,-32, 11,-39, 26, 15,-10, 0,-39,-45, -6; D=-28; /I: I=-28; MI=-71; MD=-71; IM=-71; DM=-71; /M: SY='R'; M= 26,-43, 9, -6,-42, 14, 2,-34, -8, -3,-30,-27,-41, 14, 30,-23, 9, -4,-50,-37; D=-28; /I: I=-28; DM=-71; /M: SY='Q'; M= -5,-48, 30, 34,-43,-38, 36,-44, 5,-23,-33,-21, 8, 43, 24, 0, -8,-42,-47, 1; /M: SY='E'; M= 6,-47, 13, 57,-50,-16, 8,-48, 27,-31,-36, 2,-33, 39, 14,-23,-29,-43,-49,-37; /I: I=-20; MI=0; MD=-50; IM=0; DM=-50; /M: SY='F'; M=-46,-50,-58,-28, 75,-31,-45, 6,-49, 6,-24,-52,-59,-53,-17,-48,-41, 6,-29, 11; D=-20; /I: I=-20; DM=-50; /M: SY='M'; M= -3,-42, -7, 20,-28,-20, 6, 17,-29, 27, 46,-33,-41, 1, 2,-12,-11, 4,-47,-29; /M: SY='D'; M= 15,-44, 48, 28,-15,-36, 29, 4, 24,-20,-31, 9,-36,-21,-24,-13,-27,-18,-52,-32; /I: I=-28; MI=0; MD=-71; IM=0; DM=-71; /M: SY='E'; M= 20,-42,-31, 26,-32,-20,-34, -5, 13, 16,-22,-33, 5, -3, 2,-13, -7, 10,-44, -6; /M: SY='F'; M= 4,-40,-16,-36, 50,-43,-32,-19,-16, 31,-17,-13,-47,-34, 19,-14, 7, -8,-31, 21; /M: SY='F'; M= -7, 8, 9, 15, 36,-20,-30,-16, 15,-35,-32,-26, -3, 26, 33, 4, -3,-35,-40,-24; /M: SY='H'; M= 6, 9, -8, -3,-42,-11, 50,-40, 15,-40,-31, 9,-37, 41, 8, 12, 21,-18,-49, -4; /I: I=-26; MD=-65; /M: SY='M'; M= -4,-43,-41,-37, -3,-23,-31, 7, 5, 8, 55, 4,-11, -9, 0,-32, -8, 12,-39, 28; D=-26; /I: I=-26; MI=-65; MD=-65; IM=-65; DM=-65; /M: SY='V'; M= 12,-44, -6, 14,-37,-11, 2, 18,-27,-17,-25, -6,-42, 5, 17,-14,-10, 32,-52,-35; D=-26; /I: I=-26; DM=-65; /M: SY='E'; M=-13,-49, 38, 38,-52, 29, 6,-50, 7,-32,-40,-22, 15, 12,-10, -8,-11,-46,-53,-41; D=-26; /I: I=-26; DM=-65; /M: SY='H'; M= -1,-43, 11, -6,-11, -5, 24, 0, 13, -8,-29, 0, 23,-25, 6, 20, 3,-13,-49,-32; /M: SY='I'; M= 0,-38,-45,-42, -1,-45,-45, 47,-40, 3, 14,-36,-41,-39,-43, 7, 31, 40,-48,-28; /M: SY='E'; M= 24,-44,-22, 44,-44, -1,-28,-22, 0,-14,-32, -1,-36, 0, 42, 6,-27,-34,-47,-38; /M: SY='S'; M= 27,-39, 13, 11,-46, 3, 11,-42, 21,-42, -5, 23,-35,-20, -7, 28, 16,-36,-51,-37; /I: I=-30; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77; /M: SY='E'; M=-30,-46,-21, 59, 8,-45,-27,-10,-22, 1, 49,-32,-35, 44,-27,-14,-29, 6,-44,-28; /M: SY='P'; M= 8,-48, 21, 38,-52,-13,-31,-47, 22,-49,-40,-26, 66,-20, -9, 11,-26,-43,-50,-43; /M: SY='G'; M=-22,-47, 13,-39,-15, 84, 4,-57,-37,-53,-44, -2,-39,-35,-44,-20,-36,-52,-45,-41; /I: I=-30; MD=-77; /M: SY='C'; M=-37, 86,-43,-45, 63,-46, 24,-29,-41,-14, 2, 18,-53,-45,-43,-33, 7,-13,-36, 11; D=-30; /I: I=-30; MI=-77; IM=-77; DM=-77; /M: SY='L'; M=-21,-43,-42, -7, 22,-49, 1, 30, 1, 45,-10,-39,-46, 7,-11,-14,-30, -1,-40,-22; /M: SY='G'; M=-13, 16, 8,-28,-42, 37, 23,-37,-14,-20,-33,-20,-38, 9, 5, 33, 20, -6,-52,-35; /M: SY='Y'; M=-17,-43, 2,-39, 44,-47, 14, 13,-39, -1, 26,-37,-47,-37,-39,-34, 4, 21,-23, 66; /M: SY='Q'; M= -6,-46, 28, 39,-13,-37, 14,-19,-19,-39,-33,-21,-35, 46, 7, 22, 6,-37,-43, 18; /M: SY='V'; M= 13,-38,-48,-43, 26,-45,-41, 15,-42, 35,-12,-44,-14,-41,-43,-14, -9, 40,-39, 7; /M: SY='W'; M= -4, 32,-45,-38, 14,-18, 10,-18,-37, 27, 41,-38,-46, 13,-37,-12,-13, 0, 63, 32; /I: I=-18; MD=-45; /M: SY='Q'; M=-57,-72,-54, 2,-16,-71, -5,-50, -7,-25,-50,-56,-11, 10,-18,-55,-22, -6,-71,-53; D=-18; /I: I=-18; MI=0; MD=-45; IM=0; DM=-45; /M: SY='D'; M=-33,-48, 42, 9,-46,-37,-24,-44, 39,-12,-34, 23, 0, 27, 39, -5,-27,-43,-51,-36; /M: SY='P'; M=-12, 16, -7, 27,-41,-37,-31,-31,-11,-18, 35, -5, 43, -1, -3, 25, 16, -5,-51,-37; /M: SY='E'; M= 24,-41, 9, 30,-37,-21,-33,-24, 10, 6, 24,-30, -1,-23, -6, -8, -8, 14,-49,-35; /M: SY='D'; M=-20,-47, 76, 38,-53,-33, 9,-52, 7,-51,-45, 38,-35,-17, -7, -6,-25,-48,-62,-39; /I: I=-26; MI=0; MD=-65; IM=0; DM=-65; /M: SY='P'; M=-14,-50, 20, 30,-14, 16,-32,-43,-12,-45,-39,-28, 58,-27,-35, -4, 5,-26,-43, 20; D=-26; /I: I=-26; DM=-65; /M: SY='D'; M=-15,-44, 58, 37,-48, -1, 15,-47,-21,-31,-40, 36,-35,-19, -5, 7, 14,-43,-59,-38; /M: SY='E'; M= 2,-44, 10, 38,-43,-37,-26,-18, 12,-40,-33,-22,-34, 36, 28, 12, 28,-34,-46, -3; /M: SY='W'; M=-34,-45,-53,-48, 46,-23,-37, 26,-43, -4, 34,-46,-49,-43,-43,-40,-32, 37, 73, 50; /M: SY='Y'; M=-31,-41,-46,-40, 26,-16,-35, 2, 7, 21, 31,-39,-46,-36,-34,-34, 11, 34, 34, 37; /M: SY='I'; M=-33,-42,-50,-48, 29,-24,-44, 58,-45, 25, 24,-10,-47,-43,-46,-38, -8, 29,-40,-21; /M: SY='Y'; M=-15,-41,-40,-41, 27,-43,-30, 7,-37, 20, 8, 1,-45,-35,-39, -3, 32, 3, 37, 55; /M: SY='E'; M=-10,-41, 5, 63,-10,-37,-30,-19,-21,-38,-35,-23,-30,-16,-29, 31, 36,-13,-50,-36; /M: SY='W'; M=-17,-46,-35, 14, 20,-18, 4, 16, 0, -6,-23,-33,-42, 27, 22,-10,-30, 16, 45, 4; /M: SY='W'; M=-45,-65,-66,-50, 25,-45,-53,-38,-42,-35,-38,-60,-50,-41,-44,-49,-52,-50,158, 47; /M: SY='E'; M= -1,-46, 23, 60,-49,-39,-25,-47, 7,-44,-38, -3,-32, 22, 29,-21, 27,-40,-51,-39; /M: SY='S'; M= 1,-37, 51,-19,-47,-25,-26,-43,-25,-47,-41, 38,-35,-22,-32, 57, 30,-37,-59,-38; /M: SY='E'; M=-18,-49, 0, 60,-45,-43,-26, -2, 22,-19, 4,-26, 0, 35, 21, -9,-29,-34,-47,-36; /M: SY='E'; M= 41,-43, 28, 54,-50,-32,-30,-22,-22,-42,-37,-25, 14, 19,-29, 3,-25,-34,-50,-41; /M: SY='A'; M= 51,-38, 45, 3,-41,-28, 23,-35,-29,-38,-34,-22,-37,-25,-34, 14, -3, -1,-50, 0; /M: SY='W'; M=-19,-45,-49,-41, 59,-48, 31, -3,-12, 24, 5,-42,-49,-10,-36,-39,-35, 1, 82, 29; /M: SY='K'; M= -4,-44, 24, 28,-46,-37, 5,-42, 37,-28, 4, 25,-35, 25, 22,-22, 17,-39,-51,-35; /M: SY='A'; M= 34,-42, 18, 7,-16, -4, 10, -4, -5,-38,-33, 29,-38, -1, 4, 7,-25,-32, 34, -3; /M: SY='W'; M=-37,-53,-40,-35, 15,-15, 95,-40,-35,-34, 6,-30,-44,-29,-33, -1,-39,-23,122, -5; /M: SY='H'; M= 4, 14,-35,-13, 34,-41, 45,-24, 2, 22,-20, 8,-44, 9, 6,-29, 0, -4,-42,-20; /M: SY='Q'; M= 0,-44,-21, -5,-49,-14, 12,-45, 36,-45,-33, 46,-37, 60, 17, -3, 6,-42,-49,-35; /M: SY='S'; M=-19,-37, -3, -6,-42, 3, 9,-40, -6,-24,-35,-17,-34,-21, -2, 63, 43,-34,-53,-35; /M: SY='P'; M= -7,-49, 55, 5,-53,-18,-31,-47, -8,-51,-43, 1, 76,-26,-34, 13, -6,-45,-55,-44; /M: SY='H'; M= 21, 9, -4, 13,-30,-35, 73,-31,-27,-32, 9, -2,-40,-23, -7, 10,-26, 8,-44, 34; /I: I=-24; MI=0; MD=-61; IM=0; DM=-61; /M: SY='F'; M=-36, 4,-46,-44, 71,-48, 45, 8,-41, -4, 27,-38,-49,-40,-39, -3,-31, 11,-24, 43; /M: SY='K'; M=-17,-46, -3,-16,-43,-16, 8,-36, 63, -4,-28,-22,-37, 47, 13,-25, -6,-14,-45,-32; /M: SY='A'; M= 41,-43, 31, 33,-49,-17,-31,-40, -8,-42,-36, -3, 27, 12, -4,-20, -6,-15,-51,-41; /M: SY='F'; M= 36, 7,-40,-36, 43,-36, 43, -8,-35, -4, 14, -9,-44, -2,-36,-26, -8,-25, 38, 32; /M: SY='H'; M= -4,-44,-31,-10, 11,-40, 70, 3, 23,-29,-25,-24,-39, 30, 7, 4, -5, 12,-47,-21; /M: SY='E'; M= 22,-43, 15, 35,-49, 8, 4,-48, 17,-46,-38, 16, -9, 7, 10, 20,-24,-41,-50,-39; /M: SY='K'; M=-18, 13,-28, 11,-30,-10, 38,-17, 42, -6,-27, 7,-40, 15, -2,-10,-29,-21, 33, 29; /M: SY='V'; M=-12, 14,-35,-10,-34, 18,-36,-21, -2, 15,-23, -4, -9, -5, 22,-11, 13, 24,-49,-35; /I: I=-26; MI=0; MD=-65; IM=0; DM=-65; /M: SY='R'; M=-19,-49, 34,-18,-42,-18, 47,-49, 33,-45,-35, 0, 10,-17, 55,-14, -7,-45,-48, 6; /M: SY='P'; M= 0,-45, 36, 14, -7, -6, 8,-39,-13,-13,-33,-24, 41,-25, -6, 18, 0,-37,-43, 20; /M: SY='V'; M=-32, 20, 24,-16, 27,-47,-37,-13, -5, 29,-18,-34, -7,-36,-37,-19, 9, 31,-43, -1; /M: SY='W'; M= -8,-44,-14, 4,-22,-17, 2, 4,-15, 31, 7,-10,-44,-27, 16, 7,-29,-11, 32, 29; /M: SY='W'; M= 21,-39, 12, 2,-35,-18, 13,-19,-27, -5,-29, 1,-37, -4, -8, 29, 32,-29, 34, 0; /M: SY='P'; M=-19,-48, 32, 15,-42, 18,-31, -7, 3,-10, 37,-26, 51, -3,-10,-10,-29,-34,-49,-38; /M: SY='P'; M=-17,-47, 41, 15, 9, -3,-29,-40, 9,-38, 20, -4, 41,-23, 25, 1,-28,-24,-47,-32; /I: I=-22; MD=-57; /M: SY='P'; M= -7,-46,-33, 2,-37,-21,-35,-15, 1, 6,-28, 3, 42, 0,-12, 6, 11, -2,-48, -4; D=-22; /I: I=-22; MI=0; MD=-57; IM=0; DM=-57; /M: SY='T'; M= -3,-43,-30, 19, -5,-40,-32, 10, 9,-10,-27,-10,-39,-24, 18, 19, 23, -8,-42, 15; /M: SY='S'; M=-14, 13,-33,-10,-37, 10, 9, -3,-15,-22,-30, -1, 9,-29, 6, 28, 22, 6,-49, 1; /M: SY='V'; M=-31,-47,-34, 30,-30,-51, 10, 30,-13,-23,-23,-37,-42, -7,-11,-16, 5, 39,-48, 15; /M: SY='F'; M=-40,-46,-56,-53, 60,-56,-43, 21,-49, 11, 40,-12,-55,-50,-49,-45,-35, 29,-35, 5; /I: E1=0; IE=-255; DE=-255;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 120 in 120 different sequences |
Number of true positive hits | 120 in 120 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 2 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 98.36 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | CJA_Sigrist |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | ABM |
Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
120 sequences
CURD_STRCN (Q02587), HDOX1_STAA3 (Q2FHU5), HDOX1_STAA8 (Q2FZE2), HDOX1_STAAC (Q5HGU8), HDOX1_STAAE (A6QG37), HDOX1_STAAM (Q99UW8), HDOX1_STAAN (Q7A649), HDOX1_STAAR (Q6GHV0), HDOX1_STAAS (Q6GA79), HDOX1_STAAW (Q8NX62), HDOX2_STAA3 (Q2FK96), HDOX2_STAA8 (Q2G1J2), HDOX2_STAAC (Q5HJK5), HDOX2_STAAE (A6QDF1), HDOX2_STAAM (Q99X56), HDOX2_STAAN (Q7A827), HDOX2_STAAR (Q6GKE0), HDOX2_STAAS (Q6GCW1), HDOX2_STAAW (Q7A1Y8), HDOX_BACAA (C3PAD1), HDOX_BACAC (C3L7Z8), HDOX_BACAH (A0RJE3), HDOX_BACAN (Q81L50), HDOX_BACC0 (B7JR48), HDOX_BACC1 (Q72ZK2), HDOX_BACC2 (B7IJU1), HDOX_BACC3 (C1ETY1), HDOX_BACC4 (B7HF56), HDOX_BACC7 (B7HRI4), HDOX_BACCQ (B9J044), HDOX_BACCR (Q812Q3), HDOX_BACCZ (Q633Q1), HDOX_BACHK (Q6HCY5), HDOX_BACMK (A9VJK2), HDOX_HALH5 (Q9K7R6), HDOX_LISIN (Q7AP29), HDOX_LISMC (C1KZZ5), HDOX_LISMF (Q723G7), HDOX_LISMH (B8DCJ3), HDOX_LISMO (Q92EH3), HDOX_LISW6 (A0AFT8), HDOX_SHOC1 (Q5WCF2), HDOX_STAA1 (A7WXE5), HDOX_STAAB (Q2YX89), HDOX_STAAT (A8Z1R5), HDOX_STAEQ (Q5HM56), HDOX_STAES (Q8CRK4), HDOX_STAHJ (Q4L849), HDOX_STAS1 (Q49ZB8), HMOA_BACSU (O31534), HMOB_BACSU (P38049), HMO_LISMO (Q8Y563), LSRG_ECO57 (P64462), LSRG_ECODH (B1XEA6), LSRG_ECOHS (A8A071), LSRG_ECOLC (B1IRU2), LSRG_ECOLI (P64461), LSRG_ECOSM (B1LF97), LSRG_ENT38 (A4WEQ9), LSRG_KLEP7 (A6TEB3), LSRG_PHOLL (Q7N2D5), LSRG_SALCH (Q57HD8), LSRG_SALPA (Q5PJE2), LSRG_SALPB (A9MZG6), LSRG_SALTI (Q8Z2Y0), LSRG_SALTY (Q8ZKP9), LSRG_SHIF8 (Q0T4L3), LSRG_SHIFL (Q83L16), LSRG_YERE8 (A1JJ50), LSRG_YERP3 (A7FMK2), LSRG_YERPA (Q1C133), LSRG_YERPB (B2K3F6), LSRG_YERPE (Q7CG46), LSRG_YERPG (A9R0S7), LSRG_YERPN (Q1CN20), LSRG_YERPP (A4TQM0), LSRG_YERPS (Q66EZ4), LSRG_YERPY (B1JLQ5), MHUD_MYCTO (P9WKH2), MHUD_MYCTU (P9WKH3), NECA1_HUMAN (Q8N987), NECA1_MOUSE (Q8BG18), NECA1_PONAB (Q5R467), NECA1_RAT (Q9ESB5), NECA2_HUMAN (Q7Z6G3), NECA2_MOUSE (Q91ZP9), NECA2_RAT (F1LQY6), NECA3_BOVIN (A2VDW6), NECA3_HUMAN (Q96P71), NECA3_MOUSE (Q9D6J4), SCHA_STRHA (Q05361), SNOAB_STRNO (O54259), TCMH_STRGA (P39889), TRAP_STAA3 (Q2FFR1), TRAP_STAA8 (Q2G2F3), TRAP_STAAB (Q2YU04), TRAP_STAAC (Q5HEU0), TRAP_STAAM (Q7A2Q4), TRAP_STAAN (Q7A4W3), TRAP_STAAR (Q6GFM2), TRAP_STAAS (Q6G8A1), TRAP_STAAW (Q8NVW1), TRAP_STAEP (Q8GQQ1), TRAP_STAEQ (Q5HNA3), TRAP_STAES (Q8CNR9), WH42_STRCO (P23158), Y0793_MYCTU (O86332), Y1094_HALWD (Q18DR5), Y1783_SYNY3 (P73602), Y2021_HALSA (Q9HNN4), Y2262_NATPD (Q3IRM1), Y3100_HALMA (Q5UY41), YCNE_BACSU (P94425), YCZJ_BACSU (O31484), YGIN_ECO57 (P0ADU3), YGIN_ECOLI (P0ADU2), YGIN_SHIFL (P0ADU4), YHZ8_SCHPO (P78833), YJCS_BACSU (O31641), YQJZ_BACSU (P54563)» more
|
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
2 sequences
ABM_PYRO7 (P0CU79), GME64_PESMI (A0A5B8YU67) |
PDB [Detailed view] |
30 PDB
1Q8B; 1R6Y; 1SQE; 1TUV; 1XBW; 1Y0H; 2GFF; 2GO8; 2ZDO; 2ZDP; 3HX9; 3KG0; 3KG1; 3KNG; 3LGM; 3LGN; 3QGP; 3QMQ; 4AE5; 4FNH; 4FNI; 4KIA; 4NL5; 4OZ5; 5UQ4; 6DS7; 6DS8; 6PLE; 8AVH; 8AVI » more |