PROSITE entry PS51920

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	SARS_9B
Accession [info]	PS51920
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	22-APR-2020 CREATED; 22-APR-2020 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51920
Associated ProRule [info]	PRU01268

Name and characterization of the entry

Description [info]

Sarbecovirus 9b domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=90;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=85;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.7197340; R2=0.0080515; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1153; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=718; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-5; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V';  M= 10,-20,-20,-23,-24,  1,-27,-14, 31, -7, 13, 19,-14,-40,-24, -7,-13,  7, 34,-30,  4,-24;
/M: SY='P';  M=-13,-19,-30,-13,  1,-25,-18, 38,-23, -1,-16,-10,-22, 45,  4,  8,-11,-12,-26,-28, -6, -1;
/M: SY='P';  M=-10,-18,-24,-10,  6,-27,-12,  6,-19,  4,-15,-27,-28, 80, -4,-12,-12,  0,-29,-28, -9, -2;
/M: SY='A';  M= 40,  0,-30,  0,  0,-20,  0,-20,  0,  0,-10, 10,  0,-10, 10,-10, 10, 10, 10,-50,-40,  0;
/M: SY='L';  M=-10,-10,  0,-10,-10, 20,-20,-10, 20,-20, 40, 20,-20,-30,-20,-20,-20,  0, 10,-20, 30,-10;
/M: SY='H';  M=-17,-20,-41,-17, -3,-24,-27, 93,-23,-11,-13, 14,-13,  4,  9, 18,-10,-23,-24,-34,  0,  0;
/M: SY='L';  M=-10,-10,  0,-10,-10, 20,-20,-10, 20,-20, 40, 20,-20,-30,-20,-20,-20,  0, 10,-20, 30,-10;
/M: SY='V';  M= 10,-20,-20,-20,-30, 10,-30,-30, 40,-20, 10,  0,-20,-40,-30,-10,-10, 10, 50,-30, 10,-30;
/M: SY='D';  M=  2, 39,-27, 69,  7,-40, -8,-18,-33,  0,-12,-27, 10,-11,-10,-10,  8, -3,-18,-39,-13, -2;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='P';  M= -8,-15,-20, -8,  6,-24, -9,  6,-18,  4,-15,-24,-22, 70, -2, -9, -9,  0,-26,-22,-10, -1; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Q';  M= 10,-10,-20,-10, 20,-30,-20,  0,-20,  0,-20,-10,-10,  0, 80, 30,-10,  0,-30,-10,-10, 40;
/M: SY='I';  M=  0,-20,-20,-40,-30,  0,-10,-20, 60,-20, 20, 10,  0,-30,-20,-30,-10,  0, 40,-30,-10,-30;
/M: SY='Q';  M= 10, -8,-20,-10, 12,-28,-20, -4,-16, -2,-16, -8, -6,  0, 63, 17, -4, 11,-22,-18,-10, 29;
/M: SY='L';  M= -5,-13, -5,-14,-13, 14,-22,-10, 22,-16, 33, 21,-18,-33,-21,-16,-18,  2, 16,-23, 23,-13;
/M: SY='T';  M= 13,  0,-21, -9,-18,-20,-18,-20,  0, -9, -1,  1,  9, -1,  1,-28, 19, 46, 10,-50,-13, -9;
/M: SY='I';  M=  2,-18,-20,-35,-29, -1,-13,-21, 52,-19, 17,  8, -1,-28,-19,-28, -7,  6, 38,-32, -8,-28;
/M: SY='T';  M= 15, -1,-22, -9,-17,-19,-17,-20,  2, -9, -1,  2,  8, -2,  1,-27, 18, 42, 11,-49,-15, -9;
/M: SY='R';  M= -8,-17,-22, -8, -5,-10,-18,-12,-28, 15,-20,  3,-17, -7, 25, 69, -8,-27,-12, -3, -2,  2;
/M: SY='M';  M= 10,-17,-20,-27,-12,-19,-20, 12,  9, 14, 17, 49,  1,-34, -9, -5,-13,  8,  3,-33,-10,-10;
/M: SY='E';  M=  0,  0, 10, 10, 60,-40,-20,  0,-30, 20,-10,-10,-10, 10, 20,-10,  0,-20,-30,-10,-20, 50;
/M: SY='D';  M=  4, 30,-24, 45,  0,-33, -9,-17,-22, -2,-11,-19, 16,-10, -8,-15, 11, 10,-12,-44,-15, -5;
/M: SY='A';  M= 34, -4,-28, -4, -6,-14, -6,-22,  8, -4, -6,  8, -4,-16,  2,-10,  6, 10, 18,-46,-29, -6;
/M: SY='I';  M=  6,-18,-16,-21,-20,  4,-25,-12, 27, -9, 19, 21,-14,-38,-22, -9,-15,  5, 27,-28,  9,-20;
/M: SY='I';  M=  6,-11,-18,-11, -9,-10, -2,-24, 14, -9, -1, -7,-13,-22,-17,-12, -6, -3, 14,-16, -6,-11;
/M: SY='H';  M=-13,-17,-32,-16,  0,-17,-26, 75,-13,-14, -2, 14,-13, -2,  9,  2,-12,-14,-20,-33,  5,  3;
/M: SY='G';  M=  0, 15,-37, 19,-11,-36, 54,-27,-19, -7,-17,-23,  3,-10,-17,-17,  0,-17,-27, -5,-24,-14;
/M: SY='Q';  M=  3,-10,-13,-10,  9,-11,-20, -4, -5, -7,  2,  1,-14,-11, 43, 11,-14,  0,-15,-14,  5, 21;
/M: SY='N';  M=  3, 30,-13,  7, -7,-10,  0,-10, -3,  0,-20, -5, 59,-25,-10,-17, 10, 13,-17,-60,-35,-10;
/M: SY='N';  M=  2, 20,-14, -2,-12, -8, -2,-12, 11, -4,-12, -2, 48,-26,-12,-20,  6, 10, -5,-54,-30,-14;
/M: SY='A';  M= 24, -5,-19, -3,  5,-16,-12,-18,  4, -1, -5,  3, -7,-14,  2,-10,  3,  4, 12,-36,-23,  3;
/M: SY='D';  M=  0, 36,-32, 62,  2,-43, 11,-23,-30, -3,-12,-27,  7,-11,-13,-12,  0,-12,-20,-28,-14, -6;
/M: SY='P';  M=-10,-19,-26,-10,  5,-30,-13,  5,-27,  8,-24,-28,-27, 77,  5,  8,-11, -6,-31,-23,-13, -1;
/M: SY='K';  M= -2, -4,-28, -2, 15,-10,-12,-18,-22, 35,-20, 16, -4,  6,  5, 23, -2,-14,-18,-16, -8,  8;
/M: SY='V';  M= 21,-12,-23,-12,-18, -1,-19,-26, 25,-13,  3,  4,-13,-29,-15,-10, -3, 10, 34,-37, -8,-18;
/M: SY='Y';  M=-34,-26,-47,-10,-18, 28,-28, -2, -4,-12, 32, -4,-36,-22,-12, -4,-20, -8, 10, 35, 77,-18;
/M: SY='P';  M=-10,-18,-24,-10,  6,-27,-12,  6,-19,  4,-15,-27,-28, 80, -4,-12,-12,  0,-29,-28, -9, -2;
/M: SY='I';  M=  2,-16,-20,-34,-28, -4,-12,-20, 47,-18, 16,  8,  2,-24,-16,-30, -4, 11, 34,-34,-10,-26;
/M: SY='I';  M=  2,-16,-20,-34,-28, -4,-12,-20, 47,-18, 16,  8,  2,-24,-16,-30, -4, 11, 34,-34,-10,-26;
/M: SY='L';  M=-10,-13, -7,-10, -8,  8,-19, -8,  5,-11, 20, 10,-21,-12, -7,  2,-17, -6,  1,-17, 19, -7;
/M: SY='H';  M=-14,-20,-31,-14, -6,-17,-24, 46,-26, -1,-16,  7,-16, -3, 19, 46,-10,-26,-17,-19,  0,  0;
/M: SY='L';  M=-10,-12, -6,-10, -6,  7,-18, -6,  9,-14, 25,  7,-22,  0,-16,-18,-18,  0, -1,-22, 19, -8;
/M: SY='G';  M=  0,  0,-40,-10,-20,-30, 80,-30,-10,-10,-20,-20,  0,-10,-20,-20,  0,-20,-30, 10,-30,-20;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-20,  0,  0,-10,  0,-10,-10,  0,-20,-20,  0,-10,-10,-10, 40, 20,-10,-30,-20,-10;
/M: SY='P';  M=  1,-15,-25,-10, 15,-35,-15,  5,-25,  5,-25,-24,-19, 52, 42, 11,-10,  0,-35,-19,-15, 21;
/M: SY='L';  M=-10,-10,  0,-10,-10, 20,-20,-10, 20,-20, 40, 20,-20,-30,-20,-20,-20,  0, 10,-20, 30,-10;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-20,  0,  0,-10,  0,-10,-10,  0,-20,-20,  0,-10,-10,-10, 40, 20,-10,-30,-20,-10;
/M: SY='L';  M=-10,-10,  0,-10,-10, 20,-20,-10, 20,-20, 40, 20,-20,-30,-20,-20,-20,  0, 10,-20, 30,-10;
/M: SY='N';  M=  5, 19,-15,  5, -5,-10,  0,-10, -5,  0,-20,-11, 38,-19,-10,-15, 21, 15,-15,-49,-29,-10;
/M: SY='M';  M= 10,-20,-20,-30,-10,-20,-20, 19, 10, 19, 20, 59,  0,-39,-10, -1,-19,  1,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='A';  M= 28, -8,-26, -8,-12, -8,-12,-24, 16, -8, -2,  6, -8,-22, -6,-10,  2, 10, 26,-42,-20,-12;
/M: SY='R';  M= -7,-14,-23, -7, -1,-10,-17,-13,-27, 19,-20,  6,-14, -4, 21, 58, -7,-24,-13, -6, -3,  3;
/M: SY='R';  M= -4, -8,-26, -4,  9,-10,-14,-16,-24, 29,-20, 12, -8,  2, 11, 37, -4,-18,-16,-12, -6,  6;
/M: SY='N';  M=  1, 20,-13, 12,-10,-12,-11,-14, -1, -7, -1,  0, 30,-19, -9,-21,  1, 16, -6,-50,-13, -9;
/M: SY='L';  M= -3, -6, -7, -6, -6,  9,-13,-10,  9,-13, 19,  6,-13,-23,-16,-16,  1,  7,  3,-24, 12,-10;
/M: SY='D';  M= -4, 21,-24, 33,  2,-32, -9,-10,-27,  4,-18,-20, 14, 11, -1,  2, -4, -6,-23,-39,-18, -2;
/M: SY='S';  M=  9, -1,-20, -2, -2, -6, -1,-11,-10,  0,-18,-20,  0,-11,-11,-10, 38, 18, -9,-28,-18,-11;
/M: SY='L';  M=-10,-12, -5,-10,-10, 13,-20,-10,  9,-13, 27, 15,-20,-24, -9,  1,-18, -6,  5,-16, 23, -8;
/M: SY='E';  M=  0,  0,  4,  9, 54,-36,-19, -3,-29, 23,-11, -6, -9, 10, 17, -7,  0,-19,-29,-11,-19, 44;
/M: SY='D';  M= 20, 15,-31, 26, -1,-30,  9,-22,-13, -2,-11, -8,  2,-11, -3,-12,  4, -1, -4,-36,-27, -4;
/M: SY='R';  M= -5,-10,-25, -5,  5,-10,-15,-15,-25, 25,-20, 10,-10,  0, 15, 44, -5,-20,-15,-10, -5,  5;
/M: SY='V';  M= 21, -9,-20, -8, -5, -9,-16,-22, 14, -6, -1,  3,-10,-21, -7,-10,  0,  6, 22,-35,-15, -6;
/M: SY='F';  M=-22,-28, 12,-46,-29, 72,-32,-34, -4,-14, 16,-20,-10,-38,-28,-12,-12,-20,  4,  4, 11,-32;
/M: SY='Q';  M=  3,-12,-17,-10,  9,-19,-20, -4,-16, -1,-11, -4,-14, -6, 55, 33,-11, -6,-20, -9, -2, 24;
/M: SY='S';  M=  2, -4,-12, -4, -4,  2, -8,-10,  2, -8,  4, -4, -8,-18,-14,-14, 16, 12, -2,-26,  0,-10;
/M: SY='T';  M=  8, -4,-20,-16,-22,-16,-18,-20, 13,-12,  4,  2,  8, -6, -4,-30, 14, 39, 16,-46,-10,-14;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-30,-10, 10,-40,-10, 10,-30, 10,-30,-40,-30,110,  0,-10,-10,  0,-40,-30,-20,  0;
/M: SY='I';  M=  2,-16,-20,-34,-28, -4,-12,-20, 47,-18, 16,  8,  2,-24,-16,-30, -4, 11, 34,-34,-10,-26;
/M: SY='V';  M= 18,-15,-23,-15,-22,  2,-22,-27, 29,-15,  5,  3,-15,-32,-19,-10, -5, 10, 39,-35, -3,-22;
/M: SY='V';  M= 17,-11,-20,-11,-16,  1,-18,-23, 23,-13,  8,  7,-13,-28,-14,-12, -5,  8, 29,-35, -4,-16;
/M: SY='K';  M=  3, -3,-23, -2, 24,-18,-14,-12,-21, 27,-19,  9, -4,  7, 25, 14, -3, -8,-24,-16,-11, 22;
/M: SY='M';  M= 10,-20,-20,-30,-10,-20,-20, 20, 10, 20, 20, 60,  0,-40,-10,  0,-20,  0,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='T';  M= 10,  0,-20,-10,-20,-20,-20,-20,  0,-10,  0,  0, 10,  0,  0,-30, 20, 50, 10,-50,-10,-10;
/M: SY='K';  M=  0,  0,-30,  0, 20,-10,-10,-20,-20, 40,-20, 20,  0, 10,  0, 10,  0,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='L';  M=-10,-10,  0,-10,-10, 20,-20,-10, 20,-20, 40, 20,-20,-30,-20,-20,-20,  0, 10,-20, 30,-10;
/M: SY='A';  M= 40,  0,-30,  0,  0,-20,  0,-20,  0,  0,-10, 10,  0,-10, 10,-10, 10, 10, 10,-50,-40,  0;
/M: SY='T';  M= 10,  0,-20,-10,-20,-20,-20,-20,  0,-10,  0,  0, 10,  0,  0,-30, 20, 49, 10,-50,-10,-10;
/M: SY='T';  M=  7, -6,-20,-19,-23,-14,-17,-20, 19,-13,  6,  3,  7, -9, -6,-30, 11, 35, 19,-44,-10,-16;
/M: SY='E';  M=  2, -3,  5,  5, 45,-32,-22, -5,-19, 14, -7, -8,-12,  2, 12,-10, -2,-15,-17,-13,-15, 37;
/M: SY='E';  M=  0,  0, 10, 10, 60,-40,-20,  0,-30, 20,-10,-10,-10, 10, 20,-10,  0,-20,-30,-10,-20, 50;
/M: SY='L';  M=-10,-10,  0,-10,-10, 20,-20,-10, 20,-20, 40, 20,-20,-30,-20,-20,-20,  0, 10,-20, 30,-10;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-30,-10, 10,-40,-10, 10,-30, 10,-30,-40,-30,110,  0,-10,-10,  0,-40,-30,-20,  0;
/M: SY='D';  M=  0, 50,-30, 90, 10,-50,-10,-20,-40,  0,-10,-30, 10,-10,-10,-10,  0,-10,-20,-40,-10,  0;
/M: SY='E';  M=  0,  0, 10, 10, 60,-40,-20,  0,-30, 20,-10,-10,-10, 10, 20,-10,  0,-20,-30,-10,-20, 50;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-30,-50,-40,100,-30,-30,  0,-10, 20,-20,-10,-40,-30,-10,-10,-20, 10, 10, 30,-40;
/M: SY='V';  M= 10,-20,-20,-20,-30, 10,-30,-30, 40,-20, 10,  0,-20,-40,-30,-10,-10, 10, 50,-30, 10,-30;
/M: SY='V';  M= 13,-18,-21,-18,-27,  7,-27,-29, 36,-18,  8,  1,-18,-37,-26,-10, -8, 10, 46,-32,  6,-27;
/M: SY='V';  M= 10,-20,-20,-20,-30, 10,-30,-30, 40,-20, 10,  0,-20,-40,-30,-10,-10, 10, 50,-30, 10,-30;
/M: SY='T';  M= 10,  0,-20,-10,-20,-20,-20,-20,  0,-10,  0,  0, 10,  0,  0,-30, 20, 50, 10,-50,-10,-10;
/M: SY='A';  M= 19, -8,-17, -6,  1,-12,-16,-20, 10, -4, -2,  2,-10,-18, -4,-10,  0,  4, 18,-33,-16, -2;
/M: SY='K';  M=  0,  0,-30,  0, 20,-10,-10,-20,-20, 40,-20, 20,  0, 10,  0, 10,  0,-10,-20,-20,-10, 10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	5 in 5 different sequences
Number of true positive hits	5 in 5 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	9b
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

5 sequences

ORF9B_BC279 (P0C5A6), ORF9B_BCHK3 (Q3LZX3), ORF9B_BCRP3 (Q3I5I6),

ORF9B_SARS  (P59636), ORF9B_SARS2 (P0DTD2)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

6 PDB

2CME; 6Z4U; 7DHG; 7KDT; 7YE7; 7YE8