Home  |  Contact
Entry: PS51925

General information about the entry

Entry name [info] SWIB_MDM2
Accession [info] PS51925
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 12-AUG-2020 CREATED;
12-AUG-2020 DATA UPDATE;
02-JUN-2021 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51925
Associated ProRule [info] PRU01273

Name and characterization of the entry

Description [info] SWIB/MDM2 domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=83;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=78;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4679739; R2=0.0233732; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=366; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=173; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -6, -8,-26, -8, -3,-15, -6, -2,-17, -6,-17,-10, -5, -5, -4, -7,  0,  0,-15,-20, -4, -5;
/M: SY='L';  M= -9,-18,-22,-18, -9,  0,-25,-10,  4,-18, 16,  7,-17,-20, -5,-13,-14, -8,  0,-21, -2, -7;
/M: SY='P';  M= -9,-10,-27,-10, -4,-11,-16,-10, -6,-10,-12, -8, -8,  5,-10,-14, -7, -5, -7,-20, -4, -9;
/M: SY='K';  M=-11, -4,-12, -4,  4,-22,-20, -7,-25, 13,-22,-12, -3, -6,  4, 13, -5, -7,-20,-26,-14,  3;
/M: SY='P';  M= -9,-16,-28,-13, -4,-17,-23,-14, -9, -1,-12, -3,-15, 16,  0, -4,-10, -7,-10,-23,-13, -3;
/M: SY='Y';  M=-12,-17,-25,-17,-10,  4,-21, -9, -8, -3, -9, -3,-13,-10, -8,  0,-10, -7, -6,-11,  7,-10;
/M: SY='K';  M= -3, -8,-26, -9, -5,-17,-17,-14,-15,  7,-16, -8, -8, -7, -5,  3, -7, -4,-11, -8, -9, -5;
/M: SY='L';  M= -3,-20,-21,-21,-13, -5,-21,-19,  9,-20, 16,  6,-17,-15,-14,-18,-13, -6,  6,-25, -9,-14;
/M: SY='S';  M= -3, -3,-20, -3, -4,-14,-14, -5,-11, -9, -9, -3, -3, -9, -3,-10,  5,  3, -9,-29,-10, -4;
/M: SY='P';  M= -5, -7,-25, -8,  0,-19,-16,-13,-15,  2,-11, -8, -5,  3, -1, -1, -3,  1,-14,-26,-14, -2;
/M: SY='K';  M=  0, -1,-24,  1,  6,-25,-11, -8,-22,  7,-18,-12, -2, -6,  7,  5,  2, -5,-17,-26,-16,  6;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-21,-29,-19,  9,-29,-18, 18,-27, 43, 20,-28,-28,-16,-18,-28,-10,  8,-19,  0,-17;
/M: SY='L';  M=  8,-18,-18,-23,-13,  1,-17,-17,  2,-15, 11,  5,-16,-20,-12,-15, -8, -4,  2,-18, -5,-12;
/M: SY='K';  M=-11,  7,-27, 10, 14,-28,-17, -4,-26, 20,-22,-13,  4,-11, 12, 15, -1, -5,-21,-27,-13, 12;
/M: SY='F';  M= -9,-18,-21,-19, -8, 12,-25,-17,  5,-20, 11,  2,-15,-21,-16,-16,-10, -5,  3,-19,  0,-11;
/M: SY='L';  M=  1,-24,-17,-26,-19,  1,-24,-21, 16,-24, 26, 11,-23,-25,-18,-19,-14, -4, 15,-24, -6,-19;
/M: SY='G';  M= -4, -2,-28, -3,-11,-28, 40, -7,-33,-11,-28,-16,  6,-18, -9,-12,  0,-15,-26,-24,-22,-10;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='A';  M=  4, -9, -7,-12, -9, -6,-11,  3, -6,-11, -5, -3, -6,-13, -7,-11, -1, -2, -4,-10, -2, -8; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='Q';  M= -5,  5,-17,  5,  4,-19, -6, -3,-16,  6,-16, -9,  5, -3,  7,  2,  2,  0,-14,-18,-10,  5; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M:         M= -6, -6,-24, -6, -6,-19, -3,-10,-12, -6,-13, -7, -2,-16, -6, -7,  0, -3, -8,-26,-13, -7;
/M: SY='E';  M= -8, 10,-24, 16, 20,-26,-14, 14,-28,  1,-23,-16,  7, -9,  7, -1,  8,  0,-22,-33,-11, 13;
/M: SY='T';  M= -6,-11,-17,-14, -7, -3,-24,-14,  3,-11,  2,  6,-13,-18, -9,-12, -4,  8,  8,-23, -4, -8;
/M: SY='L';  M=-12,-17,-25,-18,-10,  6,-24,-11,  1,-12, 11,  4,-16,-22, -7,-10,-16, -8, -4,-13,  6, -9;
/M: SY='T';  M=  1, -1,-15, -4,  1,-16,-14,-13,-16, -8,-19,-15,  1, -3, -3,-10, 21, 27, -9,-31,-13, -2;
/M: SY='R';  M=-13,-13,-27,-15, -8,-15,-10, -7,-18,  9,-11,  0, -7,-20,  1, 28, -9, -9,-13,-13, -9, -5;
/M: SY='P';  M= -4, -4,-24, -4, -1,-17,-15, -8,-17,  2,-20,-11, -2,  5, -1, -4,  3,  1,-16,-24, -8, -2;
/M: SY='E';  M= -9, 15,-28, 23, 26,-31,-16, -3,-28, 10,-22,-17,  4, -8, 12,  4, -1, -9,-23,-29,-17, 19;
/M: SY='V';  M= -3,-28,-16,-31,-26, -1,-32,-29, 33,-22, 11, 11,-25,-26,-25,-22,-12, -2, 40,-27, -7,-27;
/M: SY='M';  M= -8,-14,-21,-21,-15, -9,-24,-14, 10, -8,  1, 11, -9,-19, -5, -2, -6,  2,  9,-25, -7,-12;
/M: SY='K';  M= -5, -3,-24, -5,  3,-16,-16,  2,-19,  6,-16, -8, -1,-14,  5,  4, -1, -3,-15,-22, -5,  3;
/M: SY='Y';  M=  5,-18,-21,-23,-16,  2,-21, -8,  5,-13,  6,  4,-16,-21,-12,-14,-11, -5,  2, -8, 14,-16;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-21,-32,-23,  8,-31,-22, 26,-27, 32, 19,-25,-26,-20,-22,-22, -8, 17,-20,  0,-23;
/M: SY='W';  M= -8,-23,-19,-26,-23, -5, -4,-22,-15,-20,-14,-13,-20,-25,-18,-20,-15,-13,-16, 39,  4,-19;
/M: SY='Q';  M= -6,  7,-27,  7, 12,-31,-16,  8,-23, 10,-20, -7,  5,-12, 24,  5, -2, -9,-23,-25,-10, 18;
/M: SY='Y';  M=-20,-19,-30,-19,-19, 28,-30, 24, -1,-10, -1,  0,-19,-30, -9,-10,-20,-10,-11, 27, 77,-19;
/M: SY='I';  M= -3,-28,-25,-37,-28,  3,-34,-28, 38,-27, 15, 14,-20,-21,-21,-27,-15, -8, 27,-19, -2,-28;
/M: SY='K';  M= -8, -4,-25, -7,  3,-21,-18, -7,-17, 25,-17,  4, -4,-12,  6, 16, -6, -4,-12,-23, -9,  5;
/M: SY='E';  M= -1, -1,-20,  0,  4,-17,-17, -8,-15,  3,-15, -9, -3,-13, -3,  0,  2,  3, -7,-27,-12,  0;
/M: SY='N';  M=-12, 14,-26,  7,  5,-22,-13, 18,-25, 17,-27,-12, 23,-16,  6, 13, -3, -8,-25,-28, -6,  4;
/M: SY='K';  M=-11, 13,-27, 13,  8,-29, -8, -2,-28, 14,-26,-15, 13,-14, 11, 14,  1, -6,-24,-28,-15,  9;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-19, 20,-29, 48, 22,-29,-29,-19,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='Y';  M=-10,-13,-26,-13, -4, -9,-24,  3, -7,  1, -6,  1,-12,-20, 14,  5,-10, -8,-10, -7, 16,  3;
/M: SY='D';  M=-18, 48,-28, 59, 16,-36, -8,  2,-36,  0,-30,-28, 29,-12,  0, -8,  2, -8,-30,-40,-20,  8;
/M: SY='P';  M=  6, -7,-24, -7,  4,-25,-10,-13,-18, -2,-21,-12, -7, 17,  2, -9,  4,  0,-17,-26,-20,  2;
/M: SY='E';  M=-11,  8,-26, 10, 12,-26,-16,  9,-24, 11,-22,-11,  8,-13, 12,  7, -1, -7,-21,-29,-10, 11;
/M: SY='B';  M=-12, 23,-25, 21, 16,-27,-12,  6,-25,  3,-24,-17, 23,-12, 12,  2,  4, -1,-27,-33,-16, 13;
/M: SY='K';  M=-12, -3,-30, -2, 10,-31,-20, -4,-27, 35,-26, -8, -1, -7, 20, 30, -8,-10,-23,-20,-11, 14;
/M: SY='H';  M=-11,  3,-26,  2,  7,-23,-12, 19,-27, 10,-24,-12, 10,-15,  7, 17,  0, -6,-23,-28, -8,  5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='I';  M=-11,-16,-26,-19, -6,  0,-28,-12,  8, -8,  7,  6,-14,-18, -5,-10,-15, -8,  1,-14,  5, -7; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-20,-35,-30,  4,-35,-30, 38,-25, 15, 14,-25,-25,-26,-25,-15, -5, 39,-24, -4,-30;
/M: SY='Y';  M=-12,-10,-25,-16,-14, -3,-24,  2,  6,-10,  4,  6, -3,-22, -8, -8,-13, -7, -1,-19,  7,-13;
/M: SY='C';  M=-10,-21, 70,-27,-25,-16,-25,-26,-19,-27, -8,-10,-21,-23,-25,-26,-13,-10, -9,-41,-24,-25;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D';  M=-16, 42,-27, 53, 14,-35, -4,  1,-35, -1,-30,-27, 26,-12, -1, -8,  3, -8,-29,-39,-21,  7;
/M: SY='D';  M= -6, 15,-26, 22, 14,-31,-13, -7,-28,  6,-26,-20,  5,  2,  3, -2,  3, -3,-22,-31,-19,  8;
/M: SY='M';  M= -7,-11,-25,-14, -8, -8,-22, -8, -3,  1, -1,  3, -8,-12, -5,  0,-13, -8, -6,-17,  0, -8;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-21,-31,-21, 14,-30,-20, 20,-29, 44, 20,-28,-29,-21,-20,-28,-10, 11,-18,  2,-21;
/M: SY='K';  M= -8, -9,-12,-10, -3,-21, -3,-13,-22,  3,-19,-10, -6,-18,  0,  2, -7,-12,-15,-23,-15, -2;
/M: SY='D';  M=-10, 17,-27, 23, 14,-30,-14, -4,-27,  9,-22,-16,  9, -8,  8,  1,  0, -7,-23,-31,-16, 11;
/M: SY='L';  M= -9,-28, -6,-32,-24,  3,-32,-24, 22,-28, 30, 16,-26,-28,-21,-23,-23, -9, 17,-24, -4,-24;
/M: SY='F';  M=-15,-30,-20,-37,-27, 50,-31,-21, 11,-30, 22,  8,-23,-29,-32,-21,-22,-10,  8, -3, 17,-27;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='G';  M= -4, -7,-22, -7, -9,-19, 26,-11,-22, -8,-14,-10, -1,-16, -8, -6, -4,-12,-18,-17,-17, -9; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='V';  M= -3, -9, -8, -9, -2, -6,-14, -9,  2, -4,  0,  3, -9,-11, -5, -4, -4, -2,  6,-16, -7, -4; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='K';  M= -7,  4,-17,  4,  5,-14, -8,  1,-14,  6,-14, -8,  3,  0,  5,  1, -2, -4,-14,-13, -4,  4; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='E';  M= -3,  6,-17, 10, 17,-19, -9, -5,-18, -2,-19,-15,  5, -2,  3, -6, 11,  3,-14,-28,-16, 10; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='F';  M= -7,-10, -7,-15, -9,  4,-14,-13,-12,-11, -7, -6, -6,-19, -8,-10, -3, -2, -9,-19, -5, -7; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='S';  M= -3,  6,-22,  8,  7,-25, -8,  5,-24, -1,-24,-15,  7, -9,  5, -2, 10, -1,-18,-32,-14,  5;
/M: SY='V';  M= -4,-13,-19,-15, -9,-13,-22,-12, -2, -1, -6, -2,-10,-18, -5,  4, -2,  4,  6,-26, -9, -8;
/M: SY='V';  M= -7,-19,-21,-22,-14, -6,-26,-18,  9, -4, 10, 10,-17,-22,-11, -4,-14, -5, 11,-23, -6,-14;
/M: SY='K';  M=-11,  4,-24,  4,  4,-18,-13, -3,-21,  7,-17, -8,  3,-14,  2,  6, -1,  2,-17,-24, -8,  2;
/M: SY='F';  M=-16,-18,-28,-21,-13, 16,-25,  4, -8, -9, -6,  2,-13, -5,-13, -6,-15,-11,-11, -9, 13,-14;
/M: SY='F';  M= -8,-14,-21,-17,-12,  5,-20,-11, -6,-10, -4, -3, -7,-12,-11, -2, -2,  2, -6,-18,  0,-12;
/M: SY='E';  M= -5, -1,-27,  0, 15,-25,-16, -8,-21,  6,-21,-12, -2, 14,  6,  0,  0, -3,-21,-28,-18,  9;
/M: SY='I';  M=-11,-27,-26,-33,-25,  2,-29,-19, 24,-19, 16, 24,-24,-24,-14,-16,-22,-11, 15, -1,  2,-21;
/M: SY='H';  M=-13, -3,-29,  0, -2,-13,-15,  6,-17, -7,-15, -9, -3,  1,  3, -9, -7, -9,-21,-16,  6, -1;
/M: SY='Q';  M= -3,  6,-20,  6,  9,-26,-15, -6,-20,  6,-20,-10,  3,-11, 11,  0,  5,  1,-16,-29,-14, 10;
/M: SY='M';  M=-13,-22,-26,-25,-16,  1,-26, -6,  7,-11, 17, 18,-20,-24, -8, -5,-23,-12,  0, -6,  7,-13;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-32,-22,  8,-31,-21, 25,-29, 43, 21,-28,-28,-20,-21,-27,-10, 15,-20,  0,-22;
/M: SY='N';  M= -5,  4,-22,  0,  2,-17,-13,  2,-21,  6,-20,-12,  8,-14,  1,  6,  4,  5,-16,-24, -5,  0;
/M: SY='R';  M= -8, -4,-27, -4,  3,-24,-12,  8,-27, 16,-24,-11,  2, -8,  5, 23, -3, -8,-21,-25,-10,  2;
/M: SY='H';  M=-12, -4,  1,-11,-13, -8,-20, 16,-10,-17, -2, -2,  3,-27,-11,-12,-11,-10,-11,-32, -4,-13;
/M: SY='L';  M=-12,-28,-21,-30,-22, 20,-29,-15, 16,-26, 37, 18,-27,-29,-21,-18,-26,-10,  8,-11, 12,-21;
/M: SY='T';  M= -6, -7,-19, -9, -4, -9,-21,-12, -1, -7, -2, -1, -6,-18, -7, -9, -3,  2,  2,-27, -9, -5;
/M: SY='E';  M= -8,  0,-27,  0, 11,-23,-18, -5,-17,  4,-20,-13,  1,  8,  1, -2, -2, -3,-17,-29,-16,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2021_03 which contains 565'254 sequence entries.


Total number of hits 45 in 44 different sequences
Number of true positive hits 45 in 44 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.83 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SWIB/MDM2
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
44 sequences

BAP60_DROME (Q9VYG2    ), C3H19_ARATH (Q9SIV5    ), C3H44_ARATH (Q9SD34    ), 
EIF2D_BOVIN (Q58CR3    ), EIF2D_HUMAN (P41214    ), EIF2D_MOUSE (Q61211    ), 
EIF2D_PONAB (Q5RA63    ), EIF2D_RABIT (P0CL18    ), EIF2D_RAT   (Q5PPG7    ), 
MDM2_CANLF  (P56950    ), MDM2_DANRE  (O42354    ), MDM2_FELCA  (Q7YRZ8    ), 
MDM2_HORSE  (P56951    ), MDM2_HUMAN  (Q00987    ), MDM2_MESAU  (Q60524    ), 
MDM2_MOUSE  (P23804    ), MDM2_XENLA  (P56273    ), MDM4_BOVIN  (Q2HJ21    ), 
MDM4_DANRE  (Q7ZUW7    ), MDM4_HUMAN  (O15151    ), MDM4_MOUSE  (O35618    ), 
MDM4_RAT    (Q5XIN1    ), MDM4_XENLA  (Q7ZYI3    ), SMRD1_BOVIN (Q2TBN1    ), 
SMRD1_HUMAN (Q96GM5    ), SMRD1_MOUSE (Q61466    ), SMRD2_BOVIN (E1BJD1    ), 
SMRD2_HUMAN (Q92925    ), SMRD2_MOUSE (Q99JR8    ), SMRD2_RAT   (O54772    ), 
SMRD3_HUMAN (Q6STE5    ), SMRD3_MOUSE (Q6P9Z1    ), SNF12_ARATH (Q9FMT4    ), 
SNF12_DICDI (Q556Z0    ), SSR3_SCHPO  (Q9P7S3    ), SWIC1_CAEEL (Q09646    ), 
TMA64_YEAST (Q04600    ), TRI1_YEAST  (Q05024    ), UAF30_SCHPO (O74503    ), 
UAF30_YEAST (Q08747    ), VF306_IIV3  (Q196Z0    ), VF306_IIV6  (Q91FL8    ), 
Y5843_ARATH (Q9FT92    ), YR508_MIMIV (Q5UQ74    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

SWIC2_CAEEL (O02101    )

		
PDB
[Detailed view]
156 PDB

1RV1; 1T4E; 1T4F; 1TTV; 1UHR; 1V31; 1V32; 1YCQ; 1YCR; 1Z1M; 2AXI; 2GV2; 2LZG; 2M86; 2MPS; 2MWY; 2N06; 2N0U; 2N0W; 2N14; 2RUH; 2VYR; 2Z5S; 2Z5T; 3DAB; 3DAC; 3EQS; 3EQY; 3FDO; 3FE7; 3FEA; 3G03; 3IUX; 3IWY; 3JZK; 3JZO; 3JZP; 3JZQ; 3JZR; 3JZS; 3LBJ; 3LBK; 3LBL; 3LNJ; 3LNZ; 3TJ2; 3TPX; 3TU1; 3U15; 3V3B; 3VBG; 3VZV; 3W69; 4DIJ; 4ERE; 4ERF; 4HBM; 4HFZ; 4HG7; 4IPF; 4J3E; 4J74; 4J7D; 4J7E; 4JRG; 4JSC; 4JV7; 4JV9; 4JVE; 4JVR; 4JWR; 4LWT; 4LWU; 4LWV; 4MDN; 4MDQ; 4N5T; 4OAS; 4OBA; 4OCC; 4ODE; 4ODF; 4OGN; 4OGT; 4OGV; 4OQ3; 4QO4; 4QOC; 4RXZ; 4UD7; 4UE1; 4UMN; 4WT2; 4ZFI; 4ZGK; 4ZYC; 4ZYF; 4ZYI; 5AFG; 5C5A; 5HMH; 5HMI; 5HMK; 5J7F; 5J7G; 5LAV; 5LAW; 5LAY; 5LAZ; 5LN2; 5OA3; 5OA9; 5OAI; 5OC8; 5SWK; 5TRF; 5UML; 5UMM; 5VK0; 5VK1; 5W2F; 5WTS; 5XXK; 5Z02; 5ZXF; 6AAW; 6GGN; 6H22; 6HFA; 6I29; 6I3S; 6IM9; 6KZU; 6LTH; 6LTJ; 6Q96; 6Q9H; 6Q9L; 6Q9O; 6Q9Q; 6Q9S; 6Q9U; 6Q9W; 6Q9Y; 6T2D; 6T2E; 6T2F; 6V4E; 6V4F; 6V4G; 6V4H; 6Y4Q; 7AD0; 7C3Q; 7C3Y; 7C44
» more

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission