PROSITE entry PS51944
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | COV_NSP3D_UBL |
| Accession [info] | PS51944 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
10-FEB-2021 CREATED;
10-FEB-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51943 |
| Associated ProRule [info] | PRU00214 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=56; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=51; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4896872; R2=0.0206079; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=413; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=195; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='A'; M= 1, -8, -2,-12,-10, -7,-18,-15, -8,-13, -8, -7, -6,-17,-10,-14, -2, -3, -2,-27,-12,-10; /M: SY='K'; M=-11, 1,-22, 2, 4,-24,-13, -9,-25, 18,-22,-13, 1,-11, 1, 17, -5, -5,-17,-26,-14, 2; /M: SY='T'; M= -4, 0,-19, -5, -2,-19,-17,-11,-13, 3,-16, -9, 3, -9, 2, -1, 8, 15, -8,-29,-13, 0; /M: SY='I'; M= -6,-23,-24,-26,-20, -8,-30,-25, 22,-14, 2, 6,-18, -9,-17,-17,-11, -3, 20,-25, -8,-21; /M: SY='K'; M= -8, 1,-23, 3, 2,-22,-21,-14,-13, 8,-16, -9, -4, -8, -2, 0, -2, 2, -5,-28,-13, 0; /M: SY='V'; M= -4,-27,-17,-31,-27, -1,-32,-28, 32,-23, 13, 11,-24,-25,-24,-22,-11, 2, 36,-26, -6,-27; /M: SY='F'; M=-11,-19,-22,-21,-15, 11,-26,-13, 1, -4, 7, 3,-16,-24,-15, -5,-17, -8, 3,-11, 10,-15; /M: SY='V'; M= -4,-24, -9,-27,-24, -1,-29,-26, 19,-21, 15, 8,-23,-25,-23,-19, -9, 7, 27,-28, -8,-24; /M: SY='T'; M= 0, -3,-11,-11,-11, -9,-19,-20, -7,-12, -7, -8, -2,-12,-11,-11, 17, 41, 2,-30,-10,-11; /M: SY='E'; M= -7,-10,-22, -7, 11,-15,-25,-10, 0, -4, -3, -2,-13,-15, -2, -8, -7, -7, 5,-28,-12, 4; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='G'; M= -3, -1,-19, -5,-15,-27, 43,-14,-33,-15,-28,-18, 10,-20,-13,-15, 3,-11,-27,-26,-26,-14; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='V'; M= -6,-19,-18,-21,-19, -7,-25,-20, 13,-10, 0, 3,-15,-16,-16, -4, -8, -1, 21,-26,-10,-19; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='N'; M= -7, 25,-20, 12, 1,-21, -4, 2,-21, 7,-29,-18, 39,-16, 1, 4, 11, 3,-24,-36,-18, 1; /M: SY='F'; M=-11,-27,-18,-30,-25, 30,-29,-14, 12,-22, 11, 6,-23,-29,-26,-17,-16, -7, 17, -8, 16,-25; /M: SY='R'; M=-12, -2,-26, -4, 3,-21,-19, 16,-23, 14,-20, -7, 3,-16, 8, 22, -3, -4,-17,-26, -5, 3; /M: SY='T'; M= -3, 12,-19, 12, 2,-23,-12, -9,-23, 2,-23,-17, 9,-11, -2, 0, 14, 15,-14,-33,-15, 0; /M: SY='V'; M= -4,-22, -9,-23,-22, -7,-27,-21, 17,-14, 2, 5,-19,-27,-17,-12, -8, -3, 30,-29,-11,-20; /M: SY='V'; M= -5,-13,-12,-13,-14, -5,-24,-21, 7,-15, 0, -1,-14,-21,-17,-16, -4, 2, 15,-28, -9,-16; /M: SY='V'; M= -3,-29,-13,-29,-26, 2,-30,-27, 26,-22, 20, 12,-29,-29,-26,-20,-14, -1, 37,-27, -7,-26; /M: SY='D'; M= 0, 10,-21, 11, 10,-25,-11, -8,-22, 3,-23,-17, 7, -5, 0, -5, 8, 2,-16,-32,-18, 5; /M: SY='T'; M= 1, -7,-20, -9, -6,-13,-15,-14, -7,-10,-11, -4, -6, 5, -9,-14, 3, 6, -5,-28,-15, -8; /M: SY='S'; M= 2, 3,-19, 3, -6,-23, 11,-15,-23,-10,-23,-17, 3,-14, -9,-13, 13, 6,-13,-31,-20, -8; /M: SY='E'; M= -3, 3,-22, 3, 8,-23,-17, -7,-14, 5,-14, -3, -2,-12, 8, -2, -1, -2,-10,-27,-13, 8; /M: SY='T'; M= 1, -1,-12, -5, -7,-14,-14,-17,-11,-10,-16,-13, 1, -7, -8,-11, 21, 31, -2,-33,-14, -8; /M: SY='Y'; M=-13,-26,-25,-30,-23, 30,-30, -7, 12,-22, 17, 7,-22,-28,-21,-18,-21,-10, 3, 4, 34,-23; /M: SY='G'; M= -5, -5,-30, -3,-10,-29, 45,-15,-38, -7,-28,-19, 1,-18,-12, -4, -2,-17,-28,-22,-25,-11; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='Q'; M= -3, -3,-20, -2, 10,-22,-15, -5,-13, 11,-16, -6, -3,-10, 15, 5, 1, -4,-10,-21,-11, 12; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='Q'; M= -8, -1,-28, -2, 15,-36,-20, 6,-16, 6,-18, -1, 0,-10, 50, 6, 2, -6,-25,-22,-10, 32; /M: SY='L'; M=-11,-30,-20,-32,-23, 21,-31,-21, 19,-29, 38, 16,-27,-29,-24,-21,-26,-10, 11,-15, 6,-23; /M: SY='G'; M= 2, -7,-28, -8,-16,-29, 56,-18,-36,-14,-29,-19, 3,-19,-16,-16, 1,-17,-27,-21,-27,-16; /M: SY='S'; M= 1, -3,-18, -3, -3,-24, -7,-11,-17, -8,-22,-14, 1, 5, -1,-10, 7, 1,-14,-31,-20, -3; /M: SY='V'; M= -1,-19, 12,-23,-22, -9,-25,-25, 4,-15, -4, -3,-17,-25,-21,-15, -2, 7, 19,-33,-14,-22; /M: SY='F'; M= -5,-23,-16,-29,-23, 32,-24,-19, 5,-22, 4, 0,-18,-25,-27,-18, -8, -1, 11, -9, 12,-23; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='V'; M= -2,-18, 11,-21,-21, -2,-24,-20, 5,-18, 1, -1,-18,-25,-21,-18, -8, -2, 14,-24, -5,-21; D=-14; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='D'; M=-14, 28,-28, 32, 13,-31, -8, 4,-32, 12,-29,-20, 21,-12, 3, 3, -1, -9,-28,-33,-16, 8; /M: SY='G'; M= -9, 13,-29, 17, -1,-32, 24,-10,-37, 1,-30,-21, 9,-15, -7, -5, -1,-14,-28,-27,-22, -4; /M: SY='V'; M= 2,-11,-18,-15, -9,-14,-21,-15, 0, -3, -7, -2,-10,-16, -7, -8, 0, 7, 8,-26,-10, -9; /M: SY='D'; M=-13, 23,-24, 31, 4,-25,-15, -8,-17, -5,-16,-15, 9,-16, -7,-11, -3, -6,-10,-35,-16, -2; /M: SY='V'; M= -7,-28, -9,-31,-27, 11,-30,-25, 19,-23, 9, 6,-25,-28,-26,-21,-14, -5, 25,-15, 2,-27; /M: SY='T'; M= 1, 2,-12, -3, -6,-11,-13,-15,-15,-10,-17,-14, 4,-11, -7,-10, 23, 34, -5,-32,-12, -6; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='D'; M= -8, 16,-24, 18, 8,-27, -2, -5,-27, 14,-25,-16, 13,-11, 2, 4, -1, -8,-22,-25,-15, 5; D=-13; /I: I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27; /M: SY='V'; M= -1,-10,-11,-14,-11,-12,-14, -9, -1, -9, -4, -1, -6,-17, -6,-10, -2, -1, 1,-24, -9, -9; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='K'; M= -8,-12,-20,-13, -9, -7,-22, -8, -1, 6, -4, 1, -9,-18, -7, 3,-11, -7, 4,-17, 0, -9; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='P'; M= -2,-20,-11,-17, -9,-23,-20,-22,-14,-14,-19,-14,-20, 44,-15,-21, -8, -8,-14,-31,-26,-15; /M: SY='D'; M= -8, 12,-21, 17, 1,-22,-14, 4,-20, -8,-19,-13, 5, -9, -4,-10, 8, 7,-12,-35,-12, -2; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='D'; M= -2, 8,-20, 11, 0,-19,-15,-12, -9, -9,-11,-11, 1,-12, -9,-13, -1, -4, -3,-31,-15, -5; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='V'; M= -3, -8,-18,-13,-12, -5,-18,-15, 1, -6, -6, -3, -2,-20,-12, -8, 0, 1, 5,-26, -9,-12; /M: SY='H'; M=-14, 5,-27, 6, 5,-12,-20, 15,-12, -6, -9, -1, 2,-17, 1, -7, -8,-10,-15,-22, 4, 2; /M: SY='D'; M= -3, 11,-22, 14, 10,-25,-11,-10,-22, 3,-20,-16, 3,-11, -1, -5, 4, 1,-13,-31,-17, 5; /M: SY='G'; M= -4, 0,-24, 1, -4,-25, 21, -6,-27,-11,-24,-16, 4,-16, -6,-12, 5, -7,-19,-28,-20, -5; /M: SY='E'; M= -3, -3,-24, -2, 15,-23,-21, -8,-15, 12,-16, -9, -5,-10, 5, 3, -3, -4, -9,-25,-13, 10; /M: SY='V'; M= -1,-16,-16,-20,-17, -8,-24,-18, 9,-11, -1, 1,-13,-19,-15,-13, 0, 10, 18,-28, -9,-17; /M: SY='F'; M= -9,-23,-18,-28,-23, 23,-27,-19, 13,-25, 22, 8,-18,-28,-25,-19,-18, -7, 11,-16, 4,-23; /M: SY='F'; M=-11,-22,-19,-27,-23, 29,-28,-12, 6,-19, 3, 1,-18,-26,-23,-16, -9, 2, 10, -3, 24,-23; /M: SY='V'; M= 1,-14,-21,-15, -7,-17,-22,-17, -2, 2, -8, -1,-14, -9, -3, -4, -6, -3, 4,-24,-12, -6; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 59 in 59 different sequences |
| Number of true positive hits | 59 in 59 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Ubiquitin-like |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
59 sequences
R1AB_BC133 (P0C6W1), R1AB_BC279 (P0C6V9), R1AB_BC512 (P0C6W0), R1AB_BCHK3 (P0C6W2), R1AB_BCHK4 (P0C6W3), R1AB_BCHK5 (P0C6W4), R1AB_BCHK9 (P0C6W5), R1AB_BCRP3 (P0C6W6), R1AB_CVBEN (P0C6W7), R1AB_CVBLU (P0C6W8), R1AB_CVBM (P0C6W9), R1AB_CVBQ (P0C6X0), R1AB_CVH22 (P0C6X1), R1AB_CVHN1 (P0C6X2), R1AB_CVHN2 (P0C6X3), R1AB_CVHN5 (P0C6X4), R1AB_CVHNL (P0C6X5), R1AB_CVHOC (P0C6X6), R1AB_CVM2 (P0C6X8), R1AB_CVMA5 (P0C6X9), R1AB_CVMJH (P0C6Y0), R1AB_CVPPU (P0C6Y5), R1AB_FIPV (Q98VG9), R1AB_IBVB (P0C6Y1), R1AB_IBVBC (P0C6Y2), R1AB_IBVM (P0C6Y3), R1AB_MERS1 (K9N7C7), R1AB_PEDV7 (P0C6Y4), R1AB_SARS (P0C6X7), R1AB_SARS2 (P0DTD1), R1A_BC133 (P0C6F7), R1A_BC279 (P0C6F5), R1A_BC512 (P0C6F6), R1A_BCHK3 (P0C6F8), R1A_BCHK4 (P0C6T4), R1A_BCHK5 (P0C6T5), R1A_BCHK9 (P0C6T6), R1A_BCRP3 (P0C6T7), R1A_CVBEN (P0C6T8), R1A_CVBLU (P0C6T9), R1A_CVBM(P0C6U0), R1A_CVBQ(P0C6U1), R1A_CVH22 (P0C6U2), R1A_CVHN1 (P0C6U3), R1A_CVHN2 (P0C6U4), R1A_CVHN5 (P0C6U5), R1A_CVHNL (P0C6U6), R1A_CVHOC (P0C6U7), R1A_CVM2(P0C6U9), R1A_CVMA5 (P0C6V0), R1A_CVMJH (P0C6V1), R1A_CVPPU (P0C6V2), R1A_IBVB(P0C6V3), R1A_IBVBC (P0C6V4), R1A_IBVM(P0C6V5), R1A_MERS1 (K9N638), R1A_PEDV7 (P0C6V6), R1A_SARS(P0C6U8), R1A_SARS2 (P0DTC1)» more
|
| PDB [Detailed view] |
90 PDB
2FE8; 3E9S; 3MJ5; 4M0W; 4MM3; 4OVZ; 4OW0; 4R3D; 4WUR; 4X2Z; 4YPT; 5BZ0; 5E6J; 5WFI; 5Y3E; 5Y3Q; 6W9C; 6WRH; 6WUU; 6WX4; 6WZU; 6XA9; 6XAA; 6XG3; 6YVA; 7CJD; 7CJM; 7CMD; 7D47; 7D6H; 7D7K; 7D7L; 7E35; 7JIR; 7JIT; 7JIV; 7JIW; 7JN2; 7JRN; 7KOJ; 7KOK; 7KOL; 7KRX; 7LBR; 7LBS; 7LFU; 7LFV; 7LLF; 7LLZ; 7LOS; 7M1Y; 7NFV; 7NT4; 7OFS; 7OFT; 7OFU; 7QCG; 7QCH; 7QCI; 7QCJ; 7QCK; 7QCM; 7RBR; 7RBS; 7RZC; 7SDR; 7SGU; 7SGV; 7SGW; 7SQE; 7THH; 7TZJ; 7UV5; 7YBG; 8CX9; 8EUA; 8FWN; 8FWO; 8G62; 8IHO; 8UOB; 8UUF; 8UUG; 8UUH; 8UUU; 8UUV; 8UUW; 8UUY; 8UVM; 8VEC » more |