PROSITE logo

PROSITE entry PS51944


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] COV_NSP3D_UBL
Accession [info] PS51944
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 10-FEB-2021 CREATED;
10-FEB-2021 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51943
Associated ProRule [info] PRU00214

Name and characterization of the entry

Description [info] Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=56;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=51;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4896872; R2=0.0206079; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=413; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=195; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A';  M=  1, -8, -2,-12,-10, -7,-18,-15, -8,-13, -8, -7, -6,-17,-10,-14, -2, -3, -2,-27,-12,-10;
/M: SY='K';  M=-11,  1,-22,  2,  4,-24,-13, -9,-25, 18,-22,-13,  1,-11,  1, 17, -5, -5,-17,-26,-14,  2;
/M: SY='T';  M= -4,  0,-19, -5, -2,-19,-17,-11,-13,  3,-16, -9,  3, -9,  2, -1,  8, 15, -8,-29,-13,  0;
/M: SY='I';  M= -6,-23,-24,-26,-20, -8,-30,-25, 22,-14,  2,  6,-18, -9,-17,-17,-11, -3, 20,-25, -8,-21;
/M: SY='K';  M= -8,  1,-23,  3,  2,-22,-21,-14,-13,  8,-16, -9, -4, -8, -2,  0, -2,  2, -5,-28,-13,  0;
/M: SY='V';  M= -4,-27,-17,-31,-27, -1,-32,-28, 32,-23, 13, 11,-24,-25,-24,-22,-11,  2, 36,-26, -6,-27;
/M: SY='F';  M=-11,-19,-22,-21,-15, 11,-26,-13,  1, -4,  7,  3,-16,-24,-15, -5,-17, -8,  3,-11, 10,-15;
/M: SY='V';  M= -4,-24, -9,-27,-24, -1,-29,-26, 19,-21, 15,  8,-23,-25,-23,-19, -9,  7, 27,-28, -8,-24;
/M: SY='T';  M=  0, -3,-11,-11,-11, -9,-19,-20, -7,-12, -7, -8, -2,-12,-11,-11, 17, 41,  2,-30,-10,-11;
/M: SY='E';  M= -7,-10,-22, -7, 11,-15,-25,-10,  0, -4, -3, -2,-13,-15, -2, -8, -7, -7,  5,-28,-12,  4;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='G';  M= -3, -1,-19, -5,-15,-27, 43,-14,-33,-15,-28,-18, 10,-20,-13,-15,  3,-11,-27,-26,-26,-14;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='V';  M= -6,-19,-18,-21,-19, -7,-25,-20, 13,-10,  0,  3,-15,-16,-16, -4, -8, -1, 21,-26,-10,-19; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='N';  M= -7, 25,-20, 12,  1,-21, -4,  2,-21,  7,-29,-18, 39,-16,  1,  4, 11,  3,-24,-36,-18,  1;
/M: SY='F';  M=-11,-27,-18,-30,-25, 30,-29,-14, 12,-22, 11,  6,-23,-29,-26,-17,-16, -7, 17, -8, 16,-25;
/M: SY='R';  M=-12, -2,-26, -4,  3,-21,-19, 16,-23, 14,-20, -7,  3,-16,  8, 22, -3, -4,-17,-26, -5,  3;
/M: SY='T';  M= -3, 12,-19, 12,  2,-23,-12, -9,-23,  2,-23,-17,  9,-11, -2,  0, 14, 15,-14,-33,-15,  0;
/M: SY='V';  M= -4,-22, -9,-23,-22, -7,-27,-21, 17,-14,  2,  5,-19,-27,-17,-12, -8, -3, 30,-29,-11,-20;
/M: SY='V';  M= -5,-13,-12,-13,-14, -5,-24,-21,  7,-15,  0, -1,-14,-21,-17,-16, -4,  2, 15,-28, -9,-16;
/M: SY='V';  M= -3,-29,-13,-29,-26,  2,-30,-27, 26,-22, 20, 12,-29,-29,-26,-20,-14, -1, 37,-27, -7,-26;
/M: SY='D';  M=  0, 10,-21, 11, 10,-25,-11, -8,-22,  3,-23,-17,  7, -5,  0, -5,  8,  2,-16,-32,-18,  5;
/M: SY='T';  M=  1, -7,-20, -9, -6,-13,-15,-14, -7,-10,-11, -4, -6,  5, -9,-14,  3,  6, -5,-28,-15, -8;
/M: SY='S';  M=  2,  3,-19,  3, -6,-23, 11,-15,-23,-10,-23,-17,  3,-14, -9,-13, 13,  6,-13,-31,-20, -8;
/M: SY='E';  M= -3,  3,-22,  3,  8,-23,-17, -7,-14,  5,-14, -3, -2,-12,  8, -2, -1, -2,-10,-27,-13,  8;
/M: SY='T';  M=  1, -1,-12, -5, -7,-14,-14,-17,-11,-10,-16,-13,  1, -7, -8,-11, 21, 31, -2,-33,-14, -8;
/M: SY='Y';  M=-13,-26,-25,-30,-23, 30,-30, -7, 12,-22, 17,  7,-22,-28,-21,-18,-21,-10,  3,  4, 34,-23;
/M: SY='G';  M= -5, -5,-30, -3,-10,-29, 45,-15,-38, -7,-28,-19,  1,-18,-12, -4, -2,-17,-28,-22,-25,-11;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='Q';  M= -3, -3,-20, -2, 10,-22,-15, -5,-13, 11,-16, -6, -3,-10, 15,  5,  1, -4,-10,-21,-11, 12; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Q';  M= -8, -1,-28, -2, 15,-36,-20,  6,-16,  6,-18, -1,  0,-10, 50,  6,  2, -6,-25,-22,-10, 32;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-20,-32,-23, 21,-31,-21, 19,-29, 38, 16,-27,-29,-24,-21,-26,-10, 11,-15,  6,-23;
/M: SY='G';  M=  2, -7,-28, -8,-16,-29, 56,-18,-36,-14,-29,-19,  3,-19,-16,-16,  1,-17,-27,-21,-27,-16;
/M: SY='S';  M=  1, -3,-18, -3, -3,-24, -7,-11,-17, -8,-22,-14,  1,  5, -1,-10,  7,  1,-14,-31,-20, -3;
/M: SY='V';  M= -1,-19, 12,-23,-22, -9,-25,-25,  4,-15, -4, -3,-17,-25,-21,-15, -2,  7, 19,-33,-14,-22;
/M: SY='F';  M= -5,-23,-16,-29,-23, 32,-24,-19,  5,-22,  4,  0,-18,-25,-27,-18, -8, -1, 11, -9, 12,-23;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='V';  M= -2,-18, 11,-21,-21, -2,-24,-20,  5,-18,  1, -1,-18,-25,-21,-18, -8, -2, 14,-24, -5,-21; D=-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='D';  M=-14, 28,-28, 32, 13,-31, -8,  4,-32, 12,-29,-20, 21,-12,  3,  3, -1, -9,-28,-33,-16,  8;
/M: SY='G';  M= -9, 13,-29, 17, -1,-32, 24,-10,-37,  1,-30,-21,  9,-15, -7, -5, -1,-14,-28,-27,-22, -4;
/M: SY='V';  M=  2,-11,-18,-15, -9,-14,-21,-15,  0, -3, -7, -2,-10,-16, -7, -8,  0,  7,  8,-26,-10, -9;
/M: SY='D';  M=-13, 23,-24, 31,  4,-25,-15, -8,-17, -5,-16,-15,  9,-16, -7,-11, -3, -6,-10,-35,-16, -2;
/M: SY='V';  M= -7,-28, -9,-31,-27, 11,-30,-25, 19,-23,  9,  6,-25,-28,-26,-21,-14, -5, 25,-15,  2,-27;
/M: SY='T';  M=  1,  2,-12, -3, -6,-11,-13,-15,-15,-10,-17,-14,  4,-11, -7,-10, 23, 34, -5,-32,-12, -6;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='D';  M= -8, 16,-24, 18,  8,-27, -2, -5,-27, 14,-25,-16, 13,-11,  2,  4, -1, -8,-22,-25,-15,  5; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='V';  M= -1,-10,-11,-14,-11,-12,-14, -9, -1, -9, -4, -1, -6,-17, -6,-10, -2, -1,  1,-24, -9, -9; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='K';  M= -8,-12,-20,-13, -9, -7,-22, -8, -1,  6, -4,  1, -9,-18, -7,  3,-11, -7,  4,-17,  0, -9; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='P';  M= -2,-20,-11,-17, -9,-23,-20,-22,-14,-14,-19,-14,-20, 44,-15,-21, -8, -8,-14,-31,-26,-15;
/M: SY='D';  M= -8, 12,-21, 17,  1,-22,-14,  4,-20, -8,-19,-13,  5, -9, -4,-10,  8,  7,-12,-35,-12, -2;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='D';  M= -2,  8,-20, 11,  0,-19,-15,-12, -9, -9,-11,-11,  1,-12, -9,-13, -1, -4, -3,-31,-15, -5; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='V';  M= -3, -8,-18,-13,-12, -5,-18,-15,  1, -6, -6, -3, -2,-20,-12, -8,  0,  1,  5,-26, -9,-12;
/M: SY='H';  M=-14,  5,-27,  6,  5,-12,-20, 15,-12, -6, -9, -1,  2,-17,  1, -7, -8,-10,-15,-22,  4,  2;
/M: SY='D';  M= -3, 11,-22, 14, 10,-25,-11,-10,-22,  3,-20,-16,  3,-11, -1, -5,  4,  1,-13,-31,-17,  5;
/M: SY='G';  M= -4,  0,-24,  1, -4,-25, 21, -6,-27,-11,-24,-16,  4,-16, -6,-12,  5, -7,-19,-28,-20, -5;
/M: SY='E';  M= -3, -3,-24, -2, 15,-23,-21, -8,-15, 12,-16, -9, -5,-10,  5,  3, -3, -4, -9,-25,-13, 10;
/M: SY='V';  M= -1,-16,-16,-20,-17, -8,-24,-18,  9,-11, -1,  1,-13,-19,-15,-13,  0, 10, 18,-28, -9,-17;
/M: SY='F';  M= -9,-23,-18,-28,-23, 23,-27,-19, 13,-25, 22,  8,-18,-28,-25,-19,-18, -7, 11,-16,  4,-23;
/M: SY='F';  M=-11,-22,-19,-27,-23, 29,-28,-12,  6,-19,  3,  1,-18,-26,-23,-16, -9,  2, 10, -3, 24,-23;
/M: SY='V';  M=  1,-14,-21,-15, -7,-17,-22,-17, -2,  2, -8, -1,-14, -9, -3, -4, -6, -3,  4,-24,-12, -6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 59 in 59 different sequences
Number of true positive hits 59 in 59 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Ubiquitin-like
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
59 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1), R1AB_BC279  (P0C6V9), R1AB_BC512  (P0C6W0), 
R1AB_BCHK3  (P0C6W2), R1AB_BCHK4  (P0C6W3), R1AB_BCHK5  (P0C6W4), 
R1AB_BCHK9  (P0C6W5), R1AB_BCRP3  (P0C6W6), R1AB_CVBEN  (P0C6W7), 
R1AB_CVBLU  (P0C6W8), R1AB_CVBM   (P0C6W9), R1AB_CVBQ   (P0C6X0), 
R1AB_CVH22  (P0C6X1), R1AB_CVHN1  (P0C6X2), R1AB_CVHN2  (P0C6X3), 
R1AB_CVHN5  (P0C6X4), R1AB_CVHNL  (P0C6X5), R1AB_CVHOC  (P0C6X6), 
R1AB_CVM2   (P0C6X8), R1AB_CVMA5  (P0C6X9), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0), 
R1AB_CVPPU  (P0C6Y5), R1AB_FIPV   (Q98VG9), R1AB_IBVB   (P0C6Y1), 
R1AB_IBVBC  (P0C6Y2), R1AB_IBVM   (P0C6Y3), R1AB_MERS1  (K9N7C7), 
R1AB_PEDV7  (P0C6Y4), R1AB_SARS   (P0C6X7), R1AB_SARS2  (P0DTD1), 
R1A_BC133   (P0C6F7), R1A_BC279   (P0C6F5), R1A_BC512   (P0C6F6), 
R1A_BCHK3   (P0C6F8), R1A_BCHK4   (P0C6T4), R1A_BCHK5   (P0C6T5), 
R1A_BCHK9   (P0C6T6), R1A_BCRP3   (P0C6T7), R1A_CVBEN   (P0C6T8), 
R1A_CVBLU   (P0C6T9), R1A_CVBM(P0C6U0), R1A_CVBQ(P0C6U1), 
R1A_CVH22   (P0C6U2), R1A_CVHN1   (P0C6U3), R1A_CVHN2   (P0C6U4), 
R1A_CVHN5   (P0C6U5), R1A_CVHNL   (P0C6U6), R1A_CVHOC   (P0C6U7), 
R1A_CVM2(P0C6U9), R1A_CVMA5   (P0C6V0), R1A_CVMJH   (P0C6V1), 
R1A_CVPPU   (P0C6V2), R1A_IBVB(P0C6V3), R1A_IBVBC   (P0C6V4), 
R1A_IBVM(P0C6V5), R1A_MERS1   (K9N638), R1A_PEDV7   (P0C6V6), 
R1A_SARS(P0C6U8), R1A_SARS2   (P0DTC1)
» more

PDB
[Detailed view]
80 PDB

2FE8; 3E9S; 3MJ5; 4M0W; 4MM3; 4OVZ; 4OW0; 4R3D; 4WUR; 4X2Z; 4YPT; 5BZ0; 5E6J; 5WFI; 5Y3E; 5Y3Q; 6W9C; 6WRH; 6WUU; 6WX4; 6WZU; 6XA9; 6XAA; 6XG3; 6YVA; 7CJD; 7CJM; 7CMD; 7D47; 7D6H; 7D7K; 7D7L; 7E35; 7JIR; 7JIT; 7JIV; 7JIW; 7JN2; 7JRN; 7KOJ; 7KOK; 7KOL; 7KRX; 7LBR; 7LBS; 7LFU; 7LFV; 7LLF; 7LLZ; 7LOS; 7M1Y; 7NFV; 7NT4; 7OFS; 7OFT; 7OFU; 7QCG; 7QCH; 7QCI; 7QCJ; 7QCK; 7QCM; 7RBR; 7RBS; 7RZC; 7SDR; 7SGU; 7SGV; 7SGW; 7SQE; 7THH; 7TZJ; 7UV5; 7YBG; 8CX9; 8EUA; 8FWN; 8FWO; 8G62; 8IHO
» more