Home  |  Contact
Entry: PS51969

General information about the entry

Entry name [info] CBM39
Accession [info] PS51969
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 29-SEP-2021 CREATED;
29-SEP-2021 DATA UPDATE;
25-MAY-2022 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51969
Associated ProRule [info] PRU01314

Name and characterization of the entry

Description [info] CBM39 (carbohydrate binding type-39) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=101;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=101;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9962341; R2=0.0089808; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1226; N_SCORE=13.0; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=502; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-23; D=-150; I=-150; B1=-1000; E1=-1000; MI=-380; MD=-380; IM=-380; DM=-380;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-380; BD=-380;
/M: SY='Y';  M=-40,-76,-69,-53, 47,-43, 47,-26,-40,-20, 26, -1,-41,-38,-11,-30,-62,-17,-45, 98;
/M: SY='Q';  M=-10,-73,  2, 23,-33,-24, 16,-19, 19,-34,-58,  4,-39, 33,  5,  5, 13, 21, -4, -1;
/M: SY='V';  M=-60,-23,-43,-44,  9,-57, -8, 46,-47,  3, 28, 20,  3,-32,-25,-20, -7, 49,-11,-56;
/M: SY='P';  M=-28,-24,-26,-13,-75, -3,-66,-66, -8,-42,-65,-41,104, -9,-25,-60,-21, -7,-76, -3;
/M: SY='P';  M=  4,-74, 22, 20,-44,-65, 25,-68, 15,-71,-21,-15, 46, 31, -7, 23, 23,-14,-81,-48;
/M: SY='P';  M= 18,-33,-71,-41,-33,-41,-10, 19,-66,-27,-53,-70, 81,-67,-48,-43,-10, 47,-79,-43;
/M: SY='T';  M=-35,-71,-12, 15,-69,-68,  1, -7, 30,-42,-28, 34,-65,  4, 16, -3, 60, -5,-11,-45;
/M: SY='I';  M=-33,-71,-85,-80, 56,-85,-76, 62,-77, 30, 15,-78,-79,-76,-77,-71,-59, 45,-66,-46;
/M: SY='E';  M=-59,-78, -8, 84,-79,-71,-11,-42,  3,-65,-66,-29,-60, 53,  2,  4,  6,-43,-79,-49;
/M: SY='A';  M= 39,-69,-76,-48, 21,-31,-42, 24,-36, 35,-18,-71,-35, -9,-70,-46,-40, 37,-71,-32;
/M: SY='L';  M=-51,-39,-78,-74, 50,-30,-22, -1,-27, 57,  0,-40,-49,-68,-27,-45,-36,-13, -8, 48;
/I:         I=-38; MD=-97;
/M: SY='K';  M=-33,-33, -8,  5,-43,-47, 34,-59, 35,-79,-26, 13,-38, 22,  5, 32, -7,-54,-85,-17; D=-38;
/I:         I=-38; MI=0; MD=-97; IM=0; DM=-97;
/M: SY='P';  M=-38,  1,-42,-10,-83, -3,-67,-53,-30,-81,-70,-20,113,-22,-46,-22,-35,-76,-80,-79;
/M: SY='K';  M=-40,-75,  0, -7,-76,-15,  6,-40, 61,-74,-65, 18,-67, 15, 54, 14,  0,-45,-78,-47;
/M: SY='G';  M=-30,-76,-43,-71,-82, 98,-70,-59, -8,-83,-73,-50,-68,-32,-71,-49,-32,-80,-74,-76;
/M: SY='F';  M=-68,-71,-84,-79, 83,-84,-29, 34,-76, 44, 36,-77,-81,-76,-75,-52,-35,  0,-58,-37;
/M: SY='R';  M=-62,-23,-57, 24,-74,-45,-56,-16, 35,-56, -3,-21,-40,  3, 84,  3,-11,-68,-13,-64;
/M: SY='V';  M=  6,-14,-81,-75, -3,-80,-79, 50,-43, -2,-19,-75,-39,-73,-49,-65,-54, 75,-78,-33;
/M: SY='W';  M=-28,-70,-62,-40,  0,-38,-26,-49,-24,-68,-27,-33,-41,-55,-63, 81, 21,-45, 91, 31;
/M: SY='I';  M=-47,-75,-81,-78,-31,-85,-73, 87,-74,  7, 17,-74,-75,-30,-76,-69, -2, 16,-66, 41;
/M: SY='P';  M=-18,-85,-37,  2,-80,-68,-66,-33, -7,-51,-67,-20,110,-18,-13,-59, -9,-72,-13,-76;
/M: SY='D';  M=  4,-77, 90,-13,-46, -5, 50,-76,-54,-75,-70,  0,-31, 18,-11,-54,-41,-22,-89,-29;
/I:         I=-33; MI=0; MD=-84; IM=0; DM=-84;
/M: SY='D';  M= -9,-75, 57, 56,-50,-48,-58,-16, -4,-38,-65, 28,-36, -3,-58,-10,  5,  0,-84,-49;
/I:         I=-45; MD=-115;
/M: SY='P';  M=  0,-31, 32,  3,-61,-24,-17,-80,-21,-66,-73,-30, 70,  2, -4, 24,-29,-64,-85,-37; D=-45;
/I:         I=-45; MI=-115; IM=-115; DM=-115;
/M: SY='G';  M=-53,-75, 11,-30,-80, 82,-64,-83,-22,-59,-71, 22,-23,-33,  2,-12,  7,-78,-78,-73;
/M: SY='I';  M=-28,-32,-78,-75,-11,-80,-71, 73,-72, 10, 16,-71,-74,-36,-74,-17, 16, 28,-67, 38;
/M: SY='T';  M=-32,-72,-33, 32,-71,-56,-56,-45, 31,-59,-31,  3,-64, 43, 14, 40, 45,-28,-76,  1;
/M: SY='L';  M=-27,-71,-72,-30, 33,-35,-20,-19,-47, 50, 50,-23,-76,-11, 11,  4,-36,-20, -9, 22;
/M: SY='F';  M=-43,-70,-84,-79, 98,-82,-71,-37,-76, 11,-46,-76,-83,-33,-75,-46,-61, 49,-53,-19;
/M: SY='A';  M= 63,-68,-39,-44, -6, 35, -1,-23,-26,-28,-59,-32,-69,-32,-25, -7,-24, -6,-71,  9;
/M: SY='F';  M=-70,-72,-86,-82,105,-84,-70, 29,-78,-15,-46,-77,-83,-84,-76,-73,-63, 21,-48, 13;
/M: SY='H';  M=-49,-16,-10, 36,-23,-69,119,-80,-21,-70,-18, 30,-68, 16, -8,-36,-44,-78,-13,-19;
/M: SY='G';  M=  6,-73,-73,-75,-10, 62,-69, 18,-71,  8,  7,-64,-33,-68,-74,-42,-61, 22,  5, 32;
/M: SY='N';  M=-61,-72,-49,-17, 16,-40,-14,-49, 33,-45,-63, 84,-71,  2, 18, 13,-10,-57,-73, 21;
/M: SY='I';  M=-52,-73,-82,-78,-11,-85,-78, 76,-42, 23,-38,-38,-77,-72,-27,-70,-33, 51,-74,-22;
/M: SY='N';  M=-63,-70,  5,-55,-27,-24,-45,-74,-11,-59,-67,113,-73,-13,-31,-47,-31,-76,-83, 18;
/M: SY='K';  M=-26,-76, -7, 28,-48,-48, 18,-55, 59,-57,-64, 19,-34, 38, 35, -5,  1,-46,-77,-25;
/M: SY='P';  M=-15,-80,  5, 44,-78,-25, 13,-73, -1,-60,-67, 21, 76, 29,-33,-11,-39,-28,-29,-28;
/I:         I=-19; MD=-49;
/M: SY='F';  M=-47, 24,-41,-74, 55,-34,-64, 38,-70, 25, 47, 39,-42,-69,-43,-29,-60,-24,-66,  7; D=-19;
/I:         I=-19; MD=-49;
/M: SY='N';  M= -2,-76,-23, 24,-54, 12, 26,-25,  6,-45,-37, 34, 32, 24,  6, 13, -9,-48,-81,-67; D=-19;
/I:         I=-19; MD=-49;
/M: SY='G';  M=-18,-80, 20,-16,-49, 46, 17,-50,-14,-48,-71,  5,-23, 16, -4,  4,  1,-48,-84,-36; D=-19;
/I:         I=-19; MI=0; MD=-49; IM=0; DM=-49;
/M: SY='N';  M=-13,-77, -5,-22,  0, -8,-68,-16,-45, 15,-58, 23, -5,-26,-47,-19, 17, 11, -6, 17; D=-19;
/I:         I=-19; DM=-49;
/M: SY='E';  M= -5,-81, 45, 53,-49,-51,-24,-56, -2,-29,-70,-22, -8, 27,-19, -7,  1,-47, -2,-70; D=-19;
/I:         I=-19; DM=-49;
/M: SY='A';  M= 31,-73,  5, 30,-15,-23,-10,-48,-12,-23,-61,-10,  8, -9,-40, -4,  8, 15,-78, -5; D=-19;
/I:         I=-19; DM=-49;
/M: SY='G';  M=-28, 45,  0,-27,-80, 77,-36,-65,-38,-64,-73,-32,  4,-44,-16, -7,-39,-45,-80,-35; D=-19;
/I:         I=-19; DM=-49;
/M: SY='Q';  M=-14,-75, 58, 23,-50,-51,  0,-70,-51,-49,-65, -2,-66, 65, -9, 10, 29,-20,-12,-13; D=-19;
/I:         I=-19; DM=-49;
/M: SY='W';  M=-52,-76,-22,-36, 39,-80,-67, 49,-50, 17, 12,-74,-78,-69,-72,-36,-35, 19, 83, 54;
/M: SY='N';  M= 15, 45,-24,-17,-21,-20, -4,-32,-35,-22, 17, 49,-71,-32,-13, 43, -5, -4, 14,-23;
/M: SY='Q';  M=  7,-75, 19,-25,-22, 33,-20,-27,  8, -6,-13,-56,-35, 55,  1,-31,-60, 11, -8, -6;
/M: SY='D';  M=-22,-18, 68, 38, -2,-15,-55,-40,-30,-15,-66, 53,-42,-14,-22,-26,  4,-69,-84,-65;
/M: SY='V';  M=-23,-69,-74,-51,-28,-43,-74, 47,-69,  4,  3,-43,-31,-69,-44,-32, 45, 58,-77, -6;
/M: SY='T';  M=-26,-67,-15,-45,-41,-38, -1, -9,-22,-20,-56,  9,-51,-29,  3, 18, 76, 11,-78, 14;
/M: SY='K';  M=-30,-73, 15, 38,-56,-67,-20,-26, 39,-25,-17,  7,-42, 20, 16, 25, 24,-25,-79,-50;
/M: SY='P';  M=  4,-76,-63,-27,-31,-28,-11,-29, 46,-31,-60,-29, 65, 19,  4, -6, -6, 13,-77,-66;
/M: SY='T';  M=-23,-39,-35, 24,-38,-56,-61,-13, 21,-63,-14,  2, -5, 18, 16,  2, 59,  9,-78,-14;
/M: SY='N';  M=-21,-74, 40,-18,-50, 42,-52,-48,-28,-76,-68, 78,-25,-27,-37,-23,-26,-74,-74, 41;
/M: SY='G';  M=-27,-75, 14,-51,-80, 86,-64,-83,-62,-82,-73, 33,-42,-32,-26,-11,-24,-52,-77,-39;
/M: SY='R';  M=-47,-76,-37,-11,  6,-29, 13,-67, 50,-23, -2,-14,-70,  9, 58,  4, -9,-31,-68, 27;
/M: SY='W';  M=-53,-49,-94,-80, 63,-55,-85,-25,-72,-33,-63,-86,-80,-74,-47,-77,-54,-70,159,  9;
/M: SY='T';  M=-19,-68,-68,  2,-18,-49,-71, 42,-65, -2, 23,-63,-69,-22,-54,  5, 50, 46,-79,-60;
/M: SY='Y';  M=-49,-74,-42,-73, 68,-79, 26, 19,-47,  3,-14,-50,-79,-69,-69,-26,-23, 14,  4, 79;
/M: SY='E';  M=-29,-76,  2, 68,-30,-72, 15,-28, -1,-52,-62,-14,-64, 40, 17,-44, 27, -7,-76,  2;
/I:         I=-36; MD=-90;
/M: SY='D';  M=-51,-76, 85,-14,  7,-64,-20,-24,-38,-76,-72, 62,-71, -4,-38, -1,-12,-56,-90,-65; D=-36;
/I:         I=-36; MI=0; MD=-90; IM=0; DM=-90;
/M: SY='P';  M=-35,-76, 10, -7, -1,-46,-15,-66,-13,-17,-28,  6, 61,  6, 36,-15, 37,-30,-13,-26; D=-36;
/I:         I=-36; DM=-90;
/M: SY='D';  M=-25,-21, 57, 20,-38,-37,-11,-38,  6,-53,-67, 48,-34,  1, 14, 10, 28,-69,-84,-32;
/I:         I=-45; MD=-115;
/M: SY='V';  M= 11,-70,-20,-29,-58,-76,-33, 21,-22, 13,-15,-37,-28,-66,-18,-33, 21, 58,-81,-26; D=-45;
/I:         I=-45; MI=-115; IM=-115; DM=-115;
/M: SY='K';  M= -2,-74,-19, 17,-38,-69, -3, 14, 44,-16,-56, 17, -7, 34,  4,-19,  2,  1,-76,-24;
/M: SY='L';  M=-13,-70,-83,-76,-13,-83,-73, 38,-76, 71,-14,-80,-39,-72,-76,-72,-60, 29,-73,-55;
/M: SY='K';  M=-24,-76,-54, 10,-43,-34,  7,-73, 66,-72,-42, 24,-41, 36, 41, -8, -3,-29,-75,-17;
/M: SY='P';  M= 10,-75, 11, -8, -8,-38,-66, 15,  0,-20,-57,  8, 64,-12, -7,-25,-43, 24,-78,-65;
/M: SY='G';  M=-37,-76,  1,-45,-82, 94,-31,-88,-28,-84,-74,  8,-68,-43,-39,-34,-45,-82,-76,-75;
/M: SY='D';  M=-65,-80,111,-12,-86,-52,-53,-60,-36,-81,-79,-10,-66, 16,-61,-25,-16,-79,-98,-69;
/M: SY='T';  M=-40,-68,-64,-11,-18,-72,-22, 11, 13,-38,-31,-15,-68,-36, -8, 14, 59, 53,-81,-43;
/M: SY='I';  M=-61,-71,-84,-51,-23,-87,-79, 70,-77, 44,-12,-79,-78,-74,-78,-72,-57, 54,-76,-56;
/M: SY='Y';  M=-65,-77,-24,-23,  0,-68, 64,-68,  0,-64,-58, 52,-74,-22, 24,  3,-37,-51,-54, 90;
/M: SY='Y';  M=-70,-79,-74,-75, 33,-79,-44,  1,-68,-25,-48,-73,-82,-65,-66,-67,-40,-11,  6,122;
/M: SY='W';  M=-68,-86,-43,-43,-24,-46,-35,-47,-19,-50,-66,  9,-75,-15, 21,-29,  9,-39,151, 23;
/M: SY='I';  M=-10,-26,-78,-48,  5,-80,-74, 50,-72, 29,-11,-72,-75,-71,-74,-43, 27, 48,  0,  4;
/M: SY='F';  M=-36,-75,-31,-17, 62,-53, 52, -7,-64,  0,-14,  3,-76, 12,-43,-30,-16, -5, 45, 60;
/M: SY='V';  M= -8,-68,-78,-75,  3,-10,-77, 38,-72,-19, 16,-71,-75,-72,-75,-27,  5, 75,-77,-22;
/I:         I=-25; MI=0; MD=-63; IM=0; DM=-63;
/M: SY='Q';  M=-46,-75,-35,  1,  2,  5,-23, 22, -9,-12, 29,  8,-70, 69,-12,-28,-14, 15,-73,-24;
/M: SY='H';  M=-21,-75,-20,-25, 36,-50, 67,-24, 40,-48,-56,  1,-71, 17, 14,-43,  4,  0,-67, 36;
/M: SY='N';  M=-38,-74, 54, 14,-59, 11, 12,-79,  3,-80,-71, 81,-31, -6,-19,-14,-19,-77, -8,-44;
/M: SY='G';  M=-43,-41, 17, -7,-57, 69, 10,-82,-11,-63,-70, 46,-68, -1, -2, -5, -9,-78, -6,-69;
/I:         I=-28; MI=0; MD=-70; IM=0; DM=-70;
/M: SY='L';  M=  4,-72,-35, -1,-64, 13,  9,-12, -6, 23,-21, 15, -7, 18,  6,-12,  8,  3,-77,-29;
/M: SY='G';  M= -6,-73,  0,  1,-25, 60,-12, 12,-39,-37,-35,  2,-39,-36,-10,-17, 15,  2,-78,-66;
/M: SY='Y';  M=-39,-77,-24,-13, 31,-75, 45,-14,-10,-35,-14,-49,-35, 10,-21,-36,  1,-25, -5, 98;
/M: SY='R';  M=-46,-75,-39,  3,-19,-50, 24,-19,  8,-21,-17, -6,-24, 11, 58, 18, 24,-28, 21, 19;
/M: SY='K';  M=-31,-74, -3,-56, -9,  1, 11, -2, 37,  9,-55, 25,-71, 15, 30, -2, -3,-11,-75,-14;
/M: SY='D';  M=-35,-74, 38,-17,  0,  3, -1,-21,  2,  1, 15,  5, 14, -3,-15,-21, 35,-28,  1,  8;
/M: SY='N';  M=-38,-75, 47, -1,-31, -2, 35,-35, -2,-54,-32, 58,  0,  4, 13,  2,-24,-27,-80,  6;
/M: SY='Q';  M=-34,-27,-10, -3,-27, -5,-56,-48, -3,  5, 23,-29,-69, 81, 24, -8, 13,-48, 13,-34;
/M: SY='S';  M=-32,-72,-39, 23,  3,-68, -7,-32, 23,-16,-16, -5,  9,  0, 11, 32, 29,  1, 21,-14;
/M: SY='W';  M=-25,-22,-51,-51, 53,-77, 26, 11,-22, 17,-49,-72,-26,-41,-40,-31,-42, -6, 99, 56;
/M: SY='T';  M=-57,-69,-44,-14,-18,-74, -5,  9, -5, -8,-11,-23,-38,-18,-17,-19, 63, 45,  3, 14;
/M: SY='V';  M= -2,-68,-51,-71, -7,-77,-76, 31,-31,-11,-10,-71,-21,-51,-46,-23,  3, 76,-78,-15;
/M: SY='T';  M= -4,-14, 14, -2,-53, -1,-20,-35, 14,-52,-65, 34, 34,  2, -5,  8, 47,-66,-81,-36;
/M: SY='D';  M=  2,-75, 44, 40,-31, 13, 10,-75,  4,-65,-68, 26, -4, -2, -9, 17,-23,-33,-81,-29;
/M: SY='F';  M=-20,-72,  4,-24, 36,-19,-22, -5, -3, 24, 23,  2, 24,-62,-37,  1,-10,  4, -5, -4;
/M: SY='I';  M= -7,-73,-17,  6, -9,-41,-16, 28,-23,  0,-18, -7, 10,  5,  0, -7, 12, 23, 17,  7;
/M: SY='T';  M= -2, -9, 14, -9,-70, 15,-62, 16,  2,-27,-60, 20,  8,  6,  7, 19, 23,-28,-79,-30;
/I:         E1=0; IE=-380; DE=-380;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2022_02 which contains 567'483 sequence entries.


Total number of hits 10 in 10 different sequences
Number of true positive hits 10 in 10 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] CBM39
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
10 sequences

BGBP1_GALME (Q0E666    ), BGBP1_MANSE (Q9NJ98    ), BGBP2_DROME (Q9VVR4    ), 
BGBP2_MANSE (Q8ISB6    ), BGBP3_DROME (Q9NHA8    ), BGBP_BOMMO  (Q9NL89    ), 
BGBP_HYPCU  (O96363    ), BGBP_PLOIN  (Q8MU95    ), BGBP_TENMO  (Q76DI2    ), 
GNBP1_DROME (Q9NHB0    )
» more

PDB
[Detailed view]
6 PDB

2KHA; 2RQE; 3AQX; 3AQY; 3AQZ; 3IE4

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission