 |
|
| Entry: PS51969 |
General information about the entry
| Entry name [info] | CBM39 |
| Accession [info] | PS51969 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
29-SEP-2021 CREATED;
29-SEP-2021 DATA UPDATE; 22-FEB-2023 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51969 |
| Associated ProRule [info] | PRU01314 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | CBM39 (carbohydrate binding type-39) domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=101; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=101; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9962341; R2=0.0089808; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1226; N_SCORE=13.0; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=502; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: M0=-23; D=-150; I=-150; B1=-1000; E1=-1000; MI=-380; MD=-380; IM=-380; DM=-380; ... A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y /I: B1=0; BI=-380; BD=-380; /M: SY='Y'; M=-40,-76,-69,-53, 47,-43, 47,-26,-40,-20, 26, -1,-41,-38,-11,-30,-62,-17,-45, 98; /M: SY='Q'; M=-10,-73, 2, 23,-33,-24, 16,-19, 19,-34,-58, 4,-39, 33, 5, 5, 13, 21, -4, -1; /M: SY='V'; M=-60,-23,-43,-44, 9,-57, -8, 46,-47, 3, 28, 20, 3,-32,-25,-20, -7, 49,-11,-56; /M: SY='P'; M=-28,-24,-26,-13,-75, -3,-66,-66, -8,-42,-65,-41,104, -9,-25,-60,-21, -7,-76, -3; /M: SY='P'; M= 4,-74, 22, 20,-44,-65, 25,-68, 15,-71,-21,-15, 46, 31, -7, 23, 23,-14,-81,-48; /M: SY='P'; M= 18,-33,-71,-41,-33,-41,-10, 19,-66,-27,-53,-70, 81,-67,-48,-43,-10, 47,-79,-43; /M: SY='T'; M=-35,-71,-12, 15,-69,-68, 1, -7, 30,-42,-28, 34,-65, 4, 16, -3, 60, -5,-11,-45; /M: SY='I'; M=-33,-71,-85,-80, 56,-85,-76, 62,-77, 30, 15,-78,-79,-76,-77,-71,-59, 45,-66,-46; /M: SY='E'; M=-59,-78, -8, 84,-79,-71,-11,-42, 3,-65,-66,-29,-60, 53, 2, 4, 6,-43,-79,-49; /M: SY='A'; M= 39,-69,-76,-48, 21,-31,-42, 24,-36, 35,-18,-71,-35, -9,-70,-46,-40, 37,-71,-32; /M: SY='L'; M=-51,-39,-78,-74, 50,-30,-22, -1,-27, 57, 0,-40,-49,-68,-27,-45,-36,-13, -8, 48; /I: I=-38; MD=-97; /M: SY='K'; M=-33,-33, -8, 5,-43,-47, 34,-59, 35,-79,-26, 13,-38, 22, 5, 32, -7,-54,-85,-17; D=-38; /I: I=-38; MI=0; MD=-97; IM=0; DM=-97; /M: SY='P'; M=-38, 1,-42,-10,-83, -3,-67,-53,-30,-81,-70,-20,113,-22,-46,-22,-35,-76,-80,-79; /M: SY='K'; M=-40,-75, 0, -7,-76,-15, 6,-40, 61,-74,-65, 18,-67, 15, 54, 14, 0,-45,-78,-47; /M: SY='G'; M=-30,-76,-43,-71,-82, 98,-70,-59, -8,-83,-73,-50,-68,-32,-71,-49,-32,-80,-74,-76; /M: SY='F'; M=-68,-71,-84,-79, 83,-84,-29, 34,-76, 44, 36,-77,-81,-76,-75,-52,-35, 0,-58,-37; /M: SY='R'; M=-62,-23,-57, 24,-74,-45,-56,-16, 35,-56, -3,-21,-40, 3, 84, 3,-11,-68,-13,-64; /M: SY='V'; M= 6,-14,-81,-75, -3,-80,-79, 50,-43, -2,-19,-75,-39,-73,-49,-65,-54, 75,-78,-33; /M: SY='W'; M=-28,-70,-62,-40, 0,-38,-26,-49,-24,-68,-27,-33,-41,-55,-63, 81, 21,-45, 91, 31; /M: SY='I'; M=-47,-75,-81,-78,-31,-85,-73, 87,-74, 7, 17,-74,-75,-30,-76,-69, -2, 16,-66, 41; /M: SY='P'; M=-18,-85,-37, 2,-80,-68,-66,-33, -7,-51,-67,-20,110,-18,-13,-59, -9,-72,-13,-76; /M: SY='D'; M= 4,-77, 90,-13,-46, -5, 50,-76,-54,-75,-70, 0,-31, 18,-11,-54,-41,-22,-89,-29; /I: I=-33; MI=0; MD=-84; IM=0; DM=-84; /M: SY='D'; M= -9,-75, 57, 56,-50,-48,-58,-16, -4,-38,-65, 28,-36, -3,-58,-10, 5, 0,-84,-49; /I: I=-45; MD=-115; /M: SY='P'; M= 0,-31, 32, 3,-61,-24,-17,-80,-21,-66,-73,-30, 70, 2, -4, 24,-29,-64,-85,-37; D=-45; /I: I=-45; MI=-115; IM=-115; DM=-115; /M: SY='G'; M=-53,-75, 11,-30,-80, 82,-64,-83,-22,-59,-71, 22,-23,-33, 2,-12, 7,-78,-78,-73; /M: SY='I'; M=-28,-32,-78,-75,-11,-80,-71, 73,-72, 10, 16,-71,-74,-36,-74,-17, 16, 28,-67, 38; /M: SY='T'; M=-32,-72,-33, 32,-71,-56,-56,-45, 31,-59,-31, 3,-64, 43, 14, 40, 45,-28,-76, 1; /M: SY='L'; M=-27,-71,-72,-30, 33,-35,-20,-19,-47, 50, 50,-23,-76,-11, 11, 4,-36,-20, -9, 22; /M: SY='F'; M=-43,-70,-84,-79, 98,-82,-71,-37,-76, 11,-46,-76,-83,-33,-75,-46,-61, 49,-53,-19; /M: SY='A'; M= 63,-68,-39,-44, -6, 35, -1,-23,-26,-28,-59,-32,-69,-32,-25, -7,-24, -6,-71, 9; /M: SY='F'; M=-70,-72,-86,-82,105,-84,-70, 29,-78,-15,-46,-77,-83,-84,-76,-73,-63, 21,-48, 13; /M: SY='H'; M=-49,-16,-10, 36,-23,-69,119,-80,-21,-70,-18, 30,-68, 16, -8,-36,-44,-78,-13,-19; /M: SY='G'; M= 6,-73,-73,-75,-10, 62,-69, 18,-71, 8, 7,-64,-33,-68,-74,-42,-61, 22, 5, 32; /M: SY='N'; M=-61,-72,-49,-17, 16,-40,-14,-49, 33,-45,-63, 84,-71, 2, 18, 13,-10,-57,-73, 21; /M: SY='I'; M=-52,-73,-82,-78,-11,-85,-78, 76,-42, 23,-38,-38,-77,-72,-27,-70,-33, 51,-74,-22; /M: SY='N'; M=-63,-70, 5,-55,-27,-24,-45,-74,-11,-59,-67,113,-73,-13,-31,-47,-31,-76,-83, 18; /M: SY='K'; M=-26,-76, -7, 28,-48,-48, 18,-55, 59,-57,-64, 19,-34, 38, 35, -5, 1,-46,-77,-25; /M: SY='P'; M=-15,-80, 5, 44,-78,-25, 13,-73, -1,-60,-67, 21, 76, 29,-33,-11,-39,-28,-29,-28; /I: I=-19; MD=-49; /M: SY='F'; M=-47, 24,-41,-74, 55,-34,-64, 38,-70, 25, 47, 39,-42,-69,-43,-29,-60,-24,-66, 7; D=-19; /I: I=-19; MD=-49; /M: SY='N'; M= -2,-76,-23, 24,-54, 12, 26,-25, 6,-45,-37, 34, 32, 24, 6, 13, -9,-48,-81,-67; D=-19; /I: I=-19; MD=-49; /M: SY='G'; M=-18,-80, 20,-16,-49, 46, 17,-50,-14,-48,-71, 5,-23, 16, -4, 4, 1,-48,-84,-36; D=-19; /I: I=-19; MI=0; MD=-49; IM=0; DM=-49; /M: SY='N'; M=-13,-77, -5,-22, 0, -8,-68,-16,-45, 15,-58, 23, -5,-26,-47,-19, 17, 11, -6, 17; D=-19; /I: I=-19; DM=-49; /M: SY='E'; M= -5,-81, 45, 53,-49,-51,-24,-56, -2,-29,-70,-22, -8, 27,-19, -7, 1,-47, -2,-70; D=-19; /I: I=-19; DM=-49; /M: SY='A'; M= 31,-73, 5, 30,-15,-23,-10,-48,-12,-23,-61,-10, 8, -9,-40, -4, 8, 15,-78, -5; D=-19; /I: I=-19; DM=-49; /M: SY='G'; M=-28, 45, 0,-27,-80, 77,-36,-65,-38,-64,-73,-32, 4,-44,-16, -7,-39,-45,-80,-35; D=-19; /I: I=-19; DM=-49; /M: SY='Q'; M=-14,-75, 58, 23,-50,-51, 0,-70,-51,-49,-65, -2,-66, 65, -9, 10, 29,-20,-12,-13; D=-19; /I: I=-19; DM=-49; /M: SY='W'; M=-52,-76,-22,-36, 39,-80,-67, 49,-50, 17, 12,-74,-78,-69,-72,-36,-35, 19, 83, 54; /M: SY='N'; M= 15, 45,-24,-17,-21,-20, -4,-32,-35,-22, 17, 49,-71,-32,-13, 43, -5, -4, 14,-23; /M: SY='Q'; M= 7,-75, 19,-25,-22, 33,-20,-27, 8, -6,-13,-56,-35, 55, 1,-31,-60, 11, -8, -6; /M: SY='D'; M=-22,-18, 68, 38, -2,-15,-55,-40,-30,-15,-66, 53,-42,-14,-22,-26, 4,-69,-84,-65; /M: SY='V'; M=-23,-69,-74,-51,-28,-43,-74, 47,-69, 4, 3,-43,-31,-69,-44,-32, 45, 58,-77, -6; /M: SY='T'; M=-26,-67,-15,-45,-41,-38, -1, -9,-22,-20,-56, 9,-51,-29, 3, 18, 76, 11,-78, 14; /M: SY='K'; M=-30,-73, 15, 38,-56,-67,-20,-26, 39,-25,-17, 7,-42, 20, 16, 25, 24,-25,-79,-50; /M: SY='P'; M= 4,-76,-63,-27,-31,-28,-11,-29, 46,-31,-60,-29, 65, 19, 4, -6, -6, 13,-77,-66; /M: SY='T'; M=-23,-39,-35, 24,-38,-56,-61,-13, 21,-63,-14, 2, -5, 18, 16, 2, 59, 9,-78,-14; /M: SY='N'; M=-21,-74, 40,-18,-50, 42,-52,-48,-28,-76,-68, 78,-25,-27,-37,-23,-26,-74,-74, 41; /M: SY='G'; M=-27,-75, 14,-51,-80, 86,-64,-83,-62,-82,-73, 33,-42,-32,-26,-11,-24,-52,-77,-39; /M: SY='R'; M=-47,-76,-37,-11, 6,-29, 13,-67, 50,-23, -2,-14,-70, 9, 58, 4, -9,-31,-68, 27; /M: SY='W'; M=-53,-49,-94,-80, 63,-55,-85,-25,-72,-33,-63,-86,-80,-74,-47,-77,-54,-70,159, 9; /M: SY='T'; M=-19,-68,-68, 2,-18,-49,-71, 42,-65, -2, 23,-63,-69,-22,-54, 5, 50, 46,-79,-60; /M: SY='Y'; M=-49,-74,-42,-73, 68,-79, 26, 19,-47, 3,-14,-50,-79,-69,-69,-26,-23, 14, 4, 79; /M: SY='E'; M=-29,-76, 2, 68,-30,-72, 15,-28, -1,-52,-62,-14,-64, 40, 17,-44, 27, -7,-76, 2; /I: I=-36; MD=-90; /M: SY='D'; M=-51,-76, 85,-14, 7,-64,-20,-24,-38,-76,-72, 62,-71, -4,-38, -1,-12,-56,-90,-65; D=-36; /I: I=-36; MI=0; MD=-90; IM=0; DM=-90; /M: SY='P'; M=-35,-76, 10, -7, -1,-46,-15,-66,-13,-17,-28, 6, 61, 6, 36,-15, 37,-30,-13,-26; D=-36; /I: I=-36; DM=-90; /M: SY='D'; M=-25,-21, 57, 20,-38,-37,-11,-38, 6,-53,-67, 48,-34, 1, 14, 10, 28,-69,-84,-32; /I: I=-45; MD=-115; /M: SY='V'; M= 11,-70,-20,-29,-58,-76,-33, 21,-22, 13,-15,-37,-28,-66,-18,-33, 21, 58,-81,-26; D=-45; /I: I=-45; MI=-115; IM=-115; DM=-115; /M: SY='K'; M= -2,-74,-19, 17,-38,-69, -3, 14, 44,-16,-56, 17, -7, 34, 4,-19, 2, 1,-76,-24; /M: SY='L'; M=-13,-70,-83,-76,-13,-83,-73, 38,-76, 71,-14,-80,-39,-72,-76,-72,-60, 29,-73,-55; /M: SY='K'; M=-24,-76,-54, 10,-43,-34, 7,-73, 66,-72,-42, 24,-41, 36, 41, -8, -3,-29,-75,-17; /M: SY='P'; M= 10,-75, 11, -8, -8,-38,-66, 15, 0,-20,-57, 8, 64,-12, -7,-25,-43, 24,-78,-65; /M: SY='G'; M=-37,-76, 1,-45,-82, 94,-31,-88,-28,-84,-74, 8,-68,-43,-39,-34,-45,-82,-76,-75; /M: SY='D'; M=-65,-80,111,-12,-86,-52,-53,-60,-36,-81,-79,-10,-66, 16,-61,-25,-16,-79,-98,-69; /M: SY='T'; M=-40,-68,-64,-11,-18,-72,-22, 11, 13,-38,-31,-15,-68,-36, -8, 14, 59, 53,-81,-43; /M: SY='I'; M=-61,-71,-84,-51,-23,-87,-79, 70,-77, 44,-12,-79,-78,-74,-78,-72,-57, 54,-76,-56; /M: SY='Y'; M=-65,-77,-24,-23, 0,-68, 64,-68, 0,-64,-58, 52,-74,-22, 24, 3,-37,-51,-54, 90; /M: SY='Y'; M=-70,-79,-74,-75, 33,-79,-44, 1,-68,-25,-48,-73,-82,-65,-66,-67,-40,-11, 6,122; /M: SY='W'; M=-68,-86,-43,-43,-24,-46,-35,-47,-19,-50,-66, 9,-75,-15, 21,-29, 9,-39,151, 23; /M: SY='I'; M=-10,-26,-78,-48, 5,-80,-74, 50,-72, 29,-11,-72,-75,-71,-74,-43, 27, 48, 0, 4; /M: SY='F'; M=-36,-75,-31,-17, 62,-53, 52, -7,-64, 0,-14, 3,-76, 12,-43,-30,-16, -5, 45, 60; /M: SY='V'; M= -8,-68,-78,-75, 3,-10,-77, 38,-72,-19, 16,-71,-75,-72,-75,-27, 5, 75,-77,-22; /I: I=-25; MI=0; MD=-63; IM=0; DM=-63; /M: SY='Q'; M=-46,-75,-35, 1, 2, 5,-23, 22, -9,-12, 29, 8,-70, 69,-12,-28,-14, 15,-73,-24; /M: SY='H'; M=-21,-75,-20,-25, 36,-50, 67,-24, 40,-48,-56, 1,-71, 17, 14,-43, 4, 0,-67, 36; /M: SY='N'; M=-38,-74, 54, 14,-59, 11, 12,-79, 3,-80,-71, 81,-31, -6,-19,-14,-19,-77, -8,-44; /M: SY='G'; M=-43,-41, 17, -7,-57, 69, 10,-82,-11,-63,-70, 46,-68, -1, -2, -5, -9,-78, -6,-69; /I: I=-28; MI=0; MD=-70; IM=0; DM=-70; /M: SY='L'; M= 4,-72,-35, -1,-64, 13, 9,-12, -6, 23,-21, 15, -7, 18, 6,-12, 8, 3,-77,-29; /M: SY='G'; M= -6,-73, 0, 1,-25, 60,-12, 12,-39,-37,-35, 2,-39,-36,-10,-17, 15, 2,-78,-66; /M: SY='Y'; M=-39,-77,-24,-13, 31,-75, 45,-14,-10,-35,-14,-49,-35, 10,-21,-36, 1,-25, -5, 98; /M: SY='R'; M=-46,-75,-39, 3,-19,-50, 24,-19, 8,-21,-17, -6,-24, 11, 58, 18, 24,-28, 21, 19; /M: SY='K'; M=-31,-74, -3,-56, -9, 1, 11, -2, 37, 9,-55, 25,-71, 15, 30, -2, -3,-11,-75,-14; /M: SY='D'; M=-35,-74, 38,-17, 0, 3, -1,-21, 2, 1, 15, 5, 14, -3,-15,-21, 35,-28, 1, 8; /M: SY='N'; M=-38,-75, 47, -1,-31, -2, 35,-35, -2,-54,-32, 58, 0, 4, 13, 2,-24,-27,-80, 6; /M: SY='Q'; M=-34,-27,-10, -3,-27, -5,-56,-48, -3, 5, 23,-29,-69, 81, 24, -8, 13,-48, 13,-34; /M: SY='S'; M=-32,-72,-39, 23, 3,-68, -7,-32, 23,-16,-16, -5, 9, 0, 11, 32, 29, 1, 21,-14; /M: SY='W'; M=-25,-22,-51,-51, 53,-77, 26, 11,-22, 17,-49,-72,-26,-41,-40,-31,-42, -6, 99, 56; /M: SY='T'; M=-57,-69,-44,-14,-18,-74, -5, 9, -5, -8,-11,-23,-38,-18,-17,-19, 63, 45, 3, 14; /M: SY='V'; M= -2,-68,-51,-71, -7,-77,-76, 31,-31,-11,-10,-71,-21,-51,-46,-23, 3, 76,-78,-15; /M: SY='T'; M= -4,-14, 14, -2,-53, -1,-20,-35, 14,-52,-65, 34, 34, 2, -5, 8, 47,-66,-81,-36; /M: SY='D'; M= 2,-75, 44, 40,-31, 13, 10,-75, 4,-65,-68, 26, -4, -2, -9, 17,-23,-33,-81,-29; /M: SY='F'; M=-20,-72, 4,-24, 36,-19,-22, -5, -3, 24, 23, 2, 24,-62,-37, 1,-10, 4, -5, -4; /M: SY='I'; M= -7,-73,-17, 6, -9,-41,-16, 28,-23, 0,-18, -7, 10, 5, 0, -7, 12, 23, 17, 7; /M: SY='T'; M= -2, -9, 14, -9,-70, 15,-62, 16, 2,-27,-60, 20, 8, 6, 7, 19, 23,-28,-79,-30; /I: E1=0; IE=-380; DE=-380;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 10 in 10 different sequences |
| Number of true positive hits | 10 in 10 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | CBM39 |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
10 sequences
BGBP1_GALME (Q0E666 ), BGBP1_MANSE (Q9NJ98 ), BGBP2_DROME (Q9VVR4 ), BGBP2_MANSE (Q8ISB6 ), BGBP3_DROME (Q9NHA8 ), BGBP_BOMMO (Q9NL89 ), BGBP_HYPCU (O96363 ), BGBP_PLOIN (Q8MU95 ), BGBP_TENMO (Q76DI2 ), GNBP1_DROME (Q9NHB0 )» more
|
| PDB [Detailed view] |
6 PDB
2KHA; 2RQE; 3AQX; 3AQY; 3AQZ; 3IE4 |
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission