PROSITE logo

PROSITE entry PS52014


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] SAMD1_WH
Accession [info] PS52014
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 03-MAY-2023 CREATED;
03-MAY-2023 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC52014
Associated ProRule [info] PRU01358

Name and characterization of the entry

Description [info] SAMD1-like winged helix (WH) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=77;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=72;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1320529; R2=0.0085043; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1220; N_SCORE=12.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=514; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-23; D=-150; I=-150; B1=-1000; E1=-1000; MI=-380; MD=-380; IM=-380; DM=-380;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-380; BD=-380;
/M: SY='M';  M=-38,-13,-33,-26,-74,-35,-75,  7, 18,-23, 31,-43,-35,-66, 12, 18, -3, 18,-36,-73;
/M: SY='R';  M=-46,-21, 10,-24,-76,-38,  6,-77,  0,-38,  7, -3,  5,-14, 58,  1,-24,-37,-84,  6;
/M: SY='R';  M=-12,-52, -7,  2,-82,-29,-64,-56,-22,-50,-13,-13,-25,  0, 76,-12,-15,-34,-86,-73;
/M: SY='M';  M=  2,-79,-26,  8,-42,-35, 17,  0,-11,-20, 48,-21,  5, 38, -3,  0,-23,-19,-80, -9;
/M: SY='S';  M= 30, 15, -6,-42,-33,-17,-10,-69,-25,-29,-67,-10, 35,-63,-46, 37, 26,-21,-86,-72;
/M: SY='D';  M=-42, 33, 71, -5,-32,-34,-18,-37,-34,-34,-29, 16, -5,-37,-40, 24, -7,-41,-93,-71;
/M: SY='P';  M=-27,-82, -1, 26,-81,-43,-24,-42,-42,-50, 13, 14, 81,-27,-45,  8,  6,-40,-86,-76;
/M: SY='Q';  M=-30,-78, -8, 28,-12,-59, -7,  3, 20,-22,-61,-16,-36, 41,-14,-23, 32,  2,-82,-65;
/M: SY='W';  M=-27,-18,-48,-51,-21,-78, 19, 19,-20,-17,-31, -2,-25,-20,-10,-65, 22, 20, 92, 34;
/M: SY='V';  M=-11,-26,-28,-51,-18,-78,-13, -4,  9, -2,-24,-66,-23, 20,  0,-26, 22, 44,-10, -5;
/M: SY='Q';  M=-37,-26, 13, 34,-81,-25, 29,-46, 29,-33,-25,-20,-33, 61, 11, -1,-33,-53,-83,-67;
/M: SY='W';  M=-47, 10,-54,-13,-20,-77, 33,-44, 14,-18,-11,-24,-47, 43,  3,-50,-46,-20,116, 13;
/M: SY='I';  M=-22,-34,-44,-82,-25,-88,-82, 71,-80, 38,  1,-81,-81,-77,-82,-75,-62, 32,-79,-60;
/M: SY='W';  M=-48,-83,-87,-39,-32,-82,-35, 21,-39, 45,  0,-49,-82,-33,-33,-78,-72,-29,129,-13;
/M: SY='D';  M= -5,-79, 68, 47,-32,-25,-60,-47,-37,-65,-14,  4,-13, -2,-15,  6,-13,-60,-88,-71;
/M: SY='A';  M= 82, -7,-70,-40,-76,-33,-73,-34,-66,-67,-18,-64,-70,-63,-71,  3, -1, -9,-81,-73;
/M: SY='I';  M=-66,-79,-87,-84,-31,-91,-85, 96,-80,-22,-10,-78,-77,-35,-82,-48,-60, 20,-76,-24;
/M: SY='R';  M= -3,-13, 28, 31,-78,-12, 22,-62, 18,-54,-68,  6,-70,-10, 43,  2,-17,-25,  2,-67;
/M: SY='K';  M=-25, 11,-21, -8,-13,-57, 23,-18, 55,-39,-26, -8,-71,  7, -1,  9,  7,  0,-77, -2;
/M: SY='I';  M= -2,  4,-83,-79,-30,-82,-79, 74,-77, 27, -2,-43,-37,-74,-79,-16,-41, 18,-78,-61;
/M: SY='R';  M=-65,-14,-33,-33,-75,-74,-59,-31, 62,-46, -3, -4,-72, -6, 76,-12,-61,-20,-79,-66;
/M: SY='H';  M=  1,-76,-21, -9,-32,  3, 60,-69,  6,-40,-22,  0,-72, 14, 21, 29,-36,-12,-75, 29;
/M: SY='Q';  M=-63,-83,-37,-19,-82,-48, 35,-76,-26,-39, -1,-13,-71,102, 50, -5,-63,-76,-78,-62;
/M: SY='K';  M=-66,-80,-58,-47,-80,-48, 14,-82, 88,-79,-67, -2,-69,-20, 59,-59,-38,-78,-77,-66;
/I:         I=-45; MD=-115;
/M: SY='Q';  M= 10,-34,-61,-44,-83,-47,-55,-49,-23,-38,-60,-23,-38,110,  2,-41,-28,-38,-76,-36; D=-45;
/I:         I=-45; MI=-115; IM=-115; DM=-115;
/M: SY='R';  M=-14, 27,-69,-60,-40,-55,-62, 16,-19,-38, -6,-61,-18, 13, 79,  1, -9,-13,-78,-31;
/M: SY='P';  M= 36,  2,-70,-60,-81,-65,-72,-68,-65,-60,-68,-70,103,-66,-42, -8,-24,-17,-82,-79;
/M: SY='N';  M=-49,  1, 61,-52,-79,-49,-56,-54,-56,-79,-73, 73, -6,-56,-43, 33, 43,-72,-95,-72;
/M: SY='L';  M= 12,-73,-35, 20, -3,-43,-68, 16,-24, 37, 36,-69,-36,  1,-68, -8,-60, 10, -4,-59;
/M: SY='E';  M=-18,-79, 52, 72,-31,-41,-59,-33, -9,-59,-40,-29,-38, 17,-57,-10,  9,-71,-12,-69;
/M: SY='R';  M=-67,-82,-63,-55,-75,-39,-30,-78, 20,-44,-65,  4,-76,-45,101,-32,-38,-33,-78,-31;
/M: SY='I';  M=-66,-78,-87,-84,-30,-63,-84, 92,-80, 11, 16,-79,-39,-77,-82,-75,-61, 19,-76,-58;
/M: SY='C';  M= -5, 78,-72,-69, -1,-56,-19, 28,-18,-14,-56,-63,-75, -1,-49, 42,  3, 11,-80,-28;
/M: SY='R';  M=  0,-77,-57,-23,-74,-27, 40,-76, 40,-46,-22, 43,-42,  8, 49, 10,-33,-53, 17,-22;
/M: SY='Y';  M= 23,-39,-40,-67, 24,-58, 29, -1,-25,-26, 20,-36, -7,-63,  3,-36,  2,  1, 11, 69;
/M: SY='M';  M=-13, 19,-81,-75,-28,-64,-69, 31,-72, 43, 84,-37,-77,-68,-73,-46,-34, 40,-76,-56;
/I:         I=-21; MD=-53;
/M: SY='R';  M=-18, -5,-62, -9,-30,-42,  7,-53, 16,  4, 10,  7,-73, 38, 52, 18,-36,-29,-75, -1; D=-21;
/I:         I=-21; MI=0; MD=-53; IM=0; DM=-53;
/M: SY='R';  M=-33,-78,-39,-47,-76,-49, -5,-51, 60,-32,-36, -2,-36, 50, 74,-22,-33,-71,-75,-63;
/M: SY='H';  M=-35,  5, -8, 21,-32,-56, 48,-53, 28,-50,-31, 36,-36, 21, 43,  3,-22,  3,-79,-13;
/M: SY='H';  M=-48,-12,-23,-29, 14,-72, 99,-34,-43,-12,-52, -5,-45, -7,-25,-13,-32,-49,-58, 84;
/M: SY='G';  M=-27,-74, 26,-36,-32, 51,  3,-53,  6,-49,-67, 32, -5, 24,  0, 28,-16,-53,-79,-67;
/M: SY='M';  M=-29, 24,-78,-73, 28,-79,-67, 40,-51, 17, 47,-37,-12,-11,-29,-66, -8, 34,  8, 35;
/M: SY='T';  M=-31,-19, 27, -1,-50, -1, 38,-50,  8,-53,-65, 20, 26,-28,-32, 41, 43,-45,-83,-43;
/M: SY='P';  M=  1,-75, -8, 41,-36,-13,-38,-67, -1,-44,-64, -4, 53,  9,  2, 20,  3, -5, -3,-34;
/M: SY='D';  M=  4,-35, 41, 36,-43,-17, -1,-72, 29,-44,-65, 22,-66, 33, -2, 12,-10,-24,-18,-65;
/M: SY='E';  M=-31,-74, 41, 58,-33,-50,-58,-33, -1,-48,-64,-18,-42, 36,-17, -2, 41, -3,-82,-66;
/M: SY='V';  M=  3, 40,-72,-32,-58,-52,-76, 49,-37, -9,-47,-34,-71,-68,-72,-38, 50, 52,-82,-63;
/M: SY='E';  M= -2,-25,-18, 61,-69,-49,-38, -1,  3, 11,-56, -9,-48, 36, 11,-30,  1,-12,-78,-65;
/M: SY='E';  M= 13,-75,-22, 45,-69,-28, 36,-51, 26, 15,-20,-29,-67,  9, 35,-10,-28,-43,-78,-63;
/M: SY='Q';  M=-26,  5, 22, -2,-41,-41, 71,-49, -9,-13, -4,  3,-50, 71, -4,-38,-14,-37,-12, 19;
/I:         I=-23; MI=0; MD=-58; IM=0; DM=-58;
/M: SY='L';  M=-65,-70,-84,-77,-25,-86,-71, 24,-78, 81,-15,-82,-41,-72,-76,-76,-61, 15,-72,-54;
/M: SY='E';  M=-16,-76, 42, 59,-79,-19, 26,-76, 18,-74,-20, 16,-63, 41,-15,  2, -6,-38,-83,-66;
/M: SY='Q';  M=-13,-76, 13, 24, -9,-70, 24,-45, 18, 15,-56, 19,-70, 53, 26,-28,-30,-58,  4,  7;
/M: SY='C';  M= 61, 75,-73,-67,-39,-25,-69,-26,-66, 33, 21,-66,-74,-40,-25, -8,-25,-51,-77,-65;
/M: SY='V';  M=-33,  5,-76, -4,-55,-55,-30, 25,-50,  9,-43,-73,-76,-70,-73,-30,-32, 83,-83,-61;
/M: SY='K';  M=  4,-75, 15, 44,-78,-16, -3,-39, 50,-57,-36, 14,-64, 33, 21,  2,-25,-70,-79,-66;
/M: SY='D';  M=-10,-12, 86, 26,-42,-64,  9,-77,  0,-58,-71,  4,-67,  3,  0, 14,-55,-39,-87,-38;
/M: SY='G';  M=-29, -8,-27,-20,-80, 81,-20,-84, 10,-62,-71, 23,-68,-25, 17,-15,-62,-79,-77,-73;
/M: SY='L';  M=-16,-32,-10,-40,-29,-50,-39, 13, 11, 63,-41,-35,-75,  6,-17, -9,-10,-25,-74,-58;
/M: SY='I';  M=-59,-71,-83,-78,-36,-85,-80, 74,-75, 23,-12,-76,-77,-73,-46,-20,-55, 61,-78,-58;
/M: SY='L';  M=-27, -3,-70,  3,-10,-78,-39, 36,-38, 37, 13,-29,-19,-17, -2,-30, 10, 32,-75,-31;
/M: SY='K';  M=-28,-36,-33, 20,-43,-46,-58,-33, 68,-34,-32,-31,-18,  0, 43,  3,-12,-10,-74,-16;
/M: SY='V';  M=-25,-21,-20,-30,-54,-50,-69, 24,-12,  1,-47,-20,-74,-65,-14, -6, 15, 65,-75, 27;
/I:         I=-33; MI=0; MD=-84; IM=0; DM=-84;
/M: SY='K';  M=-49,-73, -8, 27, 18,-11,  8,  1, 31,-13, 12, -2,-15,-33,-40, 16, 16,-21, 13,  9;
/M: SY='Y';  M= -5,-73,-34,-26, 11, -3,  5,-31, 29,-52,-61, 42,-20,-29, 20,  6, 15,-34,  6, 48;
/M: SY='K';  M=-21,-40, 11,-10,-47,-24,-25,  0, 67,-27,-22, 25,-13,  8,-22,-30,-35, 19,-78,-64;
/M: SY='G';  M= -4,-75, -6,-11,-78, 88,-29,-81,-53,-80,-71,-12,-21,-62,-32,-24,-42,-36,-74,-17;
/M: SY='C';  M= -2, 32,-11, -6, -6,-29,  2,-44,  6,-11,  2, 29,-34, 30,-27, 23, 23,  7,-78,-26;
/M: SY='K';  M= -8,  4,-12,-27,-31,-54,  8,  3, 52,-27,-19,  4, -9,-27,-10,-30, 20, 22,  9, 12;
/M: SY='S';  M=-35,  6,-60,-62,-74, 47, -2,-35,-22,-73,-66,-31,-34,-56, -2, 72, 24,-13,-81,-68;
/M: SY='Y';  M=-25,-26,-38,-67,-12,-70,-45,-30,-31,-19,-52,-34,-77,-29,-62, 37,-26,-48,-40,114;
/M: SY='R';  M=-20,-78,-60,-19,-74,-72,-16,-39, 63,-50,-12,-23,-26,-14, 83,-26,-43,-33,-76,-63;
/M: SY='D';  M=  2,-22, 51,-25,-67,-48,-61, 18, -5, -3,-17, 49, -6,-13,-38,-20, -4, 17,-84,-66;
/M: SY='P';  M= 34,-20,-41,-45,-76, 51,-70,-67,-48,-26,-64,-39, 76,-64,-72,-38,  7,-11,-78,-74;
/M: SY='S';  M= 18,-10,  9, 10,-69, -9,-62, -1,  3,-21,  4, 23,-15,  6,-35, 25,  2, 17,-81,-66;
/M: SY='E';  M= -6,-74,-12, 45, 10, -8, 16,-69, 26,-44,-19, -9, -5, 13, -7, 29, -1,-23,  1,-60;
/M: SY='W';  M= -9,-36,  6, -2,-46,-69, -9,-32,  2,-21, 29,-31, -9, 65, -9,  9,  2,  4, 72,-29;
/I:         E1=0; IE=-380; DE=-380;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 11 in 11 different sequences
Number of true positive hits 11 in 11 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SAMD1-like winged helix (WH)
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
11 sequences

KAT6A_HUMAN (Q92794), KAT6A_MOUSE (Q8BZ21), KAT6A_RAT   (Q5TKR9), 
KAT6B_HUMAN (Q8WYB5), KAT6B_MACFA (Q8WML3), KAT6B_MOUSE (Q8BRB7), 
SAMD1_HUMAN (Q6SPF0), SAMD1_MOUSE (D3YXK1), SAMD1_RABIT (Q6SPE9), 
ZMY11_HUMAN (Q15326), ZMY11_MOUSE (Q8R5C8)
» more

PDB
[Detailed view]
3 PDB

6LUI; 7Y43; 8H7A