We are deeply saddened by the passing of Amos Bairoch (1957–2025), the creator of PROSITE. We wish to dedicate our latest paper, published shortly before his death, to him. He will always be a source of inspiration to us.
Our deepest condolences go out to his family and friends, and to all those who had the privilege of working with him. Rest in peace, Amos. Your work will live on long after you are gone.

PROSITE entry PS51061

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51061

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	R3H
Accession [info]	PS51061
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JAN-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51061
Associated ProRule [info]	PRU00382

Name and characterization of the entry

Description [info]

R3H domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=65;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=60;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0811083; R2=0.0214359; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2745.0908203; R2=3.1363637; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=277; H_SCORE=3614; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=160; H_SCORE=3247; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B0=-250; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M= -9,  1,-26,  2,  9,-22,-16, -6,-19, 10,-16,-10,  1,-12,  5, 13, -3, -6,-15,-26,-14,  6;
/M: SY='R';  M=-10, -1,-27,  0,  3,-20,-16, -5,-17,  9,-13, -5, -1,-13,  2, 11, -8, -9,-14,-24,-11,  1;
/M: SY='R';  M=-11,-12,-24,-15, -7,  4,-21,-11,-13, -1, -8, -5, -7,-19, -6, 11, -7, -2,-10,-10, -1, -7;
/M: SY='L';  M= -7,-14,-18,-17, -8,-10,-24,-14,  1, -6,  3,  2,-12,-20, -6, -2,-11, -5,  1,-23, -7, -8;
/M: SY='E';  M= -5, -1,-24,  1, 10,-18,-19, -7,-11, -2, -5, -6, -4,-14,  1, -4, -5, -6,-11,-26,-11,  4;
/M: SY='E';  M= -7,  4,-25,  6, 12,-23,-15, -2,-23,  8,-19,-12,  2,-11,  9,  6,  1, -1,-19,-23,-10,  9;
/M: SY='L';  M= -9,-25,-21,-28,-21,  8,-29,-19, 19,-22, 24, 16,-23,-25,-18,-18,-20, -8, 14,-16,  2,-20;
/M: SY='E';  M= -7, -3,-25,  0, 21,-20,-22, -7,-14,  5,-13,-10, -5,-10,  7,  3, -3, -6,-13,-25,-11, 13;
/M: SY='E';  M= -5,  3,-25,  3, 14,-25,-16, -4,-20, 11,-18,-10,  3,-11, 13,  8,  1, -3,-18,-26,-14, 13;
/M: SY='L';  M= -8, -9,-21, -8,  0,-11,-23,-10, -3, -6,  3,  2,-11,-18, -3, -4,-11, -8, -4,-24, -7, -2;
/M: SY='I';  M=  6,-22,-19,-27,-20, -3,-20,-21, 14,-19, 13,  9,-18,-21,-16,-18,-11, -5, 13,-21, -7,-19;
/M: SY='E';  M= -8, -6,-25, -6,  5,-15,-21, -7, -6, -3, -3, -3, -6,-16,  2, -3, -8, -7, -6,-24, -8,  2;
/M: SY='D';  M= -5, 10,-25, 12, 11,-26,-13, -4,-25, 12,-21,-14,  6,-12,  5, 10,  0, -5,-19,-28,-15,  8;
/M: SY='F';  M= -7,-26,-19,-33,-24, 34,-26,-20,  9,-25, 16,  6,-21,-26,-27,-20,-17, -7,  7, -5, 12,-24;
/M: SY='V';  M=  9,-20,-19,-25,-15, -4,-21,-19, 10,-14,  7,  5,-17,-19,-14,-14, -8, -5, 11,-19, -6,-16;
/M: SY='Q';  M= -4,  4,-25,  4,  9,-24,-14, -1,-19,  6,-17,-10,  3,-13, 10,  3, -1, -7,-17,-24,-11,  8;
/M: SY='D';  M= -5,  7,-23,  8,  5,-25,-10, -6,-22,  5,-22,-14,  7,-13,  5,  5,  7,  0,-16,-30,-16,  4;
/M: SY='S';  M=  0, -5,-18, -5, -4,-15,-16,-15, -6, -6,-13, -9, -5, -9, -9,-11,  2,  0,  2,-30,-15, -7;
/M: SY='E';  M= -5,  0,-23, -1,  4,-19,-16, -8,-13,  2,-10, -6,  1,-13,  2,  1, -2, -3,-12,-27,-13,  2;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-26,  2, 12,-25,-14, -2,-21,  9,-20,-10,  4, -6, 12,  8,  1, -5,-20,-26,-14, 11;
/M: SY='S';  M= -2, -2,-18, -4,  1,-21,-10, -8,-18, -2,-18,-11,  0,-11,  5, -2, 10,  9,-13,-28,-13,  2;
/M:         M= -6, -8,-21, -9, -8,-13,  0,-10,-15, -6,-13, -8, -4,-19, -7, -6, -3, -8,-11,-21, -8, -8;
/M: SY='E';  M=-10, -5,-24, -5,  7,-14,-21, -7,-15,  7, -9, -5, -6,-14,  5,  7, -8, -7,-13,-20, -7,  5;
/M: SY='E';  M= -8, -9,-24, -8,  1, -8,-20, -8,-13, -4,-10, -8, -8, -2, -4, -4, -4, -3,-12,-22, -7, -3;
/M: SY='F';  M=-10,-19,-23,-21,-12, 12,-26,-11,  1,-13,  2,  0,-16,-13,-15,-11,-13, -8,  1,-14,  4,-13;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='E';  M= -7, -3,-20, -2,  5,-11,-16, -1,-13,  0,-11, -7, -3, -4,  2, -3, -2, -3,-11,-19, -6,  3; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='L';  M= -4,-10,-11,-11, -8,  1,-13, -6,  4,-11, 10,  6, -9,-10, -7, -8, -8, -1,  1,-12, -1, -8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='P';  M= -6,-14,-33, -7,  2,-26,-16,-16,-20, -9,-27,-18,-13, 60, -7,-17, -2, -5,-25,-30,-26, -6;
/M: SY='M';  M= -8,-19,-11,-25,-17, -3,-21, -8,  7,-14, 14, 27,-17,-21, -7, -9,-16, -7,  3,-23, -4,-12;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='N';  M= -3,  9,-16,  3, -2,-19, -8, -7,-19, -5,-24,-17, 16, -4, -3, -5, 16, 14,-16,-35,-18, -4;
/M: SY='S';  M=  3, -4,-22, -4, -1,-23, -5,-12,-20, -1,-25,-16,  2,  7, -2, -4, 11,  3,-16,-31,-20, -3;
/M: SY='Y';  M=-11,-10,-25,-12, -7, 11,-21,  3,-10, -9, -8, -6, -7,-18, -8, -7, -8, -7,-11, -6, 20, -8;
/M: SY='E';  M=-11,  3,-28,  8, 24,-23,-20,  7,-20,  3,-14, -9, -2,-11, 16, -2, -5,-10,-21,-22, -7, 19;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R';  M= -9,-10,-25,-12, -3,-16,-18, -7,-15, 16, -9,  1, -7,-17,  3, 21,-10, -7,-11,-20, -7, -1;
/M: SY='I';  M= -6,-25,-21,-30,-21,  5,-29,-19, 21,-22, 21, 15,-22,-24,-16,-18,-17, -6, 16,-20, -1,-20;
/M: SY='I';  M= -2,-25,-20,-30,-23, -3,-30,-24, 27,-22, 14, 12,-21,-23,-16,-21,-12, -4, 25,-24, -6,-21;
/M: SY='H';  M=-18, -2,-29, -2, -1,-17,-20, 89,-28, -9,-19, -1,  7,-20,  8,  0,-10,-19,-28,-26, 21, -1;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-24,  2, 10,-22,-17, -5,-19,  4,-14, -8,  0,-12, 10,  8,  1,  2,-16,-26,-12,  9;
/M: SY='L';  M= -6,-27,-16,-31,-24,  6,-30,-23, 23,-25, 27, 15,-26,-27,-21,-21,-19, -5, 20,-21, -1,-23;
/M: SY='A';  M= 24,-13, -4,-20,-14,-14,-11,-19, -3,-14, -5, -5,-11,-17,-12,-19,  4,  0,  5,-25,-16,-13;
/M: SY='E';  M= -3,  4,-26,  4, 16,-25,-11, -1,-24,  5,-21,-14,  5,-11, 12,  3,  1, -7,-23,-19,-14, 14;
/M: SY='H';  M=-10, -1,-25, -2, -2,-10,-20,  4,-12,  2,-12, -6,  0,-18, -2,  1, -8, -7,-11,-17,  4, -4;
/M: SY='Y';  M=-11,-13,-25,-15, -9, 13,-22,  8, -7,-11, -2,  1,-11,-18, -9, -9,-12, -9,-10, -5, 23,-10;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G';  M= -5,  2,-28,  2, -7,-29, 35, -8,-35, -8,-28,-18,  8,-17, -8, -7,  1,-14,-28,-25,-23, -8;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='L';  M= -8,-26,-18,-28,-22,  5,-29,-16, 21,-25, 29, 17,-25,-27,-19,-20,-21, -8, 17,-22, -1,-21;
/M: SY='E';  M= -8,  1,-23,  2,  7,-19,-18, -6,-15,  5,-16,-10,  1,-14,  3,  5,  0,  0,-11,-26,-10,  4;
/M: SY='S';  M=  0,  0,-16, -1,  0,-19, -8, 11,-21, -9,-22,-13,  7,-12,  1, -7, 20, 14,-14,-34, -9, -1;
/M: SY='E';  M= -9, -2,-22, -3,  3, -9,-18, -2,-15,  1,-14, -9, -1,-16, -2,  1, -3, -3,-11,-21, -2,  0;
/M: SY='S';  M=  7, -7,-12, -8, -7,-14, -3,-14,-11,-13,-19,-13,  1,-15, -7,-13, 25, 13, -1,-35,-16, -7;
/M: SY='E';  M= -7, -3,-23, -3,  8, -9,-18, -3,-14, -4,-11, -8, -4,-15,  1, -6, -2, -3,-11,-21, -3,  4;
/M: SY='G';  M= -3,  1,-28,  3, -9,-30, 40,-14,-36,-11,-28,-20,  4,-16,-10,-12,  1,-13,-27,-24,-25,-10;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-25, 12, 18,-25,-15, -5,-22,  4,-20,-14,  3, -5,  6,  1,  1, -3,-18,-30,-16, 12;
/M: SY='G';  M= -6,  5,-29, 10, 15,-30, 16, -7,-33, -3,-25,-19,  3, -9,  1, -8,  1,-12,-28,-27,-22,  8;
/M: SY='P';  M= -8, -5,-31,  0,  6,-26,-13,-11,-22, -1,-23,-16, -6, 27, -3, -7, -5, -7,-23,-26,-19,  0;
/M: SY='N';  M= -7,  9,-24,  8,  7,-19,-13,  5,-20,  3,-19,-12, 10,-15,  4,  0,  1, -5,-19,-25, -6,  5;
/M: SY='R';  M=-16,-10,-16,-11, -4,-20,-21, -6,-25, 21,-19,-10, -2,-21,  4, 47, -8, -8,-14,-24,-12, -4;
/M: SY='R';  M=-14,-10,-25,-12, -7, -7,-22, 11,-13,  3,-12, -4, -3,-21,  1, 16, -8, -8,-10,-16,  9, -6;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-20,-31,-26,  3,-32,-24, 29,-24, 21, 15,-25,-24,-22,-22,-17, -4, 27,-22, -2,-25;
/M: SY='V';  M= -5,-19,-16,-22,-20, -2,-25,-17, 12,-12,  3,  5,-16,-25,-17, -7, -8, -1, 21,-25, -5,-19;
/M: SY='V';  M= -5,-26,-20,-31,-25,  1,-31,-25, 27,-18, 14, 13,-23,-24,-21,-18,-15, -5, 28,-22, -3,-24;
/M: SY='T';  M= -4, -8,-17,-11, -6, -5,-18, -9,-11, -4,-11, -8, -5,-15, -6, -4,  4,  8, -7,-19,  2, -7;
/M: SY='K';  M= -6, -8,-27, -8,  0,-19,-17, -7,-19, 11,-18, -9, -5,  4,  0,  7, -6, -7,-17,-22,-10, -1;
/M: SY='K';  M= -5, -2,-23, -3,  2,-20,-17, -9,-17,  9,-19,-10, -1, -7,  0,  7, -1, -2,-11,-27,-14,  0;
/M: SY='R';  M= -8,  2,-21,  2,  2,-22,-12, -5,-21,  6,-20,-12,  3,-10,  1,  7, -1, -3,-16,-28,-14,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_04 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	52 in 52 different sequences
Number of true positive hits	52 in 52 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	11
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	82.54 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	V_Lesaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	R3H
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

52 sequences

ARP21_HUMAN (Q9UBL0), ARP21_MOUSE (Q9DCB4), CIP2_SCHPO  (Q09868),

ENC_DROME   (Q8MSX1), FAP1H_SCHPO (O74853), FAP1_YEAST  (P53971), 
HVT1_ARATH  (F4INY4), KHPB_BACSU  (Q01620), KHPB_CLOSY  (D0VX24), 
KHPB_HALH5  (Q9RCA6), KHPB_LACPL  (F9ULM5), KHPB_STRP2  (A0A0H2ZPS7), 
KHPB_STRR6  (Q8CY87), NFX1_BOVIN  (A6QLA0), NFX1_CAEEL  (Q18034), 
NFX1_HUMAN  (Q12986), NFX1_MOUSE  (B1AY10), NIH_ARATH   (F4IDQ6), 
NKRF_HUMAN  (O15226), NKRF_MOUSE  (Q8BY02), PARN_BOVIN  (P69341), 
PARN_DANRE  (Q7ZU92), PARN_HUMAN  (O95453), PARN_MOUSE  (Q8VDG3), 
PARN_PONAB  (Q5RC51), PARN_XENLA  (Q90ZA1), R3HC1_HUMAN (Q9Y3T6), 
R3HC1_MOUSE (Q8BSI6), R3HD1_HUMAN (Q15032), R3HD2_BOVIN (A0JNC2), 
R3HD2_HUMAN (Q9Y2K5), R3HD2_MOUSE (Q80TM6), R3HD4_BOVIN (Q2KIL7), 
R3HD4_HUMAN (Q96D70), R3HD4_MOUSE (Q4VBF2), RBS1_YEAST  (Q05672), 
SMBP2_HUMAN (P38935), SMBP2_MESAU (Q60560), SMBP2_MOUSE (P40694), 
SMBP2_RAT   (Q9EQN5), SPAG7_DANRE (Q7SYJ9), SPAG7_HUMAN (O75391), 
SPAG7_MOUSE (Q7TNE3), SQS1_PICGU  (A5DEF8), SQS1_PODAS  (Q875B6), 
STC_DROME   (P40798), YCF45_PORPU (P51281), YND2_SCHPO  (O74363), 
YR431_MIMIV (Q5UQM4), YTDC2_HUMAN (Q9H6S0), YTDC2_MOUSE (B2RR83), 
YTDC2_PONAB (Q5R746)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

11 sequences

NFXL1_ARATH (Q9SY59), SQS1_CANAL  (Q59UG4), SQS1_CANGA  (Q6FP19),

SQS1_DEBHA  (Q6BYP9), SQS1_EREGS  (Q75E62), SQS1_KLULA  (Q6CQ59), 
SQS1_LODEL  (A5DSB5), SQS1_VANPO  (A7TQN2), SQS1_YARLI  (Q6C233), 
SQS1_YEAS7  (A6ZRL6), SQS1_YEAST  (P53866)

» more

PDB
[Detailed view]

9 PDB

pdb_00001msz; pdb_00001ug8; pdb_00001whr; pdb_00002a1r; pdb_00002a1s; pdb_00002cpm; pdb_00002lrr; pdb_00003d45; pdb_00003gku