PROSITE entry PS50006

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50006

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	FHA_DOMAIN
Accession [info]	PS50006
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-1995 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50006
Associated ProRule [info]	PRU00086

Name and characterization of the entry

Description [info]

Forkhead-associated (FHA) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=53; TOPOLOGY=LINEAR;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=48;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.8473000; R2=0.0187000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2393.4443359; R2=1.1111112; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=1; SCORE=410; H_SCORE=2849; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!!';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=330; H_SCORE=2760; N_SCORE=7.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=276; H_SCORE=2700; N_SCORE=6.0; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; I=-20; D=-20;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V';  M= -6,-26,-15,-30,-25,  5,-29,-24, 16,-19,  7,  5,-24,-26,-22,-19,-16, -6, 18, -6,  3,-24;
/M: SY='T';  M= -8,-12,-22,-16,-11, -6,-19,-10, -6, -2, -7, -3, -6,-18, -8,  3, -2,  5, -2,-21, -3,-11;
/M: SY='I';  M=-10,-29,-24,-35,-27, 16,-30,-25, 28,-29, 22, 13,-22,-25,-25,-24,-20,-10, 19,-15,  3,-27;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='R';  M=-19, -8,-30, -8,  1,-21,-20,  5,-30, 29,-21, -9,  1,-19, 10, 62,-10,-11,-21,-21, -8,  1;
/M: SY='N';  M= -6,  4,-23, -2, -6,-16, -7,  1,-15, -3,-21,-12, 15,-10, -3,  2,  4, -3,-16,-27, -9, -7;
/M: SY='S';  M=  3, -1,-18, -4, -2,-18,-14,-14,-12, -3,-17,-12,  1, -8, -4, -5, 11, 11, -5,-30,-15, -4;
/M: SY='D';  M= -6, 16,-25, 24, 17,-29,-12, -7,-28,  3,-26,-21,  6,  1,  2, -6,  7,  1,-22,-34,-19,  9;
/I:         MI=-12; MD=-12; IM=-12; I=-4;
/M: SY='R'; D=-2;  M= -6,  1,-17,  0,  3,-16, -5, -2,-14,  4,-13, -8,  6, -6,  6,  7,  1, -4,-15,-19,-11,  4;
/I:         DM=-12;
/M: SY='C';  M= -4,-20, 45,-25,-23,-14,-22,-26, -9,-22,-10, -9,-18,-26,-23,-21, -6, -5,  5,-38,-21,-24;
/M: SY='D';  M=-18, 42,-29, 56, 20,-38,-10,  2,-36,  1,-29,-26, 21,-11,  7, -7,  1, -9,-30,-38,-19, 13;
/M: SY='V';  M= -5,-27,-10,-29,-25, -1,-26,-23, 20,-22, 15, 10,-25,-28,-21,-20,-15, -6, 25,-24, -5,-24;
/M: SY='A';  M=  2, -3,-19, -6, -7,-12,-14, -6,-10, -4,-11, -8,  0,-17, -7, -3,  2,  0, -5,-25, -7, -8;
/I:         MD=-10;
/M: SY='L'; D=-3;  M= -2,-11,-13,-11, -6, -3, -9, -5,  1,-12, 11,  6,-10,-14, -6, -9, -7, -4, -1,-15, -4, -6;
/I:         MI=0; IM=0; DM=-10; I=-5;
/M: SY='L';  M= -6,-21,-17,-25,-20,  3, -2,-19, -2,-23,  7,  4,-16,-24,-17,-19,-14,-12, -4,-17, -6,-19;
/M: SY='E';  M=-10,  9,-28, 12, 16,-27,-11, -5,-25,  6,-22,-16,  7,  1,  5,  0,  0, -5,-24,-30,-18, 10;
/M: SY='S';  M=  0,  5,-22,  6,  0,-23, -2, -5,-20,-10,-21,-16,  7, -3, -4,-12, 10, -1,-17,-33,-18, -3;
/M: SY='P';  M= -8, -5,-29, -4,  4,-26,-11, -9,-23, 10,-26,-12, -2, 15,  3,  5, -1, -6,-22,-27,-19,  2;
/M: SY='V';  M= -8,-11,-19,-12,-12,  1,-21,-15,  0,-10, -3, -3, -8,-22,-14, -4, -4, -3,  6,-24, -6,-13;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-22,-35,-28,  2,-35,-28, 38,-27, 22, 17,-25,-25,-23,-25,-19, -7, 33,-23, -3,-28;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='R';  M=-14, -4,-27, -6, -2,-21, -8, -3,-29, 20,-22,-12,  6,-19,  5, 46, -4, -6,-21,-23,-13, -2;
/M: SY='R';  M=-10, -9,-15,-14,-11, -6,-22,-10, -5,  2, -9, -2, -4,-22, -7,  4, -8, -4,  1,-22, -4,-10;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='A';  M= 23,-15, 21,-24,-18,-10, -9,-23,-14,-18, -9,-11,-14,-21,-19,-23,  0, -5, -3,-25,-18,-18;
/M: SY='Q';  M= -6, -7,-14, -8,  4,-17,-21, -9,-12, -2,-10, -6, -7,-16,  7,  0, -5, -7,-10,-24,-11,  5;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-23,-36,-28, 13,-35,-26, 33,-29, 25, 16,-24,-25,-24,-25,-21, -9, 24,-17,  3,-28;
/M: SY='Y';  M=-11,-10,-23,-13, -5,  3,-20,  5,-16, -5,-11, -7, -5,-18, -4,  0, -3, -1,-14,-10,  6, -5;
/M: SY='Y';  M=-10,-21, -6,-24,-19,  8,-27, -5, -2,-15,  2,  0,-19,-27,-14,-14,-16,-10, -2, -3, 19,-18;
/M: SY='D';  M=-10, 11,-26, 12,  6,-24,  0, -1,-23, -3,-18,-14,  9,-15,  0, -6, -2, -7,-21,-30,-16,  3;
/I:         MD=-10;
/M: SY='P'; D=-3;  M=-10, -5,-22, -6, -2, -3,-15, -3,-12, -7,-10, -6, -2,  6, -5, -5, -6, -6,-15,-19, -6, -4;
/I:         MD=-10;
/M: SY='Q'; D=-3;  M= -8,  0,-16, -2,  0,-10,-10,  2,-12, -2, -7, -3,  1,-11,  4,  1, -2,  0,-11,-16, -4,  2;
/I:         MI=0; IM=0; DM=-10; I=-5;
/M: SY='D';  M= -7,  4,-23,  6,  5,-22, -9,-10,-18, -2,-18,-13,  3,-13,  0, -2,  5,  2,-13,-30,-16,  2;
/M: SY='G';  M= -7, -1,-30, -3, -4,-22, 10,-11,-27, -5,-26,-17,  4,  0, -5, -7, -4,-12,-27,-15,-18, -5;
/M: SY='R';  M= -4, -2,-24, -5,  4,-20, -8, -2,-20,  7,-16, -8,  2,-15,  1, 10, -2, -6,-15,-25,-13,  1;
/M: SY='W';  M=-10,-28,-27,-31,-24, 15,-26,-17,  4,-20,  1, -1,-25,-27,-19,-18,-20,-12,  4, 27, 14,-20;
/M: SY='Y';  M=-10,-10,-25,-10, -3,  3,-16,  3,-10, -9, -7, -6, -6,-19, -6, -9, -5, -6,-12,-10, 15, -6;
/M: SY='L';  M= -8,-30,-21,-33,-24,  6,-33,-24, 30,-28, 35, 18,-27,-27,-22,-23,-24, -8, 22,-22, -2,-24;
/M: SY='H';  M=-11,  1,-27,  2, 11,-19,-19, 14,-21,  5,-18, -9,  3,-14,  8,  8, -4, -9,-19,-26, -6,  8;
/M: SY='D';  M=-16, 27,-14, 37,  8,-30,-17, -7,-23, -7,-21,-20, 10,-15, -6,-14, -3, -9,-17,-38,-18,  0;
/I:         MI=0; IM=0; I=-8;
/M: SY='A';  M= -8,-14,-18,-17,-14, -8, -5, -7,-10,-10, -6, -3, -8,-20,-13,-10, -8, -8, -8,-22, -7,-14;
/M: SY='S';  M=  7, -3,-16, -3, -6,-23, 20,-13,-26,-13,-30,-20,  7,-13, -6,-13, 29,  9,-16,-34,-23, -6;
/M: SY='T';  M= -2, -4,-17, -7, -1,-16,-15,-11,-15,  2,-14, -8, -1,-13, -1,  5, 11, 14, -8,-29,-12, -1;
/M: SY='N';  M= -9, 32,-20, 16,  1,-21, -2, 13,-21, -1,-29,-18, 50,-19,  4,  0, 11,  0,-28,-38,-17,  2;
/M: SY='G';  M= -1,-12,-29,-11,-20,-28, 59,-21,-35,-19,-28,-18, -3,-15,-20,-20, -1,-18,-25,-21,-29,-20;
/M: SY='T';  M=  6, -5, -4,-13,-11,-11,-17,-20, -9,-12, -9, -9, -4,-13,-11,-13, 16, 32,  1,-31,-13,-11;
/M: SY='F';  M=-16,-22,-25,-26,-18, 29,-28, -9, -1,-13,  6,  1,-18,-26,-16, -8,-18, -8, -5,  7, 25,-17;
/M: SY='V';  M= -5,-29,-17,-32,-26,  3,-31,-25, 30,-24, 25, 18,-28,-28,-23,-21,-19, -5, 32,-25, -5,-26;
/M: SY='N';  M=-11, 38,-21, 25,  5,-23, -3,  7,-23,  0,-29,-21, 49,-17,  1, -2,  9,  1,-29,-39,-20,  3;
/M: SY='G';  M= -8,  2,-26,  0,-10,-12, 21, -1,-28,-11,-23,-16, 10,-20,-12,-11, -1,-12,-24,-21,-10,-11;
/M: SY='Q';  M= -5, -7,-21,-10, -3,-17,-20, -5, -6, -1, -7, -2, -3,-18,  4,  4, -3, -3, -3,-26,-10,  0;
/M: SY='R';  M=-15,-14,-27,-14, -5, -8,-22, -8,-18, 15,-11, -6, -7,-16, -1, 36,-11, -8,-11,-19, -7, -6;
/M: SY='L';  M= -9,-24,-22,-27,-18, -1,-30,-13, 20,-22, 24, 17,-21,-24,-10,-17,-19, -7, 13,-22, -2,-15;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	159 in 157 different sequences
Number of true positive hits	154 in 152 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	5 in 5 different sequences
Number of false negative sequences	39
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	96.86 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	79.79 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	FHA
Version [info]	7

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	152 sequences ABA2_NICPL (Q40412), ABA2_PRUAR (O81360), ABA2_SOLLC (P93236), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	39 sequences ABA2_CAPAN (Q96375), AFAD_HUMAN (P55196), AFAD_MOUSE (Q9QZQ1), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	5 sequences CHSAD_CHOCO (Q0VZ70), SYA_FINM2 (B0S104), SYA_RUTMC (A1AXE0), » more
PDB [Detailed view]	107 PDB 1DMZ; 1FHQ; 1FHR; 1G3G; 1G6G; 1GXC; 1J4K; 1J4L; 1J4O; 1J4P; 1J4Q; 1K2M; » more