PROSITE logo

PROSITE entry PS50012


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] RCC1_3
Accession [info] PS50012
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2001 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00544
Associated ProRule [info] PRU00235

Name and characterization of the entry

Description [info] Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile.
Matrix / Profile [info] 
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX'; LENGTH=53; TOPOLOGY=LINEAR;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=50;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1375000; R2=0.0201000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2423.8261719; R2=1.7536232; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=367; H_SCORE=3067; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=267; H_SCORE=2892; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; I=-20; D=-20;

...
 
                A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X
/I:         B1=0;
/M: SY='G';  M=  0,-16,  0, -9,-25,-14,-15, 46,-16,-30,-22,-17,-15,-24,-18,  1,-11,-21,-24,-23, -7,-15, -8;
/M: SY='K';  M=-10, 11,  3,  1,-16,  4,  2,-15,  0,-20,-17,  9, -8,-21,-15, -4, -6,-26,-11,-16,  2,  2, -9;
/M: SY='V';  M= -1,-20,-26,-30, -8,-25,-26,-28,-26, 23, 15,-22, 10,  3,-27,-13, -3,-25, -6, 31,-27,-26, -9;
/M: SY='Y';  M=-16,-14,-20,-25,-25,-18,-20,-27,  0,  1,  6,-17,  1, 34,-28,-19, -9, 18, 46, -3,-23,-20,-10;
/M: SY='S';  M= 12,-14, -2,-11, -6,-10,-10, -1,-17,-13,-16,-12,-12,-16,-13, 17, 15,-30,-17, -2, -6,-10, -2;
/M: SY='W';  M=-16,-20,-30,-35,-21,-24,-27,-23,-26,-10, -5,-23,-10, 20,-29,-27,-17, 70, 18,-13,-32,-22,-15;
/M: SY='G';  M=  0,-19,  0, -9,-29,-19,-19, 68,-19,-39,-29,-19,-19,-29,-19,  0,-19,-19,-29,-29, -9,-19, -9;
/M: SY='S';  M= -5, -3, -4,-11,  0, -7,-10,-18,-10,-11, -7, -8, -4,-10,-20,  0,  0,-27, -8, -6, -7, -9, -8;
/M: SY='G';  M= -2,-12, 12, -3,-23,-12,-10, 18,-10,-22,-19,-12,-15,-12,-17,  0, -9,-19,-16,-21,  2,-11, -8;
/M: SY='D';  M= -6,  3,  8, 12,-22,  5, 11,-11, -4,-22,-21,  2,-16,-24,-11,  7,  2,-31,-16,-17, 10,  7, -6;
/M: SY='Q';  M=-11,  0, -1, -3,-14,  3, -2,-19,  5,-14,-11, -2, -2,-12,-19, -6, -6,-21,  0,-12, -1,  0, -9;
/I:         MI=-30; MD=-10; IM=-30; I=-10;
/M: SY='n'; D=10;  M=  0,  0,  4,  2, -2,  0,  0,  0,  0, -2, -3,  0, -2, -2, -1,  2,  0, -4, -2, -2,  3,  0,  0;
/I:         MD=-28; DM=-28;
/M: SY='n'; D=10;  M= -1,  0,  1,  1,  0,  0,  1, -1,  1, -3, -2,  0, -2, -3, -2,  0, -1, -4, -1, -3,  2,  0, -1;
/I:         DM=-10;
/M: SY='G';  M= -5,-11,  0,-10,-20,-14,-16, 32, -6,-29,-22,-13,-14,-16,-21, -3,-14,-17,-11,-23, -8,-16,-10;
/M: SY='Q';  M= -2,  5, -2, -3,-22, 31, 13,-17,  0,-16,-16,  5, -4,-30,-11,  0, -7,-22,-12,-18, -2, 22, -8;
/M: SY='L';  M= -9,-20,-28,-29,-13,-20,-20,-29,-20, 18, 39,-27, 17,  6,-26,-26, -9,-21, -2, 11,-28,-20,-10;
/M: SY='G';  M=  0,-18,  0, -8,-28,-17,-17, 60,-18,-37,-27,-18,-18,-27,-19,  0,-18,-19,-27,-28, -8,-17, -9;
/I:         MI=-30; MD=-15; IM=-30; I=-10;
/M: SY='l'; D=-5;  M=-10,  1,-13,-19,-19, -7,-12,-22, -5,  5, 13, -9,  7,  0,-20,-15, -7,-14,  2,  2,-17,-11, -8;
/I:         MD=-15; DM=-15;
/M: SY='g'; D=-5;  M= -2, -9, -3, -3,-18, -7, -4,  9,-10,-15,-11, -8, -8,-15, -5, -1, -5,-18,-12,-11, -5, -6, -6;
/I:         MD=-25; DM=-25;
/M: SY='t'; D=-5;  M= -4, -6,  0,  5,-20,  1,  9,-13, -6,-17,-16, -1,-11,-21,  1,  4,  6,-27,-14,-13,  3,  5, -5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='s'; D=-5;  M= -5, -7,  6,  9,-21, -1,  6, -7, -5,-20,-19, -3,-14,-20, -4,  5,  0,-30,-15,-17,  7,  2, -6;
/I:         DM=-25;
/M: SY='e'; D=-5;  M= -4, -4, -2, -1,-23,  0,  7,-10, -8,-12, -9, -1, -5,-17,-13, -4, -7,-24,-13,-10, -1,  3, -8;
/I:         DM=-25;
/M: SY='d'; D=-5;  M=-10,  3,  1,  6,-24,  3,  8,-17, -3,-17,-13,  4, -7,-18,-10, -4, -5,-25,-10,-15,  4,  5, -8;
/I:         DM=-25;
/M: SY='e'; D=-5;  M= -7,  0,  2,  8,-25,  2, 10, -7, -7,-21,-19,  2,-12,-23, -6,  0, -6,-26,-15,-18,  5,  5, -8;
/I:         DM=-25;
/M: SY='e'; D=-5;  M= -6,  0,  0,  0,-17, -1,  3,-13, -9,-13,-14, -1, -9,-17,-14,  2, -1,-27,-13, -7,  0,  0, -7;
/I:         DM=-15;
/M: SY='a'; D=-5;  M=  1, -5, -4, -8,-15, -2,  0,-10, -7,-11, -7, -4, -5,-15,-15, -2, -3,-23,-11, -8, -5, -1, -7;
/I:         MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-15; I=-5;
/M: SY='P';  M= -9,-19,-19, -9,-39, -9,  0,-19,-19,-19,-29, -9,-19,-29, 88, -9, -9,-29,-29,-29,-19, -9, -9;
/M: SY='T';  M= -3,  0, -6,-11,-17,  1, -4,-18,-13, -7, -9, -2, -5,-16,-15,  1,  8,-21,-10, -3, -8, -2, -6;
/M: SY='L';  M= -9,  2, -8, -8,-21,  2,  1,-22, -8,-10, -5,  1, -3,-18, -4,-11, -9,-24,-11,-11, -9,  0,-10;
/M: SY='V';  M= -5,-17,-18,-27,-14,-20,-23,-26,-22, 22, 11,-20, 11,  0,-24,-11, -1,-25, -6, 25,-22,-23, -9;
/I:         MI=-30; MD=-15; IM=-30; I=-10;
/M: SY='p'; D=-5;  M= -5, -2, -7, -6,-23, -2,  0,-11, -9,-12,-13,  0, -7,-17,  8, -4, -4,-20,-11,-11, -8, -3, -7;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='l'; D=-5;  M= -3, -9, -7,-10,-22, -8, -7, -7,-13, -9, -2,-11, -4, -9,-13, -5, -5,-18,-10, -8, -9, -7, -7;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='l'; D=-5;  M= -8, -7,-13,-17,-22,-11, -8,-21,-14,  0,  9, -8,  2,  0,-12,-14, -4,-17, -2, -3,-15,-10, -8;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='n'; D=-5;  M= -1, -3,  5,  3,-20,  0,  2, -6, -5,-18,-18, -1,-12,-20, -1,  3, -1,-22,-14,-17,  3,  1, -6;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='t'; D=-5;  M= -3, -4,  1,  0,-17, -3,  0, -6, -8,-13,-12, -3, -9,-12, -9,  2,  1,-21,-11, -9,  1, -1, -5;
/I:         MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-15; I=-5;
/M: SY='K';  M= -6, -1,  3,  1,-25, -2,  0,-14, -2,-14,-19,  1,-10,-21, -2, -2, -5,-28,-13,-13,  1, -2, -8;
/M: SY='V';  M= -5,-23,-24,-34,-13,-25,-28,-31,-27, 28, 11,-24, 10,  5,-26,-15, -6,-17, -2, 30,-29,-28,-10;
/M: SY='V';  M= -4, -5,-14,-18,-14,-11,-13,-25,-19,  6,  0, -6,  2,-10,-21, -8, -3,-26, -9, 12,-16,-13, -9;
/M: SY='Q';  M= -4, -3,  0,  2,-20, 12,  4,-10,  0,-19,-19,  0, -9,-23,-13,  6, -1,-25, -7,-17,  0,  7, -7;
/M: SY='V';  M=  0,-22,-24,-32,-16,-25,-27,-29,-27, 28, 14,-23, 11,  3,-25,-13, -4,-23, -5, 33,-28,-27, -9;
/M: SY='A';  M= 25,-17, -6,-16,-14,-10, -9,  0,-18,-12,-14,-12,-11,-13,-12, 11,  2,-19,-15, -4, -9,-10, -2;
/M: SY='C';  M= 12,-20, -9,-18, 25,-15,-16, -5,-21,-18,-17,-17,-13,-19,-18,  6,  0,-33,-22, -6,-12,-16, -7;
/M: SY='G';  M=  0,-19,  0, -9,-28,-19,-19, 64,-19,-38,-29,-19,-19,-28,-19,  1,-15,-20,-28,-28, -9,-19, -9;
/M: SY='G';  M= -1, -7,  5,  4,-25, -1,  2, 15, -7,-29,-24, -4,-17,-26,-13,  3, -7,-22,-19,-23,  3,  0, -8;
/M: SY='D';  M=-11, -5,  5,  5,-25,  5,  1,-15, 14,-17,-15, -5, -5,-13,-17, -3, -8,-15,  3,-18,  5,  2, -9;
/M: SY='H';  M=-16, -4,  1, -8,-20,  2, -5,-21, 62,-21,-12,-12,  0, -9,-21, -9,-14,-26, 13,-20, -6, -4, -9;
/M: SY='T';  M=  1,-12,  1,-10, -7, -9, -9,-10,-16,-10,-12,-13, -9,-11,-14, 17, 23,-31,-13, -3, -4, -9, -3;
/M: SY='V';  M= -2,-19,-23,-29,-14,-22,-23,-25,-21, 15, 14,-22,  7, 10,-26,-14, -6,-16,  1, 18,-25,-23, -9;
/M: SY='A';  M= 18,-21,-15,-26, -4,-16,-18,-16,-21,  4,  2,-18,  2, -5,-18, -3, -3,-21,-10,  8,-18,-17, -5;
/M: SY='L';  M= -6,-17,-26,-29,-18,-20,-21,-27,-21, 19, 32,-24, 15,  5,-27,-21, -6,-21, -2, 16,-27,-21, -9;
/M: SY='T';  M= -1,-13, -1, -1,-13,-10, -6,-12,-16,-11, -9,-12,-10,-13,-14,  8, 16,-30,-13, -3,  0, -8, -4;
/M: SY='E';  M= -1, -1,  1,  0,-22,  5,  9,-15, -5,-15,-16,  2,-10,-22, -8,  4,  0,-28,-13,-12,  0,  6, -6;
/M: SY='D';  M= -8, -1, 13, 27,-25,  4, 15, -8, -3,-29,-26,  5,-21,-30, -7,  5, -3,-33,-18,-23, 21,  9, -7;
/I:         E1=0;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_04 which contains 571'864 sequence entries.


Total number of hits 427 in 94 different sequences
Number of true positive hits 412 in 80 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 15 in 14 different sequences
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 96.49 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 99.52 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 19
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] RCC1
Version [info] 6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences		 80 sequences 

ALS2_DROME  (Q9VNZ8), ALS2_HUMAN  (Q96Q42), ALS2_MOUSE  (Q920R0), 

ALS2_PANTR  (Q5BIW4), ALS2_RAT(P0C5Y8), ATS1_YEAST  (P31386), 
BTB1_SCHPO  (O74881), FBX24_HUMAN (O75426), FBX24_MACFA (Q4R327), 
FBX24_MOUSE (Q9D417), GACGG_DICDI (Q54VW7), GEFC_DICDI  (Q8IS20), 
HERC1_HUMAN (Q15751), HERC2_DROME (Q9VR91), HERC2_HUMAN (O95714), 
HERC2_MOUSE (Q4U2R1), HERC3_HUMAN (Q15034), HERC4_HUMAN (Q5GLZ8), 
HERC4_MOUSE (Q6PAV2), HERC4_RAT   (Q5PQN1), HERC5_HUMAN (Q9UII4), 
HERC6_HUMAN (Q8IVU3), HERC6_MOUSE (F2Z461), HIW_DROME   (Q9NB71), 
IBTK_HUMAN  (Q9P2D0), IBTK_MOUSE  (Q6ZPR6), IBTK_XENLA  (Q6NRS1), 
MYCB2_DANRE (F1RD40), MYCB2_HUMAN (O75592), MYCB2_MOUSE (Q7TPH6), 
NEK8_DANRE  (Q90XC2), NEK8_HUMAN  (Q86SG6), NEK8_MOUSE  (Q91ZR4), 
NEK8_RAT(D3ZGQ5), NEK9_HUMAN  (Q8TD19), NEK9_MOUSE  (Q8K1R7), 
NEK9_XENLA  (Q7ZZC8), POF9_SCHPO  (O74381), PRAF1_ARATH (Q947D2), 
RCBT1_HUMAN (Q8NDN9), RCBT1_MOUSE (Q6NXM2), RCBT2_HUMAN (O95199), 
RCBT2_MOUSE (Q99LJ7), RCBT2_PONAB (Q5RCZ7), RCBT2_RAT   (Q6P798), 
RCC1L_HUMAN (Q96I51), RCC1L_MOUSE (Q9CYF5), RCC1_CAEEL  (Q18211), 
RCC1_CANAX  (P52499), RCC1_DROME  (P25171), RCC1_HUMAN  (P18754), 
RCC1_MESAU  (P23800), RCC1_MOUSE  (Q8VE37), RCC1_SCHPO  (P28745), 
RCC1_XENLA  (P25183), RCC1_YEAST  (P21827), RCC2_DANRE  (Q6NYE2), 
RCC2_HUMAN  (Q9P258), RCC2_MOUSE  (Q8BK67), RCC2_XENLA  (Q52KW8), 
RCCD1_HUMAN (A6NED2), RCCD1_MACFA (Q4R828), RCCD1_MOUSE (Q8BTU7), 
RCCDA_DICDI (Q54X24), RCCDB_DICDI (P0C7G9), RCCDC_DICDI (Q54Q89), 
RPGRH_CAEEL (Q5DX34), RPGR_CANLF  (Q9N1T2), RPGR_HUMAN  (Q92834), 
RPGR_MOUSE  (Q9R0X5), RPM1_CAEEL  (Q17551), RUG3_ARATH  (Q9FJG9), 
SAF1_YEAST  (P38352), SPKUL_DICDI (Q8SSY6), SRGEF_BOVIN (Q3MHW0), 
SRGEF_HUMAN (Q9UGK8), SRGEF_MOUSE (Q80YD6), TIRA_DICDI  (Q54HT1), 
UVR8_ARATH  (Q9FN03), YF94_SCHPO  (O42645)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences		 2 sequences 

FMP25_YEAST (Q08023), TITIN_MOUSE (A2ASS6)


				
	

	

		UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences		
		
			14 sequences
			


			
CKI4_ORYSJ  (Q75J39), MURQ_KLEAE  (Q8GC81), MURQ_PHOLL  (Q7N9D8), 

			
MURQ_PROMT  (Q46L21), MURQ_SALRD  (Q2S6G3), MURQ_STAA3  (Q2FK71), 
MURQ_STAA8  (Q2G1G6), MURQ_STAAB  (Q2YUY9), MURQ_STAAC  (Q5HJI1), 
MURQ_STAAM  (Q99X30), MURQ_STAAN  (Q7A805), MURQ_STAAR  (Q6GKB5), 
MURQ_STAAS  (Q6GCT5), MURQ_STAAW  (Q7A1Y2)


			
			» more
			


				
	

	

		PDB
[Detailed view]		
		
			40 PDB
			


			1A12; 1I2M; 3KCI; 3MVD; 3OF7; 4D4O; 4D4P; 4D4Q; 4D9S; 4DNU; 4DNV; 4DNW; 
			
				4JHN; 4JHP; 4L1M; 4NAA; 4NBM; 4NC4; 4O2W; 4QAM; 4X33; 5GWN; 5HQ2; 5T94; 
				5TBK; 5XGS; 6DD7; 6XZL; 6XZM; 6XZN; 7Q40; 7Q41; 7Q42; 7Q43; 7Q44; 7Q45; 
				7Q46; 7VGG; 8GQE; 8UX1
			
			

			» more