PROSITE entry PS50046
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | PHYTOCHROME_2 |
| Accession [info] | PS50046 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-NOV-1997 CREATED;
07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00218 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Phytochrome chromophore attachment site domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=158; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=153; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.2839000; R2=0.0153727; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1935.4498291; R2=23.9292240; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=535; H_SCORE=14738; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=405; H_SCORE=11627; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='N'; M= -7, 29,-18, 20, 1,-21, -5, 0,-21, -3,-26,-20, 36,-15, -2, -5, 14, 11,-22,-38,-18, 0; /M: SY='I'; M= -6,-23,-21,-28,-20, 0,-26,-19, 23,-24, 21, 17,-18,-22,-14,-20,-12, -4, 13,-24, -4,-18; /M: SY='R'; M=-13, 7,-28, 6, 20,-25,-16, 0,-28, 21,-23,-15, 11,-12, 11, 29, -3, -8,-25,-27,-15, 14; /M: SY='D'; M=-15, 13,-28, 22, 19,-28,-18, -1,-24, 3,-12,-12, 2,-12, 13, 4, -6,-10,-23,-29,-14, 16; /M: SY='L'; M= -8,-24,-18,-30,-23, 13,-30,-24, 18,-24, 19, 9,-21,-24,-23,-20,-13, 3, 18,-19, 1,-23; /M: SY='C'; M=-13,-26, 18,-30,-25, 18,-30,-17, -1,-27, 15, 2,-24,-33,-25,-21,-21,-10, -1,-15, 10,-25; /M: SY='D'; M=-18, 32,-30, 46, 14,-30,-15, 5,-31, 0,-24,-21, 11,-13, 8, -7, -3,-10,-27,-26, -4, 10; /M: SY='T'; M= 4,-14,-13,-20,-17, -8,-21,-23, 9,-16, -3, -1,-11,-17,-16,-17, 7, 17, 17,-29,-11,-17; /M: SY='I'; M= 3,-21,-18,-28,-22, -4,-26,-23, 22,-20, 11, 13,-19,-20,-17,-20, -8, 3, 21,-24, -7,-21; /M: SY='V'; M= 8,-27,-10,-28,-27, -3,-25,-28, 24,-18, 7, 7,-27,-27,-27,-20, -7, 0, 42,-28,-12,-27; /M: SY='E'; M= -9, 5,-27, 9, 35,-30,-20, -1,-24, 11,-19,-12, 0, -5, 25, 4, 2, -1,-25,-27,-15, 30; /M: SY='E'; M= -8, 12,-27, 22, 49,-30,-17, -1,-30, 7,-22,-21, 3, -2, 16, -2, 5, -6,-27,-32,-20, 32; /M: SY='V'; M= 6,-27,-13,-30,-27, -3,-27,-28, 27,-20, 8, 8,-25,-25,-25,-22, -8, -2, 39,-27,-10,-27; /M: SY='R'; M=-16,-10,-27,-11, -1,-12,-19, -2,-25, 19,-18, -9, -1,-19, 9, 48, -6, -7,-18,-19, -7, 1; /M: SY='E'; M=-13, -3,-28, 0, 9,-20,-23, -6, -9, 1, -4, -4, -5,-15, 9, 8,-10,-10,-12,-24,-10, 7; /M: SY='F'; M= -4,-26,-18,-32,-22, 25,-24,-17, 9,-24, 25, 14,-23,-26,-22,-19,-19, -8, 5,-11, 6,-20; /M: SY='T'; M= -5,-14,-15,-19,-15, -1,-25,-20, 4,-19, 18, 4,-14,-19,-15,-15, -3, 22, 5,-25, -5,-15; /M: SY='G'; M= -3, -1,-29, -4,-12,-29, 46,-14,-35, -6,-30,-18, 9,-18,-12, -9, 0,-15,-28,-23,-25,-12; /M: SY='Y'; M= -3,-18,-19,-23,-20, 18,-24, -5, 2,-14, 0, -1,-17,-24,-17,-14, -8, 2, 4, 1, 30,-20; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='M'; M= -9,-20,-22,-27,-18, -5,-25,-11, 18, -5, 11, 35,-18,-20, -6, -8,-17, -9, 14,-21, -3,-13; /M: SY='V'; M= 1,-28,-16,-31,-25, 1,-29,-26, 26,-23, 21, 12,-26,-26,-24,-22,-15, -4, 31,-25, -7,-25; /M: SY='Y'; M=-20,-21,-29,-23,-21, 37,-30, 14, 0,-13, 1, 0,-20,-30,-14,-11,-20,-10, -9, 27, 73,-21; /M: SY='K'; M=-13, -3,-30, -3, 8,-28,-20, -5,-29, 41,-26, -9, 0,-13, 15, 40, -9,-10,-21,-20,-10, 10; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='H'; M= -8, 19,-25, 20, 4,-26,-11, 39,-28, -6,-23,-13, 17,-16, 3, -6, -1,-11,-25,-33, -4, 1; /M: SY='E'; M= 5, 4,-21, 8, 31,-25,-11, -6,-24, 1,-22,-18, 2, -5, 9, -6, 14, 1,-19,-32,-20, 20; /M: SY='D'; M=-14, 33,-26, 41, 13,-33,-12, 0,-30, 0,-25,-21, 19,-11, 7, -6, 4, 1,-25,-35,-17, 10; /M: SY='W'; M=-13, 1,-35, 4, -3,-18, 7,-13,-30,-10,-26,-22, -1,-19, -8,-13,-11,-17,-30, 24, -7, -4; /M: SY='H'; M= 0, -2,-21, -3, -2,-20,-11, 48,-24,-10,-22, -8, 7,-15, 4, -6, 8, -5,-19,-32, 2, -2; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='E'; M=-10, 12,-27, 19, 38,-30,-19, -2,-27, 6,-20,-17, 3, -4, 19, -1, 3, -1,-25,-30,-17, 28; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='I'; M= -5,-30,-19,-34,-28, 2,-34,-28, 36,-25, 20, 15,-26,-26,-25,-24,-17, -5, 36,-25, -5,-28; /M: SY='A'; M= 27,-10,-10,-16,-11,-15, -8,-20, -6,-12,-11, -9, -8,-13,-11,-17, 14, 11, 6,-27,-17,-11; /M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20, 0,-30, 10,-20,-20, 0, 0, 20, 0, 0,-10,-30,-30,-20, 40; /M: SY='S'; M= 8, -3, -3, -4, -7,-19,-11,-16,-10,-13,-17,-13, -1,-16, -9,-16, 15, 6, -1,-35,-18, -9; /M: SY='K'; M= -8,-12, -8,-14,-11,-15,-24, -2, -9, 4,-12, -3,-10,-21, -8, 4, -7, -2, 3,-28, -7,-11; /M: SY='R'; M= -5, 6,-24, -1, -1,-21,-11, -1,-24, 17,-23,-13, 17,-17, 4, 30, -1, -5,-20,-26,-15, -1; /I: MD=-17; /M: SY='E'; M=-10, 11,-24, 17, 18,-24,-12, -2,-25, 5,-22,-17, 7, 2, 5, 6, 2, -5,-22,-27,-16, 11; D=-3; /I: MD=-17; /M: SY='D'; M= -1, 19,-18, 26, 5,-24, 3, -5,-23, -4,-18,-17, 7, -8, -4,-10, 2, -6,-16,-23,-15, 1; D=-3; /I: MD=-17; /M: SY='L'; M= 2,-16,-12,-19,-12, 0,-14,-10, 9,-13, 19, 18,-16,-16, -8,-12,-12, -5, 5,-14, -3,-10; D=-3; /I: MD=-17; /M: SY='E'; M= -7, 1,-19, 6, 29,-15,-15, -3,-13, 1, -3, -8, -5, -5, 8, -3, -5, -7,-15,-19,-11, 18; D=-3; /I: MD=-17; /M: SY='P'; M= -7,-14,-28, -7, 0,-21,-14,-14,-14, -7,-21,-14,-14, 63, -7,-14, -7, -7,-21,-21,-21, -7; D=-3; /I: I=-5; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='Y'; M=-12,-15,-19,-15,-14, 18,-21, 8, 3,-10, 8, 3,-15,-21, -9, -9,-15, -7, -4, 13, 43,-14; D=-3; /I: DM=-17; /M: SY='L'; M= -7,-21,-15,-22,-15, 6,-22,-15, 18,-21, 31, 14,-20,-20,-14,-15,-20, -7, 10,-14, 0,-15; D=-3; /I: DM=-17; /M: SY='G'; M= 0, -7,-21, -7,-14,-21, 49,-14,-28,-14,-21,-14, 0,-14,-14,-14, 0,-14,-21,-14,-21,-14; D=-3; /I: DM=-17; /M: SY='L'; M= -7,-21,-14,-21,-14, 7,-21,-14, 14,-21, 35, 14,-21,-21,-14,-14,-21, -7, 7,-14, 0,-14; D=-3; /I: DM=-17; /M: SY='H'; M=-17, 6,-30, 9, 0,-25, -4, 66,-33,-10,-23, -8, 10,-19, 4, -5, -7,-19,-30,-30, 6, -2; /M: SY='Y'; M=-20,-23,-27,-26,-23, 45,-30, 8, 0,-16, 3, 0,-20,-30,-19,-13,-20,-10, -7, 24, 65,-23; /M: SY='P'; M= -8,-18,-13,-12, -4,-28,-20,-21,-21,-13,-29,-20,-17, 62,-12,-21, -6, -7,-25,-34,-29,-12; /M: SY='A'; M= 15, -9,-19,-12, 0,-20,-13,-14,-12, 6,-13, -8, -9,-13, -3, 4, -1, -4, -2,-23,-15, -2; /M: SY='T'; M= 9, 0,-13, -4, 4,-17,-11,-14,-16, -7,-17,-14, 1, -8, -3,-10, 21, 24, -7,-31,-16, 1; /M: SY='D'; M=-17, 26,-28, 38, 6,-26,-18, -8,-17, -9,-10,-15, 6,-15, -6,-15, -8,-10,-15,-34,-14, -1; /I: MD=-22; /M: SY='I'; M= -8,-25,-25,-34,-25, 0,-34,-25, 42,-25, 17, 17,-17,-17,-17,-25,-17, -8, 25,-17, 0,-25; D=-4; /I: I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22; /M: SY='P'; M= -7,-14,-28, -7, 0,-21,-14,-14,-14, -7,-21,-14,-14, 63, -7,-14, -7, -7,-21,-21,-21, -7; D=-4; /I: I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22; /M: SY='Q'; M= -5, 0,-16, 0, 11,-22,-11, 5,-11, 5,-11, 0, 0, -5, 32, 5, 0, -5,-16,-11, -5, 22; D=-4; /I: I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22; /M: SY='P'; M= 18,-10,-15,-11, -4,-17, -6,-14,-10, -7,-13,-10,-10, 22, -7,-14, 1, -3, -9,-17,-17, -7; D=-4; /I: I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22; /M: SY='A'; M= 17, -3,-10, -6, 0,-17, -3, -7,-11, -4,-13, -8, -1, -7, 6, -7, 12, 3, -7,-18,-12, 3; D=-4; /I: I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22; /M: SY='R'; M= -3, -7,-18, -9, -2,-14,-11, -3,-18, 15,-12, -7, -2,-12, 4, 34, -4, -5,-11,-14, -9, -2; D=-4; /I: DM=-22; /M: SY='F'; M=-15,-11,-24,-18,-15, 19, -7,-10,-18, -7,-11, -9, 1,-24,-17, 9,-10,-10,-15,-11, 2,-15; /M: SY='L'; M= -2, -9,-22, -6, 0, -8,-21,-14, -1,-16, 18, 2,-15,-19, -9,-15,-15, -8, -4,-25, -9, -5; /M: SY='F'; M=-14,-13,-22,-17, 1, 32,-25,-14,-11,-15, -2, -8,-11,-18,-17,-12, -8, -1, -9, -8, 8, -5; /M: SY='I'; M=-10,-22,-27,-28,-18, -5,-30,-18, 22, -9, 14, 21,-17,-19,-10,-11,-19,-10, 12,-20, -2,-16; /M: SY='Q'; M= -3, 3,-27, 5, 4,-30, -1, 8,-28, 4,-23,-11, 3,-14, 12, 4, -2,-11,-23,-24,-12, 7; /M: SY='N'; M=-13, 43,-23, 35, 6,-26, -3, 7,-26, 0,-30,-23, 48,-17, 0, -3, 7, -3,-30,-40,-20, 3; /I: MD=-23; /M: SY='R'; M= -9, -5,-22, -3, 5,-20,-14, -3,-18, 16,-17, -7, -3, 4, 12, 20, -5, -7,-17,-15,-10, 7; D=-4; /I: I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='V'; M= -4,-18,-13,-19,-16, -3,-21,-16, 14, -7, 4, 5,-15,-18,-13, -1, -8, -3, 21,-18, -6,-16; D=-4; /I: I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='R'; M=-12, -5,-21, -5, 2,-15,-14, -2,-21, 24,-15, -7, 0,-12, 7, 42, -7, -7,-14,-14, -7, 2; D=-4; /I: I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='M'; M= -6,-15,-13,-21,-15, 0,-15, -4, 15, -8, 13, 35,-15,-15, -4, -8,-13, -6, 12,-15, -1,-10; D=-4; /I: I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='I'; M= -7,-21,-21,-28,-21, 0,-28,-21, 35,-21, 14, 14,-14,-14,-14,-21,-14, -7, 21,-14, 0,-21; D=-4; /I: DM=-23; /M: SY='P'; M= 2,-21, 0,-20,-14,-20,-21,-24, -9,-16,-16,-12,-21, 23,-18,-22, -7, -6, -3,-32,-24,-18; /M: SY='D'; M=-14, 16, 19, 24, -3,-28,-19,-14,-26,-12,-21,-21, 0,-22,-14,-18, -5, -8,-11,-41,-21, -8; /M: SY='C'; M=-13,-13, 37,-17,-22, 10,-27,-22,-15,-24, -9,-12,-15,-31,-28,-23,-11, -9, -2,-28, -8,-24; /M: SY='N'; M= 1, 0,-19, -7, -9, -9,-14, -4, -8, 0,-15, -8, 6,-20, -7, -5, 1, -2, -6,-19, 3, -9; /M: SY='A'; M= 25, -1,-19, -3, -8,-26, 18,-17,-23,-11,-19,-16, -3,-13,-11,-18, 6, -7,-13,-23,-23,-10; /M: SY='H'; M= -5, -7,-18, -8, -7,-15,-18, 18,-12, -6,-15, -5, -1,-17, -4, -5, 6, 5, -3,-31, -3, -7; /M: SY='Y'; M= -8,-15,-31,-13, -7, -8,-20, 8,-15, -4,-16, -9,-13, 12, -5, -1,-10,-10,-18, -9, 13,-10; /M: SY='V'; M= 0,-25,-15,-26,-22, -4,-25,-23, 15,-13, 9, 6,-23,-26,-20, -6,-11, -3, 28,-26,-10,-22; /M: SY='R'; M=-13, -6,-31, -3, 12,-24,-21, -7,-26, 25,-20,-11, -4, 0, 7, 29,-10,-10,-21,-23,-14, 7; /M: SY='V'; M= -6,-21,-19,-21,-15, -7,-27,-21, 8, -1, 9, 7,-21,-24,-15, -4,-16, -6, 17,-24, -7,-15; /M: SY='Y'; M= -6,-18,-17,-20,-19, 6,-24, -9, 7,-15, 2, 1,-17,-24,-16,-14, -3, 5, 12,-12, 17,-19; /M: SY='Q'; M=-15, -6,-31, -4, 8,-29,-20, 17,-25, 10,-21, -6, -1, -2, 28, 23, -6,-12,-27,-23, -8, 15; /M: SY='D'; M= -4, 23,-24, 33, 23,-31, -9, -4,-30, -1,-25,-23, 10, -7, 4, -9, 9, -3,-23,-35,-20, 13; /I: MD=-27; /M: SY='M'; M= -7, -4,-17, -2, 3,-10,-16, -7, -2, -2, 2, 7, -8,-12, -2, -5, -9, -6, -1,-20, -7, 1; D=-5; /I: I=-5; MI=0; IM=0; DM=-27; /M: SY='G'; M= 0, -4,-23, -3, -2,-25, 22,-12,-30, -3,-28,-18, 4,-14, -4, -1, 12, -3,-21,-28,-22, -4; /M: SY='R'; M=-13,-14,-24,-15, -4,-12,-23, -7, -9, 2, 5, 2,-10,-21, 6, 21,-12, -4, -9,-21, -7, -1; /M: SY='I'; M= -5,-12,-21,-20,-17, -9,-25,-20, 17,-14, -1, 3, -4,-18,-13,-16, -1, 3, 13,-28, -8,-17; /M: SY='R'; M=-10,-11,-23,-12, -1,-14,-20, -5,-13, 5,-14, -4, -5,-18, 13, 18, -1, -4, -8,-22, -8, 5; /M: SY='A'; M= 21, -8,-21,-10, -5,-19, -8,-18,-15,-10,-17,-14,-10, 17,-10,-19, 3, -3,-11,-24,-20, -9; /M: SY='I'; M= -5,-22,-18,-28,-23, -1,-30,-24, 24,-21, 15, 12,-19,-21,-19,-20, -9, 8, 23,-25, -5,-22; /M: SY='N'; M= -8, 8, 5, 6, 4,-23,-13, -7,-26, -3,-24,-19, 11,-17, -2, 0, 8, 3,-19,-37,-20, 0; /M: SY='D'; M=-16, 8,-26, 16, 0,-15,-20, 4,-12,-15, 7, -4, -4,-20, -8,-13,-15,-11,-12,-30, -6, -5; /M: SY='T'; M= -1,-15, -4,-21,-18, -9,-24,-23, 9,-19, -4, -2,-10,-19,-16,-19, 6, 15, 14,-31,-11,-18; /M: SY='N'; M= -5, 5,-25, 3, 6,-18, 10, -2,-25, -6,-24,-17, 11,-15, -2, -8, 6, -5,-24,-23,-10, 1; /M: SY='G'; M= 2, 2,-20, 0, -5,-24, 19,-10,-27, -4,-30,-19, 12,-14, -5, -7, 18, 2,-20,-32,-22, -5; /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; /M: SY='T'; M= -4, -3,-10, -8, -7, -6,-14, 3, -2, -8, -4, -1, -1, -8, -4, -7, 3, 13, -1,-16, -1, -7; D=-6; /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='L'; M= -7,-16,-13,-16,-12, 8,-17, -6, 9,-15, 22, 9,-16,-17,-10,-10,-16, -6, 3, -5, 10,-12; D=-6; /I: I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='R'; M= 12, -9,-19,-14, -6,-19,-12,-11,-19, 8,-14,-10, -4,-14, -1, 21, 2, 2, -9,-21,-14, -6; /M: SY='A'; M= 17, 1,-15, -1, -5,-22, 5,-15,-20,-10,-21,-17, 2,-11, -7,-15, 17, 8,-10,-29,-20, -6; /M: SY='P'; M= -2,-24,-26,-24,-15,-10,-25,-23, 10,-20, 6, 2,-23, 15,-17,-22,-15, -8, 4,-25,-14,-19; /M: SY='H'; M= -4, 3,-22, 3, -2,-16,-14, 29,-21, -9,-18,-10, 4,-16, 0, -8, 5, 1,-17,-25, 6, -3; /M: SY='N'; M= -5, 8,-25, 8, -3,-26, 12, 2,-29,-10,-29,-19, 13, -2, -5,-11, 8, -5,-26,-33,-20, -5; /M: SY='C'; M=-10,-20, 93,-27,-25,-22,-28,-28,-28,-27,-22,-20,-20,-18,-27,-28,-10,-10,-13,-47,-30,-27; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='I'; M= -2,-17,-23,-21,-12,-10,-24,-17, 5, -5, 4, 3,-12,-18, -8, 0, -9, -3, 3,-22, -7,-12; /M: SY='Q'; M= -8, 0,-28, 0, 17,-34, -8, 2,-23, 4,-20, -6, 0,-10, 37, 3, 2, -5,-27,-22,-14, 27; /M: SY='Y'; M=-17,-22,-32,-22,-17, 15,-27, 5, -4,-12, 0, -1,-22,-27, -4,-10,-22,-13,-14, 38, 50,-12; /M: SY='L'; M=-10,-27,-20,-30,-20, 7,-27,-13, 20,-23, 40, 34,-27,-27,-13,-17,-27,-10, 10,-20, 0,-17; /M: SY='K'; M= 3, -6,-22, -7, 7,-20,-16,-11,-17, 10,-11, -9, -5,-12, 2, 8, -1, -2,-12,-24,-13, 4; /M: SY='N'; M= -3, 14,-24, 5, 2,-25, -8, 13,-20, -2,-24,-13, 24, -3, 9, -3, 3, -5,-26,-31,-15, 4; /M: SY='M'; M=-14,-18,-23,-25,-18, 11,-23, 17, 6,-13, 9, 35,-15,-23, -5,-10,-18,-12, -1,-12, 17,-12; /M: SY='G'; M= -6, 1,-30, 4, 5,-34, 25, -7,-33, -6,-26,-15, 2,-14, 10, -8, 0,-15,-30,-23,-22, 8; /M: SY='V'; M= 3,-20,-10,-20,-20, -7,-20,-23, 13,-17, -4, 0,-16,-23,-20,-17, 7, 7, 30,-33,-13,-20; /M: SY='K'; M= -7,-15,-26,-17,-11,-15,-17,-19, 0, 6, -4, 2,-12,-19, -9, -1,-13,-10, 3,-21, -9,-11; /M: SY='A'; M= 45, -9,-10,-17, -9,-20, 0,-19,-11,-10,-13,-11, -7,-10, -9,-19, 14, 3, -1,-23,-20, -9; /M: SY='S'; M= 5, 10,-13, 5, 0,-20, 0, -5,-20, -7,-30,-20, 23,-13, 0, -7, 32, 15,-15,-40,-20, 0; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='V'; M= 9,-14,-10,-20,-18, -8,-20,-24, 6,-14, -2, -2,-14,-18,-18,-16, 6, 20, 21,-28,-12,-18; /M: SY='V'; M= 2,-25,-16,-30,-24, -2,-25,-20, 24,-18, 14, 22,-24,-24,-18,-18,-13, -4, 28,-24, -7,-21; /M: SY='P'; M= 10,-14,-27,-11, -3,-26,-11,-18,-17,-10,-25,-17,-12, 45, -8,-18, 4, -2,-18,-29,-26, -8; /M: SY='V'; M= -5,-30,-17,-32,-27, 3,-32,-27, 31,-25, 23, 15,-28,-28,-25,-22,-18, -5, 35,-25, -5,-27; /M: SY='I'; M= -8,-12,-20,-19,-18, -7,-24, 2, 13,-16, 2, 12, -6,-22,-12,-14, -9, -3, 13,-28, -3,-17; /M: SY='Y'; M=-13,-18,-26,-21,-13, 2,-28,-10, 3, -2, -3, 2,-13,-22, -4, 4,-13, -8, 3,-11, 8,-10; /M: SY='B'; M=-14, 36,-26, 36, 10,-30, -8, 2,-30, 10,-30,-22, 31,-14, 2, 2, 2, -6,-28,-36,-18, 6; /M: SY='G'; M= -5, 4,-28, 3, 5,-30, 28, -7,-32, -6,-27,-17, 10,-15, 2, -9, 2,-13,-30,-25,-24, 4; /M: SY='N'; M=-11, 12,-25, 5, 5,-16,-13, 17,-19, 2,-22,-11, 20,-17, 10, 1, 1, -5,-24,-22, 3, 6; /I: I=-4; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15; /M: SY='L'; M=-10,-28,-23,-27,-17, 3,-28,-20, 13,-27, 36, 13,-28,-10,-18,-20,-27,-10, 3,-22, -5,-18; /M: SY='W'; M=-17,-37,-41,-37,-27, 10,-23,-27, -8,-23, 1, -8,-37,-30,-20,-20,-37,-24,-18, 99, 21,-20; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21, 9,-31,-21, 24,-30, 46, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 13,-20, 0,-21; /M: SY='L'; M= -7,-29,-18,-31,-24, 4,-30,-22, 27,-24, 29, 22,-28,-28,-21,-20,-21, -7, 26,-23, -3,-23; /M: SY='V'; M= 8,-24,-17,-30,-24, -5,-24,-23, 24,-18, 10, 16,-21,-21,-18,-21,-10, -4, 26,-23, -8,-22; /M: SY='C'; M= 17,-16, 37,-24,-21,-18,-10,-25,-14,-19,-13,-12,-16,-24,-21,-24, -1, -5, 1,-32,-23,-21; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='H'; M=-17, 5,-29, 4, 10,-24,-18, 68,-28, -4,-21, -4, 12,-16, 17, 1, -6,-16,-30,-30, 8, 10; /M: SY='C'; M= -1,-11, 53,-18,-16,-20,-21,-21,-22,-18,-19,-15, -9,-25,-11,-19, 5, 6, -9,-39,-22,-13; /M: SY='S'; M= 0, 0,-18, -2, 4,-24,-12, -8,-21, 9,-24,-12, 4,-10, 11, 4, 17, 13,-14,-30,-14, 7; /M: SY='P'; M= -5,-13,-30,-10, -4,-25, -6,-16,-22, -4,-25,-17, -9, 34, -7, -3, -1, -2,-22,-27,-23, -9; /M: SY='P'; M=-15,-13,-34, -9, 1,-25,-20,-10,-26, 15,-25,-14, -8, 28, 2, 28,-10,-10,-24,-24,-18, -3; /M: SY='R'; M=-17,-15,-10,-18,-13, 2,-24, 9,-17, -1,-11, -5, -8,-26, -8, 18,-12,-11, -9,-17, 6,-13; /M: SY='I'; M=-11,-13,-24,-14,-14, 2,-28,-12, 9,-14, 1, 3,-14,-22, -7,-14,-12, -8, 8,-15, 7,-12; /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; /M: SY='H'; M= -6, 2,-14, 2, 11,-14,-11, 12,-13, 0,-10, -5, 1, -5, 11, 0, 1, 1,-13,-15, -3, 10; D=-6; /I: DM=-29; /M: SY='P'; M=-10,-10,-33, -4, 14,-26,-20, -8,-16, -2,-18, -4,-12, 35, 8, -9, -8,-10,-23,-27,-20, 9; /M: SY='F'; M=-16, -9,-24,-14, -3, 21,-22, -6,-14, -6, -8, -7, -1,-21, -6, 4, -9, -9,-15,-10, 5, -3; /M: SY='E'; M=-11, 5,-33, 16, 35,-31,-19, -7,-28, 2,-25,-21, -4, 29, 7, -8, -3,-10,-30,-31,-23, 19; /M: SY='L'; M=-13,-28,-27,-29,-19, 4,-28,-19, 10,-18, 25, 10,-25,-27,-15, -6,-27,-13, 2, 2, 2,-18; /M: SY='R'; M=-16, 3,-30, 7, 16,-30,-19, 3,-28, 18,-21,-11, 3,-13, 25, 33, -4,-10,-26,-24,-13, 18; /M: SY='Y'; M=-14,-20,-23,-23,-17, 22,-28, -5, 1,-12, 10, 3,-18,-25,-16,-10,-16, -2, -3, 1, 30,-17; /M: SY='A'; M= 15,-20,-16,-27,-17, 4,-15,-17, 4,-18, 14, 9,-18,-20,-16,-19,-10, -6, 4,-16, -5,-16; /M: SY='C'; M= -1,-14, 41,-21,-16,-22,-10,-17,-21,-17,-15, -5,-13,-26, -7,-18, -6,-10,-12,-33,-22,-12; /M: SY='E'; M=-10, 2,-29, 7, 38,-28,-21, 0,-20, 5,-11, -9, -4, -7, 27, 0, -4,-10,-25,-26,-14, 32; /M: SY='F'; M=-14,-30,-20,-34,-24, 41,-30,-20, 11,-30, 32, 11,-26,-30,-29,-20,-26,-10, 6, -7, 13,-24; /M: SY='T'; M= 1,-15,-14,-20,-15, 8,-19,-19, -1,-19, 8, -1,-12,-19,-16,-16, 1, 13, 2,-21, -3,-15; /M: SY='M'; M= -1, -8,-20,-11, -1,-16,-10,-13, -9, -1, -8, 3, -8,-14, -4, -6, -1, 3, -3,-25,-13, -3; /M: SY='Q'; M=-11, 2,-30, 5, 30,-35,-20, 6,-24, 12,-20, -7, 0, -8, 43, 13, -1,-10,-29,-23,-13, 36; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 55 in 53 different sequences |
| Number of true positive hits | 55 in 53 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | K_Hofmann |
| Version [info] | 8 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
53 sequences
BPHY_DEIRA (Q9RZA4), BPHY_PSEAE (Q9HWR3), BPHY_XANC8 (A0A0H2XCS3), CIKA_SYNE7 (Q9KHI5), CIKA_SYNY3 (P74111), CIKA_THEVB (Q8DKG0), PHY1_CERPU (P25848), PHY1_PHYPA (P36505), PHY1_SELMA (Q01549), PHY1_SYNY3 (Q55168), PHY2_CERPU (Q39557), PHY2_SYNY3 (Q55434), PHYA1_MAIZE (P19862), PHYA1_TOBAC (P33530), PHYA2_SOYBN (B4YB07), PHYA3_AVESA (P06593), PHYA4_AVESA (P06594), PHYA5_AVESA (P06595), PHYA_ARATH (P14712), PHYA_CUCPE (P06592), PHYA_LATSA (P93673), PHYA_NOSS1 (Q9LCC2), PHYA_ORYSI (A2XLG5), PHYA_ORYSJ (Q10DU0), PHYA_PEA(P15001), PHYA_PETCR (P55141), PHYA_POPTM (O49934), PHYA_SOLTU (P30733), PHYA_SORBI (P93526), PHYA_SOYBN (P42500), PHYB1_SOLLC (Q9ZS62), PHYB2_SOYBN (I1MGE5), PHYB_ARATH (P14713), PHYB_NOSS1 (Q9R6X3), PHYB_ORYSI (A2XFW2), PHYB_ORYSJ (Q10MG9), PHYB_SOLTU (P34094), PHYB_SORBI (P93527), PHYB_SOYBN (P42499), PHYB_TOBAC (P29130), PHYC_ARATH (P14714), PHYC_ORYSI (A2XM23), PHYC_ORYSJ (Q10CQ8), PHYC_SORBI (P93528), PHYD_ARATH (P42497), PHYE_ARATH (P42498), PHYE_IPONI (P55004), PHY_ADICA (P42496), PHY_MOUSC (P33529), PHY_PICAB (Q40762), PHY_PINSY (Q41046), Y041_SYNY3 (Q55445), Y852_PICP2 (P32039)» more
|
| PDB [Detailed view] |
70 PDB
1ZTU; 2O9B; 2O9C; 2VEA; 3C2W; 3G6O; 3IBR; 3NHQ; 3NOP; 3NOT; 3NOU; 3S7N; 3S7O; 3S7P; 3S7Q; 3ZQ5; 4BWI; 4CQH; 4IJG; 4O01; 4O0P; 4O8G; 4OUR; 4Q0H; 4Q0I; 4Q0J; 4Y3I; 4Y5F; 4Z1W; 4ZRR; 5AJG; 5AKP; 5C5K; 5K5B; 5L8M; 5LBR; 5MG0; 5MG1; 5NFX; 5NM3; 5NWN; 5UYR; 6FHT; 6FTD; 6NDO; 6NDP; 6PL0; 6T3L; 6T3U; 6TBY; 6TC5; 6TC7; 6TL4; 7L59; 7L5A; 7RZW; 7Z9D; 7Z9E; 8AVV; 8AVW; 8AVX; 8BOR; 8C3I; 8F5Z; 8IFF; 8ISI; 8ISJ; 8SGK; 9EUT; 9EUY » more |