PROSITE entry PS50050
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | TNFR_NGFR_2 |
Accession [info] | PS50050 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-NOV-1997 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC00561 |
Associated ProRule [info] | PRU00206 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=41; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=37; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-4.9359999; R2=0.0214000; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=538.8750000; R2=4.1875000; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=628; H_SCORE=3169; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=535; H_SCORE=2779; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=0; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='P'; M= -4, -2,-25, -1, 3,-23,-13,-11,-19, -2,-21,-15, -1, 13, -2, -4, 3, 4,-17,-30,-19, -1; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='P'; M= -4, -7,-25, -5, 4,-24,-12, -3,-21, 1,-20,-11, -5, 5, 3, 0, -2, -7,-18,-24,-14, 2; /M: SY='E'; M= -3, 0,-27, 4, 11,-23,-12, -7,-21, -2,-20,-15, -4, 11, -1, -9, -1, -6,-20,-27,-17, 4; /M: SY='G'; M= -3, 3,-27, 1, -9,-28, 39,-11,-34, -9,-29,-19, 10,-17,-10,-10, 4,-12,-27,-26,-25, -9; /I: II=-7; MI=-8; IM=-8; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0; /M: SY='Y'; M=-11, -7,-23, -9, 1, 0,-21, 2,-12, -8, -7, -3, -6,-16, -1, -6, -4, 1,-12,-14, 4, 0; /M: SY='Y'; M=-19,-22,-25,-26,-22, 44,-29, 7, -2,-17, 2, 0,-18,-29,-20,-13,-18,-10, -7, 16, 52,-22; /M: SY='C'; M= -6, -8, 5,-12, -8,-14,-19,-11,-13,-12,-10, -8, -4,-18, -5,-10, 1, 3, -9,-27,-11, -7; /M: SY='D'; M= -5, 10,-21, 11, 3,-21,-12, -1,-21, -3,-18,-15, 7,-11, -1, -4, 3, -1,-17,-29,-11, 0; /M: SY='S'; M= -4, -3,-23, -3, 1,-18, -8, -4,-17, -4,-14,-10, -2,-12, 0, -5, 2, 0,-13,-24, -9, -1; /I: MD=-22; /M: SY='W'; M= -2, -5,-20, -6, -3,-13, -6, -8,-15, -2,-15,-11, -3,-10, -3, -5, -1, -3,-13, 1, -6, -3; D=-4; /I: MD=-22; /M: SY='N'; M= 0, 6,-14, 2, -1,-15, 1, 3,-15, -4,-17,-11, 13, -8, -2, -4, 7, 0,-14,-23,-11, -2; D=-4; /I: MD=-22; /M: SY='H'; M= -3, -4,-13, -5, 0, -5, -9, 6, -8, -3, -6, -2, -2, -7, 3, -1, -2, -3, -8, -7, 2, 1; D=-4; /I: II=-4; MI=0; IM=0; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0; /M: SY='C'; M= 0,-10, 9,-12, -9, -4,-14, -9, -6,-12, -3, -4, -8,-15,-10,-10, -1, 1, 0,-19, -7, -9; D=-4; /I: DM=-22; /M: SY='D'; M= -9, 5,-27, 7, 7,-23, -4, -5,-26, 2,-24,-16, 6, -5, 2, 2, 2, -5,-23,-27,-16, 3; /M: SY='Q'; M= -5, -7,-24, -9, 1,-15,-19, 0,-10, -1,-10, -4, -4,-11, 2, 0, -3, -4,-10,-24, -7, 0; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /I: MD=-15; /M: SY='R'; M= -4, -7,-16, -8, -3, -8,-16, -2, -6, -1, -4, -2, -5,-14, -2, 3, -5, -2, -3,-17, -3, -4; D=-6; /I: I=-6; MI=-20; MD=-20; IM=-20; DM=-20; /M: SY='P'; M= -4, -6,-21, -4, 1,-17,-12, -7,-12, -3,-14, -9, -4, 14, 1, -1, 0, -3,-14,-21,-14, -1; D=-6; /I: DM=-15; /M: SY='C'; M=-12,-19, 78,-26,-25,-17,-28,-14,-27,-25,-18,-16,-18,-36,-22,-24,-13,-13,-14,-28,-17,-24; /M: SY='T'; M= -4, -4,-19, -7, -4,-15,-15, -9,-16, 2,-16, -9, 0,-13, 0, 8, 9, 14, -9,-26, -9, -3; /I: II=-6; MI=-8; IM=-8; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0; /M: SY='R'; M= -8, -6,-25, -8, -3,-16,-18, -2,-11, 0,-12, -5, -2, -6, 0, 1, -4, -3,-11,-24, -8, -3; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='E'; M= -7, 3,-27, 5, 9,-24,-10, -6,-22, 0,-21,-15, 3, 5, 2, -4, 1, -3,-21,-29,-18, 4; /I: MD=-15; /M: SY='P'; M= -6, -7,-28, -5, -1,-21,-11,-10,-16, -5,-17,-11, -5, 19, -6, -9, -4, -6,-17,-27,-18, -5; D=-4; /I: MD=-15; /M: SY='G'; M= -3, 0,-26, -1, -7,-24, 31,-11,-29,-10,-24,-16, 5,-17,-10,-11, 1,-11,-23,-23,-21, -9; D=-4; /I: MD=-15; /M: SY='Q'; M= -9, -5,-22, -6, 0, -7,-12, 0,-13, -8, -6, -2, -4,-16, 1, -7, -4, -2,-13,-20, -2, 0; D=-4; /I: II=-7; MI=0; IM=0; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0; /M: M= -6, -9,-20, -9, -3, -8, -7, -7,-10, -4,-10, -6, -7,-16, -6, 0, -4, -6, -5,-17, -4, -5; D=-4; /I: DM=-15; /M: SY='V'; M= -4,-18,-11,-18, -8, -8,-23,-19, 5,-13, 3, 3,-18,-18,-14,-14, -9, -4, 11,-27,-11,-11; /M: SY='V'; M= -2,-12,-20,-15, -8,-11,-21,-14, 0, -3, -2, 2,-10,-18, -5, -5, -5, 1, 4,-24, -8, -7; /M: SY='Q'; M= -2, -4,-23, -7, 3,-20,-15, -5,-16, 7,-16, -6, -1,-13, 10, 7, 2, -3,-13,-24,-11, 6; /M: SY='P'; M= -8, -2,-28, 1, 2,-20,-14, -9,-16, -5,-16,-12, -3, 12, -5, -9, -4, -6,-17,-28,-16, -3; /M: SY='C'; M= -4,-16, 73,-23,-23,-22,-10,-22,-29,-24,-21,-18,-14,-32,-24,-24, -6,-11,-13,-41,-27,-24; /M: SY='T'; M= -1, 0,-17, -4, -5,-17,-12,-15,-14, -7,-15,-12, 2, -6, -6, -9, 12, 23, -8,-30,-14, -6; /M: SY='R'; M= 1, -3,-24, -3, 2,-22, -7, -9,-20, 1,-18,-12, -2, -6, 0, 3, 2, -3,-15,-24,-16, 0; /I: MD=-20; /M: SY='T'; M= -5, 4,-19, 1, 1,-17,-14, -8,-15, -1,-17,-11, 6, -9, 0, -4, 7, 12,-12,-26,-11, 1; D=-6; /I: II=-7; MI=-8; IM=-8; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0; /M: SY='S'; M= -2, 0,-21, -2, 1,-23, -4, -5,-22, 1,-21,-12, 4,-13, 7, 5, 9, 5,-17,-28,-14, 3; /M: SY='D'; M=-12, 34,-26, 37, 11,-30, -8, 3,-29, 1,-28,-23, 26, -8, 1, -5, 4, -5,-27,-37,-19, 6; /M: SY='T'; M= 7, -7,-13,-14,-11,-12,-17,-19, -7, -8, -9, -8, -5,-11,-11, -7, 11, 25, 4,-28,-13,-12; /M: SY='V'; M= -6,-16,-20,-16,-10,-11,-27,-15, 10, -9, 1, 3,-16,-18,-10,-11, -9, -3, 16,-27, -9,-11; /M: SY='C'; M= -9,-19,115,-29,-29,-20,-29,-29,-29,-29,-20,-20,-18,-39,-29,-29, -9,-10,-10,-49,-30,-29; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 166 in 82 different sequences |
Number of true positive hits | 165 in 81 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 1 |
Number of false negative sequences | 19 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 99.40 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 89.67 % |
Comments [info]
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | K_Hofmann |
Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Eukaryotic viruses |
Maximum number of repetitions [info] | 4 |
Feature key [info] | REPEAT |
Feature description [info] | TNFR-Cys |
Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
81 sequences
A53R_VACCW (P24756), A53_VACCC (P21071), ACCR1_ARATH (Q9S7D9), ACR4L_ARATH (Q9LX29), CD27_HUMAN (P26842), CD27_MOUSE (P41272), CKI4_ORYSJ (Q75J39), CRI4_MAIZE (O24585), CRMB_CAMPM (P68636), CRMB_CAMPS (P68637), CRMB_CWPXG (O73559), CRMB_MONPV (P0DTN0), CRMB_VAR67 (P0DSV7), CRMB_VARV (P0DSV8), TNF6B_HUMAN (O95407), TNR11_HUMAN (Q9Y6Q6), TNR11_MOUSE (O35305), TNR14_HUMAN (Q92956), TNR14_MOUSE (Q80WM9), TNR16_CHICK (P18519), TNR16_HUMAN (P08138), TNR16_MOUSE (Q9Z0W1), TNR16_RAT (P07174), TNR19_HUMAN (Q9NS68), TNR19_MOUSE (Q9JLL3), TNR1A_BOVIN (O19131), TNR1A_HUMAN (P19438), TNR1A_MOUSE (P25118), TNR1A_PIG (P50555), TNR1A_RAT (P22934), TNR1B_HUMAN (P20333), TNR1B_MOUSE (P25119), TNR1B_RAT (Q80WY6), TNR21_HUMAN (O75509), TNR21_MOUSE (Q9EPU5), TNR21_RAT (D3ZF92), TNR22_MOUSE (Q9ER62), TNR23_MOUSE (Q9ER63), TNR25_HUMAN (Q93038), TNR26_MOUSE (P83626), TNR27_HUMAN (Q9HAV5), TNR27_MOUSE (Q8BX35), TNR3_HUMAN (P36941), TNR3_MOUSE (P50284), TNR4_HUMAN (P43489), TNR4_MOUSE (P47741), TNR4_RAT(P15725), TNR5_BOVIN (Q28203), TNR5_CALJA (Q3LRP1), TNR5_CANLF (Q7YRL5), TNR5_HORSE (Q3ZTK5), TNR5_HUMAN (P25942), TNR5_MOUSE (P27512), TNR5_PIG(Q8SQ34), TNR6_BOVIN (P51867), TNR6_CERAT (Q9BDN4), TNR6_HUMAN (P25445), TNR6_MACFA (Q9TSN4), TNR6_MACMU (Q9BDP2), TNR6_MACNE (Q9BDN0), TNR6_MOUSE (P25446), TNR6_PIG(O77736), TNR6_RAT(Q63199), TNR8_HUMAN (P28908), TNR8_MOUSE (Q60846), TNR8_RAT(P97525), TNR9_HUMAN (Q07011), TR10A_HUMAN (O00220), TR10B_HUMAN (O14763), TR10B_MOUSE (Q9QZM4), TR10C_HUMAN (O14798), TR10D_HUMAN (Q9UBN6), TR11B_BOVIN (A5D7R1), TR11B_HUMAN (O00300), TR11B_MOUSE (O08712), TR11B_RAT (O08727), UL144_HCMVM (F5HAM0), UL144_HCMVO (Q68396), VT2_MYXVL (P29825), VT2_RFVKA (P25943), WGN_DROME (Q9VWS4)» more
|
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
19 sequences
ACCR2_ARATH (O80963), C22L_VACCC (P21106), EDAR_HUMAN (Q9UNE0), EDAR_MOUSE (Q9R187), EDAR_ORYLA (Q90VY2), TNR12_HUMAN (Q9NP84), TNR12_MOUSE (Q9CR75), TNR17_HUMAN (Q02223), TNR17_MOUSE (O88472), TNR18_HUMAN (Q9Y5U5), TNR18_MOUSE (O35714), TNR9_MOUSE (P20334), TR13B_HUMAN (O14836), TR13B_MOUSE (Q9ET35), TR13C_HUMAN (Q96RJ3), TR13C_MOUSE (Q9D8D0), TR19L_HUMAN (Q969Z4), TR19L_MACFA (Q9N092), TR19L_MOUSE (Q8BX43)» more |
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences |
1 sequence
LAMA5_HUMAN (O15230) |
PDB [Detailed view] |
93 PDB
1D0G; 1D4V; 1DU3; 1EXT; 1FT4; 1JMA; 1NCF; 1SG1; 1TNR; 1ZA3; 2AW2; 2H9G; 2HEV; 2HEY; 2KN1; 3ALQ; 3BUK; 3IJ2; 3K51; 3ME2; 3ME4; 3MHD; 3MI8; 3QBQ; 3QD6; 3QO4; 3THM; 3TJE; 3U3P; 3U3Q; 3U3S; 3U3T; 3U3V; 3URF; 3X3F; 4E4D; 4FHQ; 4GIQ; 4I9X; 4J6G; 4KGG; 4KGQ; 4MSV; 4MXW; 4N90; 4OD2; 4RSU; 4YN0; 5BNQ; 5CIR; 5DMI; 5DMJ; 5IHL; 5L36; 5T2Q; 5T2R; 5TL5; 5TLJ; 5TLK; 5WI8; 5WIW; 5WJF; 6A3V; 6A3W; 6BWV; 6CPR; 6CU0; 6FAX; 6MGP; 6MHR; 6MI2; 6MKZ; 6NG3; 6OGX; 6OKM; 6OKN; 6PE8; 6PE9; 6T3J; 6Y8K; 7D4B; 7KP7; 7KP8; 7KPB; 7KX0; 7MSG; 7MSJ; 7P3I; 7X9G; 7YXU; 8AG1; 8DPX; 8DS5 » more |