PROSITE entry PS50064
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | ZF_PARP_2 |
| Accession [info] | PS50064 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-NOV-1997 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00360 |
| Associated ProRule [info] | PRU00264 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=89; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=84; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.1357000; R2=0.0150670; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=7214.8769531; R2=3.4561403; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=556; H_SCORE=9136; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=423; H_SCORE=8677; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-34,-27, 64,-30, -7, 0,-24, 7, 0,-20,-30,-30,-17,-20,-10, -3, 16, 46,-27; /M: SY='A'; M= 3,-13, -4,-16,-12,-20, 3,-16,-22, -3,-13,-10, -8,-21,-10, 2, -6,-10,-13,-24,-18,-12; /M: SY='V'; M= 20,-21,-13,-27,-21, -9,-19,-26, 16,-17, 3, 3,-20,-20,-20,-22, -3, -2, 25,-24,-13,-21; /M: SY='E'; M=-11, 14,-30, 24, 48,-32,-12, -1,-32, 7,-22,-21, 3, -3, 16, -2, 0,-11,-30,-30,-20, 32; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='A'; M= 46, -9,-10,-18, -9,-20, 0,-19,-11,-10,-12,-11, -8,-10, -9,-19, 13, 2, -1,-22,-20, -9; /M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -1, 9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10, 0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10, 9; /M: SY='S'; M= 5, -1,-13, -2, -1,-19, -5,-10,-20, -5,-27,-18, 8,-11, 0, 0, 32, 19,-10,-36,-18, -1; /M: SY='G'; M= -1, 5,-24, 0, -9,-26, 38,-10,-31,-12,-30,-20, 17,-18,-10,-13, 10, -8,-26,-29,-25,-10; /M: SY='R'; M=-17, -9,-27,-10, -1,-19,-20, -3,-27, 25,-19,-10, 0,-19, 7, 60, -6, -2,-17,-21,-10, -1; /M: SY='A'; M= 37, -7,-10,-13, -7,-20, 0,-17,-13,-10,-17,-13, -3,-10, -7,-17, 20, 7, -3,-27,-20, -7; /M: SY='S'; M= 7, -3,-13, -7, -7,-17, 1,-15,-17,-11,-20,-13, 3,-12, -6,-12, 24, 23, -8,-32,-17, -7; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 8,-28,-20, -8,-30, 47,-28,-10, 0,-12, 10, 36,-10,-10,-20,-20,-10, 8; /M: SY='G'; M= -3, -5,-29, -5, -7,-29, 30,-15,-35, 8,-30,-16, 1,-15, -7, 0, -1,-14,-25,-21,-22, -7; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='K'; M= -7, -2,-27, 0, 14,-24, -7, -8,-23, 16,-19, -6, -2,-11, 6, 6, -3, -8,-19,-24,-15, 10; /M: SY='E'; M= -9, 12,-27, 17, 34,-31,-15, 2,-26, 6,-23,-16, 8, -6, 25, 1, 5, -6,-28,-30,-17, 29; /M: SY='K'; M= -5, 3,-23, 1, 5,-25,-15, -9,-25, 28,-28,-13, 7,-11, 5, 16, 4, 3,-17,-26,-13, 5; /M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30, 0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20, 0,-30; /M: SY='E'; M= 0, -1,-23, 2, 12,-21,-15,-11,-14, -6,-14,-13, -3, 2, -2,-11, 2, -3,-11,-31,-19, 4; /M: SY='K'; M= -4, -1,-28, -2, 8,-29,-18,-11,-28, 44,-28,-10, -1,-10, 8, 25, -8, -9,-18,-20,-11, 8; /M: SY='D'; M=-10, 18,-30, 28, 4,-34, 27, -9,-39, -9,-29,-24, 9,-14, -8,-14, 0,-15,-30,-30,-25, -2; /M: SY='Q'; M= -2, -9,-19,-11, -3,-18,-19,-10, -3, -8, -8, -2, -5,-15, 11, -8, 7, 6, -2,-28,-11, 4; /M: SY='L'; M= -8,-28, -3,-32,-25, 2,-32,-25, 22,-27, 26, 15,-26,-29,-22,-23,-21, -8, 19,-26, -6,-25; /M: SY='R'; M=-18,-10,-30,-10, -2,-21,-13, -2,-31, 26,-21,-11, 0,-20, 8, 63, -9,-11,-21,-20,-12, -2; /M: SY='I'; M=-10,-29,-25,-35,-25, 4,-34,-22, 35,-27, 31, 26,-24,-24,-17,-24,-24,-10, 20,-20, 0,-24; /M: SY='A'; M= 23, -7,-16,-12, -7,-21, 6,-14,-19, -5,-19,-14, -2,-13, -6, -4, 13, 1, -9,-25,-20, -7; /M: SY='K'; M= -4,-12,-25,-15, -6,-14,-24,-18, -4, 15,-10, -1,-10,-16, -5, 5,-11, -8, 0,-20, -7, -6; /M: SY='M'; M= -7,-13,-20,-19,-12, -9,-21, -9, 4, 4, 2, 25,-13,-17, -3, -1,-10, 1, 6,-23, -5, -8; /M: SY='V'; M= -1,-27,-11,-28,-27, -1,-27,-25, 26,-18, 9, 15,-26,-28,-24,-18, -8, 0, 41,-29, -9,-26; /M: SY='Q'; M= -9,-13,-26,-12, 0,-14,-24, -6, -5, -5,-10, -1,-13, -5, 14, -6, -7, -7, -6,-18, -3, 6; /M: SY='D'; M= -5, 18,-19, 22, 5,-23, -6, 3,-25, -6,-28,-21, 17,-13, 0, -8, 18, 5,-19,-35,-12, 2; /M: SY='P'; M= 4,-15,-28,-13, -5,-23,-16,-21,-14,-11,-21,-15,-15, 47,-11,-18, -1, 2,-15,-28,-24,-11; /M: SY='F'; M=-14, -9,-24,-10, 7, 14,-23, -7, -7, -9, 0, 7,-11,-16, -6,-10,-12,-10,-10,-15, 2, 2; /M: SY='F'; M=-11,-13,-22,-16,-11, 8,-22, 7,-11, -3,-11, -3, -7,-21,-11, 0, -6, -7, -5,-18, 5,-11; /I: I=-7; MI=-5; MD=-27; IM=-5; /M: SY='P'; M= -5, -7,-17, -5, 4,-11,-11, -5, -6, -3, -7, 2, -8, 19, 0, -7, -6, -5,-10,-14,-10, 1; D=-5; /I: DM=-27; /M: SY='Q'; M= -3, 0,-13, 0, 7,-17, -8, 0,-12, 9,-13, -4, 1, -5, 17, 6, 3, -2,-12,-13, -7, 12; D=-5; /I: DM=-27; /M: SY='D'; M=-15, 12,-27, 21, -1,-15, -8, -4,-19,-12, -5,-12, -1,-19, -9,-14,-11,-11,-17,-22, -1, -6; /M: SY='G'; M= 5,-10,-28,-11,-19,-29, 62,-20,-37,-19,-28,-19, -1,-19,-19,-20, 1,-18,-27,-20,-29,-19; /M: SY='K'; M=-10, 0,-27, 0, -1,-24, -5, -8,-20, 18,-17, 3, -2,-14, 2, 7,-10,-12,-15,-23,-12, 0; /M: SY='I'; M= -6,-21,-21,-25,-16,-10,-29,-16, 21,-14, 6, 16,-19,-21, -1,-14,-11, -6, 20,-24, -6,-10; /M: SY='P'; M=-13, 0,-36, 11, 6,-33,-17,-14,-26, 0,-30,-21, -7, 52, -5,-11, -7,-10,-29,-31,-25, -2; /M: SY='H'; M=-14, 4,-16, 0, 2,-17,-17, 24,-20, -4,-12, -7, 12,-20, 2, 5, -7,-10,-21,-31, -6, 0; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='Y'; M=-20,-16,-28,-18,-16, 26,-27, 34, -8,-14, -4, 0,-12,-27,-11, -9,-17,-13,-14, 9, 53,-16; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='P'; M=-11,-19,-29,-18, -7, -1,-27,-14, 0, -9, -2, -2,-18, 6,-12,-13,-15, -9, -5,-15, 2,-11; /M: SY='E'; M= -4, 6,-22, 8, 13,-26,-10, -7,-25, 7,-25,-16, 5, -9, 8, 1, 12, 7,-18,-30,-16, 11; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='F'; M=-19,-29,-20,-39,-29, 70,-29,-17, 3,-27, 11, 8,-20,-29,-35,-19,-20,-10, 1, 6, 26,-27; /M: SY='W'; M= -4,-30,-24,-34,-27, 26,-23,-25, 1,-22, -1, -4,-26,-27,-28,-20,-18,-11, 5, 33, 12,-24; /M: SY='K'; M= -8, 1,-28, 3, 18,-32,-18, -2,-26, 26,-26, -9, 1, -9, 26, 16, 0, -7,-23,-23,-12, 22; /I: MD=-27; /M: SY='K'; M= -5, -4,-13, -4, -1, -8,-10, -6, -7, 8, -3, -2, -2, -9, 0, 7, -5, -3, -6,-13, -5, -1; D=-5; /I: I=-7; MI=0; IM=0; DM=-27; /M: SY='R'; M=-15, -6,-26, -9, -3,-18,-19, -4,-20, 22,-18, -8, 2,-20, 3, 46, -8, -8,-11,-24,-11, -3; /M: SY='A'; M= 11, -1,-22, -2, 7,-29, 7, -9,-24, -4,-20,-13, -1,-11, 8, -9, 6, -7,-19,-24,-20, 8; /M: SY='R'; M=-16, -2,-30, 2, 23,-20,-20, 6,-28, 16,-19,-13, 0,-12, 13, 31, -6,-11,-24,-23,-10, 16; /M: SY='L'; M= 1,-21,-21,-21,-13, -7,-20,-20, 5,-20, 10, 2,-19, 0,-15,-19, -9, -4, 2,-26,-12,-15; /M: SY='G'; M= -2, -9,-22,-11,-15,-16, 10,-20,-11,-18,-10, -8, -4,-17,-15,-18, 3, 3, -6,-26,-16,-16; /M: SY='W'; M= -8,-17,-22,-20,-15, 12,-16,-17,-15,-13,-15,-13,-10,-20,-14, -7, 2, 3,-11, 14, 5,-13; /M: SY='H'; M= -7,-13,-23,-15, -7, -7,-22, 8, -9, -1, -2, 1, -9,-21, -2, 6,-12,-10, -6,-20, 0, -6; /M: SY='P'; M= -3, -8,-31, -4, -4,-29, 8,-17,-27, -5,-28,-18, -7, 26,-10,-13, -3, -9,-25,-26,-25, -9; /I: MD=-23; /M: SY='E'; M= -2, 4,-15, 6, 7,-15,-11, -8, -8, -5,-10, -9, 1, -7, -1, -8, 5, 2, -6,-21,-10, 2; D=-4; /I: MD=-23; /M: SY='Y'; M= -6,-10,-17,-10, -5, 2, -3, -5, -6, -8, -5, -4, -9,-15, -9, -9, -6, -7, -3, -5, 8, -8; D=-4; /I: I=-6; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='T'; M= 0, 2, -8, 1, 7,-10, -8, -6,-10, -2,-10, -8, 1, -4, 1, -4, 10, 13, -6,-17, -8, 4; D=-4; /I: DM=-23; /M: SY='D'; M=-15, 26,-29, 35, 27,-35,-14, 9,-31, 4,-25,-19, 13, -9, 18, -2, 0,-10,-30,-33,-15, 22; /M: SY='L'; M= -9,-29,-22,-33,-25, 4,-32,-23, 31,-27, 32, 22,-26,-26,-20,-22,-23, -9, 22,-21, -1,-24; /M: SY='E'; M=-12, 2,-30, 8, 19,-24,-20, -3,-21, 6,-17, -9, -5, 5, 10, -2, -7,-10,-23,-23, -9, 13; /M: SY='G'; M= -2, 0,-28, -4,-16,-28, 56,-14,-36,-16,-30,-20, 12,-20,-16,-16, 2,-16,-30,-24,-28,-16; /M: SY='F'; M=-19,-30,-26,-38,-29, 59,-30,-19, 3,-27, 6, 0,-23,-29,-33,-20,-23,-13, -1, 26, 31,-28; /M: SY='S'; M= -1, 0,-21, 2, 13,-25, -4, -8,-23, -4,-23,-16, 2, -5, 10, -6, 16, 7,-19,-31,-19, 11; /M: SY='E'; M= -7, 5,-23, 3, 16,-17,-18, -7, -9, -4,-10,-10, 7,-12, 1, -8, 2, 0,-12,-31,-15, 8; /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21, 9,-31,-21, 23,-30, 47, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20, 0,-21; /M: SY='R'; M= -5, -5,-24, -5, 7,-22,-16, -6,-25, 18,-20,-12, 0,-13, 7, 32, 1, -2,-17,-24,-13, 4; /M: SY='W'; M= -2, -8,-27, -9,-12, 5,-14,-18,-18,-15,-14,-16,-12,-19,-16,-17, -9, -9,-15, 25, 4,-12; /M: SY='E'; M= -7, 23,-27, 31, 33,-31,-12, -1,-30, 4,-23,-22, 12, -7, 8, -5, 2, -8,-27,-33,-20, 21; /M: SY='D'; M=-19, 45,-30, 64, 25,-39,-11, 0,-39, 1,-29,-29, 17, -9, 3, -9, 0,-10,-30,-39,-20, 14; /M: SY='Q'; M=-10, 0,-30, 0, 16,-36,-20, 2,-24, 25,-24, -4, 0,-10, 41, 18, -4,-10,-26,-20,-10, 28; /M: SY='E'; M= -1, 7,-27, 12, 36,-30,-16, -3,-26, 11,-20,-15, 0, -5, 19, 1, 0, -8,-24,-27,-18, 27; /M: SY='K'; M= -4, 1,-23, 1, 9,-24,-16, -6,-20, 12,-18, -6, 0,-11, 10, 9, 1, 2,-15,-25,-12, 9; /M: SY='I'; M= -8,-30,-21,-34,-26, 4,-34,-26, 34,-28, 28, 18,-26,-26,-22,-24,-21, -8, 28,-22, -2,-26; /M: SY='K'; M= -8, 0,-25, -2, 5,-25,-20,-12,-25, 36,-25,-10, 0,-10, 5, 21, -3, 4,-15,-22,-10, 5; /M: SY='K'; M=-11, 9,-29, 9, 12,-32,-17, -5,-29, 35,-29,-12, 7,-11, 14, 21, -6, -9,-23,-24,-12, 13; /M: SY='A'; M= 8, -8,-20,-12, -3,-19,-15, 5,-11, -4, -6, 1, -6,-14, 8, -6, -1, -2,-10,-22, -7, 2; /M: SY='I'; M= 1,-27,-21,-32,-23, 0,-29,-25, 27,-26, 25, 14,-23,-23,-20,-24,-18, -7, 21,-21, -4,-23; /M: SY='P'; M= -2, -6,-32, 1, 23,-29,-17,-12,-23, -2,-23,-19,-10, 39, 2,-12, -3, -9,-26,-29,-24, 11; /M: SY='A'; M= 12, 4,-18, 0, -6,-21, -6,-14,-14, -9,-16,-14, 2, -4, -9,-14, 7, 6, -8,-29,-19, -8; /M: SY='I'; M= -5,-23,-25,-27,-25, -8, -4,-25, 14,-25, 7, 6,-16,-22,-21,-24,-12, -9, 10,-22,-10,-25; /M: SY='K'; M= -2, -3,-26, -3, 1,-29, 6,-11,-29, 17,-28,-13, 1,-12, 6, 7, 2, -8,-21,-23,-17, 4; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 35 in 20 different sequences |
| Number of true positive hits | 34 in 19 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 1 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 1 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 97.14 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 3 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | K_Hofmann |
| Feature key [info] | ZN_FING |
| Feature description [info] | PARP-type |
| Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
19 sequences
DNLI3_HUMAN (P49916), DNLI3_MOUSE (P97386), PARP1_ARATH (Q9ZP54), PARP1_BOVIN (P18493), PARP1_CAEEL (Q9N4H4), PARP1_CHICK (P26446), PARP1_CRIGR (Q9R152), PARP1_DANRE (Q5RHR0), PARP1_HUMAN (P09874), PARP1_MAIZE (Q9ZSV1), PARP1_MOUSE (P11103), PARP1_ORYSJ (Q7EYV7), PARP1_RAT (P27008), PARP1_XENLA (P31669), PARP_DROME (P35875), PARP_SARPE (Q11208), YEU7_SCHPO (O13706), YGI7_SCHPO (Q9Y7K9), ZDP_ARATH (Q84JE8)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences |
1 sequence
PARP1_ONCMA (Q08824) |
| UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences |
1 sequence
MCSA_STAA8 (Q2G0P7) |
| PDB [Detailed view] |
21 PDB
1UW0; 1V9X; 2CS2; 2DMJ; 2L30; 2L31; 2N8A; 3OD8; 3ODA; 3ODC; 3ODE; 4AV1; 4DQY; 4OPX; 4OQA; 4OQB; 7S68; 7S6H; 7S6M; 7S81; 8G0H » more |