PROSITE logo

PROSITE entry PS50090


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] MYB_LIKE
Accession [info] PS50090
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2001 CREATED;
01-FEB-2007 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00037
Associated ProRule [info] PRU00133

Name and characterization of the entry

Description [info] Myb-like domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=52;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=52;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.3846165; R2=0.0116124; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=483; N_SCORE=5.9875995; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=301; N_SCORE=3.8741427; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M= -7,  1,-24, -2, -1,-21, -6, -2,-22,  7,-19,-11,  7,-15,  0, 12,  0, -4,-17,-27,-13, -2;
/M: SY='P';  M= -5, -9,-28, -6,  2,-24,-14,-13,-15, -4,-21,-12, -8, 23, -2, -8, -1, -4,-15,-28,-20, -3;
/M: SY='N';  M= -9,  7,-26,  8,  6,-22, -6, -2,-24,  3,-23,-15,  9, -8,  0,  2,  1, -6,-21,-28,-14,  2;
/M: SY='L';  M= -7,-14,-23,-15, -9,-11,-22, -8, -2, -4,  1,  1,-11,-17, -7,  0,-11, -7,  0,-22, -6, -9;
/M: SY='K';  M= -5,  2,-22, -3,  0,-22,-11, -8,-19, 13,-21,-11,  7,-15,  1, 11, -1, -4,-14,-26,-14,  0;
/M: SY='R';  M= -9, -6,-28, -6,  3,-23,-12, -8,-27, 24,-23,-11, -2,-10,  5, 30, -5, -7,-19,-21,-13,  2;
/M: SY='G';  M= -2, -2,-23, -3, -7,-23, 21,-13,-26, -6,-23,-14,  4,-16, -9, -6,  5, -4,-18,-27,-21, -8;
/M: SY='P';  M=  0, -3,-22, -4,  0,-21,-13,-10,-18,  2,-20,-13,  2,  5, -3,  1,  3, -1,-16,-28,-16, -3;
/M: SY='W';  M=-19,-38,-43,-40,-30, 21,-23,-28,-13,-22,-13,-15,-36,-30,-23,-21,-36,-26,-22,117, 28,-22;
/M: SY='T';  M=  1, -1,-13, -5, -5,-15,-13,-16,-14, -8,-17,-13,  1, -6, -7,-10, 21, 31, -5,-33,-14, -6;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-27,  2, 10,-24,-18, -4,-20, 10,-19,-10, -2, -3,  6,  5, -4, -7,-16,-26,-13,  7;
/M: SY='E';  M= -6, 10,-26, 17, 34,-29,-16, -3,-26,  5,-21,-18,  1, -2, 12, -3,  3, -5,-23,-31,-19, 23;
/M: SY='E';  M=-11, 14,-30, 24, 55,-31,-19,  0,-31,  9,-21,-21,  2, -1, 19, -1,  0,-10,-30,-31,-20, 37;
/M: SY='D';  M=-14, 25,-27, 36, 19,-30,-14, -2,-27,  0,-20,-18,  8,-10,  4, -7,  0, -5,-21,-34,-16, 11;
/M: SY='E';  M= -9,  1,-27,  3, 16,-21,-20, -4,-16,  4,-10, -7, -2,-12, 13,  4, -5, -8,-17,-24,-11, 14;
/M: SY='M';  M=  0,-13,-23,-17, -6,-11,-21,-13, -1, -1,  0,  3,-11,-16, -3, -3, -9, -6, -2,-21, -8, -5;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-22,-33,-23, 12,-32,-23, 25,-29, 38, 18,-27,-27,-22,-22,-26, -9, 15,-18,  1,-23;
/M: SY='I';  M= -7,-21,-23,-24,-14, -4,-29,-18, 14,-11, 10,  8,-18,-19,-12,-10,-15, -7, 11,-20, -1,-15;
/M: SY='E';  M= -5,  4,-24,  4, 10,-24,-15, -2,-22, 10,-18,-11,  3,-12,  7,  8,  1, -2,-18,-27,-12,  8;
/M: SY='L';  M=  2,-20,-20,-24,-18,  1,-14,-14,  4,-20, 15,  5,-18,-23,-16,-18,-14, -7,  2,-14,  1,-17;
/M: SY='V';  M= -5,-21,-17,-24,-19, -6,-28, -4, 13,-16,  6,  7,-17,-24,-15,-11,-13, -7, 17,-25, -2,-19;
/M: SY='E';  M= -4,  1,-25, -1, 12,-24,-14, -1,-21, 11,-19, -8,  3,-12, 12, 11,  0, -6,-18,-26,-13, 11;
/I:         MD=-15;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-25, -1, 13,-21,-18, -5,-16,  9,-14, -7,  0,-12,  8,  5, -3, -4,-15,-25,-12, 10; D=-1;
/I:         MD=-15;
/M: SY='H';  M=-13,-12,-23,-15,-12,  4,-22, 13, -3,-13,  5,  6, -7,-24, -8, -9,-14, -9, -7,-13, 13,-11; D=-1;
/I:         MD=-15;
/M: SY='G';  M= -2, -7,-27, -5,-13,-25, 39,-16,-29,-14,-24,-16, -2, -8,-14,-16, -1,-15,-23,-20,-23,-14; D=-1;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='E';  M= -4, -1,-14, -1,  3,-14, -8, -1,-13, -1,-11, -6, -1, -3,  1, -3,  0,  0,-11,-18, -8,  1; D=-1;
/I:         DM=-15;
/M: SY='N';  M= -7,  5,-25,  0, -4,-21,  3, -5,-18, -6,-19,-12, 11,-10, -5, -7,  0, -5,-19,-28,-16, -6;
/M: SY='R';  M=-10,  4,-18,  2,  0,-20,-13, -2,-21,  5,-16,-10,  8,-18,  4, 13, -3, -7,-19,-28,-13,  1;
/M: SY='W';  M=-20,-39,-49,-39,-30, 11,-20,-28,-19,-20,-19,-19,-39,-30,-20,-20,-39,-29,-29,146, 32,-20;
/M: SY='S';  M=  0,  2,-21,  2,  5,-22,-10, -6,-21,  5,-20,-14,  4,-13,  2,  6,  7,  2,-14,-28,-14,  3;
/M: SY='E';  M= -2, -3,-22, -2,  8,-17,-17,-11,-14,  2,-11, -9, -5,-13,  0, -1, -1, -3, -9,-26,-13,  4;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-25,-37,-29,  1,-37,-28, 43,-28, 21, 19,-23,-23,-21,-27,-19, -8, 31,-22, -2,-29;
/M: SY='A';  M= 27, -8,-15,-12, -5,-21, -1,-16,-15, -8,-18,-14, -5, -2, -6,-15, 15,  3, -7,-27,-20, -6;
/M: SY='K';  M= -4,  0,-25,  1,  8,-24,-13, -3,-22, 12,-20,-10,  1,-10,  6, 10,  0, -5,-17,-26,-13,  6;
/I:         MD=-18;
/M: SY='H';  M=-11, -6,-22, -8, -4,-12,-17, 12,-15,  2,-10, -2, -1,-19,  1,  7, -8, -9,-15,-20,  2, -3; D=-3;
/I:         MD=-18;
/M: SY='L';  M= -2,-24,-18,-29,-21,  9,-24,-17, 16,-22, 23, 17,-22,-24,-18,-18,-17, -6, 13,-18,  1,-19; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='P';  M= -8,-14,-29,-11, -6,-16, -2,-13,-15,-10,-13, -9,-11, 16, -9,-13, -9,-10,-18,-19,-12,-10; D=-3;
/I:         DM=-18;
/M: SY='N';  M= -6,  3,-23, -1, -6,-20,  8, -4,-23, -4,-20,-13, 10,-17, -5, -2,  3, -2,-19,-27,-15, -6;
/M: SY='R';  M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20,  1,-30, 32,-22,-10,  0,-18, 10, 60,-10, -9,-20,-20, -9,  2;
/M: SY='T';  M= -1, -2,  0, -9, -9,-15,-14,-16,-13,-11,-16,-11,  1,-13, -9,-10, 16, 24, -6,-34,-15, -9;
/M: SY='D';  M= -6,  4,-29, 10,  2,-27,  3,-11,-28, -4,-26,-20,  0,  4, -6, -9,  0, -7,-23,-24,-18, -3;
/M: SY='K';  M= -8,  6,-24,  1,  5,-20,-16, -4,-16, 11,-19, -9, 11,-15,  4,  6, -2, -3,-15,-25,-12,  4;
/M: SY='Q';  M= -2,  6,-23,  8, 16,-29,-13, -1,-21,  3,-21,-10,  4,-10, 22,  0,  8, -2,-21,-28,-15, 19;
/M: SY='C';  M= -9,-23, 67,-32,-29,-12,-32,-29, -5,-29, -6, -7,-21,-34,-27,-28,-12, -8,  6,-40,-20,-29;
/M: SY='R';  M=-12, -7,-28, -8,  3,-22,-21, -3,-21, 26,-18, -4, -3,-15, 11, 32, -9, -9,-16,-20, -8,  5;
/M: SY='N';  M=-10,  9,-24,  7,  5,-13,-15,  6,-15, -5,-10, -9, 10,-17, -1, -6, -3, -6,-17,-27, -5,  2;
/M: SY='R';  M=-18,-10,-30,-10, -2,-12,-22,  8,-24, 21,-18, -7, -3,-20,  7, 39,-12,-11,-19,-11,  7, -1;
/M: SY='W';  M=-19,-34,-41,-36,-28, 23,-23,-21,-14,-20,-12,-14,-33,-29,-21,-18,-32,-22,-21,104, 36,-21;
/M: SY='N';  M=-10,  3,-23, -2,  2,-17,-17,  2,-14,  3,-12, -6,  9,-17,  5,  8, -4, -4,-16,-26, -9,  2;
/M: SY='N';  M= -6,  7,-21,  0,  1,-19,-11, -6,-18,  7,-20,-12, 14,-15,  2,  7,  4,  3,-15,-29,-14,  1;
/M: SY='Y';  M=-11,-17,-22,-19,-16,  3,-26,  7,  4,-16,  8,  6,-14,-25,-10,-11,-14, -5,  1,-11, 18,-15;
/M: SY='L';  M= -8,-23,-21,-26,-19,  5,-27,-16, 15,-20, 24, 13,-21,-23,-17,-16,-20, -8, 10,-19,  1,-19;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH PS51294(4); PS51293

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 120 in 96 different sequences
Number of true positive hits 114 in 90 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 6 in 6 different sequences
Number of false negative sequences 48
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 95.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 70.37 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 3
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann, PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] myb-like
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
90 sequences

ASR3_ARATH  (Q8VZ20), AZPA6_ASPTN (Q0CRP6), BAS1_YEAST  (P22035), 
BASR_EMENI  (A0A1U8QVN4), BFD1_TOXGM  (S8GIB3), CEF1_EREGS  (Q756C3), 
CEF1_KLULA  (Q6CU65), DF1_ARATH   (Q9C6K3), DMTF1_DANRE (Q6DG03), 
DMTF1_HUMAN (Q9Y222), DMTF1_MOUSE (Q8CE22), DMTF1_RAT   (Q66HG1), 
DOM_DROME   (Q9NDJ2), EAF11_USTMA (Q4P209), EAF1A_ARATH (F4J7T3), 
EAF1B_ARATH (F4J7T2), EAF1_ASPFU  (Q4WP03), EAF1_CANAL  (Q5A119), 
EAF1_DEBHA  (Q6BI82), EAF1_EMENI  (Q5B4Q8), EAF1_EREGS  (Q756L0), 
EAF1_GIBZE  (Q4IB96), EAF1_KLULA  (Q6CMB8), EAF1_NEUCR  (Q7SBU6), 
EAF1_YARLI  (Q6C7K8), EAF1_YEAST  (Q06337), EAF_SCHPO   (O59773), 
EP400_HUMAN (Q96L91), EP400_MOUSE (Q8CHI8), ETA2_SCHPO  (O14108), 
ETC3_ARATH  (Q9M157), G432_FUSSX  (A0A6S6AAU0), GON4L_HUMAN (Q3T8J9), 
GON4L_MOUSE (Q9DB00), GON4L_RAT   (Q535K8), GSTT2_ARATH (Q8L727), 
GSTT3_ARATH (Q9FHE1), GTL1_ARATH  (Q9C882), GTL2_ARATH  (Q8H181), 
HAC1_ASPFC  (B0Y8Y3), HAC1_ASPFU  (A4D9H4), LIV4_CRYNH  (J9VW97), 
MAMYB_ARATH (Q9ASQ2), MYB1_PLAF7  (Q8IEF6), MYB31_MAIZE (B4FNX4), 
MYB42_MAIZE (K7UPS5), MYB69_MAIZE (K7TLS0), MYBC_DICDI  (Q54TN2), 
MYBL_DICDI  (Q54NA6), MYBM_DICDI  (Q55GK3), MYBN_DICDI  (Q54CT1), 
MYBO_DICDI  (Q54FL0), MYBR_DICDI  (Q54DP7), MYBS1_ORYSI (B8A9B2), 
MYBS1_ORYSJ (Q8LH59), MYBT_DICDI  (Q54DQ3), MYBV_DICDI  (Q54X08), 
MYBW_DICDI  (Q55BV7), MYBY1_SORBI (Q4G2I2), MYBZ_DICDI  (Q54Q45), 
MYB_AVIMB   (P01104), MYPOP_HUMAN (Q86VE0), MYPOP_MOUSE (Q8R4U1), 
MYPOP_XENLA (Q08B72), NCOR1_CAEEL (P34333), NSI1_YEAST  (Q12457), 
PIE1_ARATH  (Q7X9V2), PROS_HETIT  (W4JX79), PTL_ARATH   (Q9LZS0), 
REB1_KLULA  (Q05950), REB1_YEAST  (P21538), RNJ_ARATH   (Q84W56), 
RPI1_YEAST  (P23250), RSFA_BACSU  (P39650), RTF_SCHPO   (Q9UUI6), 
SNPC4_CAEEL (P91868), SNPC4_HUMAN (Q5SXM2), SNPC4_MOUSE (Q8BP86), 
TAY1_YARLI  (Q6C9I6), TCL1_ARATH  (D3GKW6), TGT1_ARATH  (Q9FX53), 
TGT2_ARATH  (Q39117), TGT3A_ARATH (Q9SDW0), TGT3B_ARATH (O80450), 
TGT4_ARATH  (Q9LU92), TRY_ARATH   (Q8GV05), TTF1_HUMAN  (Q15361), 
TTF1_MOUSE  (Q62187), UBF1A_XENLA (P25979), YMA9_CAEEL  (P34454)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
48 sequences

ASIL1_ARATH (Q9SYG2), ASIL2_ARATH (Q9LJG8), BDP1_HUMAN  (A6H8Y1), 
BDP1_MOUSE  (Q571C7), CHD6_HUMAN  (Q8TD26), CHD6_MOUSE  (A3KFM7), 
CHD6_RAT(D3ZA12), CPC_ARATH   (O22059), DMAP1_DROME (Q7K3D8), 
EAF1_CRYNB  (P0CO99), EAF1_CRYNJ  (P0CO98), ETC1_ARATH  (Q9LNI5), 
ETC2_ARATH  (Q84RD1), KNL2_CAEEL  (O44548), LIMYB_ARATH (Q9FFJ8), 
MSD1_HUMAN  (Q6ZTZ1), MSD1_MOUSE  (Q8BIL2), MSD2_CHICK  (Q5ZHX5), 
MSD2_HUMAN  (Q6P1R3), MSD2_MOUSE  (Q6NZR2), MSD3_BOVIN  (Q0III0), 
MSD3_HUMAN  (Q96H12), MSD3_MOUSE  (Q9CR78), MSD3_XENLA  (Q7ZYM8), 
MSD3_XENTR  (Q28J92), MSD4_BOVIN  (Q2KJB9), MSD4_HUMAN  (Q8NCY6), 
MSD4_MOUSE  (Q91YU3), MSD4_RAT(Q501L3), MSD4_XENTR  (Q6GLA1), 
MSD7_HUMAN  (A0A1W2PQ72), MYBB_DICDI  (O15816), MYBU_DICDI  (Q54QC0), 
MYBY_DICDI  (Q54PP6), TAZ1_SCHPO  (P79005), TCL2_ARATH  (B3H4X8), 
TE2IP_BOVIN (Q0VCT3), TE2IP_CHICK (Q7T0L4), TE2IP_DANRE (Q6NYJ3), 
TE2IP_HUMAN (Q9NYB0), TE2IP_MACFA (Q4R4I0), TE2IP_MOUSE (Q91VL8), 
TE2IP_RAT   (Q5EAN7), TE2IP_XENLA (Q71M44), TE2IP_XENTR (B8QB46), 
TERB1_DANRE (Q1LX29), TERB1_HUMAN (Q8NA31), TERB1_MOUSE (Q8C0V1)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
6 sequences

DNJC1_MOUSE (Q61712), DNJC2_BOVIN (Q1RMH9), MYB_DROME   (P04197), 
SWC4_ASPFU  (Q4WNY4), SWC4_CANAL  (Q5AAJ7), SWC4_EMENI  (Q5B4T5)
» more

PDB
[Detailed view]
24 PDB

1FEX; 1H8A; 1UG2; 1X58; 2EBI; 2JMW; 2LLK; 5N9G; 5Y81; 7FDO; 7VVY; 7VVZ; 7XUR; 7YFN; 7YFP; 7ZWC; 7ZWD; 7ZX7; 7ZX8; 7ZXE; 8ESC; 8ITY; 8IUE; 8IUH
» more