PROSITE entry PS50090
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | MYB_LIKE |
| Accession [info] | PS50090 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
01-FEB-2007 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00037 |
| Associated ProRule [info] | PRU00133 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Myb-like domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=52; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=52; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.3846165; R2=0.0116124; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=483; N_SCORE=5.9875995; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=301; N_SCORE=3.8741427; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='R'; M= -7, 1,-24, -2, -1,-21, -6, -2,-22, 7,-19,-11, 7,-15, 0, 12, 0, -4,-17,-27,-13, -2; /M: SY='P'; M= -5, -9,-28, -6, 2,-24,-14,-13,-15, -4,-21,-12, -8, 23, -2, -8, -1, -4,-15,-28,-20, -3; /M: SY='N'; M= -9, 7,-26, 8, 6,-22, -6, -2,-24, 3,-23,-15, 9, -8, 0, 2, 1, -6,-21,-28,-14, 2; /M: SY='L'; M= -7,-14,-23,-15, -9,-11,-22, -8, -2, -4, 1, 1,-11,-17, -7, 0,-11, -7, 0,-22, -6, -9; /M: SY='K'; M= -5, 2,-22, -3, 0,-22,-11, -8,-19, 13,-21,-11, 7,-15, 1, 11, -1, -4,-14,-26,-14, 0; /M: SY='R'; M= -9, -6,-28, -6, 3,-23,-12, -8,-27, 24,-23,-11, -2,-10, 5, 30, -5, -7,-19,-21,-13, 2; /M: SY='G'; M= -2, -2,-23, -3, -7,-23, 21,-13,-26, -6,-23,-14, 4,-16, -9, -6, 5, -4,-18,-27,-21, -8; /M: SY='P'; M= 0, -3,-22, -4, 0,-21,-13,-10,-18, 2,-20,-13, 2, 5, -3, 1, 3, -1,-16,-28,-16, -3; /M: SY='W'; M=-19,-38,-43,-40,-30, 21,-23,-28,-13,-22,-13,-15,-36,-30,-23,-21,-36,-26,-22,117, 28,-22; /M: SY='T'; M= 1, -1,-13, -5, -5,-15,-13,-16,-14, -8,-17,-13, 1, -6, -7,-10, 21, 31, -5,-33,-14, -6; /M: SY='E'; M= -7, 0,-27, 2, 10,-24,-18, -4,-20, 10,-19,-10, -2, -3, 6, 5, -4, -7,-16,-26,-13, 7; /M: SY='E'; M= -6, 10,-26, 17, 34,-29,-16, -3,-26, 5,-21,-18, 1, -2, 12, -3, 3, -5,-23,-31,-19, 23; /M: SY='E'; M=-11, 14,-30, 24, 55,-31,-19, 0,-31, 9,-21,-21, 2, -1, 19, -1, 0,-10,-30,-31,-20, 37; /M: SY='D'; M=-14, 25,-27, 36, 19,-30,-14, -2,-27, 0,-20,-18, 8,-10, 4, -7, 0, -5,-21,-34,-16, 11; /M: SY='E'; M= -9, 1,-27, 3, 16,-21,-20, -4,-16, 4,-10, -7, -2,-12, 13, 4, -5, -8,-17,-24,-11, 14; /M: SY='M'; M= 0,-13,-23,-17, -6,-11,-21,-13, -1, -1, 0, 3,-11,-16, -3, -3, -9, -6, -2,-21, -8, -5; /M: SY='L'; M= -9,-30,-22,-33,-23, 12,-32,-23, 25,-29, 38, 18,-27,-27,-22,-22,-26, -9, 15,-18, 1,-23; /M: SY='I'; M= -7,-21,-23,-24,-14, -4,-29,-18, 14,-11, 10, 8,-18,-19,-12,-10,-15, -7, 11,-20, -1,-15; /M: SY='E'; M= -5, 4,-24, 4, 10,-24,-15, -2,-22, 10,-18,-11, 3,-12, 7, 8, 1, -2,-18,-27,-12, 8; /M: SY='L'; M= 2,-20,-20,-24,-18, 1,-14,-14, 4,-20, 15, 5,-18,-23,-16,-18,-14, -7, 2,-14, 1,-17; /M: SY='V'; M= -5,-21,-17,-24,-19, -6,-28, -4, 13,-16, 6, 7,-17,-24,-15,-11,-13, -7, 17,-25, -2,-19; /M: SY='E'; M= -4, 1,-25, -1, 12,-24,-14, -1,-21, 11,-19, -8, 3,-12, 12, 11, 0, -6,-18,-26,-13, 11; /I: MD=-15; /M: SY='E'; M= -7, 0,-25, -1, 13,-21,-18, -5,-16, 9,-14, -7, 0,-12, 8, 5, -3, -4,-15,-25,-12, 10; D=-1; /I: MD=-15; /M: SY='H'; M=-13,-12,-23,-15,-12, 4,-22, 13, -3,-13, 5, 6, -7,-24, -8, -9,-14, -9, -7,-13, 13,-11; D=-1; /I: MD=-15; /M: SY='G'; M= -2, -7,-27, -5,-13,-25, 39,-16,-29,-14,-24,-16, -2, -8,-14,-16, -1,-15,-23,-20,-23,-14; D=-1; /I: I=-4; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; /M: SY='E'; M= -4, -1,-14, -1, 3,-14, -8, -1,-13, -1,-11, -6, -1, -3, 1, -3, 0, 0,-11,-18, -8, 1; D=-1; /I: DM=-15; /M: SY='N'; M= -7, 5,-25, 0, -4,-21, 3, -5,-18, -6,-19,-12, 11,-10, -5, -7, 0, -5,-19,-28,-16, -6; /M: SY='R'; M=-10, 4,-18, 2, 0,-20,-13, -2,-21, 5,-16,-10, 8,-18, 4, 13, -3, -7,-19,-28,-13, 1; /M: SY='W'; M=-20,-39,-49,-39,-30, 11,-20,-28,-19,-20,-19,-19,-39,-30,-20,-20,-39,-29,-29,146, 32,-20; /M: SY='S'; M= 0, 2,-21, 2, 5,-22,-10, -6,-21, 5,-20,-14, 4,-13, 2, 6, 7, 2,-14,-28,-14, 3; /M: SY='E'; M= -2, -3,-22, -2, 8,-17,-17,-11,-14, 2,-11, -9, -5,-13, 0, -1, -1, -3, -9,-26,-13, 4; /M: SY='I'; M= -8,-30,-25,-37,-29, 1,-37,-28, 43,-28, 21, 19,-23,-23,-21,-27,-19, -8, 31,-22, -2,-29; /M: SY='A'; M= 27, -8,-15,-12, -5,-21, -1,-16,-15, -8,-18,-14, -5, -2, -6,-15, 15, 3, -7,-27,-20, -6; /M: SY='K'; M= -4, 0,-25, 1, 8,-24,-13, -3,-22, 12,-20,-10, 1,-10, 6, 10, 0, -5,-17,-26,-13, 6; /I: MD=-18; /M: SY='H'; M=-11, -6,-22, -8, -4,-12,-17, 12,-15, 2,-10, -2, -1,-19, 1, 7, -8, -9,-15,-20, 2, -3; D=-3; /I: MD=-18; /M: SY='L'; M= -2,-24,-18,-29,-21, 9,-24,-17, 16,-22, 23, 17,-22,-24,-18,-18,-17, -6, 13,-18, 1,-19; D=-3; /I: I=-5; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18; /M: SY='P'; M= -8,-14,-29,-11, -6,-16, -2,-13,-15,-10,-13, -9,-11, 16, -9,-13, -9,-10,-18,-19,-12,-10; D=-3; /I: DM=-18; /M: SY='N'; M= -6, 3,-23, -1, -6,-20, 8, -4,-23, -4,-20,-13, 10,-17, -5, -2, 3, -2,-19,-27,-15, -6; /M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8, 2,-22,-20, 1,-30, 32,-22,-10, 0,-18, 10, 60,-10, -9,-20,-20, -9, 2; /M: SY='T'; M= -1, -2, 0, -9, -9,-15,-14,-16,-13,-11,-16,-11, 1,-13, -9,-10, 16, 24, -6,-34,-15, -9; /M: SY='D'; M= -6, 4,-29, 10, 2,-27, 3,-11,-28, -4,-26,-20, 0, 4, -6, -9, 0, -7,-23,-24,-18, -3; /M: SY='K'; M= -8, 6,-24, 1, 5,-20,-16, -4,-16, 11,-19, -9, 11,-15, 4, 6, -2, -3,-15,-25,-12, 4; /M: SY='Q'; M= -2, 6,-23, 8, 16,-29,-13, -1,-21, 3,-21,-10, 4,-10, 22, 0, 8, -2,-21,-28,-15, 19; /M: SY='C'; M= -9,-23, 67,-32,-29,-12,-32,-29, -5,-29, -6, -7,-21,-34,-27,-28,-12, -8, 6,-40,-20,-29; /M: SY='R'; M=-12, -7,-28, -8, 3,-22,-21, -3,-21, 26,-18, -4, -3,-15, 11, 32, -9, -9,-16,-20, -8, 5; /M: SY='N'; M=-10, 9,-24, 7, 5,-13,-15, 6,-15, -5,-10, -9, 10,-17, -1, -6, -3, -6,-17,-27, -5, 2; /M: SY='R'; M=-18,-10,-30,-10, -2,-12,-22, 8,-24, 21,-18, -7, -3,-20, 7, 39,-12,-11,-19,-11, 7, -1; /M: SY='W'; M=-19,-34,-41,-36,-28, 23,-23,-21,-14,-20,-12,-14,-33,-29,-21,-18,-32,-22,-21,104, 36,-21; /M: SY='N'; M=-10, 3,-23, -2, 2,-17,-17, 2,-14, 3,-12, -6, 9,-17, 5, 8, -4, -4,-16,-26, -9, 2; /M: SY='N'; M= -6, 7,-21, 0, 1,-19,-11, -6,-18, 7,-20,-12, 14,-15, 2, 7, 4, 3,-15,-29,-14, 1; /M: SY='Y'; M=-11,-17,-22,-19,-16, 3,-26, 7, 4,-16, 8, 6,-14,-25,-10,-11,-14, -5, 1,-11, 18,-15; /M: SY='L'; M= -8,-23,-21,-26,-19, 5,-27,-16, 15,-20, 24, 13,-21,-23,-17,-16,-20, -8, 10,-19, 1,-19; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Post-processing [info]
| COMPETES_HIT_WITH | PS51294(4); PS51293 |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 120 in 96 different sequences |
| Number of true positive hits | 114 in 90 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 6 in 6 different sequences |
| Number of false negative sequences | 48 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 95.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 70.37 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 3 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | K_Hofmann, PS_Langendijk_Genevaux |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | myb-like |
| Version [info] | 2 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
90 sequences
ASR3_ARATH (Q8VZ20), AZPA6_ASPTN (Q0CRP6), BAS1_YEAST (P22035), BASR_EMENI (A0A1U8QVN4), BFD1_TOXGM (S8GIB3), CEF1_EREGS (Q756C3), CEF1_KLULA (Q6CU65), DF1_ARATH (Q9C6K3), DMTF1_DANRE (Q6DG03), DMTF1_HUMAN (Q9Y222), DMTF1_MOUSE (Q8CE22), DMTF1_RAT (Q66HG1), DOM_DROME (Q9NDJ2), EAF11_USTMA (Q4P209), EAF1A_ARATH (F4J7T3), EAF1B_ARATH (F4J7T2), EAF1_ASPFU (Q4WP03), EAF1_CANAL (Q5A119), EAF1_DEBHA (Q6BI82), EAF1_EMENI (Q5B4Q8), EAF1_EREGS (Q756L0), EAF1_GIBZE (Q4IB96), EAF1_KLULA (Q6CMB8), EAF1_NEUCR (Q7SBU6), EAF1_YARLI (Q6C7K8), EAF1_YEAST (Q06337), EAF_SCHPO (O59773), EP400_HUMAN (Q96L91), EP400_MOUSE (Q8CHI8), ETA2_SCHPO (O14108), ETC3_ARATH (Q9M157), G432_FUSSX (A0A6S6AAU0), GON4L_HUMAN (Q3T8J9), GON4L_MOUSE (Q9DB00), GON4L_RAT (Q535K8), GSTT2_ARATH (Q8L727), GSTT3_ARATH (Q9FHE1), GTL1_ARATH (Q9C882), GTL2_ARATH (Q8H181), HAC1_ASPFC (B0Y8Y3), HAC1_ASPFU (A4D9H4), LIV4_CRYNH (J9VW97), MAMYB_ARATH (Q9ASQ2), MYB1_PLAF7 (Q8IEF6), MYB31_MAIZE (B4FNX4), MYB42_MAIZE (K7UPS5), MYB69_MAIZE (K7TLS0), MYBC_DICDI (Q54TN2), MYBL_DICDI (Q54NA6), MYBM_DICDI (Q55GK3), MYBN_DICDI (Q54CT1), MYBO_DICDI (Q54FL0), MYBR_DICDI (Q54DP7), MYBS1_ORYSI (B8A9B2), MYBS1_ORYSJ (Q8LH59), MYBT_DICDI (Q54DQ3), MYBV_DICDI (Q54X08), MYBW_DICDI (Q55BV7), MYBY1_SORBI (Q4G2I2), MYBZ_DICDI (Q54Q45), MYB_AVIMB (P01104), MYPOP_HUMAN (Q86VE0), MYPOP_MOUSE (Q8R4U1), MYPOP_XENLA (Q08B72), NCOR1_CAEEL (P34333), NSI1_YEAST (Q12457), PIE1_ARATH (Q7X9V2), PROS_HETIT (W4JX79), PTL_ARATH (Q9LZS0), REB1_KLULA (Q05950), REB1_YEAST (P21538), RNJ_ARATH (Q84W56), RPI1_YEAST (P23250), RSFA_BACSU (P39650), RTF_SCHPO (Q9UUI6), SNPC4_CAEEL (P91868), SNPC4_HUMAN (Q5SXM2), SNPC4_MOUSE (Q8BP86), TAY1_YARLI (Q6C9I6), TCL1_ARATH (D3GKW6), TGT1_ARATH (Q9FX53), TGT2_ARATH (Q39117), TGT3A_ARATH (Q9SDW0), TGT3B_ARATH (O80450), TGT4_ARATH (Q9LU92), TRY_ARATH (Q8GV05), TTF1_HUMAN (Q15361), TTF1_MOUSE (Q62187), UBF1A_XENLA (P25979), YMA9_CAEEL (P34454)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
48 sequences
ASIL1_ARATH (Q9SYG2), ASIL2_ARATH (Q9LJG8), BDP1_HUMAN (A6H8Y1), BDP1_MOUSE (Q571C7), CHD6_HUMAN (Q8TD26), CHD6_MOUSE (A3KFM7), CHD6_RAT(D3ZA12), CPC_ARATH (O22059), DMAP1_DROME (Q7K3D8), EAF1_CRYNB (P0CO99), EAF1_CRYNJ (P0CO98), ETC1_ARATH (Q9LNI5), ETC2_ARATH (Q84RD1), KNL2_CAEEL (O44548), LIMYB_ARATH (Q9FFJ8), MSD1_HUMAN (Q6ZTZ1), MSD1_MOUSE (Q8BIL2), MSD2_CHICK (Q5ZHX5), MSD2_HUMAN (Q6P1R3), MSD2_MOUSE (Q6NZR2), MSD3_BOVIN (Q0III0), MSD3_HUMAN (Q96H12), MSD3_MOUSE (Q9CR78), MSD3_XENLA (Q7ZYM8), MSD3_XENTR (Q28J92), MSD4_BOVIN (Q2KJB9), MSD4_HUMAN (Q8NCY6), MSD4_MOUSE (Q91YU3), MSD4_RAT(Q501L3), MSD4_XENTR (Q6GLA1), MSD7_HUMAN (A0A1W2PQ72), MYBB_DICDI (O15816), MYBU_DICDI (Q54QC0), MYBY_DICDI (Q54PP6), TAZ1_SCHPO (P79005), TCL2_ARATH (B3H4X8), TE2IP_BOVIN (Q0VCT3), TE2IP_CHICK (Q7T0L4), TE2IP_DANRE (Q6NYJ3), TE2IP_HUMAN (Q9NYB0), TE2IP_MACFA (Q4R4I0), TE2IP_MOUSE (Q91VL8), TE2IP_RAT (Q5EAN7), TE2IP_XENLA (Q71M44), TE2IP_XENTR (B8QB46), TERB1_DANRE (Q1LX29), TERB1_HUMAN (Q8NA31), TERB1_MOUSE (Q8C0V1)» more |
| UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences |
6 sequences
DNJC1_MOUSE (Q61712), DNJC2_BOVIN (Q1RMH9), MYB_DROME (P04197), SWC4_ASPFU (Q4WNY4), SWC4_CANAL (Q5AAJ7), SWC4_EMENI (Q5B4T5)» more |
| PDB [Detailed view] |
24 PDB
1FEX; 1H8A; 1UG2; 1X58; 2EBI; 2JMW; 2LLK; 5N9G; 5Y81; 7FDO; 7VVY; 7VVZ; 7XUR; 7YFN; 7YFP; 7ZWC; 7ZWD; 7ZX7; 7ZX8; 7ZXE; 8ESC; 8ITY; 8IUE; 8IUH » more |