PROSITE entry PS50113

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	PAC
Accession [info]	PS50113
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50112
Associated ProRule [info]	PRU00141

Name and characterization of the entry

Description [info]

PAC domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=53;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=48;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4010999; R2=0.0265788; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1878.3033447; R2=1.4344569; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=230; H_SCORE=2208; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=155; H_SCORE=2101; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M=-10, -8,-25,-11, -2, -8,-20,  2,-15,  1,-10, -4, -4,-16,  6,  8, -6, -4,-15,-15,  2,  1;
/M: SY='D';  M= -8,  8,-24, 10,  6,-22,-11, -7,-21, -1,-18,-13,  5, -7,  1, -4,  2,  2,-18,-28,-14,  3;
/M: SY='V';  M= -7,-17,-21,-20,-15, -1,-17,-14,  0,-14, -1, -1,-16,-22,-14,-13,-10, -4,  2, -6,  1,-15;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-27, 17, 36,-28,-17, -3,-27,  7,-21,-18,  3, -2, 13,  1,  2, -5,-25,-31,-18, 24;
/M: SY='F';  M= -9,-21,-21,-24,-20,  9,-21,-14,  4,-16,  1,  2,-18,-19,-18,-14,-14, -8,  4, -7,  8,-20;
/M: SY='R';  M= -8, -7,-26, -8,  1,-21,-14, -5,-19, 10,-16, -7, -4,-16,  8, 21, -4, -5,-14,-18,-11,  3;
/M: SY='L';  M= -8,-24,-21,-28,-21, 11,-27,-16, 16,-21, 20, 14,-21,-25,-19,-18,-18, -8, 13,-16,  4,-20;
/M: SY='I';  M= -8,-18,-23,-20,-10, -4,-28,-16,  9,-10,  4,  4,-15,-18, -9, -8,-12, -6,  7,-19, -1,-12;
/M: SY='R';  M= -8,  3,-23, -1,  1,-20,-11,  0,-22,  6,-19,-11,  7,-14,  3, 13, -1, -3,-19,-26,-12,  1;
/I:         I=-8; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='K';  M= -5, -5,-25, -5,  0,-22,-15,-11,-21, 12,-19,-11, -3, -1,  1, 12, -5, -6,-17,-24,-14, -1;
/M: SY='D';  M=-13, 28,-27, 37, 11,-32, -5,  1,-32, -1,-27,-22, 17, -8,  1, -7,  4, -5,-26,-35,-18,  6;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-28, -5,-13,-28, 48,-16,-34,-14,-27,-18,  3,-18,-14,-14,  1,-15,-26,-23,-26,-13;
/M: SY='S';  M=  0, -1,-19, -3,  4,-22, -8,-10,-21,  0,-20,-14,  2,-10,  3,  3, 12, 10,-14,-29,-16,  3;
/M:         M= -7,-16,-20,-17, -9,-13,-21,-17, -2, -9, -4, -1,-14, -5, -9, -9, -8, -4, -2,-21,-11,-10;
/M: SY='F';  M=-10,-22,-23,-26,-19, 12,-24,-15,  5,-10,  5,  3,-16,-24,-16, -1,-15, -9,  5,-12,  6,-18;
/M: SY='W';  M=-13,-25,-33,-25,-18,  1,-22,-12,-11,-16,-12,-10,-23,-12,-14,-14,-19,-12,-16, 47, 14,-15;
/M: SY='V';  M= -1,-20, -8,-25,-21,  0,-20,-21, 11,-21, 10,  6,-17,-25,-20,-20,-12, -6, 13,-23, -7,-21;
/M: SY='E';  M=-10, -7,-26, -5,  5,-11,-22,  3, -9, -7,  0, -2, -8,-17,  1, -4,-11,-10,-10,-21, -2,  2;
/M: SY='V';  M= -1,-19,-19,-21,-16,  0,-19,-19,  6,-18,  7,  2,-17,-22,-15,-16, -8, -2,  8,-17, -5,-16;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-16; IM=0;
/M: SY='N';  M= -6,  5,-19,  3,  1,-16,-13, -1,-18,  1,-18,-12,  7,-14,  2,  3,  6,  5,-13,-23, -8,  0; D=-3;
/I:         DM=-16;
/M: SY='A';  M=  8,-16,-18,-20,-16,-11, -4,-20,  2,-15, -2, -1,-12,-19,-16,-16, -3, -3,  7,-22,-12,-17; D=-3;
/I:         DM=-16;
/M: SY='S';  M=  0, -9,-12,-12, -6,-16,-13,-10,-11, -6,-13, -7, -5,-16, -3, -5,  5,  4, -5,-27,-11, -5;
/M: SY='P';  M= -2,-19,-27,-15, -6,-18,-17,-20,-10,-13,-13,-11,-18, 35,-13,-18, -8, -8,-12,-27,-21,-12;
/M: SY='I';  M= -9,-20,-23,-25,-17, -1,-28,-14, 17,-16,  9, 12,-16,-21,-12,-13,-12, -4, 12,-18,  2,-17;
/M: SY='R';  M=-15,-16,-23,-18,-10,  1,-23, -2,-10,  1, -4, -1,-10,-21, -5, 16,-13, -7, -8,-14,  5,-10;
/M: SY='D';  M=-13, 27,-27, 33,  7,-26, -4,  1,-30, -4,-26,-22, 19,-15, -2, -8,  2, -6,-26,-26,-12,  2;
/M: SY='E';  M=  0,  3,-24,  6, 14,-26, -7, -6,-22,  1,-20,-14,  1, -7,  8, -3,  4, -4,-18,-27,-17, 10;
/M: SY='D';  M= -4,  7,-25,  8,  5,-26, -4, -5,-25,  4,-22,-15,  6,-14,  4,  4,  2, -5,-20,-26,-16,  4;
/M: SY='G';  M= -6,  6,-29, 10, -3,-32, 35, -8,-37,-10,-28,-20,  6,-16, -6,-12,  0,-15,-30,-26,-24, -5;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
/M: SY='E';  M= -6,  1,-17,  1, 10,-20,-13,  1,-20,  4,-16,-10,  2,-12, 10,  5,  0, -4,-18,-23,-11, 10; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='V';  M= -2,-20,-15,-21,-17,  2,-21,-17, 11,-15,  8,  5,-19,-13,-17,-13,-11, -3, 14,-14, -3,-17; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='I';  M= -6,-12,-23,-14, -7,-15,-23,-13,  1, -5, -4,  0, -9,-14, -1, -2, -6, -3,  1,-23, -9, -6;
/M: SY='G';  M= -8,-10,-27,-11, -7,-11,  4, -2,-18, -6,-12, -7, -5,-19, -6, -3, -8,-13,-16,-14,  0, -8;
/M: SY='F';  M= -9,-25,-22,-30,-22, 21,-29,-17, 13,-21, 11,  7,-21,-25,-21,-18,-16, -6, 10, -4, 15,-22;
/M: SY='I';  M= -7,-22,-16,-26,-19, -2,-28,-19, 18,-21, 16, 11,-19,-23,-14,-17,-13, -4, 15,-24, -5,-18;
/M: SY='G';  M=  2,-16,-13,-19,-20,-13, 19,-21,-15,-20, -9, -8,-11,-23,-20,-19, -5,-11, -7,-23,-18,-20;
/M: SY='V';  M= -3,-16,-17,-22,-19,  2,-21,-19, 11,-17,  3,  6,-12,-21,-16,-16, -4,  5, 14,-23, -5,-18;
/M:         M= -3,-14,-19,-18,-14, -4, -8, -8, -5,-17, -5, -1, -9,-20, -9,-15, -6, -8, -5,-18, -5,-12;
/M: SY='R';  M= -8,-10,-24,-12, -3,-16,-21, -5, -8,  3, -7, -1, -5,-17,  5, 13, -4, -3, -7,-24, -9, -1;
/M: SY='D';  M=-18, 45,-29, 62, 18,-37,-10, -1,-37, -1,-29,-28, 19, -9,  0,-10,  1, -9,-28,-39,-20,  9;
/M: SY='I';  M= -7,-27,-24,-34,-27, -1,-30,-27, 35,-26, 18, 16,-21,-23,-21,-25,-17, -6, 26,-22, -4,-27;
/M: SY='T';  M=  2,  1,-12, -6, -7,-14,-13,-16,-13, -9,-15,-12,  2,-11, -7, -9, 22, 37, -4,-32,-13, -7;
/M: SY='E';  M= -5,  9,-27, 15, 27,-30,-12, -3,-26,  4,-20,-16,  1, -4, 11, -3,  0, -9,-23,-28,-18, 19;
/M: SY='R';  M=-11,-10,-26,-12,  0,-14,-21,  2,-15,  5, -6, -2, -6,-18,  8, 19, -9, -7,-13,-21, -5,  2;
/M: SY='K';  M=-11, -4,-28, -4,  3,-21,-21, -3,-19, 25,-19, -6, -3,-14,  6, 19, -9, -8,-13,-20, -5,  3;
/M: SY='Q';  M= -7, -3,-26, -3, 16,-23,-19, -3,-16,  7,-11, -3, -3,-12, 18, 10, -3, -5,-17,-24,-12, 16;
/M: SY='A';  M= 15,-16,-17,-21,-13, -9,-13,-19, -1,-14,  0, -1,-14, -9,-12,-17, -2,  0,  2,-21,-11,-13;
/M: SY='E';  M= -8, -2,-28,  0, 22,-23,-19, -2,-15,  3,-10, -5, -4,-11, 18,  2, -5, -9,-18,-23,-10, 19;
/M: SY='E';  M= -4,  3,-25,  5, 12,-24,-15, -2,-17,  1,-13, -8,  0,-12, 12,  1, -1, -7,-17,-26,-12, 12;
/M: SY='E';  M=  1, -1,-24, -2, 11,-24,-15, -5,-19,  8,-16, -9,  0,-10,  9, 11, -1, -7,-17,-24,-15,  9;
/M: SY='L';  M= -7,-22,-21,-23,-13,  4,-26,-17,  9,-19, 28, 11,-22,-25,-13,-12,-20, -8,  4,-20, -3,-13;
/M: SY='Q';  M= -5, -1,-25, -3,  7,-24,-17,  1,-16,  6,-15, -7,  2,-13, 14, 10, -1, -4,-16,-25,-11,  9;
/M: SY='E';  M= -5,  2,-23,  2, 13,-23,-15, -4,-22,  8,-17,-12,  2,-11,  9, 12, -2, -5,-19,-25,-14, 10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2023_05 which contains 570'420 sequence entries.

Total number of hits	147 in 118 different sequences
Number of true positive hits	147 in 118 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	107
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	57.87 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Taxonomic range [info]	Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	4
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	PAC
Version [info]	7

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

118 sequences

ARCB_ECO57  (P58363), ARCB_ECOLI  (P0AEC3), ARCB_SHIFL  (P0AEC4),

ATOS_ECOLI  (Q06067), BAT_HALSA   (Q9HPU8), BDLA_PSEAE  (Q9I3S1), 
BVGS_BORBR  (P26762), BVGS_BORPA  (P40330), BVGS_BORPE  (P16575), 
DCRA_DESVH  (P35841), DCTS_RHOCA  (P37739), DGCE_ECOLI  (P38097), 
DGCM_ECO57  (Q8X8Q3), DGCM_ECOLI  (P77302), DGC_VIBC3   (A0A0H3AFM6), 
DHKD_DICDI  (Q54SP4), DHKF_DICDI  (Q551X9), DHKI_DICDI  (Q86AT9), 
DOSP_ECOLI  (P76129), FILI_METH6  (E5KK10), FIXL_AZOC5  (P26489), 
FIXL_BRADU  (P23222), FIXL_RHIME  (P10955), KCNAE_DROME (Q02280), 
KCNH1_BOVIN (O18965), KCNH1_HUMAN (O95259), KCNH1_MOUSE (Q60603), 
KCNH1_RAT   (Q63472), KCNH2_CANLF (Q9TSZ3), KCNH2_HUMAN (Q12809), 
KCNH2_MOUSE (O35219), KCNH2_RABIT (Q8WNY2), KCNH2_RAT   (O08962), 
KCNH3_HUMAN (Q9ULD8), KCNH3_MOUSE (Q9WVJ0), KCNH3_RAT   (O89047), 
KCNH4_HUMAN (Q9UQ05), KCNH4_RAT   (Q9R1T9), KCNH5_HUMAN (Q8NCM2), 
KCNH5_MOUSE (Q920E3), KCNH5_RAT   (Q9EPI9), KCNH8_HUMAN (Q96L42), 
KCNH8_MOUSE (P59111), KCNH8_RAT   (Q9QWS8), KINC_BACSU  (P39764), 
LOVHK_BRUA1 (B2SB67), LOVHK_BRUA2 (Q2YKK7), LOVHK_BRUA4 (A6X554), 
LOVHK_BRUAB (Q577Y7), LOVHK_BRUC2 (A9MBM8), LOVHK_BRUME (Q8YC53), 
LOVHK_BRUO2 (A5VUS1), LOVHK_BRUSI (A9WYQ7), LOVHK_BRUSU (Q8FW73), 
LOVHK_PSE14 (Q48IV1), LOVHK_PSESM (Q881J7), LOVHK_PSEU2 (Q4ZSY3), 
LOVHK_RHIL3 (Q1M667), LVHK1_ERYLH (Q2NCA3), LVHK2_ERYLH (Q2NB77), 
LVHTH_ERYLH (Q2NB98), MAK1_SCHPO  (Q9P7Q7), MAK3_SCHPO  (O74539), 
MSMS_METAC  (Q8THF6), MTDRP_MYCTO (P9WLZ6), MTDRP_MYCTU (P9WLZ7), 
NIFL_AZOVI  (P30663), NIFL_KLEOX  (P56267), NIFL_KLEPN  (P06772), 
NODV_BRADU  (P15939), PHOT1_ARATH (O48963), PHOT2_ARATH (P93025), 
PHOT2_ORYSJ (Q9ST27), PHOT_BACSU  (O34627), PHOT_CHLRE  (Q8LPD9), 
PHOT_LISIN  (Q92DM1), PHOT_LISMO  (P58724), PHT1A_ORYSJ (Q2QYY8), 
PHT1B_ORYSJ (Q2RBR1), PHY1_CERPU  (P25848), PHY1_SELMA  (Q01549), 
PHYA1_TOBAC (P33530), PHYA2_SOYBN (B4YB07), PHYA_SOLTU  (P30733), 
PHYE_IPONI  (P55004), PHY_MOUSC   (P33529), PPRA_PSEAE  (Q9HWA7), 
TCSA_EMENI  (Q9P896), TDIS_THAAR  (O87939), TLOV1_ARATH (O64511), 
TMOS_PSEME  (Q8KIY1), TODS_PSEP1  (A5W4E3), TODS_PSEPT  (E0X9C7), 
WALK_BACSU  (Q45614), WALK_STAA1  (A7WWQ7), WALK_STAA2  (A6TXG9), 
WALK_STAA3  (Q2FKN7), WALK_STAA8  (Q2G2U4), WALK_STAA9  (A5INR0), 
WALK_STAAB  (Q2YUQ2), WALK_STAAC  (Q5HJX6), WALK_STAAE  (A6QD58), 
WALK_STAAM  (Q7A305), WALK_STAAN  (Q7A8E0), WALK_STAAR  (Q6GKS6), 
WALK_STAAS  (Q6GD71), WALK_STAAT  (A8YYU2), WALK_STAAU  (Q9RDT3), 
WALK_STAAW  (Q7A215), WALK_STAEQ  (Q5HK19), WALK_STAES  (Q8CU87), 
WALK_STAHJ  (Q4LAJ8), WALK_STAS1  (Q4A159), WALK_STRP2  (A0A0H2ZNH9), 
WALK_STRR6  (Q8DPL8), Y1002_RHIME (Q52969), Y3085_AZOC5 (Q04855), 
Y4LL_SINFN  (P55552)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

107 sequences

ADO1_ARATH  (Q94BT6), ADO2_ARATH  (Q8W420), ADO3_ARATH  (Q9C9W9),

AHA1_CAEEL  (O02219), AHR_DELLE   (Q95LD9), AHR_HUMAN   (P35869), 
AHR_MOUSE   (P30561), AHR_MUSCR   (Q8R4S7), AHR_MUSMC   (Q8R4S6), 
AHR_MUSMM   (Q8R4S5), AHR_MUSSI   (Q8R4S4), AHR_MUSSP   (Q8R4S2), 
AHR_RABIT   (O02747), AHR_RAT (P41738), ARNT2_DANRE (Q9DG12), 
ARNT2_HUMAN (Q9HBZ2), ARNT2_MOUSE (Q61324), ARNT2_RAT   (Q78E60), 
ARNT_BOVIN  (Q9BE97), ARNT_DROME  (O15945), ARNT_HUMAN  (P27540), 
ARNT_MOUSE  (P53762), ARNT_ONCMY  (P79832), ARNT_RABIT  (O02748), 
ARNT_RAT(P41739), BMAL1_CHICK (Q9I8T7), BMAL1_HORSE (A0MLS5), 
BMAL1_HUMAN (O00327), BMAL1_MESAU (O88529), BMAL1_MOUSE (Q9WTL8), 
BMAL1_NANGA (Q91YA9), BMAL1_PONAB (Q5R4T2), BMAL1_RAT   (Q9EPW1), 
BMAL1_TYTAL (Q6YGZ5), BMAL2_CHICK (Q8QGQ7), BMAL2_HUMAN (Q8WYA1), 
BMAL2_MOUSE (Q2VPD4), CLOCK_CHICK (Q8QGQ6), CLOCK_HUMAN (O15516), 
CLOCK_MOUSE (O08785), CLOCK_NANGA (Q91YB0), CLOCK_PONAB (Q5RAK8), 
CLOCK_RAT   (Q9WVS9), CLOCK_SPACA (Q91YB2), CLOCK_SPAJD (Q91YA8), 
CLOCK_TYTAL (Q6YGZ4), CYCL_DROME  (O61734), DHKA_DICDI  (Q54U87), 
DHKL_DICDI  (Q54RP6), EPAS1_HUMAN (Q99814), EPAS1_MOUSE (P97481), 
EPAS1_RAT   (Q9JHS1), HIF1A_BOSMU (Q0PGG7), HIF1A_BOVIN (Q9XTA5), 
HIF1A_CHICK (Q9YIB9), HIF1A_EOSFB (Q309Z6), HIF1A_HUMAN (Q16665), 
HIF1A_MOUSE (Q61221), HIF1A_ONCMY (Q98SW2), HIF1A_RAT   (O35800), 
HIF1A_XENLA (Q9I8A9), HIF1_CAEEL  (G5EGD2), KCNH6_CHICK (Q9PT84), 
KCNH6_HUMAN (Q9H252), KCNH6_RAT   (O54853), KCNH7_HUMAN (Q9NS40), 
KCNH7_MOUSE (Q9ER47), KCNH7_RAT   (O54852), KINA_BACSU  (P16497), 
KINB_PSEAI  (O34206), NPAS1_HUMAN (Q99742), NPAS1_MOUSE (P97459), 
NPAS2_CHICK (Q5ZQU2), NPAS2_HUMAN (Q99743), NPAS2_MOUSE (P97460), 
NPAS3_HUMAN (Q8IXF0), NPAS3_MOUSE (Q9QZQ0), NPAS4_HUMAN (Q8IUM7), 
NPAS4_MOUSE (Q8BGD7), NPAS4_RAT   (Q8CJH6), NPS4A_DANRE (Q1ECW2), 
PDE8A_HUMAN (O60658), PDE8A_MOUSE (O88502), PER1_HUMAN  (O15534), 
PER1_MOUSE  (O35973), PER1_RAT(Q8CHI5), PER1_SPAJD  (Q8K3T3), 
PER2_CHICK  (Q8QGQ8), PER2_HUMAN  (O15055), PER2_MOUSE  (O54943), 
PER2_RAT(Q9Z301), PER2_SPAJD  (Q8K3T2), PER3_HUMAN  (P56645), 
PER3_MOUSE  (O70361), PER3_RAT(Q8CJE2), PHYA_ARATH  (P14712), 
SIM1A_DANRE (Q98SJ5), SIM1_HUMAN  (P81133), SIM1_MOUSE  (Q61045), 
SIM1_PANPA  (A1YFY6), SIM1_PANTR  (A2T6X9), SIM2_HUMAN  (Q14190), 
SIM2_MOUSE  (Q61079), SIMA_DROME  (Q24167), TRH_DROME   (Q24119), 
WALK_MAMSC  (A5A2P0), WC1_NEUCR   (Q01371)

» more

PDB
[Detailed view]

103 PDB

1BYW; 1DP6; 1DP8; 1DP9; 1DRM; 1LSV; 1LSW; 1LSX; 1LT0; 1N9L; 1N9N; 1N9O; 1S66; 1S67; 1V9Y; 1V9Z; 1VB6; 1XJ2; 1XJ3; 1XJ4; 1XJ6; 1Y28; 2CMN; 2GJ3; 2L0W; 2L1M; 2L4R; 2MWG; 2OWH; 2OWJ; 2PR5; 2PR6; 2VV6; 2VV7; 2VV8; 2Z6C; 2Z6D; 3K3C; 3K3D; 3KX0; 3P7N; 3T50; 4EEP; 4EER; 4EES; 4EET; 4EEU; 4GCZ; 4HHD; 4HOI; 4HP9; 4HQA; 4LLO; 4MN5; 4MN6; 4NXB; 4NXE; 4NXF; 4NXG; 4R38; 4R3A; 5EPV; 5HWT; 5HWV; 5HWW; 5J7E; 5K7L; 5VA1; 5VA2; 5VA3; 6GPU; 6GPV; 6PBX; 6PBY; 6PH2; 6PH3; 6PH4; 6PPS; 6QQH; 6QQI; 6QQJ; 6QQK; 6QSA; 6S45; 6S46; 6Y7Q; 7ABY; 7DUC; 7YID; 7YIE; 7YIF; 7YIG; 7YIH; 7YIJ; 8A2V; 8A2W; 8A4E; 8A5R; 8A5S; 8EOW; 8EP0; 8EP1; 8F5Z
» more