PROSITE entry PS50128

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	SURP
Accession [info]	PS50128
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JAN-2003 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50128
Associated ProRule [info]	PRU00263

Name and characterization of the entry

Description [info]

SURP motif repeat profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=43;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=39;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3965000; R2=0.0176753; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2105.0000000; R2=1.0091954; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=402; H_SCORE=2511; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=289; H_SCORE=2397; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='I';  M= -8,-24,-18,-29,-24, -3,-33,-25, 28,-22, 14, 11,-20,-23,-18,-20,-15, -4, 24,-25, -5,-23;
/M: SY='I';  M= -6,-29,-23,-36,-28,  3,-35,-28, 39,-27, 19, 16,-23,-24,-23,-26,-18, -7, 31,-21, -2,-28;
/M: SY='E';  M=-13, 14,-29, 19, 21,-30,-17,  0,-29, 19,-25,-16,  7,-10, 10, 12, -4, -9,-24,-28,-14, 15;
/M: SY='K';  M= -9, -9,-24,-11, -6,-11,-19,-11,-10,  8, -4, -2, -6,-18, -5,  7,-10, -3, -7,-21, -5, -6;
/M: SY='T';  M= -2,-10, -9,-18,-15, -2,-23,-19,  0,-15,  2, -1,-10,-17,-14,-14,  4, 26,  5,-25, -4,-15;
/M: SY='A';  M= 38,-13,-11,-21,-13,-16, -6,-21, -2,-12, -7, -6,-12,-14,-13,-20,  7,  1,  8,-23,-18,-13;
/M: SY='Q';  M= -9, -1,-21,  0, 11,-25,-15, -3,-22,  7,-17, -9,  1,-13, 17, 11,  1, -3,-20,-27,-14, 13;
/M: SY='F';  M=-18,-25,-20,-31,-25, 52,-29, -5,  0,-23,  6,  0,-18,-29,-27,-17,-17, -9, -3,  9, 38,-25;
/M: SY='V';  M=  0,-28,-14,-30,-28,  0,-29,-26, 28,-20,  9, 10,-26,-27,-25,-20,-10, -1, 39,-25, -5,-27;
/M: SY='A';  M= 28,-12,-10,-18,-11,-17, -8,-19, -5,-10,-10, -7, -9,-14, -9,-16, 10,  2,  4,-25,-17,-10;
/M: SY='R';  M= -7, -7,-27, -8,  4,-24,-19, -7,-22, 22,-20, -8, -4,-15, 12, 27, -7, -8,-15,-15,-10,  6;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='N';  M=-13, 15,-22,  9,  0,-15,-10, 12,-22,  2,-23,-14, 23,-19,  2,  3, -2, -7,-25,-24, -2,  0;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-19,-30, 66,-20,-40,-17,-30,-20,  0,-20,-19,-18,  0,-20,-30,-20,-29,-19;
/M: SY='P';  M= -3,-10,-24, -9, -3,-18,-16,-14,-12, -1, -9, -6, -9,  1, -3, -2, -3, -1,-10,-26,-14, -4;
/M: SY='E';  M= -6,  0,-26,  2, 18,-22,-18, -3,-16,  2,-14, -8, -2, -7, 13,  0,  0, -5,-18,-25,-11, 15;
/M: SY='F';  M=-13,-25,-20,-32,-23, 49,-27,-16,  3,-22,  9,  4,-19,-26,-28,-17,-17, -8,  2,  0, 20,-23;
/M: SY='E';  M= -8,  1,-28,  7, 36,-24,-19, -4,-20,  4,-11,-12, -5, -7, 13,  2, -4,-10,-21,-27,-16, 24;
/M: SY='A';  M=  1, -2,-23, -5,  1,-20,-13, -8,-12, -1,-13, -6, -1,-10,  1, -3,  0, -1,-10,-25,-13,  0;
/M: SY='M';  M= -4,-10,-22,-14, -5,-14,-16,-10, -6,  4, -6,  6, -8,-16,  0,  3, -5, -4, -3,-23, -9, -3;
/M: SY='L';  M= -6,-25,-21,-29,-20,  1,-29,-21, 23,-24, 26, 17,-22,-24,-15,-20,-18, -4, 16,-22, -3,-19;
/M: SY='R';  M= -8,-14,-23,-18, -9,-11,-20, -8, -4,  5,  0, 13,-10,-19, -1, 14,-10, -6, -2,-22, -7, -6;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='E';  M=  0,  6,-21,  6, 13,-24,-14, -6,-18,  3,-15,-11,  2,-10,  9, -2,  3,  1,-15,-26,-14, 11; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='R';  M=-13,  2,-27,  2,  5,-24,-17, -1,-27, 25,-23,-11,  6,-15,  9, 33, -4, -7,-21,-25,-11,  5;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='E';  M= -6,  3,-18,  3, 11,-16,-14, -1,-10,  1,-12, -7,  2,-10,  9, -2,  0, -3,-10,-19, -6, 10; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M:         M= -4,  0,-22, -2, -2,-16,-14, -9, -9, -3,-12, -4,  0, -8,  0, -7, -3, -4, -8,-21,-12, -1; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='N';  M= -9, 16,-24, 12,  1,-23, -1,  0,-23,  2,-24,-15, 21,-12, -2,  1,  3, -2,-22,-31,-17, -1; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='N';  M=-10, 26,-23, 23,  7,-22, -8,  2,-22, -2,-23,-18, 28,-12, -1, -4,  4, -3,-23,-34,-16,  2; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='P';  M=  2, -5,-26, -3,  2,-21,-13,-10,-18, -6,-19,-14, -7, 18, -1,-13,  0, -1,-18,-23,-13, -1;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='Q';  M= -8, -6,-25, -8,  4,-21,-18, -2,-16, 13,-12,  1, -4,-11, 17, 17, -7, -7,-16,-19, -7,  9; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='F';  M=-19,-29,-21,-38,-28, 68,-30,-16,  2,-29, 13,  2,-20,-29,-36,-20,-21,-10,  1,  5, 26,-28;
/M: SY='D';  M= -8, 15,-25, 16,  9,-26, -5,  1,-27,  2,-23,-17, 14,-10,  2,  0,  3, -4,-23,-32,-16,  4;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-21,-30,-21,  8,-26,-18, 20,-26, 39, 24,-27,-28,-18,-19,-26,-10, 11,-20, -1,-20;
/M: SY='R';  M=-13,  1,-27, -2,  3,-14,-14,  0,-23, 14,-20,-10,  6,-16,  2, 15, -6, -8,-20,-17, -6,  2;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='P';  M= -3, -5,-27, -1,  7,-23,-11,-12,-21, -4,-25,-17, -5, 23, -1,-11,  5, -2,-21,-29,-20,  1;
/M: SY='S';  M= -3,  9,-22,  8,  4,-24,  0,-10,-25, -1,-24,-17,  8,-12, -1, -6, 10,  6,-19,-28,-17,  2;
/M: SY='H';  M=-13, 22,-26, 24,  9,-27, -9, 29,-29, -3,-25,-16, 21,-15,  5, -4,  2, -9,-28,-34, -7,  6;
/M: SY='P';  M= -6, -5,-21, -3,  1,-18,-11, -6,-21, -9,-21,-16, -4, 14, -5,-11,  1, -3,-20,-27,-14, -4;
/M: SY='Y';  M=-12,-19,-26,-20,-15, 10,-25,  0, -1,-11,  7,  4,-17,-15,-10, -6,-17, -9, -7, -4, 23,-15;
/M: SY='H';  M=-14, -2,-19, -5, -6,  0,-20, 34,-19,-10,-14, -6,  3,-22, -3, -6, -8,-12,-19,-17, 17, -6;
/M:         M= -1, -7,-25, -8, -2,-13, -8, -1,-18, -6,-18,-11, -4,  0, -3, -7,  0, -4,-17,-20, -5, -4;
/M: SY='Y';  M=-16,-21,-24,-24,-21, 32,-28,  1,  1,-14,  4,  0,-19,-27,-18,-12,-15, -4, -2, 11, 47,-21;
/M: SY='Y';  M=-17,-21,-26,-24,-20, 37,-28,  5, -2,-13,  2,  0,-19,-28,-16,-11,-19,-10, -7, 18, 55,-20;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_04 which contains 571'864 sequence entries.

Total number of hits	43 in 28 different sequences
Number of true positive hits	43 in 28 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	REPEAT
Feature description [info]	SURP motif
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

28 sequences

CHERP_HUMAN (Q8IWX8), CHERP_MOUSE (Q8CGZ0), PRP21_YEAST (P32524),

RRC1L_ARATH (F4KIA8), RRC1_ARATH  (Q9C5J3), SA114_SCHPO (O13900), 
SF3A1_ARATH (Q8RXF1), SF3A1_BOVIN (A2VDN6), SF3A1_DICDI (Q86A14), 
SF3A1_HUMAN (Q15459), SF3A1_MOUSE (Q8K4Z5), SFSWA_HUMAN (Q12872), 
SFSWA_MOUSE (Q3USH5), SFSWA_RAT   (D3ZTQ1), SR140_HUMAN (O15042), 
SR140_MOUSE (Q6NV83), SR140_PONAB (Q5R7X2), SUGP1_ARATH (Q94C11), 
SUGP1_HUMAN (Q8IWZ8), SUGP1_MOUSE (Q8CH02), SUGP1_RAT   (Q68FU8), 
SUGP2_HUMAN (Q8IX01), SUGP2_MOUSE (Q8CH09), SUWA_DROME  (P12297), 
SWAP_CAEEL  (Q10580), TGHH_ORYSI  (B8B2G4), TGHH_ORYSJ  (Q67VW6), 
TGH_ARATH   (Q8GXN9)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

32 PDB

1UG0; 1X4O; 2DT6; 2DT7; 2E5Z; 2E60; 4DGW; 5NRL; 5Z56; 5Z57; 5Z58; 5ZWM; 5ZWO; 6AH0; 6AHD; 6FF7; 6G90; 6QX9; 6Y53; 6Y5Q; 7ABG; 7ABI; 7DCO; 7EVO; 7OQB; 7OQE; 7VH9; 7VPX; 8CH6; 8HK1; 8Q7N; 8QO9
» more