PROSITE entry PS50179
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | VHS |
| Accession [info] | PS50179 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50179 |
| Associated ProRule [info] | PRU00218 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | VHS domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=130; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=125; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1228000; R2=0.0167642; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=7779.0566406; R2=4.9245281; TEXT='Heuristic 0.1%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=441; H_SCORE=9951; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=321; H_SCORE=9360; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='A'; M= 39,-11,-11,-19,-11,-17, -4,-20, -7,-12, -7, -8,-10,-12,-10,-19, 9, 2, 1,-22,-18,-11; /M: SY='T'; M= -2, 1, -5, -6, -4,-13,-20,-18,-14, -9,-12,-12, -1,-11, -8,-10, 16, 39, -4,-31,-12, -6; /M: SY='S'; M= -1, 15,-18, 16, 4,-21, -7, -6,-24, -4,-25,-20, 15,-12, -2, -5, 17, 7,-17,-35,-17, 1; /M: SY='P'; M= -7, -1,-29, 3, 12,-26,-14, -9,-19, -3,-18,-12, -4, 13, 4, -6, -2, -7,-21,-29,-19, 6; /M: SY='T'; M= -7, -6,-22, -8, -7, -9,-15, -8, -9, -8, -6, -2, -5, -8, -7, -9, -2, 3, -9,-24, -5, -8; /M: SY='L'; M= -5, -8,-19,-16,-14, -2,-19,-12, 7,-18, 17, 8, -3,-24,-13,-14,-12, -3, 1,-26, -7,-14; /M: M= -1, -7,-22, -9, -6,-15,-11,-14,-11, -6, -8, -7, -5,-13, -5, -3, -2, 0, -7,-24,-12, -7; /M: SY='E'; M= -4, 10,-22, 13, 17,-26, -4, -8,-25, -3,-22,-18, 5, -9, 3, -8, 9, 3,-19,-32,-19, 10; /M: SY='P'; M=-10, -2,-31, 6, 22,-26,-20,-10,-20, -3,-17,-15, -8, 23, 4,-10, -5, -7,-22,-30,-20, 11; /M: SY='D'; M=-17, 46,-27, 55, 17,-35, -8, 3,-35, 0,-30,-27, 29,-12, 1, -7, 3, -7,-30,-40,-20, 9; /M: SY='W'; M=-17,-37,-42,-38,-28, 10,-23,-28, -8,-23, -2, -9,-37,-30,-20,-20,-37,-25,-18,104, 22,-20; /M: SY='A'; M= 13, -2,-19, -3, 4,-25, 3,-12,-21, -7,-21,-16, -1, -5, 0,-12, 13, 2,-15,-28,-21, 2; /M: SY='L'; M= -3,-19,-22,-21,-16, -5,-11,-15, 3,-16, 9, 6,-15,-22,-11,-15,-11, -7, 0,-18, -2,-14; /M: SY='I'; M= -8, -2,-25,-16,-17, -5,-22,-12, 17,-17, -1, 2, 10,-20,-12,-17, -7, -6, 3,-24, -4,-17; /M: SY='L'; M= -9,-24,-22,-29,-20, 2,-28,-16, 23,-22, 29, 26,-21,-24,-11,-17,-22, -9, 13,-21, -2,-17; /M: SY='E'; M= -8, 16,-28, 23, 27,-31,-10, 1,-28, 2,-20,-17, 6, -8, 11, -4, -1,-10,-26,-30,-17, 19; /M: SY='I'; M=-10,-30,-19,-37,-29, 12,-36,-28, 34,-29, 18, 14,-22,-24,-25,-26,-19, -9, 25,-18, 2,-29; /M: SY='C'; M= 1,-15, 79,-23,-22,-20,-21,-25,-25,-24,-20,-18,-13,-31,-22,-25, 1, -2, -8,-44,-26,-22; /M: SY='D'; M=-18, 42,-30, 61, 28,-38,-12, 0,-38, 2,-28,-28, 16, -8, 4, -8, 0,-10,-30,-38,-20, 16; /M: SY='M'; M= -6,-17,-23,-21,-11, -6,-23,-10, 6, -7, 7, 13,-15,-20, 0, -7,-12, -7, 2,-18, 0, -6; /M: SY='I'; M= -5,-29,-18,-34,-28, 0,-34,-28, 35,-26, 19, 15,-24,-25,-23,-25,-17, -6, 31,-24, -5,-28; /M: SY='N'; M= -8, 22,-22, 9, -2,-21, 0, 2,-23, 5,-27,-17, 37,-19, 0, 11, 5, -2,-25,-33,-18, -2; /M: SY='E'; M= -4, 0,-21, 0, 12,-21,-12, -3,-19, 0,-17,-10, 3,-11, 10, 0, 10, 5,-16,-30,-14, 10; /M: SY='D'; M= -9, 14,-23, 16, 8,-25, -8, -8,-26, 4,-22,-17, 9,-11, -1, 0, 5, 6,-19,-31,-16, 4; /M: SY='P'; M=-10, -8,-29, -4, 6,-18,-17, -8,-19, -2,-18,-12, -8, 14, 1, -1, -4, -6,-18,-25,-15, 2; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='B'; M= -5, 5,-22, 4, 2,-18,-11,-11,-15, -4,-17,-14, 4,-15, -5, -5, 2, 1,-10,-21,-14, -2; /M: SY='G'; M= -2, 0,-25, -2, -5,-26, 16, -9,-24, -9,-20,-12, 6,-12, 2,-10, 1, -7,-23,-25,-20, -1; /M: SY='P'; M= 10,-14,-22,-13, -5,-25, -8,-19,-18,-11,-23,-17,-13, 39,-10,-19, 2, -3,-18,-28,-26,-10; /M: SY='K'; M=-12, -4,-29, -4, 6,-26,-20, -7,-26, 34,-24, -9, -2,-10, 11, 33, -8, -7,-18,-21,-11, 7; /M: SY='D'; M=-15, 20,-29, 31, 22,-24,-17, 2,-27, -2,-19,-19, 5, -6, 2, -8, -3, -8,-24,-30,-11, 12; /M: SY='A'; M= 27,-14, 4,-21,-16,-16, -7,-22, -7,-15, -9, -8,-13,-18,-16,-20, 5, -1, 5,-27,-19,-16; /M: SY='I'; M= -1,-23,-18,-27,-21, -1,-24,-20, 18,-19, 13, 15,-21,-17,-17,-19,-11, -3, 18,-24, -7,-20; /M: SY='R'; M=-13, -8,-28, -9, -1,-17,-19, -7,-22, 21,-18, -8, -2,-17, 5, 30, -8, -8,-17,-13, -7, 1; /M: SY='A'; M= 21,-14, -7,-20,-14,-13, -7,-20, -4,-17, 0, -4,-12,-17,-13,-19, 3, 1, 1,-25,-15,-14; /M: SY='I'; M= -9,-30,-24,-35,-26, 4,-35,-26, 36,-29, 31, 19,-25,-25,-21,-25,-23, -9, 24,-21, -1,-26; /M: SY='K'; M= -3, -6,-25, -8, 4,-21,-18, -9,-18, 23,-15, -1, -6,-13, 5, 19, -8, -8,-12,-21,-11, 4; /M: SY='K'; M=-12, -1,-29, -1, 7,-27,-19, 4,-30, 38,-27, -9, 2,-13, 10, 31, -8,-10,-21,-22, -7, 7; /M: SY='R'; M=-17, -9,-29, -9, 1,-21,-21, -4,-27, 31,-18, -8, -2,-18, 8, 55,-11,-10,-18,-20, -9, 1; /M: SY='I'; M= -8,-29,-21,-34,-26, 4,-33,-24, 33,-26, 29, 21,-26,-26,-21,-23,-21, -8, 26,-22, -2,-25; /M: SY='N'; M= -8, 10,-24, 5, 4,-24, -2, 2,-19, 0,-19, -9, 15,-16, 10, -2, 2, -5,-22,-29,-15, 7; /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='H'; M= -6, 8,-22, 5, 0,-19, -8, 27,-22, -7,-22,-10, 15,-16, 5, -5, 8, -3,-21,-30, -2, 0; /M: SY='K'; M= -8, -2,-28, 0, 6,-26,-14, -8,-26, 20,-25,-13, -1, -1, 6, 15, -2, -5,-20,-23,-12, 5; /M: SY='N'; M= -9, 26,-22, 20, 6,-25, -9, 2,-20, -1,-24,-16, 29,-15, 7, -3, 8, 2,-22,-35,-17, 6; /M: SY='P'; M= -4,-10,-30, -5, 5,-22,-16,-11,-20, -8,-25,-18, -8, 44, -5,-14, 1, -3,-23,-30,-22, -3; /M: SY='H'; M=-13, 4,-28, -1, 0,-20,-16, 34,-25, 6,-23, -8, 12,-18, 7, 9, -5, -9,-25,-18, 1, 2; /M: SY='V'; M= -1,-17,-16,-16, -5, -9,-26,-21, 11,-12, 1, 1,-19,-20,-15,-14, -5, 2, 24,-29,-12,-10; /M: SY='A'; M= 12,-12,-19,-16, -5,-21,-17,-12, 0, -7, -7, 0,-11,-15, 10,-10, 1, -4, 2,-23,-13, 2; /M: SY='L'; M=-10,-24,-22,-28,-20, 5,-29,-14, 21,-22, 27, 21,-21,-26,-14,-17,-22, -9, 12,-17, 5,-18; /M: SY='Y'; M=-13,-17,-25,-18, -9, 2,-25, 1, -2,-10, 10, 7,-15,-23, 1, -1,-15, -9, -7,-11, 13, -5; /M: SY='A'; M= 37, -7,-10,-17,-10,-18, -4,-20,-10,-10,-11,-10, -7,-10,-10,-17, 14, 12, 0,-23,-18,-10; /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-31,-22, 9,-30,-22, 21,-29, 43, 18,-30,-29,-20,-21,-29,-11, 11,-12, 1,-21; /M: SY='T'; M= -2, -3,-15, -7, -4,-14,-17,-11,-11, -4,-13, -9, -1,-13, -4, -6, 12, 22, -3,-29, -9, -4; /M: SY='L'; M= -3,-29,-17,-30,-23, 4,-29,-24, 23,-26, 32, 15,-28,-28,-23,-21,-21, -6, 23,-23, -4,-23; /M: SY='L'; M= -9,-25,-19,-27,-19, 6,-28,-19, 17,-26, 38, 19,-25,-26,-17,-18,-22, -1, 9,-21, -1,-18; /I: I=-5; MD=-27; /M: SY='E'; M=-11, 19,-27, 28, 29,-31, -8, -2,-28, 2,-22,-20, 8, -8, 9, -5, 0, -9,-25,-31,-19, 19; D=-5; /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27; /M: SY='T'; M= 11,-10,-13,-18,-13,-11,-15,-18, 2,-13, -4, 1, -8,-13,-10,-15, 8, 15, 7,-26,-11,-12; D=-5; /I: I=-5; DM=-27; /M: SY='C'; M= -6,-23, 58,-29,-25, -9,-28,-25, -8,-28, 5, -4,-22,-33,-25,-25,-15, -9, 0,-36,-18,-25; D=-5; /I: I=-5; DM=-27; /M: SY='V'; M= 0,-26,-16,-29,-25, -2,-26,-23, 23,-19, 9, 15,-24,-25,-21,-19,-10, -3, 31,-20, -7,-23; /M: SY='K'; M= -4, 6,-26, 3, 12,-27,-15, -7,-26, 29,-26,-13, 7,-10, 9, 15, -1, -5,-20,-25,-14, 11; /M: SY='N'; M=-10, 37,-20, 18, 0,-20, -1, 14,-21, -1,-29,-19, 56,-20, 1, 0, 10, 0,-29,-39,-18, 0; /M: SY='C'; M= -5,-19, 92,-28,-28,-20,-19,-28,-26,-28,-19,-18,-18,-36,-27,-28, -8,-10,-10,-44,-28,-28; /M: SY='G'; M= -1, -7,-30, -7,-14,-30, 62,-18,-39,-17,-29,-20, 2,-19,-17,-18, 0,-19,-30,-21,-29,-15; /M: SY='E'; M=-10, 2,-26, 6, 13,-20,-17, 8,-24, 8,-22,-13, 1, -9, 7, 4, 1, -3,-21,-23, -1, 8; /M: SY='R'; M= -6,-10,-26,-12, -6,-15,-15, -2,-14, 0,-15, -8, -4, -2, -4, 5, -4, -5,-13,-23, -8, -8; /M: SY='F'; M=-15,-30,-20,-37,-29, 53,-31,-22, 11,-29, 16, 6,-23,-29,-34,-21,-20, -9, 11, -2, 18,-29; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='H'; M=-18, -6,-28, -7, -3,-15,-22, 59,-19, -7,-10, 2, 2,-20, 6, 6,-12,-16,-20,-24, 13, -3; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='M'; M= -5, -8,-21, -8, -4,-12,-19, -8, -6, -5, 0, 1, -7,-18, 1, -6, -5, -4, -5,-25, -8, -2; /M: SY='E'; M=-10, 3,-28, 7, 32,-25,-19, 5,-20, 2,-11, -9, 0, -9, 20, -1, -4,-10,-24,-27,-13, 26; /M: SY='V'; M= -5,-30,-18,-34,-30, 5,-34,-29, 35,-24, 14, 13,-26,-26,-27,-24,-14, -4, 40,-24, -4,-30; /M: SY='A'; M= 23,-11, 9,-18,-14,-19, -4,-20,-12,-15,-15,-12, -8,-17,-13,-20, 10, 1, -1,-30,-21,-14; /M: SY='S'; M= -2, 10,-20, 11, 10,-25, -9, -6,-25, 6,-27,-18, 11,-10, 5, 3, 15, 5,-18,-33,-17, 7; /M: SY='R'; M=-11, -6,-27, -6, 7,-14,-20, -7,-25, 24,-19,-10, -3,-14, 6, 28, -7, -7,-18,-18, -7, 6; /M: SY='D'; M=-14, 18,-29, 25, 24,-31,-12, 4,-32, 10,-25,-18, 11,-10, 12, 9, -2,-10,-28,-30,-16, 17; /M: SY='F'; M=-16,-29,-19,-37,-28, 56,-30,-22, 8,-28, 14, 4,-21,-28,-34,-20,-18, -7, 8, 0, 20,-28; /M: SY='L'; M= -4,-21,-19,-24,-12, -1,-25,-16, 14,-19, 24, 18,-21,-22,-12,-16,-17, -5, 10,-23, -5,-13; /M: SY='B'; M=-10, 21,-24, 20, 12,-26, -9, 3,-26, 0,-26,-19, 21, -6, 3, -4, 7, 0,-25,-35,-17, 7; /M: SY='E'; M=-10, 12,-27, 19, 31,-26,-15, -3,-27, 5,-18,-18, 5, -8, 8, 1, 1, -4,-24,-31,-17, 19; /M: SY='L'; M= -9,-24,-19,-29,-21, 12,-26,-14, 17,-22, 30, 26,-23,-26,-17,-17,-22, -8, 11,-18, 1,-18; /M: SY='V'; M= -7,-21,-20,-22,-15, -4,-28,-19, 13, -7, 6, 6,-19,-23,-14, -5,-13, -5, 18,-22, -3,-16; /M: SY='K'; M= -2, 0,-24, -2, 3,-25,-13, -4,-22, 20,-23,-10, 2,-13, 6, 13, -1, -6,-14,-25,-12, 4; /M: SY='L'; M= -9,-25,-13,-28,-20, -2,-30,-21, 15,-15, 17, 11,-22,-26,-17, -6,-18, -8, 15,-24, -6,-20; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='I'; M= -2,-23,-16,-28,-22, 9,-25,-22, 20,-21, 15, 9,-20,-22,-21,-19,-13, -3, 20,-17, -1,-22; D=-4; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='P'; M= -3, -5,-15, -3, 0,-11, -7, -9, -8, -6, -7, -6, -4, 4, -4, -5, 1, 1, -8,-17,-10, -3; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='K'; M= -9, -5,-22, -5, -2,-24, -9,-12,-23, 10,-22,-12, -1, 0, -3, 7, -5, -6,-19,-26,-17, -4; /M: SY='N'; M= -3, 1,-24, -1, 4,-19,-14, -2,-19, 4,-21,-13, 6, -1, 0, 1, 3, -2,-18,-26,-11, 0; /M: SY='K'; M= -9, 5,-26, 5, 6,-24,-11, -6,-24, 12,-23,-14, 6,-14, 6, 8, 0, -6,-21,-19,-12, 6; /M: SY='A'; M= 5,-13,-20,-15,-10,-14,-11,-15, -9, -6,-12, -8, -9, -5, -9, -5, 2, 1, -3,-23,-11,-11; /M: SY='H'; M=-11, 6,-26, 9, 3,-19,-16, 11,-19, -6,-18,-11, 4, -3, 3, -8, 0, -4,-19,-26, -3, 1; /M: SY='E'; M= -6, -6,-25, -6, 3,-15,-15,-12, -9, -5, -9, -6, -5, -5, -2, -6, -5, -6, -9,-26,-13, -1; /M: SY='K'; M= -9, 4,-28, 5, 11,-27,-18, -8,-21, 16,-23,-12, 3, 0, 8, 5, -3, -4,-20,-26,-14, 9; /M: SY='V'; M= -3,-28,-15,-30,-28, 0,-30,-27, 30,-22, 15, 13,-26,-28,-26,-21,-13, -3, 40,-28, -8,-28; /M: SY='R'; M= -8, -4,-18, -5, 5,-27,-18, -1,-26, 21,-24, -9, 0,-15, 16, 25, -2, -7,-20,-24,-12, 9; /M: SY='E'; M= -9, 11,-25, 11, 20,-24,-10, -2,-22, 7,-19,-13, 11,-11, 7, 2, 0, -6,-22,-30,-17, 13; /M: SY='K'; M= -8, -7,-27, -9, 1,-21,-20, -9,-20, 30,-16, -3, -5,-15, 4, 27,-11, -9,-12,-20, -9, 2; /M: SY='I'; M= -1,-26,-19,-31,-25, -1,-29,-24, 29,-22, 16, 17,-22,-23,-19,-22,-13, -5, 27,-24, -6,-24; /M: SY='L'; M=-11,-23,-23,-25,-16, 3,-29,-19, 11,-14, 25, 11,-20,-24,-14, -7,-21, -7, 6,-19, -1,-16; /M: SY='E'; M= -6, 0,-22, 0, 7,-16,-18, -1,-12, -5,-10, -7, 1,-13, 2, -5, 3, 3,-11,-27, -8, 4; /M: SY='L'; M= -6,-25,-20,-30,-21, 7,-27,-17, 19,-23, 28, 22,-24,-25,-17,-18,-20, -6, 14,-18, 2,-19; /M: SY='I'; M= -9,-29,-23,-34,-26, 4,-33,-24, 34,-27, 30, 22,-25,-25,-20,-23,-22, -9, 23,-21, -1,-25; /M: SY='Q'; M=-13, 4,-28, 8, 13,-19,-21, -1,-19, 9,-17, -9, -2,-13, 14, 3, -6, -9,-18,-19, -1, 13; /M: SY='E'; M= 4, -1,-13, -2, 11,-20,-14,-10,-17, -3,-15,-12, 0,-10, 3, -8, 10, 7,-12,-30,-16, 7; /M: SY='W'; M=-18,-37,-45,-38,-28, 9,-21,-29,-15,-21,-12,-15,-37,-29,-20,-20,-37,-25,-25,125, 25,-20; /M: SY='A'; M= 8, -4,-18, -9, -5,-15,-10, 0,-13, -6,-15, -8, 0,-15, 2, -7, 8, 5,-10,-21, -3, -2; /M: SY='E'; M=-11, 9,-24, 13, 14,-22,-19, 0,-16, -1,-14,-10, 2,-13, 6, -5, -2, -4,-13,-29,-10, 10; /M: SY='A'; M= 17, -2,-17, -6, -3,-19, -2,-14,-17, -9,-17,-13, -2,-12, -6,-14, 10, 5,-10,-18,-16, -4; /M: SY='F'; M=-16,-24,-22,-30,-22, 46,-29,-17, 5,-25, 12, 3,-19,-27,-29,-19,-18, -8, 3, -2, 20,-23; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='C'; M= -4, -8, 1, -9, -6,-20, -6,-11,-23, 1,-22,-13, -4, -9, -3, 1, 1, -5,-16,-25,-14, -5; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='N'; M= -7, 12,-24, 9, 1,-25, 10, -5,-27, 7,-26,-16, 17,-14, -2, 3, 1, -8,-23,-26,-18, 0; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='D'; M= -7, 11,-22, 16, 10,-25, -8, -6,-22, 5,-19,-14, 5,-11, 3, 1, 1, -6,-16,-27,-15, 6; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='P'; M= -7, -9,-26, -5, 0,-27, -7,-13,-23, -4,-26,-17, -7, 28, -4, -5, -2, -8,-23,-29,-24, -4; /M: SY='E'; M=-10, 10,-28, 16, 17,-29,-11, -3,-29, 9,-25,-16, 4, -6, 12, 5, 1, -6,-25,-27,-14, 14; /M: SY='L'; M=-13,-19,-20,-20,-14, 13,-27, -4, 5,-20, 20, 11,-19,-26,-15,-15,-21,-10, 0,-13, 12,-15; /M: SY='P'; M= -2, -3,-24, -3, 1,-23, -9,-12,-18, -2,-23,-14, 1, 8, -2, -5, 6, 0,-15,-30,-19, -2; /M: SY='Y'; M= -6,-13,-24,-14, -6, -8,-14, -3, -8, -4, -3, 1,-11,-20, 1, -4, -9, -8, -8,-14, 4, -4; /M: SY='I'; M=-10,-27,-24,-33,-27, 8,-33,-18, 31,-22, 14, 18,-22,-25,-19,-21,-18, -8, 25,-13, 12,-26; /M: M= -3, -9,-22,-11, -7,-12,-13, -5, -9, -3,-14, -7, -4,-15, -4, -1, 0, -2, -5,-20, -1, -8; /M: SY='D'; M= -1, 14,-24, 19, 9,-26,-11, -4,-26, -1,-22,-18, 5,-11, 2, -8, 3, -2,-20,-21,-14, 6; /M: SY='V'; M= 11,-17,-14,-23,-17, -6,-18,-19, 8,-16, 9, 9,-16,-19,-14,-17, -4, 5, 12,-24, -9,-16; /M: SY='Y'; M=-18,-18,-29,-19,-17, 16,-29, 26, 0,-11, -2, 2,-15,-27, -8, -8,-17,-11, -7, 10, 55,-17; /M: SY='Q'; M=-10, 8,-27, 10, 11,-27,-16, 5,-23, 11,-20, -9, 6,-13, 17, 8, -2, -8,-22,-25, -8, 13; /M: SY='E'; M=-10, 3,-24, 4, 7,-18,-17, -6,-13, 3, -7, -2, 2,-15, 1, 1, -5, -6,-13,-28,-12, 4; /M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-31,-21, 8,-29,-18, 22,-27, 44, 26,-28,-28,-17,-19,-28,-10, 11,-20, 0,-19; /M: SY='K'; M= -7, -9,-26, -9, -1,-21,-21,-14,-15, 25,-18, -6, -7, -9, 0, 18, -9, -7, -7,-23,-11, -2; /M: SY='R'; M= -7, -3,-24, -3, 3,-15,-17, -3,-18, 9,-16, -9, 0,-16, 6, 14, -2, -5,-15,-20, -4, 3; /M: SY='K'; M= -2, -1,-21, -1, 11,-28,-13, -6,-26, 17,-22,-12, -1,-12, 12, 16, -2, -8,-20,-24,-15, 10; /M: SY='G'; M= 1, -7,-29, -7,-15,-30, 57,-17,-37,-17,-28,-19, 0,-18,-14,-18, 1,-18,-28,-21,-28,-15; /M: SY='I'; M= -8,-24,-24,-27,-22, 7,-29,-10, 18,-20, 6, 6,-19,-18,-17,-19,-13, -6, 14,-11, 15,-23; /M: SY='E'; M= -4, -2,-22, -1, 6,-18,-19,-10,-12, 3,-14, -9, -4,-13, 0, -2, 2, 3, -6,-25, -9, 2; /M: SY='F'; M=-14,-25,-20,-34,-23, 57,-27,-18, -3,-21, 7, 0,-18,-27,-30,-15,-17, -9, -2, 3, 21,-23; /M: SY='P'; M= -6,-16,-31,-10, -2,-26,-19,-18,-15, -8,-25,-15,-15, 53, -6,-15, -2, -3,-18,-30,-24, -7; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 91 in 91 different sequences |
| Number of true positive hits | 89 in 89 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 2 in 2 different sequences |
| Number of false negative sequences | 1 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 97.80 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 98.89 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | K_Hofmann, CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | VHS |
| Version [info] | 4 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
89 sequences
GGA1_HUMAN (Q9UJY5), GGA1_MOUSE (Q8R0H9), GGA1_YEAST (Q06336), GGA2_HUMAN (Q9UJY4), GGA2_MOUSE (Q6P5E6), GGA2_YEAST (P38817), GGA3_HUMAN (Q9NZ52), GGA3_MOUSE (Q8BMI3), GGA3_RAT(A0A0G2JV04), HGS_BOVIN (Q0V8S0), HGS_HUMAN (O14964), HGS_MOUSE (Q99LI8), HGS_RAT (Q9JJ50), HRS_DROME (Q960X8), HSE1_ASPCL (A1CEK6), HSE1_ASPFU (Q4WHP5), HSE1_ASPNC (A2QW93), HSE1_ASPTN (Q0CJU8), HSE1_CANAL (Q5A895), HSE1_CANGA (Q6FN49), HSE1_CHAGB (Q2GT05), HSE1_COCIM (Q1E878), HSE1_CRYNB (P0CR79), HSE1_CRYNJ (P0CR78), HSE1_DEBHA (Q6BNP6), HSE1_EMENI (Q5BBL4), HSE1_EREGS (Q75DS3), HSE1_KLULA (Q6CVA8), HSE1_NEOFI (A1DFN5), HSE1_NEUCR (Q7S6J4), HSE1_PHANO (Q0U6X7), HSE1_PICST (A3LXQ8), HSE1_PYRO7 (A4RF61), HSE1_SCHPO (O74749), HSE1_USTMA (Q4P5J4), HSE1_YARLI (Q6C2N2), HSE1_YEAST (P38753), LSB5_SCHPO (P87308), MTV1_ARATH (Q9C5H4), STAM1_CAEEL (O01498), STAM1_HUMAN (Q92783), STAM1_MOUSE (P70297), STAM2_CHICK (O93436), STAM2_HUMAN (O75886), STAM2_MOUSE (O88811), STAM2_RAT (Q5XHY7), TM1L1_HUMAN (O75674), TM1L1_MOUSE (Q923U0), TM1L1_RAT (F1LM81), TM1L2_HUMAN (Q6ZVM7), TM1L2_MOUSE (Q5SRX1), TM1L2_XENLA (Q68FJ8), TOL1_ARATH (Q9LFL3), TOL2_ARATH (Q9LNC6), TOL3_ARATH (Q9LPL6), TOL4_ARATH (Q6NQK0), TOL5_ARATH (Q9FFQ0), TOL6_ARATH (O80910), TOL7_ARATH (F4KAU9), TOL8_ARATH (Q9C9Y1), TOL9_ARATH (Q8L860), TOM1_CHICK (O12940), TOM1_DICDI (Q54GH3), TOM1_HUMAN (O60784), TOM1_MOUSE (O88746), VPS27_ASPCL (A1CEK1), VPS27_ASPFU (Q4WHN8), VPS27_ASPNC (A2QWA2), VPS27_ASPTN (Q0CJV3), VPS27_CANAL (Q5ABD9), VPS27_CANGA (Q6FQJ1), VPS27_CHAGB (Q2GS33), VPS27_CRYNB (P0CS27), VPS27_CRYNJ (P0CS26), VPS27_DEBHA (Q6BSD6), VPS27_EMENI (Q5BBK9), VPS27_EREGS (Q755J9), VPS27_KLULA (Q6CL17), VPS27_NEOFI (A1DFP5), VPS27_NEUCR (Q7RZJ2), VPS27_PHANO (Q0U4Z8), VPS27_PICST (A3LX75), VPS27_PYRO7 (A4QTV1), VPS27_SCHPO (O13821), VPS27_USTMA (Q4P7Q1), VPS27_YARLI (Q6CFT4), VPS27_YEAST (P40343), YB0G_SCHPO (P87157), YD85_SCHPO (Q10410)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
1 sequence
LSB5_YEAST (P25369) |
| UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences |
2 sequences
FES1_YARLI (Q6C239), NHAK_BACVZ (A7Z8R4) |
| PDB [Detailed view] |
24 PDB
1DVP; 1ELK; 1JPL; 1JUQ; 1JWF; 1JWG; 1LF8; 1MHQ; 1PY1; 1UJJ; 1UJK; 1VDY; 1X5B; 2DCP; 2L0T; 3G2S; 3G2T; 3G2U; 3G2V; 3G2W; 3LDZ; 3RRU; 3ZYQ; 4AVX » more |